DNA VI – TRADUCCIÓ N

En este capítulo veremos como el DNA, pasa a ser una proteína, por medio del RNA y la TRADUCCIÓN. Vimos en el capítulo
anterior las características descubiertas del DNA, y que por tener cuatro bases se creía que no podía ser la responsable de
transmitir la información genética, debido a la idea de mínima variabilidad, pero gracias a experimentos anteriores, se vio
que esta molécula era la que transmitíala información genética, mientras que a mediados del siglo XX, Watson y Crick, por
medio del trabajo de Rosalin Fraklin, desarrollar un modelo del DNA tridimensional, y se empieza a tratar como se puede
llegar del DNA, hacer su lectura y llegar a las proteínas. Se vio el desarrollo de la teoría del flujo de la información genética,
el dogma central de la biología, que se ve que partiendo del DNA, se pasa al RNA y luego a las proteína. Pero luego se ve
que este dogma tiene un camino inverso, gracias al descubrimiento de la Transcriptasa Reversa, que permite el paso de
RNA a DNA.

Ya definimos la transcripción, para llegar al transcripto primario, que es el DNA mensajero INMADURO, luego del
procesamiento tenemos el ARN Mensajero procesado o maduro, con distintas proteínas, para salir del núcleo a través del
proceso del sitio nuclear, así en el citoplasma es reconocido por el Ribosoma, para comenzar la traducción y la síntesis
proteica.

Si vemos la definición de traducción es pasar de n idioma a otro, en la biología pasamos de una secuencia primaria de RNA
con nucleótidos, a otra secuencia primaria de aminoácidos. Cambiamos el lenguaje y la forma química, ya que los
nucleótidos y aminoácidos no son iguales ¿Cómo hace este RNA mensajero para dar lugar a los 20 aminoácidos que pueden
formar una proteína, sorteando el problema de la poca variabilidad? Pasando de cuatro nucleótidos a amioácidos. Lo que
ve Crick, es un orden lógico o lineal entre los aminoácidos y los nucleótidos? Se llegó a la pregunta de si existía un código o
una clave para este pasaje de RNA a PROTEÍNAS, luego se ve que respetando el orden de que cada tres bases dan lugar a un
aminoácido, y a ete ordenaminto se lo conoce como código genético. El ordenamiento de cada tres bases que da lugar a un
aminoácido. Así el código genético se puede definir como el ordenamiento de tres bases que codifica para x aminoácido. El
conjunto de nromas por la que el material genético puede traducirse a proteínas. Este código genético, que cada tres bases,
se traducen en un aminoácido, las tres bases conjuntas se conocen como un CODÓN. Cada Aminoácido va a estar
codificado por uno o varios codones, ya que si la cantidad de combinacioens posibles son 64, y la cantidad de aminoácidos
es 20, significa que la cantidad de codones que codifican para un aminoácido es mayor a uno, y por lo tanto varios cones
van a dar lugar a un mismo aminoácido, esta característica es lo que decimos que el CÓDIGO ES REDUNDANTE, ya que una
información está en varios codones. Otra observación es que este código genético es universal al estar en todos los
organismos, pero con el paso del tiempo ose ve que esto no es tan así, y que por ejemplo las mitocondrias tiene un código
genético distinto al genímico.

Se descubrió que en este código genético hay dos tipos de codones muy importantes. EL AUG, que codifica para la
metionina, y es el codón de inicio, siendo que todas als prote´nas van a tener la metionina como primer aminoácido (Ver
variación en bacteris). Luego tenemos los codones que no codifican para ningún aminoácido, que son los STOP, marcando
el fin del proceso de TRADUCCIÓN.

Si cada tres bases obtengo un aminoácido. Ahora tengo la idea o concepto del MARCO DE LECTURA, que depende de donde
Esta molécula de RNA, como todo RNA es una molécula lineal foramda por 80 nucleótidos, sintetizada por una polimnerasa
a partir de un gen, por el proceso de transcripción, pero con la POLIMERASA 3, y al igual que cualquier transcripto hay
INTRONES y EXONES. No hay una caperuza, pero si hay que sacar los INTRONES no codificantes. Este proceso es muy similar
al del menasjero. Este proceso es catalítico, hay enzimas que cortan los intrones y que pegan los exones.

El RNA se va a plegar, dando lugar a cuatro zonas apareadas y cuatro desapareadas. Las desapareadas me van a dar lugar a
zonas MUY IMPORTANTES. La zona ANTICODÓN es una, que es la que se pegará al codón que está en el mensajero por
complementaridad, luego tenemos la zona 3’, con una secuencia concenso, que tiene el aminoácido que se van a enganchar,
y se transportará, luego están los brazos D y T con zonas desapareadas, que poseen modificaciones covalentes de
nucleótidos, que estabilizan el pregamiento del RNA de TRANSFERENCIA.

Vemos que el código genético es redundante ya que el mismo aminoácido puede ser codificado por más de un codón, por lo
tanto, puede ser codificado por más de un ARN de transferencia, por la relación CODÓN – ANTICODÓN. Ahora lo que se
puede ver es el ejemplo de la LYS, donde las dos priemras bases en los cuatro RNA de transferencia, las dos primeras
posiciones donde se engancha el RNA de transferencia al mensajero, son posiciones RESTRICTIVAS, las DOS PRIMERAS
BASES, en cambio la tercera posición puede ser cualquiera de las bases, siendo esta la posición de balanceo.

Por ejemplo, cualquier RNA detransferencia que contenga prolina, se va a enganchar en la secuencia del mensajero que
codifica para prolina, teniedno como las dos primeras bases del CODÓN las bases CC, sin importar cual sea la tercera base.
LAS DOS PRIMERAS POSICIONES DEBEN SER IDÉNTICAS, la tercer base puede ser cualquiera de las cuatro.

Así cada aminoácido es TRANSPORTADO por un RNA de transferencia ESPECÍFICO. Entonces ¿Cómo hace el RNA de
transferencia para saber que AA le corresponde? Esta es la activación del AMINOÁCIDO, para el que se necesita una enzima
muy específica una AMINOÁCIL(X AA)-RNA de TRANSFERENCIA SINTETAZA. Es específica para incorproar un aminoácido
particular, por lo tanto, hay 20 enzimas específicas que le dan la especificidad al proceso.

Este proceso funciona de la siguiente forma, tenemos el aminoácido, y se va a formar un intermediaio de altaenergía, MUY
INESTABLE, que se forma por el proceso de ACTIVACIÓN, agregando una ADENOSINA MONOFOSFATO en el carboxilo
terminal, que tiene una gran cantidad de energía, por lo cual es muy INESTABLE, y va a terminar rompiéndose, y caudno esto
suceda, va a ocurrir una transferencia del AA hacia el OH del C 3, del ARN de TRANSFERENCIA. La enzima se une al RNA de
Transferencia por medio de la teoría de llave-cerradura, o sea por complementaridad molecular, dando mayor especificidad
al RNA de transferencia. Así hay una enzima para cada AA, la complementaridad molecular, y a parte de eso, tiene la
capacidad de llevar a cabo una EDICIÓN HIDROLÍTICA, PARA CORREGIR ERRORES, por ejemplo si tenemos la LEUSINA y la
ISOLEUSINA, que son muy similares, y puede incorproarse un AA incorrecto en el ARN de T. Por lo tanto cuando se une el
RNA de T al AA, el AA entra en un bolsillo de la enzima, donde ocurre la catálisis de la unión de ARN de T y AA. Lo que hace la
enzima es tratar de forzar la salida del AA. Lo que sucede es lo siguiente, en el primer bolsillo se lleva a cabo la catálisis de la
unión del RNA de T y el AA de forma específica, ahora cuando se lelva al segundo bolsillo de forma forzosa, se ve que si
puede ingresar el AA a este, sucede la hidrólisis de la unión del AA y el ARN de T, para volver a unirse alAA correcto. Si el AA
es correcto, no llega a este segundobolsillo y la unión es la correctaª Así que en este segundo bolsillo, es donde sucede la
HIDRÓLISIS DE EDICIÓN.

Esta traducción tiene una gran cantidad de puntos de control para evitar cometer errores. Uno de estos puntos es la
aminoacil-arndetransferencia sintetasa, que le da la especificidad para saber que AA va a transportar. Luego otro punto es la
unión del RNA de T al RNA msj, entre CODÓN y ANTICODÓN muy específica, dada por las dos bases de restricción. Ahora
¿Quién codifica, lee el mensaje, siendo el mediador entre el RNA de T y el RNA MSJ? Otro RNA importante, que es el ARN
RIBOSOMAL, es el que forma parte de los ribosomas. Estos fueron descubiertos en el 53 los ribosomas, pero recién en el
2000 se pudo entender como estaban formadas. Son una estructura muy compleja, muy similar en procariontes y
eucariontes. Fueron descubiertos por medio de la centrifugación diferencial, debido a que tenían distintas velocidades de
segmentación, y en base a estas velocidades, se fue nombrando cada una. En Procariontes se llama 70 S y en ecuariontes era
80 S. Luego se vio que estaba formado por dos sub unidades, una maor y otra menor, y que ambas están asociadas a
proteínas. Estos ribosomas, se los puede llmar Riboenzimas, debido a que pueden CATALIZAR REACCIONES, las de la síntesis
proteica. La subunidad mayor cataliza los enlaces peptídicos, mientras que la menor es un soporte de colocación del RNA
MENSAJERO. Si ensamblo ambas subundiades, tendría CUATRO SITIOS DE IMPORTANCIA.
En la subundiad menor tenemos donde se ensambla el mensajero, y entre las dos subunidades tenemos tres sitios más. El
sitio A donde se incorpora el RNA de Transferencia con el AA, para ser incorporado a la cadena, el sitio P donde vamos a
tener al RNA de T, enganchado a la cadena peptídica que se está sintetizando. Luego un sitio E, que es el sitio de eliminación,
que una vez que se produzca el enlace peptídico entre la cadena y el ARN de T de los sitios A y P, queda el RNA de T vacío en
el sitio E, sin AA, para luego ser expulsado o eliminado

¿Cómo es el proceso? Tenemos el RNA maduro que saldrá del complejo de poro nuclear con la caperuza en el extremo 5’ con
la proteína CBC. Esto indica que es un RNA M y que es el EXTREMO 5’. Sale del núcleo y en el CITOSOL hay dos proteínas
importantes, que son FACTORES DE INICIO DE LA TRADUCCIÓN. Estas proteína s desplazan a la proteína CBC y se unen a la
capeura. De esta forma el RNA queda marcado para que venga el ribosoma y pueda leerlo e iniciar la síntesis proteica.

Primero tenemos uan fase de inicio, con la subunidad menor del ribosoma, el RNA de T con Metionina, que se colocará en la
zona que va a corresponder posteriormente al sitio P. Luego hay otros factores de iniio que se van unir a esta metionina, con
actividad GTPasa. Cuando llega este mensajero con las proteínas de inicio, se ubica en el sitio de unión del mensajero de la
subundiad menor del ribosoma, formando un complejo que inicia la traducción. Ocurre que la Sub U menor del Ribo
comienza a avanzar leyendo este mensajero hasta encontrar el AUG, e incorpora la Metionina, se uene el RNA de
transferencia a este codón, se hidroliza GTP, y se libera energía para que pueda llegar y ensamblarse la sub U Mayor del
ribosoma, gracias a la proteína con actividad GTPasa que está unida a la metionina. Todo esto sucede en el Sitio P, la sub U
menor lee el codón siguiente, y viene el ARN de T cargado por el siguiente AA que debe incorproarse, en el sitio A. La sub U
mayor con la actividad catalítica rompe el enlace de la Metionina con el RNA de T, formando un enlace de este AA con el del
sitio A, teniendo la cadena poliP enganchada al RNA de T del sitio A.

Ahora veremos la formación del enlace peptídico. En este caso el grupo Amino del AA que entró en el sitio A, va a atacar al
grupo COOH del AA que está enganchado al RNA de T del sitio P, produciendo la ruptura, y quedando el ARN de T con el OH
libre, así este C se va a unir al grupo NH, del AA del sitio A. Teniendo siembre el enganche de los aminoácidos en el C
terminal.

Se produce una translocación de la Sub U mayor y luego de la menor, avanzando hacia delante, de esta forma el Arn de T en
el sitio P queda en el sitio E y el RNA de T en el sitio A queda en el sitio P, quedando el sitio A vacío. El RNA de T en el sitio E
va a eliminarse para poder ser reutilizado al unirle otro AA, y va a ingresar otro RNA de T al sitio A vacío para poder proseguir
la síntesis. De esta forma se va formando la cadena peptídica, y esta es la ELONGACIÓN DE LA CADENA, pero este proceso es
más complejo, ya que es controlado porque no puede cometer errores en la síntesis proteica. El proceso es controlado por
los FACTORES DE ELONGACIÓN, teniendo a dos como los más importantes. Uno que se une al RNA de T, que tiene al AA que
va a ingresar al sitio A, que tiene actividad de GTPasa, generando una cierta torsión sobre el RNA de transferencia al estar
unidos, para que cuando ingrese al sitio A, se aleje al AA que transporta de la cadena, para evitar la formación del enlace
peptídico, hasta que se cheque se es el AA que coifica el codón del mensajero. Si la unión por complementaridad de bases es
correcta, ocurre la hidrólisis del GTP, se da un cambio conformacional, se libera este factor de elongación, el RNA de T pierde
la distorsión y está lo suficientemente cerca para realizar el enlace peptídico. Lo que lleva a cabo este factor de traducción es
unirse al ARN de T que posee cargado el AA es una función de control, para permitir que se realice el chequeo de que la
complementaridad de bases sea la correcta entre el ARN msj y el ARN de T. Cuando esto es correcto permite que se
desarrolle en elnlace peptídico.

Otro factor importante se ve cuando se realiza la TRANSLOCACIÓN de los RIBOSOMAS, cuando se produce la translocación de
la sub U mayor, hay otro factor que se une al sitio A, antes que ingrese otro AA a ese sitio y de forma previa a que transloque
la sub U menor, chequeando que todo esté correcto. En caso de que esté correcto, se hidroliza el GTP, y se libera energía,
permitiendo la translocación de la SUB U menor, mientras se libera el factor de eleongación.

Estos factores tienen como funciones impulsar la traducción liberando energía por hidrólisis de GTP, aumentan la exactitud y
precisión de la incorporación de los aminoácidos.

Ahora vemos el final de la tracucción. El proceso prosigue hasta llegar a un codón de finalización para el cual no hay un ARN
de T que codifique para estos codones. Lo que se vio es que hay proteínas que se unen al sitio A y que sonfactores de
liberación, con la capacidad de unirse por complementaridad molecular o estructural a este codón, teniendo el enganche
justo, siendo que el ribosoma no sabe que es lo que se unió, así que cataliza el enlace peptídico, y corta para transferir la
cadena popliP al AA del sitio A, pero como no hay AA en este sitio, la unión no se realiza.
Sólo se realiza el corte de la cadena POLIP liberándose del complejo. Cuando transloca esta sub U mayor, esta proteína no
encaja bien en el sitio P, por lo que hay un cambio comformaciónal tal en el complejo que se desensambla todo el complejo
tanto el RNA msj, la SUB U Mayor y la SUB U Menor.

Este sería el proceso de traducción!

Ya se vió que a partir de un gen se pueden tener en los eucariontes un montón de RNA similares, y que cada moléculas de
mensajero puede dar lugar a una gran cantidad de proteínas, o a una sóla, siendo esta la eficiencia de la traducción. Se vio
esat forma de ‘gusanos’ que eran una hebra de mensajero leída simultáneamente por numerosos ribosomas. Cada proteína
sale a tiempos distintos, ya que cada ribosoma está en posiciones distintas, pero todas las proteínas serán iguales. Esta
estructura es lo que se llama POLIRRIBOSOMAS. Cuando hay polirribosomas quiere decir que esta proteína tiene una síntesis
muy alta porque muchos ribosomas la traducen al mismo tiempo.

Hay varaiaciones en el código genético, teniendo AA modificados MUY IMPORTANTES que determinan sitios activos de
enzimas, habiendo entonces más de 20 AA, entonces ¿Qué ARN de T codifica par aestos AA? El ejemplo es la
SelenoCISTEÍNA, considerado el AA número 21, que es el sitio activo de muchas enzimas. Se vio que hay un ARN de T qe la
transporta, pero no hay una enzima que la incorpora al ARN de T, y tiene como anticodón ACU. Como no existe ninguna
sitnetiza, utiliza la enzima de la serina. ¿Qué sucede? Se Incorpora serina a ete RNA de T y luego se reemplaza un azufre por
Selenio, gracias a una modificación covalente. Entonces sucede el proceso de traducción que ya conocemos. El mensajero es
leído hasta encontrar el codón de este anticodón que es UGA, que es un codón de stop, entonces ¿Qué suede? ¿Detengo la
síntesis o prosigo con esta? Hay carácter´siticas en el mensajero que muestran como debe proseguir. El mecanismo
particular es la presencia de un blucle en el mensajero, capaz de unir a un factor de síntesis de seleno cisteína. Así cuando el
mensajero presenca el codón stop, pero con el blucle para el agreagado de selenocisteína, y el factor de traducción
específico de este, se prosigue con la traducción. Hay una gran cantidad de modificacioens como estas, siendo uan
traducción recodificada, viendo el contexto del mensajero, como el bucle, una característica importante para la
interpretación en la traducción. Hay otros arreglos y modificaciones del contexto de traducción en esta Traducción
Recodificada, con otros factores específicos de traducción y modificaciones en el RNA mensajero que dan lugar a la
introducción de otros AA MODIFICADOS.

Esto significa que tenemos un sistema de traducción que puede leer el contexto del mensajero para resolver las vriaciones
existentes y necesarias que presenta nuestro código genético. Ya hablamos de la presencia de los muchos puntos de control
existentes en la traducción. Cuando vimos al transcripto priamrio eliminando los intrones, obteníamos a un msj con exones,
la cola poliA y la caperuza. Existen una proteínas, complejos de unión a exón que se unen entre dos exones, marcando que
hay dos exones, de esta forma el msj maduro sale del núcleo, cuando llega al citosol, el ribosoma lee este mensajero y a
medidada que avanza va elimianndo a estos complejos, indicando que adelante tengo un exón, chequeando que el
mensajero que salió del núcleo es CORRECTO. Si por algún error me queda un intrón en la secuencia del msj que sale del
núcleo y encima tengo un codón stop dentro de este. Buieno, en el núcleo n otengo mecanismo que me diga que esto está
mal, pero las proteínas de unión a exones no van a estar gracias a la presencia del intrón. Cuando el ribosoma lea el
mensajero, y se encuentre con un codón stop, y se encuentre con exones posteriores a este codón stop. Vemos las proteínas
Upf que indiacn al ribosoma que no puede parar la traducción ahí por la presencia de otros exones. De misma forma se ve un
acmbio en el marco de lectura, por lo tanto la proteína que sitnetizaría este ribosoma sería anómala, y las proteínas Upf
disparan la degradación de este mensajero, para que no se vuelva a traducir. De esta forma se lleva a cabo el inicio de la
degradación por tripletes sin sentido, siendo estos los codones de Stop, siendo otro punto de control en el mecanismo de la
traducción.

Los puntos de control son el correcto procesamiento del mensajero, luego la aminoacil arn de t sintetasa, la
complementaridad de codón-anticdón, los factores de inicio y elongación, junto a los factores, y el control de caldiad por la
degradación por secnuencias de tripletes sin sentido, cuando todo esto es correcto, obtenemos la secuencia primaria de la
proteína, y leugo de esto la proteína va a sufrir las modificaciones postraduccionales y el plegamiento, siendo este último el
que le da la función. Esta proteína se puede plegar mientras se va sintetizando, de forma cotraducción, o de forma
postraduccional, plegándose en la conformación termodinámicamente más estable.

Esta proteína puede no plegarse correctamente y necesite la ayuda de otras proteínas, las chaperonas, para que las plieguen
correctamente, y a veces estas tampoco pueden solucionar el problema
Cuando las chaperonas no pueden corregir el pelgamiento, las proteínas se van a marcar con ubiquitina, y se van a dirigir al
proteosoma para degradarse.

Otra posibilidad es que no se puedan ubiquitinar, porque el sitio de ubiquitinización esté modificado. Entonces esta proteína
se acumula en el citosol y se producen procesos patológicos. La célula resuelve este problema de alguna forma. La señal
crítica son las regiones hidrofóbicas expuestas, ya que esto no debe ser así.

Hay dos tipos de chaperonas, las cotraduccionales que tapan estos sitios, impidiendo que se pliegue mientras se sintetiza, que
luego de sitnetizarse por completo la proteína, las uniones de las chaperonas con estos sitios hidrofóbicos que no deben ser
expuestos, que una vez sintetizada, se rompen estas uniones de la cadena de AA con la chaperona, y se libera energía.

Si se pliega de forma correctamente, va a cumplir su función correctamente, pero si no, van a actuar otras chaperonas, las
chaperoninas, que actúan a nivel postraduccional, y una vez que la proteína mal plegada puede ingresar en este tambor (la
chaperonina) pliega a la proteína de forma plegada. En caso de que no se pueda plegar a pesar de todo esto, se la marcará
con ubiquitina, y se degradará. La ubiquitina es una molécula pequeña de 76 AA, que marca proteínas. Según el patrón con el
que se marque a la proteína, debido a las variaciones de la función de estas, va a degradarse la proteína.

Funciones de ubiquitinazción: Monoubiquitinización para agregar una ubiquitina para regular histonas, la
multimonoubiquitinización, donde se agrega una ubiquitina para porcesos de endocitosis, luego la poliubiquitinzación, que es
el agregado de al menos 4 ubiquitinas en u nresiduo de Lys, con distitnas funciones, dependiendo en que residuo de Lys, por
ejemplo, en la Lys 48.

Si tengo este patrón de ubiquitinación esta molécula será reconocida por el proteosoma y será degradada. Hay una enzima
intermediaria que se carga primero ella con la ubiquitina, y la transfiere a otro complejo enzimático, la ubiquitina ligasa, que
reconoce un sitio hidrofóbico de una proteína que debe ser degradada,y va a transferir al grupo amino de la Lys 48, y este
ciclo se repite hasta transferir 4 ubiquitinas mínimamente. Esta molécula marcada será identificada por un complejo proteico,
el proteosoma, siendo reconocido por la subunidad 19S, ingresando al complejo proteico de estructura cilíndrica, y se
produce la ruptura de la proteína, liberando los AA al citosol nuevamente.

Todo esto puede ser muy patológico si no se pueden degradar las proteínas y se acumulan en el citosol. ¿Por qué no se
pueden degradar? Si tienen uan mutación de en el sitio de poliUbiquitinización, o cuando el proteosoma funciona mal.
Normalmente cuando se acumulan las proteínas no degradables, se entra en un proceso de stress oxidativo, y esto termina
matando a la célula.