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Detección y cuantificación biomolecular 2 (2014) 35–42

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Detección y cuantificación biomolecular

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Artículo de revisión

La reproducibilidad de la investigación biomédica: ¡Durmientes despiertos!

Stephen A. Bustin ∗
Facultad de Ciencias Médicas, Instituto Médico de Postgrado, Universidad Anglia Ruskin, Chelmsford CM1 1SQ, Reino Unido

información del artículo abstracto

Historia del artículo: Existe una creciente preocupación por la confiabilidad de la investigación biomédica, con artículos recientes que sugieren que
Recibido el 15 de diciembre de 2014 Recibido en se desperdicia hasta el 85% de la financiación de la investigación. Este artículo sostiene que una razón importante de esto es
forma revisada el 8 de enero de 2015 Aceptado el 12
el uso inadecuado de técnicas moleculares, particularmente en el campo de los biomarcadores de ARN, junto con una
de enero de 2015
tendencia a exagerar la importancia de los hallazgos de la investigación.
On-line el 21 de enero de 2015
© 2015 Los Autores. Publicado por Elsevier GmbH. Este es un artículo de acceso abierto bajo el CC.
Licencia BY-NC-ND (http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/).
Palabras clave:

Reproducibilidad
Biomedicina
qPCR
Microarrays
Cáncer
Secuenciación de próxima generación

Contenido

1. ¡Es hora de escuchar! . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35

2. ¡Es hora de actuar! . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
3. ¿Alguien está escuchando? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
4. Falta de reproducibilidad. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
5. Problemas técnicos. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
6. MIQE. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
7. Biomarcadores. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
8. Exageración y retractaciones. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
9. Relevancia biológica. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
10. Conclusiones. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
11. Declaración. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
Reconocimiento . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
Referencias. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40

1. ¡Es hora de escuchar!

está mal concebido, mal ejecutado, analizado de forma inapropiada, informado de
forma inadecuada, desviado por prejuicios y sofocado por la burocracia.
La mayoría de los investigadores son conscientes de que la traducción a la
El primer artículo considera las prioridades de investigación y cuestiona
práctica clínica de incluso los hallazgos más prometedores de la investigación
su relevancia para la salud humana en el contexto de una inversión mundial
básica es lenta y poco común. [1] y que la eficacia clínica de los fármacos no puede
en investigación biomédica de alrededor de US $ 240 mil millones. [3]. El
predecirse de forma fiable a partir de pruebas preliminares basadas en la
segundo destaca la ausencia habitual de protocolos escritos detallados y la
investigación [2]. Una serie de cinco artículos y un editorial impreso en The Lancet
documentación deficiente de la investigación y comentarios sobre la
a principios de 2014 abordaron este tema, llegando a la asombrosa conclusión de
preferencia sistemática por la cantidad en lugar de la calidad y la novedad en
que el 85% de los fondos biomédicos se desperdicia en investigaciones que
lugar de la confiabilidad.[4]. El tercer artículo analiza el enfoque moderno de
la regulación, la gobernanza y la gestión de la investigación biomédica y
enfatiza cómo una gestión ineficiente puede comprometer fácilmente los
∗ Tel .: +44 08451964845. intereses de los pacientes y del público.[5]. El cuarto señala que un gran
Dirección de correo electrónico: Stephen.bustin@anglia.ac.uk porcentaje de salud

http://dx.doi.org/10.1016/j.bdq.2015.01.002
2214-7535 / © 2015 Los Autores. Publicado por Elsevier GmbH. Este es un artículo de acceso abierto bajo la licencia CC BY-NC-ND (http://creativecommons.org/licenses/ by-nc-nd / 4.0 /).
36 SA Bustin / Detección y cuantificación biomolecular 2 (2014) 35–42
Los protocolos asociados a la investigación, los informes completos de los estudios
y los conjuntos de datos a nivel de los participantes rara vez están disponibles, que
hay informes selectivos de métodos y resultados y que esto conduce a la
introducción de sesgos, afecta negativamente la atención de los pacientes y
desperdicia enormes cantidades de fondos para la investigación. [6]. El artículo
final vuelve a enfatizar el requisito absoluto de informes precisos, exhaustivos y
transparentes y señala que, si bien las directrices para los informes son
importantes, todas se adoptan y se cumplen mucho menos de lo que deberían.[7].
Por último, el editorial analiza el fracaso constante y colosal de los resultados de la
investigación inicialmente prometedores para traducirse en mejoras en la salud a
la luz de los muchos factores económicos, políticos, sociales y culturales que
influyen en los investigadores, financiadores, reguladores, instituciones y
empresas.[8]. Los autores hacen la revolucionaria sugerencia de que, en lugar de
utilizar factores de impacto de las revistas para evaluar a los académicos, podría
ser más constructivo medir el rigor metodológico, la transparencia de los informes
y la reproducibilidad de los resultados de su producción, lo que, por supuesto,
facilitaría la publicación de publicaciones más fiables y fiables. datos
biológicamente relevantes.
2. ¡Es hora de actuar!
Las llamadas de Clarion no son mucho más fuertes, insistentes o con más
autoridad. Las principales recomendaciones de los autores involucran propuestas
para mejorar todos los aspectos de los procedimientos de proyectos de
investigación relacionados con la estandarización, la gobernanza y la
infraestructura del entorno de investigación:
• Mejorar los resultados de la investigación traslacional aumentando la claridad de los
investigadores, financiadores y reguladores con respecto a la justificación de la
propuesta de investigación y la transparencia de los protocolos. [3].
• Hacer que los resultados de la investigación sean más confiables y relevantes
asegurando la disponibilidad pública de protocolos, planes de análisis, datos
brutos y brindando capacitación continua y desarrollo profesional junto con
incentivos de recompensa. [4].
• Agilizar la gestión de la investigación biomédica para adecuarla al objetivo
mediante la armonización de las normativas y los procesos que afectan a la
investigación, junto con los diseños de investigación y el seguimiento
adecuados. [5].
• Hacer que la información esté más disponible mediante la adopción de métricas de
desempeño para la distribución de protocolos y resultados de investigación, el
desarrollo de estándares para las prácticas de intercambio de datos y la introducción
de políticas legalmente aplicadas sobre el intercambio de información. [6].
• Asegurar que los informes de investigación aborden las necesidades de los
usuarios de la investigación fomentando informes mejores y más completos e
invirtiendo en el desarrollo y mantenimiento de una infraestructura para la
presentación de informes, la revisión y el archivo. [7].
3. ¿Alguien está escuchando?
Por supuesto, estos son objetivos muy loables y todos tienen perfecto sentido,
sin embargo, es difícil no echar un vistazo a propuestas anteriores de este tipo,
generalmente publicadas por la misma cohorte de autores en revistas igualmente
prominentes de alto factor de impacto. Realmente es sorprendente el tiempo que
ha habido informes sobre la mala calidad de la metodología de investigación, la
implementación inadecuada de los métodos de investigación y el uso de
procedimientos de análisis inapropiados, así como la falta de transparencia de los
informes. Ninguno de ellos ha logrado impulsar a los investigadores,
financiadores, reguladores, instituciones o empresas a la acción.
Por ejemplo, una narración anterior, más corta, pero similar, de los problemas
que enfrenta la investigación aplicada expresó sorpresa por el nivel de desperdicio
causado por problemas tales como estudios de investigación mal diseñados que
persiguen las preguntas equivocadas, y luego se demoran o no se publican en
revistas revisadas por pares. y finalmente informar los resultados de forma
selectiva [9]. La lista de recomendaciones de los autores para abordar estos
problemas fue bastante similar a las publicadas cinco años después,
y se repite en varios análisis complementarios de los desafíos que enfrenta:
investigación ómica con respecto al tamaño de la muestra y el sesgo [10], prácticas
de validación [11] y diseño, realización y análisis de dichos estudios [12]. Si estas
exposiciones han tenido mucho impacto es una incógnita, pero el hecho de que
haya una reiteración incesante de los mismos problemas sugiere que no.
Sorprendentemente, en esta era de supuesta austeridad, ni a los políticos ni al
público parece importarles que se desperdicie la mayor parte del esfuerzo de
investigación. Es impactante que mientras se recortan los presupuestos de
atención primaria de salud, los tiempos de espera de los pacientes aumentan y la
infraestructura médica se está desmoronando, ninguna investigación de los
medios analiza el enorme desperdicio que es tan evidente para los propios
investigadores y, si se detiene, traería enormes beneficios para " nuestra salud,
nuestro consuelo y nuestra comprensión de la verdad "[12]. Es verdaderamente
extraordinario que, si bien la mayoría de los investigadores son conscientes de las
fallas fundamentales que afligen a la investigación biomédica, muy pocas
personas, instituciones, editores de revistas o agencias de financiación están
dispuestos a poner la cabeza por encima del parapeto de lo que a veces parece
sospechosamente un silencio conspirativo.
4. Falta de reproducibilidad
Durante algún tiempo se ha considerado que el principal problema
ya no es la validez de las medidas de expresión, sino la fiabilidad de las
inferencias a partir de los datos. [13]. Esto convenientemente ignora el
hecho de que los resultados de miles de estos estudios permanecen en
la literatura científica y es probable que confundan las opiniones
actuales y los estudios futuros. Además, aunque el análisis de datos
inadecuado es, por supuesto, un problema importante, el desprecio
generalizado y el rechazo de la variabilidad técnica sigue siendo el
núcleo de gran parte de la reproducibilidad endémica en la
investigación biomédica. Esto se demuestra más obviamente por el
hecho de que los investigadores independientes no pueden reproducir
la gran mayoría de trabajos publicados revisados por pares.
Si bien la repetibilidad, la replicación exitosa de los resultados y conclusiones
de un estudio en el mismo laboratorio, es importante, la reproducibilidad, definida
como la confirmación independiente de los resultados y conclusiones de un
estudio, es la base sobre la que se basa el principio científico. Lamentablemente,
ha quedado claro que los resultados reportados por la mayoría de las
publicaciones en el campo biomédico no cumplen con ese criterio básico. En una
investigación reciente, al menos la mitad de los investigadores encuestados
tuvieron la experiencia personal de no poder reproducir los datos publicados y
muchos no pudieron resolver el problema incluso con la ayuda de los autores
originales.[14]. En otra investigación, 11/12 (92%) estudios no pudieron
reproducirse cuando los métodos descritos en los artículos originales se replicaron
exactamente, 26/38 (68%) cuando los métodos se adaptaron y 2/2 (100%) cuando
se utilizaron diferentes métodos. fueron usados[15]. Por cierto, no está claro si los
autores analizaron 67 o 57 proyectos, ya que los números de una de sus cifras
suman 67, mientras que los de otra suman 57. Un tercer estudio no pudo
reproducir 47/53 (89%) de hallazgos incluso cuando se consultó a los laboratorios
que realizaron los experimentos originales acerca de sus métodos y, en algunos
casos, el experimento se repitió en el laboratorio original[dieciséis]. Es revelador
que todos los estudios cuyos hallazgos se pudieron reproducir proporcionaron
información completa sobre los reactivos y los autores habían prestado mucha
atención a los controles y al sesgo de los investigadores. Un examen de 271en vivo
Los estudios que utilizaron modelos de roedores o primates no humanos
concluyeron que solo el 60% de los artículos incluían información sobre el número
y las características de los animales y solo el 70% proporcionaba descripciones
detalladas de los análisis estadísticos. [17]. De manera similar, el 54% de todos los
recursos mencionados en más de 200 publicaciones recientes en los campos de
Neurociencia, Biología del Desarrollo, Inmunología, Biología Celular y Molecular y
Biología General no pudieron ser identificados adecuadamente,
independientemente del dominio, factor de impacto de la revista o los requisitos
de información[18]. Sin embargo, otra investigación se propuso
 SA Bustin / Detección y cuantificación biomolecular 2 (2014) 35–42
evaluar el diseño del estudio, los análisis estadísticos y la presentación de informes
de 156 artículos publicados en 2008 sobre investigación cerebrovascular. Pocos
artículos se basaron en hipótesis o se diseñaron adecuadamente, muchos no
incluyeron información adecuada sobre métodos y resultados y se caracterizaron
por detalles estadísticos deficientes.[19]. Todos estos eventos llevan a la inevitable
conclusión de que existe una espectacular falta de atención a los detalles por parte
de investigadores, revisores y editores.
5. Problemas técnicos
El punto de vista de que ya no existe un problema con la validez de las
medidas de expresión también se ve desafiado por la clara evidencia de que
las técnicas moleculares pueden no ser adecuadas para su propósito. Los
problemas asociados con la PCR cuantitativa en tiempo real (qPCR) han sido
ampliamente ventilados[20-28], pero el énfasis en qPCR ha ocultado las
complicaciones asociadas con el paso de transcripción inversa (RT), que
convierte el ARN en ADNc. La RT es una técnica molecular básica y esencial
que se alimenta de una serie de otros métodos que se han convertido en el
pilar de las aplicaciones en la biología moderna, el diagnóstico, la medicina,
la ciencia forense y la biotecnología. Esta reacción se lleva a cabo mediante
una selección de diferentes enzimas con diferentes propiedades que no solo
son específicas de la enzima, sino que también dependen de los tampones
avanzados suministrados con las enzimas. Hubo un reconocimiento
temprano de que una consideración de la estructura del ARNm es esencial
antes de cualquier investigación sobre la expresión génica.
[29] y que las transcriptasas inversas (RTasas) difieren en su capacidad para
transcribir a través de la extensa estructura secundaria en el ARNm[30,31].
Esto llevó a la comprensión de que la variabilidad tanto técnica como
biológica debía tenerse en cuenta al analizar los resultados de los
experimentos de RT-qPCR y que la variabilidad del paso de RT presentaba un
impedimento importante para la interpretación confiable de los datos.
[32]. Informes posteriores mostraron que el método de cebado de ADNc afecta
tanto a la precisión como a la reproducibilidad de los experimentos de RT-qPCR.
[33,34] y que las reacciones cebadas por cebadores específicos del objetivo son
lineales en un rango más amplio que las reacciones similares cebadas por
cebadores aleatorios [35]. La primera evidencia empírica de que la alta variabilidad
es una propiedad inherente del paso RT se proporcionó en 2004 con dos
publicaciones bastante importantes, pero lamentablemente pasadas por alto. El
primero mostró que las medidas de expresión génica de RT-qPCR son
comparables solo cuando se utilizan la misma estrategia de cebado, condiciones
de reacción y concentración de ARN en todos los experimentos.[36]. El segundo
cDNA dependiente de la diana y de RT reportado produce que difieren en hasta
100 veces[37], algo que también se aplica a la RT-PCR digital
[38]. Se sigue ignorando la acertada recomendación del artículo de que los
ensayos deben realizarse al menos como duplicados comenzando con la reacción
de transcripción inversa, a pesar de que la solidez de ese consejo fue demostrada
por una publicación de seguimiento.[39]. Otro artículo informó que los factores
relacionados con los genes son los principales determinantes de la variabilidad de
la RT y pidió una evaluación de la robustez de la RT de los genes de control en la
normalización de RT-qPCR.[40]. Un artículo reciente ha demostrado que los
cambios de veces reportados por la mayoría de los biomarcadores de ARN están
dentro del rango de variabilidad observado cuando se llevan a cabo múltiples
reacciones de RT en la misma plantilla.
[41]. Las conclusiones de estos artículos son bastante crudas y colocan
signos de interrogación detrás de muchos de los resultados informados no
solo en la literatura biomédica sino en la literatura científica en su conjunto.
Desafortunadamente, las recomendaciones de mejora se ignoran
universalmente y un gran número de publicaciones que utilizan el paso RT
se caracterizan por informes y conclusiones inadecuados y no transparentes
que se basan en cambios de expresión dentro de la variabilidad
experimental.
6. MIQE
Las directrices de "información mínima para la publicación de
experimentos qPCR" (MIQE) constituyen una lista de recomendaciones que
37
apuntar a la confiabilidad de los resultados de qPCR, con el objetivo de
ayudar a garantizar la integridad de la literatura científica, promover la
coherencia entre laboratorios y aumentar la transparencia experimental
[25]. Son las iniciativas más citadas, que incluyen MIAME[42] y MISFISHIE [43]
dirigido a diversas técnicas moleculares. MIQE se basa en una propuesta
anterior destinada a mejorar la calidad de los experimentos de RT-qPCR en
2002[44]y cubre todos los aspectos importantes para el ensayo de qPCR en
sí, así como cuestiones relacionadas con los parámetros previos y
posteriores al ensayo. En 2009, era bastante obvio que muchas
publicaciones que utilizaban métodos basados en PCR tenían graves
defectos y que esto perjudicaba la capacidad de los lectores para evaluar
críticamente la calidad de los resultados publicados. El detonante real para la
publicación de las pautas de MIQE fue proporcionado por las secuelas de un
artículo que utilizó RT-qPCR para detectar el virus del sarampión en niños
con autismo.
[45]. Estos resultados nunca se reprodujeron de forma independiente
[46–48]ni repetido por los propios autores [49]. Un análisis de los datos
brutos subyacentes a la publicación original reveló una serie de errores,
métodos de análisis inapropiados y malas interpretaciones que
invalidaron por completo cualquiera de los hallazgos del artículo.[50,51]
. A pesar de la presentación de evidencia detallada en los principales
ensayos de autismo en 2007 en los EE. UU., Tres juicios iniciales y tres
juicios de apelaciones posteriores que confirman que los datos
subyacentes no eran confiables, este artículo nunca se ha retractado y
sus conclusiones falsas siguen sin estar restringidas en la literatura
científica.
El número de citas de la publicación original de MIQE en la literatura
revisada por pares acaba de pasar de 3000, ha sido seguida por varios
editoriales sobre su implementación. [26,52,53]y ha fomentado la
publicación de las directrices MIQE para PCR digital [54]. Todos los
principales fabricantes de instrumentos y reactivos incorporan las
directrices en la formación de sus especialistas en aplicaciones de
campo, fomentan activamente su implementación, apoyan y organizan
talleres en todo el mundo y publican guías eficaces para ayudar a su
realización.[55,56]. Desafortunadamente, los investigadores mismos
son mucho menos entusiastas y, además de los miles de artículos
revisados por pares que ya están publicados, miles más se publican
cada año sin tener en cuenta las pautas de MIQE e informan resultados
y conclusiones que probablemente no sean correctos.[57,58]. Encuestas
recientes de publicaciones basadas en qPCR encontraron que los
problemas abordados por las pautas de MIQE continúan persistiendo
[28,59] y una investigación centrada en los procedimientos de
normalización de los biomarcadores de cáncer colorrectal asociados
con RT-qPCR concluyó que prácticamente ninguno de los estudios pudo
evaluarse de forma fiable [60].
7. Biomarcadores
La identificación de biomarcadores clínicamente útiles ha sido una de las áreas
de investigación más activas, con decenas de miles de artículos que afirman haber
identificado una amplia gama de biomarcadores diagnósticos, pronósticos o
predictivos de enfermedades humanas. [8]. Sin embargo, las conclusiones a
menudo se basan en mediciones a gran escala de procesos biológicos que
"ahogan" cualquier entendimiento en un "mar de mediciones".
[61] y estadísticas inaplicables [62]. Esta estampida precipitada solo
ocasionalmente ha sido puntuada por consejos reflexivos, perspicaces y, por lo
tanto, ignorados de advertencias como la proporcionada por una de las primeras
discusiones sobre biomarcadores que también incluía una lista de verificación
para evaluar su confiabilidad antes de su uso en un contexto clínico.
[63].
El punto de partida para la mayoría de los biomarcadores sigue siendo el
análisis de los resultados de los microarrays, aunque hay mucha evidencia
que debe aconsejarse con cautela. Un estudio que merece ser considerado
más ampliamente destaca la discordancia entre los resultados de
microarrays y los de estudios clínicos no basados en microarrays.
38 SA Bustin / Detección y cuantificación biomolecular 2 (2014) 35–42
y datos biológicos [64]. Otros han identificado un diseño de estudio y una
selección de pacientes deficientes, la dependencia del valor p, así como los
problemas técnicos y analíticos, como obstáculos en la identificación de
biomarcadores prácticamente útiles, e incluyen recomendaciones para la
notificación de marcadores.[65,66]. Un informe bastante reciente comenta
que "las firmas publicadas más espectaculares que predicen la respuesta a la
quimioterapia se basan en datos poco fiables".[67]. Otro análisis es más
optimista en el sentido de que sugiere que "se pueden lograr datos
reproducibles [microarrays] y están comenzando a surgir estándares
clínicos", pero agrega la advertencia de que es necesario establecer un flujo
de trabajo adecuado para "muestrear correctamente un tumor, aislar RNA y
procese esto para el análisis de microarrays, evalúe los datos y comunique
los hallazgos de manera consistente y oportuna "[68].
La necesidad de un acceso fácil y completo a los datos públicos. [7] y
listas de verificación de datos [69] se destaca por los resultados de los
estudios que vuelven a analizar dichos datos y no pueden reproducir los
análisis originales. Un análisis de 46 estudios de microarrays que abordaron
los principales resultados del cáncer reveló que se caracterizaron por el
análisis selectivo de datos y la discusión de los resultados.[70], mientras que
los análisis de solo dos de los 18 estudios de perfiles de expresión génica
basados en microarrays pudieron reproducirse [71]. El diseño subóptimo y
la información de ensayo inadecuada son características típicas de los
estudios de marcadores de pronóstico del cáncer[72] y cuando se combina
con el fuerte sesgo de notificación característico de muchos artículos sugiere
que esta literatura puede ser poco confiable [73]. El problema es tan grave
hoy como hace cinco, diez y quince años. Un estudio reciente de microarrays
encontró que la respuesta genómica humana al estrés inflamatorio agudo
no se reproduce en los modelos de ratón actuales.[74], un hallazgo que
desafía el uso de ratones como modelos animales esenciales en la
investigación biomédica. Sin embargo, un nuevo análisis de los datos no solo
encontró que los patrones de expresión de genes humanos y murinos
asociados con afecciones inflamatorias son congruentes, sino que también
identificó una serie de vías comúnmente reguladas en humanos y ratones.
[75]. Por cierto, la discordancia relacionada con el análisis es tan evidente en
otras áreas biomédicas de investigación: el 35% de los reanálisis publicados
de datos de ensayos clínicos aleatorios (ECA) condujeron a cambios en los
hallazgos que implicaron conclusiones diferentes a las del artículo original
sobre los tipos y número de pacientes que deben ser tratados[76]. Además,
muchas publicaciones que describen resultados de ECA no solo son
incompatibles con su protocolo, sino que también hay pruebas claras de
sesgo de publicación y de informe de resultados. Los estudios que informan
resultados significativos tienen más probabilidades de ser publicados y los
resultados que son estadísticamente significativos tienen mayores
probabilidades de ser informados de forma completa.[77]. Para que los
resultados de los ECA sean clínicamente útiles, existe una necesidad obvia de
publicar todos los resultados y los resultados, independientemente de su
importancia.
La secuenciación de próxima generación (NGS), que permite el análisis
de hipótesis neutrales con precisión y un amplio rango dinámico y ha
comenzado a reemplazar a los microarrays, no está exenta de estos
desafíos. Las longitudes variables de ARN obtenidas después de la
fragmentación antes de la secuenciación pueden ser una fuente de sesgo, lo
que da como resultado una clasificación incorrecta de genes expresados
diferencialmente.[78] y la variabilidad técnica de los experimentos de
secuenciación de transcriptomas es lo suficientemente alta como para que
las estimaciones de abundancia de ARN puedan discrepar sustancialmente
incluso cuando los niveles de cobertura son altos [79]. La evaluación de la
calidad de los datos de secuenciación también parece ser algo menos que
completa, como lo demuestra la sorpresa expresada por un grupo de
autores cuando notaron que los algoritmos estándar de alineación del ADN
suponen que las secuencias son precisas y no permiten la incorporación
sistemática de parámetros de calidad en alineaciones de secuencia[80]. A
menos que se tomen medidas rápidas, es fácil ver cómo los datos de NGS se
volverán tan poco confiables como los obtenidos a partir de qPCR y
experimentos de microarrays, excepto que habrá muchos más y la solución
de problemas será proporcionalmente más difícil.
8. Exageración y retractaciones
La literatura revisada por pares se percibe ampliamente como que comprende
artículos que han sido evaluados cuidadosamente por expertos en el campo por
su consistencia metodológica, integridad y solidez, así como por la consistencia
lógica de las afirmaciones científicas basadas en resultados experimentales. Si
bien se reconoce que no todas las conclusiones son correctas y que los datos
nuevos posteriores pueden llevar a una reevaluación de esos hallazgos, la
combinación de una revisión rigurosa por pares y la publicación en revistas de
renombre otorga a los artículos revisados por pares la apariencia de observancia,
autenticidad y autoridad.
Cualquiera que sea la veracidad de esta percepción, la ruta por la cual los
resultados de la investigación se difunden a un público más amplio está
considerablemente menos asegurada. Un examen de los comunicados de prensa
de las revistas médicas de alto perfil encontró que estos no destacan de manera
rutinaria las limitaciones del estudio, revelan el papel de la financiación de la
industria y presentan hallazgos que se perciben como de interés periodístico de
una manera que puede exagerar su importancia.[81]. El consejo algo inútil de
Nature Genetics para un científico que encuentra que su trabajo está siendo
glorificado de esta manera es reducir la exageración explicando las implicaciones
del trabajo claramente "sin usar la rica jerga de nuestro campo".[82]. La cobertura
de prensa no selectiva también es evidente, como lo demuestra un estudio que
siguió el trabajo presentado en 147 resúmenes de conferencias y reportado en
252 noticias.[83]. Después de tres años, el 25% de los resúmenes permanecieron
inéditos, el 25% se publicaron en revistas de bajo factor de impacto y el 50% en
revistas con factores de alto impacto. Treinta y nueve publicaciones elegidas para
la cobertura de primera plana siguieron el mismo patrón, lo que sugiere que la
atención de los medios es indiscernible y no se centra en la investigación de
calidad. La mayoría de estos informes habrían sido hallazgos preliminares con
validez tentativa y es probable que la cobertura de prensa indiscriminada cree una
impresión fuera de lugar de confianza y validez y es perjudicial para generar
confianza en la investigación o en las personas involucradas en la investigación.
Curiosamente, a veces incluso los propios investigadores no pueden ponerse de
acuerdo sobre la relevancia de su propio trabajo publicado. No debe ser
descabellado esperar que todos los autores que contribuyen a una publicación de
investigación estén de acuerdo con la interpretación de los resultados y las
conclusiones que se presenten. Sorprendentemente, ese no es necesariamente el
caso, como lo revelan los resultados de un pequeño estudio de diez artículos que
aparecieron enLa lanceta [84]. Estos indicaron que las discusiones no reflejaban
las opiniones de todos los autores contribuyentes y que los autores con frecuencia
no estaban de acuerdo sobre la importancia y las implicaciones de sus propios
hallazgos y hacia dónde se dirigía su investigación.
A veces, es necesario retirar un artículo publicado. Por ejemplo, un artículo de
alto perfil que utilizó datos disponibles públicamente para identificar firmas de
perfiles de microarrays de líneas celulares de cáncer humano con conocidasin vitro
sensibilidad o resistencia a los fármacos para predeciren vivo respuestas
quimioterapéuticas [85] tuvo que ser retirado [86]después de que los ensayos
clínicos hubieran comenzado porque un nuevo análisis independiente de los datos
mostró errores involuntarios de etiquetado incorrecto e indexación que dieron
como resultado que ninguno de los resultados originales fuera reproducible
[87]. Las retractaciones constituyen un porcentaje minúsculo de todas las
publicaciones (871 /> 17 millones entre 1950 y 2007)[88], aunque el número
de artículos retirados por año ha aumentado entre 11 y 19 veces entre 2001
y 2010 [89]. Los editores de revistas de alto factor de impacto a menudo
utilizan otro dispositivo, "expresiones de preocupación", antes de la
retractación para cuestionar los datos publicados, y seis revistas representan
el 40% de dichas notificaciones.[89]. Irónicamente, existe un desacuerdo en
la literatura sobre los efectos y los impactos posteriores de las publicaciones
retractadas. No está claro si existe una correlación entre el factor de impacto
de la revista y el número de retractaciones, y un análisis no muestra
ninguna.[90] y otro reportando una fuerte correlación [91]. Ciertamente,
nuestros propios datos muestran muy claramente que existe una
correlación negativa entre la transparencia de los informes y el factor de
impacto de la revista.[28].
 SA Bustin / Detección y cuantificación biomolecular 2 (2014) 35–42 39

tabla 1
Se realizó una búsqueda en el sitio web de Nature (www.nature.com) para el término “PCR en tiempo real con transcripción inversa” y se seleccionaron al azar diez artículos publicados en el segundo
semestre de 2014. Se examinaron los materiales y métodos y la información complementaria para obtener información sobre los protocolos RT-qPCR.

Referencia [130] [131] [132] [133] [134] [135] [136] [137] [138] [139]

Integridad del ARN No No No No No No No No No No

Pureza del ARN No No No No No No No No No No
Condiciones RT No No No No No No No No No No
Eficiencia de la PCR No No No No No No No No No No
Secuencia de cebador sí sí sí sí sí sí sí sí sí sí
Genes de referencia - - Actina ARNr 18S ARNr 18S GAPDH Rpl32 GAPDH Actina HPRT GAPDH GAPDH
Validado No No No No No No No No No No

La razón más común para la retractación es el descubrimiento de un error
científico, aunque cada vez hay más evidencia de fabricación y plagio de datos.
[92–94]. Por lo general, ninguna de las causas se cita como motivo de retractación.
[95], aunque estos artículos representan un esfuerzo calculado para engañar [96].
Por lo tanto, es bastante desconcertante que las retractaciones puedan no ser un
medio eficaz para eliminar los resultados fraudulentos de la literatura.[97]. Un
análisis del impacto de los artículos retractados en la literatura biomédica de 1966
a 1997 encontró que incluso después de la publicación de la retractación, la
mayoría de estos artículos continúan siendo citados como trabajos válidos sin
mencionar la retractación.[92], con la mayoría de las citas implícita o
explícitamente positivas
[98] incluso hasta 24 años después de la retracción [99]. Una publicación más
reciente también encontró que una retractación no afectó la tasa de citas del
artículo dentro de los 12 meses posteriores a la retractación.[100] y una
investigación del efecto de las refutaciones en siete artículos originales de alto
perfil encontró que los artículos originales se citaban con mucha más frecuencia
que las refutaciones, sin un efecto reducido en el número de citas anuales. [101].
Por el contrario, otros informes encontraron que la retractación redujo
significativamente las citas posteriores.[102,103] y que esta reducción se extiende
al resto de trabajos publicados de los autores [104]. Sorprendentemente, un
inesperado 18% de los autores autocitan trabajos retractados después de la
retractación [¿por qué harían eso?], Pero solo el 10% de esos autores también
citan el aviso de retractación.[105]. Alrededor del 1% del presupuesto de los NIH
entre 1992 y 2012 (US $ 58 millones) se gastó en artículos retirados debido a mala
conducta, y cada artículo representó una media de $ 392,582 en costos directos.
[106]. No es sorprendente que haya habido llamamientos para instituir medios de
notificación más agresivos a la comunidad científica.
[107], sin embargo, el tema rara vez se menciona y los diferentes editores difieren
en sus políticas de retractación, lo que puede hacer que no sea obvio de inmediato
que se ha retirado un artículo. [108]. Aunque la recuperación de una publicación
en PubMed también recupera la declaración de retractación, los autores a menudo
confían en las citas de otros autores para ese trabajo y, por lo tanto, sin darse
cuenta, mejoran la legitimidad de esos artículos.
9. Relevancia biológica
Me gustaría concluir con una breve mención de otra razón de la baja
proporción de traducción de la promesa de investigación a la aplicación
biomédica en la vida real. Gran parte de la investigación biomédica se realiza
en un vacío clínico y metodológico.[109] y los resultados de la investigación
se extrapolan con frecuencia de modelos de enfermedades que tienen poca
semejanza con la condición humana correspondiente. [110]. Aunque en
ocasiones se reconoce su inadecuación[111-118], es necesario reconocer de
manera más universal y transparente las limitaciones en la traducción clínica
de modelos no humanos en general al hombre [119]. No importa cuán
transparentes, bien diseñados, analizados e informados sean, si los
resultados de la investigación se obtienen a partir de modelos inapropiados,
nunca podrán traducirse en un contexto válido de enfermedad humana.
10. Conclusiones
Al final del día, los editores de algunas de las principales revistas científicas se
han dado cuenta de que han sido gravemente negligentes en su
enfoque para supervisar la publicación de resultados de investigación confiables y
han comenzado a enfrentar sus responsabilidades [120-122]. Una serie de
editoriales redactadas de manera similar apareció en Nature Structural Biology
[123], Genética de la naturaleza [124], Neurociencia de la naturaleza [125],
Inmunología de la naturaleza [126], Medicina de la naturaleza [127], Métodos de la
naturaleza [128], Biología celular de la naturaleza [129] y anunció medidas para
"reducir la irreproducibilidad". Estos son un reconocimiento bienvenido, aunque
esperado desde hace mucho tiempo, de la aquiescencia de las revistas a tan vastas
cantidades de informes inadecuados de detalles experimentales en gran parte de
la literatura revisada por pares.
Sin embargo, la prueba está en el pudín y un análisis de diez artículos
aleatorios publicados a finales de 2014 en revistas tituladas en Nature.
[130-139] revela el hecho asombroso de que en realidad se proporciona
menos información técnica que en el pasado (tabla 1). Cada publicación usa
un único gen de referencia no validado para la normalización (todos los
favoritos antiguos), todos usan los 2−--Cq método sin intento de calcular la
eficiencia de la PCR y no existe información sobre las medidas de control de
calidad del ARN. Sin embargo, para que el cálculo de --Cq sea válido, las
eficiencias de amplificación del objetivo y la referencia deben ser
aproximadamente iguales[140]; si no, la PCR debe optimizarse[141]. ¿Qué
esperanza hay de cambiar algo si los editores de revistas optan por ignorar
sus propias pautas?
Por el contrario, la investigación publicada en Detección y cuantificación
biomolecular (BDQ) tendrá que pasar un cuidadoso proceso de revisión por
pares doble ciego que examinará la validez de su diseño de estudio
molecular, medición, análisis de datos e informes. Nuestro objetivo es
establecer una reputación por la publicación imparcial de estudios que se
adhieren a las pautas de mejores prácticas y promueven la excelencia en la
medición molecular y su análisis de datos. Las áreas temáticas son
deliberadamente amplias para permitir que BDQ sirva como un repositorio
para compartir hallazgos clave en lo que de otra manera podrían ser
especialidades dispares. Se espera que BDQ atraiga una amplia gama de
publicaciones críticas, reflexivas, bien diseñadas y excelentes para ayudar a
proporcionar el ímpetu hacia una literatura científica más transparente y
significativa.
Finalmente, la pregunta "Investigación biomédica moderna: ¿un universo
autoconsistente internamente con poco contacto con la realidad médica?"
[110] ahora debería ampliarse para incluir la adición "y basarse en un nivel
inaceptable de competencia técnica". Pasará mucho tiempo antes de que se
aborden las muchas contradicciones aparentes en todas las áreas de las
ciencias de la vida, sin importar que se corrijan.[142]. Pero, ¿quién va a
liderar este esfuerzo y cuántos intereses creados conspirarán para mantener
el status quo?
11. Declaración
La investigación sobre la publicación del virus del sarampión / autismo se llevó
a cabo para el juicio por litigio sobre la vacuna MMR en el Tribunal Superior de
Justicia de Londres y en el Tribunal de Vacunas de EE. UU. El autor actuó como
testigo experto y fue compensado por los abogados que actuaban en nombre de
los principales acusados SmithKline Beecham Plc y Smith Kline & French
Laboratories Ltd., Merck & Co Inc. y Sanofi Pasteur MSD Ltd. El autor también
actuó como testigo experto para el Departamento de Justicia de los Estados
Unidos y se le pagó.
40 SA Bustin / Detección y cuantificación biomolecular 2 (2014) 35–42
Reconocimiento
Agradezco a Greg Shipley sus útiles comentarios.
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