Funciones de las proteínas

A nivel molecular, las proteínas llevan a cabo labores biológicas como la catálisis,
el soporte, el transporte y la señalización gracias a la estructura que presentan en
el estado nativo, un colectivo de conformaciones que hacen posible el
reconocimiento molecular y la transformación de moléculas.

Plegamientos de proteínas
Para que las proteínas lleven a cabo su función se requiere que tengan una
estructura tridimensional precisa. El ribosoma sintetiza las proteínas de manera
lineal, forma cadenas de aminoácidos mediante la síntesis de los enlaces
peptídicos.
En 1961 Anfinsen demostró que el plegamiento de las proteínas puede llevarse a
cabo in vitro, esto es, en un tubo de ensayo que sólo contiene moléculas de
proteína en un ambiente acuoso.
Ya que la proteína adopta de manera espontánea la conformación nativa, ésta
debe localizarse en un mínimo de energía, a este razonamiento se le conoce
como la “hipótesis termodinámica de plegamiento”. La conformación nativa es
favorable de manera energética, ya que en ella los grupos no polares se
encuentran escondidos del solvente en el interior de la molécula.
En soluciones acuosas diluidas, las proteínas monoméricas pequeñas pueden
plegarse en unos cuantos milisegundos, pero el plegamiento de proteínas
oligoméricas multidominio puede llevar minutos u horas.
En el interior de la célula, ciertos pasos del plegamiento son catalizados por
enzimas como la peptidil-prolil-cis-trans-isomerasa, que como su nombre indica,
cambia la conformación de las prolinas de cis a trans, y la proteína isomerasa de
disulfuros que rompe enlaces disulfuro, permitiendo que éstos se vuelvan a formar
entre cisteínas diferentes; mientras que otro grupo de proteínas, conocidas como
“chaperonas” o “chaperoninas”, evitan la agregación irreversible de las proteínas
durante condiciones ambientales extremas.
El término “proteóstasis” para referirse al control de concentración,
conformación, interacción y localización de las proteínas. Se lleva a cabo por
chaperoninas y otra gran cantidad de efectores, y es un mecanismo que permite el
mantenimiento adecuado de la conformación de las proteínas. Deficiencias en su
control son responsables de alteraciones metabólicas, oncológicas o
neurodegenerativas relacionadas con la edad.

Proteínas fibrosas y globulares

Las proteínas se clasifican, con base en su estructura, en fibrosas y globulares.
Las proteínas fibrosas, que en general tienen funciones de soporte, están
formadas por la repetición de elementos de estructura secundaria, hélices α u
hojas ß, en forma de fibras.
Las proteínas globulares están formadas por elementos de estructura secundaria
que adoptan una conformación compacta.

Proteínas estructurales
α-queratina
Es una proteína fibrosa presente en todos los vertebrados; es el componente
principal de la región callosa externa de epidermis, cabellos, uñas, cuernos,
plumas y pezuñas. Adopta estructuras jerárquicas.
La estructura primaria de la α-queratina muestra unidades seudorrepetitivas de
siete aminoácidos a, b, c, d, e, f, g con residuos no polares en las posiciones a y d.
Estos dos residuos forman una cara de la hélice, que se asocia con la cara
hidrófoba de la hélice adyacente.
La ondulación del cabello, característica macroscópica que se observa a simple
vista, está determinada de forma parcial por el patrón de puentes disulfuro entre
hélices de α-queratina adyacentes.
Si se trata el cabello con calor y reductores, las hélices de la α-queratina se
desenrollan de forma parcial; así, el cabello puede manipularse para adoptar una
forma diferente, como sucedería al enrollarlo en un tubo. Al reoxidar el cabello en
la nueva forma, los disulfuros se restablecen y se estabiliza la conformación
artificial, por lo que, al quitar los tubos, el rizado permanece.

Colágeno
El colágeno es la proteína más abundante en los vertebrados y es una proteína
fibrosa, extracelular, insoluble en agua y resistente a todo tipo de tensiones que
forma tendones y cartílagos. Es el componente orgánico de la matriz de los
huesos y existen varios tipos de colágeno.
El colágeno adopta una conformación helicoidal característica con giro hacia la
derecha. Tres hélices de colágeno se asocian para formar una superhélice con
giro hacia la izquierda, conocida como tropocolágeno.
Las hélices de tropocolágeno se asocian para formar fibrillas. Tanto las fibrillas
como la triple hélice del tropocolágeno están estabilizadas por interacciones de
van der Waals, puentes de hidrógeno y enlaces covalentes formados por
derivados de la lisina.
La estructura del colágeno, que depende del tejido y la especie, tiene la secuencia
repetitiva común, donde X y Y suelen ser prolina e hidroxiprolina, en ese orden. La
hélice de colágeno presenta tres residuos por vuelta, la glicina en la tercera
posición es indispensable.

Proteínas de transporte
Una de las propiedades más interesantes de las proteínas es la unión específica
de moléculas pequeñas, conocidas como ligandos.
Las proteínas tienen la capacidad de transportar de manera práctica a cualquier
otra molécula: agua, gases, iones, metales, carbohidratos o lípidos.
la mioglobina y la hemoglobina, dos proteínas transportadoras de O2 con las
cuales se conocieron por vez primera los principios de la estructura de las
proteínas.

Hemoglobina y mioglobina
El transporte de O2 se lleva a cabo en los eritrocitos, que contienen grandes
cantidades de hemoglobina. Gracias a este transportador, la concentración de O2
en la sangre es cercana a 0.01 M, semejante a la encontrada en el aire que se
respira.
La hemoglobina es la proteína responsable de la captación de oxígeno en los
pulmones y de su transporte hacia el resto del organismo.
La mioglobina, facilita el transporte de O2 a los músculos; en ciertas condiciones,
la mioglobina funciona además como almacén; tal es el caso de las ballenas,
focas y otros mamíferos acuáticos.
La mioglobina es una proteína monomérica, mientras que la hemoglobina es un
heterotetrámero formado por dos subunidades α y dos ß.
La mioglobina y cada uno de los monómeros que forman la hemoglobina
contienen un grupo prostético responsable del color rojo de la sangre: el grupo
hemo, capaz de unirse de modo covalente a una molécula de O2.
El grupo hemo contiene un átomo de hierro que por lo común permanece en su
estado ferroso (Fe2+) y un derivado de la porfirina formado por cuatro anillos
pirrólicos y por la protoporfirina IX.
En el tetrámero de la hemoglobina cada subunidad se mantiene unida mediante
enlaces no covalentes a los otros tres monómeros.
La hemoglobina es un transportador eficiente, ya que es capaz de saturarse de
O2 en los pulmones y de liberar este gas de modo paulatino en los tejidos, a
medida que la pO2 disminuye. Además de transportar oxígeno desde los
pulmones hacia los tejidos, la hemoglobina, transporta CO2 y H+ desde los tejidos
hacia los pulmones y los riñones.
El transporte de oxígeno es regulado también por el 2,3-bisfosfoglicerato
(BPG) presente en los eritrocitos. Una molécula de BPG se une a cada tetrámero
en la cavidad central de la forma T.
El BPG es un modulador alostérico, debido a que modifica la afinidad por el O2, a
pesar de que se une en un sitio diferente al sitio de unión del O2.

Evolución e ingeniería de proteínas

Los cocodrilos pueden permanecer bajo el agua por más de una hora, en los
periodos subacuáticos, la oxigenación adecuada de los tejidos del cocodrilo se
debe a la regulación eficiente en la afinidad de la hemoglobina por el O2.
En otros vertebrados, la unión de fosfatos orgánicos, como el BPG, disminuye la
afinidad de la hemoglobina por el oxígeno.
Ingeniería de proteínas es un grupo de técnicas de biología molecular que
permiten la modificación de aminoácidos particulares en la estructura primaria de
las proteínas.
En la hemoglobina humana se requieren sólo 12 sustituciones para crear una
molécula con las propiedades observadas en la hemoglobina del cocodrilo, capaz
de disminuir su afinidad por el O2 mediante la unión de iones bicarbonato.
En la actualidad es posible utilizar métodos computacionales para diseñar
proteínas de novo, esto es, se diseña el esqueleto para una estructura particular y
después se busca, mediante un muestreo computacional, la secuencia de menor
energía capaz de adoptar esa estructura.

Proteínas catalíticas: enzimas

La unión de O2 a la hemoglobina le permite transportar esta molécula para
depositarla en otras regiones del organismo.
La mayoría de las enzimas son proteínas globulares que unen ligandos y facilitan
su transformación específica en otra molécula de interés para el organismo.
Las enzimas catalizan la formación, rotura y rearreglo de los enlaces covalentes
necesarios para producir nuevas proteínas, ácidos nucleicos, lípidos y
carbohidratos, así como para degradar los alimentos o las moléculas que ya no
son necesarias.
Mediante análisis computacionales se han identificado 2 709 enzimas diferentes
en el genoma humano que catalizan 896 reacciones, organizadas en 135 rutas
metabólicas.
Las enzimas codificadas en el genoma también son importantes para la salud
humana, las enzimas producidas por las bacterias que se encuentran en nuestro
intestino ayudan a la digestión y también a la síntesis de vitaminas.

Proteínas de reconocimiento: inmunoglobulinas

Los anticuerpos son glucoproteínas globulares que también son llamadas
inmunoglobulinas (Ig), se encuentran en el plasma de la sangre y son producidas
por los linfocitos B.
Las inmunoglobulinas están formadas por cuatro cadenas polipeptídicas, dos
cadenas ligeras (alrededor de 220 aminoácidos) y dos cadenas pesadas
(aproximada de 440 aminoácidos), unidas entre sí mediante enlaces disulfuro.
La función de los anticuerpos es reconocer con gran afinidad las moléculas de
entes extraños al cuerpo como son proteínas, carbohidratos o microorganismos.
Las inmunoglobulinas tienen forma de Y, se dice que son bivalentes.
Las inmunoglobulinas son glucoproteínas porque tienen azúcares unidos de forma
covalente en la región Fc.
Se producen en la médula ósea linfocitos B inmaduros, cada linfocito B produce
un anticuerpo diferente con capacidades de unión diferentes. Aquellos linfocitos B
inmaduros que reconocen a algún antígeno proliferan y producen tanto células de
memoria como células secretoras de anticuerpos.
Las células de memoria permitirán responder de manera rápida y eficiente si el
mismo patógeno vuelve a invadir.
Cinco isotipos de anticuerpos diferentes en los humanos:
 Las IgG están en mayor concentración en la sangre y sirven para combatir
a los patógenos, las únicas que atraviesan la placenta.
 Las IgE unen a los alérgenos activando la liberación de la histamina y
produciendo las alergias.
 las IgM participan en la respuesta rápida a los patógenos.
 Las IgA se producen en las mucosas.
 Las IgD son receptores en los linfocitos B

Proteínas motoras: actina y miosina.

Todos los movimientos que se llevan a cabo, voluntarios e involuntarios, requieren
de la acción concertada de la actina y la miosina.
La forma de las células en animales, plantas y hongos, se debe al citoesqueleto,
formado, entre otros componentes, por una red de filamentos de actina.
Los filamentos de actina se forman mediante la asociación no covalente y
reversible de las moléculas de actina monoméricas, y proporcionan también la
base para la formación de estructuras que protruden de la membrana celular como
las microvellosidades de las células intestinales o los seudópodos de las amibas.
Monómeros de actina son moléculas en forma de “U” que tienen la capacidad de
unir ATP.
Los filamentos de actina son también esenciales para la contracción muscular
gracias a su interacción con los filamentos de miosina.
La miosina es una proteína oligomérica que funciona como motor molecular, que
es capaz de transformar la energía química contenida en el ATP en movimiento.
La miosina está formada por dos cadenas pesadas y cuatro ligeras que se
pliegan formando un dominio motor y una cola larga.
300 moléculas de miosina se asocian mediante sus colas para formar un
filamento, mientras que los dominios motores se proyectan al exterior para
interaccionar con los filamentos de actina.
La liberación del fosfato conduce a la forma rígida, la cual desplaza a la molécula
de miosina sobre el filamento de actina dando lugar a la contracción muscular.

Proteínas de señalización
Algunas hormonas son proteínas, por ejemplo, la insulina, la hormona de
crecimiento o la hormona estimulante del folículo (FSH).
Se producen en las glándulas y viajan a través del torrente sanguíneo, en el
torrente sanguíneo deben ser reconocidas por proteínas receptoras específicas
para cada hormona.
Los receptores transmembranales unen la hormona en el exterior celular
llevando a cabo un cambio conformacional que es detectado al interior celular.
La señalización también involucra la acción de proteínas que interactúan con el
DNA, como los dedos de zinc.

Degradación y envejecimiento de proteínas

Modificación y recambio
Aunque las proteínas muestran un gran número de funciones y propiedades, por
último, todas son degradadas, ya sea por las enzimas proteolíticas propias o de
otro organismo.
Éstas se degradan de manera proteolítica a los aminoácidos que las constituyen,
los cuales son utilizados después para la síntesis de nuevas proteínas.
La velocidad de síntesis y degradación determinan la concentración y vida media
de las proteínas.
Las proteínas sufren modificaciones químicas no enzimáticas, como la
desamidación de los residuos de asparagina y glutamina, la oxidación del azufre
de las cisteínas y metioninas, la destrucción de puentes disulfuro y la hidrólisis del
enlace peptídico en los residuos de aspartato.
Las proteínas modificadas no son degradadas, por lo que la población de
moléculas envejece. Tal es el caso en la triosafosfato isomerasa (TIM); esta
enzima sufre la desamidación de un par de asparaginas.

Degradación
La degradación selectiva de algunas proteínas es importante en varios procesos
celulares. Algunas condiciones, como la inanición se acompañan de la
degradación selectiva de algunas proteínas.
En la degradación de proteínas participan proteinasas intracelulares como las
calpaínas.
El lisosoma, el cual contiene variedad de proteinasas que hidrolizan las proteínas
que ingresan en la célula por endocitosis y recambian las proteínas internas
mediante invaginaciones transitorias. El incremento en la actividad lisosómica se
relaciona con varios procesos, como la regresión del útero en el posparto y
algunas enfermedades como diabetes mellitus y artritis reumatoide.
Existe otro mecanismo de degradación intracelular, independiente del lisosoma, en
el que la proteína que va a degradarse se une de modo covalente al carboxilo
terminal de la ubiquitina.
Mediante la acción concertada de otras enzimas, la proteína ubiquitinilada es
degradada por una proteinasa de alrededor de 1 500 kDa. Después, la ubiquitina
se libera y puede unirse a otras proteínas.
La unión de ubiquitina está determinada en gran parte por la identidad del
aminoácido en el extremo amino terminal; cuando este grupo es Arg, Lys, Asp,
Leu, o Phe, su promedio de vida es de unos minutos; no obstante, cuando el
residuo amino terminal es Met, Ser, Ala, Thr, Val o Gly, la vida media es
mayor a 20 h.