Reporte: Actividad 2

Curso de Química Computacional NRC: 91029. Viernes 6 a.m 2021-01

Por: Nelly Vanessa Caro Lopera. ID: 000405002
a. Actividad 2.1. Construcción de una z-matriz
1. Introducción
Llevar a cabo un cálculo de energía o una optimización geométrica de un sistema
molecular requiere de una estructura de partida, en muchas ocasiones se puede partir de una
estructura probable según conceptos de química de coordinación o de estructuras de Lewis,
o del conocimiento que se tenga del sistema de estudio. Sin embargo, en muchas ocasiones
especialmente cuando se trabaja con nanoestructuras, esto no es tan fácil, ya que se puede
presentar un número considerable de isómeros y al ser estructuras nuevas no se tiene el
suficiente conocimiento. En cualquiera de los casos, determinar la estructura más estable
requiere de unas coordenadas de partida.
Lo anterior significa que la estructura de partida es un punto de la Superficie de
Energía Potencial (PES), la cual refleja el valor de las interacciones entre los átomos
dependiendo de las coordenadas de estos.

Lo que se busca al optimizar la geometría, es llevar las interacciones a un mínimo en

la PES lo cual se consigue con el movimiento de las coordenadas atómicas, dependiendo de
las longitudes de enlace y ángulos entre los átomos, los valores de las interacciones cambian.
Por lo tanto, dependiendo de cual estructura geométrica se parta, se puede llegar a un isómero
u otro, la PES de la Figura 1 muestra dos mínimos a los cuales se puede llegar dependiendo
de donde se parta, por eso es suma importancia definir las coordenadas atómicas iniciales, ya
que pude llevarnos a diferentes coordenadas.
 La Figura 2 muestra una PES para un sistema molecular, donde se pueden diferenciar 3
conformaciones geométricas diferentes para la misma molécula y se bosqueja un camino para
ir de una estructura a otra por los valles de la PES.
2. Construcción de una z-matriz
Aunque existen diferentes formas de escribir las coordenadas de un sistema molecular,
una forma que minimiza el número de bits usados para describirla, es construir una z-matriz.
Se construirá una estructura molecular mediante coordenadas internas (una z-matriz).
Esto significa que definiremos las posiciones de los átomos basados en uno que se toma como
punto de partida y se definirán las posiciones de los demás respecto a ese átomo. Para ello
necesitaremos definir longitudes de enlace, ángulos entre átomos y ángulos diedros.
3. Ejercicio
La molécula para trabajar corresponde a una Acetona de nombre IUPC Dimetilcetona,
una molécula con 3 Carbonos, 6 Hidrógenos y 1 Oxígeno.

Figura 3. Dimetilcetona
 z-matriz
01
C
C 1 B1
C 1 B2 2 A1
O 1 B3 3 A2 2 D1 0
H 2 B4 1 A3 4 D2 0
H 2 B5 1 A4 4 D3 0
H 2 B6 1 A5 4 D4 0
H 3 B7 1 A6 4 D5 0
H 3 B8 1 A7 4 D6 0
H 3 B9 1 A8 4 D7 0

B1 1.54000000
B2 1.54000000
B3 1.25840000
B4 1.07000000
B5 1.07000000
B6 1.07000000
B7 1.07000000
B8 1.07000000
B9 1.07000000
A1 119.88652694
A2 120.22694612
A3 109.47122063
A4 109.47122063
A5 109.47122063
A6 109.47122063
A7 109.47122063
A8 109.47122063
D1 180.00000000
D2 30.00000001
D3 150.00000001
D4 -89.99999999
D5 30.00000000
D6 150.00000000
D7 -90.00000000
b. Actividad 2.2. Selección de una base gaussiana.
1. Introducción

Luego de tener una estructura bien definida mediante una z-matriz (o mediante
coordenadas cartesianas) se deben seleccionar algunas otras variables antes de realizar un
estudio sobre un problema específico.
Lo primero es seleccionar una base que sea representativa del sistema. Por ejemplo, si
es un sistema que contiene átomos de hidrógeno, átomos pesados, interacciones débiles, entre
otras variables, es necesario saber seleccionar una base apropiada para representar los
electrones de la molécula, de manera que represente estas variables y además que los
resultados se obtengan en un tiempo de cómputo razonable.
En los diferentes tipos de software para la Química Computacional hay una gran
diversidad de bases para representar las funciones de onda electrónica. Bases tipo Pople,
Bases de Dunning, Bases de Jensen, entre otras. Además de existir pseudopotenciales que
son usados especialmente en átomos pesados, los cuales incluyen los efectos relativísticos
presentes en los átomos pesados.
Para nuestro caso emplearemos las bases tipo Pople y pseudopotenciales. Las
bases de Pople se rigen por la siguiente nomenclatura,
n1 – n2.n3.++g(a,b)
Donde:
• n1, n2 y n3 son números que indican la cantidad de funciones gaussianas.
• n1 se refiere al número de funciones gaussianas que representarán los orbitales de los
electrones del core (electrones internos).

n2 y n3 se refiere al número de funciones gaussianas en las que se dividen los orbitales

de la capa de valencia, si la base tiene n2 y n3 significa que la capa de valencia se divide 2
subcapas, en la primera subcapa se representa cada orbital con n2 funciones gaussianas y la
segunda subcapa con n3 funciones gaussianas que buscan proporcionar efectos de difusión
(rango más amplio de acción).
++ son funciones opcionales, y se encargan de adicionar efectos de difusión, puede usarse 1
o dos funciones +.
(a,b) se refiere a funciones p, d, f, entre otras y se encargan de adicionar efectos de
polarización sobre algunos átomos, puede usarse solo una, o se pueden combinar varias
funciones de polarización.
 2. Problema

Inicialmente se busca la multiplicidad con la que se deben optimizar la molécula:

Tabla 1. Cálculos y selección de multiplicidad de la molécula

Multiplicidad e (Hartree) t (s)

Singlet Restricted -190.879908 2.5
Singlet Unrestricted -190.879908 5
Singlet Restricted-Open -190.879908 2.9
Triplet Unrestricted -190.795234 1.2

Para la molécula problema, con la z-matriz construida en la actividad anterior, realizar

cálculos de energía con el método Hartree-Fock (HF) y las siguientes bases:
Tabla 2. Cálculos y selección de base de la molécula

# Base t (s) e (Hartree)

1 3-21g 1 -190.879908
2 6-31g 1 -191.874729
3 6-31g(d) 1.3 -191.96138
4 6-31g(d,p) 1.5 -191.971209
5 6-31+g(d) 1.5 -191.966864
6 6-31++gd 1.6 -191.967045
7 6-31+g(dp) 1.9 -191.976519
8 6-31++g(dp) 2.2 -191.976665
9 6-311g 1.3 -191.918683
10 6-311g(d) 1.6 -192.00278
11 6-311g(dp) 2 -192.012032
12 6-311+g(d) 2 -192.006858
13 6-311++g(d) 2.2 -192.007102
14 6-311+g(dp) 2.7 -192.015958
15 6-311++g(dp) 4.4 -192.018521
16 Lanl2dz 1.1 -191.904737
17 Stutgard 1.1 -191.905331

Luego de realizar los cómputos de energía con cada una de las bases gaussianas,
realizar un gráfico de Energía contra bases gaussianas y otro de tiempo de cómputo contra
bases gaussianas. Ambas variables las debe consultar en el archivo de salida name.log
De estos dos gráficos debe sacar la conclusión sobre cuál es la base más adecuada
para el estudio de su molécula problema.
 -191.86
0 2 4 6 8 10 12 14 16 18
-191.88

-191.9

-191.92

-191.94
Energía

-191.96

-191.98

-192

-192.02

-192.04
#Base

Figura 4. Base Vs Energía

4.5

3.5

3
t (s)

2.5

1.5

0.5

0
0 2 4 6 8 10 12 14 16 18
#Base

Figura 5. Base Vs Tiempo

Del análisis de los resultados anteriores se concluye que:

 • La multiplicidad más acertada para realizar los cálculos es “Singlet Restricted” dado que
todos los “Singlet” ofrecen valores iguales y menores que “Triplet”, además de esto “Singlet
Restricted” se ejecuta en un menor tiempo de cómputo.
• Al comparar la base #14 y #15 encontramos que, aunque la #15 tiene menor energía también
es la que tiene mayor tiempo de cómputo, de este modo se concluye que la más acertada es
la #14 que reduce el tiempo de computo casi a la mitad teniendo una varianza en energía muy
baja.

La base seleccionada 6-311+g(dp) corresponde al grupo de las funciones base de valencia

dividida difusas y con polarización.

Las bases de valencia dividida se expresan como A-G, donde A corresponde a los orbitales del
core que se representan por una contracción y B corresponde a los orbitales de valencia que se dividen
arbitrariamente en varias contracciones. A su vez corresponde a una base tripe zeta que emplea tres
contracciones para cada OA de valencia (311G), la notación (d,p) indica que se añaden funciones tipo
d a los átomos pesados y funciones tipo p a los átomos de hidrógeno, finalmente la notación (+) indica
que se añaden funciones difusas a los átomos pesados únicamente y no a los hidrógenos. (Tovar)
c. Actividad 2.3: Selección de un método.
1. Problema
Tabla 3. Cálculos y selección del método a usar en la molécula.

# Método e (Hartree) t (s)

1 MP2 -192.654722 5.2
2 MP2 ae -190.730370 9.9
3 MP4 Et -192.691797 7.7
4 MP4 It -192.717530 73
5 MP4 Et Ae -192.769850 10.2
6 MP4 It Ae -192.806966 266.9
7 CCSD Et Ae Ra Sa -192.768220 63.3
8 CCSD Et Ae Ra -192.768220 63.5
9 CCSD Et Ae Sa -192.768220 63.8
10 CCSD Et Ae -192.768220 63.4
11 CCSD Et Ra Sa -192.690229 37.3
12 CCSD Et Ra -192.690229 37.5
13 CCSD Et Sa -192.690229 37.8
14 CCSD Et -192.690229 37.2
15 CCSD It Ae Ra Sa -192.793180 272.2
16 CCSD It Ae Ra -192.793180 273.4
17 CCSD It Ae Sa -192.793180 272.8
18 CCSD It Ae -192.793180 270.2
19 CCSD It Ra Sa -192.714655 127.2
20 CCSD It Ra -192.714655 127.4
21 CCSD It Sa -192.714655 126.9
22 CCSD It -192.714655 127
23 DFT LSDA -192.179349 9.7
24 DFT BPV86 -192.221011 18.9
25 DFT B3LYP -193.217695 17.1
26 DFT CAM-B3LYP -193.117108 19.6
27 DFT B3PW91 -193.139531 17.4
28 DFT MPW1PW91 -193.161655 18.5
29 DFT PBEPBE -192.967693 18.3
30 DFT HSEH1PBE -192.999133 20.4
31 DFT HCTH -193.200019 21.6
32 DFT TPSSTPSS -193.240767 28.8
33 DFT WB97XD -193.148766 21.1
34 DFT APFD -193.049914 18.8
 -190.500000
0 5 10 15 20 25 30 35 40

-191.000000

-191.500000
Energía

-192.000000

-192.500000

-193.000000

-193.500000
# Método

Figura 6. Método Vs Energía

300

250

200
Tiempo (s)

150

100

50

0
0 5 10 15 20 25 30 35 40
# Método

Figura 7. Método Vs Tiempo

Del análisis de los resultados anteriores se concluye que:

• El método más acertado para realizar los cálculos es DFT TPSSTPSS dado que es el que
arroja el menor valor de energía, aquí la variación del tiempo no es un factor tan importante
dado que entre los métodos DFT los tiempos de cómputo son muy cercanos entre sí, de este
modo el criterio de selección será únicamente el valor dela energía.