GUIA DE PROBLEMAS BIOQUIMICA I 2021

V. ACIDOS NUECLEICOS
PROBLEMA 1
Dada la siguiente secuencia de un mRNA
AUGUUACCGUUACAUGCUAUUCCAUGACUAAGUCCGGUAAUCGAUGA
Escribir la secuencia de la cadena (+) de DNA
Escribir la secuencia de la cadena (-) de DNA
En función de los posibles marcos de lectura, ¿cuántos péptidos diferentes están codificados en este mRNA? Indicarlos
Cuál será el peso (Daltons) de los péptidos propuestos

PROBLEMA 2
Un segmento de ADN de cadena simple tiene la siguiente composición de bases:
A 31,5 %
C 23,7 %
T 17,1 %
G 27,7 %
¿Cuál sería la composición de bases de la cadena complementaria?
¿Cuál sería la composición de bases de la forma de doble cadena de dicho segmento?
La longitud de esta secuencia codificante es de 1650 nm. Calcule el peso molecular de la proteína que codifica y el número de
bases del ARNm codificante de dicha proteína

PROBLEMA 3
a) ¿Cuál es el número mínimo de pares de nucleótidos en el gen de la enzima ribonucleasa pancreática (124 aminoácidos
de largo)? ¿Por qué podría ser el número de pares de nucleótidos mayor que su respuesta?
b) El peso molecular del gen codificante de una glutatión reductasa es de 800.000. Calcule el peso molecular de la enzima
y el número de nucleótidos del ARNm correspondiente.
c) El peso molecular de un gen es de 3.106. Calcule la longitud de dicho gen y el número de aminoácidos de la proteína
codificada.
d) El ARNm codificante de una porina contiene 1875 nucleótidos. Calcule el peso molecular de la porina y la longitud del
gen que codifica para dicha proteína.

PROBLEMA 4
Calcule el peso en gramos de una molécula de DNA doble hélice de longitud igual a la distancia desde la tierra a la luna (aprox.
200000 millas). La doble hélice de DNA pesa aproximadamente 10-18g por 1000 pares de nucleótidos.
Hay 1,6.10 12 nm por milla y cada par de bases se extiende 0,34 nm. (Para que usted haga una interesante comparación su cuerpo
contiene 0,5 g de DNA.)

PROBLEMA 5
El plásmido puC19 tiene un tamaño de 2686 pb, su mapa se muestra en la siguiente figura:

a) Reconocer los elementos principales del mismo

b) A la izquierda se muestra una corrida electroforética del pUC19. ¿Qué representan las distintas bandas que se visualizan?
c) Una dilución al décimo del plásmido purificado arrojo una A260 de 0.23. Indicar la concentración en la preparación sin
diluir.
d) Indicar el número de copias (moléculas) del plásmido en 1ul de la preparación sin diluir

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PROBLEMA 6
Usted recibe una muestra de material genético de origen viral para su estudio químico y estructural. La muestra presentó las
siguientes características:
 Fue totalmente hidrolizada en NaOH 0,5 Mm
 El tratamiento con una endonucleasa produjo un solo fragmento de masa molecular 2 10 6 Da
 Al aumentar la temperatura por encima de la temperatura crítica no se observaron variaciones sustanciales en la
absorbancia a 260 nm.
Con los datos precedentes, caracterice tanto como le sea posible la muestra justificando su respuesta.

PROBLEMA 7
En la Tabla se indican los resultados de la caracterización de dos tipos de ácidos nucleicos extraídos de los bacteriófagos X e Y. Se
dan los contenidos en tres de las bases, la sensibilidad a dos ribonucleasas y dos desoxirribonucleasas distintas, y absorbancia a
260 nm (A260) de muestras de ácido nucleico antes y después de calentarlas a 100°C durante 15 minutos. El signo (+) indica que
el ácido nucleico es degradado por la nucleasa correspondiente, y el signo (-), que no es degradado. Indicar la naturaleza molecular
de los ácidos nucleicos de los fagos X e Y, respectivamente, con el mayor detalle que permitan los datos. Proponer una explicación
breve al hecho de que la desoxirribonucleasa 2 no actúe sobre el ácido nucleico Y.

PROBLEMA 8

.
Las dos gráficas superiores pertenecen a 2 ácidos nucleicos 1 y 2. Cabría deducir:
a) 1 posee más purinas que 2.
b) 1 posee más peso molecular que 2.
c) 1 posee un porcentaje de (C+G) inferior al de 2.
d) 1 posee un menor porcentaje de adenina que 2.
e) 1 posee menos pirimidinas que 2

PROBLEMA 9
La siguiente autorradiografía se ha obtenido por el método dideoxi para averiguar la secuencia de un segmento de ADN de
centeno. Las bases nitrogenadas indicadas corresponden a cada una de las bases ausentes en el medio. ¿Cuál es la secuencia de
este fragmento de ADN?

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PROBLEMA 10
Un fragmento lineal de ADN de 9Kb se corta por separado con tres endonucleasas de restricción y luego con una mezcla de ambas
obteniéndose los fragmentos indicados a continuación:
Endonucleasa de restricción Tamaño de los fragmentos (Kb)
EcoRI 4, 3, 2
Bam HI 8, 1
Hind III 5, 2, 2
EcoRI + Bam HI 3, 3, 2, 1
Bam HI + Hind III 4, 2, 2, 1
Hind III + EcoRI 4, 2, 1, 1, 1

Nota: el orden de los fragmentos en la tabla es de mayor a menor tamaño; no necesariamente es el orden real en el fragmento

Dibuje el mapa de restricción obtenido

PROBLEMA 11
Con el objeto de amplificar el gen de resistencia a la ampicilina (450 pb) mediante la técnica de PCR se prepararon tubos eppendorf
que contienen los siguientes elementos:
Tubo 1: Buffer PCR, primer 1, dNTPs, MgCl2 (cofactor), ADN molde, H2O, Taq polimerasa
Tubo 2: Buffer PCR, primer 2, dNTPs, MgCl2 (cofactor), H2O, Taq polimerasa
Tubo 3: Buffer PCR, primer 1, primer 2, dNTPs, MgCl 2 (cofactor), ADN molde H2O Taq polimerasa
Tubo 4: Buffer PCR, primer 1, primer 2, dNTPs, MgCl 2 (cofactor), H2O, ADN molde
a) ¿Cuál o cuáles de estos tubos elegirías para poner en el termociclador? ¿Por qué?
b) Explica por qué no elegiste cada uno de los otros tubos
c) ¿Cómo serían los controles positivos y negativos de esta experiencia?
d) Explica en qué consiste cada uno de los 3 pasos de cada ciclo
Una vez concluida la reacción de PCR, se analizará el producto mediante un gel de agarosa. Se utilizaron los siguientes marcadores
de peso molecular: 50, 100, 200, 400, 600, 900 y 1200 pb. Se sacó una foto del gel
e) Dibuja el gel, indicando: ánodo y cátodo, bandas correspondientes a los marcadores de peso molecular y la/s banda/s
correspondientes a si hubo amplificación

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PROBLEMA 12
Ordene las siguientes moléculas de DNA de acuerdo a su temperatura de melting (Tm), de menor a mayor. Justificar
a) AAGTTGTCTGAAAT
TTCAACAGACTTTA
b) GGACCTCTCAGGCG
CCTGGAGAGTCCGC
c) AGTCGTCAATGCAG
TCAGCAGTTACGTC

PROBLEMA 13
A partir de la siguiente secuencia de cDNA (obtenida del mRNA para el gen moricina):

1 GCA AAA ACA GTA AAC CGC GCA GTT ATT TAA AAC ATG AAT ATT TTA 45
Met Asn Ile Leu
46 AAA TTT TTC TTT GTT TTT ATT GTG GCA ATG TCT CTG GTG TCA TGT 90
6 Lys Phe Phe Phe Val Phe Ile Val Ala Met Ser Leu Val Ser Cys 20

91 AGT ACA GCC GCT CCA GCA AAA ATA CCT ATC AAG GCC ATT AAG ACT 135
21 Ser Thr Ala Ala Pro Ala Lys Ile Pro Ile Lys Ala Ile Lys Thr 35

136 GTA GGA AAG GCA GTC GGT AAA GGT CTA AGA GCC ATC AAT ATC GCC 180
36 Val Gly Lys Ala Val Gly Lys Gly Leu Arg Ala Ile Asn Ile Ala 50

181 AGT ACA GCC AAC GAT GTT TTC AAT TTC TTG AAA CCG AAG AAA AGA 225
51 Ser Thr Ala Asn Asp Val Phe Asn Phe Leu Lys Pro Lys Lys Arg 65

226 AAG CAT TAA CAA AAG AAA TTG AGT GAA TGG TAT TAG ATA TAT TAC 270
66 Lys His End 70

271 TAA AGG ATC GAT CAC AAT GAT ATA TAG ATA GGT CAT AAG ATG TCA 315

316 ACG TGA ATT TAT GGA TTT TTG TTT TAC CCT GTG TAG TAC TTA CTT 360

361 ATA GTC AGT AGG TAC ATA TAT TGA TTG CAA CGA CAA CTG TGT ACT 405

406 ATT TTT TAT ATT TGG TTC GAA AAG TTG CAT TAT TAA CGA TTT TAG 450

451 AAA ATA AAA CTA CTT TAC TTT TAC 474

Se desea amplificar la secuencia codificante de moricina por PCR.

a) Diseñe la secuencia del primer de ida y de vuelta. Justifique.
b) Como se obtuvo el cDNA? Indique técnica y material de partida
c) Cuál será el tamaño del amplificado?

PROBLEMA 14
Una molécula lineal de ADN de 1000 pb de longitud es digerida con las siguientes enzimas de restricción, obteniéndose los
siguientes resultados:
ER Fragmentos (pb)
EcoRI 400 + 600
Bgl II 250 + 750
EcoRI + Bgl II 250 + 350 + 400

Dibuja el mapa de restricción que se puede deducir de estos resultados.

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PROBLEMA 15
Usted recibe un plásmido de 6,5 kpb en el cual se encuentra clonado el gen Z. el esquema del plásmido es el siguiente:

Sabiendo que el gen Z es de 1300 pb, dibuje en el gel de agarosa 1% las bandas que obtendría luego de las siguientes
digestiones:
 BamHI + EcoRI
 KpnI
 BamHI + KpnI
 NcoI + EcoRI
 EcoRI

PROBLEMA 16
La tabla siguiente presenta algunos datos de longitud de distintas regiones del gen X, de camello.

Exón 1 340pb Intron 3 680pb

Intron 1 1700pb Exón 4 1000pb
Exón 2 215pb Región 3´ no codif 500pb
Intron 2 2500pb Región 5´no codif 300pb
Exon3 266pb

a) Que longitud, en nt, tiene el mRNA maduro de la proteína X?

b) Que longitud, en nt, tiene el transcripto primario?
c) Cuantos aa tiene la proteína X?
d) El gen X no contiene ningún sitio para la enzima XbaI. Cuántas bandas de hibridación esperaría obtener en un
experimento de Southern blot en que toma DNA de camello, lo digiere con XbaI, lo corre en gel de agarosa, lo transfiere
a una membrana de nitrocelulosa y lo hibrida con una sonda de cDNA de la proteína X? Y si utiliza una sonda que tenga
la secuencia solo del exón 3?

PROBLEMA 17
Se quiere determinar la presencia de secuencias correspondientes al virus del HIV en ADN de linfocitos T de un paciente. Los
linfocitos son un tipo de células de la sangre pertenecientes al conjunto de los glóbulos blancos. En un tubo de ensayo agregaron
los siguientes componentes para una reacción de amplificación de ADN por PCR:
 ADN molde: ADN total de linfocitos de un paciente que tiene anticuerpos anti-HIV circulantes en sangre
 Primer a de 20 nucleótidos cuya secuencia es complementaria de la hebra inferior en la región “a” (figura 1)
 Primer b, de 22 nucleótidos cuya secuencia es complementaria de la hebra superior en la región “b” (figura 1)
 dNTPs y Buffer con Mg+2
 Taq polimerasa

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Se realizaron 30 ciclos de amplificación en un termociclador automático computarizado. Cada ciclo consiste en: Etapa 1: 30 seg a
94ºC. Etapa 2: 60 seg a 42ºC. Etapa 3: 30 seg a 72ºC.
a. Indicar lo que está ocurriendo en cada una de las etapas de un mismo ciclo
b. ¿Cuál es la longitud (en pares de bases) del producto de la PCR?
c. ¿Cuál es el peso molecular del producto de la PCR? DATO:1 par de bases = 650 Da
d. Dado que la PCR es extremadamente sensible, que controles realizaría para descartar una eventual contaminación.

PROBLEMA 18
Existe un solo gen para la pirulasa en cada célula de mamífero (en realidad dos copias dado que hay dos alelos, porque en humanos
los cromosomas se encuentran de a pares). El gen tiene 70 kb de longitud. Sin embargo, se han encontrado en el citoplasma de
diferentes tipos de células de un mismo organismo dos mRNA de 7,7 y 8 kb de longitud. El de 7,7 es idéntico en secuencia al de 8
kb, excepto por el hecho de que carece de un segmento interno de 0,3 kb.
a. ¿Cómo explica la gran diferencia de tamaño entre el gen (70 kb) y sus mensajeros?
b. ¿Cómo explica la existencia de dos tipos de mRNA diferentes de pirulasa?
Ud. Supone que algunos tejidos expresan el mensajero de 7,7 kb, mientras que otros solo expresan el de 8 kb. Para demostrarlo
decide analizar los extractos de mRNA total de los diferentes tejidos mediante la técnica de northern-blot, utilizando la hibridación
de sondas específicas de cDNA radioactivas.
c. ¿Cuál de las dos especies de mensajero detecta en un Northern blot con cada una de las siguientes tres sondas y por qué?:
un cDNA del mRNA de pirulasa de 7,7 kb
un cDNA del mRNA de pirulasa de 8 kb
un cDNA del mRNA del segmento diferencial de 0,3 kb

PROBLEMA 19
Se desea estudiar un gen que otorga coloración violacea a las hojas. Los individuos VV son verdes, los Vv son rosados y los vv son
violetas. El mapa de restricción del alelo V es el siguiente:
inicio transcripcion
exon 3 (0,7 kpb)
exon 1 (1,5 kpb) exon 2 (1 kpb) ADN genómico
0,4 0,2 0,3
1,8 0,75 0,45 0,8
B E E B E B B E

Se extrajo el ADN de individuos verdes, rosados y violetas y se digirió con las enzimas EcoRI y BamHI. Las digestiones se corrieron
en un gel de agarosa y se transfirieron a una membrana de nitrocelulosa. La membrana se hibridó luego con una sonda
correspondiente a un cDNA hecho a partir del gen V marcada con 32P. Los resultados obtenidos luego de exponer al film
radiográfico son los siguientes:

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VV Vv vv

BamHI EcoRI B + E BamHI EcoRI B + E BamHI EcoRI B + E

2,4 2,4
2,2 2,2
2,0 2,0
1,8 1,8
1,6 1,6
1,4 1,4
1,2 1,2
1,0 1,0
0,8 0,8
0,6 0,6
0,4 0,4

1) Qué técnica se utilizó para analizar los alelos?

2) Por qué en la digestión doble (EcoRI + BamHI) de VV y vv se ven cuatro bandas únicamente?
3) Qué alteración presenta el gen V que lo convierte en v?
4) Por qué se ven más bandas en Vv que en VV o vv? Por qué las bandas son de menor intensidad?
5) Esquematice el mapa de restricción del alelo v
6) Qué obtendría en la autorradiografía si la sonda fuera solo el exón 1? Podría diferenciar los alelos V de v?
7) Si desea desarrollar un método de screening de los alelos V y v. Que digestión y que sonda emplearía?

PROBLEMA 20
Usted dispone de 3 muestras de tejido de hígado de ratas, siendo 2 de ellos aparentemente tumorales.
Una de las características de este tipo de tumor, entre otras cosas es que aparentemente sobreexpresan la proteína AYUDINA.
No se sabe si se trata de amplificación génica (varias copias del mismo gen en distintas posiciones de un cromosoma) o
simplemente un descontrol en la transcripción del mismo, existiendo una copia única (con sus dos alelos, uno en cada cromosoma
homólogo).
Para resolver este interrogante, usted realiza una serie de experimentos:

1-Northern blot
Se analizan tejidos de las 3 ratas. Se utiliza como sonda un fragmento de DNA doble cadena, marcado y desnaturalizado
correspondiente a la secuencia del segundo exón de la ayudina. Se observa lo siguiente:

Responder:
1-A qué corresponden las bandas observadas en la figura anterior? Qué es un Northern blot? Para qué sirve?
2-Por qué no se observan bandas en las muestras de riñón?
3-Aqué se debe que se observen 2 bandas en un experimento de Northern blot en condiciones de baja sal con una sonda
altamente específica?
4-Aqué se debe la diferencia de intensidad de bandas en las distintas calles?

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5-Qué otro cambio importante ocurrió en la rata 3?

6-Cuál es la rata de expressión normal?

2-Southern blot
Se utilizó la misma sonda que para los ensayos de Northern blot y se observó lo siguiente:

Responder:
1-Brevemente, como se hizo el Southern blot y para qué sirve.
2-A qué corresponden las bandas observadas en este experimento?
3-Existirán sitios de restricción para la enzima utilizada en estos experimentos dentro del exón 2? Utilice esquemas para facilitar
su interpretación y su respuesta.
4-A qué podrían deberse las diferencias observadas en cuanto al patrón de bandas en la rata 2? Vuelva a leer el enunciado del
problema.
5-Tomando en cuenta los resultados de todos los experimentos (Northern y Southern blot) responda si es posible y según su
criterio:
a-Qué rata sería la normal y cuales las portadoras de tumor.
b-Cuál presentaría amplificación génica y cuál un descontrol de expresión?
6-Aqué podría deberse un descontrol de expresión?
7-Cómo podría determinar la participación de un factor de transcripción en el control de la expresión de este gen? Para que
sirven los vectores con genes reporteros?

PROBLEMA 21
El esquema de la figura corresponde al gen que codifica para el factor de transcripción FT, el cual controla la expresión de una
enzima, exclusiva de hígado y responsable de la degradación de una droga quimioterapéutica: la tumorina. Se sospecha que la
resistencia de ciertos tumores a tumorina es la sobreexpresión de FT.

DATOS
E1=300 pb
E2=800 pb
E3=500 pb
PM de un aa=110 Da
ATG= a 65 pb del 5' de E1.
TAA= a 35 pb del 3' de E3

1-Esquematice el mRNA maduro correspondiente a FT.

En los esquemas que corresponda (mRNA y/o la figura 1) marque el +1, ubicación del promotor, secuencias conservadas dentro
del mismo, sitio de poliadenilación y clivaje.
2-Represente en un par de esquemas las bandas y sus correspondientes tamaños que se observarían en un Southern blot y en un
Northern blot con muestras obtenidas de hígado, riñón y cerebro de rata, utilizando como sonda un oligonucleótido con la
secuencia completa correspondiente al exón 2.
3-Determine el peso molecular del FT sabiendo que es un homodímero.
4-Indique los pasos necesarios para la amplificación y chequeo del plásmido que se muestra en la figura 2.
5-Indique cuál de los siguientes cultivos de tejidos sobrevive al tratamiento con tumorina y justifique su respuesta:
cerebro - hígado normal – riñón - tumor de hígado
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PROBLEMA 22:
El siguiente es un mapa de restricción de un gen autosómico de Drosophila:

Se extrae RNA de moscas machos y hembras y se corren por duplicado en northern blots. Se dispone del fragmento EcoRI-HindIII
de 3.85 kpb conteniendo el gen en un vector, a partir del cual se generan sondas por cortes con ER. Asumiendo que el DNA es el
mismo en ambos sexos, explicar las diferencias encontradas en los mRNAs de este gen en machos y hembras.

Sonda Fragmento de restricción

A 1.0kbp EcoRI-HindIII
B 0.6kbp HindIII-EcoRI
C 0.1kbp EcoRI-EcoRI
D 0.5kbp EcoRI-HindIII

PROBLEMA 23
Para amplificar un fragmento de 2481 correspondiente al marco de lectura abierto (ORF) de una proteína (desde el ATG hasta el
codón stop TAA) que se expresa en hígado, se diseñaron los siguientes primers:
PRIMER DE IDA: 5´ATGGTGAAGCTTAAGGACAC 3´
PRIMER DE VUELTA: 5´TTATGTGCCAGTGTGAGTAC 3´
La PCR se realizó con una concentración de 5 M de cada primer, 3 mM de Mg2Cl y 0,5 U de Taq polimerasa, en un volumen final
de 50 l. El perfil térmico empleado fue el siguiente:

95°C, 10 min
95°C, 1 min
52°C, 1 min 35 ciclos
72°C, 2,5 min
72°C, 7 min
El resultado de la amplificación se muestra en la siguiente figura:

Calle 1: marcador de peso molecular

Calle 2: control sin templado
Calle 3: vacía
Calle 4: amplificación obtenida

a) ¿Considerás que el resultado obtenido es el esperado? JMB

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b) ¿Harías alguna modificación? Fundamentar.

c) Indicá si las siguientes afirmaciones son V ó F. JMB TODAS ellas.
i. La amplificación del ORF de la proteína se realizó empleando la técnica de PCR de punto final.
ii. Para realizar la amplificación del ORF de la proteína por PCR se deben extraer los ARNm, realizar una reverso-transcripción
y finalmente la PCR.
iii. La identidad del producto amplificado puede verificarse por secuenciación.
iv. La identidad del producto amplificado puede corroborarse por mapeo de restricción.
v. El tamaño del producto de amplificación está determinado por la procesividad de la polimerasa empleada

PROBLEMA 24

Se realizó una PCR en tiempo real de distintas muestras de salmones para evidenciar la presencia de una bacteria patógena. En
paralelo se corrió una curva de calibración construida con un plásmido que contiene el fragmento a amplificar. Se obtuvieron los
siguientes resultados:
Amplificación de los estándares:

Curva de calibración

SLOPE: -3.26 Y-inter: 35.886 R2: 1 Eff%: 102.642

En rojo se representan los valores de los estándares y en verde los valores de las muestras incógnitas.
El análisis de los datos fue el siguiente:
Block Type 48well
Chemistry TAQMAN
Experiment File Name
Experiment Run End Time
Instrument Type stepone

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Passive Reference ROX

Quantity
Sample Name Reporter Quencher Cт (cg/ul) Ct Threshold
STANDARD FAM TAMRA 12,173 20000000 0,0651
STANDARD FAM TAMRA 12,142 20000000 0,0651
STANDARD FAM TAMRA 15,226 2000000 0,0651
STANDARD FAM TAMRA 15,423 2000000 0,0651
STANDARD FAM TAMRA 18,528 200000 0,0651
STANDARD FAM TAMRA 18,476 200000 0,0651
STANDARD FAM TAMRA 21,823 20000 0,0651
STANDARD FAM TAMRA 21,839 20000 0,0651
STANDARD FAM TAMRA 25,185 2000 0,0651
STANDARD FAM TAMRA 25,225 2000 0,0651
muestra 1 FAM TAMRA 26,367 0,0651
muestra 2 FAM TAMRA 26,523 0,0651
muestra 3 FAM TAMRA 17,591 0,0651
muestra 4 FAM TAMRA 17,572 0,0651
muestra 5 FAM TAMRA 13,798 0,0651
muestra 6 FAM TAMRA 13,984 0,0651
muestra 7 FAM TAMRA 15,079 0,0651
muestra 8 FAM TAMRA 14,931 0,0651
muestra 9 FAM TAMRA 17,606 0,0651
muestra 10 FAM TAMRA 17,519 0,0651
control sin
templado FAM TAMRA Undetermined 0,0651
control sin
templado FAM TAMRA Undetermined 0,0651

a) En la figura de amplificación indicar:

i. Linea de base
ii. Umbral
iii. Ct (marcar uno como ejemplo)
b) Calcular la concentración en copias génicas/ul en las 10 muestras.
c) Indicar que moléculas funcionan como reporter y quencher en este experimento y cuál es la función de cada una

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