BIOLOGIA MOLECULAR MENDOZA MARTINEZ NANCY NOEMI

Cuestionario Unidad 1
1. ¿Qué son los Ácidos nucleicos?
Los ácidos nucleicos constituyen el material genético de los organismos y son necesarios
para el almacenamiento y la expresión de la información genética en un organismo vivo. La
estructura de todas las proteínas, y en último término de todas las biomoléculas y de cada
uno de los componentes celulares, es producto de la información programada en la
secuencia de nucleótidos de los ácidos nucleicos de la célula. Existen dos tipos de ácidos
nucleicos química y estructuralmente distintos: el ácido desoxirribonucleico (DNA) y el ácido
ribonucleico (RNA); ambos se encuentran en todas las células procariotas, eucariotas y virus
(Salazar et al., 2013; Nelson y Cox, 2021).
Características de los ácidos nucleicos.
Ácido desoxirribonucleico Ácido ribonucleico
(DNA) (RNA)
Estructura 1°: Secuencia de 1°: Está compuesto por una única
desoxirribonucleótidos (lineal). cadena lineal de sus ribonucleótidos,
que se escriben siempre en dirección
2°: Céls. Eucariotas: Se encuentra 5’-3’.
como una cadena doble de
polidesoxirribonucleótidos 2°: Está dada por el apareamiento de
(double strand DNA, dsDNA). Las secuencias complementarias en la
dos cadenas giran alrededor de un misma cadena de RNA (asociación
eje de simetría imaginario y forman intracatenaria parcial) o por
una estructura helicoidal, de aquí asociaciones intercatenarias, en el
su nombre de “doble hélice del caso de los RNA de doble cadena de
DNA”. La doble cadena tiene tres ciertos virus. La complementariedad
características principales: ocasional de bases en el RNA da
• Es antiparalela. origen a las estructuras de pasador
• Es complementaria. (hairpin), en las cuales parte de la
• Forma un giro helicoidal cadena de RNA es complementaria y
dextrógiro o levógiro. origina puentes de hidrógeno entre
Se han descrito tres formas ésta y la parte no complementaria da
estructurales principales del DNA: origen a un loop o asa de bases que
la forma B, descrita por Watson y no se unen.
Crick, la forma A y la forma Z. La
forma B es la que adopta el DNA 3°: Sólo surge cuando las condiciones
en condiciones fisiológicas, por lo celulares propician la interacción entre
que es la estructura predominante bases nitrogenadas de diferentes
en el DNA cromosómico. La forma regiones de una misma molécula de
A se produce in vitro con la RNA. Los RNA de transferencia
deshidratación moderada de la (RNAt) forman una estructura terciaria
forma B. Es probable que la característica: en disolución están
conformación de los híbridos DNA- plegados en forma de “L” compacta
ARN y del RNA de doble cadena se estabilizada por apareamientos de
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asemeje a la forma A. La forma Z bases convencionales y por

del DNA es característica de interacciones entre las bases de más
regiones donde se encuentra una de dos nucleótidos, como los tripletes
secuencia de purinas y pirimidinas de bases. Las bases nitrogenadas
alternadas (por ejemplo, zonas de pueden interactuar a través de los
repetición de GC). La función átomos de hidrógeno para unirse al
biológica del ADN-Z es poco esqueleto fosfodiéster de la cadena
comprendida, pero puede estar de RNA, o bien a través del OH del
relacionada con la regulación de la carbono 2’ de la ribosa, que actúa
expresión génica. como un importante dador y aceptor
de hidrógenos.
DNA mitocondrial y céls.
procariotas: Se encuentra en
forma de molécula circular, sin
extremos, donde no hay
interrupción de los enlaces
fosfodiéster. Es posible encontrar al
DNA circular como una estructura
relajada o como una estructura
superenrollada y más compacta,
donde la hélice del DNA (ya
enrollada) gira sobre sí misma
(superenrollada) y genera una
superhélice
Composició  Sus bases pirimidínicas son la  Contiene uracilo (U) en lugar de
n química citosina (C) y la timina (T). timina (T).
 Contiene 2-desoxi-D-ribosa.  Contiene D-ribosa.
Función Almacén de la información genética Interviene en la transferencia de la
información contenida en el DNA
hacia los compartimientos celulares.
Localización  Céls. eucariotas: Cromosomas  Cels. eucariotas: Núcleo,
del núcleo, las mitocondrias y citoplasma, matriz mitocondrial y el
los cloroplastos estroma de cloroplastos.
 Células procariotas: Único  Céls procariotas: Citosol.
cromosoma en el citplasma y,
de manera extracromosómica,
en forma de plásmidos.
Adaptado de: Beas et al., 2009; Salazar et al., 2013; Nelson y Cox, 2021.
2. ¿Qué es un nucléotido?
Es la unidad básica de los ácidos nucleicos, esta molécula orgánica se constituye por tres
componentes característicos:
a) Una base nitrogenada.
b) Una pentosa.
c) Un grupo fosfato.
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Las bases nitrogenadas son moléculas formadas de átomos de carbono y nitrógeno que
crean anillos heterocíclicos. Derivan de dos tipos de compuestos conocidos como purina
(estructura cíclica compuesta de dos anillos condensados) y pirimidina (estructura cíclica de
un solo anillo). Los átomos de carbono y nitrógeno de los anillos se identifican mediante
números naturales: del 1-6 para las pirimidinas y del 1-9 para las purinas. 2,3 Las bases
purínicas características de los ácidos nucleicos son la adenina (A) y la guanina (G), que se
encuentran tanto en el DNA como el RNA. Las bases pirimidínicas características de los
ácidos nucleicos son la citosina (C), la timina (T) y el uracilo (U). Tanto en el DNA como en el
RNA se encuentra la C, mientras que la T solo forma los nucleótidos que componen al DNA y
el U, únicamente los nucleótidos que componen al RNA. (Salazar et al., 2013; Nelson y Cox,
2021).
Las pentosas son monosacáridos de cinco carbonos que adquieren estructuras
heterocíclicas tipo furano (β-furanosas, anillo pentagonal cerrado), a través de la
esterificación del oxígeno del grupo carbonilo aldehídico con el hidroxilo del último carbón
asimétrico de la molécula. Los ácidos nucleicos contienen dos tipos de pentosas: los
desoxiribonucleótidos del DNA contienen 2-desoxi-D-ribosa, en tanto que los ribonucleótidos
del RNA contienen D-ribosa. Tanto los anillos heterocíclicos de las bases nitrogenadas como
los de las pentosas se enumeran según la convención internacional para purina, pirimidina y
furano; sin embargo, para hacer la distinción, los números de la pentosa se designan como
primos (1′-5′) (Beas et al., 2009; Nelson y Cox, 2021).
La unión de una base nitrogenada y la pentosa produce un nucleósido, mediante un
enlace covalente denominado N-β-glucosídico que se forma entre el C-1’ de la pentosa y el
N-1 de las pirimidinas o bien el N-9 de las purinas. El enlace N-β-glucosídico se forma por
eliminación de agua (un grupo lüdroxilo de la pentosa y un hidrógeno de la base), como en la
formación de los enlaces O-glucosídicos. Si la base nitrogenada se une a una ribosa da lugar
a los ribonucleósidos, y si, por el contrario, lo hace a una desoxirribosa genera los
desoxirribonucleósidos (Beas et al., 2009; Salazar et al., 2013; Nelson y Cox, 2021).
El fosfato se esterifica al carbono 5′ de la pentosa y permanece como un radical que
puede interactuar con otros grupos fosfato, dando lugar a nucleótidos monofosfatados,
difosfatados y trifosfatados. El grupo fosfato es causante de las cargas negativas de los
ácidos nucleicos y que le brinda características ácidas (Beas et al., 2009; Salazar et al.,
2013; Nelson y Cox, 2021).
Los nucleótidos sucesivos del DNA y el RNA están unidos covalentemente mediante
“puentes” de grupos fosfato, en los cuales el grupo hidroxilo en 5' de un nucleótido está unido
al grupo hidroxilo en 3' del nucleótido siguiente mediante un enlace fosfodiéster, para dar
lugar a cadenas de ácidos nucleicos o polinucleótidos Por tanto, los esqueletos covalentes
de los ácidos nucleicos consisten en residuos alternados de fosfato y pentosa, mientras que
las bases pueden considerarse como grupos laterales unidos al esqueleto a intervalos
regulares. Todos los enlaces fosfodiéster en el DNA y en el RNA tienen la misma orientación
a lo largo de la cadena, con lo cual cada cadena lineal de ácido nucleico tiene una polaridad
específica y extremos 5' y 3' diferenciados. Por definición, el extremo 5' carece de nucleótido
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en posición 5', mientras que el extremo 3' carece de nucleótido en posición 3'. Si la cadena
es de ribonucleótidos, se genera un polirribonucleótido o cadena de RNA, mientras que si la
cadena se forma con desoxirribonucleótidos se origina un polidesoxirribonucleótido o cadena
de DNA (Salazar et al., 2013; Nelson y Cox, 2021).
3. Diferencias entre DNA y RNA.
Ácido desoxirribonucleico Ácido ribonucleico
(DNA) (RNA)
Estructura Céls. Eucariotas: Se encuentra Está compuesto por una única
como una cadena doble de cadena lineal de sus ribonucleótidos,
polidesoxirribonucleótidos que se escriben siempre en dirección
(double strand DNA, dsDNA. 5’-3’.
Composició  Sus bases pirimidínicas son la  Contiene uracilo (U) en lugar de
n química citosina (C) y la timina (T). timina (T).
Contiene 2-desoxi-D-ribosa. Contiene D-ribosa.
Adaptado de: Beas et al., 2009; Salazar et al., 2013; Nelson y Cox, 2021
4. Tipos de RNA
a) RNA mensajero (RNAm)
El RNAm transfiere la información genética del DNA a los ribosomas sirviendo de molde
para la síntesis de proteínas en el proceso de traducción, ya que contiene la información
génica para la formación de uno o varios polipéptidos. El RNAm se localiza en el citoplasma;
su conformación es lineal de hebra sencilla con dirección 5′-3′; la composición de nucleótidos
y longitud es variable, según la proteína para la que codifique y contiene las señales
necesarias para el inicio y la terminación de la traducción (Beas et al., 2009; Salazar et al.,
2013; Nelson y Cox, 2021).
En eucariotes, el RNAm presenta características especiales: es monocistrónico (es decir,
codifican para la secuencia de aminoácidos una sola proteína), en su extremo 5’ muestra una
capucha (cap) y en su extremo 3’, una cadena de poliadeninas (cola poliA) de longitud
variable. Estas modificaciones tienen por objeto aumentar la vida media de esta molécula en
el citoplasma y permitir su disponibilidad en el proceso de traducción proteica.
Inmediatamente después de su transcripción, los RNAm son más largos que cuando son
traducidos en el citoplasma; esto se debe a que luego de su síntesis pueden eliminarse de
manera alternativa algunas porciones, las cuales reciben el nombre de intrones (Beas et al.,
2009; Salazar et al., 2013).
El RNAm de procariontes son policistrónicos, es decir, codifican para la secuencia de
aminoácidos de más de una proteína; se transcriben y traducen de manera simultánea, por lo
que estructuralmente, en el extremo 5′, tienen un nucleótido trifosfatado y en el extremo 3′el
último nucleótido codificante. Entre la secuencia de codones que determina una proteína y la
siguiente hay una secuencia de polipurinas (secuencia de Shine-Dalgarno), flanqueada por
los codones de paro y de inicio (Beas et al., 2009; Salazar et al., 2013).
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b) RNA de transferencia (RNAt)

El RNAt es prácticamente la molécula traductora de la síntesis de proteínas, es decir, es el
encargado de reconocer el código que se encuentra en el RNAm y según eso proporcionar el
aminoácido correspondiente durante el proceso de traducción. Las moléculas de ARNt tienen
entre 75-90 nucleótidos, y su estructura secundaria presenta una conformación de hoja de
trébol, originada por porciones de tallo y bucles, con tres brazos que dan vuelta y un tallo
donde se ubican ambos extremos, 5′ y 3′. El extremo 3′ es la posición donde se une
covalentemente el aminoácido que será transferido a la proteína durante su síntesis. Cuando
el aminoácido ya se ha agregado, entonces la molécula se conoce como aminoacil-RNAt, y
la enzima encargada de catalizar esta reacción se conoce como aminoacilsintetasa de RNAt.
El bucle opuesto al tallo de los extremos 5′ y 3′ contiene la region anticodón, la cual reconoce
e interactúa con cada codón del RNAm a través de la complementariedad de bases. Los dos
brazos restantes participan en las interacciones de los RNAt con el ribosoma o con la
sintetasa. La hoja de trébol se repliega dando origen a una estructura terciaria en forma de
“L”, en cuyo brazo corto se encuentra la región aceptora del aminoácido y en el brazo largo la
región anticodón (Beas et al., 2009; Salazar et al., 2013).
Los RNAt se generan a través de mecanismos complicados de maduración de transcritos
primarios de longitud mayor que pueden originar más de una molécula. En procariontes, los
transcritos primarios pueden incluir la secuencia de hasta más de 20 moléculas de RNAt, en
tanto que en eucariontes parecen ser monoméricos. Sin embargo, todos los transcritos
primarios poseen secuencias intrónicas que, al eliminarse de manera alternativa y propiciar el
ajuste también alternativo de exones, pueden dar lugar a las diversas moléculas de RNAt.
Además, las bases nitrogenadas de los RNAt son modificadas enzimáticamente, dando
origen a bases nitrogenadas propias de este tipo de RNA, como la seudouridina, la inosina y
la ribotimidina, entre otras. En eucariontes, el porcentaje de bases nitrogenadas modificadas
puede llegar a representar hasta un tercio del total, en tanto que en procariontes la
proporción de este tipo de bases es menor (Beas et al., 2009; Salazar et al., 2013).
c) RNA ribosómico (RNAr)
El RNAr es componente fundamental de los ribosomas, los cuales son complejos
supramacromoleculares de RNAr y proteínas que se estructuran en dos subunidades, las
cuales según sus dimensiones se conocen como subunidad mayor y menor del ribosoma.
Tanto los RNAr como las subunidades ribosómicas de procariontes son más pequeños que
los de eucariontes. Así, en procariontes s han descrito tres RNAr cuya velocidad de
sedimentación en un campo centrífugo es de 23S, 16S y 5S (S corresponde a las unidades
Svedberg), en tanto que en eucariontes se presentan los RNAr 28S, 18S, 5.8S y 5S ( Beas et
al., 2009; Salazar et al., 2013).
Excepto el RNAr 5S de eucariontes, los demás se transcriben en un pre-RNAr de
aproximadamente 13 kb, el cual se procesa para dar origen a cada uno de los demás RNAr,
los cuales se autoensamblan con las proteínas ribosómicas para formar las subunidades, en
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el área del nucléolo, de donde son transportadas como complejos individuales hacia el
citoplasma, permaneciendo independientes hasta el momento en que participan en la
síntesis de proteínas. En el nucléolo confluyen además los RNA nucleolares pequeños, los
cuales son esenciales para el procesamiento del pre-RNAr. Al igual que para los RNAm y
RNAt, los transcritos primarios de RNAr también poseen regiones intrónicas que se eliminant
(Beas et al., 2009; Salazar et al., 2013).
Los ribosomas son el sitio específico que permitirá la interacción de los diferentes
participantes en la síntesis de proteínas: el RNAm con el código que determina la secuencia
de aminoácidos de la proteína; los RNAt que leen el mensaje, lo traducen y transportan al
aminoácido correspondiente, y diversos factores proteínicos que estabilizan el proceso.
Además, son los ribosomas los encargados de formar el enlace peptídico entre los diferentes
aminoácidos que conformarán la proteína estructuras intracelulares en que se realiza la
síntesis de proteínas (Beas et al., 2009; Salazar et al., 2013).
d) RNA pequeño nuclear (RNAsn)
Es el RNA presente en el núcleo eucarionte y está implicado en los procesos de maduración
del RNAm. En este proceso, el RNAsn se asocia a proteínas, formando las
ribonucleoproteínas pequeñas nucleares (RNPsn) que se encargan de eliminar intrones.
Cuando las RNPsn se unen al precursor del RNAm para eliminar los intrones se forma un
complejo RNA-proteína de gran tamaño, visible en el microscopio electrónico, y que recibe el
nombre de espliciosoma (spliceosome) (Salazar et al., 2013).
5. ¿Qué es el Código Genético?
Es el término que designa al sistema de códigos utilizado por la célula para sintetizar
proteínas a través del proceso de traducción, donde la secuencia de nucleótidos del ARNm,
que a su vez representa la secuencia del DNA, leyendóse en grupos de tres (o triplete), de
modo secuencial y sin interrupciones, para convertirse en una secuencia de aminoácidos
(Salazar et al., 2013; Goldberg et al., 2020).
El DNA está formado por cuatro bases nitrogenadas (A,C, G, T). En el código genético,
cada tres nucleótidos consecutivos actúa como un triplete que codifica un aminoácido o señal
específica que la célula interpreta durante el proceso de traducción. De esta manera, ya que
se dispone de cuatro bases diferentes, se tienen 64 diferentes combinaciones posibles de
tres nucleótidos (43), 61 de los cuales codifican para aminoácidos y tres marcan la
terminación de la traducción, lo que permite asignar de manera adecuada un código de tres
bases (o varios) para la formación de cada uno de los 20 aminoácidos presentes en las
proteínas y así poder descifrar el mensaje genético contenido en el DNA. Este sistema
muestra de manera práctica los 64 tripletes y su significado, a fin de poder interpretar la
información de una secuencia dada (Salazar et al., 2013; Goldberg et al., 2020).
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Tomado de: Salazar et al., 2013.

6. Características del Código Genético.
a) Está organizado en tripletes o codones: Cada tres nucleótidos (triplete) determinan un
aminoácido.
b) Es no solapado o sin sobreposicionamiento y continuo: Un nucleótido solamente
pertenece a un único triplete, esto es, cada base puede pertenecer sólo a un codón, de tal
forma que no hay duplicación ni omisión de ningún nucleótido en la lectura, y por lo tanto
no hay sobreposicionamiento. El cuadro de lectura de los tripletes es de manera continua
y lineal, sin que existan espacios en blanco.
c) Es degenerado: Hay aminoácidos codificados por más de un codón (excepto los codones
para los aminoácidos metionina y triptófano),y de forma general, en estos casos los
codones se parecen entre sí y difieren sólo en el tercer nucleótido, de manera tal que este
nucleótido presenta una baja especificidad, lo que se denomina “degeneración” de la
tercera base en la mayoría de los codones. Cuando un aminoácido puede ser traducido
por dos, tres, cuatro y hasta seis codones diferentes, estos tripletes son conocidos como
“sinónimos”, y no todos pueden ser reconocidos por el mismo anticodón, por lo que en
estos casos se observan dos o tres ARNt distintos, que pueden transportar el mismo
aminoácido, pero con diferentes anticodones.
d) Existen tres tripletes que no codifican para ningún aminoácido: UAA, UAG y UGA, que
tienen la función de terminar la traducción de una secuencia nucleotídica; esto es, que
una vez que se ha agregado el ultimo aminoácido que conforma la proteína en la cadena
polipeptídica, mandan señales de paro para detener el proceso de traducción e informar a
la célula que la síntesis proteica ha finalizado. Estos tripletes reciben el nombre de
codones de terminación, de paro o sin sentido.
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e) El código genético nuclear es universal: La interpretación de los codones por aminoácidos

es igual en todas las células de todas las especies, es decir, que todas “leen” los genes
de la misma manera. Actualmente, se han encontrado excepciones en las mitocondrias y
en ciertos protozoarios.

7. ¿Qué es un codón y un anticodón?

En el código genético, un codón es la secuencia de tres nucleótidos consecutivos (o
triplete) que codifican un aminoácido o señal específica que la célula interpreta durante el
proceso de traducción como el término de ésta. El anticodón es el triplete de bases que es
complementario con el codón en el RNAm (Salazar et al., 2013; Goldberg et al., 2020).
8. ¿En qué consiste la hipótesis del balanceo?
Hay aminoácidos codificados por más de un codon y de forma general, en estos casos los
codones se parecen entre sí y difieren sólo en el tercer nucleótido. La hipótesis del balanceo
(“Wooble hipothesis”) fue propuesta para explicar que un mismo anticodón puede establecer
interacción con distintos codones, que se diferencian en su tercera base, por lo que un
mismo RNAt puede aparearse con varios codones por el balanceo en la tercera posición del
codón (Ikemura, 1985; Salazar et al., 2013).
Entre codones reconocidos por el mismo RNAt, se prefieren los que presentan
apareamiento Watson-Crick (W-C) “tradicional” con el anticodón en la posición de balanceo.
La presencia de bases modificadas también establece un patrón de UCS organismo
específico. El balanceo presenta algunas características de preferencias que también
influyen en el UCS. En caso de haber una uridina tiolada o 5 carboximetil uridina en la
posición de balanceo del anticodón se prefiere un apareamiento con codones terminados en
A por sobre los codones terminados en G. Si en la posición de balanceo del anticodón está
presente una inosina, entonces se prefiere los codones terminados en U y C por sobre los
codones terminados en A. Esta observación evita apareamientos purina-purina erróneos. Los
codones con pirimidinas en la primera y segunda posición preferirán equilibrar las fuerzas de
interacción codón-anticodón con una C en la tercera posición del anticodón (Ikemura, 1985;
Rocha, 2004)
9. ¿A qué se refiere el término uso preferencial de codones?
El uso preferencial en el uso de codones o sesgo de uso de codones se refiere a las
diferencias en la frecuencia de aparición de codones sinónimos en el DNA codificante.
Diversos estudios han observado que existe preferencia por algunos codones sinónimos
entre genes de un mismo organismo y entre diferentes organismos (Grantham et al., 1980,
1981; Ikemura, 1981a,b, 1982) y también una posible correspondencia entre los ARN de
transferencia (RNAt) de las células y el uso de los codones como posible explicación
(Ikemura, 1981a, 1985).
Otra posible explicación a este fenómeno es la teoría de la selección-mutación-deriva
propuesta por Bulmer (1991), siendo la más aceptada a la fecha. En esta teoría, el uso de
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codones resulta del balance en una población finita entre la selección por eficiencia
traduccional (favoreciendo codones óptimos para cada aminoácido) y la mutación
acompañada de la deriva génica (la cual se rige por las frecuencias alélicas iniciales y
procesos aleatorios) que permite la persistencia de codones no óptimos.
REFERENCIAS
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1ª Edición. McGraw-Hill Education.
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Salazar, A., Sandoval, A., Armendáriz, J., 2013. Biología molecular fundamentos y
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