CONFERENCIA

REGULACIÓN DE LA EXPRESIÓN
GÉNICA EN PROCARIONTES
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Introducción
La regulación de la expresión génica es un componente crítico en la regulación del metabolismo celular y en el mantenimiento de las diferencias
estructurales y funcionales que existen en las células durante el desarrollo. Dado el costo energético de la síntesis proteica, su regulación es esencial
si la célula hace uso óptimo de la energía disponible. Existen al menos 6 puntos potenciales en los cuales la cantidad de proteína puede ser
regulada:
1. Síntesis del transcrito de RNA primario
2. Procesamiento post-transcripcional del mRNA
3. Degradación del mRNA
4. Traducción
5. Modificación de proteínas
6. Degradación de proteínas.
No todos los genes están sometidos a regulación hay algunos genes que se transcriben siempre mucho o siempre poco dependiendo de la mayor o
menor fortaleza de sus promotores, su expresión es constitutiva. Hay otros genes que, dependiendo de la situación, se transcriben mucho o poco,
diciéndose que su expresión es regulable.
Constituye esta regulación una forma de:
1) Adaptabilidad: las bacterias, al ser organismos unicelulares y, por tanto, de interacción directa con el medio, han de responder a diferentes
medios de crecimiento, ya que la supervivencia celular depende de su capacidad de adaptación a diferentes circunstancias ambientales.
2) Economía: una célula no sintetiza más que aquello que necesita y en las cantidades que necesita. Por ejemplo: si una bacteria se crece en un
medio con lactosa, utiliza lactosa como fuente de C, sintetizando así la enzima que metaboliza esa lactosa, pero no sintetizará el enzima en ausencia
de sustrato.

Control de la iniciación de la transcripción

El foco primario de la regulación en procariotes es la regulación de la iniciación de la transcripción, aunque en algunos casos la regulación de la
inciación de la traducción tiene lugar y otros procesos como la recombinación pueden intervenir. En las bacterias, la mayoría de los mRNAs son
policistrónicos y un solo promotor se requiere para regular la transcripción de un cluster de genes, es en este punto donde la expresión de estos
genes es regulada. Un operón es un conjunto de genes adyacentes que presentan funciones afines, se transcriben en una molécula de mRNA única
y su regulación es coordinada. Presentan por tanto un promotor único.
La iniciación de la transcripción está regulada por factores de transcripción que pueden actuar de dos formas 
diferentes:
» Represores si la regulación es negativa. Ellos bloquean el acceso de la RNA pol a los promotores, uniéndose a los operadores, estos son
secuencias que se encuentran cercanas o solapadas con el promotor.

» Activadores si la regulación es positiva. Ellos se unen cerca del promotor, aumentan la interacción entre la RNA polimerasa con el promotor. Se
enlazan a sitios adyacentes al promotor.

Un ejemplo clásico, el operón lac de E. coli

El operón lac controla 3 genes implicados en el metabolismo de la lactosa en E. coli, que codifican para β-galactosidasa (z), una permeasa (y) y
una transacetilasa (a), su estructura se representa como indica la figura siguiente (ver también Fig. 10.3 Genes VII):
La enzima responsable de la degradación de la lactosa (fuente de C), es la β-galactosidasa, que rompe el enlace β-galactósido, dando lugar a
glucosa y galactosa. Si a la célula le suministramos lactosa, los niveles de β-galactosidasa aumentan, la alolactosa, (producida por acción de la
propia β-galactosidasa sobre lactosa) actúa de inductor para la β-galactosidasa. Si en este estado inducido eliminamos la lactosa, al no haber
sustrato, no tiene sentido sintetizar enzima, con lo que se reprime su expresión recuperándose así a los niveles basales de esta enzima. Cuando
decimos que la β-galactosidasa se expresa, queremos decir que aumenta del nivel basal (< 5 moléculas/célula) al nivel inducido (> 5000
moléculas/célula); vemos que para este ejemplo, en el estado inducido hay una expresión 1000 veces mayor que en el estado reprimido.
(Fig. 10.5 Genes VII).
Aunque los tres genes se transcriben conjuntamente y están igualmente regulados, en el laboratorio se mide sólo la actividad β-galactosidasa porque
es lo mas sencillo. En la práctica, se emplea como inductor un análogo estructural de la lactosa, IPTG (isopropiltiogalactósido), que no es
hidrolizable por la β-galactosidasa, y de esta manera no hay que suministrarlo continuamente al cultivo. Para medir los niveles de β -galactosidasa
empleamos el compuesto X-Gal, que tiene un enlace β-glicosídico de manera que la enzima puede romper este enlace; como la molécula tiene una
parte de colorante, si se rompe el enlace, la célula se tiñe de azul; si no se rompe el enlace, el colorante no se libera y la célula queda incolora.
Este modelo se propuso en 1961 basándose sólo en evidencias genéticas: en ausencia de inductor (IPTG), no hay que sintetizar β-galactosidasa, por
lo que el operón está reprimido, hay un represor que se une al operador e impide que se sintetice β-galactosidasa (no se transcribe el operón lac); si
añadimos inductor, éste se une al represor, no interaccionando el represor con el operador y transcribiéndose así el operón lac.
Más tarde se aisló el represor (W. Gilbert y B. Muller-Hill, 1966) lo que permitió su caracterización bioquímica. Así, se estudió su interacción con el
operador por footprint: tenemos el fragmento de DNA, marcado en un extremo, que contiene el promotor del operón lac, digerido con DNasa I y
obtenemos el patrón de digestión. A continuación añadimos RNA polimerasa que interacciona en la zona que va desde -52 a +20; si en lugar de
añadir RNA polimerasa, añadimos represor, vemos que éste se une a la posición que va de -5 a +21. Como vemos, el represor interacciona con el
DNA en la parte que ocupa la RNA polimerasa al formar el complejo abierto, solapa con esta posición, y es por ello que se reprime la transcripción y
por tanto la expresión del operón.
El represor reconoce una región del DNA llamada operador. ¿Qué secuencias reconoce el represor? La región protegida por el represor tiene una
secuencia repetida e invertida y esto nos indica que el represor se une en forma de dímero (cada monómero interacciona con una de esas regiones
invertidas):

Mutaciones en esa secuencia que hacen que no se una el represor, dan lugar a una expresión constitutiva, haya o no IPTG va a haber expresión
inducida siempre, este tipo de mutaciones se llaman mutaciónes Oc (O: porque es el operador; c: porque la expresión es constitutiva); estos mutantes
Oc dan colonias azules; en un merodiploide odiploide parcial (bacteria con un operón lac normal a la que introducimos un plásmido con una
mutación Oc) la mutación será dominante y el color será azul, porque el fenotipo de la mutación Oc predomina sobre el de lac+; es una mutación
en cis porque afecta sólo al DNA en el que está (si la mutación fuera en el represor, sería una mutación entrans, ver mas adelante). La posición del
operador relativa al promotor varía en los diferentes operones (Fig. 10.19 Genes VII).
Se conoce la estructura terciaria del represor lac con y sin IPTG y unido al operador. (Fig. 10.13 Genes VII) Es una de las proteínas mejor
conocidas, se han obtenido más de 4000 mutantes diferentes del represor y se ha estudiado el efecto de cada una de estas mutaciones.
Desde un punto de vista estructural consta de:
» Cabeza lectora de DNA, en la parte N-terminal, 3 hélices α constituyen el motivo de unión a DNA, conocido como helix-turn-helix (HTH), o sea
hélice α-giro β-hélice α, una hélice encaja en el surco mayor del operador.

» A continuación hay una región flexible = bisagra, que tiene un papel importante en la unión al DNA y en alosterismo (estas dos primeras regiones
ocupan los 62 primeros aminoácidos).

» Módulo central con dos partes: N terminal formado por una lámina β que tiene 2 hélices α por arriba y 2 hélices α por abajo y C terminal: al igual
que el módulo N terminal tiene una lámina β que tiene 2 hélices αpor arriba y 3 hélices α por abajo. En la interfase de las partes N terminal y C
terminal se encuentra el sitio de unión al IPTG. 

» Una larga hélice ? en el extremo C terminal implicada en la tetramerización (el tetrámero es la forma funcional del represor lac).
La figura siguiente representa la estructura 3D del tetrámero y un esquema del complejo represor-operador:

¿Cómo se une el represor al DNA? En la Fig. 10.14 Genes VII, se representan los dominios de unión a DNA de un dímero que, mediante su extremo
N terminal interacciona con dos surcos mayores consecutivos. La parte de la bisagra también interacciona con el DNA, lo que supone un motivo
adicional de unión al DNA. En la figura también se muestra que la unión del inductor provoca un cambio conformacional que se transmite a la parte N
terminal de la molécula; este cambio hace que se desplacen estas hélices y las cabezas lectoras dejan de estar en disposición de interaccionar con
el DNA. Al abrirse el dominio central ocurre un alejamiento del dominio HTH que ya no encaja con surcos mayores consecutivos y las regiones
bisagras se desordenan, dejan de formar hélices y por lo tanto dejan de estar en la posición correcta. Esta es la explicación a nivel estructural de por
qué en presencia del inductor, el represor no se une al DNA.

Activación en el operón lac

Los activadores son factores de transcripción que activan la transcripción. Siguiendo con el ejemplo del operón lac veamos primero el fenómeno
biológico y a continuación la explicación molecular. Si tenemos un cultivo de E. colicreciendo en un medio con glucosa (0.4 mg/ml) y lactosa (2
mg/ml) y a lo largo del tiempo medimos densidad óptica, obtenemos una curva de crecimiento bifásica. Al principio el cultivo crece exponencialmente,
luego cesa el crecimiento transitoriamente, y a continuación vuelve a haber otro crecimiento exponencial:

¿Qué es lo que ocurre?

Si medimos actividad β-galactosidasa, vemos que sólo existe en la segunda fase de crecimiento; primero utiliza glucosa directamente y no se
sintetiza β-galactosidasa; cuando se acaba la glucosa (parada de crecimiento) reorienta su metabolismo para utilizar lactosa, para lo cual necesita
expresar β-galactosidasa, volviendo a crecer entonces. Si la bacteria puede utilizar la glucosa directamente del medio, no necesita obtenerla por
degradación de lactosa, y se reprime la expresión de β-galactosidasa, este fenómeno se llama represión catabólica.¿Por qué no hay síntesis de β-
galactosidasa al principio a pesar de que haya lactosa? En presencia de lactosa el represor sería inactivo y el operador quedaría libre con lo que
tendría que haber expresión de β-galactosidasa. Esto es debido a que el operón lac está sometido a dos controles (1) control negativo, represor lac y
(2) control positivo, proteína CAP.
Para que se exprese el operón lac además de no estar unido el represor, ha de haber un activador, y éste es una proteína que se
llama CAP (Proteína Activadora por Catabolito), también llamada CRP (Proteína Receptora de cAMP), que es una proteína que controla = activa
alrededor de 100 operones.
Todos los factores de transcripción están en dos formas (1) activa, unida a DNA y (2) no activa, no unida al DNA. La interconversión de ambas
formas la lleva a cabo una molécula pequeña llamada efector, ej. lactosa, triptófano, etc. El efector que hace que CAP se una DNA es el cAMP, la
forma activa de CAP es cuando está unido a cAMP. Si los niveles de glucosa son altos, los de cAMP son bajos. Si los niveles de glucosa son bajos,
los de cAMP son altos. La explicación al por qué disminuyen los niveles de cAMP en presencia de glucosa radica en el mecanismo de transporte e
internalización de glucosa de la bacteria, como se muestra en la figura. Cuando hay glucosa en el medio disminuye la concentración de cAMP y el
activador CAP no se une a DNA; si no hay IPTG o lactosa el represor se une a DNA y no tenemos expresión de β-galactosidasa. Cuando hay
lactosa, el represor no está unido, pero no hay síntesis de β-galactosidasa (primera fase de la curva del experimento con E. coli).
Cuando no hay glucosa ni lactosa, el activador CAP y el represor están unidos, por lo que no hay síntesis de β-galactosidasa. Cuando no hay
glucosa pero sí lactosa, el activador CAP está unido, pero el represor no lo está (segunda fase de la curva del experimento con E. coli), es el único
caso en el que la RNA polimerasa transcribe el operón, habiendo expresión de β-galactosidasa.
¿Dónde se une CAP? En el operón lac, el sitio de unión de CAP está localizado inmediatamente detrás de la RNA polimerasa. La zona de
reconocimiento (~ - 52 a - 72), está centrada en la posición -61,5. CAP activa el operón lac y a una gran cantidad de operones. Si comparamos las
secuencias de la zona protegida por CAP en una serie de operones podemos obtener una secuencia consenso. La secuencia consenso de
reconocimiento de CAP, aunque degenerada, está repetida e invertida, lo que indica unión en forma de dímero (Fig. 10.23 Genes VII).
La proteína CAP tiene un motivo de unión a DNA hélice α-giro β-hélice α (HTH), un sitio de unión de cAMP y una héliceα muy larga que constituye el
motivo de dimerización. Dos monómeros de CAP forman un dímero mediante la unión de las 2 hélices α largas respectivas. En este dímero, en
presencia de cAMP, los motivos HTH quedan colocados de forma que las zonas de reconocimiento están a una distancia de 34 Å. La interacción se
produce con dos surcos mayores consecutivos del DNA. Los residuos de una cara de la hélice lectora interaccionan con los pares de bases de los
sitios de reconocimiento. Adicionalmente también existen contactos no específicos entre el resto de la molécula y los grupos fosfato el DNA. La
estrctura del complejo dímero CAP-DNA se representa en la siguiente figura (la región que interactua con la RNA pol se representa en amarillo):

Cuando el dímero CAP-cAMP interacciona con DNA, lo dobla al generarse dos kinks, uno por monómero (kink = codo, cambio brusco de dirección
del eje de la hélice, no confundir con bend = cambio paulatino). El conjunto de los 2 kinks hace que el DNA se curve ~90º:
Con un fragmento más largo de DNA, la curvatura que se produce es mayor (140º - 180º) ya que se establecen interacciones adicionales. La
curvatura inducida por CAP es similar a la de IHF de la recombinación específica de sitio del fago lambda.
Los promotores CAP-activables han de ser necesariamente débiles y lo que necesitan es un elemento estabilizador que fije la polimerasa al promotor
para que transcriba más eficientemente. CAP lleva a cabo esto de dos maneras:
1) La RNA polimerasa establece contactos adicionales con la región anterior (upstream) del DNA como consecuencia de la curvatura inducida por
CAP, lo que constituye un elemento de activación al estabilizar la unión al DNA de la RNA polimerasa. Esto se va a dar, dentro de ciertos límites,
independientemente de la posición que ocupe CAP, siempre que naturalmente esté en fase. A favor de esto hay experimentos donde se sustituye el
sitio de interacción de CAP por una curvatura estática, y hay activación en ausencia de CAP tanto in vivo como in vitro. Pero la curvatura no explica
totalmente la activación.
2) Interacción directa CAP-RNA polimerasa, para el caso del operón lac se efectúa por el dominio C-terminal de la subunidad α (α-CTD) que contacta
con CAP. El α-CTD está unido por un brazo flexible al resto de la subunidad α.
Diferentes experimentos demuestran la interacción directa, mutantes CAP que se unen a DNA y lo doblan, pero no activan o mutantes de la RNA
polimerasa en el dominio C-terminal de la subunidad α (α-CTD) que no son activables por CAP. La flexibilidad del brazo al que está unido el α-CTD
permite su interacción con CAP en diferentes posiciones, ya que el sitio de unión de CAP varía de unos operones a otros:
Operón gal: -41.5: solapa con el lugar de interacción de la RNA polimerasa. ¿impedimento estérico?
Operón lac: -61.5 
Operón met: -70.5 
Operón arabinosa: -81.5

¿Qué ocurre cuando el sitio de unión de CAP solapa con el de la RNA polimerasa como en el caso del operón gal? La RNA polimerasa tiene
múltiples sitios de unión a activadores y puede interaccionar con CAP de muchas maneras. En este caso un monómero de CAP, el de delante,
interacciona con el dominio N-terminal de α y el de detrás contacta con el α-CTD.
En resumen, CAP activa la transcripción suministrando un punto de anclaje adicional para la RNA polimerasa, estableciéndo contactos con
diferentes zonas de la RNA polimerasa en función de la distancia del sitio de unión de CAP al promotor.
Mutaciones en el circuito regulador de lac
Resumiremos primero los componentes del sistema regulador que son esenciales para que la regulación pueda funcionar:
1. El represor se debe sintetizar correctamente y activo
2. El operador debe estar presente en el DNA y con la Secuencia correcta que se puede reconocer por el represor
3. El represor debe ser capaz de unirse al operador
4. El Inductor debe ser capaz de unirse al represor.
Cualquier fallo en uno de estos supuestos conducirá a un mutante que presentara distintos fenotipos respecto a la inducción del operon lac. Es
importante aquí tener en cuenta que las mutaciones en trans producirán un producto difusible que está defectuoso. Ellos tienen la habilidad de
complementar a un gen que se encuentre cercano. Por otra parte las mutaciones en cis son características de cualquier sitio que se encuentre
físicamente contiguo con la secuencias que controla. Cuando dos sitios actúan en cis, se encuentran cerca, por ejemplo un promotor y un operador.
Mutaciones:
1. Mutante con un operador disfuncional. El operador está mutado (Oc). Pueden existir diferentes cambios en el operador, algunos pueden ser
severos y tener grandes efectos. En estos casos el represor no se une al operador o su unión no es tan fuerte como en el tipo salvaje. La RNA
polimerasa será capaz de expresar los genes del operon, por lo tanto se observara síntesis constitutiva de la β-galactosidasa. La cantidad de síntesis
dependerá de la severidad de la mutación. Como estas mutaciones ocurren en el operador, se designan como O c la c significa constitutivo (ver
Fig. 10.7 Genes VII).
Consideremos lo que ocurre en un diploide parcial:
Si el inductor no está presente, entonces el represor se unirá normalmente al O+, pero sólo parcialmente a Oc. La β-galactosidasa se expresará desde
el operon #1, pero no desde el operon #2. Si el inductor está presente entonces el represor no se unirá al operador y la β-galactosidasa se expresará
desde ambos operones. Este mutante tiene un fenotipo lac+ constitutivo. Oc es dominante a O+, pero solamente en cis.
2. Mutante con un promotor disfuncional. En este caso el promotor no reconoce la RNA polimerasa y el operón no puede ser transcrito. Estas
mutaciones actuarán en cis y el fenotipo será lac- constitutivo.
3. Mutaciones en el represor. El represor lac es codificado por el gen regulador i del operón, mutaciones en diferentes partes de este gen i se
traducen en diferentes funciones afectadas del represor y por tanto en diferentes fenotipos resultantes. La figura 10.9 Genes VII evidencia como
mutantes conocidos del represor ayudan a mapear las regiones del gen implicadas en una u otra función de la proteína:

Algunos mutantes del represor:

» Represor mutado con un sitio de unión al DNA disfuncional (I- ó lacId). En este caso el represor es incapaz de unirse al operador, por eso se
observará expresión constitutiva de laβ-galactosidasa. Si se construye un diploide parcial con el gen lacI+, el salvaje, se observará un
fenotipo inducible. Por lo que se dice que lacI+, domina en trans sobre lacId. De aquí se deriva que la inducibilidad salvaje domina sobre la
constitutividad mutante. Es interesante analizar que la dominancia en trans se origina porque el represor lac es un tetrámero y que las 4
subunidades deben estar completamente activas para unirse al operador. Cuando se transcriben y traducen ambos genes en un diploide parcial
tendremos un pool de subunidades monoméricas, que se asociarán al azar, para dar un tetrámero funcional:

De los 5 posibles tetrámeros que se forman 4 son incapaces de unirse al DNA. Como los mutante I- son dominantes al salvaje los designan muchas
veces como lacId, d = dominante.
» Represor mutado que no puede unirse al inductor (Is). En este caso si el inductor no puede unirse al represor, este se encontrará
permanentemente enlazado al operador, ya que el represor tiene un afinidad muy alta por el operador KA = 1013 M-1. Estos mutantes se comportan
como super-represores, se nombran como Is. Si se añade el inductor ellos no responderán. En un diploide parcial, aunque al añadir el inductor el
represor tipo salvaje se disociará del operador, este sitio sería inmediatamente ocupado por un represor I s. Es decir el represor Is domina sobre el tipo
salvaje. Por lo que se puede decir que la constitutividad mutante domina sobre la inducibilidad salvaje.

Sistemas reprimibles, el operón del triptófano

En la siguiente figura se resumen todos los casos posibles de inducción y represión:
El operón lac es un sistema inducible, al estar implicado en la degradación de un azúcar, sólo se induce en presencia de ese azúcar. El sentido
biológico de esto es que los genes implicados en el metabolismo de azúcares están normalmente reprimidos y en presencia del inductor se induce la
transcripción de su operón. Hay operones en los que el problema biológico es al contrario, como por ejemplo los operones de biosíntesis de
aminoácidos, que sólo se expresan en ausencia del aminoácido. Cuando está el aminoácido en el medio, el operón está reprimido.
Este es el caso del operón del triptófano (que es un aminoácido esencial), cuando hay triptófano en el medio, la célula lo coge y no necesita
sintetizarlo, por lo tanto el operón del triptófano está bloqueado cuando hay triptófano en el medio, cuando no hay triptófano en el medio, la célula ha
de sintetizarlo, con lo que deja de estar reprimida la expresión de las enzimas implicadas en el metabolismo (síntesis) del triptófano. La estructura de
este operón se representa a continuación:

El represor del triptófano reprime tres operones. Uno de ellos, trp, es el de los genes que codifican por las enzimas de síntesis del triptófano. Los
otros dos son: el del gen del propio represor trpR y el de genes implicados en la biosíntesis de aminoácidos aromáticos aroH. Cuando hay triptófano
en el medio, éste se une con el represor interaccionando con el operador, por lo que no hay expresión de genes de síntesis de triptófano; cuando no
hay triptófano presente en el medio el represor no puede unirse al operador y se expresan los genes del operón.
El represor se une a una secuencia repetida e invertida del operador, actúa por tanto como dímero; se conoce la estructura terciaria del represor del
triptófano cada monómero interacciona con el DNA mediante un motivo HTH, en el dímero la distancia entre los dos motivos es de 34 Å
(aproximadamente 1 vuelta de hélice) lo que indica que el dímero de represor se une al DNA por dos surcos mayores consecutivos. Es un fenómeno
general para la mayor parte de los factores de transcripción procarióticos el tener estructuras terciarias con 2 hélices lectoras de surcos mayores
consecutivos separadas a una distancia de 34 Å, que reconocen las secuencias del operador localizadas en surcos adyacentes.
En el caso del represor del triptófano, se une a DNA cuando está presente el aminoácido pero no en su ausencia; ésto es así por un cambio
alostérico producido por la interacción del triptófano. El sitio de unión del triptófano con el represor está próximo a las cabezas lectoras de DNA
(motivos HTH). Cuando el triptófano está unido al represor, las cabezas lectoras se encuentran a la distancia y orientación adecuada para
interaccionar con surcos mayores consecutivos, cosa que no ocurre en ausencia de triptófano. 

Control de la terminación de la transcripción

Así como la iniciación de la transcripción está sometida a control, la regulación de la transcripción también puede efectuarse a nivel de la terminación.
Hay dos casos bien conocidos: atenuación y antiterminación.
Atenuación
La atenuación se da sobre todo en operones de biosíntesis de aminoácidos, por ejemplo, el operón del triptófano, que está formado por una serie de
genes estructurales que codifican por enzimas implicados en la ruta de biosíntesis del triptófano. En el operón lac, la expresión de β-galactosidasa en
el nivel inducido con respecto al basal era de 103 veces. En el operón del triptófano, cuando hay triptófano en el medio la expresión del operón se
reprime 700 veces. ¿Cómo se explica esto si se tiene en cuenta que el represor solo reprime 70 veces? Ha de haber algún mecanismo adicional que
multiplica por 10 los niveles de represión. La explicación está en que la transcripción de estos genes está sujeta a dos controles: represión y
atenuación. La atenuación es un mecanismo que controla la habilidad de la RNA polimersa para leer, a través de un atenuador. El atenuador es un
terminador intrínseco (ver figura anterior), localizado al comienzo de la unidad de transcripción. La característica que tiene es que algunos eventos
externos (presencia de un metabolito, como Trp para operon trp; o un evento como la traducción) controlan la formación de la horquilla necesaria
para la terminación intrínseca (Figura 10.39 Genes VII). En la atenuación al aumentar los niveles de triptófano, la transcripción se para antes: mRNA
atenuado; al disminuir los niveles de triptófano, la transcripción no se para sino que continúa.
La región leader (trpL), región anterior a los genes estructurales (ver Figura 10.40 Genes VII) juega un papel fundamental en la atenuación:

La RNA polimerasa comienza la transcripción, el represor reprime poco y la RNA polimerasa transcribe un RNA correspondiente a la secuencia
leader. Dependiendo de la estructura secundaria adoptada por este RNA se forma o no una señal de terminación. La secuencia leader tiene un AUG
iniciador de traducción con una fase de lectura abierta hasta un UGA, señal de terminación de traducción, que da lugar a un péptido de 14
aminoácidos que no sirve para nada. A mediada que se va sintetizando el RNA leader, va adoptando una determinada estructura secundaria.
La región del RNA inmediatamente antes del sitio de terminación de la traducción (región 1), es complementaria a la región contigua (región 2) y al
aparear se forma la horquilla 1-2; continúa la transcripción y se transcriben las regiones 3 y 4, que también son complementarias y forman la horquilla
3-4. Como la región 4 va seguida de una serie de Us, esto constituye una señal de terminación por lo que la transcripción cesa. Además, la región 2
puede también hibridar con la región 3. Curiosamente, en el péptido leader, de los 14 aminoácidos dos son triptófano, siendo el triptófano el
aminoácido menos frecuente en las proteínas. Otra cosa a tener en cuenta es que en bacterias, a diferencia de eucarióticos, la transcripción está
acoplada a traducción. Los ribosomas están traduciendo el RNA que se está transcribiendo.
Teniendo esto en cuenta:
» En ausencia de triptófano en el medio: la RNA polimerasa va transcribiendo. Los ribosomas reconocen el AUG y comienzan a sintetizar el péptido
hasta que llegan a lostripletes del triptófano en los que se detienen, debido a que no hay triptofanil tRNA en el medio.Como los ribosomas quedan
detenidos en el codon del triptófano, la región 1 del RNA leader queda "bloqueada"y no puede hibridar con la región 2 y se impide la formación del
híbrido 1-2. Al sintetizarse la región 3, la 2 hibrida con la 3, con lo que no puede formarse el híbrido 3-4 y no se da la señal de terminación. La RNA
polimerasa continúa la transcripción del operón.
» Cuando hay triptófano en el medio, los ribosomas continuamente traducen la región correspondiente al péptido leader de 14 aminoácidos. En este
caso los ribosomas quedan parados en la señal de terminación de traducción (UGA) impidiendo la hibridación de la región 2 con la 3, con lo que al
transcribirse la región 4 se forma el híbrido 3-4. Aparece la señal de terminación de transcripción y no se transcribe el operón.
Generalidad del mecanismo de atenuación. ¿Es un mecanismo general de control de transcripción? ¿Es sólo una peculiaridad del operón del
triptófano? Si observamos diferentes péptidos leader de distintos operones de biosíntesis de aminoácidos:
» Thr: 8 tripletes de Thr. 

» His: 7 tripletes de His seguidos (MTRVQFKHHHHHHHPD) 

» Ile, Val, Leu (operón Ilv): 14 tripletes de Leu, Val, Ile, (MTALLRVISLVVISVVVIIIPPCGAALGRGLA)

» Operón Leu: MSHIVRFTGLLLLNAFIVRGRPVGGIQH.

La característica común en los distintos operones, es la abundancia de tripletes para ese aminoácido en su región leader. El control de
atenuación no se lleva a cabo sólo por el aminoácido, sino por la biosíntesis de proteínas, ya que en ausencia de ésta la atenuación impide la
síntesis del aminoácido.
Antiterminación
Los genes de los fagos no se transcriben todos a la vez. Generalmente hay un programa temporal de transcripción. Así, vimos que en SPO1 este
programa se efectuaba a nivel de iniciación mediante una cascada de factores. A nivel de terminación ocurre algo análogo. Supongamos un grupo de
genes A tempranos seguido de una señal de terminación TA, si un producto de uno de estos genes A es un antiterminador que hace que la RNA
polimerasa se salte el terminador A, la RNA polimerasa transcribirá lo que viene a continuación (genes B) pudiendo reconocer el terminador siguiente
(TB). Si el producto de un gen B es un antiterminador, la RNA polimerasa transcribe los genes siguientes a TB (genes C). Un ejemplo de este tipo de
control se da el fago lambda.