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2003
Beatríz Eugenia Baca
LA MICROBIOLOGÍA. DE SUS INICIOS A LA GENÓMICA
Elementos: ciencia y cultura, marzo-mayo, año/vol. 10, número 049
Benemérita Universidad Autónoma de Puebla
Puebla, México
pp. 3-11
microbiología
La
De sus inicios a la genómica
Beatriz Eugenia
Baca
HISTORIA
HONGOS
Ashbya gossypii Riboflavina Vitamina. Farmacéutico
Aspergillus terreus Lovastatina Inhibidor enzimático. Farmacéutico
Cephalosporium spp Cefalosporina Antibiótico. Farmacéutico
Eremothecium asbyii Riboflavina B2 Vitamina. Farmacéutico
Penicilium notatum Penicilina Antibiótico. Farmacéutico
Taxomyces andreanae Taxol Anticancerígeno. Farmacéutico
Gibberella fujikuroi Fitorreguladores Agricultura
Aspergillus níger Ácido cítrico Industria alimenticia y farmacéutica
Saccaromyces cerevisiae Etanol Industrial
BACTERIAS
Corynebacterium spp Ácido glutámico Industria alimenticia y farmacéutica
Lactobacillus lactis Cianocobalamina B12 Vitamina. Farmacéutico
Pseudomonas denitrificans Cianocobalamina B12 Vitamina. Farmacéutico
Streptomyces griseus Estreptomicina y Cianocobalamina B12 Antibiótico y Vitamina. Farmacéutico
Serratia marcescens Biotina B6 Vitamina. Farmacéutico
Bacillus thuringiensis Tóxinas Insecticidas. Agricultura
Clostridium acetobutylinicum Solventes acetona , butanol Industrial
genes, de gran tamaño, y puede ser aislado fácilmente. Woese atribuido al fenómeno de sintropismo (la interdependencia de
obtuvo un sistema adecuado para definir la relación evolutiva dos o más microorganismos). Mavin Bryant y Ralph Wolfe, en
de los microorganismos. El análisis de la secuencia proporcio- 1960, describieron varias especies que transfieren hidrógeno
na la posibilidad de cuantificar las distancias genéticas entre y cada una se localiza en una cadena, de tal manera que no
los organismos a nivel de nucleótidos y provee un medio para es posible aislarlas independientemente sino en forma de con-
la identificación taxonómica de los organismos. Woese espe- sorcio o grupo de microorganismos. La sintropía es probable-
raba que las secuencias de los organismos se ubicaran en mente una característica común en los ecosistemas
dos grupos fundamentales; sin embargo, esto no fue así, en- microbianos. La biología molecular proporciona las vías de
contrándose tres grupos. Para explicar esta aparente discre- estudio de los microorganismos de diversos entornos sin ne-
pancia, propuso que hay tres líneas primarias de evolución cesidad de cultivarlos. Desde 1987, los investigadores han
descendente o dominios, llamados Archaea (Arquibacterias), catalogado al menos 13 nuevas divisiones filogenéticas en
(eu)Bacteria y Eucarya (Eucariotes), en lugar de la clásica el dominio de las bacterias y más de una tercera parte son
división Procariotes y Eucariotes. Estudios posteriores con microorganismos conspicuos y no cultivados. También se
otros genes han confirmado definitivamente esta hipótesis. En han propuesto dos reinos en las arquibacterias: Crenarchaeota
pocos años, el análisis de SSUrRNA de secuencias amplifica- y Euryarchaeota. Además, se propone un tercer candidato,
das por PCR directamente de muestras ambientales, ha cam- Koarchaeota, en donde se agrupan varios filotipos hiperter-
biado nuestra percepción de la bioesfera. Los estudios mófilos (figura 2). Más recientemente estos estudios se han
realizados han indicado que los microorganismos que son aplicado a microorganismos picoeucariotes (de tamaño pe-
cultivados fácilmente, no son representativos de la población queño, 1-2 µm) localizados en el plancton, en diferentes
de un hábitat dado. De hecho, los microorganismos que tien- regiones de los océanos. Varios de los filotipos (secuencia
den a ser más abundantes en un ambiente, típicamente son SSUrRNA ambiental representando un linaje no cultivado) de
recalcitrantes a los esfuerzos de su cultivo. Este fracaso se ha la zona fótica (la región donde la luz solar penetra, máxima
profundidad 200m), se afilian en grupos fotosintéticos de una
8 B E A T R I Z E U G E N I A B a c a amplia diversidad y muchos de esos filotipos (secuencia de
y por tanto limita la fijación de CO2. N. europea es también
capaz de degradar una variedad de compuestos orgánicos
halogenados, incluyendo tricloro etileno, benceno y cloruro
SSUrRNA ambiental representando un linaje no cultivado) apa- de vinilo, por lo que es un microorganismo atractivo para la
recen en regiones geográficas distintas. Estos estudios ini- biorremediación, además de ser un participante importante
ciales sugieren que una amplia diversidad de microorganismos del ciclo biogeoquímico del nitrógeno. Su hábitat es el suelo,
eucariotes serán descubiertos y no sólo en los océanos, sino agua, y paredes de monumentos, especialmente en ciuda-
también en otros ecosistemas. des contaminadas, donde el aire contiene una gran cantidad
de compuestos nitrogenados. El segundo microorganismo
EL INICIO DE LA GENÓMICA MICROBIANA que fue secuenciado por esta agencia fue Prochlorococcus
marinus; se especula que los miembros de este grupo de
En julio de 1995, J. Craig Venter y Hamilton O. Smith, de la cyanobacterias son los más relevantes organismos fotosinté-
compañía Celera Genomics, y Claire M. Fraser del The Institut ticos del planeta, siendo responsables de una importante
for Genomic Research (TIRG), publicaron la primera secuencia fracción de la fotosíntesis (del 30-80%) que se realiza en los
completa del cromosoma de un microorganismo: Haemoph- océanos de climas templados y tropicales. Esto lo hace tener
ilus influenzae cepa Rd. Este hecho marcó un hito en la histo- un papel significativo en el ciclo de carbono global y en el
ria del estudio de los microorganismos. El análisis de la clima del planeta. Otro aspecto interesante es su contenido
secuencia mostró algunas sorpresas. De 1,743 ORF (open de los pigmentos particulares esenciales para el proceso
reading frame, por sus siglas en inglés, o fase abierta de fotosintético, la zeaxantina y la ficoeritrina, que emplea en
lectura, es decir secuencias que son susceptibles de codificar lugar de la clásica clorofila. La descripción del genoma com-
para una proteína), sólo 1,007 pudieron ser asignadas a una pleto de este microorganismo permitirá un gran avance en la
función basándose en la similitud con secuencias de proteí- comprensión de importantes procesos geobioquímicos glo-
nas previamente descritas. El grupo de Fraser continuó con la bales del planeta. Rhodopseudomonas palustris es una bac-
secuencia del genoma de Mycoplasma genitalium, bacteria teria fototrópica capaz de convertir la luz solar en energía
que tiene el genoma más pequeño de las especies bacteria- celular al fijar el CO2 , el N2 y el H2. También degrada y recicla
nas conocidas. Les interesaba conocer el número y calidad de una variedad de compuestos aromáticos. La bioenergía pue-
genes esenciales de la célula. Posteriormente continuaron de ser un medio práctico para obtener una fuente de energía
con el genoma de Methanococcus jannaschii, una extraordi- barata limpia e ilimitada, por medio de la utilización de estos
naria arquibacteria aislada de las costas de México a 2,600 microorganismos.
metros de profundidad, a 200 atmósferas de presión, que Actualmente han sido publicadas 15 secuencias de ar-
crece a 85°C, y es capaz de transformar el CO2 a metano y quibacterias, 59 de bacterias y sólo una de eucariotes. En
generar la energía para su metabolismo. La secuencia arrojó curso, no concluidas: 11 de arquibacterias, 261 de bacterias
los datos siguientes: alrededor del 50% de genes no se rela- y 3 de microorganismos eucariotes. Ejemplos de ellas son
cionan con secuencias previas, sugiriendo que codifican para las secuencias de protozoarios como Entamoeba hystolitica,
mecanismos fisiológicos inexplorados. Ese mismo año la se- Leishmania chagasi, Gardia lamblia, Plasmidium falciparum,
cuencia del genoma de S. cerevisiae, el primer eucariote se Plasmidium vivax, Toxoplasma gondii, de hongos como As-
completó; se encontraron aproximadamente 6,000 genes, y al pergillus fumigatus, Aspergillus nidulans, Candida albicans,
menos 2,000 de función desconocida. Cryptococcus neoformans.
A partir del análisis de estas primeras secuencias, varias La velocidad con que un genoma microbiano es secuen-
agencias internacionales iniciaron programas sistemáticos ciado actualmente es muy grande, gracias a dos metodolo-
de secuenciación de microorganismos. Como una parte de gías que han acelerado notablemente el proceso: el empleo
las iniciativas para explorar la contribución de los microorga- de nucleótidos marcados con reactivos fluorescentes y las
nismos en el secuestro global del carbono, el Instituto JGI poderosas herramientas computacionales utilizadas en la re-
(The Joint Genomic Institute) secuenció el genoma de la solución de la secuencia.
bacteria Nitrosomonas europea. Este organismo tiene un
papel central en la disponibilidad del nitrógeno en las plantas La microbiología. De sus inicios a la genómica 9
POSTGENÓMICA
nir los procesos fundamentales que gobiernan la vida. El matic Institut, The Sanger Center, el Instituto Pasteur, así como
gran reto en el futuro es definir la función de las proteínas universidades europeas. Los microorganismos que deben ser
codificadas por el genoma, incluyendo el gran número de considerados para ser secuenciados son los patógenos para el
nuevas proteínas de función desconocida, y descifrar las humano, los patógenos de interés agrícola, los que son impor-
redes funcionales de los genomas. Integrar los resultados de tantes para la producción de energía o para la remediación de
los esfuerzos de secuenciación con la información existente contaminantes, los que son interesantes por el hábitat que
y con una base de datos bien desarrollada producirá un colonizan o por su peculiar estilo de vida. ¿Cuándo y cómo las
panorama amplio del metabolismo celular y de la función secuencias deben publicarse? Algunas agencias o consorcios
genética. de investigadores proponen que los datos de la secuencia no
sean publicados inmediatamente, con el fin de que aquellos
CONSIDERACIONES ÉTICAS que han generado la información tengan la oportunidad de
analizar los datos y su significado y estar seguros de que éstos
En 1999, la Academia Americana de Microbiología (AAM) convo- son correctos. Al parecer, existe una regla no escrita: los gene-
có a una reunión para analizar el “estado del arte de la genómi- radores de la secuencia pueden utilizarla de una manera exclu-
ca” en la investigación microbiológica y redactar un reporte con siva por al menos una etapa del análisis global. En cuanto a la
algunas observaciones: la informática, es necesario formar recursos humanos entrena-
La organización y la diseminación de la tecnología y los dos en esa área, pero con conocimientos profundos en biolo-
datos es azarosa. Se señala la ausencia de una amplia discu- gía molecular, que desarrollen herramientas poderosas para
ordenar e interpretar los datos obtenidos.
10 B E A T R I Z E U G E N I A B a c a
FIGURA 4. A, Microscopía electrónica de barrido (SEM) de un tallo de caña de azúcar colonizado con Gluconacetobacter diazotrophicus, microorganismo fijador de
nitrógeno. B, SEM de células de G. diazotrophicus mantenidas agrupadas por medio de un material mucilaginoso en el interior de la caña de azúcar. Cortesía de la
doctora Christina Kennedy de la Universidad de Tuczon Arizona.