El 5 de enero de 1532 el capitán Juan de Oñate fundó la villa de Guadalajara de Indias en el territorio de Nochistlán. En agosto de 1533 la villa se trasladó a Tonalá, pero ante las presiones de Nuño de Guzmán nuevamente emigró Guadalajara, ahora a Tlacotlán, donde fue asediada por los cazcanes, tecuejes y zacatecos acaudillados por Francisco Tenamaztle, quienes ante las tropas del virrey Antonio de Mendoza, aceptaron la pacificación de fray Antonio de Segovia en el cerro del Mixtón. Tras la gran batalla del 28 de septiembre de 1541, y al grito de ¡El Rey es mi gallo! Ignorando a Beltrán de Guzmán, al fin Guadalajara se estableció en el valle de Atemajac a mediados de febrero de 1542. El 12 de julio de 1696, el obispo fray Felipe Galindo y Chávez en el documento Benedictionem dabit Legislator, comunicó que había pedido al rey Carlos II, que elevara al rango de universidad al recientemente fundado Real Seminario Conciliar de San José, para obtener la fundación de la Universidad de Guadalajara. El 12 de diciembre de 1771, entró en Guadalajara su vigésimo segundo obispo, fray Antonio Alcalde y Barriga, quien vendría a impulsar definitivamente la fundación de la Universidad. De inmediato contestó la real cédula del rey Carlos III, quien lo consultaba sobre la conveniencia de establecer una universidad en la Nueva Galicia. Él contestó que era primordial fundarla para lograr “el adelantamiento de la juventud, que por falta de universidad se atrasan en sus estudios”. Ya para entonces fray Antonio construía y dotaba el Real Hospital de San Miguel de Belén, elemento indispensable para que funcionara la futura Facultad de Medicina, pues entonces El Fraile de la Calavera –como lo llamó el rey Carlos III-, en justicia se le da el título de Fundador de la Real Universidad de Guadalajara. El 26 de marzo de 1792 se recibió con gran júbilo en Guadalajara, la Cédula Real de la Fundación de la Universidad. De común acuerdo el obispo Alcalde y el presidente de la Real Audiencia Jacobo de Ugarte y Loyola, nombraron al canónigo penitenciario de la catedral, doctor José María Gómez y Villaseñor, como primer rector de la novel Universidad. En medio de la conmoción de la incipiente comunidad universitaria y de todo el Obispado, el 7 de agosto de 1792, falleció su gran benefactor fray Antonio Alcalde. El 3 de noviembre de 1792, se inauguró la Real Universidad de Guadalajara, con la misa que ofició el deán de la catedral, Salvador Antonio Roca y Guzmán y el acto académico en el cual se leyó la Real Cédula de Fundación. La función principal de la Universidad era otorgar los grados universitarios, los cuales eran de bachiller, licenciado, maestro y doctor. Los acontecimientos más importantes de estos años, fueron: el inicio de la guerra de Independencia, lo que provocó que el recinto universitario fuera convertido en cuartel; las presiones del cura Miguel Hidalgo, para que el Claustro universitario contribuyera económicamente con la causa; la elaboración, aprobación y la solemne publicación de las Constituciones universitarias.