Identificación genotípica o molecular:
Desventajas:
1. Poco o nula relación entre la identificación
genotípica y fenotípica:
Muchas veces de tiende a confundir la
correlación entre las identificaciones
fenotípicas y genotípicas, haciéndose más
difícil la asignación de tal especie con la
ayuda de ARN 16s. Esto sucede
generalmente cuando se encuentran
genotipos con iguales y fenotipos
diferentes.
2. Identificación con ARN 16s con baja
resolución:
En casos de algunas especies y géneros de
bacterias el ARN 16s presenta una baja
capacidad de distinción y es necesario
complementarlo con otro tipo de pruebas
fenotípicas. Es el caso de las especies B.
cereus y B. thuringiensis.
3. Presencia de electroferogramas o
cromatogramas de ADN mixtos:
Existen infecciones monobacterianas que
puede afectar la utilización del ARN 16s
como ayuda de diagnóstico. En este tipo de
casos, esta inculpada una bacteria
anaerobia y la correlación entre secuencia y
cultivo es poca.
Ventajas
1. Información más certera:
El análisis de ARN 16s en la identificación de
bacterias nos proporciona una información
mas acertada y solida que los análisis
fenotípicos, solucionando así el 90% de las
identificaciones. Resaltando aún las
secuencias del rpoB presentan en gran
cantidad de casos, mayor calidad que las del
ARNr 16S, al ser secuencias de reciente
obtención.
1. Brindan información de manera más
rápida:
El ARN 16s ayuda además para la
detección de bacterias, a proporcionar
información adecuada y rápida sobre su
identificación y filogenia gracias a las
bases de datos publicas donde albergan
un amplio número de secuencias
bacterianas por lo que se ha estudiado
en una gran cantidad especies.
2. Gen rpoB constituye uno de los pocos
para identificación bacteriana en cepas
de origen animal, humano y vegetal.
En los análisis taxonómicos y
filogenéticos de estas cepas el gen rpoB
permite reconocer el tipo de género,
especie y en oportunidades subespecie.
Identificación fenotípica:

Ventajas:
1. Costos más asequibles:
La identificación de bacterias
actualmente se realiza usualmente por
los métodos convencionales que se
basan en la identificación de las
características fenotípicas, reservando
la identificación genotípica para
aquellas bacterias que no se pueden
identificar con este tipo de métodos.

Desventajas:
1. Información amplia probabilidad de
ser incorrecta:
En ninguna circunstancia la
identificación fenotípica puede
proporcionar información
totalmente convincente. Solo
puede indicarnos la especie o
genero a la que tiene la mayor
probabilidad de hacer parte.