Traducido del inglés al español - www.onlinedoctranslator.

com

MICROBIOLOGÍA CLÍNICA VETERINARIA

crossm

Conocimientos genómicos, de resistencia a los antimicrobianos y de salud

pública sobre Enterococcus spp. de pollos australianos

Mark O'Dea,a Shafi Sahibzada,a David Jordan,B Tanya Laird,a Terence Lee,a Kylie Hewson,C Stanley Pang,anuncio
Rebecca Abraham,a Geoffrey W. Coombs,anuncio Taha Harris,mi Anthony Pavic,mi Sam Abrahama

aLaboratorio de Resistencia a los Antimicrobianos y Enfermedades Infecciosas, Universidad de Murdoch, Murdoch, WA, Australia

B Departamento de Industrias Primarias de Nueva Gales del Sur, Wollongbar, NSW, Australia

CFederación Australiana de Carne de Pollo, North Sydney, NSW, Australia

D Medicina de laboratorio PathWest, Hospital Fiona Stanley, Murdoch, WA, Australia

mi Birling Avian Laboratories, Bringelly, NSW, Australia

ABSTRACTO Debido al manejo de Australia del uso de antimicrobianos en las aves de corral,
particularmente el uso descontinuado de avoparcina durante casi 20 años, se plantea la hipótesis de que
los enterococos resistentes a la vancomicina asociados con enfermedades humanas no se derivan de
aislamientos de aves de corral. Este estudio evaluó la resistencia a los antimicrobianos (RAM) de cinco
especies de enterococos aisladas de pollos de carne australianos, características genómicas de
Enterococcus faecium y Enterococcus faecalis, y la relación filogenética de los derivados de aves de corral E.
faecium con aislamientos de casos de sepsis humana. Todos los aislamientos de enterococos de ciegos de
pollo se sometieron a pruebas de susceptibilidad a los antimicrobianos.
E. faecium y E. faecalis se sometieron a secuenciación de genoma completo. E. faecium se comparó
a nivel del genoma central con una colección de aislados humanos (norte 677) obtenidos de casos
de sepsis durante un período de 2 años que abarca desde 2015 hasta 2016. En total, se aislaron 205
enterococos que consisten en cinco especies diferentes. E. faecium fue la especie más
frecuentemente aislada (37,6%), seguida de E. durans (29,7%), E. faecalis
(20%), E. hirae (12,2%), y E. gallinarum (0,5%). Todos los aislamientos fueron sensibles a la vancomicina y
gentamicina, mientras que un aislado fue resistente a linezolid (MIC 16 mg / litro). Análisis del genoma

Descargado de https://journals.asm.org/journal/jcm el 6 de octubre de 2021 por 45.229.42.232.

central delE. faecium demostraron dos clados que consisten predominantemente en aislados humanos o
de pollo en cada clado, con una superposición mínima. El análisis de componentes principales para el
contenido total de genes reveló tres grupos compuestos de
vanA-positivo, vanB-positivo, y ambos vanA- y vanB-negativo E. faecium poblaciones. Los resultados Citación O'Dea M, Sahibzada S, Jordan D, Laird
de este estudio proporcionan una fuerte evidencia de que el pollo australianoE. faecium Es poco T, Lee T, Hewson K, Pang S, Abraham R,
Coombs GW, Harris T, Pavic A, Abraham S.
probable que los aislados sean cepas precursoras de las cepas resistentes a la vancomicina que
2019. Perspectivas genómicas, de resistencia a los
circulan actualmente y que se aíslan en los hospitales australianos. antimicrobianos y de salud pública Enterococcus
spp. de pollos australianos. J Clin Microbiol 57:

PALABRAS CLAVE pollo, enterococo, resistencia a la vancomicina e00319-19.https://doi.org/10.1128/JCM

. 00319-19.
Editor Brad Fenwick, Universidad de Tennessee

mi
en Knoxville
Los nterococos son un componente ubicuo de la microbiota comensal de los vertebrados terrestres.
Derechos de autor © 2019 O'Dea et al. Este es un
Los seres humanos están expuestos a enterococos de diversas fuentes, incluidos otros seres humanos,
artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos
el medio ambiente y los alimentos contaminados con la microflora intestinal del ganado. Una característica delLicencia internacional Creative Commons
de los enterococos que les permite transferirse fácilmente entre huéspedes es su mayor capacidad para Attribution 4.0.

sobrevivir a condiciones externas a los huéspedes que serían fatales para la mayoría de las otras bacterias Dirigir correspondencia a Mark O'Dea,
m.odea@murdoch.edu.au , o Sam Abraham,
vegetativas (1). En consecuencia, ciertas especies, comoEnterococcus faecalis y E. faecium, son una causa
s.abraham@murdoch.edu.au.
importante de infecciones oportunistas en humanos que causan enfermedades que varían en severidad de Recibió 27 de febrero de 2019
leve a fatal (2). En las últimas dos décadas, el tratamiento de la enfermedad por enterococos en humanos Devuelto para modificación 8 de abril de 2019
Aceptado 16 de mayo de 2019
se ha complicado por la aparición de cepas resistentes a los antimicrobianos. Esto ha llevado a una
Manuscrito aceptado publicado en línea 22 de mayo de
tendencia cada vez mayor a las formas graves de resistencia múltiple y la dependencia resultante de los
2019
fármacos de "última línea de defensa" para la terapia, incluido el glicopéptido antimicrobiano vancomicina. Publicado 26 de julio de 2019

Agosto de 2019 Volumen 57 Edición 8 e00319-19 Revista de microbiología clínica jcm.asm.org 1

O'Dea y col. Revista de microbiología clínica

que está catalogado por la Organización Mundial de la Salud (OMS) como un “antimicrobiano de
importancia crítica de máxima prioridad” (3). Resistente a la vancomicina en todo el mundoE. faecium
(VREfm) se ha convertido en uno de los principales patógenos nosocomiales de los seres humanos (4). A
pesar de los estudios que demuestran las vías de transmisión de los clones de VREfm asociados a
hospitales como ST203, ST796 y ST80 (5), la industria avícola ha sido examinada como una fuente de
enterococos resistentes a los antimicrobianos que causan enfermedades en los seres humanos, debido a la
omnipresencia de la carne de pollo en el dieta humana, y el uso ampliamente documentado de
antimicrobianos dentro del ciclo de producción avícola.
Se ha afirmado que la aparición de VREfm, en parte, está asociada con el uso del
análogo de vancomicina avoparcina en pollos como un promotor del crecimiento, que
ocurrió en la Unión Europea de 1975 a 1998 y en Australia de 1978 a 2000.
(6) pero no en los Estados Unidos (7). Se ha demostrado que después de la eliminación de avoparcina de los
sistemas de producción avícola en algunos países, el VREfm ha persistido durante períodos prolongados,
posiblemente debido a la coselección (8-10). También sería factible plantear la hipótesis de que la
transmisión zoonótica inversa de enterococos de los trabajadores agrícolas a las aves de corral podría
introducir elementos de resistencia a la vancomicina en la población de aves de corral de manera similar a
la observada para la resistencia a la meticilina.Staphylococcus aureus en cerdos (11, 12).

Sin embargo, los estudios han demostrado que los aislados de enterococos animales y humanos a
menudo difieren en el tipo de secuencia multilocus (MLST), particularmente en el caso de E. faecium. Como
tal, lo más probable es que los enterococos de origen animal no sean en sí mismos una amenaza directa
para los huéspedes humanos, sino más bien la transferencia de contenido genético entre cepas animales y
humanas.en vivo (13, 14). Estudios previos han demostrado que los transposones que contienen genes
resistentes a la vancomicina eran la causa probable de VREfm identificado en avicultores y trabajadores de
mataderos en los Países Bajos (15), y elvanA El gen se puede transferir de enterococos de aves de corral a
enterococos humanos. en vivo (dieciséis).
Los enterococos poseen una gran diversidad genética y algunos tipos de secuencia, como MI.
faecalis ST16, un clon asociado al hospital que también se reporta en el ganado (17, 18), y el
asociado al hospital E. faecium Se considera que ST17 está más asociado con infecciones
nosocomiales y tiene más genes de resistencia (19, 20). Más recientemente, agrupación deE.
faecium Los aislamientos se han realizado utilizando un análisis bayesiano de la estructura de la
población, y los resultados proporcionan más pruebas de cepas adaptadas al hospital (21). Australia
es reconocida por tener una mayor proporción de resistencia a la vancomicina entre
E. faecium aislamientos recolectados en humanos en comparación con Europa, con esta

Descargado de https://journals.asm.org/journal/jcm el 6 de octubre de 2021 por 45.229.42.232.

proporción creciente debido principalmente a la preeminencia de aislamientos que llevan la
vanB gen (22, 23). Además, la mayoría de los VREfm son simultáneamente resistentes a otros
antibióticos importantes y de importancia crítica como ampicilina, tetraciclinas, gentamicina
de alto nivel, eritromicina y nitrofuranos, así como una proporción menor a las
fluoroquinolonas (24, 25).
Se sabe poco sobre la resistencia a los antimicrobianos, la distribución y la composición genética de los
enterococos de origen avícola en Australia. En 2007, un estudio del gobierno nacional informó un nivel bajo
vanC resistencia mediada en el 1% de E. faecalis, sin evidencia de resistencia a la vancomicina en E. faecium
(26). Sin embargo, las muestras para este estudio se recolectaron en 2003, y desde entonces no ha habido
ningún estudio australiano estructurado a nivel nacional sobre el transporte de ERV en aves de corral.

Presumimos que el pollo no es el origen de la resistencia a la vancomicina en humanos. MI.

faecium en Australia debido a la exclusión de la avoparcina de todos los animales productores de
alimentos del país. Además, la estricta regulación de los antimicrobianos en Australia también ha
excluido la disponibilidad de otros medicamentos de importancia crítica para su uso en la
producción de carne de pollo, como las fluoroquinolonas, la colistina, el ceftiofur y la gentamicina.
Por lo tanto, nuestro estudio tuvo como objetivo investigar la resistencia a los antimicrobianos y las
características genómicas deE. faecium y E. faecalis aislado del intestino de pollos de carne
australianos en el momento del sacrificio. Utilizando la secuenciación del genoma completo,
también investigamos la evolución y los rasgos genéticos de una colección de aislamientos
australianos deE. faecium obtenido de casos de sepsis en humanos para comprender si E. faecium
originario de pollo fue una posible causa.

Agosto de 2019 Volumen 57 Edición 8 e00319-19 jcm.asm.org 2

Enterococcus spp. de aves de corral australianas Revista de microbiología clínica

MATERIALES Y MÉTODOS
Adquisición y procesamiento de muestras. Entre junio y noviembre de 2016, se recolectaron en
Australia doscientas muestras cecales combinadas (cinco muestras cecales en cada grupo) de pollos de
carne procesados para consumo humano utilizando el enfoque adoptado para la vigilancia en los Estados
Unidos (27). Las muestras formaron parte de una encuesta a nivel nacional, obtenida de 20 plantas
procesadoras pertenecientes a siete empresas comerciales que abastecen más del 95% del mercado
australiano de carne de pollo. El número de muestras de cada planta fue proporcional a su volumen de
procesamiento. El muestreo fue realizado por personas debidamente capacitadas y experimentadas en el
procedimiento de recolección descrito, con experiencia previa en la recolección de especímenes en el
momento del sacrificio. Solo se obtuvo una muestra (que constituía ceca de cinco pollos) de cada lote que
se procesaba en cada día de muestreo.
Se preparó una solución homogeneizada al 10% de muestras cecales en agua de peptona tamponada estéril (Thermo
Fisher). La muestra preparada se esparció directamente sobre agar bilis-esculina (Thermo Fisher) y se incubó a 37 ° C durante
48 h. Los aislamientos de enterococos se identificaron mediante espectrometría de masas de tiempo de vuelo por ionización
con desorción láser asistida por matriz (Vitek 2 bioMérieux; Bruker Microflex). Una vez que se determinó la especie, se sembró
una colonia bacteriana en agar sangre de oveja Columbia (Edwards, Australia) y se incubó durante la noche a 37 ° C.E. faecium
y E. faecalis La susceptibilidad antimicrobiana se determinó mediante el método de microdilución en caldo utilizando paneles
CMV3AGPF Sensititre National Antimicrobial Resistance Monitoring System (NARMS) (Trek Diagnostics, Thermo Fisher Scientific)
de acuerdo con las directrices del Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) adaptadas para el sistema Sensititre, con
todos los aislamientos probados. una vez contra cada antimicrobiano. Se utilizaron puntos de corte NARMS para
antimicrobianos que carecen de los estándares CLSI
(28). La CIM se determinó mediante imágenes digitales utilizando el sistema Sensititre Vizion (Trek; Thermo Fisher), y
los resultados fueron interpretados y verificados de forma independiente por dos científicos de laboratorio. Los
antimicrobianos y los rangos de concentración utilizados se enumeran según su clase de antimicrobianos en la
Tabla S1 del material suplementario. El control de calidad se realizó utilizandoE. faecalis ATCC 29212 y
Staphylococcus aureus ATCC 25923 y 29213. Para permitir la comparabilidad con otros estudios se utilizaron dos
puntos de corte de susceptibilidad: el punto de corte CLSI (28, 29) y el valor de corte epidemiológico (ECOFF). Los
valores ECOFF utilizados fueron los recomendados por el Comité Europeo de Pruebas de Sensibilidad a los
Antimicrobianos (30). Según el valor ECOFF, los aislados se clasificaron en tipo salvaje y no salvaje. Según el punto de
corte de CLSI, los aislamientos resistentes a al menos tres clases de antibióticos se clasificaron como resistentes a
múltiples fármacos (MDR).
Secuenciación del genoma completo. La secuenciación del genoma completo se realizó en todos E. faecium y MI.
faecalis aislamientos. El ADN se extrajo utilizando el kit de extracción de ADN de múltiples muestras MagMAX (Thermo Fisher
Scientific) de acuerdo con las instrucciones del fabricante. Las preparaciones de la biblioteca de ADN se realizaron utilizando un
kit de preparación de la biblioteca Illumina Nextera XT, con una variación de las instrucciones del fabricante para un mayor
tiempo de etiquetado de 7 min. Las preparaciones de la biblioteca se secuenciaron en una plataforma Illumina Nextseq
utilizando un kit 2150 de rendimiento medio. Los datos genómicos fueronde novo ensamblado
utilizando SPAdes (31). Todos los aislamientos se analizaron utilizando el Centro de Epidemiología Genómica (CGE;
http://www.genomicepidemiology.org/) y la tubería de Nullarbor (v1.20) para determinar el tipo de secuencia
multilocus (MLST) y la presencia de genes de resistencia a los antimicrobianos y virulencia putativa (basado en una
cobertura de secuencia del 95% y una identidad de secuencia del 99%) (32). La detección del gen de virulencia
también se realizó utilizando el programa ABRicate (dentro de Nullarbor) con la base de datos de genes de virulencia

Descargado de https://journals.asm.org/journal/jcm el 6 de octubre de 2021 por 45.229.42.232.

universal descargada del CGE.
E. faecium Se realizaron comparaciones genómicas con 677 E. faecium aislamientos tipificados de humanos
casos de sepsis hospitalaria recopilados por el Programa Australiano de Resultados de Sepsis Enterococcus (AESOP)
del Grupo Australiano de Resistencia a los Antimicrobianos (AGAR) durante el período de 2 años de 2015 a 2016. Se
construyeron árboles filogenéticos basados en polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) en el genoma central.
Las anotaciones del genoma se realizaron con Prokka (v1.12) (32) y los resultados se procesaron con Roary (v3.8.0)
(33) para la determinación del genoma central (con genes centrales definidos como presentes en el 99 al 100% de los
aislamientos en base a una configuración de BlastP del 90%), y Gubbins (v2.2.3) (34) para la eliminación y alineación por
recombinación. Los árboles de máxima parsimonia se construyeron utilizando MEGAX en la configuración predeterminada con
una prueba de filogenia de 1000 bootstrap (35). La anotación manual de árboles se realizó en iTOL (v4.2) (36).
Análisis estadístico. Los datos de MIC para cada aislamiento se descargaron directamente del software lector
de imágenes digitales (Thermo Scientific Sensititre SWIN) y se procesaron para obtener tablas de MIC con intervalos
de confianza exactos para las proporciones derivadas del método Clopper-Pearson en Stata versión 14.2 (StataCorp
LLC, College Station, TX). Todo pollo y humanoE. faecium los aislamientos se sometieron a análisis de componentes
principales (PCA) de variables binomiales en R para la determinación de asociaciones por contenido genético total
(37). Las elipses de densidad del 95% se calcularon (dentro de R) a partir de la matriz de correlación especificada (es
decir, los dos primeros componentes) y se trazaron usando GGPlot2.

RESULTADOS

En total, se obtuvieron 205 aislamientos individuales de las 200 muestras cecales combinadas.
Se obtuvo al menos un aislado de cada grupo, con cinco grupos que muestran tipos de colonias
mixtas de los que se obtuvieron dos aislamientos. Aislamientos identificados incluidosE. faecium
(37,6%), E. durans (29,7%), E. faecalis (20%), E. hirae (12,2%), y E. gallinarum (0,5%). Todos los datos
de secuencia obtenidos de este estudio se depositaron en el archivo de lectura de secuencias de
NCBI con el ID de bioproyecto.PRJNA524396.

Agosto de 2019 Volumen 57 Edición 8 e00319-19 jcm.asm.org 3

O'Dea y col. Revista de microbiología clínica

TABLA 1 Distribución de MIC para Enterococcus faecium (norte 77) aislado de pollos de carne australianos a 14 antimicrobianosa

% de aislamientos con CMI (mg / litro)

% de tipo no salvaje Clínicamente

Antimicrobiano 0,25 0,5 1 2 4 8 dieciséis 32 64 128 256 512 1.024 (IC del 95%) resistente (%)
Ampicilina 9.1 7.8 5.2 9.1 13 | 35,1 14.3 5.2 1.3 0 0 0 0 55,8 (44,1–67,2) 20,8
Cloranfenicol * 0 0 0 0 3.9 75,3 20,8 0 0 0 0 0 0 0,0 (0,0–4,7) 0
Daptomicina 14.3 11,7 5.2 33,8 23,4 | 11,7 0 0 0 0 0 0 0 11,7 (5,5-21,0)
Eritromicina 35,1 3.9 13 9.1 0| 3.9 35,1 0 0 0 0 0 0 39,0 (28,0–50,8) 39
Gentamicina * 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0
Kanamicina * 0 0 0 0 0 0 0 0 0 79,2 14.3 3.9 2.6 2.6
Lincomicina * 0 0 11,7 0 0 2.6 85,7 0 0 0 0 0 0
Linezolid 0 0 0 55,8 42,9 | 0 1.3 0 0 0 0 0 0 1,3 (0,0–7,0) 1.3
Penicilina (bencilo) 27,3 11,7 7.8 7.8 31,2 3.9 5,2 | 5.2 0 0 0 0 0 5,2 (1,4-12,8) 10,4
Quinupristina-dalfopristina * 0 10,4 6.5 28,6 7.8 15,6 19,5 10,4 1.3 0 0 0 0 54,5
Teicoplanina 98,7 1.3 0 0| 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0,0 (0,0–4,7) 0
Tetraciclina 0 0 58,4 1.3 0| 0 0 3.9 36,4 0 0 0 0 40,3 (29,2–52,1) 40,3
Vancomicina 2.6 53,2 33,8 3.9 6,5 | 0 0 0 0 0 0 0 0 0,0 (0,0–4,7) 0
Virginiamicina 53,2 9.1 5.2 9.1 10,4 | 10,4 1.3 1.3 0 0 0 0 0 13,0 (6,4-22,6)
aTenga en cuenta que E. faecium es intrínsecamente resistente a la lincomicina. Los porcentajes de aislamientos clasificados como de tipo no salvaje con el correspondiente intervalo de confianza del 95% (95%
CI) y se muestran los porcentajes clasificados como clínicamente resistentes. Para cada fármaco, las barras verticales muestran las posiciones de los valores ECOFF y las áreas sombreadas indican el rango de
diluciones evaluadas. Los valores ECOFF no están disponibles actualmente para los antimicrobianos indicados con un asterisco (*), y los recuadros en blanco en la tabla indican una falta de puntos de corte
relevantes.

E. faecium. Ningún aislado fue clínicamente resistente al cloranfenicol, gentamicina,

vancomicina o teicoplanina. Para los aminoglucósidos, dosE. faecium los aislados fueron resistentes
a la kanamicina. UnoE. faecium el aislado fue resistente a linezolid. Aunque poco más de la mitad de
losE. faecium los aislados (54,5%) no eran de tipo salvaje a la ampicilina, solo el 20,8% se clasificaron
como clínicamente resistentes. Una gran proporción de cepas fueron resistentes a quinupristina-
dalfopristina (54,5%). Aunque no se detectó resistencia a la virginiamicina, el 13% de los
aislamientos se clasificaron como de tipo no salvaje. Distribuciones de MIC basadas en ECOFF y
puntos de corte clínicos paraE. faecium se muestran en la Tabla 1. MDR se encontró en
23,4% de los aislamientos, siendo macrólido, estreptogramina y tetraciclina el patrón de MDR más
frecuentemente identificado (11,7%).
No se identificaron genes que confieran resistencia a la vancomicina. Genes que confieren resistencia a
la quinupristina (ermA, ermB, o msrC) y dalfopristina (cuba) se detectaron en el 85,7 y el 37,7% de los
aislamientos, respectivamente, con el 54,5% de los aislamientos fenotípicamente resistentes a la
combinación. Genes de resistencia a las lincosamidas (ermA, ermB, lnuB, lnua, y lsaA) se detectaron en el

Descargado de https://journals.asm.org/journal/jcm el 6 de octubre de 2021 por 45.229.42.232.

59,7% de los aislamientos. Genes que confieren resistencia a los aminoglucósidos (aadE) estuvieron
presentes en el 7.79% de los aislamientos. La mayoría de los aislamientos portaban genes de resistencia a
la tetraciclina (61,0%), mientras que el bajo nivel de portadores dedfrG (2,6%). Todos 77E. faecium se
secuenciaron los aislamientos y 45 pertenecían a 18 ST conocidos, siendo los más frecuentes ST492,
ST195, ST241 y ST124 (Tabla S2).
Solo se detectaron seis supuestos genes de virulencia en los aislados de pollo. Por el contrario, se
detectaron hasta 12 genes de virulencia putativos en los 677 aislamientos humanos de AESOP. Los genes
de virulencia putativos comunes entre ambos grupos estaban asociados a la biopelícula.bopD,
bsh (tolerancia a las sales biliares), cpsF (polisacárido capsular) y genes asociados a biopelículas
acm y scm con proporciones similares de cada gen en los aislamientos de pollo y humanos (38–40).
Los genes presentes en aislamientos humanos que no se detectaron en aislamientos de pollo
incluyeron el gen codificador de adhesión a la superficie.sgrA, el gen de codificación de anclaje de la
superficie de la pared celular ecbA (41), el gen que codifica la proteína de unión al fibrinógeno fss3 (
42), los genes del locus capsular cps4B y cps4D (43), y psaA, que codifica una lipoproteína de unión
a metales (44). lossgrA El gen estuvo presente en el 12,5% de los aislamientos humanos, y el resto
de genes estuvo presente en proporciones del 8% o menos.
La filogenia del genoma central del pollo y los aislados humanos AESOP generaron tres clados
principales (datos no mostrados), de los cuales dos clados estaban dominados por las respectivas
especies hospedadoras. Un tercero consistió en aislados humanos divergentes (norte 29) y un solo
aislado de pollo. Las 30 secuencias del grupo divergente, junto con un subconjunto seleccionado al
azar de las secuencias restantes de aislamientos de pollo (norte 68), y los aislados humanos que se
encuentran dentro del grupo de pollos (norte 33) fueron extraídos para más

Agosto de 2019 Volumen 57 Edición 8 e00319-19 jcm.asm.org 4

Enterococcus spp. de aves de corral australianas Revista de microbiología clínica

FIGURA 1 Filogenia del genoma central de 69 pollos y 62 humanos E. faecium aislamientos que muestran cinco clados que consisten en un clado de aislamiento de pollo distinto (resaltado en
naranja) y cuatro clados de aislamiento humano.

comparación. Ninguno de estos 62 aislamientos humanos portaba lavanA o vanB genes. La

filogenia del genoma central se derivó de este subconjunto, con los aislados distribuidos en cinco
clados (Fig. 1). Los clados 1 y 2 consistieron en 30 aislamientos humanos y cinco aislamientos de
pollo, y el clado 3 consistió en tres aislamientos humanos y 61 aislamientos de pollo. Los clados 4 y
5 eran muy divergentes de los otros tres clados, separados por más de 4200 SNP en el nivel del
genoma central, y aparte de un aislado de pollo (clado 4) consistía enteramente en aislamientos
humanos.

Descargado de https://journals.asm.org/journal/jcm el 6 de octubre de 2021 por 45.229.42.232.

El PCA basado en el contenido genético total agrupó los aislamientos de pollo por separado de
los aislamientos humanos. Según la presencia o ausencia de genes resistentes a la vancomicina (
vanA y vanB), las elipses de densidad del 95% identificaron tres grupos compuestos por
vanA-positivo, vanB-positivo, y vanA- y vanB-poblaciones negativas (Fig. 2). Un solo
aislado de pollo, CAM1, asociado con uncamioneta-Cúmulo negativo. Cuando se repitió
este análisis excluyendo la presencia devanA o vanB genes, el efecto de agrupamiento
no se modificó.
E. faecalis. Todo 41 E. faecalis fueron secuenciados, devolviendo 18 conocidos y 4 desconocidos
STs. Se identificaron dieciocho tipos de MLST conocidos, siendo el más prevalente el ST314 (norte 7),
ST16 (norte 5), ST502 (norte 4) y ST530 (norte 4) (Tabla S2). NoE. faecalis los aislados fueron
clínicamente resistentes al cloranfenicol y los aminoglucósidos gentamicina y kanamicina. Un
aislado identificado como de tipo no salvaje para la vancomicina con un valor ECOFF de 8 mg / litro.
También se observó resistencia a linezolid para un solo aislado. Distribuciones de MIC basadas en
ECOFF y puntos de corte clínicos paraE. faecalis se muestran en la Tabla 2. Una pequeña proporción
de aislamientos devolvió fenotipos MDR (2.4%) con un patrón de
- Resistencia a lactámicos, macrólidos y tetraciclinas. La codificación de resistencia a la lincosamida
lsa El gen se detectó en el 97,6% de los aislamientos. No se identificaron genes resistentes a la
vancomicina, lo que respalda los datos fenotípicos. Genes de resistencia a la tetraciclina (uno o más
detetM, tetO, o tetL) fueron llevados en
77,5% de los aislamientos y 55% de los aislamientos portaban el gen de resistencia a macrólidos
ermB. Se incluyen genes resistentes a los aminoglucósidosaadE (7,3%) y ant6-la (4,9%) y el gen de
resistencia a la trimetoprima (dfrG) estuvo presente en el 4,9% de los aislamientos.

Agosto de 2019 Volumen 57 Edición 8 e00319-19 jcm.asm.org 5

O'Dea y col. Revista de microbiología clínica

FIGURA 2 Ordenación PCA del contenido genético total para pollos y todos los seres humanos E. faecium aislamientosnorte 677). Las elipses de densidad del 95% muestran tres
agrupaciones basadas en la presencia devanA, vanB, o ninguno (camioneta-negativos) genes.

Para todos los aislamientos, los genes de virulencia putativos incluyeron los genes que codifican pilus. ebpB
y ebpC, el gen sensor de quórum fsrB, el gen de producción de gelatinasa gelE, y el gen de la

Descargado de https://journals.asm.org/journal/jcm el 6 de octubre de 2021 por 45.229.42.232.

tiol peroxidasa tpx (45–47). Más del 90% de los aislamientos contenían el gen que codifica pili
epbA, el gen que codifica la adhesina efaAfs, y el gen de unión al colágeno as (46,

TABLA 2 Distribución de MIC para Enterococcus faecalis (norte 41) aislado de pollos de carne australianos a 14 antimicrobianosa
% de aislamientos con CMI (mg / litro)
% de tipo no salvaje Clínicamente

Antimicrobiano 0,25 0,5 1 2 4 8 dieciséis 32 64 128 256 512 1.024 (IC del 95%) resistente (%)
Ampicilina 0 2.4 14,6 2.4 61 | 9,8 9,8 0 0 0 0 0 0 19,5 (8,8–34,9) 9,8
Cloranfenicol 0 0 0 2.4 2.4 78 17.1 0 0 0 0 0 0 0,0 (0,0–8,6) 0
Daptomicina 12,2 4.9 12,2 34,1 24,4 | 12,2 0 0 0 0 0 0 0 12,2 (4,1–26,2)
Eritromicina 48,8 2.4 17.1 4.9 0| 0 26,8 0 0 0 0 0 0 26,8 (14,2–42,9) 26,8
Gentamicina * 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0
Kanamicina * 0 0 0 0 0 0 0 0 0 87,8 12,2 0 0 0
Lincomicina * 0 0 4.9 0 0 4.9 90,2 0 0 0 0 0 0
Linezolid 0 2.4 0 65,9 29,3 | 0 2.4 0 0 0 0 0 0 2,4 (0,1-12,9) 2.4
Penicilina (bencilo) 22 2.4 12,2 9,8 34,1 7.3 2,4 | 9,8 0 0 0 0 0 9,8 (2,7-23,1) 12,2
Quinupristina-dalfopristina * 0 7.3 0 34,1 9,8 22 19,5 7.3 0 0 0 0 0
Teicoplanina 87,8 9,8 0 0| 0 0 0 0 0 2.4 0 0 0 2,4 (0,1-12,9) 2.4
Tetraciclina 0 0 51,2 0 2,4 | 0 0 7.3 39 0 0 0 0 46,3 (30,7–62,6) 46,3
Vancomicina 7.3 43,9 31,7 12,2 2,4 | 2.4 0 0 0 0 0 0 0 2,4 (0,1-12,9) 0
Virginiamicina 0 0 2.4 17.1 48,8 17.1 7.3 2,4 | 0 4.9 0 0 0 4,9 (0,6-16,5)
aNota E. faecalis es intrínsecamente resistente a lincomicina y quinupristina-dalfopristina. Se muestran los porcentajes de aislamientos clasificados como de tipo no salvaje con el correspondiente IC del 95% y los
porcentajes clasificados como clínicamente resistentes. Para cada fármaco, las barras verticales muestran las posiciones de los valores ECOFF y las áreas sombreadas indican los rangos de diluciones evaluadas.
Los valores ECOFF no están disponibles actualmente para los antimicrobianos marcados con un asterisco (*), y los recuadros en blanco en la tabla también indican la falta de puntos de corte relevantes.

Agosto de 2019 Volumen 57 Edición 8 e00319-19 jcm.asm.org 6

Enterococcus spp. de aves de corral australianas Revista de microbiología clínica

TABLA 3 Distribución de MIC para otros Enterococcus spp. (norte 87) que comprende Enterococcus hirae (norte 25), Enterococcus durans (norte 61),
y Enterococcus gallinarum (norte 1) aislado de pollos de carne australianosa
% de aislamientos con CMI (mg / litro)
% de tipo no salvaje Clínicamente

Antimicrobiano 0,25 0,5 1 2 4 8 32

dieciséis 64 128 256 512 1.024 (IC del 95%) resistente (%)
Ampicilina 31 6,9 17.2 16,1 19,5 | 8 0 1.1 0 0 0 0 0 9,2 (4,1-17,3) 1.1
Cloranfenicol * 0 0 0 1.1 6,9 69 23 0 0 0 0 0 0 0,0 (0,0–4,2) 0
Daptomicina 10,3 9.2 11,5 24,1 32,2 | 12,6 0 0 0 0 0 0 0 12,6 (6,5-21,5)
Eritromicina 35,6 6,9 13,8 9.2 | 0 0 34,5 0 0 0 0 0 0 34,5 (24,6–45,4) 34,5
Gentamicina * 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0
Kanamicina * 0 0 0 0 0 0 0 0 0 83,9 13,8 2.3 0 0
Lincomicina * 0 0 9.2 1.1 0 0 89,7 0 0 0 0 0 0
Linezolid 0 1.1 0 59,8 39,1 | 0 0 0 0 0 0 0 0 0,0 (0,0–4,2) 0
Penicilina (bencilo) 17.2 11,5 5.7 20,7 32,2 6,9 1.1 | 4.6 0 0 0 0 0 4,6 (1,3-11,4) 5.7
Quinupristina-dalfopristina * 0 8 4.6 24,1 11,5 20,7 26,4 4.6 0 0 0 0 0 63,2
Teicoplanina 95,4 3.4 1.1 0| 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0,0 (0,0–4,2) 0
Tetraciclina 0 0 54 0 1.1 | 0 3.4 3.4 37,9 0 0 0 0 44,8 (34,1–55,9) 44,8
Vancomicina 5.7 46 36,8 8 3,4 | 0 0 0 0 0 0 0 0 0,0 (0,0–4,2) 0
Virginiamicina * 36,8 8 14,9 11,5 8 6,9 6,9 6,9 0 0 0 0 0
aSe muestran los porcentajes de aislamientos clasificados como microbiológicamente resistentes con el correspondiente IC del 95% y los porcentajes clasificados como clínicamente resistentes. Para cada fármaco,
las barras verticales muestran las posiciones de los puntos de corte microbiológicos y las áreas sombreadas indican los rangos de las diluciones evaluadas. Los puntos de corte microbiológicos no están
disponibles actualmente para los antimicrobianos señalados con un asterisco (*), y los recuadros en blanco en la tabla también indican la falta de puntos de corte relevantes.E. hirae
Se utilizaron puntos de corte para esta tabla. Tenga en cuenta queEnterococcus spp. son intrínsecamente resistentes a la lincomicina.

48). El veinticinco por ciento de los aislamientos llevaban la codificación de agregaciónagg gen, que
era común a todos los aislados de ST16. El mayor número de genes de virulencia putativos se
detectó en el único aislado de ST100 con el transporte adicional de genes de citolisina.cylB,
cylL, cylM, y cylA (49).
E. durans, E. hirae, y E. gallinarum. Distribuciones MIC basadas en ECOFF y
puntos de corte clínicos para E. durans, E. hiraey un solo E. gallinarum combinados se muestran en
la Tabla 3. En cuanto a los otros aislados de enterococos, no se detectó resistencia a la vancomicina
y los perfiles de resistencia fueron similares a E. faecium y E. faecalis con la excepción de una menor
resistencia general a la ampicilina (1,1%). El once por ciento de laE. durans
los aislados fueron MDR; el fenotipo más predominante fue el resistente a macrólidos,
tetraciclina y cloranfenicol (6,6%). Una baja frecuencia de aislamientos (1,6%) demostró
resistencia a cuatro clases de antimicrobianos, incluidos macrólidos, fenicol y
tetraciclina, con la adición de β-lactama, lincosamida o fluoroquinolona. De ElE. hirae

Descargado de https://journals.asm.org/journal/jcm el 6 de octubre de 2021 por 45.229.42.232.

aislados, el 20% fueron MDR, y el 16% mostró resistencia a macrólidos, fenicol y
tetraciclina; 4% fueron resistentes a β-lactama, macrólidos y fenicol.

DISCUSIÓN
En este estudio de Enterococcus spp. en pollos de carne australianos, se observó resistencia a
algunos antimicrobianos de importancia humana. Sin embargo, la prevalencia general de
resistencia a los antimicrobianos fue baja. No se detectó resistencia clínica a los antimicrobianos de
importancia crítica gentamicina y vancomicina, y la falta de resistencia a la vancomicina identificada
en nuestro estudio proporciona una fuerte evidencia de que los pollos de carne australianos no son
responsables de la alta tasa de resistencia a la vancomicina enE. faecium aislamientos obtenidos de
hospitales australianos (23, 25). Aunque la avoparcina se utilizó ampliamente en la producción de
pollos en Australia durante la década de 1990, se retiró voluntariamente del mercado en 1999,
seguida de la retirada reglamentaria, después de las preocupaciones de que el uso en el pienso
pudiera provocar resistencia a la vancomicina (50). Por el contrario, datos recientes del sistema
hospitalario australiano muestran una alta tasa de uso de vancomicina (22), y quizás esto,
combinado con el impacto de los viajes internacionales, explique mejor la extensión de VREfm en
aislamientos humanos en Australia.
La resistencia a las tetraciclinas se identificó con frecuencia entre todos los enterococos,
posiblemente debido a su uso ocasional como medicación en el alimento o en el agua (51). La base
de la alta resistencia a la eritromicina no está clara, ya que los macrólidos, incluidas la eritromicina y
la tilosina, rara vez se utilizan en la industria (52). Aunque el 40% de los enterococos en nuestro
estudio eran resistentes a la eritromicina y la tetraciclina, que se clasifican como críticamente y

Agosto de 2019 Volumen 57 Edición 8 e00319-19 jcm.asm.org 7

O'Dea y col. Revista de microbiología clínica

De gran importancia, respectivamente, para la salud humana según la OMS (3), esto es menos preocupante
para la salud pública, ya que estos medicamentos generalmente no se utilizan para el tratamiento de
infecciones por enterococos en humanos.
En Australia, aproximadamente el 50% de E. faecium aislados de bacteriemia en humanos son
resistentes a la vancomicina (25). Por el contrario, no identificamos ningún VREfm en el ceca de pollo
muestreado. La ausencia de resistencia a la vancomicina entre los aislados de aves de corral indica que la
aparición de VREfm asociada a enfermedades humanas puede estar impulsada por el uso hospitalario de
glicopéptidos u otros antimicrobianos que seleccionan esta resistencia. El linezolid es otro antibiótico de
importancia crítica que se utiliza en la salud humana y se identificó resistencia en un solo aislado. Sin
embargo, nocfr o optrA Se identificaron genes, lo que indica que la resistencia puede deberse a mutaciones
cromosómicas. La mutación cromosómica más común es una sustitución G2576T en el dominio V del rRNA
23S; sin embargo, esto no se encontró en ninguno de los aislamientos de este estudio, lo que podría indicar
un mecanismo de resistencia no documentado o una sobreestimación de la CMI (53). La resistencia a la
quinupristina-dalfopristina, que es un antibiótico muy importante utilizado para tratar los ERVfm (54) fue
frecuente, con aproximadamente la mitad de lasE. faecium los aislamientos son resistentes. La
secuenciación del genoma completo demostró que el 37,7% de los aislamientos portaban resistencia a la
combinación quinupristina-dalfopristina, y el 85,7% de los aislamientos portaban genes de resistencia a
quinupristina (ermA,
ermB, o msrC) y 37,7% para dalfopristina (cuba). Aunque la quinupristina-dalfopristina no se usa en aves de
corral, la resistencia probablemente se deba al uso de virginiamicina (otro miembro de la clase de
estreptogramina) o puede deberse al uso histórico de avoparcina en la alimentación de aves de corral (55).
Resistencia a quinupristina-dalfopristina y vancomicina enE. faecium se ha informado en países con
antecedentes de uso de avoparcina en animales destinados al consumo humano (56, 57). La daptomicina es
un antibiótico de importancia crítica en el tratamiento de bacterias resistentes en humanos. Aunque no se
utiliza en aves de corral, el 11,7% deE. faecium los aislamientos excedieron el ECOFF de daptomicina y se
clasificaron como "de tipo no salvaje". Sin embargo, ninguno fue resistente a la daptomicina según los
criterios de interpretación del CLSI.
Aproximadamente el 21% de las cepas fueron resistentes a la ampicilina. En nuestro estudio no
se encontraron genes que codifiquen β-lactamasas, lo que indica que la resistencia probablemente
se deba a mutaciones en la proteína de unión a penicilina (pbp5) región (58). Examen delpbp5 La
región en todos los aislamientos clínicamente resistentes reveló 11 variantes diferentes que
demostraron mutaciones comunes, incluidas A68T (62,5%), M485T (87,5%), N601Y (87,5%), K626E
(81,2%) y E629V (81,2%). Sin embargo, también se observaron proporciones similares de estas
mutaciones en cepas susceptibles. Además, no se observó resistencia clínica a la gentamicina y,

Descargado de https://journals.asm.org/journal/jcm el 6 de octubre de 2021 por 45.229.42.232.

junto con el bajo contenido de genes resistentes a los aminoglucósidos (aadE y ant6-la), sugiere que
el riesgo potencial de transferencia de elementos genéticos resistentes a la gentamicina de las aves
de corral a los enterococos humanos es muy bajo en Australia. Aunque se observó resistencia a
kanamicina y eritromicina, esto puede deberse a la resistencia intrínseca deE. faecium a
lincosamidas y aminoglucósidos (59).
Análisis del genoma del pollo E. faecium aislados con el humano derivado de AGAR MI.
faecium los aislamientos tanto a nivel del gen central como del pangen demostraron cinco grupos
distintos con una superposición mínima. Un análisis más detallado de los aislados de pollo y
humanos seleccionados que muestran el nivel más alto de parentesco genético produjo cinco
clados. Curiosamente, ninguno de los aislamientos humanos dentro de este grupo portaba elvanB
gene. Esto puede indicar que existe un sesgo genético hacia la adquisición de resistencia a la
vancomicina o que los organismos no han tenido una exposición previa a aislamientos que portan
vanB. Sólo tres aislamientos humanos asociados a sepsis se agruparon con el clado de aislamientos
de pollo, lo que podría indicar la transferencia en algún momento de los pollos a los humanos. Los
tres aislados asociados a sepsis tenían diferentes ST, que consistían en ST12, ST192 y un ST
desconocido; ninguno de los aislamientos portaba elvanB gene. Se encontraron cinco aislamientos
de ST492 en pollos de carne y se agruparon con los aislamientos humanos a diferencia de los otros
aislamientos de pollo. Estos aislados también fueronvanB negativo y puede indicar transmisión
zoonótica inversa de humanos a pollos en algún punto de la cadena de producción (60).
El PCA pangenómico generalmente reflejaba el análisis de SNP del genoma central. Dado que este
análisis incluye combinaciones de más de 16.000 genes, una evaluación de los resultados proporciona más
información que el análisis del genoma central por sí solo. Los resultados indican que

Agosto de 2019 Volumen 57 Edición 8 e00319-19 jcm.asm.org 8

Enterococcus spp. de aves de corral australianas Revista de microbiología clínica

Han evolucionado conformaciones particulares del genoma que tienen más probabilidades de adquirir camioneta

genes, y esto se puede diferenciar aún más para incluir la adquisición de vanA o vanB. El
análisis de SNP del genoma central y el PCA del análisis pangenómico indicaron que los
aislados formaban clados separados. Además, la repetición del análisis excluyendo la
presencia devanA y vanB genes no demostraron ningún cambio en la agrupación, lo que
indica que la configuración del gen, en lugar de la presencia o ausencia de camioneta genes,
determinaron los grupos observados.
Aunque susceptible a la vancomicina, uno E. faecalis el aislado se identificó como un tipo
no salvaje de vancomicina con una CMI de 8 mg / litro. Un soloE. faecalis aislado demostró
resistencia clínica a otro glicopéptido, la teicoplanina, a pesar de la ausencia del vanA
operón, en el que el vanZ el gen confiere resistencia (61).
También se observó resistencia clínica a linezolid a una CMI de 16 mg / litro durante una
E. faecium y uno E. faecalis aislar. Como paraE. faecium, ninguno de los aislamientos de
este estudio llevó cfr genes, y el aislado único resistente no portaba la mutación
G2576T (53).
La resistencia a la ampicilina estuvo presente en un nivel más bajo en E. faecalis (9,8%) en comparación con

E. faecium (20,8%). Si bien esta no fue una diferencia estadísticamente significativa entre las especies, es
indicativo de un subconjunto de bacterias resistentes en las aves de corral australianas, y se justifica
centrarse en medir este resultado con mayor frecuencia y precisión. Mantener la susceptibilidad a la
ampicilina tanto en los aislados animales como humanos es una prioridad porque reduce la necesidad de
utilizar antimicrobianos de mayor importancia. Sin embargo, para detectar pequeños cambios en el nivel
de resistencia a la ampicilina puede ser necesario un enfoque diferente de las encuestas porque el tamaño
de muestra requerido es mucho mayor que el utilizado en este y en la mayoría de los otros estudios
similares (62, 63).
A pesar de detectar múltiples genes de virulencia putativos en ambos E. faecium y MI.
faecalis, es probable que estos estén más asociados con la aptitud del nicho en el hospedador avícola que
con las causas directas de la patogenicidad del hospedador, ya que están predominantemente asociados
con propiedades de unión y no fuertemente asociados con la patogenicidad en los ERV adquiridos en el
hospital. Es de destacar la ausencia deesp, un gen codificante de proteínas de superficie de enterococos
comúnmente asociado con aislamientos de ERV adquiridos en el hospital (64, 65). además, elhyl
gen asociado con VRE adquirido en el hospital y portado por un elemento genético móvil
(66) no se encontró en ningún aislado, y esta falta de genes marcadores asociados a la virulencia
proporciona más evidencia de que los aislamientos de pollo están genotípicamente separados de los

Descargado de https://journals.asm.org/journal/jcm el 6 de octubre de 2021 por 45.229.42.232.

aislamientos humanos adquiridos en el hospital. Curiosamente, la mayor variedad de genes de virulencia
putativos fue llevada por unE. faecalis ST100, un tipo de secuencia que se describió recientemente como
una causa de lesiones de osteomielitis vertebral en aves de corral, y puede ser que ST100 sea
potencialmente virulento en el huésped avícola en comparación con la mayoría de cepas enterocócicas.
(67).
En conclusión, nuestro estudio ha proporcionado más información sobre la aparición generalizada y las
características de los patógenos potencialmente patógenos. Enterococcus especies E. faecalis y E. faecium
en pollos de carne australianos. Aunque se encontró que algunas cepas de enterococos eran resistentes a
múltiples antimicrobianos, no se detectó resistencia a la vancomicina. La falta devanA y vanB el transporte
en aislamientos de pollo también se asoció con la separación del genoma central y pangenoma de los
aislamientos de sepsis humana. Cuando se evaluó la composición genética total, los aislados de carne y
pollo se encontraban en uncamioneta grupo, lo que indica potencialmente un tipo genómico que no
adquiere fácilmente resistencia a la vancomicina. Este estudio genómico detallado que compara productos
derivados de aves de corralE. faecium aislados con aislados asociados a la sepsis humana combinados con
datos fenotípicos de resistencia a los antimicrobianos proporcionan evidencia de que las aves de corral E.
faecium no es una fuente principal de VREfm en Australia.

MATERIAL SUPLEMENTARIO
Se puede encontrar material complementario para este artículo en https://doi.org/10.1128/JCM
. 00319-19.
ARCHIVO SUPLEMENTARIO 1, Archivo PDF, 0.3 MB.

Agosto de 2019 Volumen 57 Edición 8 e00319-19 jcm.asm.org 9

O'Dea y col.
EXPRESIONES DE GRATITUD
KH es subdirector ejecutivo de la Federación Australiana de Carne de Pollo.
Este proyecto fue financiado por el Programa de Reforma de Respuesta y Bioseguridad Animal
del Departamento de Agricultura y Recursos Hídricos del Gobierno de Australia.
Agradecemos a Stephen Page, Darren Trott y Leigh Nind por el apoyo técnico para
este proyecto.
REFERENCIAS
1. Fisher K, Phillips C. 2009. La ecología, epidemiología y virulencia de
Enterococcus. Microbiology 155: 1749-1757.https://doi.org/10.1099/mic
. 0.026385-0.
2. Weiner LM, Webb AK, Limbago B, Dudeck MA, Patel J, Kallen AJ, Edwards JR, Sievert DM.
2016. Patógenos resistentes a los antimicrobianos asociados con infecciones asociadas
a la atención médica: resumen de los datos notificados a la Red Nacional de Seguridad
en la Atención Médica de los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades,
2011-2014. Infect Control Hosp Epidemiol 37: 1288 –1301.
https://doi.org/10.1017/ice.2016.174.
3. Organización Mundial de la Salud. 2017. Antimicrobianos de importancia crítica para la
medicina humana, quinta revisión. Organización Mundial de la Salud, Ginebra, Suiza.
4. Willems RJL, Top J, van Santen M, Robinson DA, Coque TM, Baquero F, Grundmann H,
Bonten M. 2005. Difusión mundial de la resistencia a la vancomicina
Enterococcus faecium de un complejo genético nosocomial distinto. Emerg
Infect Dis 11: 821– 828.https://doi.org/10.3201/1106.041204.
5. Leong KWC, Cooley LA, Anderson TL, Gautam SS, McEwan B, Wells A, Wilson F,
Hughson L, O'Toole RF. 2018. Aparición de vancomicina resistenteEnterococcus
faecium en un hospital australiano: un análisis de secuenciación del genoma
completo. Sci Rep 8: 6374.
6. NDPSC. 2003. Comité de programación nacional de drogas y venenos: acta de los
motivos, 37ª reunión. Comité de Programa Nacional de Drogas y Venenos,
Canberra, Australia.
7. Wegener HC. 1998. Uso histórico anual de glicopéptidos para animales y
humanos: la paradoja estadounidense-europea revisada. Agentes
antimicrobianos Chemother 42: 3049.https://doi.org/10.1128/AAC.42.11.3049.
8. Manson JM, Smith JMB, Cook GM. 2004. Persistencia de enterococos resistentes a
la vancomicina en pollos de engorde de Nueva Zelanda después de suspender el
uso de avoparcina. Appl Environ Microbiol 70: 5764 –5768.https://doi.org/10
. 1128 / AEM.70.10.5764-5768.2004.
9. Ghidan A, Dobay O, Kaszanyitzky EJ, Samu P, Amyes SG, Nagy K, Rozgonyi F. 2008. Los
enterococos resistentes a la vancomicina (VRE) aún persisten en aves de corral
sacrificadas en Hungría 8 años después de la prohibición de la avoparcina. Acta
Microbiol Immunol Hung 55: 409 - 417.https://doi.org/10.1556/AMicr.55
. 2008.4.5.
10. Heuer OE, Pedersen K, Andersen JS, Madsen M. 2002. Enterococos resistentes a la
vancomicina (VRE) en parvadas de pollos de engorde 5 años después de la prohibición
de la avoparcina. Microb Drug Resist 8: 133-138.https://doi.org/10.1089/10766
2902760190680.
11. Groves MD, O'Sullivan MVN, Brouwers HJM, Chapman TA, Abraham S, Trott
DJ, Al Jassim R, Coombs GW, Skov RL, Jordan D. 2014. Staphylococcus
aureus ST398 detectado en cerdos en Australia. J Antimicrob Chemother
69: 1426-1428.https://doi.org/10.1093/jac/dkt526.
12. Sahibzada S, Abraham S, Coombs GW, Pang S, Hernández-Jover M, Jordan
D, Heller J. 2017. Transmisión de MRSA ST93 altamente virulento asociado
a la comunidad y MRSA ST398 asociado al ganado entre humanos y
cerdos en Australia. Sci Rep 7: 1–11.
13. Hammerum AM. 2012. Enterococos de origen animal y su importancia
para la salud pública. Clin Microbiol Infect 18: 619 - 625.https: // doi
. org / 10.1111 / j.1469-0691.2012.03829.x.
14. Getachew Y, Hassan L, Zakaria Z, Abdul Aziz S. 2013. Variabilidad genética de la
resistencia a la vancomicina Enterococcus faecium y Enterococcus faecalis
aislados de humanos, pollos y cerdos en Malasia. Appl Environ
Microbiol 79: 4528 - 4533.https://doi.org/10.1128/AEM.00650-13.
15. van den Bogaard AE, Willems R, Londres N, Top J, Stobberingh EE. 2002.
Resistencia a los antibióticos de los enterococos fecales en aves de corral,
avicultores y mataderos de aves de corral. J Antimicrob Chemother 49: 497–505.
https: // doi.org/10.1093/jac/49.3.497.
16. Lester CH, Frimodt-Møller N, Sørensen TL, Monnet DL, Hammerum AM.
2006. En vivo transferencia de la vanA gen de resistencia de un Enterococcus
faecium aislar de origen animal a un E. faecium aislar de origen humano
Agosto de 2019 Volumen 57 Edición 8 e00319-19
Revista de microbiología clínica
en los intestinos de voluntarios humanos. Antimicrob Agents Chemother
50: 596 –599.https://doi.org/10.1128/AAC.50.2.596-599.2006.
17. Olsen RH, Schønheyder HC, Christensen H, Bisgaard M. 2012. Enterococcus
faecalis de origen humano y avícola comparten genes de virulencia que
apoyan el potencial zoonótico de E. faecalis. Zoonosis Public Health 59:
256 –263.https://doi.org/10.1111/j.1863-2378.2011.01442.x.
18. Larsen J, Schønheyder HC, Lester CH, Olsen SS, Porsbo LJ, García-Migura
L, Jensen LB, Bisgaard M, Hammerum AM. 2010. Resistente a la gentamicina de
origen porcinoEnterococcus faecalis en humanos, Dinamarca. Emerg Infect Dis
16: 682– 684.https://doi.org/10.3201/eid1604.090500.
19. Zheng JX, Wu Y, Lin ZW, Pu ZY, Yao WM, Chen Z, Li DY, Deng QW, Qu D, Yu ZJ.
2017. Características y factores de virulencia asociados con la formación de
biopelículas en clínicasEnterococcus faecalis aislamientos en China. Microbiol
delantero 8: 2338.https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.02338.
20. Top J, Willems R, Bonten M. 2008. Emergencia de CC17 Enterococcus
faecium: de comensal a patógeno adaptado al hospital. FEMS
Immunol Med Microbiol 52: 297–308.https://doi.org/10.1111/j.1574
- 695X.2008.00383.x.
21. Willems RJL, Top J, van Schaik W, Leavis H, Bonten M, Sirén J, Hanage WP,
Corander J. 2012. Flujo genético restringido entre subpoblaciones
hospitalarias de Enterococcus faecium. mBio 3: e00151-12.
22. AURA. 2017. AURA 2017: segundo informe australiano sobre el uso de antimicrobianos y
la resistencia en la salud humana. Comisión Australiana de Seguridad y Calidad en la
Atención de la Salud, Sydney, Australia.
23. Coombs GW, Daley DA, Lee YT, Pang S. 2018. Informe anual del Programa
Australiano de Resultados de la Sepsis Enterocócica (AESOP) del Grupo
Australiano de Resistencia a los Antimicrobianos (AGAR) 2016. Commun Dis
Intell 42: S2209-6051 (18) 00016-7 .
24. Shokoohizadeh L, Ekrami A, Labibzadeh M, Ali L, Alavi SM. 2018. Patrones de resistencia a
los antimicrobianos y factores de virulencia de aislados de enterococos en pacientes
quemados hospitalizados. Notas de BMC Res 11: 1.https://doi.org/
10.1186 / s13104-017-3088-5.
25. Coombs GW, Daley DA, Thin Lee Y, Pang S, Pearson JC, Robinson JO, Johnson PD,
Descargado de https://journals.asm.org/journal/jcm el 6 de octubre de 2021 por 45.229.42.232.
Kotsanas D, Bell JM, Turnidge JD. 2016. Informe anual del Programa Australiano
de Resultados de la Sepsis Enterocócica del Grupo Australiano sobre Resistencia
a los Antimicrobianos, 2014. Commun Dis Intell 40: E236 –E243.
26. DAWR. 2007. Programa piloto de vigilancia de la resistencia a los antimicrobianos
en bacterias de origen animal, abstr. Departamento de Agricultura del Gobierno
de Australia, Canberra, Australia.
27. NARMS. 2017. Sistema Nacional de Monitoreo de la Resistencia a los Antimicrobianos:
Informe integrado NARMS, 2015. Departamento de Salud y Servicios Humanos de EE.
UU., Laurel, MD.
28. CLSI. 2016. Estándares de desempeño para las pruebas de susceptibilidad a los
antimicrobianos, 26ª ed, vol 35. Instituto de Estándares Clínicos y de
Laboratorio, Wayne, PA.
29. CLSI. 2015. Estándares de desempeño para pruebas de susceptibilidad de dilución y
disco antimicrobiano para bacterias aisladas de animales, 3ª ed. Instituto de Estándares
Clínicos y de Laboratorio, Wayne, PA.
30. EUCAST. 2016. Tablas de puntos de corte para interpretación de MIC y
diámetros de zona: versión 6.0. EUCAST, Basilea, Suiza.http: //www.eucast
. org / fileadmin / src / media / PDFs / EUCAST_files / Breakpoint_tables / v_8.1_
Breakpoint_Tables.pdf.
31. Bankevich A, Nurk S, Antipov D, Gurevich AA, Dvorkin M, Kulikov AS, Lesin
VM, Nikolenko SI, Pham S, Prjibelski AD, Pyshkin AV, Sirotkin AV, Vyahhi N,
Tesler G, Alekseyev MA, Pevzner PA. 2012. Spades: un nuevo algoritmo de
ensamblaje del genoma y sus aplicaciones a la secuenciación unicelular. J
Comput Biol 19: 455– 477.https://doi.org/10.1089/cmb.2012.0021.
32. Seemann T. 2014. Prokka: anotación rápida del genoma procariótico.
Bioinformática 30: 2068 –2069.https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu153.
33. Paget J, Aangenend H, Kühn M, Hautvast J, van Oorschot D, Olde Loohuis A, van
der Velden K, Friedrich AW, Voss A, Köck R. 2015. Transporte de MRSA en
pacientes ambulatorios comunitarios: un estudio transversal de prevalencia en
jcm.asm.org 10
Enterococcus spp. de aves de corral australianas
una zona de cría de ganado de alta densidad a lo largo de la frontera entre Alemania y
Holanda. PLoS One 10: e0139589.https://doi.org/10.1371/journal.pone.0139589.
34. Croucher NJ, Page AJ, Connor TR, Delaney AJ, Keane JA, Bentley SD, Parkhill J,
Harris SR. 2015. Análisis filogenético rápido de grandes muestras de secuencias
de genoma completo bacteriano recombinante utilizando Gubbins. Ácidos
nucleicos Res 43: e15.https://doi.org/10.1093/nar/gku1196.
35. Knyaz C, Stecher G, Li M, Kumar S, Tamura K. 2018. MEGA X: Análisis de
genética evolutiva molecular en plataformas informáticas. Mol Biol Evol
35: 1547-1549.https://doi.org/10.1093/molbev/msy096.
36. Letunic I, Bork P. 2016. Interactive tree of life (iTOL) v3: una herramienta en línea
para la visualización y anotación de árboles filogenéticos y otros. Ácidos
nucleicos Res 44: W242 – W245.https://doi.org/10.1093/nar/gkw290.
37. Equipo principal de R. 2018. R: un lenguaje y un entorno para la computación
estadística, software de computadora, versión 3.5.1. Fundación R de
Computación Estadística, Viena, Austria.http://www.R-project.org.
38. Creti R, Koch S, Fabretti F, Baldassarri L, Huebner J. 2006. Colonización
enterocócica del tracto gastrointestinal: papel de la biopelícula y
oligosacáridos ambientales. BMC Microbiol 6:60.https://doi.org/10.1186/
1471-2180-6-60.
39. Chen M, Pan H, Lou Y, Wu Z, Zhang J, Huang Y, Yu W, Qiu Y.2018.
Características epidemiológicas y estructura genética de linezolidresistant
Enterococcus faecalis. Infect Drug Resist 11: 2397-2409.https: // doi.org/
10.2147/IDR.S181339.
40. Nallapareddy SR, Singh KV, Okhuysen PC, Murray BE. 2008. Un gen de adhesina
de colágeno funcional, acm, en aislados clínicos deEnterococcus faecium
se correlaciona con el éxito reciente de este patógeno nosocomial emergente.
Infect Immun 76: 4110 - 4119.https://doi.org/10.1128/IAI.00375-08.
41. Hendrickx APA, van Luit-Asbroek M, Schapendonk CME, van Wamel WJB, Braat JC,
Wijnands LM, Bonten MJM, Willems R. 2009. SgrA, una adhesina de superficie
LPXTG de unión a nidogeno implicada en la formación de biopelículas, y EcbA,
una unión de colágeno MSCRAMM, son dos adhesinas nuevas de hospitala
adquiridas Enterococcus faecium. Infect Immun 77: 5097–5106.https: // doi
. org / 10.1128 / IAI.00275-09.
42. Sillanpää J, Nallapareddy SR, Houston J, Ganesh VK, Bourgogne A, Singh KV,
Murray BE, Höök M. 2009. Una familia de MSCRAMM de unión a fibrinógeno de
Enterococcus faecalis. Microbiology 155: 2390 –2400.https://doi.org/
10.1099 / mic.0.027821-0.
43. Palmer KL, Godfrey P, Griggs A, Kos VN, Zucker J, Desjardins C, Cerqueira
G, Gevers D, Walker S, Wortman J. 2012. Genómica comparativa de
enterococos: variación en Enterococcus faecalis, estructura de clado en E.
faeciumy características definitorias de E. gallinarum y E. casseliflavus.
mBio 3: e00318-11.
44. Romero-Saavedra F, Laverde D, Budin-Verneuil A, Muller C, Bernay B, Benachour
A, Hartke A, Huebner J. 2015. Caracterización de dos lipoproteínas de unión a
metales como candidatas a vacunas para infecciones por enterococos. PLoS One
10: e0136625.https://doi.org/10.1371/journal.pone.0136625.
45. La Carbona S, Sauvageot N, Giard JC, Benachour A, Posteraro B, Auffray
Y, Sanguinetti M, Hartke A. 2007. Estudio comparativo de las funciones
fisiológicas de tres peroxidasas (NADH peroxidasa, alquil hidroperóxido
reductasa y tiol peroxidasa) en la respuesta al estrés oxidativo, la supervivencia
dentro de los macrófagos y la virulencia de Enterococcus faecalis. Mol Microbiol
66: 1148-1163.https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2007.05987.x.
46. Soares RO, Fedi AC, Reiter KC, Caierao J, d'Azevedo PA. 2014. Correlación entre la
formación de biopelículas ygelE, esp, y agg genes en Enterococcus
spp. aislados clínicos. Virulencia 5: 634 - 637.https://doi.org/10.4161/viru
. 28998.
47. Mylonakis E, Engelbert M, Qin X, Sifri CD, Murray BE, Ausubel FM, Gilmore
MS, Calderwood SB. 2002. ElEnterococcus faecalis fsrB gen, un
componente clave del fsr sistema de detección de quórum, se asocia con
la virulencia en el modelo de endoftalmitis de conejo. Infect Immun 70:
4678 - 4681.https://doi.org/10.1128/iai.70.8.4678-4681.2002.
48. Sillanpää J, Chang C, Singh KV, Montealegre MC, Nallapareddy SR, Harvey BR, Ton-
That H, Murray BE. 2013. Contribución de las subunidades individuales de pilus
Ebp deEnterococcus faecalis OG1RF a biogénesis de pilus, formación de
biopelículas e infección del tracto urinario. PLoS One 8: e68813.https: // doi
. org / 10.1371 / journal.pone.0068813.
49. Van Tyne D, Martin MJ, Gilmore MS. 2013. Estructura, función y biología de
laEnterococcus faecalis citolisina. Toxinas (Basilea) 5: 895–911.
https://doi.org/10.3390/toxins5050895.
Agosto de 2019 Volumen 57 Edición 8 e00319-19
Revista de microbiología clínica
50. APVMA. 2001. Hallazgos de la reconsideración del registro de productos que
contienen virginiamicina y sus etiquetas. Autoridad Australiana de Plaguicidas y
Medicamentos Veterinarios, Canberra, Australia.https: // apvma
. gov.au/sites/default/files/publication/14376-avoparcin-status-document
. pdf.
51. Página S. 2009. Resistencia a los antimicrobianos en pollos de engorde australianos. Federación
Australiana de Carne de Pollo, Berry, NSW, Australia.
52. APVMA. 2014. Cantidad de productos antimicrobianos vendidos para uso veterinario en
Australia. Autoridad Australiana de Plaguicidas y Medicamentos Veterinarios, Canberra,
Australia.
53. Mendes RE, Deshpande LM, Jones RN. 2014. Actualización de linezolid: establein vitro
actividad tras más de una década de uso clínico y resumen de los mecanismos de
resistencia asociados. Actualización sobre resistencia a las drogas 17: 1–12.https: //
doi.org/10.1016/j.drup.2014.04.002.
54. Comité Permanente de Resistencia a los Antimicrobianos. 2018. Clasificaciones de
importancia y resumen de usos de antibacterianos en humanos en Australia. Comisión
Australiana de Seguridad y Calidad en la Atención de la Salud, Canberra, Australia.
55. APVMA. 2004. Hallazgos de la reconsideración del registro de productos
que contienen virginiamicina y sus etiquetas. Autoridad Australiana de
Plaguicidas y Medicamentos Veterinarios, Canberra, Australia.
56. Klare I, Heier H, Claus H, Reissbrodt R, Witte W. 1995. vanA-resistencia a
glucopéptidos de alto nivel mediada en Enterococcus faecium de la cría de
animales. FEMS Microbiol Lett 125: 165-171.https://doi.org/10.1111/j
. 1574-6968.1995.tb07353.x.
57. Bager F, Madsen M, Christensen J, Aarestrup FM. 1997. La avoparcina
utilizada como promotor del crecimiento está asociada con la aparición de
Enterococcus faecium en granjas avícolas y porcinas danesas. Prev Vet
Med 31: 95–112.https://doi.org/10.1016/S0167-5877(96)01119-1.
58. Rice LB, Carias LL, Rudin S, Hutton R, Marshall S, Hassan M, Josseaume N, Dubost
L, Marie A, Arthur M. 2009. Papel de las proteínas de unión a penicilina de clase
a en la expresión de la resistencia a la lactama en Enterococcus faecium. J
Bacteriol 191: 3649 -3656.https://doi.org/10.1128/JB.01834-08.
59. Hollenbeck BL, Rice LB. 2012. Mecanismos de resistencia intrínseca y adquirida
en enterococos. Virulencia 3: 421–569.https://doi.org/10.4161/viru
. 21282.
60. Hasan KA, Ali SA, Rehman M, Bin-Asif H, Zahid S. 2018. The unraveled
Enterococcus faecalis superbacterias zoonóticas: emergentes de múltiples
linajes resistentes y virulentos aislados del ambiente avícola. Zoonosis Public
Health 65: 921–935.https://doi.org/10.1111/zph.12512.
61. Faron ML, Ledeboer NA, Buchan BW. 2016. Mecanismos de resistencia,
epidemiología y enfoques para el cribado de la resistencia a la vancomicina.
Enterococcus en el ámbito del cuidado de la salud. J Clin Microbiol 54: 2436-2447.
https://doi.org/10.1128/JCM.00211-16.
62. Obeng AS, Rickard H, Ndi O, Sexton M, Barton M. 2013. Comparación de los patrones de
resistencia a los antimicrobianos en enterococos de pollos de gallinas camperas
Descargado de https://journals.asm.org/journal/jcm el 6 de octubre de 2021 por 45.229.42.232.
intensivas y libres en Australia. Avian Pathol 42: 45–54.https://doi.org/10
. 1080 / 03079457.2012.757576.
63. de Jong A, Simjee S, Rose M, Moyaert H, El Garch F, Youala M. 2019.
Monitoreo de la resistencia a los antimicrobianos en enterococos
comensales de ganado, cerdos y pollos sanos en Europa durante 2004-14.
J Química antimicrobianahttps://doi.org/10.1093/jac/dky537.
64. Gilmore MS, Lebreton F, van Schaik W. 2013. Transición genómica de enterococos
de comensales intestinales a las principales causas de infección hospitalaria
multirresistente en la era de los antibióticos. Curr Opin Microbiol 16:10 –16.
https://doi.org/10.1016/j.mib.2013.01.006.
65. Guzman Prieto AM, van Schaik W, Rogers MRC, Coque TM, Baquero F,
Corander J, Willems RJL. 2016. Emergencia y diseminación global de
enterococos como patógenos nosocomiales: ¿ataque de los clones? Front
Microbiol 7: 788 –788.
66. Panesso D, Reyes J, Rincón S, Díaz L, Galloway-Peña J, Zurita J, Carrillo C, Merentes
A, Guzmán M, Adachi JA, Murray BE, Arias CA. 2010. Epidemiología molecular de
la resistencia a la vancomicina.Enterococcus faecium: un estudio prospectivo y
multicéntrico en hospitales de América del Sur. J Clin Microbiol 48: 1562-1569.
https://doi.org/10.1128/JCM.02526-09.
67. Braga JFV, Leal CAG, Silva CC, Fernandes AA, Martins NRDS, Ecco R. 2018. Perfil de
diversidad genética y resistencia antimicrobiana de Enterococcus faecalis
aislado de pollos de engorde con osteomielitis vertebral en el sureste de Brasil.
Avian Pathol 47:14 –22.https://doi.org/10.1080/03079457.2017
. 1359403.
jcm.asm.org 11