A la llegada de los españoles en el siglo XVI la zona estaba difusamente poblada por las

etnias de los llamados en guaraní: guaraníes aunque muchos de ellos eran pueblos
anteguraníes guaranizados a la fuerza (hacia el s. XV los avá o guaraníes invadieron
territorios de pueblos como los que tales invasores indoamericanos llamaron "mocoretás",
los guaraníes practicaban el canibalismo con los varones de las etnias que les resultaban
obstáculo a su expansionismo). Aún hasta inicios del siglo XX, debido a que se escuchaban
"gritos" provenientes de las zonas más internas y entonces inexploradas por los "blancos",
se supuso que todavía tales nativos habitaban los esteros.

Avifauna en los Esteros del Iberá.

Gracias a la dificultad para acceder a la zona de los esteros del Iberá, los asentamientos en
el área han sido muy escasos, aunque algunas poblaciones en su margen noreste —sobre
todo Concepción Yaguareté-Corá— se remontan a la época de la colonia. Las reducciones
jesuíticas ocuparon territorios colindantes con los esteros, pero el área de bañados y
lagunas se consideraba inhabitable. A lo largo de los siglos XVIII y XIX permaneció
generalmente libre de asentamientos estables, aunque constituyó refugio para forajidos y
fuente de sustento para cazadores ("mariscadores") y pescadores.

La primera investigación científica de las riquezas naturales del área se debió a Alcide
d'Orbigny, un naturalista francés que visitó el área a fines de la década de 1820 como parte
de la expedición a Sudamérica encargada por el Musée d'Histoire Naturelle de París. Entre
los siete tomos de su Voyage dans l'Amérique Méridionale se cuentan las primeras
observaciones sistemáticas del ecosistema del Iberá. La turbulenta situación política
regional y la escasez de medios demoraría el interés local en el mismo hasta la década de
1930, en que la recientemente creada Administración de Parques Nacionales presentó al
Congreso el primer proyecto de creación del Parque nacional Iberá, fruto de negociaciones
con el gobierno provincial.

Tanto este como otros dos proyectos presentados en décadas posteriores fracasaron; las
reticencias de la provincia a comprometer una parte importante de su territorio a cambio de
un apoyo institucional dudoso jugaron un papel importante en estos fracasos. El interés
industrial en la zona — expresado en un plan de desarrollo de la década de 1970 que
promovía la construcción de un canal en la zona de San Miguel para inundar los esteros con
las aguas del Paraná y formar un lago interior, cuyas aguas se derivarían hacia la Represa
de Salto Grande, a través del río Miriñay, para incrementar el rendimiento de la planta
generadora— cuyo rendimiento para la alicaída economía correntina primaba ante intereses
ecológicos, era también un factor de peso. La demora en intervenir tuvo graves
consecuencias sobre la fauna de la zona, gravemente diezmada por la caza furtiva y las
incursiones defensivas de los ganaderos de la región sobre los felinos predadores. A
comienzos de la década de 1980, las especies con valor comercial —sobre todo el yacaré
negro, cuyo cuero se utilizaba en marroquinería, pero también el yaguareté, cazado por su
piel y para proteger los rebaños, las distintas especies de ciervos y venados y varias aves—
estaban en alto riesgo o habían desaparecido de la zona, y las alteraciones del ecosistema
amenazaban a muchas otras.

La combinación de reclamos insistentes de la Administración de Parques Nacionales y la

imposibilidad de concertar con el gobierno federal la administración del patrimonio ecológico
de la zona movieron al gobierno correntino a declarar la creación de la Reserva Natural del
Iberá el día 15 de abril de 1983 por ley provincial 3771. La intención del proyecto era aunar
la conservación y recuperación de las especies nativas y la eliminación de las exóticas con
el desarrollo turístico de la región. Se delimitaron las tareas de conservación y se
reglamentó el apoyo financiero y la dotación de personal para estas tareas. Sin embargo, el
gran esfuerzo realizado, sobre todo para combatir la caza furtiva y restaurar paulatinamente
el estado de equilibrio del ecosistema, se vio seriamente afectado por la situación
económica de la Argentina en las dos décadas transcurridas. Con todo, la recuperación ha
sido notable y la conservación de numerosas especies se encuentra garantizada.

La obra vecina de la represa de Yacyretá influyó en la región a partir de su finalización en

1994, a causa de la elevación del nivel de las aguas, y el anegamiento total de parte del
ecosistema.[6]​El decreto 1577/94 de la provincia de Corrientes reguló las unidades de
conservación dentro del área de influencia de la represa,[7]​así como apoyo financiero por
parte del Ente Binacional a cargo de las obras.[8]​

El 23 de diciembre de 2015, a partir de la donación de 150. 000 hectáreas de tierras (en

gran parte inundadas) que el ambientalista estadounidense Douglas Tompkins había
comprado a precio muy bajo, mediante expresa delegación de su viuda Kristine McDivitt, en
diciembre de 2018 se anunció la creación del parque nacional Iberá.[9]​