Modelamiento de reacciones enzimáticas por

medio de QM/MM.
Juan Fernando Pineda Cardona
Departamento de Ciencias Químicas, Facultad de Ciencias Naturales, Universidad ICESI, Cali, Colombia.

En el presente escrito se estudió la reacción intramolecular catalizada para generar ácido

prefenico a partir de ácido corísmico por medio de la enzima corismato mutasa. Para ello se
utilizaron las herramientas de QM/MM de CCPBiosim. La reacción se presenta a continuación:

Figura 1. Reacción enzimática de conversión de corismato a prefenato.

Primeramente se creó el directorio “us10” y se generaron los valores de coordenadas de
reacción que se presentan en la figura 2.

Figura 2. Coordenadas de reacción de la reacción enzimática mediada por corismato mutasa.

Posteriormente, se visualizó la proteína y el reactivo por medio del visualizador NGLview. Para
ello, se usó la representación de cartoon para exhibir la proteína y licorice para visualizar el
corismato así como las moléculas de agua que rodean la proteína(ver figura 3).

1
 Figura 3. Representación de la proteína mutasa y corismato.
Posteriormente, se obtuvo el perfil de energía potencial haciendo uso de optimizaciones
secuenciales de QM/MM. Cabe resaltar que el valor del estado de transición de la enzima
corismato mutasa ronda alrededor de -0.30. El cálculo se demoró aproximadamente 44.03
segundos. La siguiente figura relaciona los valores de coordenada de reacción calculados en la
figura 2 y los relaciona con la energía libre(columna de más a la derecha):

Figura 4. Energía libre relacionadas a los valores de coordenadas de reacción.

La figura 5 relaciona los valores de energía libre de reacción con los de coordenada de reacción.
Tal como se puede observar en dicha figura se observa que la energía libre oscila entre 13 y 41
kcal/mol. No obstante, en la figura 6 se muestran los valores de energía relativos los cuales se
obtuvieron de la resta de las energías en la figura 5 con la energía libre asociada a los reactivos
para tomar la energía libre de los reactivos como punto de referencia de 0 kcal/mol.

2
 Figura 5. Energías libres asociadas a los valores de coordenadas de reacción.

Figura 6. Energías libres relativas asociadas a valores de coordenadas de reacción.

Ahora bien, luego de obtener los valores de energías libres relativas(Ver Figura 7, en la etiqueta
del eje hace referencia a la energía libre relativa) se realizó una gráfica energía libre relativa vs
coordenada de reacción para observar el comportamiento. A partir de ella se pudo determinar

3
que la reacción enzimática es favorable energéticamente ya que es exergónica dado que la
energía libre de los reactivos es mucho mayor a la de los productos.

Figura 7. Gráfica energía libre relativa versus coordenada de reacción.

Adicionalmente, se obtuvo una simulación que representa la formación y ruptura de enlaces del
corismato a prefenato mediante el acercamiento y alejamiento de los enlaces. En la figura 8 se
muestra la transformación de la molécula en el tiempo 0, 30, 60 y 100 donde se puede observar
el estiramiento del enlace éster y el acercamiento de un carbono al anillo de seis carbonos. El
estiramiento indica que el enlace de éster se rompe y el acercamiento del carbono al anillo
indica la formación de un nuevo enlace.

Figura 8. Simulación de la ruptura y formación de enlaces del corismato para formar el

prefenato.
Por último, la figura 9 muestra en azul la reacción enzimática en un medio acuoso, en una línea
verde la reacción enzimática sin la cadena lateral de la arginina 90 y en rojo la reacción
enzimática en una fase gaseosa. Nótese que el medio gaseoso no favorece la reacción enzimática
dado que se presenta una mayor energía de activación para alcanzar el estado de transición y
que la arginina 90 cumple un papel importante en la estabilización de la enzima, dado que la no
presencia de esta cadena lateral aumenta notoriamente la energía de activación.
Adicionalmente, el medio acuoso en el que se encuentra la enzima favorece la reacción química y
reduce notoriamente la energía de reacción haciendo posible la transformación de corismato a
prefenato.

4
Figura 8. Comparación de las gráficas de la energía libre relativa de la reacción enzimática en
fase acuosa(azul), gaseosa(rojo) y sin la cadena lateral Arg 90(verde).