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(Grupo 3) Análisis Genético Molecula-Ii Unidad - TRMD
(Grupo 3) Análisis Genético Molecula-Ii Unidad - TRMD
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ANÁLISIS GENÉTICO
MOLECULAR
INTEGRANTES
ARANA NOMBERA HAROLD ALESSANDRO
ASTONIAS VASQUEZ MARÍA NELLY
CRUZ IBAÑEZ KAROLL GERALDINE
DIAZ MANAY BETSY ORIANA
TORRES JIMENEZ MEDALI
DOCENTE
30 de abril de 2018
INTRODUCCIÓN
La mayor parte de los métodos que existen para extraer el ADN consisten en
lograr primero la lisis o ruptura de la célula, para luego separar las moléculas de
ADN del resto de los constituyentes de la célula.
MÉTODO DE SALTING-OUT:
Este método es sencillo, pero no siempre es eficaz, por lo que el ADN obtenido en
muchas ocasiones debe ser purificado antes de ser usado en posteriores
aplicaciones. La ventaja es que se elimina el uso de disolventes orgánicos.
Si se opta por realizar el lisado de las células mediante un proceso mecánico hay
que tener en cuenta la posibilidad de ruptura de las moléculas de ADN que se
intentan separar, por lo que este debe bastar para lograr la lisis de las células pero
no ser muy agresivo para proteger el ADN. Este método puede ser usado para
extraer ADN de material crudo, liofilizado o congelado, que puede romperse con
un mortero, por congelación-descongelación o usando ultrasonidos. El lisado de
células se puede extraer con cloroformo, alcohol isoamílico o fenol, siendo las
proteínas y otros componentes de la célula solubles en el disolvente orgánico, por
lo que de esta forma se logra la separación de los ácidos nucleicos. Este método
se puede usar para moléculas de ADN de alto peso molecular, obteniendo buenos
rendimientos de moléculas relativamente puras, siempre teniendo en cuenta que
hay que controlar el pH de la fase acuosa y la concentración de sales, que son los
factores que aseguran una buena separación. Las desventajas de este método
son el uso de disolventes orgánicos dañinos para la salud humana y que pueden
quedar como trazas en la muestra de ADN y luego actuar como interferentes en
técnicas como el PCR, que es largo, en ocasiones puede dar rendimientos poco
reproducibles y requiere de varios trasvases que aumentan la posibilidad de
contaminación de la muestra.
Para la extracción del ADN también se han diseñado resinas que son capaces de
formar complejos con el ADN. El uso de resinas hidrocarbonadas con estructuras
rígidas en tres dimensiones permite que la superficie se encuentre cargada con
alguna sustancia como el dietilaminoetilo que puede protonarse en medio ácido y
quedar cargado positivamente por lo que interacciona con los grupos fosfatos del
ADN. Esto es un método directo, que puede realizarse en un solo tubo y
relativamente rápido, pero tiene como inconveniente que se aíslan cadenas
sencillas de ADN, y este no puede ser utilizado por ejemplo para el análisis de la
variación de polimorfismos en fragmentos de restricción (RFLP).
Las enzimas de restricción son producidas por las bacterias como un mecanismo
de defensa contra las infecciones víricas, concretamente contra virus
bacteriófagos, cuya reproducción depende de la maquinaria genética de la
bacteria. Se trata de los sistemas de restricción-modificación o metilación-
restricción. Para cada enzima de restricción, una metilasa reconoce la misma
secuencia que constituye el sitio de restricción y une covalentemente grupos
metilo a determinadas bases del DNA en dicha secuencia. El mecanismo de
defensa es el siguiente: el DNA propio de la bacteria es metilado de una forma
específica, característica de cada especie bacteriana (en las secuencias
reconocidas tanto por la restrictasa como por la metilasa de esa especie). La
metilación de las bases impide la unión de la enzima de restricción, con lo que el
ADN propio no es hidrolizado. Por el contrario, al entrar en la célula DNA de otro
organismo, no metilado o con un patrón de metilación diferente, este DNA puede
ser degradado por la enzima de restricción, ya que carece de los grupos metilo en
la secuencia diana (por razones puramente aleatorias, en cualquier genoma habrá
un cierto número de secuencias e 6, 6 u 8 pares de bases iguales a la reconocida
por la enzima, por lo tanto, habrá secuencias diana disponibles). A partir de este
mecanismo de acción combinada surgió precisamente el nombre de enzimas de
restricción, ya que la acción de estas enzimas restringe la posibilidad de infección
por virus.
Las enzimas de restricción se nombran con tres letras tomadas del género y
especie de la bacteria de la que se aislaron originalmente, seguidas a veces por
una letra más, que identifica el serotipo (variante antigénica de la bacteria) y
finalmente por un número romano que las identifica en caso de que en una misma
variante se hayan encontrado varias enzimas con distinta especificidad:
Estas enzimas se han clasificado en tres grupos distintos (tipo I, tipo II y tipo III) de
acuerdo a sus propiedades, siendo las de tipo II las más estudiadas debido a su
utilidad en el campo de la bilogía molecular, sobretodo en el área de genética
molecular. Las secuencias de reconocimiento de las enzimas de restricción tipo
tienen una simetría palindrómica, es decir, dichas secuencias se leen igual en
ambas cadenas del DNA en dirección 5’ – 3’.
Uno de los campos en los que las enzimas de restricción han tenido mayor
implicación ha sido el diagnóstico de enfermedades genéticas relacionadas con
cambios en la secuencia del ADN, ya sean mutaciones puntuales, inserciones o
deleciones de fragmentos. Si éstas se producen en un sitio de reconocimiento de
la enzima de restricción, al producirse eliminarán o agregarán nuevos sitios de
corte. Al aplicar esta enzima al gen de una persona sana y una enferma se
deberían observar distintas cantidades de fragmentos para cada caso en una
electroforesis.
SOUTHERN BLOT
Southern blot, hibridación Southern o, simplemente, Southern es un método de
biología molecular que permite detectar la presencia de una secuencia de ADN
concreta en una mezcla compleja de este ácido nucleico. Para ello, emplea la
técnica de electroforesis en gel de agarosa con el fin de separar los fragmentos de
ADN de acuerdo a su longitud y, después, una transferencia a una membrana en
la cual se efectúa la hibridación de la sonda.1 Su nombre procede del apellido de
su inventor, un biólogo inglés llamado Edwin Southern.
Tras la digestión del ADN, los fragmentos de ADN resultantes se separan según
su tamaño mediante electroforesis en geles de agarosa. Durante la electroforesis,
las moléculas de ADN, que poseen carga negativa, migran hacia el electrodo
positivo. Al avanzar las moléculas de ADN, su velocidad de migración se ve
reducida por la matriz del gel de agarosa. Las moléculas menores se mueven más
deprisa a través de los poros del gel que las de mayor tamaño. Como resultado,
se produce una separación continua de los fragmentos de ADN de acuerdo con su
tamaño, de modo que los fragmentos más pequeños avanzan la mayor distancia
con referencia al origen o punto de aplicación de la muestra.
Una sonda de locus único es una molécula pequeña de ADN o ARN capaz de
hibridar (es decir, de formar un dúplex ADN-ADN o ADN-ARN) con el ADN de un
fragmento de restricción concreto en el ensayo de Southern. La formación de la
molécula dicatenaria (dúplex) depende del emparejamiento de bases
complementarias entre las secuencias de la sonda y del ADN presente en
el"calco". Las sondas de locus único se marcan habitualmente con un isótopo
radiactivo para facilitar su detección, y se eligen para que detecten un locus
genético polimórfico en un solo cromosoma humano. El ensayo de Southern
resultante de la etapa 4 se incuba en una disolución que contiene una sonda
radiactiva de locus único, bajo condiciones de temperatura y concentración de
sales que favorezcan la hibridación. Tras producirse ésta, se lava el exceso de
sonda no unido, de modo que la única radiactividad que quede en la membrana de
nailon sea la asociada al ADN del locus diana.
El método tipo Southern o Southern blot fue desarrollado por E. M. Southern para
la detección de genes específicos en el ADN celular. El ADN es digerido con una
enzima de restricción y los fragmentos son separados por tamaños mediante una
electroforesis en un gel. Se realiza tinción con bromuro de etidio para comprobar
la calidad de la electroforesis y del ADN (Fig. 1). A continuación los fragmentos de
ADN de doble cadena son parcialmente hidrolizados con un ácido débil y
desnaturalizados con NaOH para permitir la transferencia. Posteriormente, el ADN
es transferido a un filtro de nitrocelulosa, con lo que en el filtro queda representada
una réplica de la disposición de los fragmentos de ADN presentes en el gel. A
continuación el filtro se incuba durante un tiempo con la sonda marcada
(radiactivamente o con un fluorocromo); durante la incubación la sonda se va
hibridando a las moléculas de ADN de cadena sencilla de secuencia
complementaria (o muy parecida). La sonda unida al fragmento de ADN
complementario se puede visualizar en el filtro de una forma sencilla mediante una
exposición a una película de rayos X para el caso de sondas radiactivas o con una
película sensible a la luz, para el caso de sondas con fluorocromo.
Tanto la técnica de Southern como de Northern blot se usan poco hoy en día al
haber sido sustituidas por técnicas derivadas de la PCR.
Es el tipo de microarray al
que suele referirse cuando
se habla de forma general
y sirven para analizar el
nivel de expresión de miles
(o todos) los genes de una
muestra. Los hay de dos
tipos principales: aquellos
que utilizan como sondas
fragmentos de cDNA y los
que usan fragmentos más
pequeños de ADN
(oligonucleótidos). A estas
sondas, colocadas sobre el
soporte, se les lanzará el ARN de la muestra que ha sido previamente
transformado en cDNA, de tal manera que aquellos genes muy expresados (con
gran cantidad de ARN en la muestra original) darán una mayor señal al unirse
(hibridación) a su sonda correspondiente, lo cual se detecta por medio de
fluorescencia con un lector de luminosidad
El resultado del experimento es una “fotografía” del estado de expresión del ARN
de los genes de la muestra (tumoral o normal). Se trata por tanto de un método de
screening masivo para detectar aquellos genes que se sobre- o infraexpresan en
una muestra. Utilidad en Patología Molecular: - Detección de mecanismos o vías
estimulados o reprimidos en el metabolismo celular (neoplasias o no neoplasias) -
Detección de marcadores tumorales útiles para el diagnóstico y clasificación de las
neoplasia - Detección de marcadores tumorales útiles para el pronóstico y
predicción de respuesta terapéutica de las neoplasia. - Detección de dianas
terapéuticas
AMPLIFICACION DE ADN
¿QUÉ ES?
Multiplicación de un pedazo de ADN en una probeta en muchos miles de
millones de copias. Proceso de el más comúnmente usado es el sistema de
reacción en cadena (PCR) de polimerasa, pero se están desarrollando otros
sistemas, incluyendo la reacción en cadena de ligasa (LCR), amplificación de
ácidos nucleicos dependiente de la secuencia y el sistema Q-β.1
TÉCNICAS:
Además, se han diseñado PCR más específicas que se pueden elegir según
sea la muestra a estudio. Los diferentes tipos de PCR, además de la básica,
son:
PCR anidada: consigue amplificar muestras mínimas de ADN a miles de
millones de
fragmentos. Es capaz
por lo tanto de
detectar trazos
minúsculos.
PCR múltiple: con este tipo de PCR se consiguen detectar varios trazos
de ADN a la vez y con una sola muestra.
NASBA:
Es una tecnología dependiente de primers que puede ser usada para la amplificación
continua de ácidos nucleicos en una mezcla única a una sola temperatura .
TMA:
La tecnología de amplificación mediada por la transcripción en tiempo real
(TMA),detecta la contaminación microbiana especifica en horas,en comparación
con los días o semanas usualmente necesarios para generar resultados usando la
tecnología tradicional de cultivos .
LCR:
El método utiliza la DNA ligasa para unir dos pares de sondas complementarias después de
que estas se hayan unido a la secuencia diana in vitro .4
POLIMORFISMOS GENÉTICOS
Los polimorfismos de longitud son variantes del mismo locus pero que se diferencian por
la longitud, es decir el número de nucleótidos dentro del fragmento de ADN. Cada
polimorfismo tiene en sus extremos una secuencia que delimita su posición y permite
identificarlo. La mayoría de estos polimorfismos de longitud son secuencias repetitivas en
tándem; es decir, una serie ordenada de nucleótidos más corta que se repite una y otra
vez. Las veces que cada secuencia se repite varía, por lo que cuantas más repeticiones
se den, más larga será la longitud del locus del ADN total. Se desconoce el significado
biológico de esos locus “tartamudos” del ADN, pero en ellos se basa la elaboración de
perfiles genéticos por los que se identifica el ADN de cada persona.
Los polimorfismos genéticos pueden ser usados como marcadores para ayudar a
esclarecer ciertos patrones y/o procesos biológicos; además, pueden establecer
parentescos. También se puede determinar la cantidad de entrecruzamiento entre
diferentes grupos de la misma especie (flujo genético), y la información ser usada
para identificar poblaciones únicas, potencialmente importante para la
sobrevivencia de la especie. Puede no ser claro si dos grupos distintos de
organismos deben ser clasificados como de diferentes especies y el comparar los
polimorfismos genéticos de los dos grupos puede ayudar a su clasificación.
IDENTIFICACIÓN DE POLIMORFISMOS
Para identificar factores genéticos asociados con determinado fenotipo, se busca
perfeccionar las herramientas de estudio. A continuación se mencionan algunos
métodos que se han desarrollado con el objeto de identificar nuevos
polimorfismos, así como para la discriminación alélica (identificación de
polimorfismos ya conocidos).
DISCRIMINACIÓN ALÉLICA
HIBRIDACIÓN
1. Computarizada:
CASOS RECIENTES
-Los casos más recientes están en los Estados Unidos como consecuencia de las
guerras de Corea y Vietnam.
- Conocimos las diversas técnicas o métodos que se usan para poder extraer
el ADN de las diversas células o tejidos que se posean.
- Nos informamos que las enzimas de restricción reconocen una secuencia
de nucleótidos en el ADN y cortando esa parte, además de conocer que el
primer uso de esto fue para producir insulina humana para diabéticos
manipulando la bacteria E. coli.
- Los polimorfismos genéticos pueden ser usados como marcadores para
ayudar a esclarecer ciertos patrones y/o procesos biológicos; además,
pueden establecer parentescos.
- Existen muchos métodos que han ido apareciendo a través de la ciencia
para identificar los polimorfismos genéticos entre estos tenemos: D/TGGE,
SSCP, DHPLC, Secuenciación por hibridación, Discriminación alélica, PCR-
RFLP, Hibridación, Extensión de oligonucleótidos, PCR en tiempo real.
- Consiste en el estudio o detención de genes individuales o regiones de
ADN especificas o mutaciones de interés ,para la obtención de estudio
- La medicina forense nos ayuda a identificar a los individuos en base a un
análisis del ADN., así como la cantidad de heridos infligidas en víctimas de
crímenes violentos, por ende, con la ayuda de estos el instituto de ciencias
forense ha podido aclarecer algunos casos.
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http://bibdigital.rjb.csic.es/Imagenes/ALM_Estud_Ustilagin/ALM_Estud_Ustil
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- Edwingaby18gonzalez Illescas.medicina forense.slideshare. [citado el 25 de
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https://es.slideshare.net/edwgaby18/antropologia-forense-en-odontologia-
by-m-gabriela-g