Miguel Andrés Garcia Luna

1. De acuerdo con el criterio de selección escogido, ¿cuál es el modelo de evolución

de secuencias que se ajusta mejor a su conjunto de datos? Descríbalo. ¿Son mayores
las transiciones o las transversiones?
Rta: El mejor modelo fue GTR+I+G. El modelo Jukes-Cantor argumenta que la de
sustitución () es idéntica para las otras tres bases en una unidad de tiempo.Son mayores las
transciones AG=4.425 y CT= 6.32

2. ¿Son mejores los modelos complejos o los simples, sustente su respuesta?

Rta: Los complejos porque se ajustan a los datos mejor que los simples.
3.Qué tipo de análisis filogenéticos puede correr usando esta plataforma de Cipres portal
mencione los análisis que puede realizar de los vistos en clase:
Rta: Este portal permite ejecutar diferentes herramientas para analizar y generar arboles
filogenéticos. Pueden hacerse análisis bayesianos, de máxima verosimilitud, árboles
consenso por el método Ml (M-sub-L), y otros por medio de los programas que ofrece, a
continuación menciono algunos: BAli-Phy, Beast-Beast2, Clearcut y CLUSTALW
Un cuadro comparativo en él se compara las similitudes de los nodos recuperados con los análisis
de parsimonia y verosimilitud por separado

Grupo Parsimonia Verosimilitud Soporte BS Soporte BS

s
(Parsimonia) (Verosimilitud)

A Recuperado Recuperado 71 88,5

B Recuperado Recuperado 80 99,5

C Recuperado Recuperado 99 99,8

 I Recuperado Recuperado 100 100

Figura 1. Parsimonia

Figura 2. Maxima verosimilitud

b. Cuál es la diferencia entre los análisis de Máxima Parsimonia y los Análisis de Máxima
Verosimilitud? Argumente. ¿A nivel teórico? Argumente usando artículos científicos.
Rta: En los análisis de máxima parsimonia se usa un mínimo de asunciones a priori sobre los
caracteres utilizados como fuente de información, se asume que cualquier carácter heredable es
una homología potencial, entonces todos los caracteres son tratados de igual manera, con el
“mismo peso” o misma influencia. Al momento de generar un arbol no se puede identificar
homoplasias a priori.

Máxima verosimilitud, por el contrario, es un método que esta basado en modelos de evolucin
molecular, donde se toma en cuenta conocimiento a priori acerca de los caracteres, especialmente
cuando son moleculares. Estima la probabilidad de qué tan bien la matriz de caracteres se
explicada por los árboles filogenéticos. Este método necesita calcular cada árbol posible que
pueda ser derivado de los datos según el modelo de evolución seleccionado.

Bibliografía
- Peña, C. (2011). Métodos de inferencia filogenética. Revista Peruana de Biología, 18(2),
265-267.
- Eguiarte, L. E. (1995). Hutchinson (Agavales) vs. Huber y Dahlgren (Asparagales): análisis
moleculares sobre la filogenia y evolución de la familia Agavaceae sensu Hutchinson
dentro de las monocotiledóneas. Botanical Sciences, (56), 45-56.