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Estructura del ADN: revisitando la doble
hélice Watson-Crick
Manju Bansal
Instituto de Bioinformática y Biotecnología Aplicada, ITPL, Bangalore 560 066, India y
Unidad de Biofísica Molecular, Instituto Indio de Ciencia, Bangalore 560 012, India
La postulación de Watson y Crick en 1953, hace
exactamente 50 años, de una estructura helicoidal
doble para el ADN, anunció una revolución en
nuestra comprensión de la biología a nivel molecular.
El hecho de que sugiriera de inmediato un posible
mecanismo de copia del material genético despertó el
máximo interés, pero la estructura en sí misma (a
menudo denominada estructura B-DNA, por
asociación con el patrón de fibra de rayos X
correspondiente) también ha alcanzado casi estado
icónico Durante mucho tiempo se consideró que era
la única estructura biológicamente relevante, a pesar
de que Watson y Crick habían señalado que la
estructura podría sufrir cambios fácilmente,
dependiendo del entorno. Estudios posteriores sobre
polinucleótidos sintéticos, así como secuencias de
ADN que ocurren naturalmente con ciertos patrones
de repetición, han establecido que la molécula de
ADN podría tener un polimorfismo estructural
intrínseco, así como inducido por el medio ambiente.
Algunas de las estructuras muestran solo pequeñas
diferencias, de la estructura canónica, mientras que
algunas son completamente diferentes, incluso en sus
características esenciales, como la mano, el esquema
de emparejamiento de bases o el número de hilos.
Las diversas estructuras de ADN tienen
La estructura helicoidal doble diestra (Figura 1)
propuesta en 1953 por Watson-Crick para la
desoxirribosa nucleica
El ácido (comúnmente conocido como ADN) es la
estructura mejor reconocida para esta molécula
polimérica1. Mientras que Watson-Crick fue sin duda el
primero en proponer un modelo esencialmente correcto
para la estructura del ADN, utilizaron una amplia
variedad de datos disponibles para llegar a este modelo
'canónico' para el ADN, en particular los datos de
composición de bases de nucleótidos de Chargaff (Tabla
1) e información del patrón de difracción de fibra de
rayos X (Figura 2) del ADN en forma de B, según lo
registrado por Rosalind Franklin2. Durante varias
décadas se creía comúnmente que esta forma B es la
única estructura de ADN que tiene relevancia biológica,
a pesar de que los datos de difracción de fibra de
Rosalind Franklin2,3 para las formas A y B (Figura 2)
habían demostrado claramente que la molécula de ADN
podía someterse fácilmente a transiciones estructurales
según el entorno, a saber. variación en la humedad
1556
relativa en este caso. Los estudios de difracción de fibra
en los años sesenta y setenta también revelaron varias
otras formas de estructura de ADN para oligo y
polinucleótidos sintéticos, dependiendo de la secuencia
de bases y el entorno. Estudios bioquímicos y
estructurales posteriores mostraron que las regiones de
ADN genómico, bajo diferentes
*Por correspondencia. (correo electrónico: mbansal@ibab.ac.in ;
mb@mbu.iisc.ernet.in )
se ha caracterizado como A, B, C, etc. y hay una
estructura de ADN asociada con otras 18 letras del
alfabeto inglés. ¡Solo quedan las letras F, Q, U, V e Y
para elegir, para describir cualquier nueva forma de
estructura de ADN que pueda aparecer en el futuro!
Además de estas estructuras, con un 'nombre' de una
letra, hay varias otras descripciones genéricas de la
estructura del ADN y muchas de esas estructuras se
han caracterizado en los últimos años. Es razonable
esperar que los 3 mil millones de pares de bases en el
genoma humano (que conducen a una molécula de 2
m de largo que está empaquetada en un núcleo de
tamaño microscópico) exhibirán una variedad de
formas polimórficas, que también podrían ser
importantes para el empaque biológico. en función
del ADN. También está claro que la estructura de
ADN Watson-Crick ideal y canónica es precisamente
eso: una representación ideal y estética de la
molécula de ADN, que en realidad posee una
propiedad similar a la de un camaleón de adaptarse a
su entorno y función girando, girando y extensión.
Algunas de estas estructuras se discuten aquí como
también las lagunas en nuestra comprensión actual
de la dinámica de la estructura del ADN.
condiciones fisiológicas, pueden asumir diferentes
estructuras, particularmente cuando ocurren algunos
motivos de secuencia bien definidos o repeticiones.
Probablemente fue la caracterización de repeticiones de
secuencias como 'ADN basura' por Francis Crick4 lo
que frenó el estudio de tales secuencias hasta hace poco.
El rasgo más característico de la estructura de Watson y
Crick para el ADN (que se muestra esquemáticamente
en la Figura 1 a) es la presencia de dos cadenas de
polinucleótidos que se enrollan alrededor de un eje
común y se unen mediante un esquema de enlace de
hidrógeno específico1 entre las bases de purina y
CIENCIA ACTUAL, VOL. 85, NO. 11 y 10 de diciembre de 2003
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pirimidina ( Figura 1 b), a saber. adenina (A) con timina
(T) y guanina (G) con citosina (C). Esta formación
específica de pares de bases (a menudo denominada
emparejamiento de Watson-Crick), representó
fácilmente los datos de composición base de Chargaff
(Tabla 1) y, lo que es más importante, sugirió un posible
mecanismo de copia para el material genético. El hecho
de que esta estructura pudiera explicar cómo la molécula
de ADN podría codificar y transmitir la información
genética, despertó un considerable interés entre los
biólogos estructurales. Sin embargo, como señaló
recientemente Olby5, fue solo después de que se hizo
evidente el papel del ADN en la síntesis de proteínas,
que los bioquímicos comenzaron a interesarse
seriamente en la estructura. Una vez aceptada, la
estructura en sí (a menudo denominada estructura de
ADN B, por asociación con el patrón de fibra de rayos X
correspondiente) se ha convertido en uno de los
símbolos o íconos más reconocidos de la ciencia del
siglo XX. Sin embargo, como señaló recientemente
Olby5, fue solo después de que se hizo evidente el papel
del ADN en la síntesis de proteínas, que los bioquímicos
comenzaron a interesarse seriamente en la estructura.
Una vez aceptada, la estructura en sí (a menudo
denominada estructura de ADN B, por asociación con el
patrón de fibra de rayos X correspondiente) se ha
convertido en uno de los símbolos o íconos más
reconocidos de la ciencia del siglo XX. Sin embargo,
como señaló recientemente Olby5, fue solo después de
que se hizo evidente el papel del ADN en la síntesis de
proteínas, que los bioquímicos comenzaron a interesarse
seriamente en la estructura. Una vez aceptada, la
estructura en sí (a menudo denominada estructura de
ADN B, por asociación con el patrón de fibra de rayos X
correspondiente) se ha convertido en uno de los
símbolos o íconos más reconocidos de la ciencia del
siglo XX.
y el jubileo de oro de su descubrimiento se celebra en
todo el mundo.
La molécula de ADN es esencialmente un
polinucleótido o una cadena de polímero formada por
grupos diéster de fosfato que unen azúcares bD-
desoxirribosa a través de sus grupos hidroxilo 3 'y 5'
(Figura 3). La columna vertebral de la molécula de ADN
consiste, por lo tanto, en seis enlaces simples sobre los

u s
n i
a

Figura 1.a, Un diagrama esquemático de la doble hélice de Watson-Crick Los pares de bases están representados por barras
horizontales y la columna vertebral de fosfato de azúcar de las dos cadenas, relacionadas por un eje de rotación doble
perpendicular a la hélice,
CIENCIA ACTUAL, están
VOL. representadas
85, NO. 11 y 10 depor cintas que
diciembre corren en sentido opuesto direcciones. Los extremos 5 'y 3' están
de 2003 1557
etiquetados para el filamento ascendente. También se han indicado el eje de la hélice, así como el paso, el diámetro y las ranuras
mayor y menor de la doble hélice. b, los pares de bases G: C y A: T con Watson-Crick y A: T con el esquema de enlace de
hidrógeno Hoogsteen se muestran como diagramas lineales. Los átomos de base están numerados de acuerdo con la
nomenclatura estándar y los enlaces de hidrógeno entre ellos están representados por líneas discontinuas. La distancia C1′ – C1 ′
y los ángulos ∠ C1′ – C1′-N1 / N9 también se indican en cada caso. La cara del surco menor y mayor del par de bases se indica
en el caso del par de bases Watson-Crick A: T. (Reproducido con permiso de copyright de IUCr, de papel de Ghosh y
Bansal17).
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cuales pueden tener lugar rotaciones (también indicado las estructuras moleculares correspondientes a estas dos
en la Figura 3), dando lugar a varias conformaciones / formas son esencialmente similares en su mano,
estructuras posibles para la cadena polimérica. Como se orientación de cadena y esquema de enlace de
mencionó anteriormente, el modelo canónico de ADN hidrógeno. Posteriormente, ha quedado claro que la
Watson-Crick es una estructura helicoidal de dos molécula de ADN tiene una enorme capacidad para
cadenas, en la que las dos cadenas se mantienen unidas sufrir cambios estructurales dependiendo de su entorno
por enlaces de hidrógeno entre las bases de purina (A, al girar, girar y estirar, lo que lleva a un panteón de
G) y pirimidina (T, C). Hay 10 nucleótidos por vuelta, estructuras de ADN6. Varios de estos polimorfos
separados por + 36 ° de rotación y 3.4 Å de traducción a estructurales de ADN ahora se han caracterizado
lo largo del eje de la hélice, en cada una de las dos experimentalmente mediante difracción de rayos X,
cadenas y las dos cadenas están alineadas RMN u otros estudios espectroscópicos y se encuentra
Tabla 1. Una muestra representativa de los datos de 1952 de Erwin que varían considerablemente de la estructura de tipo
Chargaff, que enumera la composición base del ADN de varios
organismos. Watson-Crick. Algunas de las estructuras, tales como las
Una característica interesante de estos datos fue que la cantidad formas de ADN A, B ', C y D, difieren solo ligeramente
de adenina es casi igual a la de timina y la cantidad de guanina
es casi igual a la de la citosina. Esta característica, que se
en sus geometrías locales, de la estructura dúplex de
conoce como la regla de Chargaff, fue crucial para Watson y pares de bases Watson-Crick. Otras estructuras son
Crick llega a su modelo de doble hélice para ADN y se completamente diferentes, incluso en sus características
encuentra que es casi cierto en la mayoría de los casos.
Ninguna esenciales, como la mano, el esquema de
desviación significativa de esta regla (como en f X174 a emparejamiento de bases o el número de hilos. Este
continuación) amplio rango de variabilidad estructural es posible
implica que el ADN es monocatenario
debido a la flexibilidad conformacional inherente del
esqueleto polinucleotídico 6-8, que surge debido a las
% Molar de bases Ratios rotaciones sobre los diversos enlaces simples (Figura 3).
Además, además de los tres pares de bases GC unidas
por hidrógeno y dos pares de bases AT unidas por
% GC hidrógeno, según lo propuesto por Watson y Crick
Fuente UNA sol C T A G/C (Figura 1 b), existen otras 27 posibilidades distintas de
formar al menos dos enlaces de hidrógeno entre
F X174 24,0 23,3 21,5 31,2 0,77 1.08 44, cualquier par de bases7.
8 Una de las formas de ADN no B mejor caracterizadas es
Maíz 26,8 22,8 23,2 27,2 0,99 0,98 46,
la forma A, que corresponde al patrón de rayos X3
1
Pulpo 33,2 17,6 17,6 31,6 1.05 1.00 35, registrado para las fibras de la sal de sodio del ADN del
2 timo de ternera en condiciones de baja humedad relativa
Pollo 28,0 22,0 21,6 28,4 0,99 1.02 43, (se muestra a la izquierda en la Figura 2) La estructura
7 que da lugar a este patrón3,10 también es una doble
Rata 28,6 21,4 20,5 28,4 1.01 1.00 42,
9 hélice derecha, con 11 residuos por giro y una traslación
Human 29,3 20,7 20,0 30,0 0,98 1.04 40, de 2,56 Å a lo largo del eje de la hélice. Los pares de
o 7 bases unidas por hidrógeno de Watson-Crick en esta
estructura están considerablemente desplazados del eje
de la hélice, además de estar inclinados hacia él, tanto en
fibras de polinucleótidos10 como en cristales de
oligonucleótidos11 (Figura 4). La forma B, por otro
lado, se observa para las fibras de ADN, en condiciones
en orientaciones mutuamente antiparalelas (Figuras 1 a y de alta humedad relativa2,12 y generalmente se
4). En 1953, Rosalind Franklin había demostrado a caracteriza en fibras y cristales individuales, en
partir de estudios de difracción de fibra2,3 que el ADN aproximadamente 10 residuos por vuelta, como en el
se puede convertir entre dos formas bien definidas, a estándar
saber. A y B (Figura 2). Posteriormente se demostró que

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Figura 2. Una imagen compuesta que muestra los patrones de
difracción de fibra de rayos X para la forma A (mitad izquierda) y la
forma B (mitad derecha) de ADN (tomado de www.mpinf-
heidelberg.mpg.de).
Modelo de Watson-Crick descrito anteriormente. En
esta estructura, los pares de bases se traducen en
aproximadamente 3,4 Å y se ubican casi a horcajadas
sobre el eje de la hélice y son normales12,13 como se
ve en la Figura 4. Otras dos formas de hélices de doble
cadena con giro a la derecha, pero con un poco diferente
Los parámetros estructurales son las estructuras de
ADN C y D. Cform se observó por primera vez para la
sal de litio de ADN de calfthymus y tiene
aproximadamente 9.3 residuos por vuelta de hélice14,
mientras que D-DNA tiene 8 residuos en una vuelta y se
observa para sales de sodio de poli [d (AT)]. Poli [d
( AT)] así como secuencias de poli [d (AAT)]. Poli [d
(AAT)] 15. Las cuatro formas (AD) son estables dentro
de un rango de condiciones iónicas y de humedad.
También es interesante
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Figura 3.Un dibujo esquemático que muestra la unidad repetitiva de
una cadena de polinucleótidos y la nomenclatura de los seis ángulos
de torsión de la columna vertebral: abgde x. También se indica la
dirección de 5 'a 3' de la progresión de la cadena. Las bases de purina
y pirimidina están unidas al átomo C1 'del anillo de azúcar furanosa
en cada nucleótido.
tenga en cuenta que una secuencia aleatoria de ADN, en
solución, tiene una repetición helicoidal intermedia
entre las formas A y B, a saber. ∼ 10.5 unidades por
turno 16. Además, la mayoría de los estudios de
cristales individuales de moléculas de ADN B, con una
variedad de secuencias de bases, muestran una
variabilidad dependiente de la secuencia a lo largo de su
longitud, lo que lleva a que la molécula general se doble
o se doble ligeramente. Un análisis detallado de todos
los datos estructurales de ácido nucleico /
oligonucleótido disponibles también sugiere que, los
pasos de dinucleótidos de tipo A, B o C pueden ocurrir
en ubicaciones contiguas en una sola molécula,
dependiendo de la secuencia de bases.
Ahora se ha establecido que hay alrededor de 3 mil
millones de pares de bases en el genoma humano, lo que
conduce a un hilo de ADN de 2 m de largo, que se
compacta por un factor de aproximadamente 10-6
cuando se incrusta en un núcleo de células humanas. La
molécula de ADN helicoidal doble libre, o incluso el
cromosoma en forma de X, se ven solo por períodos
cortos durante todo el ciclo celular. Por lo tanto, está
claro que la flexibilidad inherente, así como los cambios
estructurales inducidos por las proteínas de la molécula
de ADN, deben desempeñar un papel importante para
permitir que el ADN se empaquete y también realice sus
diversas funciones. Aquí se describen algunas de las
variantes bastante inusuales e interesantes de la
estructura del ADN, que se han discutido en la
literatura, mientras que una lista completa o glosario de
las estructuras de ADN actualmente conocidas se ha
publicado recientemente en otro lugar17.
Es interesante que las primeras estructuras cristalinas de
dinucleótidos con azúcares de ribosa, a saber. ApU y
GpC mostraron que estas moléculas forman mini hélices
dobles con pares de bases de tipo Watson-Crick18,19.
1559

Sin embargo, algunos de los principios fundamentales
de la estructura de Watson-Crick, a saber. La naturaleza
uniforme y la diestra de la doble hélice de ADN fueron
derrocadas cuando se informaron las primeras
estructuras cristalinas de desoxi-oligonucleótidos a fines
de los años setenta. Una de las primeras estructuras de
oligonucleótidos reportadas fue el tetra-nucleótido d
(pApTpApT), que mostró una estructura no uniforme,
con el fragmento central d (TpA) sin apilar y tomando
una conformación no helicoidal20. La siguiente doble
hélice de ADN de pares de bases informada del análisis
de difracción de rayos X de un solo cristal de d
(CGCGCG), También difería de la estructura de
Watson-Crick en varias características importantes, en
particular la manejabilidad de la hélice21.
Posteriormente denominado ADN en forma de Z, para
describir el camino característico en zigzag trazado por
la columna vertebral, es una estructura dúplex zurda con
una unidad de repetición de dinucleótidos (Figura 4).
Generalmente limitado a secuencias alternantes de
purina (G) y pirimidina (C), tiene seis dinucleótidos por
turno y exhibe el esqueleto característico en zigzag
debido a conformaciones claramente diferentes para los
dos residuos en la repetición del dinucleótido21,22.
También se informan regularmente nuevas estructuras
con pares de bases no Watson-Crick, que consisten en
purina-pirimidina y otras combinaciones de bases de
desajuste. Si bien esto fue un hecho aceptado para
estructuras triples o cuádruples de múltiples cadenas y
pares de bases aisladas en dúplex, recientemente se
informó un hexámero con la secuencia d (ATATAT) 23
en el que los seis pares de bases AT en el dúplex
muestran el esquema de enlace de hidrógeno Hoogsteen
(Figura 1 b). Esto indica que los pares de bases que no
son de Watson-Crick pueden formarse fácilmente y son
bastante estables, excepto quizás por el par de bases
GC, que es único en el sentido de que está estabilizado
por tres enlaces de hidrógeno en la disposición estándar
de Watson-Crick. La aparición de pares de bases no
Watson-Crick introduce alguna irregularidad en la
estructura helicoidal doble,
Como se mencionó anteriormente, se informaron varias
estructuras modelo a partir de estudios de difracción de
fibra, que solo podrían describirse mediante arreglos
helicoidales con más de dos cadenas, dando lugar a
estructuras triples y tetraplex o cuádruplex. Se demostró
que una doble hélice de ADN de poli d (A) .poly d (T)
acomodaba una tercera cadena, de poli d (T) en su surco
principal y se estabilizaba mediante la formación de
enlaces de hidrógeno con la purina (o A) capítulo 24.
Este tipo de estructura propuesta por primera vez a
partir de estudios de difracción de rayos X de fibras de
polinucleótidos formadas con una relación
1560
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estequiométrica de 1: 2 de cadenas de poli (purina) y
poli (pirimidina), posteriormente se ha demostrado a
partir de estudios de RMN, que también se forman para
otros tipos de secuencias25,26 que contienen tramos de
purinas o pirimidinas, siendo el tercer filamento
pirimidina o rico en purinas (Figura 5). De manera
similar, se puede formar una estructura helicoidal triple
intramolecular en condiciones de pH bajo, mediante
secuencias de ADN que contienen largos tramos de poli
(purina) .poli (pirimidina) y se cree que desempeña un
papel en el control transcripcional de la expresión
génica27. En esta estructura, denominada H-DNA, la
cadena rica en pirimidina se disocia en parte de su
cadena complementaria y se pliega sobre sí misma, para
ubicarse en el surco principal del dúplex Watson-Crick
y los enlaces de hidrógeno a la cadena rica en purina.
Una familia de estructuras de ADN cuádruplex de
cuatro cadenas, con enlaces de hidrógeno tipo
Hoogsteen entre cuatro guaninas que forman tétradas G
estables, también se ha caracterizado por una variedad
de secuencias de ADN ricas en G que están presentes en
el ADN natural, particularmente en regiones teloméricas
de cromosomas28,29. Estas estructuras se pueden
formar con una disposición paralela de cuatro cadenas,
como se observa para poli (G) y algunos
oligonucleótidos que contienen el tracto G30, así como
mediante cadenas de oligonucleótidos plegadas (Figura
6) con secuencias que tienen series de G con A / T
interrupciones31,32. Otra estructura de ADN de cuatro
hilos inusual resulta de la inter digitación de dos dúplex
de oligo (C) de cadena paralela, estabilizados por
emparejamiento de bases C-C + semiprotonadas,
dispuestos en una orientación antiparalela y se ha
denominado I-DNA33,34. Estas son solo algunas de las
estructuras de ADN bien estudiadas, pero también se ha
informado de una gran variedad de otras estructuras
durante los últimos 50 años. Una encuesta de todas las
estructuras de ADN reportadas17 caracterizadas por
varios experimentos fisicoquímicos o bioquímicos es
realmente reveladora. Siguiendo la nomenclatura
adoptada por los trabajadores originales de difracción de
fibra, de asignar las letras A, B, C,
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U si Z
N
A

Figura 4.Aquí se muestran estructuras cristalinas representativas para ADN A, B y Z (las coordenadas
corresponden a las estructuras descritas en las referencias 11, 13 y 22, respectivamente). Los nucleótidos
están codificados por colores (citosina en naranja, guanina en cian, timina en verde y adenina en amarillo)
y una cinta se superpone en la columna vertebral, conectando los átomos de fósforo. A y B-DNA son
estructuras de doble hélice casi uniformes y diestras, mientras que Z-DNA es una doble hélice zurda con
una repetición de dinucleótidos y la columna vertebral sigue un camino en zig-zag.
Por lo tanto, se ve que la estructura helicoidal del
ADN es altamente adaptable y puede asumir diversas
etc. para identificar las diversas formas polimórficas formas. Lo que ha sido capturado por la difracción de
de ADN, ha habido una tendencia a caracterizar cada rayos X, así como otros estudios estructurales y
estructura mediante un código de una letra y descritos anteriormente, son esencialmente
actualmente hay estructuras de ADN asociadas con 21 instantáneas de estructuras de ADN estáticas. Sin
de las 26 letras del alfabeto inglés. Solo las letras F, Q, embargo, no proporcionan ninguna idea de cómo las
U, V e Y no se han utilizado y todavía están diversas estructuras se interconvierten entre las
disponibles para describir cualquier nueva forma de diversas formas, para realizar las diversas funciones.
estructura de ADN que pueda aparecer en el futuro. Además, el ADN en los sistemas eucariotas está
También hay varias otras descripciones genéricas de envuelto.
ADN. Por ejemplo: el ADN de la Forma V se usa para
describir el ADN superenrollado, que puede contener
regiones de ADN diestro y zurdo como en el plásmido
pBR32235. Durante la recombinación genética, una de
las cadenas de cada una de las dos moléculas de ADN
dúplex se intercambian, para formar una estructura de
unión de cuatro vías, conocida como unión de
Holliday36. Su aparición ha sido confirmada
recientemente por el análisis de la estructura cristalina
de un complejo proteína-ADN37, así como en un
oligonucleótido libre (que se muestra en la Figura 7)
con una secuencia de repetición invertida38 d
(CCGGTACCGG). Es interesante notar que algunas
secuencias decamer relacionadas,
por ejemplo, d (CCGGCGCCGG) muestra una
estructura dúplex normal, con dos moléculas vecinas Figura 5.Se muestra una estructura modelo para una triple hélice de
empaquetadas en una disposición X, pero no se ADN con tripletes CGG25 (a la izquierda), junto con una estructura
produce intercambio de cadenas39, lo que indica la de triple hélice informada por RMN (a la derecha), que contiene una
naturaleza específica de la secuencia de esta estructura. mezcla de tripletes TAT y CGG26. El dúplex Watson-Crick se

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muestra en cian, mientras que el tercer hilo se muestra en amarillo,
con cintas que trazan la columna vertebral.
alrededor de un núcleo de proteína histona para formar
una estructura en forma de perla llamada nucleosoma.
Recientemente se ha resuelto una estructura cristalina de
este complejo, pero la organización de orden superior de
una cadena de nucleosomas, que finalmente conduce al
cromosoma en forma de X, aún no está firmemente
establecida. Al igual que la representación icónica de la
molécula de ADN como una doble hélice uniforme,
ahora es bastante común explicar procesos biológicos
complejos, como la transcripción, la replicación y la
recombinación, a través de dibujos simples. Sin
embargo, como señaló recientemente Alberts40,
muchos más
Figura 6Una estructura G-quadruplex, formada por una asociación de dos horquillas31 (a la izquierda) y
un G-quadruplex paralelo con bucles TTA32 (a la derecha). En ambas estructuras, se muestran las tétradas
de guanina
en cian, con los bucles mostrados en amarillo.
Se requieren estructuras tridimensionales, nueva
información biofísica (en forma de constantes de
velocidad para cada reacción e interacción) y
experimentación genética para comprender
completamente la termodinámica de estos procesos.
Uno de los principales problemas no resueltos en
biología molecular estructural ha sido explicar las
fuerzas detrás del desenrollado / desenrollado de los
dúplex de ADN largos durante la replicación. Se ha
identificado una gran cantidad de enzimas (como
topoisomerasas, helicasas, etc.), que parecen facilitar
todo, desde la eliminación del ADN del núcleo de
histona, hasta su desenrollado, descompresión y la
replicación o transcripción real. Está claro que tales
enzimas deben generar una fuerza considerable para
descomprimir las dos cadenas parentales en el dúplex.
Recientemente, algunos experimentos novedosos,
1562
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realizados mediante la manipulación de moléculas
individuales de ADN, han proporcionado nuevas ideas
sobre cómo se puede lograr esto a través de fuerzas y
pares externos. Cuando una molécula de ADN se
somete a una tensión> 60 pN, se somete a una
transición reversible a una forma extendida que es
aproximadamente un 70% más larga que el ADN B y
tiene un valor de giro mucho más bajo. No está claro si
este ADN sobrecargado es simplemente un dúplex
extendido emparejado de Watson-Crick41 o dos
cadenas independientes42 en las que las bases de las
dos cadenas pueden estar parcialmente intercaladas.
Estas estructuras también parecen capaces de tomar
una estructura helicoidal de adentro hacia afuera6,43,
con cadenas de azúcar-fosfato que se enrollan entre sí
para formar un núcleo compacto y las bases expuestas
en
el
exterior. Este tipo de estructura es similar al modelo
original para el ADN, propuesto en 1953 por Linus
Pauling44 (por lo tanto, denominado P-DNA) y
posteriormente abandonado a favor del modelo
Watson-Crick. Estos estudios de molécula única
parecen indicar que la transcripción y replicación del
ADN puede implicar una fuerza de tracción o
estiramiento que podría facilitar el desenrollado y
hacer que las bases sean accesibles para que tenga
lugar una mayor interacción.
También se han propuesto estructuras de doble hebra,
en las que las dos hebras no están enrolladas / retorcidas
alrededor de cada una.
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Figura 7Una estructura de unión de Holliday para un decamador38
con la secuencia de repetición invertida d (CCGGTACCGG) con un
dúplex en cian y el otro en amarillo. El intercambio de cadenas entre
los dos dúplex se produce en el paso AC, con muy poca interrupción
de los pares de bases.
otros, pero contienen fragmentos helicoidales con
alternancia de diestros y zurdos (conocidos como
modelos de lado a lado o S – B – S) que facilitan
potencialmente el desenrollamiento de la doble hélice
durante la replicación del ADN45–47. Dichos modelos
aún no han sido confirmados por estudios estructurales
independientes, pero aún atraen la atención de muchos
biólogos teóricos48,49 y pueden explicar fácilmente
algunos de los fenómenos observados que involucran el
dúplex circular, así como el ADN lineal largo sin
invocar la idea del enlace topológico entre Cadenas de
ADN, como es el caso con la estructura canónica de tipo
Watson-Crick.
Por lo tanto, después de medio siglo de investigación
sobre el ADN, puede parecer que todo sobre su
estructura es conocido. Esto es solo parcialmente cierto,
ya que solo las características esenciales de varias
formas de la estructura y las propiedades mecánicas de
la molécula han sido bien caracterizadas. Sin embargo,
los cambios dinámicos requeridos para la molécula de
ADN, que en la célula generalmente está presente en
forma de una entidad estrechamente empaquetada,
estrechamente asociada con varias proteínas, para
desentrañar, desenrollar y realizar sus diversas
funciones, no están claros. La interacción del ADN con
otros componentes celulares y la aclaración de varias
estructuras de estado de transición pueden revelar
nuevas características sobre la estructura del ADN en sí.
La capacidad de las moléculas de ADN para asumir
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diversas formas ya se está utilizando para construir
nanomáquinas y dirigir el ensamblaje de materiales
estructurados altamente complejos50. El ADN también
se está considerando como un medio para procesar
información compleja, a saber. servir como herramienta
en computación50. En el futuro, las nuevas revelaciones
sobre las propiedades de esta molécula versátil, así
como los usos novedosos de esta, pueden venir de
experimentos no biológicos.
1. Watson, JD y Crick, FHC, Estructura molecular para ácidos
nucleicos: una estructura para el ácido nucleico desoxirribosa.
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AGRADECIMIENTOS. Este trabajo fue apoyado por la asistencia
financiera de CSIR, Nueva Delhi. Doy las gracias al señor
Paramsivam por la preparación de las cifras.
Recibido el 13 de octubre de 2003; aceptado el 14 de octubre de 2003
CIENCIA ACTUAL, VOL. 85, NO. 11 y 10 de diciembre de 2003