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Computacin Basada en ADN

Felipe Ignacio Caas Sabat Pablo Ignacio Seplveda Rojas

Conceptos Bsicos
1. Qu es el ADN? 2. Componentes del ADN 3. Definiciones varias 4. PCR

Qu es el ADN?

D N

cido

esoxirribo

uclico

(2) Qu es el ADN?

Dos funciones principales del ADN: 1.Codificar informacin para el funcionamiento de seres vivos. 2.Replicarse

Componentes del ADN

Bases nitrogenadas:

Adenina
Guanina Timina Citosina

} }

Pricas

Piramdicas

Pares de Watson-Crick

(2) Componentes del ADN

Nucletido:

Azcar (deoxirribosa) Grupo de fosfato Base nitrogenada

Oligonucletidos:
Hebras compuestas por decenas de nucletidos.

Definiciones varias

Orientacin de hebras:
Ya que los tomos de carbono de la deoxirribosa estn numerados, se pueden utilizar para darle una orientacin a los nucletidos. 3' ... A T G C T T A ... 5'

Hebras complementarias:
La doble hlice del ADN se compone de una hebra y su complemento reverso. Esto se d por los pares de Watson-Crick. 5' ... T A C G A A T ... 3' 3' ... A T G C T T A ... 5'

PCR

Reaccin en cadena de polimerasa:


En ingls, Polymerase Chain Reaction Mtodo usado para replicar hebras Replica en rgimen exponencial

Proceso:
1. Agregar la cadena corta a ser copiada para comenzar la reaccin. A sta se le llama cebadora. 2. Calentar para separar las hebras. 3. Aplicar la polimerasa 4. Rinse and repeat

Por qu computacin basada en ADN?


1. Un poco de historia 2. Carcteristicas principales 3. Ventajas

Un poco de historia

'59: Charla de fsico R. Feynman, There's Plenty of Room at the Bottom. En ella menciona computadores submicroscpicos.

'94: Publicacin de L. Adleman, Molecular Computation of Solutions to Combinatorial Problems. En ella describe un procedimiento para solucionar el problema del Camino Hamiltoniano usando ADN junto con otros mecanismos biolgicos.

'01: Publiacin de E. Shapur et al, Programmable and Autonomous Computing Machine Made of Biomolecules. En ella se describe un computador compuesto de ADN y de enzimas para modificarlo. Describe ms de 1012 autmatas en una solucin de slo 120 l, con ms de 109 transiciones con una fidelidad de 99.8%.

Caractersticas principales

Paralelismo masivo:
Dados procedimientos como PCR, es posible replicar casos iniciales (o cualquier estado posterior) para seguir todas las ramificaciones posibles de un problema.

Complementaridad de Watson-Crick:
Permite la creacin de distintos mecanismos biomoleculares, tal como autmatas de Watson-Crick, similares a autmatas finitos, y Sticker Systems, con los cuales se pueden representar distintos tipos de gramticas.

(2) Caractersticas principales

Importante:

La computacin basada en ADN no altera la complejidad computacional de los problemas!


Slo permite probar muchos casos paralelamente

Ventajas

La computacin basada en ADN tiene varias ventajas sobre la computacin electrnica:

Alta densidad de datos almacenados Bajo consumo de energa para cada operacin

Al brindar super-paralelismo, se pueden resolver problemas de complejidad exponencial en tiempo lineal

Ejemplo: Camino Hamiltoniano

Camino Hamiltoniano

(2) Camino Hamiltoniano

Generacin de vrtices:

(3) Camino Hamiltoniano

Generacin de aristas:

(4) Camino Hamiltoniano

Algoritmo:

1. 2. 3. 4. 5.

Generar caminos aleatorios en el grafo. Seleccionar aquellos que partan con v0 y terminen con vf Quedarse solo con aquellos caminos con exactamente N vrtices. Seleccionar los caminos que entran a cada vrtice al menos una vez. Si queda algn camino responder SI, si no responder NO.

http://www.fit.vutbr.cz/~sekanina/ehw/kantor/index.html.cs.iso-8859-2

Aplicaciones en la Criptografa

Rompiendo DES

Problema: Encontrar la clave (de 56 bits) de un cifrado DES Se cuenta con pares de texto plano y su texto cifrado correspondiente Estrategia a utilizar: Bsqueda exhaustiva Estructura molecular: Tubo de ensayo inicial con una biblioteca de (579, 56). Complejos de memoria con subhebras de 20bp de largo (implica hebras de memoria de 11580bp de largo, un largo seguro) Regiones de 56 subhebras en los complejos de mejoria, donde guaridar la clave de 56 bits. Otra region de 64 subhebras para codificar el text cifrado. El resto de las subhebras se usan para guardar resultados intermedios.

Desventajas y limitaciones

Pasos:

1. Construir la biblioteca (579, 56), para representar a las 256 llaves. 2. En cada complejo de memoria, computar el texto cifrado obtenido al cifrar el texto plano usando la llave representada por el complejo de memoria. 3. Seleccionar el complejo de memoria el cual tiene un texto cifrado que coincide con el texto cifrado conocido. Ese complejo contiene la llave.

Desventajas y Limitaciones

Desventajas y limitaciones

Las transiciones (operaciones) son muy lentas.

Ejemplo: DES (6719 pasos):


Cada operacin tomara 1 da demorara 18 aos Cada operacin tomara 1 hora demorara 9 meses Cada operacin tomara 1 minuto demorara 5 das Cada operacin tomara 1 segundo demorara 2 horas

Usable principalmente en problemas muy paralelizables.

(2) Desventajas y limitaciones

Muy dependiente del error.

Ejemplo DES: Si cada paso tiene un error del 0.01%, se necesitan 1.4 gramos de ADN para lograr una chance razonable* de obtener la clave. Similarmente, con error de 0.1% se necesitan 580 gramos de ADN. Con error de 1% por paso, se necesitan 1.5*1029 gramos de ADN. Sin error, se necesitan 0.7 gramos de ADN.

*Chance razonable=63%

Conclusiones

Conclusiones

La computacin basada en ADN es un ejemplo de superparalelismo, con un procesador lento. La vulnerabilidad de DES (y otros esquemas de cifrado) est en dos partes:

Llave no suficientemente grande. Muy pocos pasos (6655 para cifrar), el hecho de ser rpido, le juega en contra con este enfoque.

Fin