CARMEN, El Nuevo CRISPR - Dciencia

10/2/2021 CARMEN, el nuevo CRISPR | Dciencia
¡SIGUENOS!
CARMEN, el nuevo
y potente CRISPR   
que sirve como he-
rramienta de
diagnóstico Dciencia
Me gusta esta página 893 Me gus
A estas alturas casi todos

los que os interesáis por la Dciencia
el viernes
ciencia habéis oído hablar
de la tecnología CRISPR.
Esta herramienta genética
surgió como tal en el año
2012 y desde entonces se
ha consolidado como una
de las grandes promesas
de la biología molecular.
DCIENCIA.ES
Cada año aparecen nove- ¿Cómo evolucionan los virus…
dades en torno a ella. A medida que la pandemia avanza l…
Pues bien, en 2020 tene-

2 1 1
mos un paso más allá aún.
Nuevamente han sido in-
vestigadores del Instituto Dciencia
el viernes pasado
Broad los que han publi-
cado en Nature este nuevo Actualmente estamos leyendo en los
avance. Vamos a ver en medios términos como “cepas” y
“variantes” del COVID-19 que como
qué consiste la novedad.
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¿QUÉ NOVEDAD
Estoy de acuerdo Leer más
HAN IDEADO?
https://www.dciencia.es/carmen-el-nuevo-y-potente-crispr-que-sirve-como-herramienta-de-diagnostico/ 1/16
Los investigadores han Dciencia

creado una herramienta @dcienciablog
que permite la detección Hace unos meses la Dra. @BarcenaVarela nos
simultánea de cientos de contaba en Dciencia su último trabajo publicado en
@Gut_BMJ dciencia.es/nuevos-enfoque… No os
virus distintos en un nú- perdáis el vídeo en el que nos resumen los
mero determinado de resultados. @MaiteGF_B @CIMA_unav
muestras clínicas. Pero https://twitter.com/Gut_BMJ/status/13591057326506
68034
este método también per-
mite la detección de un
solo virus en más de mil Nuevos enfoques para frenar …
Soy Marina Bárcena, doctora e…
muestras clínicas. Al mé-
dciencia.es
todo lo han llamado
CARMEN, acrónimo de
20h
Combinatorial Arrayed
Reactions for Multiplexed Dciencia
Evaluation of Nucleic acids. @dcienciablog
En respuesta a @dcienciablog
¿CÓMO LO HAN ¿Cómo evolucionan los virus y cómo nos puede

afectar?dciencia.es/como-evolucion…
HECHO?
Para lograr esto, han com- ¿Cómo evolucionan los virus …

binado dos herramientas. A medida que la pandemia ava…
dciencia.es
Por un lado, SHERLOCK,
de la que ya os hablamos
7 feb. 2021
en 2018 en este post, y, por
otro, los dispositivos mi-
cro uídicos.
Os recordamos breve-
mente que SHERLOCK,
acrónimo de Speci c High-
sensitivity Enzymatic Re-
porter unLOCKing, es una
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herramienta asegurarde
derivada que damos la mejor experiencia al usuario en nuestro sitio web. Si con-
CRISPR que se utiliza
como técnica de
diagnóstico. Si recordáis
cuando os explicamos la
tecnología CRISPR por
primera vez, os explica-
mos que los sistemas
CRISPR utilizan unas pro-
teínas llamadas Cas que
cortan el ADN en zonas
especí cas, concretas.
Para llegar a esas zonas,
para colocarse en esa
parte concreta del ADN,
Cas es guiada por una pe-
queña molécula de ARN
que es complementaria a
la zona del ADN donde va a
actuar la proteína Cas. Al
principio, la proteína Cas
utilizada era Cas 9, pero
posteriormente se han uti-
lizado otras proteínas de la
misma familia. Así, hay
proteínas Cas, como la
Cas13a, que son capaces
de cortar moléculas de
ARN, en vez de ADN. Los
investigadores del Insti-
tuto Broad se dieron
cuenta de que esta Cas13a
tenía un “pequeño”
problema. Una vez que se
encontraba con la secuen-
cia especí ca de ARN que
tenía que cortar, no solo
cortaba esta secuencia
especí ca, sino cualquier
ARN al azar. Es decir, pri-

mero cortaba la secuencia
especí ca y después el
resto del ARN.
Obviamente, esto la invali-
daba para la edición
genética. Pero estos mis-
mos investigadores con-
virtieron una debilidad en
una oportunidad. A partir
de este “error” o efecto no
deseado, desarrollaron una
potente herramienta de
diagnóstico.
Imaginemos una muestra

clínica que puede conte-
ner un virus. Extraemos el
ARN de esa muestra y lo
mezclamos con otras pe-
queñas moléculas de ARN
a las que hemos añadido
compuestos que son
uorescentes, pero que
solo emiten luz cuando se
separan del ARN, es decir,
cuando éste es cortado.
Después añadimos el sis-
tema CRISPR Cas13a. Es
decir, ponemos la CAS13a
guiada por un ARN que le
lleva a buscar y cortar una
secuencia especí ca del
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virus que para asegurar que damos la mejor experiencia al usuario en nuestro sitio web. Si con-
queremos
detectar. Si ese ARN no
está, Cas13a no va a en- Estoy de acuerdo Leer más
contrarlo y no va a cortar
nada. Recordemos que
solo corta ARN al azar si
primero ha cortado la se-
cuencia especí ca. Al no
cortar nada, no habrá
uorescencia, no habrá
luz. Por lo tanto, la mues-
tra es negativa. Por el
contrario, si encuentra la
secuencia y la corta, des-
pués empezará a cortar los
ARN unidos a las molécu-
las uorescentes que no-
sotros hemos añadido y así
se detectará la luz: la
muestra es positiva.
Los dispositivos micro-

uídicos son aquellos que
usan cantidades muy pe-
queñas de líquido en un
microprocesador. Estos
dispositivos ya se están
usando como mecanismos
de diagnóstico, puesto que
al emplear nanogotas, las
cantidades necesarias,
tanto de muestras como
de reactivos, son
pequeñísimas. En este
caso, los investigadores
del Instituto Broad han
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unpara asegurar que damos la mejor experiencia al usuario en nuestro sitio web. Si con-
dispositivo
desarrollado original-
mente en 2018 por el labo-Estoy de acuerdo Leer más
ratorio de Paul Blainey

para el descubrimiento de
nuevos fármacos.
Imagen del dispositivo mi-

cro uídico original. Tomado
de
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6042083/
Como se puede entender

de la imagen, se trata de
un chip de silicona en el
que se han practicado de-
cenas de miles de pocillos,
agujeritos minúsculos en
los que solo caben dos na-
nogotas y que serían como
los tubos de ensayo en los
que se lleva a cabo la
reacción.
¿CÓMO FUNCIONA?
En primer lugar, se gene-

ran dos nanogotas:
Nanogota de la mues-
tra a analizar.
Nanogota donde van
los reactivos. Es
decir, aquí van disuel-
tos Cas13, los ARN

que guían a Cas13, y
todo lo necesario
para que se dé la
reacción.
El siguiente paso es mez-

clar una nanogota de cada
tipo y depositarlas en los
pocillos que hemos co-
mentado más arriba. Las
muestras se unen enton-
ces mediante una descarga
eléctrica y eso inicia la
reacción de manera simul-
tánea en las decenas de
miles de pocillos del chip.
Surgirá entonces (si
corresponde) la uores-
cencia que será detectada
por un microscopio de
uorescencia e interpre-
tada por un ordenador.
Tenemos que darnos

cuenta de que podemos
analizar más de mil mues-
tras frente a un virus o
hasta 169 virus diferentes
en un número más pe-
queño de muestras (cinco).
Esto quiere decir que
cuando anteriormente he-
mos hablado
Utilizamos de asegurar
cookies para nanogotas que damos la mejor experiencia al usuario en nuestro sitio web. Si con-
donde van los reactivos no este sitio asumiremos que está de acuerdo.
tinúa utilizando
nos referimos a una única Estoy de acuerdo Leer más
solución a partir de la cual

se hacen las nanogotas,
sino que habrá tantos ti-
pos de nanogotas de reac-
tivos como virus queramos
detectar (hasta 169 tipos
diferentes), cada una con
una codi cación de colo-
res uorescentes
diferente. Y lo mismo pasa
con las muestras.
Cada prueba lleva sus re-

plicados y controles, para
asegurar la robustez esta-
dística y asegurar que los
resultados son ables.
Imagen tomada del artículo

original
(https://doi.org/10.1038/s41586-
020-2279-8)
¿PARA QUÉ VALE?
Pues CARMEN-Cas-13 se
puede utilizar de dos
maneras:
Como sistema de
diagnóstico para de-
tectar un virus de
manera simultánea
en más de mil
muestras. Este sis-
tema micro uídico
puede detectar cual-
quier virus de uno de
los 169 de los que hay
publicados al menos
diez genomas. Entre
ellos, el SARS-CoV-2.
Es decir, nos vale
como una prueba
bastante masiva de
diagnóstico y puede
ser utilizada para de-
tectar la presencia de
un patógeno en una
situación de
epidemia.
También se puede
emplear como un pa-
nel “pan-viral”, de tal
manera que, ante una
duda clínica sobre la
infección de un
paciente, se puede
comprobar qué virus
es el que realmente
está presente en la
muestra. De hecho,
han creado ya un pa-
nel respiratorio que
incluye no solo el
SAR-CoV-2, sino
otros virus que pro-
vocan infecciones
respiratorias, para
que los médicos pue-
dan discriminar per-
fectamente la causa
infecciosa de los sín-
tomas de los pacien-
tes y establecer un
diagnóstico
diferencial.
Las aplicaciones en la de-

tección son numerosas.
Así, por ejemplo, se ha
desarrollado un panel para
detectar docenas de muta-
ciones en el VIH que le ha-
cen resistente a los
fármacos. Obviamente,
esto es una gran ayuda
para determinar el trata-
miento más apropiado
para cada paciente.
Todo esto se realiza en un

dispositivo que es solo un
poco más grande que un
smartphone. El protocolo
completo, incluyendo la
extracción del ARN, llevó
algo menos de ocho horas,
aunque ya están traba-
jando para lograr acortar
este tiempo.
Utilizamos Y, además,
cookies para asegurar que damos la mejor experiencia al usuario en nuestro sitio web. Si con-
esta nueva tecnología dis- este sitio asumiremos que está de acuerdo.
tinúa utilizando
minuye sustancialmente elEstoy de acuerdo Leer más
coste de cada prueba,

como podéis ver en la
tabla. De utilizar Sherlock
en una placa normal, con
un coste de 5,52$ por
prueba, a entre 0,05 y
0,42$ por muestra en el
dispositivo micro uídico.
Imagen tomada del artículo

original
(https://doi.org/10.1038/s41586-
020-2279-8)
En de nitiva, estamos ante

un importante avance más
relacionado con CRISPR,
en este caso de utilidad
para el diagnóstico.
Fuentes:
Ackerman, C. M. et al.
Massively multiple-
xed nucleic acid de-
tection using Cas13.
Nature tinúa utilizando este sitio asumiremos que está de acuerdo.
https://www.nature.com/articles/s41586-
020-2279-8 (2020)
Combinatorial drug
discovery in nanoliter
droplets. Anthony
Kulesa, Jared Kehe,
Juan E.
Hurtado,Prianca
Tawde and Paul C.
Blaineya.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6042083/
Montoliú, Lluis. Llega
CARMEN para llevar
SHERLOCK a la
enésima potencia.
https://montoliu.naukas.com/2020/04/30/llega-
carmen-para-llevar-
sherlock-a-la-
enesima-potencia/
By Alberto Morán | junio 30th,

2020 | Colecciones, DCiencia
Bioquímica y Biología Molecu-
lar, Divulgación, portada, Te-
mas | 1 Comment
¿Te ha
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About the Author: Al-

berto Morán
Licenciado en
farmacia por la
Universidad
Complutense de Madrid.
Realicé mi tesis doctoral
en el Departamento de
Bioquímica y Biología Mo-
lecular de la Facultad de
Farmacia. Posteriormente
hice un Máster en Direc-
ción de Empresas
Biotecnológicas. Trabajé
casi un año en una consul-
toría de biotecnología.
Posteriormente fui investi-
gador y docente en la Uni-
versidad Complutense de
Madrid durante siete años.
Mi carrera investigadora
se desarrolló en el estudio
de los mecanismos mole-
culares del cáncer (colon y
pulmón esencialmente). En
noviembre de 2012 aban-
doné de nitivamente el
laboratorio. En la actuali-
dad soy titular de una o -
cina de farmacia.
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¿Cómo evolucionan los v

y cómo nos puede afect
febrero 5th, 2021 | 0 Comments
One Comment
ALFREDO CUSI FER-

NANDEZ 2020/07/11 at
6 04 am - Reply
Es impresionante
los avances que se
dan a causa de
fracasos de inves-
tigación ,se hacen
aplicaciones en
diferentes cam-
pos … la intere-
sante tecnología
CRISPR y sus
avances y lo im-
portante que es
para la detección
de enfermedades
virales .
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Imaginemos una muestra

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Como se puede entender

En primer lugar, se gene-

tos Cas13, los ARN

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