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ORGANIZACIÓN
MOLECULAR DE LA
CÉLULA
Blgo. Carlos Enrique Cubas Zúñiga M. Sc.
ccubasz@unp.edu.pe
Bioquímica
● La bioquímica, algunas veces llamada química biológica, es el
estudio de los procesos químicos dentro y en relación a los
organismos vivos. Los procesos químicos otorgan la complejidad de
la vida.
● La bioquímica se centra en comprender cómo las moléculas
biológicas dan lugar a los procesos que ocurren dentro de las
células vivas y entre las células, lo que a su vez se relaciona en gran
medida con el estudio y la comprensión de los tejidos, los órganos y
la estructura y función de los organismos.
Historia
● Bioquímica puede haber nacido como el estudio de los componentes y
composición de los organismos vivos y como todo esto junto dio origen a la
vida, en este sentido la bioquímica se puede remontar a la antigua Grecia.
● La bioquímica como una disciplina específica científica inició en el siglo XIX,
● Descubrimiento de la primera enzima, diastase (amilasa), en 1833 por
Anselme Payen.
● 1828, Friedrich Wöhler publicó un artículo sobre la síntesis de urea,
demostrando que los compuestos orgánicos se pueden crear artificialmente.
● A mediados del siglo XIX, Louis Pasteur escribió: “la fermentación del alcohol
es un acto relacionado con la vida y la organización de las células de las
levaduras, y no con la muerte y la putrefacción de las células” además
desarrolló la pasteurización.
● En 1869 se descubre la nucleína y
se observa que es una sustancia
muy rica en fósforo.
● En 1878 el fisiólogo Wilhelm Kühne
acuñó el término enzima para
referirse a los componentes
biológicos desconocidos que
producían la fermentación.
● En 1897 Eduard Buchner comenzó a
estudiar la capacidad de los
extractos de levadura para
fermentar azúcar a pesar de la
ausencia de células vivientes de
levadura.
● En 1928, Alexander Fleming descubre la penicilina y desarrolla estudios sobre la
lisozima.
● 1940, Melvin Calvin concluye el estudio del ciclo de Calvin en la fotosíntesis y Albert
Claude la síntesis del ATP en las mitocondrias.
● 1945 Gerty Cori, Carl Cori, y Bernardo Houssay completan sus estudios sobre el ciclo
de Cori.
● En la década de 1950, James D.
Watson, Francis Crick, Rosalind
Franklin y Maurice Wilkins fueron
fundamentales para resolver la
estructura del ADN y sugerir su
relación con la transferencia genética
de información.
● 1957, Matthew Meselson y Franklin
Stahl demuestran que la replicación
del ADN es semiconservativa.
● En 1958, George Beadle y Edward
Tatum recibieron el Premio Nobel por
su trabajo en hongos que muestran
que un gen produce una enzima.
● Desde 1950 a 1975 , se conocen en profundidad y detalle aspectos del
metabolismo celular inimaginables hasta ahora (fosforilación oxidativa
(Peter Dennis Mitchell), ciclo de la urea y ciclo de Krebs (Hans Adolf
Krebs), así como otras rutas metabólicas).
● Se descifra el código genético, se descubren las enzimas de
restricción (finales de 1960), la ADN ligasa (en 1972).
● 1973 Stanley Cohen y Herbert Boyer producen el primer ser vivo
recombinante.
● De 1975 hasta principios del siglo XXI, comienza a secuenciarse el ADN, comienzan a
crearse las primeras industrias biotecnológicas.
● 1989 se utiliza la biorremediación a gran escala en el derrame del petrolero Exxon Valdez
en Alaska.
● Se clonan los primeros seres vivos, se secuencia el ADN de decenas de especies y se
publica el genoma completo del hombre (Proyecto Genoma Humano),
● Comienza el desarrollo de la bioinformática y la computación de sistemas complejos,
que se constituyen como herramientas muy poderosas en el estudio de los sistemas
biológicos.
Ramas de la Bioquímica
● Bioquímica estructural: Arquitectura química de las macromoléculas
biológicas.
● Química bioorgánica: Se encarga del estudio de los compuestos
orgánicos.
● Enzimología: estudia el comportamiento de los catalizadores
biológicos o enzimas, como son algunas proteínas y ciertos RNA
catalíticos, así como las coenzimas y cofactores como vitaminas y
metales respectivamente.
● Bioquímica metabólica: es un área de la bioquímica que pretende
conocer los diferentes tipos de rutas metabólicas a nivel celular, y su
contexto orgánico. De esta forma son esenciales conocimientos de
enzimología y biología celular.
● Xenobioquímica: es la disciplina que estudia el comportamiento
metabólico de los compuestos cuya estructura química no es propia
en el metabolismo regular de un organismo determinado.
● Inmunología: área de la biología, la cual se interesa por la reacción
del organismo frente a otros organismos como las bacterias y virus.
● Endocrinología: es el estudio de las secreciones internas llamadas
hormonas, las cuales son sustancias producidas por células
especializadas cuyo fin es de afectar la función de otras células.
● Neuroquímica: es el estudio de las moléculas orgánicas que
participan en la actividad neuronal.
● Virología: área de la biología, que se dedica al estudio de los
biosistemas más elementales: los virus.
● Genética molecular e ingeniería genética: es un área de la
bioquímica y la biología molecular que estudia los genes, su herencia
y su expresión.
● Biología Molecular: es la disciplina científica que tiene como objetivo
el estudio de los procesos que se desarrollan en los seres vivos
desde un punto de vista molecular.
● Biología celular: (antiguamente citología, de citos=célula y
logos=Estudio o Tratado ) es un área de la biología que se dedica al
estudio de la morfología y fisiología de las células procariotas y
eucariotas.
Elementos
químicos de la
vida
Biomoléculas
● Carbohidratos: Dos de las funciones principales de los carbohidratos son
almacenar energía y proporcionar estructura. Compuestos por C, H y O.
● Lípidos: no polares, capacidad para
disolverse en solventes orgánicos, como el
cloroformo o el benceno; incapacidad para
disolverse en agua, una propiedad que
explica muchas de sus funciones biológicas
variadas. Los lípidos importantes en la
función celular incluyen a las grasas,
esteroides y fosfolípidos.
● Proteínas: Las proteínas son las
macromoléculas que llevan a cabo virtualmente
todas las actividades de la célula; Una célula de
mamífero 10.000 proteínas;
2. Chemical Foundations
3. Physical Foundations
4. Genetic Foundations
5. Evolutionary Foundations
1. Cellular Foundations
The unity and diversity of organisms become apparent even at the cellular
level.
The smallest organisms consist of single cells and are microscopic. Larger,
multicellular organisms contain many different types of cells, which vary in
size, shape, and specialized function.
Cells Are the Structural and Functional Units of All Living Organisms.
Cells of all kinds share certain structural features
Cellular Dimensions Are Limited by Diffusion.
Most cells are microscopic, invisible to the unaided eye. Animal and plant cells are
typically 5 to 100 µm in diameter, and many unicellular microorganisms are only 1 to
2 µm long.
What limits the dimensions of a cell? The lower limit is probably set by the
minimum number of each type of biomolecule required by the cell. The smallest
cells, certain bacteria known as mycoplasmas, are 300 nm in diameter and have a
volume of about 10-14 mL. A single bacterial ribosome is about 20 nm in its longest
dimension, so a few ribosomes take up a substantial fraction of the volume in a
mycoplasmal cell.
The upper limit of cell size is probably set by the rate of diffusion of solute
molecules in aqueous systems. For example, a bacterial cell that depends
on oxygen-consuming reactions for energy extraction must obtain molecular
oxygen by diffusion from the surrounding medium through its plasma
membrane.
La célula es tan pequeña, y la relación entre su superficie y su volumen es
tan grande, que el O2 que se difunde en la célula llega fácilmente a cada
parte de su citoplasma. Sin embargo, al aumentar el tamaño de las células,
la relación superficie-volumen disminuye, hasta que el metabolismo
consume O2 más rápido de lo que la difusión puede suministrarlo. Por
tanto, el metabolismo que requiere O2 se vuelve imposible a medida que el
tamaño de las células aumenta más allá de cierto punto, lo que establece
un límite superior teórico en el tamaño de las células.
There Are Three Distinct Domains of Life.
All living organisms fall into one of three large groups (domains) that define
three branches of the evolutionary tree of life originating from a common
progenitor.
Organisms Differ Widely in Their Sources of Energy and Biosynthetic
Precursors.
Bacterial and Archaeal Cells Share Common Features but Differ in
Important Ways.
Eukaryotic Cells Have a Variety of Membranous Organelles, Which Can
Be Isolated for Study
Differential centrifugation
The Cytoplasm Is Organized by the Cytoskeleton and Is Highly Dynamic.
Cells Build Supramolecular Structures
Macromolecules and their monomeric subunits differ greatly in size
In Vitro Studies May Overlook Important Interactions among Molecules
2. Chemical Foundations
Geometry of
carbon bonding
Several common functional groups in a single biomolecule
Cells Contain a Universal Set of Small Molecules
Disuelto en la fase acuosa (citosol) de todas las células hay una colección de quizás
mil pequeñas moléculas orgánicas diferentes, con concentraciones intracelulares que
van de nanomolar a milimolar.
The entire collection of small molecules in a given cell under a specific set of
conditions has been called the metabolome, in parallel with the term “genome.”
Metabolomics is the systematic characterization of the metabolome under very
specific conditions (such as following administration of a drug or a biological signal
such as insulin).
Macromolecules Are the Major Constituents of Cells
Water 70 1
Proteins 15 3000
Nucleic acids
DNA 1 1-4
RNA 6 >3000
Polysaccharides 3 10
Lipids 2 20
Inorganic ions 1 20
Three-Dimensional Structure Is Described by Configuration and
Conformation.
Los enlaces covalentes y los grupos funcionales de una biomolécula son, por
supuesto, fundamentales para su función, pero también lo es la disposición
de los átomos constituyentes de la molécula en el espacio tridimensional: su
estereoquímica.
The molecules and ions contained within a living organism differ in kind and in concentration from
those in the organism’s surroundings.
The constancy of concentration is the result of a dynamic steady state, a steady state that is far from
equilibrium.
Maintaining this steady state requires the constant investment of energy; when a cell can no longer
obtain energy, it dies and begins to decay toward equilibrium with its surroundings.
Organisms Transform Energy and Matter from Their Surroundings
The first law of thermodynamics describes the principle of the conservation
of energy: in any physical or chemical change, the total amount of energy in
the universe remains constant, although the form of the energy may change.
Willard Gibbs, who developed the theory of energy changes during chemical
reactions, showed that the free-energy content, G, of any closed system can be
defined in terms of three quantities: enthalpy, H, reflecting the number and
kinds of bonds; entropy, S; and the absolute temperature, T (in Kelvin).
ΔG= ΔH - TΔS
Entalpía es una magnitud termodinámica, simbolizada con la letra H
mayúscula, definida como «el flujo de energía térmica en los procesos
químicos efectuados a presión constante cuando el único trabajo es de
presión-volumen», es decir, la cantidad de energía que un sistema
intercambia con su entorno.
¿Cuándo ΔG es negativo?
ΔG= ΔH - TΔS
- ΔG < 0 Espontáneo
+ ΔG > 0 No Espontáneo
So, to synthesize 1 mol of ATP under standard conditions (25 °C, 1 M concentrations of ATP, ADP, Pi), at least
30.5 kJ of energy must be supplied. The actual free-energy change in cells—approximately 50 kJ/mol—is greater
than this because the concentrations of ATP, ADP, and Pi in cells are not the standard 1 M.
WORKED EXAMPLE 05