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manuscrito aceptado

El arte de adaptarse a ambientes extremos: El sistema modelopseudoalteromonas

Ermenegilda Parrilli, Pietro Tedesco, Marco Fondi, Maria Luisa Tutino,

Angelina Lo Giudice et al.

IIP: S1571-0645(19)30066-1
DOI: https://doi.org/10.1016/j.plrev.2019.04.003 PL
Referencia: REV 1107

Aparecer en: Reseñas de Física de la Vida

Fecha de recepción: 27 marzo 2019

Fecha de aceptación: 2 abril 2019

Cite este artículo en prensa como: Parrilli E, et al. El arte de adaptarse a ambientes extremos: El sistema modelo
pseudoalteromonas.Revisión de la vida física(2019), https://doi.org/10.1016/j.plrev.2019.04.003

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Reflejos

• Pseudoalteromonas es un género bacteriano modelo para estudiar la adaptación a ambientes extremos.

• Para sobrevivir a bajas temperaturas, las cepas de Pseudoalteromonas han desarrollado estrategias únicas.
• Las cepas de Pseudoalteromonas son emocionantes y prometedoras desde un punto de vista biotecnológico.
• Los enfoques de biología de sistemas son centrales en el estudio de la adaptación microbiana.
 El arte de adaptarse a entornos extremos: la maqueta
sistemapseudoalteromonas

Ermenegilda Parrilli1, Pietro Tedesco2, Marco Fondi3, María Luisa

Tutino1, Angelina Lo Giudice4, Donatella de Pascale5, Renato Fani3

1 Departamento de Ciencias Químicas, Universidad de Nápoles Federico II, Complesso Universitario MS

Angelo,Via Cintia, 80126 Nápoles, Italia
2 LISBP, Universidad de Toulouse, CNRS, INRA, INSA, 31077 Toulouse, Francia
3 Laboratorio de Evolución Microbiana y Molecular, Departamento de Biología, Universidad de Florencia,
ViaMadonna del Piano 6, 50019 Sesto Fiorentino, FI, Italia
4Istituto per le Risorse Biologiche e le Biotecnologie Marine (IRBIM-CNR), Consiglio Nazionale delle
Ricerche, Spianata S. Raineri 86, 98122 Mesina (Italia);
5Instituto de Bioquímica de Proteínas, CNR, Nápoles, Italia

correo electrónico: renato.fani@unifi.it

Resumen

Los microbios extremófilos se han adaptado para prosperar en nichos ecológicos caracterizados por duras

condiciones químicas/físicas como, por ejemplo, temperatura muy baja/alta. Organismos vivos

habitantes de estos entornos han desarrollado mecanismos peculiares para hacer frente a condiciones extremas

condiciones, de tal forma que marcan los límites químico-físicos de la vida en la Tierra.
Estudiar tales mecanismos es estimulante desde el punto de vista de la investigación básica y por

aplicaciones biotecnológicas.

pseudoalteromonasLas especies son un grupo de gamma-proteobacterias marinas frecuentemente aisladas de

una variedad de ambientes extremos, incluidos hábitats fríos y sedimentos de aguas profundas. Desde aguas profundas

Los pisos constituyen casi el 60% de la superficie terrestre y las temperaturas frías representan el más

común de las condiciones extremas, el géneropseudoalteromonaspuede ser considerado uno de los

sistemas modelo más importantes para estudiar la adaptación microbiana. En particular, entre todos

pseudoalteromonasrepresentantes,P. haloplanktisTAC125 ha adquirido recientemente un papel central.

Esta bacteria se aisló de muestras de agua de mar a lo largo de la capa de hielo de la Antártida y se considera

uno de los organismos modelo de bacterias adaptadas al frío. Es capaz de prosperar en una amplia

rango de temperatura y se ha sugerido como huésped alternativo para la sobreproducción soluble

de proteínas heterólogas, dada su capacidad de multiplicarse rápidamente a bajas temperaturas.

En esta revisión, presentaremos una visión general de los avances recientes en la caracterización de

pseudoalteromonascepas y, lo que es más importante, en la comprensión de su evolución y

estrategias químico-físicas para hacer frente a tan amplia gama de condiciones extremas. Un particular

se prestará atención a los enfoques de biología de sistemas en el estudio de los temas mencionados anteriormente,

a medida que los conjuntos de datos a escala del genoma (por ejemplo, genómica, proteómica, fenómica) comienzan a expandirse para este

grupo de organismos. En este contexto, un apartado específico dedicado aP. haloplanktisTAC125 será

presentado para abordar los esfuerzos recientes en la elucidación de la recableado metabólico de la

organismos en su ambiente natural (Antártida).

1. Vida en condiciones extremas: problemas impuestos por las bajas temperaturas ambientales

y estrategias observadas

1.1. Bacterias adaptadas al frío

La vida próspera en ambientes extremos ha suscitado en las últimas décadas algunos de los más intrigantes

preguntas microbiológicas y está constantemente desafiando nuestra comprensión de la bioquímica, la biología

y evolución. Para sobrevivir en condiciones extremas, los microorganismos han desarrollado varias

mecanismos específicos que los hacían únicos. Por estas peculiares características los extremófilos

son excepcionalmente atractivos para la biotecnología y, aunque ya se han realizado varias aplicaciones

descubiertos, su gran potencial sigue estando casi completamente oculto.

Los microorganismos que viven en un ambiente frío se definen como psicrófilos. han colonizado todo

las áreas de la Tierra por debajo de 5 °C, incluidos los polos, las profundidades marinas y las regiones alpinas, que cubren una

alto porcentaje (alrededor del 80%) de nuestro planeta [1]. La baja temperatura que caracteriza a estos

ambientes es un desafío principal para la vida, ya que afecta dramáticamente los procesos biológicos.

Las reacciones bioquímicas ocurren a velocidades más bajas, al igual que el transporte y la difusión de solutos, la integridad celular

y la fluidez de la membrana están significativamente deterioradas. Además, la baja temperatura también es la causa

de otros desafíos sustanciales que estas bacterias tienen que enfrentar, como la baja disponibilidad de nutrientes,

pH bajo, aumento de la viscosidad del agua, altas presiones osmóticas y formación de cristales de hielo [2,3]. Todos estos

condiciones representan la fuerza motriz para una transformación fisiológica y metabólica completa.

Las bacterias adaptadas al frío han logrado con éxito su objetivo de colonizar el nicho más frío del

planeta, con una remodelación completa de sus características moleculares y fisiológicas.

1.2. Cambios fisiológicos de los componentes celulares

Membranas

Uno de los pasos principales que conducen a la adaptación al frío involucra la membrana citoplasmática. los

La membrana constituye la columna vertebral de la célula y es fundamental para su integridad. Temperaturas bajas

provocan un endurecimiento de la bicapa lipídica y las células tienen que modificar la composición de la membrana

ácidos grasos (FA). Como característica más general, la adaptación al frío se consigue aumentando la fracción

de ácidos grasos monoinsaturados o poliinsaturados para mantener la fluidez de la membrana a bajas temperaturas y, por lo tanto,
restaurando sus funciones biológicas.

Específicamente, se sabe que la mayoría de los microorganismos adaptados al frío producen grasas poliinsaturadas n 3

ácido (3-PUFA) [4]. Su asociación con la adaptación al frío ha sido estudiada por Sato y colaboradores,

trabajando con la gamma-proteobacteriumShewanella livingstonensis, aislado de la Antártida

aguas [5]. Ellos observaron queshewanellamutantes alterados en los genes responsables de los PUFA

biosíntesis se volvió sensible al frío y su tasa de crecimiento se vio significativamente afectada a menor

temperaturas El crecimiento se restauró solo cuando el ácido eicosapentaenoico (EPA), un PUFA

precursor, se añadió al medio, demostrando así la importancia de este ácido graso para el frío

adaptación. Otros cambios se refieren a la composición de clases de lípidos con preferencia por cadenas más cortas.

lípidos que forman menos interacciones, manteniendo la fluidez y la sustitución de los grupos de cabeza de lípidos

con moléculas más grandes que causan un empaque suelto de lípidos [6].

Se han aislado muchos carotenoides diferentes de bacterias antárticas y se encontró que a menudo

asociado con las membranas y luego se sugirió un papel funcional [7]. ha sido entonces
demostró que los carotenoides pueden afectar la fluidez de la membrana: los carotenoides polares parecen disminuir

ella, mientras que los carotenoides no polares tienen un efecto positivo. Ahora se postula que las bacterias pueden usar

estas moléculas para amortiguar la fluidez de la membrana y variar la proporción de carotenoides polares/no polares en un

manera dependiente de la temperatura [8].

Enzimas

La temperatura es un parámetro fundamental para cualquier reacción química y bioquímica, y su

su relevancia es bien conocida desde Arrhenius (1889). Una pequeña disminución de la temperatura puede causar una

disminución exponencial en las velocidades de reacción, lo que significa que la catálisis enzimática a baja temperatura es

extremadamente desafiante. Con el fin de lograr tasas de reacción que puedan sostener la vida, psychrophilic

Las enzimas están dotadas de características peculiares. Los procesos evolutivos han optimizado

estos biocatalizadores tienen actividades específicas más altas a bajas temperaturas en comparación con sus

contrapartes mesófilas o termófilas [9]. Esto se logra mediante una conformación baja
estabilidad, lo que aumenta la flexibilidad de la proteína y "por lo tanto, la complementariedad entre el sitio activo y

sustratos, a bajo costo energético, resultando en altas actividades específicas a bajas temperaturas” [10]. En

En términos cinéticos, esta alta flexibilidad es responsable de una reducción en la energía de activación, alta Kgato,

y, en la mayoría de los casos, alta Kmetro[10][11]. Por su interés biotecnológico,

Las enzimas psicrófilas se han investigado profundamente durante los últimos 20 años y muchas investigaciones,

incluidos los estudios de rayos X y cristalografía [12,13] han ayudado a descifrar sus moléculas
cambios. Para lograr su flexibilidad molecular, las enzimas psicrófilas tienen varios
características estructurales que han sido resumidas en diferentes revisiones [1][14]. Estas proteínas tienen

generalmente i) una menor cantidad de prolina y arginina (residuos que forman varios enlaces de hidrógeno),

disminuyendo así la estabilidad de la conformación, ii) disminución del número de residuos de cisteína con

consecuente reducción de puentes disulfuro, iii) un predominio de amino pequeño y no cargado

ácidos en bucles, iv) bucles externos de mayor longitud, v) interacciones hidrofóbicas internas reducidas,

y vi) un aumento de los residuos hidrófobos en las superficies expuestas al disolvente. Además, el área

que rodea el sitio catalítico se sabe que posee más flexibilidad y movilidad, probablemente para facilitar

entrada de sustrato al sitio activo, con el fin de reducir los costos de energía catalítica [15]. Otros estudios

han demostrado que las enzimas psicrófilas poseen mayor número de cavidades que en sus enzimas mesófilas

contrapartes La función de estas cavidades todavía está relacionada con la flexibilidad de la enzima. conservan un

alto número de grupos hidrófilos, que se unen a las moléculas de agua, lo que aumenta la flexibilidad de la enzima

mejorando la solvatación interna [16]. Sin embargo, estas características no son compartidas por todos los fríos.

enzimas adaptadas y pueden estar relacionadas con la enzima completa o solo con el área cercana a la

sitio catalítico [11]. La consecuencia obvia de todas estas modificaciones es que los psicofílicos

Las enzimas poseen baja termoestabilidad y están más sujetas a la degradación y pérdida de actividad.

[11].

Ácidos nucleicos y proteínas de choque frío

Las bajas temperaturas inevitablemente afectan la interacción de las macromoléculas, incluidas las que involucran moléculas

ácidos y proteínas. A baja temperatura una estabilización de las estructuras secundarias de ARN y ADN.

ocurre, causando una eficiencia reducida de la traducción y transcripción del ARNm [17]. Como respuesta,

Las bacterias adaptadas al frío expresan diferentes proteínas que ayudan a desestabilizar el ácido nucleico secundario.

estructuras [18]. Estas proteínas han sido inicialmente etiquetadas como de choque frío (CSP) duranteEscherichia

coliexperimentos de adaptación al frío [19]. Los CSP son una familia bien conservada de proteínas pequeñas selectivamente

Unión de ADN y ARN monocatenario. Tienen una masa molecular baja de 7,4 kDa y consisten en un

dominio de choque frío (CSD) [20], también se ha identificado una gran cantidad de homólogos de CSP en

psicrófilos[21]. Muchas de las CSP observadas en los mesófilos actúan como proteínas de adaptación al frío.

(CAP), mientras que en las bacterias adaptadas al frío, se expresan constitutivamente y no son inducidas por bajas temperaturas.

cambios de temperatura Los CSP juegan un papel importante en la adaptación al frío, ya que realizan una amplia gama

papeles en la célula que regulan numerosas funciones como la transcripción, la traducción y el plegamiento de proteínas
[20,22]. Las ARN helicasas también se sobreexpresan a bajas temperaturas y se sugiere que

también conservan un papel importante en la traducción/transcripción y también en la degradación de los ARN [23].

El plegamiento de proteínas también se ve significativamente afectado a baja temperatura y las cepas psicrófilas expresan

diferentes proteínas chaperonas [24]. Una cuestión específica de plegado es la relativa al plegado decis-

proteínas que contienen prolina y se considera un paso limitante para el crecimiento bacteriano en frío

entornos. Por lo general, las proteínas plegadas tienen enlaces peptídicos de isómeros trans por razones energéticas.

Cuando hay prolina, existe la posibilidad de plegarse correctamente pero con un enlace peptídico cis.

La conversión cis-trans tiene lugar durante el plegamiento de proteínas y se define como propil-

isomerización [25]. Esta reacción tiene lugar a velocidades muy bajas a temperaturas bajas. Para resolver esto

problema, las células poseen enzimas específicas llamadas peptidil-prolil cis/trans isomerasas (PPiasas o

rotamasas), que aceleran la isomerización de prolilo en proteínas [26]. Las PPiasas generalmente se clasifican son

foldasas, pero también se ha informado que las PPiasas multidominio pueden actuar como chaperonas moleculares

[27]. Foldasas y chaperonas también se han clasificado como CSP, ya que su expresión ha sido

Se observa que dependen de la temperatura y, en muchos casos, se expresan constitutivamente en

bacterias psicrófilas [28]. Además, las comparaciones genómicas recientes revelaron que los psicrofílicos

Los genomas contienen un mayor número de genes PPiasa que los mesófilos. Además, como el óptimo

aumenta la temperatura de crecimiento, el número de PPiases disminuye, lo que indica la fuerte conexión

con la adaptación a baja temperatura [29].

Protección contra daños criogénicos y ROS

Un peligro importante para los microorganismos que habitan en ambientes de frío extremo es la formación de

cristales de hielo intracelulares, que pueden causar daños a las estructuras celulares. Los microorganismos pueden hacer frente

con este peligro utilizando diferentes estrategias. Una solución está representada por la producción de anti-

Proteínas de congelación o de unión al hielo (IBP) que evitan el crecimiento de cristales de hielo [30]. Estas proteínas

fueron descubiertos inicialmente en peces antárticos, pero en las últimas décadas se han encontrado en

insectos, plantas, algas, diatomeas, levaduras y bacterias [31]. Actúan a través de un mecanismo conocido como

histéresis térmica, es decir, la disminución del punto de congelación de una solución por debajo del punto de fusión

gracias a la adsorción de las Proteínas Anticongelantes (AFP) en la superficie del cristal de hielo [32]. Estas

las proteínas son extremadamente eficientes en su tarea incluso en bajas concentraciones [30]. Su sitio activo es

definido como Ice Binding Site (IBS) y está diseñado para unir los cristales de hielo [33]. A pesar de

reciente interés industrial por estas enzimas, lo que ha estimulado la investigación sobre este tema en los últimos

años, no existe una clasificación clara de los IBP y su mecanismo de acción no se comprende completamente
todavía [34]. Además, las cepas psicrófilas también poseen proteínas de nucleación de hielo (INP) que monitorean

formación de cristales de hielo y cristalización moderada del hielo a una temperatura cercana a la fusión del agua

punto. Se ha sugerido que pueden prevenir el daño por congelación mediante la formación directa de cristales de hielo.

fuera de las células [35].

Otro mecanismo importante para la protección contra daños criogénicos está representado por la producción

y acumulación de pequeños metabolitos dentro de las células (p. ej., glicina, betaína y, especialmente,

trehalosa) capaz de reducir el punto de congelación citoplasmático [36]. También se ha sugerido que

estos metabolitos tienen un papel en la prevención de la agregación de proteínas inducida por el frío. trehalosa

también se ha informado que protege de los radicales libres y estabiliza la membrana celular [37]. Está

Vale la pena notar que se ha demostrado que las trehalosa sintasas (TS) están reguladas al alza

durante choques fríos en bacterias mesófilas [37]. La producción de exopolisacáridos también ha sido

se informó que es un método eficaz para protegerse de los daños causados por el hielo [38,39]. Los EPS son complejos y

grandes polímeros, compuestos por diferentes monosacáridos y pueden contener lineales ramificados repetitivos

unidades, y puede ser decorado por sulfato, fosfato, ácidos orgánicos, y, como se ha demostrado recientemente, por

aminoácidos [40]. Estas moléculas también reducen el punto de congelación y la temperatura de nucleación del hielo de

proteínas anticongelantes que imitan el agua [41]. Además, se sabe que tienen un papel en el biofilm.

formación y crecimiento, favoreciendo la adhesión celular [42]. Estos diferentes mecanismos de adaptación son

muy diferentes, y un estudio reciente realizado por Koo y colaboradores sugirió que
Los microorganismos pueden elegir y modular una herramienta crioprotectora específica de acuerdo con la

entorno circundante [43].

Las bacterias adaptadas al frío también están más expuestas al peligro de las especies reactivas de oxígeno (ROS). Este

se debe a que a bajas temperaturas aumenta la solubilidad de los gases, provocando el aumento de ROS,

moléculas inestables que pueden causar daños oxidativos graves a las proteínas, el ADN y otras células

compartimentos Para hacer frente a este desafío adicional, se informa que los psicrófilos producen varios

catalasas y superóxido dismutasas, enzimas con una potente actividad antioxidante [44].
Alternativamente, también pueden regular a la baja vías completas que pueden generar ROS [45].

2. Características generales delpseudoalteromonasgénero

2.1. Características históricas del género.

bacterias pertenecientes al géneropseudoalteromonasestán entre los más exitosos

microorganismos que colonizan el agua de mar. Tales representantes de gamma-proteobacteria son

caracterizado por un estilo de vida estrictamente aeróbico, con células polarmente flageladas, que a menudo muestran una fuerte

tropismo hacia las fuentes de oxígeno. Además, las cepas existentes afiliadas a este género son a menudo

bacterias de crecimiento bastante rápido, capaces de convertir eficientemente la materia orgánica dispersa en crecimiento

sustratos Esta capacidad impresionante se basa en una heterogeneidad bastante notable de metabolismo

habilidades, lo que lleva a esta especie a colonizar con éxito incluso los hábitats marinos más hostiles, como

como ambientes ultra fríos y de alta presión como los mares polares o las aguas oceánicas profundas [46].

La historia del género se remonta a 1972 cuando Baumann y colaboradores describieron por primera vez cuatro especies de

bacterias gramnegativas, aeróbicas y no pigmentadas, a las que denominaronAlteromonas[47].

Curiosamente, en los años siguientes, algunas otras bacterias marinas Gram-negativas se afiliaron a

el géneroAlteromonas, cuando se caracterizaron por heterotrofia, metabolismo aeróbico, la

presencia de un solo flagelo polar pero un contenido de GC bastante más bajo que el que se suele registrar

entre losPseudomonascepas [48].

Los resultados de las iniciativas de aislamiento microbiano marino y la implementación de molecular

técnicas (basadas en la determinación de secuencias de genes codificantes de ARN estables y

análisis filogenéticos) impactó profundamente en la percepción de la filogenia de Alteromonadales. Por cierto,

en 1995 Gauthier y colaboradores[48] destacaron la necesidad de introducir un género novedoso que

llamópseudoalteromonas(del griegoseudo,que significa “falso o similar”), que debería más

contienen precisamente 12 especies, previamente afiliadas al géneroAlteromonas.

Casi diez años después, Ivanova y sus compañeros de trabajo[49] estaban listos para reasignar las relaciones

entreAlteromonas-como las proteobacterias, que describen más de 30pseudoalteromonasespecies,

esencialmente cayendo en dos grupos, cepas pigmentadas y no pigmentadas.

2.2. Datos -ómicos disponibles para el género

La biología de sistemas ha adquirido un papel central en la descripción y explotación de bacterias

representantes. A través de la formalización de modelos biológicos en un lenguaje matemático se

Es posible realizar simulaciones y predicciones asistidas por computadora en prácticamente todos los aspectos de la microbiota.

vida, de la quimiotaxis a la regulación, de la señalización al metabolismo. En cuanto al metabolismo, por

ejemplo, existe una gran variedad de posibles técnicas para representar computacionalmente y
simulando el paisaje fenotípico de una célula. Entre todos los enfoques posibles, la restricción

El modelado metabólico basado (CBMM) está ganando mucho interés en varias comunidades de investigación como

como entre los biólogos sintéticos o los ecólogos microbianos y es la técnica que ha sido recientemente

utilizado para modelar el metabolismo delpseudoalteromonasrepresentanteP. haloplanktisTAC125

(ver abajo y [50]). Brevemente, CBMM es una técnica de simulación que hace uso de biológicamente

restricciones plausibles para limitar el espacio de soluciones disponibles de un sistema de ecuaciones que incrusta

(la mayoría de) las reacciones metabólicas que ocurren dentro de una célula [51]. Una reconstrucción a escala del genoma puede

ser derivado del genoma del microbio de interés y luego puede ser utilizado, por medio de

CBMM, para calcular el balance resultante de todas las reacciones químicas predichas para estar activas en el

célula, dada alguna condición nutricional simulada (es decir, el conjunto de nutrientes disponibles para la célula). En

A su vez, este enfoque promete ayudar a cerrar la brecha entre el conocimiento del metabolismo

estructura de la red y los procesos metabólicos observados, en otras palabras, entre celular

genotipo y fenotipo. CMBB puede revelar una herramienta muy útil y precisa para la identificación de

genes esenciales [52], la identificación de estrategias de intervención de ingeniería metabólica [53] y

el modelado de comunidades microbianas enteras y/o asociaciones biológicas [54].

Otro aspecto importante de la biología de sistemas también está representado por datos ómicos que incluyen (pero no

limitado a) genómica, transcriptómica, proteómica, fenómica. Estas fuentes de datos se pueden analizar

por sí solos o, más interesante, combinados (también por medio de CBMM) para proporcionar un

imagen de la vida/adaptación microbiana. En los siguientes párrafos ilustraremos la influencia de estos

dos enfoques (CBMM y -omics) sobre el estudio depseudoalteromonas.

Número de genomas secuenciados

Podría decirse que el campo que ha experimentado la expansión más rápida en las últimas décadas es el de la genómica.

El número de genomas secuenciados se ha disparado desde la introducción de Next Generation

Secuenciación (NGS) ypseudoalteromonasno es una excepción (Figura 1A). A partir de la primera

secuencia del genoma (completo) deP. haloplanktisTAC125 en 2005 [55], el número de disponibles

pseudoalteromonasgenomas (en diferentes etapas de acabado) ha ido aumentando a lo largo de los años y

se acerca actualmente a 200. No es sorprendente que la mayoría de las secuencias genómicas disponibles estén en un

etapa de borrador (ya sea contigs o scaffolds) y una minoría tiene una secuencia completamente caracterizada

(Figura 1B). Su distribución en términos de especies representadas y completitud es muy desigual.

Entre las especies reconocidas, la marinaP. luteoviolace are presentó las especies que incrustan el

mayor número de representantes cuyo genoma ha sido secuenciado, seguido porP. lipolítica
yP. piscicidacon 8 y 6, respectivamente (Figura 1C). Sin embargo, el mayor número de genomas

pertenecen a no clasificadospseudoalteromonasespecies (pseudoalteromonassp., 99 proyectos de genoma),

destacando una falta de afiliación taxonómica clara para la mayoría de los recursos genómicos disponibles para

Fecha para el género. El amplio interés científico depseudoalteromonasgénero se refleja en el

naturaleza heterogénea de la mayor parte del proyecto de secuenciación que involucra tales organismos.

Dada la relevancia biotecnológica depseudoalteromonasrepresentantes, la elucidación de

sus rutas biosintéticas de metabolitos secundarios es probablemente el objetivo que guía la mayoría de los

proyectos de secuenciación publicados hasta el momento. Ejemplos de tales proyectos incluyen la determinación de la

proyecto de secuencia del genoma de violaceína productorapseudoalteromonassp. 520P1 o el de la

productor de cicloprodigiosinaPseudoalteromonas rubraATCC 29570T [56,57] . compuestos bioactivos

La biosíntesis no es la única lógica que impulsa la secuenciación del genoma depseudoalteromonas

representantes. Este es el caso, por ejemplo, de Peng et al. [58] que utilizó la secuenciación del genoma para

dilucidar el potencial fisiológico y los mecanismos moleculares de la inducción del asentamiento porPAGS.

puerto pequeñoECSMB14103. Ecología evolutiva e interacciones microbianas donde en lugar de la

campos de investigación que impulsaron la determinación de la secuencia completa del genoma del

degradación de hidrocarburospseudoalteromonassp. NJ289 [59] y que permitió la identificación,

entre los ORF predichos, de enzimas metabólicas potencialmente importantes y relacionados con la adaptación al frío

factores

Otro–ómicasdatos

Si los estudios genómicos abarcan un amplio rango taxonómico dentro delpseudoalteromonasgénero, el

Lo mismo no se aplica a otras disciplinas –ómicas. Hasta ahora, los estudios -ómicos se han centrado en un

conjunto restringido depseudoalteromonasmiembros, con la cepa modeloP. haloplanktissiendo TAC125

los más representados (Cuadro 1). Se han investigado varios fenotipos usando -ómicas
y estos incluyen mecanismos de adaptación al frío, detección de metabolitos secundarios y

características metabólicas en general. Un tercio de los conjuntos de datos ómicos disponibles se refiere a experimentos

dirigido a comprender la base molecular de la adaptación al frío enP. haloplanktisTAC125.El

proteoma depseudoalteromonasrepresentante ha sido ampliamente caracterizado y dos

los trabajos discuten la función de las proteínas sobreexpresadas después de un choque frío. En particular, Piette

y otros[60] identificó el papel clave del Trigger Factor (TF, el ribosoma mejor caracterizado)

chaperona asociada) después de un choque de frío enP. haloplanktisTAC125, lo que sugiere que uno

de los pasos limitantes de la velocidad para la vida a bajas temperaturas reside en el plegamiento de proteínas. Como prosperando a bajo
temperatura podría afectar la vida microbiana en muchos niveles celulares, recientemente investigamos la

fenotipos metabólicos de dospseudoalteromonasrepresentantes (P. haloplanktisTAC125 y

pseudoalteromonassp. TB41) cultivadas a diferentes temperaturas (4 y 15 °C). Al integrar

genómica con fenómica (es decir, Phenotype Microarray) primero confirmamos el bajo metabolismo

capacidad (es decir, baja eficiencia en la prosperidad) en carbohidratos por estos dospseudoalteromonas

representantes. Además, otras características metabólicas importantes para la adaptación al frío fueron

identificado sobre la base del aumento (o disminución) de la actividad metabólica en la matriz de probado

sustratos Estos incluyeron, por ejemplo, una mayor absorción de varios aminoácidos, como L-

Serina, L-treonina, L-valina y glicina, que se sabe que aumentan la conformación de proteínas

flexibilidad[1][61].

2.3. Evolución del género, lapseudoalteromonaspangenoma

La notable heterogeneidad fenotípica y genómica de los actualespseudoalteromonas

representantes plantea la cuestión de cómo evolucionaron en el tiempo. En otras palabras, que han sido

las trayectorias evolutivas seguidas por las cepas de este peculiar género bacteriano?

Para responder a esta pregunta, Bosi et al. [62] calculó recientemente el pangenoma (es decir, el conjunto de genes

compartida por todo un conjunto de organismos) del género, analizando las secuencias del genoma de 38 de sus

representantes (el mayorpseudoalteromonaspangenoma analizado para entonces). Resultados obtenidos

reveló que elpseudoalteromonasgénero incorpora una notable diversidad genómica, con una gran

proporción de genes únicos (es decir, genes que son exclusivos de cepas únicas y específicas).

En particular,pseudoalteromonasposee un llamado pangenoma "abierto", es decir, el género aparece

ser particularmente propenso a una expansión y diversificación desenfrenada del genoma por la adquisición de

material genético novedoso. Al analizar los mecanismos evolutivos (por ejemplo, herencia vertical,

transferencia horizontal de genes (HGT), duplicación de genes, etc.) responsable de esta notable genómica

diversidad, se encontró que la evolución depseudoalteromonascepas se ha visto fuertemente afectada

por adquisiciones recientes de una gran cantidad de genes, muy probablemente por medio de HGT. Esto fue más

apoyado por los análisis funcionales de lospseudoalteromonasgenomas, que revelaron la

existencia de una gran fracción de genes relacionados con Elementos Genéticos Móviles (MGE), la mayoría de los cuales

tienen un origen plásmido.

Finalmente, el análisis preciso de tantospseudoalteromonasgenomas, permitió elaborar un censo

de un conjunto de interesantes funcionalidades celulares, entre ellas la biosíntesis de metabolitos secundarios

con actividad antimicrobiana y el conjunto de proteínas de adaptación al frío (CAPs) que posee cada cepa.

En cuanto a la actividad antimicrobiana, por ejemplo, este análisis reveló la presencia de grupos de genes

posiblemente responsable de la biosíntesis de ferrinas, bacteriocinas, policétidos, lantipéptidos y

otros péptidos no ribosómicos. Siguiendo la supuesta trayectoria evolutiva de un PKS específico

grupo de genes compartido por todos lospseudoalteromonascepas analizadas a través del estado genético ancestral

reconstrucción sugirió que, incluso en el caso de la producción de metabolitos secundarios, HGT jugó

un papel clave como (al menos algunos de) los grupos involucrados en tales circuitos biosintéticos donde

construido a través de la incorporación de la adquisición horizontal de tramos de ADN en una cepa-

moda específica.

Separación taxonómica

Dada su relevancia ecológica y biotecnológica, es importante obtener una taxonomía robusta

clasificación de los microbios pertenecientes al mismo género, especialmente cuando se centra en la elección

de los cuales otros organismos nuevos deben introducirse en una secuenciación de próxima generación (NGS)

canalización, para evitar el sobremuestreo de un espacio taxonómico estrecho (el campo ''dónde agregar taxones''

problema) [63,64]. Motivados por este objetivo, recientemente reconstruimos una filogenia a escala genómica de

la totalidadpseudoalteromonasgénero, lo que representa los mismos 38 genomas descritos en el

párrafo anterior. Los resultados de este trabajo (que se aprovechó de Average Nucleotide Identiy

y cálculo de frecuencias de tetrámero) reveló una notable incoherencia entre genoma-

anotación taxonómica basada en escalas y afiliaciones actuales de los miembros del género[65].

Por ejemplo, se encontró que un grupo de trespseudoalteromonasrepresentantes asignados a

tres especies diferentes (P. flavipulchraJG1,pseudoalteromonassp. NJ631, yP. piscicidaJCM

20779) probablemente pertenezcan a la misma especie según el conjunto de tres métodos independientes

explotado. Además, un gran grupo filogenéticamente consistente que incorpora todas las cepas del

P. haloplanktisSe encontró que la especie estaba poblada por otras cepas actualmente asignadas a otros

especies (es decirp marina,P. ártica,P. undina, y muchas otras cepas que carecen de una especie asignada).

Sin embargo, dado que i) la mayoría de las cepas incluidas en los grupos compartían el mismo aislamiento

hábitat (Antártida), ii)P. haloplanktislos representantes están dispersos a lo largo de este grupo y iii)

el grado de similitud genómica calculado, la inclusión de todos los taxones de este clado en elPAGS.

haloplanctisfue sugerido. La conclusión que se puede extraer de estos resultados es que una profunda re-

evaluación de la afiliación taxonómica correcta de lospseudoalteromonascepas es actualmente

necesarios para inferir adecuadamente su separación taxonómica y para muestrear representativamente las cepas

para ser analizado (por ejemplo, por medio de NGS) en el esfuerzo por obtener una imagen completa de todo el

diversidad de géneros.

2.4. La relevancia biotecnológica del género

Ahora es bien reconocido el gran potencial depseudoalteromonasespecies en todo el mundo tan prolíficas

productores de una amplia gama de metabolitos extracelulares con diferentes actividades biológicas (como

sustancias poliméricas extracelulares, antibióticos, agentes antitumorales y toxinas/antitoxinas)[66–68].

lospseudoalteromonasel género se puede dividir fácilmente en especies pigmentadas y no pigmentadas

clados, con pigmentación que se correlaciona con su propensión a la formación de productos naturales [69].

Se han desarrollado actividades antimicrobianas, antiincrustantes, algicidas y varias farmacéuticamente relevantes.

reportados para compuestos de bajo y alto peso molecular (incluyendo proteínas tóxicas, polianiónicos)

exopolímeros, alcaloides que contienen fenólicos y pirolos sustituidos, péptidos cíclicos y bromo

moléculas sustituidas) producidas porpseudoalteromonasespecies pigmentadas [69]. Por el contrario, no-

especies pigmentadas depseudoalteromonastienden a poseer actividades enzimáticas inusuales y diversas

(por ejemplo, carragenasas, quitinasas, alginasa), generalmente rangos de tolerancia ambiental más amplios

(temperatura, actividad del agua y pH) y una versatilidad nutricional sustancialmente mayor en comparación con

las especies pigmentadas [70].

Se ha dedicado una atención creciente a las bacterias extremófilas a medida que adoptan

vías metabólicas y mecanismos de protección para hacer frente a condiciones ambientales extremas,

representando así un modelo para estudiar la estabilidad y los posibles roles de sus biomoléculas. En

De hecho, tales adaptaciones podrían basarse en la síntesis de productos naturales aún no revelados, y

también aprovechar nuevas fuentes microbianas inexploradas de productos naturales y los genes responsables de

su biosíntesis[71,72]. Se espera que los microorganismos extremos sean un tesoro de lípidos,

enzimas y biopolímeros con propiedades únicas para adaptarse a condiciones extremas. los

el aislamiento de nuevas biomoléculas de fuentes tan extremas representa un objetivo principal

junto con estudios sobre la relación compuestos-sistemas biológicos [73,74]. los

relevancia biotecnológica de la adaptación al fríopseudoalteromonasLa especie se discute en el

siguientes apartados (Cuadros 2 y 3).

Sustancias poliméricas extracelulares

Entre las moléculas explotables de origen microbiano, las sustancias poliméricas extracelulares (EPS)

representan una alternativa potencial a los polímeros químicos convencionales gracias a su

biodegradabilidad, alta eficiencia, características no tóxicas y producción de contaminación no secundaria [75].

Podrían existir en varias formas que pueden adherirse de manera diferente a las células bacterianas, o alternativamente

ocurrió como materia disuelta. La composición química de los biopolímeros bacterianos está fuertemente

influenciado por una serie de parámetros externos (p. ej., pH, temperatura, fuente de carbono, salinidad,

disponibilidad de nutrientes). Los roles que desempeñan los EPS se correlacionan principalmente con la agregación de células bacterianas,

floculación y formación de biopelículas, adhesión y reconocimiento celular, barrera protectora y agua

retención para evitar la desecación [76].

La mayoría de las bacterias extremófilas marinas analizadas hasta la fecha para la producción de polímeros extracelulares

se han aislado de matrices abióticas (p. ej., agua de mar, hielo marino y sedimentos) [77–79]. Poli et al.

[75] y Casillo et al. [80] revisado exhaustivamente sobre la producción de polímeros extracelulares

(EPS) por bacterias marinas y extremófilas marinas, incluyendopseudoalteromonas

especies. Tanto la composición química como el peso molecular destacaron que los EPS eran muy diversos,

incluso entre parientes cercanospseudoalteromonasaislamientos. La mayoría de los EPS contienen ácido urónico cargado

residuos ácidos, mientras que varios también presentan grupos sulfato.

Los ciclos de congelación y descongelación son bastante frecuentes en las regiones polares frías, con microorganismos adaptados al frío.

que están sujetos a un estado de congelación dentro de sus hábitats. Para evitar el daño de las células vivas y

la atenuación de la viabilidad celular, se espera que tales organismos hayan evolucionado la adaptación

estrategias para sobrevivir y hacer frente a los repetidos procesos de congelación y descongelación. La crioprotección

A menudo se ha informado sobre el papel que desempeñan los polisacáridos bacterianos en ambientes fríos.

pseudoalteromonasLa cepa SM20310 del hielo marino del Ártico se seleccionó entre 110 aislamientos, ya que

produjo un manano EPS con un impacto en la crioprotección de microorganismos [79]. Un significante

mejora de la relación de supervivencia congelación-descongelación tanto de la propia cepa comoE. colilas células era

observado. Además, el mismo EPS mejoró la tolerancia a la alta salinidad de SM20310, por lo que probablemente

mejorando la adaptación de la tensión al ambiente de hielo marino altamente salino, especialmente en invierno [79].

También se observó un papel de crioprotección para los EPS purificados a partir dePseudoalteromonas arctica

KOPRI 21653 de sedimentos antárticos marinos,Pseudoalteromonas elyakoviiArcpo 15 de la

Mar de Chukchi en el Océano Ártico [81] ypseudoalteromonassp. MER144 de la Antártida

agua de mar[68]. Las características bioquímicas de estos exopolisacáridos fueron diferentes. el glucosilo

composición de laP. árticapolímero reveló sólo azúcares neutros, mientras que el de ambosPAGS.
elyakoviiypseudoalteromonassp. MER144 indicó también ácidos urónicos. Tanto neutro como ácido.

Se ha descubierto que el EPS muestra crioprotección para las células de microorganismos. EPS producidos por la

antárticopseudoalteromonasspp.CAM025 y CAM036 (aislado de partículas recolectadas en

hielo marino derretido y partículas capturadas por una red de plancton remolcada a través del Océano Antártico,

respectivamente) también estaban compuestas principalmente de azúcares neutros y ácidos urónicos con sulfatos y

azúcares amino[82], haciéndolos polianiónicos. Las cargas negativas conferidas por los sulfatos y

Los grupos carboxílicos son responsables de la calidad “pegajosa” de los EPS en el medio marino.

Tal calidad tiene implicaciones ecológicas ya que está involucrada en la unión de cationes (incluyendo disueltos

metales) por los EPS, ya que al pH del agua de mar (pH 8.0) muchos de los grupos ácidos presentes en estos

los polímeros están ionizados [76]. Se informó una producción creciente de EPS parapseudoalteromonas

sp. MER 144 en presencia de metales pesados, lo que sugiere que esto podría representar una adaptación

mecanismo a las condiciones estresadas probadas [83]. El EPS producido por el psicotolerante

pseudoalteromonasSM9913 de sedimentos de aguas profundas (a 1855 m de profundidad) también poseía un

capacidad de biosorción hacia metales (por ejemplo, Fe, Zn, Cu y Co), fue un buen agente floculante, y

podría conglomerar partículas coloidales y suspendidas, que pueden ser características importantes para el

supervivencia de SM9913 en el ambiente sedimentario extremo [84].

Los EPS de bacterias marinas también juegan un papel clave en la adhesión a las superficies, impulsando la formación

de nieve marina, microgeles marinos y biopelículas. Tal fenómeno puede verse afectado por el azúcar.

composición del EPS, junto con proteínas secretadas, que están directamente involucradas en

Interacciones hidrofóbicas. Recientemente, también se encontró que las EPS depseudoalteromonassp.

SM9913 [84] desempeñó un papel en la unión de las células SM9913 a las partículas de arcilla [85], que puede ser

un estilo de vida importante para adaptarse al hábitat de sedimentos llenos de partículas de arcilla. Curiosamente, las EPS

secretada por SM9913 mostró una función estabilizadora sobre las proteasas secretadas por la misma cepa

y prevenir eficazmente MCP-01in vitroautólisis, lo que sugiere que esta adaptación metabólica podría

ocurrir también bajoen el lugarcondiciones [84] (Qin et al., 2007).

antimicrobianos

Los metabolitos antimicrobianos producidos porpseudoalteromonascepas (pertenecientes a por lo menos 16

diferentes especies) se pueden categorizar como alcaloides, policétidos y péptidos [86]. El metabolito-

la capacidad de producción generalmente se ha asociado con la pigmentación, con potencial bioactivo

producción de metabolitos que también se ha observado en no pigmentadospseudoalteromonasaislamientos,

aunque sea con menor frecuencia.

Hasta donde sabemos, la actividad antimicrobiana parapseudoalteromonasde extremo
ambientes se ha informado sólo para aislamientos de origen antártico, incluso si el bioactivo

compuesto(s) permanecieron a menudo sin identificar. La capacidad inhibitoria de bacterias aisladas de la Antártida

esponjas [67,87,88] y agua [89], y entre estas bacterias, el género

pseudoalteromonasocurrió. Papaleo et al. [90] realizó un estudio sobre cepas antárticas, incluyendo

pseudoalteromonas,aislados, que tienen actividad inhibidora (es decir, actividad bactericida) contra los miembros

delBurkholderia cepaciacomplejo (Bcc), que son particularmente recalcitrantes a los tradicionales

tratamientos antibióticos. Otras ideas destacaron que la actividad inhibitoria muy probablemente dependía de

la producción de Compuestos Orgánicos Volátiles microbianos (mVOCs) y que su síntesis fue

constitutivo, ya que no fue inducido por la presencia de cepas diana [91]. Un enfoque metabolómico

aplicado a la esponja asociadapseudoalteromonascepa TB41 [67,92] permitió la detección de

al menos 30 compuestos, algunos de los cuales contenían azufre y presumiblemente responsables de

la inhibición del crecimiento de las cepas Bcc [91]. La composición cualitativa y cuantitativa de mVOCs

podría depender de factores externos (como temperatura, disponibilidad de oxígeno, pH, carbono

disponibilidad de fuentes) que afectan el crecimiento microbiano [82]. A pesar de que se ha demostrado

que las cepas antárticas pertenecientes a los génerospseudoaltermonas,shewanella, ypsicobacter

comparten al menos algunos mVOC, aún no está completamente claro si las cepas antárticas pertenecientes a

el mismo género/especie expresó un patrón similar de compuestos orgánicos volátiles y difusibles

con actividad antimicrobiana.

Enzimas

Las enzimas de microorganismos marinos extremos, como catalizadores biológicos, podrían aplicarse en varios

campos industriales, que van desde la producción de biocombustibles y el procesamiento de alimentos (por ejemplo, panadería, queso

fabricación y fermentación de cerveza) hasta la aplicación en detergentes biológicos y papel

industria, biodegradación de compuestos xenobióticos en climas fríos y biología molecular [93].

Las características de las enzimas activas en frío las hacen especialmente interesantes como biocatalizadores industriales

a bajas temperaturas, permitiendo una disminución del consumo energético y evitando indeseables

reacciones químicas secundarias que pueden ocurrir a temperaturas más altas.pseudoalteromonaslas cepas tienen

Se ha demostrado que produce una serie de enzimas adaptadas al frío (enumeradas en la Tabla 2). Por ejemplo,

entre las enzimas hidrolíticas, las -galactosidasas (o lactasas) hidrolizan la lactosa en galactosa y

glucosa, encontrando aplicación en la industria alimentaria para la producción de alimentos sin lactosa. Frío-

-galactosidasas activas permitirían la degradación de la lactosa en la leche y otros productos lácteos durante
refrigeración y producción de edulcorantes, simplificando y reduciendo el costo de fabricación

productos sin lactosa [94]. En algunos casos, su uso para la hidrólisis de lactosa en refrigeración

condiciones en la industria alimentaria se ha demostrado experimentalmente [95]. -amilasas al azar

escindir enlaces -1,4-glucosídicos en moléculas de almidón para generar polímeros más pequeños que consisten en

unidades de glucosa, encontrando así aplicaciones en una serie de campos industriales, que van desde alimentos hasta

industrias farmacéuticas. -amilasas adaptadas al frío y tolerantes a la sal, como las producidas por

pseudoalteromonassp. M175 [96], son particularmente interesantes para la aplicación en el detergente

industria textil, ya que muchas manchas tienen una alta concentración de sal que requiere enzimas tolerantes a la sal para

eliminarlos por completo. Las -glucosidasas adaptadas al frío podrían usarse en alimentos de origen vegetal para la

conversión de glucósidos de fitoestrógenos en frutas y verduras a fracciones de aglicona, aroma

mejora, y la eliminación de compuestos amargos de jugos de frutas cítricas o aceitunas verdes.

Las enzimas lipolíticas se encuentran entre las enzimas más relevantes con una amplia versatilidad en la industria.

aplicaciones, especialmente en el campo cosmético y alimentario. Las enzimas lipolíticas adaptadas al frío son

comúnmente utilizados como aditivos en detergentes, principalmente en lavandería doméstica e industrial y en

lavavajillas domésticos, así como para el desarrollo de sabores debido a su alta especificidad

actividad y características únicas [92]. -glucosidasas catalizan la hidrólisis del -glucosídico (-1,4)

enlace desde el extremo no reductor de oligosacáridos, alquil- y aril-glucósidos.

Finalmente, las ADN ligasas catalizan la formación de enlaces fosfodiéster en el ADN de doble cadena.

moléculas. Una nueva ligasa de ADN, que muestra actividad a temperaturas tan bajas como 4 °C, de

Pseudoalteromonas haloplanktisTAE72 fue clonado, sobreexpresado y caracterizado por Georlette

et al. [97]. Como las ligasas de ADN disponibles comercialmente tienen una actividad relativamente pobre a temperaturas

por debajo de 15 °C y requieren largos tiempos de incubación, la explotación de ligasas de ADN de adaptados al frío

las bacterias pueden representar una ventaja en las aplicaciones de biología molecular.

3.pseudoalteromonasy ambientes extremos

3.1. Sitios de aislamiento

el géneropseudoalteromonascontiene especies que derivan exclusivamente de ambientes marinos

en todo el mundo y, curiosamente, varios de ellos se han encontrado con frecuencia en asociación

con huéspedes eucariotas, principalmente invertebrados (como mejillones, tunicados y esponjas) y algas,

brindando la oportunidad de dilucidar los mecanismos importantes en las interacciones microbio-huésped [66].

Con respecto a los ambientes fríos,pseudoalteromonasespecies han sido aisladas de una variedad
de hábitats marinos extremadamente fríos, incluyendo agua de mar [89,98], sedimentos [84], hielo marino [38,79,99]

y organismos bénticos [70,87,100].

Entornos de aguas profundas

pseudoalteromonasLas cepas pueden desempeñar un papel importante en el ecosistema de sedimentos de aguas profundas, ya que

se han vuelto a encontrar con frecuencia en el análisis de la diversidad bacteriana sedimentaria de aguas profundas

[84]. El fondo marino profundo, que en su mayor parte está cubierto de sedimentos de grano fino, constituye casi

60% de la superficie de la Tierra y se encuentra en las profundidades del agua donde la intensidad de la luz es demasiado baja para sostener

producción fotosintética, la temperatura es tan baja como 1 °C a 4 °C, y la presión es de hasta

1.100 bares [101]. Tales características extremas llevaron a una serie de bacterias a adoptar una adaptación especial.

estrategias para hacer frente al entorno de aguas profundas. Los sedimentos de aguas profundas son un gran

geosfera y biosfera dinámicas con la disponibilidad de materia orgánica que controla el bentos

productividad y biomasa [102].

Áreas polares

La temperatura del agua de mar antártica es térmicamente estable y oscila anualmente entre +0,3 y –1,86 °C

(aproximadamente el punto de congelación del agua de mar), mientras que en el Ártico, el agua de mar superficial promedio

las temperaturas están entre <0 y +10 °C. En particular, el hielo marino polar representa un frío peculiar

hábitat con hielo marino del invierno ártico (con temperaturas que oscilan entre –2 y –35 °C) que es

considerado como el hábitat marino más frío de la Tierra. La matriz de hielo marino contiene un

red de canales y poros de salmuera de alta salinidad (hasta 200‰) que se forman durante la cristalización del hielo,

mientras que el hielo en sí está casi libre de sal. La salmuera proporciona una interfaz de fase líquida a temperaturas bajo cero

temperaturas El hielo marino es un entorno activo caracterizado por la fluctuación estacional de la salinidad,

temperatura, gradiente de luz y disponibilidad de nutrientes. La salinidad del hielo marino, junto con

ciclos continuos de congelación y descongelación que caracterizan el entorno del hielo marino del Ártico y la Antártida,

afecta fuertemente sus propiedades físicas y ecológicas, dañando las células vivas y reduciendo la

viabilidad. De hecho, los organismos atrapados en el hielo tienen que sufrir una salinidad tres veces superior a la del agua de mar.

[79]. Esto condujo a estrategias de adaptación peculiares adoptadas por los microorganismos que viven en la salmuera.

bolsillos para hacer frente a un entorno tan extremo.

3.2. Mecanismos de adaptación conocidos del género

La ocurrencia depseudoalteromonasespecies en una variedad de hábitats y su distribución mundial

depende estrictamente de la adopción de diversas y eficientes estrategias de adaptación y supervivencia,

los cuales son de gran interés tanto para la investigación básica como aplicada.pseudoalteromonassp. SM9913

representa una tensión modelo para estudiar el mecanismo de cómopseudoalteromonassobrevive en el frio

ambientes de aguas profundas [102]. Muchos tipos de bacterias psicotolerantes de aguas profundas viven en el abisal

comunidad ecológica. La supervivencia en estas condiciones requiere un conjunto complejo de características morfológicas,

Adaptaciones fisiológicas y metabólicas. El genoma de la cepa SM9913 contiene grupos de genes

relacionado con la biosíntesis de flagelos polares y laterales, lo que permite que esta bacteria nade en el agua de mar

y enjambre en la superficie de partículas de sedimentos. Esta capacidad favorece la adquisición de nutrientes de

materia orgánica particulada y refleja el estilo de vida alternativo asociado a partículas de SM9913 en

el mar profundo Además, una serie de genes de transducción de señales y una producción de glucógeno

El operón también estuvo presente en el genoma SM9913, lo que ayudó a SM9913 a responder rápidamente a los alimentos.

legumbres y almacenar carbono y energía en un entorno de aguas profundas.

4. El organismo modelo:Pseudoalteromonas haloplanktisTAC125

4.1. Características generales e históricas dePseudoalteromonas haloplanktis

especies

entre lospseudoalteromonasgénero,P. haloplanktises, con mucho, la especie más frecuente

recuperados del agua marina y del hielo marino. Los aislamientos de esta especie se describieron originalmente

comoAlteromonas marinopraesens[47],pero muy pronto se cambió el nombre oficial enUNA.

haloplanctis[103].El advenimiento de herramientas y técnicas moleculares para la filogenética.

reasignación permitió la clasificación correcta de muchos aislamientos marinos en laP. haloplanktis

especies. Curiosamente,P. haloplanktisLas cepas a menudo se aíslan de las aguas frías de todo el mundo.

mundo esencialmente debido a la versatilidad de la especie en el uso de diversos sustratos de crecimiento,

apoyando su crecimiento bastante rápido incluso en configuraciones de laboratorio.

4.2. Características generales de la cepa.

En los últimos veinte años, la variedad marina antárticaP. haloplanktisTAC125 [55] se convirtió en uno de

las cepas modelo preferidas para estudiar las adaptaciones estructurales y funcionales de la vida bacteriana al frío
y al medio marino en general. La cepa fue aislada en 1992 de un agua de mar superficial
muestra recolectada cerca de la base antártica francesa Dumont d'Urville (Terre Adélie) por Georges

Feller y Charles Gerday en el marco de una expedición antártica conjunta franco-belga [104]. Como

Muchos otrospseudoalteromonasaislamientos, la caracterización preliminar de los rendimientos de crecimiento

en función de la temperatura definidaP. haloplanktisTAC125 una cepa psicrotrófica, como en

medio de cultivo basado en peptona/extracto de levadura mostró un tiempo de duplicación más corto en el rango de 20-25

ºC [104]. Hoy en día, sin embargo, la distinción entre verdaderos psicrófilos (microorganismos capaces de

crecen de forma óptima a una temperatura inferior a 15 °C) y psicrótrofos (microorganismos capaces de crecer

óptimamente a una temperatura superior a 15 °C) está en gran medida obsoleta. Como ejemplo, recientemente

informó el desarrollo de un medio sintético (el medio GG)[105] en el quePAGS.

haloplanctisTAC125 alcanza tasas de crecimiento específicas bastante impresionantes incluso a temperaturas bajo cero:

cuando se cultiva en medio GG a -2,5 °C, la bacteria todavía es capaz de duplicar aproximadamente cada

23 horas, solo unas diez veces mayor que el tiempo de duplicación cuando se cultiva a 15 °C (ver Tabla 4).

Estos resultados de crecimiento sitúanP. haloplanktisTAC125 entre los marinos de más rápido crecimiento

bacterias a temperaturas bajo cero caracterizadas hasta ahora, lo que respalda en gran medida su adaptación "genuina"

al estilo de vida helado [105].

La observación queP. haloplanktisTAC125 alberga un pequeño plásmido críptico (pMtBL, 4 kbp de largo),

y su caracterización molecular [106], abrió el camino para implementar una expresión génica

tecnología destinada a producir proteínas recombinantes en esta bacteria (ver más abajo)[107]. los

uso potencial deP. haloplanktisTAC125 como fábrica de células no convencionales para la producción de

proteínas difíciles de expresar [108,109] fue una de las razones por las que el genoma de esta cepa fue

seleccionado para ser completamente secuenciado y cuidadosamente anotado [55].

4.3. el genoma deP. haloplanktisTAC125

Curiosamente,P. haloplanktisfue la primera bacteria marina para la que se desarrolló una matriz genómica compleja.

fue descrito [55,110]. De hecho, la estructura del genoma de la cepa tipo (catálogo ATCC no.

14393), se analizó por hidrólisis de restricción seguida de electroforesis en gel de campo pulsado. Eso

resultó que el genoma bacteriano está compuesto por dos replicones, el mayor de unos 2,7 Mbp

y la menor de unos 0,8 Mbp. En ese momento, buscando una función de los dos replicones, el

autores explotaron la hibridación 16S rDNA, demostrando que la molécula genética más pequeña

carecía de cualquier gen que codificara ARN ribosómico más pequeños. De todos modos, correctamente no podían excluir

que otros genes esenciales aún no definidos pueden ser transportados por los replicones más pequeños, lo que lo convierte en un verdadero
cromosoma [55,110]. Casi diez años después, el acabado y análisis de la secuencia del genoma

deP. haloplanktisTAC125 finalmente ayudó a aclarar varias características biológicas relacionadas con este específico

configuración genética.

Un consorcio interdisciplinar de equipos de investigación europeos estuvo a cargo del genoma

secuenciación y anotación manual de losP. haloplanktisGenoma TAC125[55]. resultó ser

ser de 3,85 Mbp, distribuidos en dos cromosomas circulares (Chr I, 3,215 Mbp y ChrII, 0,635 Mbp),

confirmando así la estructura general del genoma informada por Lanoil y colaboradores en 1996 [110]. cri

se caracteriza por un origen de replicación, que se encuentra cercaadnAlocus, similar al de

muchas otras proteobacterias gamma [55], mientras que ChrIIo yoes compatible con el unidireccional

mecanismo de replicación mostrado por muchos plásmidos. Esta observación apoya la sugerente

hipótesis de que este segundo cromosoma se originó a partir de un plásmido, antes reclutado para ser un verdadero

cromosoma como lo demuestra la presencia de varios genes esenciales en él (entre los

otro, los genes esenciales que codifican la vía biosintética de la histidina se encuentran en ChrII).

En línea con la capacidad bastante notable de la cepa para crecer y llevar a cabo proteínas de manera eficiente

síntesis a baja temperatura, laP. haloplanktisEl genoma TAC125 contiene 9 operones para el

ARN ribosomal (más una copia adicional de ADNr 5S) y 106 genes para ARNt, a menudo distribuidos en largas

repeticiones en tándem, posiblemente provenientes de múltiples rondas de eventos de duplicación de genes durante un período

de rápido crecimiento.

Se predice que el genoma codifica 3488 proteínas, distribuidas equitativamente entre los dos

cromosomas, y se asignó una función biológica a alrededor del 65% de ellos. Como consecuencia,

un tercio de los productos codificados no comparten un grado significativo de similitud de secuencia con ningún

otra proteína conocida disponible en bases de datos públicas, siendo testigo de cuán fragmentaria es aún nuestra

comprensión de la adaptación de la vida a ambientes marinos fríos[55]. La genómica comparativa

los datos informados por Medigue y colaboradores [55] apuntaban hacia un núcleo común de ortólogos

funciones genéticas compartidas con otras gamma-proteobacterias marinas, comoVibrio vulnificus,

Shewanella oneidensis, Idiomarina loihiensis, yFotobacteria profunda[55]. Sin embargo, sobre

los últimos trece años, se ha publicado la secuencia del genoma de una plétora de bacterias marinas,

haciendo ahora posible representar con mayor precisión las relaciones de evolución/adaptación entre

género bacteriano que comparte hábitats marinos similares.

Con el objetivo de desentrañar estrategias específicas que apoyen las adaptaciones moleculares al estilo de vida frío, elPAGS.

haloplanctisSe analizó el genoma de TAC125 en busca de rasgos específicos. Como el descenso de la temperatura ha

un efecto impulsor sobre la estabilidad de la estructura del ARN, se observó que el genoma TAC125 contiene casi
19 genes que codifican proteínas de unión a ARN conocidas, ARN helicasas o chaperonas de ARN, obteniendo

posible un flujo de información eficiente a temperaturas bajo cero [55].

Otro mecanismo peculiar de adaptación al frío, que surge del análisis del genoma, está relacionado conPAGS.

haloplanctisAdaptación de TAC125 al oxígeno y Especies Reactivas de Oxígeno (ROS). como bajar la

temperatura tiene un efecto positivo en la solubilidad de los gases, las bacterias marinas psicrófilas deberían tener

sistemas evolucionados para hacer frente a la mayor solubilidad del dioxígeno y su consiguiente alta reactividad.

TAC125 es de hecho notablemente resistente a H2O2[55,111], pero esta resistencia se obtiene en el

presencia de un número "normal" de genes que codifican para la superóxido dismutasa de hierro (sodB) y uno

gene(katB) que codifica la catalasa. Se asignó un papel en la resistencia al estrés oxidativo y nitrosativo a

uno de los tres genes que codifican hemoglobina 2-en-2 que se encuentran en TAC125 [111][112]. los

construcción de unPSHAa0030mutante genético knock-out devolvió una cepa mutante sensible a

alta presión de oxígeno en solución, a H2O2, y a un agente nitrosante, apoyando la participación de

el codificadoPhHbO en el fenotipo de resistencia coordinada [111]. Además, el análisis del genoma

reveló que la bacteria carece de varias funciones cuya actividad termina con la producción de ROS.

Además, el metabolismo completo de la molibdopterina está ausente, ya que también faltan los genes que codifican para

enzimas, que requieren este cofactor. Un número inusualmente grande de genes que codifican para dioxigenasas

parece completar el arsenal contra daños oxidativos en diferentes estructuras biológicas[55].

La vida en las aguas oceánicas suele estar bastante desequilibrada en términos de suministro de nutrientes, pero el rápido crecimiento

actuaciones mostradas porP. haloplanktisTAC125 se puede explicar teniendo en cuenta su preferencia

en crecer como biopelículas de agua/aire sobre restos de plancton. Sin embargo, la bacteria carece de un clásico

sistema de fosfotransferasa dependiente de fosfoenolpiruvato para el transporte y primera

catabolismo de carbohidratos, y es incapaz de utilizar la glucosa, aunque se ha

observado en presencia de tirosina. Curiosamente, elP. haloplanktisMetabolismo central TAC125

se reprograma con gluconato, ya que todas las enzimas de la vía catabólica de Entner-Doudoroff se

encontrado y funcional [105]. Una preferencia bastante notable deP. haloplanktisTAC125 para aminoácidos

como fuente de carbono y energía ha sido reportada por varios autores [113,114].

4.4. Fisiología de la tensión

La disponibilidad de una plataforma consolidada para el fenotipado de alto rendimiento permitió el estudio de

Fisiología de TAC125 a nivel del sistema [115]. El microarreglo de fenotipo BIOLOG implementado

La tecnología comprende un total de 1920 pruebas únicas, en las que los compuestos seleccionados se desafían como
sustratos de crecimiento, devolviendo como una lectura de crecimiento bacteriano/no crecimiento el irreversible

reducción de violeta de tetrazolio a formazán [116]. Capacidad mencionada anteriormente de TAC125 para crecer

en una amplia gama de sustratos fue confirmado por la observación de que la bacteria es capaz de utilizar

63% de los compuestos probados, la mayor proporción (52%) independientemente de la temperatura de crecimiento,

mientras que el 11% se usa diferencialmente a 15 °C o 4 °C. Curiosamente, el cambio descendente en la temperatura de crecimiento

dio como resultado solo una reducción del 8,7% de los sustratos utilizados (el número de fenotipos positivos

disminuyó de 1155 a 1054), mientras que los sustratos metabolizados porP. haloplanktisTAC125 solo en

4 °C pertenecen a las categorías KEGG de "péptidos de nitrógeno" (163 de 465), "estimulación de nutrientes" (96

de 465), “fosfato y azufre” (81 de 465), y “productos químicos” (71 de 465). Muchos de los "químicos"

son biocidas o compuestos antimicrobianos, lo que indica una mayor resistencia deP. haloplanktis

TAC125 a tales moléculas a bajas temperaturas [115].

Los fenotipos metabólicos pueden justificar la adaptación deP. haloplanktisTAC125 a frío

ambientes, también el enfoque fenómico apuntó hacia su capacidad para hacer frente a oxidative

estrés por varias estrategias, que van desde una mayor capacidad para sintetizar glutatión a la

presencia de cuatro genes que codifican glutatión S-transferasas putativas, enzimas versátiles que juegan

un papel importante como desintoxicante de compuestos exógenos y xenobióticos en muchas bacterias[117].

Otro aspecto interesante es la capacidad de TAC125 para crecer en una amplia gama de condiciones osmóticas.

(NaCl y KCl). Los resultados de la micromatriz de fenotipo destacaron una mejor capacidad para hacer frente a la osmótica

estrés a 15 °C, con respecto a 4 °C, donde TAC125 no es capaz de crecer en presencia de NaCl

concentración superior al 5% [115].

Con el objetivo de implementar el uso deP. haloplanktisTAC125 como fábrica de células no convencionales

[107,109], varios artículos que describen el comportamiento de crecimiento de TAC125 de tipo salvaje o recombinante

se publicaron cepas. De acuerdo con la observación original de una preferencia bastante estricta por el

aminoácidos como C, N y fuentes de energía, la cepa muestra una absorción secuencial de los diferentes

aminoácidos cuando estaban presentes en el medio debido a peptona de soja o casaminoácidos

suplementación [113]. Se asignó un papel especial a la utilización de glutamato, que resulta ser

el sustrato preferido incluso debido a su papel ambivalente como uno de los principales osmoprotectores celulares

[55].

Estas observaciones fueron la base del desarrollo de un medio de crecimiento sintético eficiente

para TAC125 [105], que combinó glutamato con gluconato (el punto de partida de la Entner-

Vía de Doudoroff, véase más arriba) como fuentes de C, N y energía. A bajas temperaturas se debe tomar

en cuenta que la solubilidad del oxígeno aumenta, aumentando así el riesgo de agresiones oxidativas al
Células vivas. El uso en el medio de cultivo de D-gluconato, que entra directamente en el Entner-

La vía Doudoroff (ED) puede mejorar la resistencia al estrés oxidativo. La ruta ED permite que el

producción de ATP, los componentes básicos de las funciones celulares y el cofactor NADPH [118]. los

la producción de NAPDH contrarresta el estrés oxidativo celular [119] [120] proporcionando al organismo

con herramientas para una mejor adaptación al estrés oxidativo.

Se reportan los rendimientos de crecimiento de TAC125 en un rango de temperatura entre -2.5 y 15 °C

en la Tabla 4, donde se encuentran todos los datos publicadosP. haloplanktisParámetros de crecimiento de TAC125 en

se reportan algunas condiciones experimentales. Como era de esperar, la velocidad de crecimiento disminuye con

reducción de temperatura; sin embargo, en el rango de 18 a 15 °C, el uso de medios enriquecidos complejos solo da como resultado

en un ligero efecto positivo sobre las tasas específicas de crecimiento. Aún más interesante es la situación cuando el

temperatura se aproxima a la ambiental esperada experimentada por la bacteria en

Agua de mar antártico (en promedio -1.5/+1.5 °C). A pesar de una tasa de crecimiento específico similar, a 4 °C

TAC125 pudo usar gluconato y glutamato de manera más eficiente para producir biomasa, lo que le dio al

rendimiento de conversión más alto registrado hasta ahora (YX/S)[105]. Acercándose al punto de congelación o subcongelación

temperatura (Tabla N1),P. haloplanktisTAC125 da como resultado uno de los de más rápido crecimiento

bacterias, con un tiempo de duplicación de casi 23 horas a -2,5 °C.

Las características metabólicas y la robustez de la cepa permitieron el cultivo de la cepa en todos los disponibles

configuraciones (lote, lote alimentado y cultivos quimiostáticos), y en muchas de estas configuraciones la bacteria

también fue capaz de producir con bastante eficiencia proteínas recombinantes de interés biotecnológico (ver

abajo).

4.5. Una visión de la biología de sistemas sobreP. haloplanktisTAC125

El potencial biotecnológico y el interés por algunos aspectos básicos de la biología (ej.

adaptación) han motivado una investigación orientada a la biología de sistemas deP. haloplanktisTAC125.

Desde hace unos años, nuestro grupo está investigando las características básicas deP. haloplanktisTAC125

metabolismo utilizando una estrategia integrada que se basa en modelos matemáticos -datos ómicos

integración. El primer paso en esta dirección se dio en 2014 con el montaje de un genoma-

reconstrucción metabólica a escala de esta cepa[121]. Una reconstrucción metabólica a escala del genoma

consiste en una representación formal y computable del metabolismo celular que permite el uso de

herramientas matemáticas para predecir un fenotipo metabólico específico. Modelado basado en restricciones

métodos (por ejemplo, análisis de balance de flujo, FBA) es uno de esos métodos que luego se puede utilizar para
 calcular el balance resultante de todas las reacciones celulares activas en la celda y simular el

crecimiento máximo de una célula en una condición ambiental determinada [122]. Además de representar la primera

modelo metabólico a escala del genoma disponible para un microorganismo antártico, este recurso

(combinado con datos proteómicos para generar una reconstrucción específica del contexto) se utilizó para

abordar las variaciones a nivel del sistema en los flujos metabólicos celulares después de una temperatura

cambio descendente Vías específicas que parecían adquirir una función clave como consecuencia de una

descenso de la temperatura fueron identificados poren silicopermitiendo flujos de reacción de acuerdo con la

expresión de los genes correspondientes (como se detectó en [60], simulando el crecimiento dePAGS.

haloplanctisTAC125 y analizando la distribución prevista de sus flujos metabólicos que aparecen

para sostener el crecimiento. En este sentido, la degradación de aminoácidos y el metabolismo de ácidos grasos fueron

se prevé que cubra un papel importante, en línea con informes anteriores sobre microbios adaptados al frío

[11,61].

Posteriormente, la reconstrucción se aprovechó para investigar otra característica interesante dePAGS.

haloplanctisTAC125, es decir, su utilización jerárquica de aminoácidos como (fuentes de C) cuando se cultiva en un

medio complejo [113]. En particular, un modelo metabólico basado en restricciones de varios pasos para

simular el crecimiento en un medio complejo, es decir, peptona. En este medio, el crecimiento

deP. haloplanktisTAC125 es multifásico, cada uno de ellos se caracteriza por un conjunto específico de

aminoácidos para ser utilizados como fuente de carbono y energía. Este modelo de crecimiento predice que una profunda

podría ser necesaria la reprogramación metabólica para lograr una producción óptima de biomasa en diferentes

etapas de crecimiento (diferente composición del medio), con al menos la mitad del metabolismo celular

red involucrada (más del 50% de los genes metabólicos). Además, este modelado
marco fue capaz de capturar la asociación funcional metabólica y / o regulación común
características de los genes incrustados en nuestra reconstrucción (por ejemplo, la presencia de reguladores comunes

motivos).

4.6. La relevancia biotecnológica de la cepa

La explotación de la biodiversidad sigue siendo el camino principal en los esfuerzos de bioprospección y muchos

esfuerzos se centran en los microorganismos, que son capaces de prosperar en condiciones duras como en

Ambientes antárticos. De hecho, entre las bacterias marinas, los microorganismos adaptados al frío

representan un reservorio de biodiversidad sin explotar dotado de un interesante repertorio químico

capaz de sintetizar una amplia gama de compuestos bioactivos potencialmente valiosos [123]. En particular,

la bacteria antárticaP. haloplanktisTAC125 produce valiosos bioactivos secundarios

metabolitos, como moléculas antibiofilm [124][125][126], antimicrobianos [67][127] y
compuesto dotado de actividad antiproliferativa [128].

Moléculas anti-biopelícula

P. haloplanktisTAC125 produce el pentadecanal, un aldehído graso de cadena larga, cuyo anti-S.

epidermisLa actividad del biofilm se ha evaluado utilizando ensayos de biofilm tanto estáticos como dinámicos [125].

Los datos recopilados sobre el modo de acción de pentadecanal sugieren que pentadecanal interfiere

con detección de quórum AI-2 deS. epidermidis, pero además de la caracterización de pentadecanal anti-

actividad del biofilm enS. epidermidisbiopelícula, el papel metabólico y la síntesis de esta grasa larga

Se investigó el compuesto en la cepa fuente antártica.

Las condiciones necesarias para la producción de pentadecanal y la posible vía de síntesis.

involucrados fue investigado y los resultados informados [125] sugieren fuertemente que un reversible

la aldehído oxidorreductasa NAD(P)+ dependiente cataliza, en la limitación de oxígeno, la reducción de la

ácido pentadecanoico a aldehído, para obtener el cofactor oxidado (NAD(P)+) necesario para la

metabolismo. Por lo tanto, la producción de pentadecanal ocurre en la condición de biopelícula y en

microaerobiosis debida a la reducida disponibilidad de oxígeno, que caracteriza a estos dos

condiciones. Además, los resultados descritos en el artículo de Casillo y coautores [125] indican

que el aldehído graso de cadena larga no está involucrado en el control/modulación de la Antártida

desarrollo de biopelículas bacterianas.

compuestos antimicrobianos

La bioprospección de ambientes extremófilos como los ambientes antárticos resultó ser una

estrategia también para representar para el descubrimiento de nuevos antibióticos, en particular se ha demostrado

por la metodología de rayas cruzadas que la Antártida es capaz de inhibir el crecimiento deBurkholderia

cepaciacepas complejas (Bcc) [67], un grupo de patógenos humanos oportunistas, la mayoría de los cuales

caracterizada por multirresistencia a los medicamentos.

En detalle, las moléculas antimicrobianas responsables de esta actividad resultaron ser compuestos orgánicos volátiles.

(mVOC) de diferentes clases químicas [67]. La bacteria marina antárticaPAGS.

haloplanctisSe ha informado que TAC125 produce varios compuestos orgánicos volátiles (COV)

responsable de la inhibición del crecimiento de Bcc [67]; la metilamina [127] se identificó como un VOC producido por

P. haloplanktisTAC125 cuando se cultiva en el medio sintético suplementado con metionina y

se demostró que esta molécula es capaz de inhibir el crecimiento de varias cepas de Bcc[127]. Eso
Es interesante notar que las rutas metabólicas utilizadas porP. haloplanktisTAC125 para producir

metilamina, al crecer en medio de metionina, no se aclararon, de hecho, el genoma

análisis dirigido a aclarar el destino de la L-metionina intracelular reveló la ausencia de los genes

codificando algunas enzimas clave involucradas en la degradación de L-metionina e informada anteriormente

caminos[127]. El catabolismo de la L-metionina de la bacteria antártica ofrece varios aspectos de

novedad apoyando así la idea de queP. haloplanktisTAC125 evolucionó rutas metabólicas desconocidas

por el uso de este aminoácido, algunos de los cuales pueden terminar con la producción de metilamina.

Agentes antiproliferativos

Otro compuesto bioactivo interesante producido porP. haloplanktisTAC125 es el 4-

ácido hidroxibenzoico (4-HBA). 4-HBA es uno de los productos de la chorismita liasa, que convierte

ácido corismico en piruvato y 4-HBA. El 4-HBA resultó ser un agente antiproliferativo capaz de

inducir una vía de señalización de muerte celular específica llamada piroptosis en el cáncer epitelial de pulmón A549

células sin afectar la viabilidad de las células normales [128].

Proteínas recombinantes

P. haloplanktisTAC125 no solo es una buena fuente de nuevos compuestos bioactivos, sino también una muy

huésped alternativo prometedor para la producción de proteínas recombinantes. Fue la primera bacteria antártica.

en el que se estableció una tecnología de expresión génica eficiente [129][130], y varias generaciones de

Los vectores de expresión génica adaptados al frío permiten la producción de proteínas recombinantes ya sea por

sistemas constitutivos o inducibles y para dirigir el producto hacia cualquier compartimento celular o para

el medio extracelular [131]. Las condiciones fisicoquímicas celulares y los procesos de plegamiento enPAGS.

haloplanctisTAC125 son bastante diferentes de los observados en huéspedes mesófilos canónicos y

permitió la producción de varios productos proteicos difíciles de expresar, algunos de los cuales son de

origen humano

Los efectos beneficiosos del uso de esta plataforma de producción de proteínas adaptada al frío fueron validados por el

producción exitosa de proteínas y productos biofarmacéuticos difíciles [132][114][133][109][134]. los

producción fructífera en forma soluble y biológicamente activa de proteínas propensas a la agregación de

interés biofarmacéutico, como fragmentos de anticuerpos (Tabla 5), está relacionado con el alto número de

genes que codifican Peptidil-Prolil cis-trans Isomerasas (PPIasas), cuya actividad enzimática es

necesaria para lograr la conformación tridimensional correcta de la proteína. losP. haloplanktisTAC125

El genoma contiene 15 genes que codifican un conjunto ampliado de PPIasas [135] y dado que se sabe que
El plegamiento de los fragmentos de anticuerpos scFv y Fab depende de la actividad de las PPIasas[136],P. haloplanktis

TAC125 resultó ser un huésped optimizado para la producción recombinante de fragmentos de anticuerpos.

Además, es interesante notar que los agregados insolubles de proteína recombinante nunca han

sido encontrado enP. haloplanktisTAC125 lo que sugiere que sus condiciones fisicoquímicas celulares

y/o los procesos de plegamiento son bastante diferentes de los observados en las bacterias mesófilas.

La posibilidad recientemente informada de producir proteínas dentro de un rango de temperatura de 15 a -

2,5 °C aumenta las posibilidades de mejorar la calidad conformacional y la solubilidad de recombinantes

proteínas [105]. Además, el desarrollo de medios sintéticos y esquemas de fermentación eficientes

[113][132] para mejorar la producción de proteínas recombinantes en biorreactores automáticos, hace que la

aplicación industrial deP. haloplanktisTAC125 más alcanzable y concreto.

Biorremediación

Otra aplicación biotecnológica deP. haloplanktisTAC125 es su uso potencial en

biorremediación, en particular en la descontaminación de productos marinos químicamente contaminados

ambientes y/o efluentes fríos. el recombinanteP. haloplanktisTAC125 (PhTAC/tu)

que expresa tolueno-o-xileno monooxigenasa (ToMO) es capaz de convertir de manera eficiente varios aromáticos

compuestos en las catecoles correspondientes [137]. Acción combinada de la enzima ToMO recombinante

con la de los endógenosP. haloplanktisProteína similar a la lacasa TAC125 la capacidad metabólica

dePhSe mejoraron las celdas TAC/tou confiriendo capacidades degradantes nuevas y específicas a un

bacteria, de hecho diseñadaPhLas células TAC/tou son capaces de crecer en compuestos aromáticos como único

fuentes de carbono y energía[126][137].

5. Observaciones finales

"En medio de la dificultad yace la oportunidad". Esta cita, originalmente atribuida a Albert Einstein,

encaja perfectamente con la biología del géneropseudoalteromonas. De hecho, la adaptación a algunos de

las condiciones ambientales más duras de la Tierra nos ha proporcionado al menos dos
oportunidades. El primero consiste en la posibilidad de observar y estudiar los mecanismos moleculares

que la vida puede adoptar para prosperar en condiciones altamente desafiantes. Estas estrategias de adaptación afectan

estructura de una serie de componentes celulares (por ejemplo, ácidos nucleicos, proteínas, polisacáridos y lípidos),

revelando cómo las condiciones ambientales dan forma a todos los aspectos de la vida microbiana. este último es

directamente vinculado al primero; la evolución de peculiares estrategias moleculares y celulares para sobrevivir
y reproducirse en ambientes hostiles era paralelo y muy probablemente estrictamente entrelazado con el

capacidad para antagonizar el crecimiento de competidores microbianos. De todo el cuerpo de datos revisado

en este trabajo, aparece claramente que la presión selectiva ambiental ha llevado

pseudoalteromonastensiones a la ganancia y la evolución de las vías metabólicas responsables de

la síntesis de varias (ya menudo únicas) enzimas y/o metabolitos secundarios que exhiben una

amplia variedad de propiedades biológicas. Así, las bacterias del géneropseudoalteromonasson intrigantes

desde un punto de vista biotecnológico y/o farmacéutico; de hecho, muchos de ellos son capaces de

degradan los hidrocarburos a bajas temperaturas y toleran los metales pesados y los antibióticos. Es más,

sintetizan moléculas bioactivas, que podrían ser responsables de las interacciones antagónicas

Entrepseudoalteromonasy otras bacterias extremófilas que viven en el mismo ambiente

nicho. El hallazgo de que estos compuestos son capaces de interferir con el crecimiento de los humanos

patógenos demuestra que estas bacterias representan una fuente nueva y aún inexplorada de

antibióticos naturales pero más en general, de compuestos bioactivos útiles en muchos campos, que van

desde biomedicina, farmacéutica, cosmética, biodegradación, etc.P. haloplanktisTAC125

es particularmente interesante desde este punto de vista. La cepa ha sido intensamente estudiada en los últimos

décadas convirtiéndolo en un modelo adecuado para ambas oportunidades mencionadas. es capaz de

prosperando con éxito en un amplio rango de temperatura (de -2,5 °C a 25 °C) y es capaz de

reconfigurar su metabolismo en respuesta a la disponibilidad de nutrientes y las condiciones ambientales. los

la disponibilidad de un modelo metabólico a escala del genoma promete impulsar la investigación en esta área.

Integrando este recurso con datos experimentales, será posible identificar el metabolismo

vías estrictamente implicadas en la biosíntesis de moléculas activas. Paralelamente, el desarrollo de

Los enfoques de metabolómica y fluxómica favorecerán realmente la explotación biotecnológica de los

presion. Concluimos que la importancia de estudiarpseudoalteromonasrepresentantes es

actualmente (al menos) triple; el uso de cepas pertenecientes a este género como organismos modelo puede ser

Se espera que proporcione nuevos escenarios notables para la ecología microbiana, la biotecnología y

Biología evolucionaria.

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Figuras legendarias

Figura 1. Representación esquemática de las principales estrategias de adaptación al frío

Figura 2. A) La tendencia enpseudoalteromonasgenomas disponibles en la base de datos del NCBI desde 2005. B)
El número de cepas cuyos genomas están disponibles en la base de datos del NCBI para cadapseudoalteromonas
especies. C) El número de genomas completos y borradores (ya sea con contigs o andamios disponibles).

Figura 3. Representación esquemática de las aplicaciones biotecnológicas de laPseudoalteromonas

haloplanktisTAC125
Tabla 1.Lista de los principales experimentos ómicos disponibles hasta la fecha parapseudoalteromonas
representantes.

- ómicasescribe Cepa(s) considerada(s) Breve descripción/objetivo Referencia

proteómica P. haloplanktisTAC125 Factor desencadenante de proteína [60]

regulada al alza a baja temperatura

proteómica P. haloplanktisTAC125 Firmas proteómicas de células en [113]

crecimiento exponencial

proteómica P. haloplanktisTAC125 Estudio de proteínas reprimidas en frío [60]

fenómica P. haloplanktis TAC125, fenotipo comparativo [115]

Pseudoalteromonas sp.TB41 microarreglo a través de
temperaturas y cepas
metabolómica Pseudoalteromonas sp.M2 Detección de metabolitos secundarios [138]

pangenómica 38pseudoalteromonas Evolución y minería del genoma de [62]

representantes pseudoalteromonas

proteómica Pseudoalteromonas sp.D41 Proteoma celular en biofilm [139]

comparado con cultivos planctónicos

transcriptómica Pseudoalteromonas sp. A2 Genes implicados en la adaptación [140]

al estrés oxidativo

metabolómica Pseudoalteromonas tunicata Perfiles de secretomas para la [141]

caracterización de compuestos bioactivos
Tabla 2.Una selección de adaptados al fríopseudoalteromonasaislados que muestran actividades antibióticas o
producción de sustancias poliméricas extracelulares.

Produccion de aislado bacteriano Origen Referencia

compuestos antimicrobianos Pseudoalteromonas sp.AC163 esponja antártica [90]

Pseudoalteromonas sp.TB13 esponja antártica [142]
Pseudoalteromonas sp.TB25 esponja antártica [142]
Pseudoalteromonas sp.TB41 esponja antártica [142]
Pseudoalteromonas sp.TB51 esponja antártica [142]
Pseudoalteromonas sp.TB64 esponja antártica [142]
Pseudoalteromonas spp. 129 y 131 agua de mar antártica [89]
Pseudoalteromonas sp.MB33 copépodos árticos [143]
Ártico superficie
Pseudoalteromona sp. MB205 [143]
agua
Pseudoalteromonas spp.MB220 y MB240 Hielo marino del Ártico [143]
extracelular polimérico Pseudoalteromonas haloplanktisTAC125 agua de mar antártica
[77]
sustancias
Cepa de pseudoalteromonasSM20310 Hielo marino del Ártico [79]
Pseudoalteromonas arcticaKOPRI 21653 sedimento antártico [81]
Pseudoalteromona selyakoviiArco 15 océano Ártico [81]
Pseudoalteromonas sp.MER144 agua de mar antártica [68]
Pseudoalteromonas spp. CAM025 y CAM036 Oceano del Sur [38,82]
pseudoalteromonasSM9913 Sedimento de aguas profundas [84]
Tabla 3. Algunos ejemplos de enzimas adaptadas al frío biotecnológicamente explotables producidas

pseudoalteromonasaislados de hábitats fríos.

enzima(s) Principales aplicaciones industriales Aislar Origen Referencia
Industrias alimentaria, de detergentes,
pseudoalteromonassp. antártico
- amilasas papelera, textil, farmacéutica y química [96]
M175 hielo marino
fina
Pseudoalteromonashalopl antártico
[130]
anktisTAB23 Agua de mar

antártico
ADN ligasas Biología Molecular P. haloplanktisTAE72 [97]
Agua de mar

-
Industria de alimentos P. haloplanktis Antártida [95]
galactosidasas
pseudoalteromonassp. antártico
[144]
22b kril
pseudoalteromonassp. antártico
[145]
KNOUC808 Agua de mar

P. haloplanktis Antártida [146]

pseudoalteromonassp. Mar profundo
[70]
EB27 esponjas
pseudoalteromonassp. Mar profundo
[70]
SK18 esponjas
pseudoalteromonassp. Mar profundo
[70]
SK20 esponjas

pseudoalteromonassp. Mar profundo

- glucosidasa Procesamiento de alimentos a base de plantas [70]
EB27 esponjas

Industrias de detergentes y alimentos;

Lipasa(s)/Éster pseudoalteromonas
procesos de biorremediación; aplicación de Agua de mar [147]
ase(s) haloplanctisTAC125
biodiésel
pseudoalteromonassp. antártico
[148]
cepa 643A kril
pseudoalteromonassp. Nueva Jersey antártico
[149]
70 hielo marino

Procesamiento y conservación de pseudoalteromonassp.

Proteasa(s) Mar profundo [150]
alimentos; industria cosmética CF6-2
pseudoalteromonassp. antártico
[151]
NJ276 hielo marino

pseudoalteromonassp. antártico
[152]
P96-47 Agua de mar

pseudoalteromonassp. Mar profundo

[70]
EB27 esponjas
pseudoalteromonassp. Mar profundo
[70]
SK18 esponjas
pseudoalteromonassp. Mar profundo
[70]
SK20 esponjas
pseudoalteromonassp.
Antártida [153]
AS-11
pseudoaltermonas Mar profundo
[154]
sp.SM9913 sedimento

quitinasa Preparación de oligosacáridos de quitina.pseudoalteromonassp. antártico [155]

de quitina a bajas temperaturas; DL-6 Agua de mar

biocontrol de fitopatógenos en
ambientes fríos; biocontrol del deterioro
microbiano en alimentos refrigerados
Tabla 4
P. haloplanktisTasa de crecimiento específica de TAC125 (μmáximo), rendimiento de biomasaa (Yx/s) en diferentes medios en matraz de
agitación.
La temperatura Medio mmáximo(h-1) Doblando tiempo DE máxima Referencia
(h)
18 ºC caldo marino 0.4 1.73 3.5 DE550nm [60]
16 ºC Peptona Shatz 0.35 1.98 NR [156]
16 ºC Shatzcasaminoácido 0.30 2.31 8 DE540nm [113]
15 ºC LIV 0,13 5.33 7.6 DE600nm [114]
15 ºC GG 0,28±0,02 2.47 7,30±0,01 [105]
sobredosis600nm

4°C GG 0,16±0,01 4.33 11,55±0,03 [105]

sobredosis600nm

4ºC caldo marino 0.17 4.08 3.5 DE550nm [60]

4ºC LIV Sin crecimiento Sin crecimiento DAKOTA DEL NORTE [114]
0 ºC GG 0,037±0,002 18.73 4,85±0,04 [105]
sobredosis600nm

- 2,5ºC GG 0,030±0,002 23.10 4,53±0,14 [105]

sobredosis600nm

NR, no reportado; ND, no detectado

Tabla 5.Proteínas recombinantes producidas enP. haloplanktisTAC125

Proteína recombinante compartimento de celdas La temperatura Cultivo Referencias

estrategia

- Galactosidasa de Citoplasma 15 °C, 4 °C Lote [134]

P. haloplanktisTAE79 Citoplasma 15 ºC Lote [114]
Citoplasma - 2,5 °C, 0 °C, 4 °C, Lote [105]
15 °C
- Glucosidasa de Citoplasma 15 °C, 4 °C Lote [134]
Saccharomyces
cerevisias

crecimiento nervioso humano Espacio periplásmico 4ºC Lote, [157]

factorhβ-NGF continuo
cultivo
Amy Ct-DsbA quimera extracelular 4ºC Lote [158]
medio
Amy Ct-IGPS quimera extracelular 4ºC Lote [158]
medio
Amy Ct-BlaM extracelular 4ºC Lote [158]
medio
ScFv anti-oxazolona Espacio periplásmico 15 ºC por lotes, continuo [135]
anticuerpo monocatenario cultivo
Camélido VHHD6.1 Espacio periplásmico 15 ºC Lote [107]
fragmento

Fragmento Fab 3H6 Espacio periplásmico 15 ºC por lotes, continuo [114]

cultivo
-galactosidasa humana Espacio periplásmico 15 °C, 4 °C Lote [108]
A
Figura 1
Figura 2
figura 3