Tecnológico Nacional de México Campus Minatitlán.

Práctica 1: Implementación de
“Avogadro” como visualizador y constructor de
moléculas.

Integrantes del equipo:

Lena Estefanía Enrique Morales.
Ruben Eduardo Mateo Miguel.
Osiris Alberto Tiburcio Padua.
Enrique Isidro Barragán Munguía.

Materia: Física de semiconductores.

Carrera: Ingeniería Electrónica.

Grupo: 2.

Docente: Elsa Noemi Palomo Morales.

Práctica 1:
 Implementación de “Avogadro” como visualizador y
constructor de moléculas.

Objetivo: El estudiante construirá y visualizará moléculas bidimensionales y

tridimensionales con el uso del software “Avogadro”.

Material: Software “Avogadro”.

Marco teórico:

Software “Avogadro”

Avogadro es un editor y visualizador de moléculas avanzado diseñado para uso

multiplataforma en química computacional, modelado molecular, bioinformática,
ciencia de materiales y áreas relacionadas. Ofrece renderizado flexible de alta
calidad y una potente arquitectura de complementos.

Elemento

Los elementos químicos son un tipo de materia constituida por átomos de la

misma clase. En su forma más simple, posee un número determinado de protones
en su núcleo haciéndolo pertenecer a una categoría única clasificada por su
número atómico, aun cuando este pueda desplegar distintas masas atómicas.

Molécula

Partícula más pequeña de una sustancia que tiene todas las propiedades físicas y
químicas de esa sustancia. Las moléculas están compuestas por uno o más
átomos. Si contienen más de un átomo, los átomos pueden ser iguales (una
molécula de oxígeno tiene dos átomos de oxígeno) o distintos (una molécula de
agua tiene dos átomos de hidrógeno y un átomo de oxígeno). Las moléculas
biológicas, como las proteínas y el ADN, pueden estar compuestas por muchos
miles de átomos.
Desarrollo:

1-Describe el procedimiento de construir unas moléculas.

1. Primero se abre el software “Avogadro”.

2. Luego en la izquierda desplegamos la cinta de opciones de “Element”, para

seleccionar los elementos que se usaran para crear una molécula.
3. En la cinta de opciones no aparecen todos los elementos, solo algunos, así
que debemos seleccionar la parte de azul que dice “other”, para que se
abra una tabla periódica y así seleccionar el elemento que se usara.
4. Pero antes de seleccionara los elementos debemos deshabilitar la opción
que dice “Adjust hydrogens” , ya que esa opción le agrega hidrógenos a los
elementos.

5. Para seleccionar el elemento desde la tabla periódica, damos doble clic al

elemento y luego damos un clic en la parte negra para poner el elemento
seleccionado.
6. Para crear la molécula se deben unir los elementos, para unir los elementos
primero debemos seleccionar que tipo de unión se usara (single, double o
triple).

7. En este caso para crear la molécula de agua (H2O) uniremos los elementos
con la opción “single”, para unirlos solo mantenemos presionado un
 elemento y lo arrastramos hacia el elemento que se desea unir, y así
obtenemos una molécula de agua hecha en “Avogadro”.

8. Por último, de manera opcional seleccionamos la opción que dice “Display

Settings” y en la izquierda se abrirá una ventana en la que seleccionaremos
la opción que dice “Label”, para poner una etiqueta a cada elemento con su
símbolo.
2-Realice la observación geométrica, molecular, bidimensional y
tridimensional de: Si+5, Si+3, Ge+5 y Ge+3.

Si+5
Esta molécula está formada por
Silicio y Fósforo, la impureza
agregada para el dopaje es el
Fósforo (elemento pentavalente).

Si+3
Esta molécula está formada por
Silicio y Aluminio, la impureza
agregada para el dopaje es el
Aluminio (elemento trivalente).
Ge+5
Esta molécula está formada por
Germanio y Arsénico, la impureza
agregada para el dopaje es el
Arsénico (elemento pentavalente).

Ge+3
Esta molécula está formada por
Germanio y Boro, la impureza
agregada para el dopaje es el Boro
(elemento trivalente).
3-Probar las combinaciones para un conductor y un aislante, visto en clases.

Molécula conductora.

Ilustración 1 Molécula de silicio puro.

Molécula aislante.

Ilustración 2 Molécula de cloruro de polivinilo.

Resultado:

En esta práctica obtuvimos molécula dopadas de impurezas, en las que vemos su

estructura gracias al uso de “Avogadro”, también observamos la estructura de una
molécula conductora y de una molécula aislante.

Conclusiones:

Lena Estefanía Enrique Morales.

En esta práctica pudimos conocer y aprender sobre este software desconocido

llamado Avogadro el cual es un editor molecular diseñado para su uso en química
computacional, modelado molecular, bioinformática, ciencia de materiales, y otras
áreas relacionadas. Este fue de suma importancia y de gran ayuda para nosotros
para comprender y visualizar la unión de os elementos de los materiales
semiconductores.

Ruben Eduardo Mateo Miguel.

En esta práctica aprendí a usar el software “Avogadro”, para crear moléculas,

también me sirvió para poder visualizar una imagen representativa de la unión de
elementos para formar una molécula.

Osiris Alberto Tiburcio Padua.

En esta práctica pude aprender y entender sobre el software de Avogadro y

también entendí ciertas cosas sobre el dopaje y las impurezas, y logré ver
las mezclas de elementos para la creación de una molecula en este software.

Enrique Isidro Barragán Munguía.

En esta práctica se pudo observar las uniones de los electrones y se puede

comprender lo que sucede cuando hay un dopaje, claramente se aprecia cuando
falta un electrón y hay un hueco que con material trivalente, Pero sucede lo
contrario a cuando el electrón sobra se ve que está listo para salir desprendido ya
que no esta completo en su estructura y se volverá semiconductor lo cual cuando
se le inyecte voltaje se desprenderá los electrones
Bibliografía
Avogadro. (2022). Obtenido de Avogadro: https://avogadro.cc/

NIH. (s.f.). Obtenido de NIH:

https://www.cancer.gov/espanol/publicaciones/diccionarios/diccionario-cancer/def/
molecula

Wikipedia. (29 de Agosto de 2022). Obtenido de Wikipedia:

https://es.wikipedia.org/wiki/Elemento_qu%C3%ADmico