Diseño de circuitos digitales de ADN.
La lógica digital se enseña globalmente en casi todas las escuelas de ingeniería. El tema consiste en
conocimiento elemental de álgebra booleana, puertas lógicas simples y diseño de una computadora
elemental. Con la ayuda de AND, OR y NOT, podemos hacer cualquier circuito digital. Recientemente ha
aumentado el interés en la creación de puertas lógicas de ácido desoxirribonucleico (ADN) debido a las
próximas aplicaciones en el campo de la medicina.
Este artículo explica ideas elementales sobre compuertas AND, OR y NOT basadas en el desplazamiento de
la cadena de ADN.
Una vez que se hacen estas puertas, se abre el camino para desarrollar cualquier circuito digital de ADN. Las
puertas de ADN se pueden usar tanto para circuitos lógicos de ADN como para computadoras de ADN. En
este artículo, proporcionamos los fundamentos de los circuitos de ADN con posibles aplicaciones.
Estructura del ADN
El ADN es el portador de información genética en los organismos vivos, los bloques de construcción básicos
de ADN se llaman nucleótidos. Un nucleótido consiste en un grupo de azúcar, un grupo fosfato y una base
nitrogenada. Hay cuatro tipos de bases nitrogenadas disponibles en un ADN: adenina (A), timina (T), guanina
(G) y citosina (C). El orden en el que estas bases nitrogenadas están dispuestas en el ADN codifica la
información. El grupo fosfato de un nucleótido está unido al grupo de azúcar del otro nucleótido para
formar un enlace covalente entre ellos. Estos enlaces covalentes crean una secuencia de nucleótidos, o un
ADN monocatenario (ADNss). Existe un enlace de hidrógeno entre adenina y timina (A–T) y entre guanina y
citosina (G–C). Por lo tanto, se dice que estas bases tienen emparejamiento complementario, que se llama
Emparejamiento de base Watson-Crick.
El ADNss tiene una dirección basada en la orientación de extremo a extremo de la cadena. El anillo de
azúcar consta de cinco átomos de carbono, que están numerados del 1 al 5. El extremo 3 'contiene el grupo
hidroxilo del tercer carbono en el anillo de azúcar, y un grupo fosfato está unido al extremo 5'. Cuando dos
ssDNA antiparalelos se unen mediante enlaces de hidrógeno, se forma un ADN bicatenario (dsDNA). La
estructura química de dicho ADNds se muestra en la figura 1.
FIGURA 1: La estructura
química del ADN, que está
compuesta de nucleótidos.
Cada nucleótido consta de un
grupo de azúcar, un grupo
fosfato y una base nitrogenada.
Las bases nitrogenadas son
adenina, timina, guanina y
citosina. Cada uno de estos
grupos se muestra en colores
distintos en la figura. Hay un
enlace de hidrógeno entre
adenina y timina y entre
guanina y citosina.
El ADN como dispositivo informático
La idea de utilizar el ADN como dispositivo informático ha atraído a muchos investigadores, ya que el ADN
puede almacenar datos en sus cadenas. Sabemos que la información almacenada en el genoma humano es
enorme. Con el desarrollo de herramientas de síntesis modernas, podría ser posible hacer cadenas de ADN
con los pares de bases deseados. El ADN tiene la mayor densidad de datos en comparación con todas las
demás técnicas de almacenamiento disponibles en el mercado.
En un artículo reciente en Ciencias, los investigadores afirmaron que podría ser posible almacenar todos los
datos del mundo en una habitación utilizando ADN para el almacenamiento digital. El costo de escribir y leer
desde una cadena de ADN es alto; sin embargo, está disminuyendo a una tasa más rápido, según lo dado
por la curva de Carlson. La curva de Carlson es el equivalente biotecnológico de la ley de Moore, en la cual la
reducción en los costos de secuenciación y síntesis se da en función del tiempo (Fig. 2).
FIGURA 2: El precio por base de la secuenciación y
síntesis de ADN (Carlson, 2016). El gráfico de
Carlson se considera el equivalente de la ley de
Moore en biotecnología. La curva de Carlson
muestra la relación entre la tasa de secuenciación
de ADN o el costo por secuencia de base en función
del tiempo.
Las cadenas de ADN también se pueden diseñar para realizar diferentes operaciones lógicas, que son los
bloques de construcción básicos para cualquier dispositivo informático (Fig. 3).
Aunque estas puertas lógicas básicas se pueden conectar en cascada para realizar operaciones matemáticas
y lógicas complejas, las operaciones son muy lentas en comparación con las computadoras convencionales.
La conocida termodinámica y previsibilidad de las formaciones de la estructura la hacen adecuada para
diseñar nanoestructuras para muchas aplicaciones médicas. Al integrar las propiedades estructurales y
funcionales del ADN, podría ser posible construir dispositivos autónomos utilizando solo ADN.
Los circuitos de ADN son adecuados para aplicaciones médicas, como el diagnóstico de enfermedades, y
para implementar unidades de procesamiento de señales para futuros dispositivos biológicos autónomos
que puedan funcionar dentro de las células vivas. Dichos dispositivos serán inherentemente biocompatibles
y, como resultado, se pueden usar para aplicaciones médicas donde los dispositivos convencionales son
limitados. Otras características de los dispositivos biológicos basados en ADN son la capacidad de
programación, el tamaño pequeño, el peso ligero y la gran densidad de datos. El extenso paralelismo que
existe con la computación de ADN se puede utilizar para acelerar computacionalmente problemas difíciles.
FIG. 3 Los símbolos lógicos y las tablas de verdad para diferentes
puertas lógicas. Hay tres puertas lógicas digitales básicas. (a) La
compuerta AND dará un resultado lógicamente alto cuando ambas
entradas sean altas. (b) La puerta lógica OR dará una salida lógica alta
cuando cualquiera de las entradas o ambas entradas sea alto. (c) La
puerta lógica del inversor (también llamada NO puerta) producirá una
salida alta cuando la entrada es baja.
El extenso paralelismo que existe con la computación de ADN se puede utilizar para acelerar
problemas computacionalmente difíciles.
Operación de desplazamiento de cadena de ADN (DSD)
La operación del punto de apoyo intermedio de desplazamiento de cadenas de ADN es el mecanismo básico
asociado con los circuitos de ADN libres de enzimas. Un punto de apoyo es un pequeño dominio de ADN,
normalmente de tres a seis pares de bases de longitud. Las diferentes etapas de una operación del punto de
apoyo intermedio de desplazamiento de cadenas se muestran en la Fig. 4. Cada número en la figura
representa un dominio en la cadena. El número con un símbolo de asterisco (*) representa el complemento
de ese dominio. Las letras se usan para representar las diferentes cadenas. La cadena (a) es una cadena
doble parcial con un punto de apoyo 2*. Como la cadena (b) tiene dominio 2, el cual es complemento de 2*,
reaccionará con la cadena (a). Una vez que el punto de apoyo este unido a la cadena (a), se desplazara
mucho más la cadena (b) de la cadena (a). La cadena intermedia se muestra como cadena (c) en la Fig. 4. Los
productos finales serán cadenas (d) y (e). La velocidad de la operación DSD depende de la longitud del
dominio del punto de apoyo, la naturaleza de los pares de bases utilizados en la cadena, y concentración de
las cadenas. Todos los circuitos de ADN utilizan esta reacción DSD para su operación.
FIG4 La operación del punto de
apoyo intermedio DSD. El punto
de apoyo (2*) de la cadena de
ADNds parcialmente (a)
reacciona con su complemento
(2) en la cadena de ADNss (b)
para producir la cadena (c). La
reacción continúa, desplazando
la cadena (e) de la cadena (c) y
produciendo la cadena (d).
Con los recientes desarrollos en la investigación de los trastornos genéticos, sabemos que la mayoría de
las enfermedades en los organismos vivos están relacionadas de alguna manera con la expresión "gen".
Puertas lógicas digitales que usan ADN
Las puertas lógicas son los componentes básicos de cualquier circuito digital. Las señales utilizadas en las
puertas lógicas son verdaderas (lógica alta o uno) o falsas (lógica baja o cero). En los circuitos electrónicos
convencionales, estas señales son representadas por diferentes niveles de voltaje. Por ejemplo, un circuito
de compuerta CMOS que funciona con una fuente de alimentación de 5 V tiene 0–1.5V para entradas lógicas
bajas y 3.5–5V para entradas aceptables de lógica alta. Las puertas lógicas básicas son AND, OR, XOR, NOT,
NAND, NOR y XNOR. De estos, NAND y NOR se consideran puertas universales; es decir, usando cualquiera
de ellos, podemos hacer cualquier circuito complejo.
Hay dos tipos de arquitecturas para puertas lógicas de ADN: diseños localizados en una superficie de origami
de ADN y diseño basado en difusión.
En la arquitectura basada en difusión, las cadenas de ADN se mezclan en un tubo de ensayo, y la
concentración de las cadenas se considera la señal en tales arquitecturas. Las condiciones de lógica alta y
lógica baja se asignan en función de un valor umbral. Si la concentración de una cadena de ADN está por
encima de un umbral específico, entonces la señal se considera lógica alta; de lo contrario, será lógicamente
bajo.
La puerta lógica básica en tal disposición es una compuerta de umbral, que es una combinación de una
puerta integradora y una puerta amplificadora. El valor umbral utilizado en el diseño determina la operación
lógica digital de la puerta umbral. Estas puertas de ADN también se llaman puertas lógicas de balancín.
Dichos circuitos basados en balancines fueron desarrollados por Qian y Winfree (2011).
La operación NOT faltaba en dichos circuitos lógicos de ADN, por lo que se utilizó una arquitectura lógica de
doble riel para abordar este problema. Recientemente, propusimos una nueva puerta NOT que se puede
utilizar con las puertas lógicas de balancín existentes. Los circuitos basados en difusión requieren cadenas
de ADN únicas para cada puerta lógica para su operación, que limita la implementación sin fugas de grandes
circuitos digitales complejos.
En los circuitos de ADN espacialmente localizados, las cadenas de ADN se unieron a una superficie de ADN,
es decir, un origami de ADN. La localización espacial limita el movimiento de las cadenas de ADN, lo que
permite su reutilización en el circuito. En lugar de la concentración de una cadena de ADN, la presencia o
ausencia de una cadena actúa como lógica alta o baja en circuitos localizados espacialmente.
Existen diferentes arquitecturas descritas en la literatura, incluidos los circuitos localizados basados en
horquillas, basados en una red de reacción química (CRN) y los circuitos caminantes-moleculares. Entre
estas arquitecturas, los circuitos basados en horquilla localizados pueden producir AND, OR y operaciones
lógicas mayoritarias. Por otro lado, el CRN en una superficie y circuitos basados en caminantes moleculares
puede implementar operaciones lógicas AND, OR y NOT. Aunque la localización aumenta la velocidad de
operación en comparación con los circuitos basados en difusión, la implementación práctica es un proceso
muy complejo.
Se discute una revisión completa de las puertas lógicas existentes basadas en ADN por George y Singh
(2016) en su reciente publicación en IEEE Transactions on Nanobioscience.
Con los recientes desarrollos en la investigación de los trastornos genéticos, sabemos que la
mayoría de las enfermedades en los organismos vivos están relacionadas de alguna manera con
la expresión genética.
Circuitos análogos usando ADN
Los circuitos de ADN no se limitan a los circuitos digitales; Hay diferentes circuitos analógicos reportados en
la literatura también. Se prefieren los circuitos analógicos a los circuitos digitales en un entorno con recursos
limitados, como dentro de una celda. Los circuitos aritméticos, que pueden realizar operaciones básicas,
como la suma, la resta y la multiplicación, también se describen en la literatura. Otros circuitos analógicos
de ADN importantes son los circuitos amplificadores y temporizadores. En todos estos, se utiliza la
concentración de la cadena de ADN, como en la señal.
La velocidad de los circuitos de ADN normalmente se expresa en segundos, minutos u horas. Estas unidades
pueden parecer enormes en comparación con los circuitos electrónicos convencionales, pero los procesos
biológicos se expresan en segundos, minutos u horas. Por lo tanto, la velocidad de operación de los circuitos
de ADN no es un problema para las aplicaciones biológicas. No son un reemplazo para el CMOS existente u
otros circuitos electrónicos emergentes para aplicaciones informáticas convencionales, pero son candidatos
perfectos para diseñar dispositivos biológicos para aplicaciones médicas. Dado que los circuitos de ADN
tienen un paralelismo considerable, pueden usarse para resolver fácilmente problemas matemáticos más
difíciles en menos tiempo que con los cálculos convencionales.
Aplicaciones para circuitos de ADN
Cualquier dispositivo de control consta de tres componentes básicos. El primero es el sensor, que convierte
la entrada física en una cantidad que puede ser manipulada por el dispositivo informático. El segundo es el
circuito de acondicionamiento de señal asociado con el dispositivo. Finalmente, el actuador realiza una tarea
específica basada en las señales de los circuitos de acondicionamiento de señales. Actualmente, el circuito
de acondicionamiento de señal está formado por circuitos electrónicos. Los materiales que se utilizan en el
diseño de estos circuitos no son biocompatibles y no pueden funcionar en entornos con recursos limitados,
como dentro de una celda. Con los recientes desarrollos en la investigación de los trastornos genéticos,
sabemos que la mayoría de las enfermedades en los organismos vivos están relacionadas de alguna manera
con la expresión génica. Existen técnicas [p. Ej., Repeticiones palindrómicas cortas agrupadas regularmente
espaciadas (CRISPR) / proteína 9 asociada a CRISPR (Cas9)] que pueden editar genes específicos que causan
una enfermedad.
Para automatizar tales máquinas de edición de genes, necesitamos tener un dispositivo que pueda detectar
biomarcadores, tomar decisiones y producir algún tipo de actuación dentro del cuerpo humano, y para
construir tales circuitos, necesitamos un material biocompatible. Los traductores universales de ácido
nucleico pueden usarse como sensores en tales dispositivos y producirán cadenas de ADN que pueden
usarse como entradas para los circuitos de ADN. Del mismo modo, la salida de la cadena de ADN del circuito
de ADN se puede utilizar como un disparador para el dispositivo de accionamiento.
Aunque hay muchos circuitos de ácido nucleico descritos en la literatura, la mayoría se probaron in vitro y
hay muchos desafíos que deben abordarse antes de que puedan usarse in vivo. Sin embargo, hay muchas
aplicaciones posibles para tales circuitos en aplicaciones de diagnóstico; por ejemplo, se pueden usar para
diseñar dispositivos de punto de atención y tiras de diagnóstico.
Preparación de circuitos de ADN en el laboratorio húmedo. “DNA-stranddisplacement (DSD)”
Los circuitos basados en balancines se pueden diseñar en el laboratorio siguiendo los siguientes pasos.
Primero, se crea el modelo abstracto del circuito. Este modelo abstracto se puede convertir al nivel de
cadena de ADN, que se puede hacer manualmente o mediante herramientas en línea, como Seesaw
Compiler. El lenguaje de programación DSD se usa para escribir el código para el circuito, que luego puede
probarse en el software Visual DSD (desarrollado por Microsoft para diseñar y simular dispositivos de
computación hechos de ADN).
Una vez que se completa la simulación, la secuencia de ADN para las cadenas puede modelarse y usarse
para hacer el circuito en el Nucleic Acid Package (NUPACK), un paquete de software disponible en línea para
el análisis y diseño de sistemas de ácido nucleico. La secuencia de ADN generada se puede probar más en
Visual DSD. Después de las simulaciones, la secuencia de ADN puede solicitarse a fabricantes comerciales,
como la Integrated Device Technology (IDT). Al ordenar las cadenas de ADN, solicite al fabricante que
proporcione la purificación requerida: las cadenas normales se pueden pedir con purificación por
electroforesis en gel de poliacrilamida, y las cadenas informadoras se pueden pedir con purificación por
cromatografía líquida de alto rendimiento. Las cadenas informadoras se utilizan para medir la concentración
de la salida como fluorescencia.
El ADN vendrá como un polvo que se puede diluir con agua desmineralizada. Se puede usar un vértice para
diluir completamente el polvo. Las concentraciones de las cadenas se pueden probar midiendo su
absorbancia a 260 nm en un espectrofotómetro. La concentración medida se verifica con la concentración
dada en la hoja de especificaciones provista con el polvo de ADN. El ADN viene como cadenas simples, pero
el circuito puede usar cadenas dobles o cadenas parcialmente dobles.
Antes de probar el circuito, debemos crear los hilos que se usan en el circuito. Para esto, se pueden recocer
diferentes hebras individuales para hacer hebras de la concentración requerida. El recocido se debe realizar
en tampón trisaminometano-acetato-etilendiaminotetraacético que contiene 12.5 mmol/L Mg 2+ (1 × tris-
acetato-EDTA / Mg2+). El recocido se realiza calentando la solución de cadena de ADN a 95°C y enfriándola
lentamente a temperatura ambiente.
Una vez que se crean todas las cadenas asociados con el circuito, el circuito se puede probar en un
espectrofluorómetro. Coloque todas las cadenas requeridas con las concentraciones requeridas en una
cubeta y luego agregue las cadenas de entrada a esta solución. La concentración de salida se mide
normalmente utilizando una cadena informadora, que consiste en un fluoróforo y un interruptor. Cuando la
cadena de entrada se introduce en la cubeta que contiene las cadenas de ADN, producirá una cadena de
salida que reacciona con la cadena informadora para desplazar el fluoróforo. La fluorescencia producida en
la cubeta será proporcional a la concentración de la cadena de salida. La medición dada por el
espectrofluorómetro se normaliza para obtener la gráfica cinética. En la figura 5 se muestra un diagrama
general del proceso del diseño e implementación de un circuito de ADN.
FIG 5: El proceso asociado con el diseño e implementación de circuitos de ADN. (a) En la primera etapa, se genera un conjunto de
reglas, que conecta las entradas con las salidas en función de las especificaciones. (b) En la segunda etapa, se dibuja un circuito
abstracto usando compuertas AND, OR y NOT. (c) El circuito digital se convierte luego al lenguaje de programación DSD y se generan
las cadenas de ADN necesarias para diseñar los circuitos. (d) Estas cadenas se optimizan aún más y se envían a las empresas de
secuenciación de ADN para crear cadenas de ADN sintéticas. (e) Las hebras se utilizan en el laboratorio húmedo para crear el circuito
lógico y se prueban.
Los circuitos basados en balancines usan la concentración de la cadena de ADN como señal, y los
circuitos localizados usan la presencia o ausencia de un dominio como señal.
Computación de ADN
La computación de ADN utiliza hardware de biología molecular, como la concentración de cadenas de ADN,
operaciones enzimáticas, proteínas, etc. La primera implementación de la computación de ADN se realizó en
1994 en el famoso problema del camino hamiltoniano; Otros problemas resueltos con la computación del
ADN son el tiempo polinomial no determinista (también llamado NP-completo) y problemas de 3-
satisfacción (también llamado 3-SAT). Estos circuitos informáticos están diseñados para fines específicos y
utilizan propiedades específicas de las cadenas de ADN. Por otro lado, los circuitos de ADN son los bloques
de construcción básicos para cualquier función aritmética y lógica. Estos circuitos consisten en puertas
lógicas digitales o puertas analógicas; La computación de ADN también puede realizarse mediante tales
puertas lógicas.
Convencionalmente, el término circuito se ha utilizado para indicar cualquier disposición física que pueda
realizar una función específica o un algoritmo. Del mismo modo, un circuito de ADN representa un conjunto
de cadenas de ADN que pueden realizar una función específica. En un circuito de ADN, no estamos
utilizando ningún tipo de voltaje, corriente o potencia; en cambio, la señal es la concentración de la cadena
de ADN o la presencia o ausencia de un dominio en la cadena de ADN, en función de la técnica utilizada. Los
circuitos basados en balancines usan la concentración de la cadena de ADN como señal y circuitos
localizados usa la presencia o ausencia de un dominio como señal.
Conclusión
El diseño del circuito de ADN es un área de investigación interdisciplinaria emergente, y los circuitos de ADN
desempeñarán un papel vital en futuros dispositivos biológicos. Aquí, presentamos los conceptos básicos de
este campo, y esperamos que esto inspire a muchos estudiantes e investigadores a realizar investigaciones
en esta área prometedora.
