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Samuel T. Jerram , 1 Mary N. Dang , 1 y R. David Leslie 1, 2
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Abstracto
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Propósito de la revisión
La epigenética se define como cambios hereditarios mitóticos en la expresión génica que no alteran
directamente la secuencia de ADN. Por implicación, tales cambios epigenéticos no están determinados
genéticamente, aunque pueden verse afectados por la variación genética heredada. La amplia evidencia
indica que las enfermedades autoinmunes, incluida la diabetes tipo 1, están determinadas por la interacción
de factores genéticos y no genéticos. Se sabe mucho sobre las causas genéticas de estas enfermedades,
pero los efectos no genéticos son menos claros. Además, no está claro cómo interactúan para causar el
proceso autoinmune destructivo. Esta revisión identifica los problemas clave en la interacción genética /
no genética, examinando la evidencia más reciente del papel de los efectos no genéticos en el proceso de
la enfermedad, incluido el impacto de los efectos epigenéticos en las vías clave.
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Hallazgos recientes
Investigaciones recientes indican que estas vías probablemente involucren células efectoras inmunes tanto
de la respuesta inmune innata como adaptativa. Específicamente, existe evidencia de un enriquecimiento
específico del tipo celular en la metilación alterada del ADN, cambios que fueron temporalmente estables
y enriquecidos en elementos reguladores de genes.
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Resumen
Epigenomics se encuentra en su infancia, y anticipamos que más estudios definirán cómo la interacción de
los efectos genéticos y no genéticos induce la destrucción específica del tejido y mejora nuestra capacidad
para predecir, y posiblemente incluso modificar, ese proceso.
Palabras clave: diabetes, tipo 1, epigenética, metilación
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Introducción
La epigenética se define como cambios hereditarios mitóticos en la expresión génica que no alteran
directamente la secuencia de ADN [ 1 - 3 ]. Por lo tanto, estos cambios se ven como factores no genéticos
que interactúan con los genes, aunque pueden verse afectados por la variación genética heredada. Como
reguladores de la transcripción, los mecanismos epigenéticos juegan un papel necesario en el
mantenimiento del crecimiento normal, el desarrollo, la diferenciación y la estabilidad del genoma
[ 4 ].Los genes juegan un papel importante en la patogénesis de la enfermedad; sin embargo, el ambiente
puede modificar este efecto al introducir una interacción compleja entre los dos. Esta revisión discute
brevemente cómo los factores no genéticos (ambientales) podrían interactuar con ese riesgo genético para
inducir enfermedades autoinmunes. Específicamente, discutimos la diabetes tipo 1 (T1D) y el papel
potencial de los efectos epigenéticos en ese proceso que conduce a la diabetes autoinmune.
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Riesgo genético de enfermedades autoinmunes
Se cree que el proceso destructivo que causa T1D está inmunomediado con un elemento autoinmune
potente que implica inmunidad adaptativa alterada. Existe una fuerte evidencia de que la enfermedad tiene
una base inmunológica dado que la principal susceptibilidad genética reside en los genes de respuesta
inmune y que otras enfermedades "autoinmunes" comparten los mismos o similares factores de riesgo
genéticos. Sin embargo, puede haber más patogénesis de la enfermedad que una respuesta autoinmune
agresiva, dado que el propio gen de la insulina ha estado implicado en el riesgo genético, implicando ya
sea la célula secretora de insulina o tolerancia central alterada a través de la expresión del gen de la
insulina en el timo.
La heredabilidad de una enfermedad es una estimación del riesgo genético en el contexto de una
predisposición no genética. Generalmente se estima en estudios de gemelos clásicos, y para un T1D
gemelo idéntico la tasa de concordancia (ambos gemelos afectados), independientemente de la edad en el
momento del diagnóstico, es consistentemente inferior al 100%, lo que implica un efecto no genéticamente
determinado [ 5 ]. Sin embargo, la tasa de concordancia disminuye con la edad al momento del diagnóstico
del gemelo índice, lo que indica que en la DM1 de inicio en el adulto el impacto genético es limitado y
ciertamente menor que en la enfermedad de inicio en la niñez.
Los genes asociados con T1D están bien establecidos y tienen cuatro funciones amplias:
1. Presentación de antígeno y formación de repertorio de células T;
2. Disminución de la señalización / activación de las células T;
3. Aumento del interferón T1 y respuesta antiviral;
4. Producción / señalización de citocina [ 6 ]. Sin embargo, es poco probable que la DT1 sea una sola
enfermedad ya que existe heterogeneidad de la enfermedad, especialmente en la tasa de pérdida de
células β, inmunogenotipos, respuesta a inmunoterapias y patología de islotes [ 7 ]. Por ejemplo, el
análisis de conglomerados multidimensionales mostró dos aglomeraciones de pacientes de igual
tamaño en la DM1 de inicio en la infancia caracterizadas por proinflamatorias (positivas para IFN-
γ, multi- autoanticuerpos) y parcialmente reguladas (interleucina-10-positivas, pauci-
autoanticuerpos- positivo) respuestas [ 8 ]. Además, la aparición de autoanticuerpos cercanos al
nacimiento en niños en riesgo indica dos grupos: uno asociado a una inducción muy temprana a
los 9 meses con autoanticuerpos de insulina y autoanticuerpos IA-2 con histocompatibilidad
(HLA) riesgo de enfermedad DR4, el otro con la posterior inducción de autoanticuerpos
descarboxilasa de ácido glutámico (GADA) con riesgo de enfermedad HLA DR3 [ 9 , 10 ]. Los
procesos inmunopatológicos (endotipos) que subyacen en el riesgo de T1D podrían ser distintos,
dada la diferente edad de inducción de la enfermedad y las diferencias en el inicio de la
enfermedad, siendo la primera diagnosticada en la primera infancia y la segunda a menudo mucho
más tarde [ 8 ]. Algunos pacientes, probablemente más del 50%, se presentan en la vida adulta sin
una necesidad inmediata de tratamiento con insulina, es decir, con diabetes que no requiere
insulina y que comienza en los adultos. Sin embargo, una proporción sustancial de estos últimos
tienen múltiples autoanticuerpos asociados a la diabetes y heterocigosidad genética HLA, por lo
que la heterogeneidad de la enfermedad es más probable un espectro de características, como la
edad en el momento del diagnóstico y grupos distintos de diferentes endotipos de la enfermedad
[ 11 ].
El mecanismo mediante el cual los genes HLA se asocian con enfermedades autoinmunes se ha vuelto
recientemente evidente. Existen fuertes asociaciones en trans entre la variación en el locus HLA y el uso
del gen V del receptor de células T (TCR). Fine-mapping de esa asociación identificó aminoácidos
específicos de genes del MHC que sesgaban el uso del gen V. Por lo tanto, en el receptor T cell (TCR)
-peptide-MHC complex, las variantes de MHC, algunas vinculadas a enfermedades autoinmunes, pueden
afectar directamente la interacción TCR-MHC que ilustra los efectos trans mediados por interacciones
proteína-proteína consistentes con la especificidad intrínseca de TCR-MHC [ 12 ]. Dado que los alelos
HLA pueden ser protectores contra la DT1 y otras enfermedades autoinmunes (p. Ej., La enfermedad
renal, la enfermedad de Goodpasture y la esclerosis múltiple), no es sorprendente que el efecto protector
funcione en el mismo formato. HLA-DR15 confiere un riesgo de enfermedad notablemente mayor a la
enfermedad de Goodpasture; el alelo protector HLA-DR1 es dominantemente protector en trans con HLA-
DR15 [ 13 ].Las células T autoreactivas a un antígeno renal clave, el colágeno α3135-145, se expanden en
pacientes con enfermedad de Goodpasture. HLA-DR15 y HLA-DR1 presentan distintos repertorios
peptídicos y preferencias de unión y presentan el epítopo α3135-145 en diferentes registros de unión. Las
células T en ratones transgénicos HLA-DR15 exhiben un fenotipo convencional de células T que secreta
citoquinas proinflamatorias. Por el contrario, las células T tetrámero + HLA-DR1-α3135-145 en los
ratones transgénicos HLA-DR1 y HLA-DR15 / DR1 son predominantemente células T reguladoras CD4 +
Foxp3 + (células Treg) que expresan citoquinas tolerogénicas. Los pacientes con enfermedad de
Goodpasture muestran un repertorio de células T CD4 + específicas de α3135-145 clonalmente expandidas
[ 13 ]. Por consiguiente, existe ahora una base mecanicista para el efecto protector dominante de HLA y la
susceptibilidad HLA en la enfermedad autoinmune, por lo que el polimorfismo HLA forma la abundancia
relativa de células T citotóxicas específicas del epítopo propio o células Treg que conduce a la protección
o la causalidad de la autoinmunidad. Se puede observar un patrón similar de HLA DR3 / DR4
(susceptibilidad) y HLA DR 15 (protección) en la diabetes tipo 1.
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Efectos no genéticos que causan T1D
Ahora hay evidencia sustancial de que los factores no genéticos juegan un papel en el desarrollo de
enfermedades autoinmunes. La aparición de autoanticuerpos alterados relacionados con la diabetes en la
primera infancia implica un papel para estos efectos no genéticos, probablemente ambientales, en esa
etapa [ 9 , 10 , 14 ]. Los factores ambientales que han estado implicados en la etiología de las
enfermedades autoinmunes incluyen los siguientes: clima templado, aumento de la higiene, disminución
de las tasas de infección, vacunas y antibióticos, medicamentos (donantes de metilo como hidralazina),
consumo de trigo, niveles de yodo, tabaquismo y aumento riqueza (posiblemente todas relevantes para la
mayoría de las enfermedades autoinmunes y atópicas). Tales efectos no genéticos también han sido
implicados para T1D, incluyendo: producto nacional bruto, hacinamiento en infecciones infantiles y
virales, exposición temprana a leche de vaca, tasas reducidas o duración de la lactancia y consumo de
vitamina D y nitrito [ 15 ] La evidencia clara que los efectos genéticos causan DT1 deben compararse con
las muchas hipótesis sobre la naturaleza de los efectos no genéticos y la clara deducción de que no
conocemos la identidad precisa de esos efectos no genéticos.
Incidencia de la enfermedad
Las enfermedades autoinmunes se han vuelto más frecuentes en el último siglo [ 16 ]; la incidencia de
DT1 incluso se ha multiplicado varias veces en los últimos 30 años [ 17 ], un marco temporal que descarta
la evolución genética. Además, los estudios de la incidencia de DT1 en poblaciones migrantes han
mostrado una convergencia hacia el riesgo de la población de acogida [ 18 , 19 ], incluso entre grupos de
migrantes de regiones del mundo con baja incidencia. La mayor heredabilidad de T1D en la infancia
también es consistente con un efecto genético más potente sobre la respuesta inmune en los niños. Brodin
y sus colegas, utilizando estudios clásicos de gemelos, midieron 204 parámetros diferentes, incluidas las
frecuencias de población celular, las respuestas de citoquinas y las proteínas séricas [ 20 ]. Encontraron
que el 77% de estas respuestas están dominadas (> 50% de la varianza) y el 58% están casi completamente
determinadas (> 80% de la varianza) por influencias no heredables. Además, algunos de estos parámetros
se vuelven más variables con el aumento de la edad, lo que sugiere la influencia acumulativa de la
exposición ambiental. La evidencia firme de una interacción no genética-genética proviene de la evidencia
de que hay un mayor riesgo de artritis reumatoide en sujetos que fuman y portan el alelo de riesgo HLA-
DR4 [ 21 ]. Además, un papel viral en T1D es respaldado por la observación de que cuatro variantes raras
de genes productores de interferón se asocian con un riesgo reducido de desarrollar DT1 [ 22 ]. Cada
variante se asoció con una reducción del 50% del riesgo. Las cuatro variantes se producen en el mismo
gen, IFIH, que afecta la expresión y la estructura de su proteína IFIH1, una enzima helicasa. Estos genes
son parte de la red inflamatoria del factor 7 regulador de interferón en monocitos y macrófagos, que son
antivirales en la función [ 22 ].
Dieta
Existe evidencia contradictoria de una relación entre la dieta y el desarrollo de T1D. No se ha encontrado
que la exposición a leche materna y leche de vaca en la infancia afecte el riesgo de desarrollar
autoanticuerpos de células de islotes o DT1 en la mayoría de los estudios prospectivos de cohortes de
nacimiento [ 23 - 26 ], aunque el estudio ABIS en Suecia sí informó tal efecto [ 27 ] . La relación entre la
introducción de alimentos sólidos en la infancia, y en particular los cereales, tampoco está clara, y se
piensa que el momento de la introducción desempeña un papel. El estudio de cohortes DAISY identificó
una asociación en forma de U entre el momento de introducción del cereal (no limitado a gluten) y el
desarrollo de autoinmunidad de islotes [ 25 ], mientras que en BABYDIAB la asociación solo se observó
con exposición temprana al gluten [ 26 ] y en ABIS con introducción tardía de gluten [ 28 ].
Infecciones
Si bien es posible que la infección bacteriana desempeñe un papel en el desarrollo de la inflamación
pancreática, se cree que los principales culpables infecciosos en el desarrollo de DT1 son virales, con
enterovirus firmemente en el marco tanto en animales [ 29 ] como en humanos [ 30 - 33 ]. Curiosamente,
se ha identificado un posible mecanismo para la persistencia de enterovirus en el contexto de la
miocarditis enterovira [ 34 , 35 ]. Idealmente, los restos virales se encontrarían en el islote de pacientes
con T1D pero no en la población no diabética, pero actualmente no se cuenta con evidencia crítica.
Hipótesis de higiene
Junto a la teoría de la infección viral como desencadenante ambiental para la autoinmunidad de las células
de los islotes, la hipótesis de la higiene implica la reducción de la enfermedad infantil debido a la mejora
de la higiene en el aumento de las enfermedades autoinmunes [ 16 ]. En general, los estudios prospectivos
de cohortes a gran escala no han podido identificar una relación entre infecciones infantiles reducidas y
desarrollo de autoinmunidad de islotes [ 36 ], aunque han demostrado un aumento en la autoinmunidad de
las células de los islotes tras infecciones maternas más frecuentes en el embarazo y las vías respiratorias
superiores infecciones virales en la infancia [ 37 ]. Del mismo modo, ser dueño de mascotas en la infancia
reduce el riesgo de asma con una reducción del 13% en un estudio sueco sustancial [ 38 ]. Una extensión
de la hipótesis de la higiene propone que no es una reducción de las infecciones infantiles la culpable, sino
una reducción de la inmunidad colectiva, especialmente la infección por enterovirus entre las mujeres
embarazadas como resultado de una mayor higiene, que a su vez aumenta los fetos y los recién nacidos.
'exposición al virus [ 39 ]. Esta teoría encuentra un apoyo limitado de los estudios en animales [ 40 ].
Microbiota Intestinal
La naturaleza de algunos de los factores ambientales relacionados con el desarrollo de DT1, como la dieta
para la primera infancia descrita anteriormente, el parto por cesárea y el uso de antibióticos, implican al
microbioma humano y, en particular, su desarrollo en la primera infancia. Los estudios en animales han
demostrado claramente que los cambios en el microbioma impactan en la respuesta inmune innata y
predisponen a la diabetes autoinmune, potencialmente a través de receptores tipo peaje [ 41 ]. En el
hombre, los datos son menos claros con estudios a pequeña escala que describen una menor diversidad
microbiana, incluida una reducción en bacterias productoras de butirato y degradadoras de mucina, en
niños que demuestran autoinmunidad a células de islotes [ 42 ], aunque estudios más amplios y
prospectivos más amplios son necesarios antes de tomar una decisión clara sobre esta relación. Si bien es
difícil sacar conclusiones firmes de los datos sobre factores no genéticos en el desarrollo de la DT1, está
claro que la DM1 no puede explicarse simplemente por genética, incluso teniendo en cuenta la
heterogeneidad establecida de la enfermedad. Sin lugar a dudas, los factores no genéticos desempeñan un
papel y, a medida que se emprenden nuevas investigaciones en el campo, la naturaleza exacta de este papel
debería ser más clara.
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Interacción genética y no genética que causa enfermedades autoinmunes
Dado que los efectos genéticos y no genéticos interactúan para inducir las enfermedades complejas más
comunes, lo mismo es probable que sea cierto para T1D (Fig .1 ). Ya hemos aludido al aumento del riesgo
de artritis reumatoide en sujetos que fuman y portan el alelo de riesgo HLA-DR4 [ 21 ]. Además, existe
evidencia para implicar a los genes en la red de células inmunitarias inflamatorias antirretrovirales del
factor 7 regulatorio del interferón [ 22 ]. La exposición a la droga antihipertensiva hidralazina puede
inducir lupus eritematoso sistémico en pacientes que son acetiladores lentos (un rasgo genéticamente
determinado), mujeres y con el genotipo HLA-DR4 [ 43 ]. Como la hidralazina es un agente desmetilante,
se puede considerar que el efecto secundario se debe directa o indirectamente a los cambios en la
metilación del ADN. Que los efectos no genéticos pueden interactuar con factores genéticos a través de la
epigenética para causar autoinmunidad proviene del estudio de la artritis reumatoide. Meng y sus colegas
encontraron que la metilación del ADN del sitio del promotor CpG cg21325723 puede mediar en la
interacción gen-ambiente entre el polimorfismo de nucleótido único asociado a reumatoide rs6933349 y el
tabaquismo [ 21 ]. Esta interacción, que afecta el riesgo de desarrollar los autoanticuerpos peptídicos
citrulinados asociados a la artritis reumatoide (AR), se ha duplicado tanto en poblaciones caucásicas como
asiáticas [ 21 ]. Por implicación, los factores genéticos y no genéticos pueden iniciar un proceso
autoinmune que se asocia con la enfermedad autoinmune, y esa interacción puede ser el resultado de la
expresión genética alterada vinculada a cambios epigenéticos.
Interacción entre los genes, el medio ambiente y la epigenética en la enfermedad. El genoma puede dar
lugar a muchos fenotipos. Aunque la genética, la epigenética y el medio ambiente pueden afectar los
resultados del fenotipo de forma independiente, es la interacción compleja la que da lugar a enfermedades
como la DT1. La evidencia de esto incluye los estudios de gemelos MZ en los que la concordancia de la
enfermedad no fue del 100%. Se ha demostrado que factores como la edad y los nutrientes de la dieta
afectan al epigenoma y algunos de estos cambios epigenéticos pueden ocurrir en el útero
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Arquitectura epigenética
Epi- es el término griego antiguo para 'arriba' como en 'epifenómeno'. Por lo tanto, la epigenética es el
estudio de las marcas 'por encima' de los genes, es decir, las etiquetas químicas (incluidas la metilación y
la acetilación) en el ADN y el ARN. Las modificaciones o marcas epigenéticas mejor caracterizadas son la
metilación del ADN, las modificaciones post-translacionales de histonas y el silenciamiento génico no
codificado por ARN [ 44 ]. La metilación del ADN, que implica la adición covalente de un grupo metilo al
carbono 5 'en un sitio CpG, se asocia con silenciamiento génico (Fig. 2 ) y se ha informado que es esencial
para el desarrollo embrionario. [ 45 ], impresión genómica [ 46 , 47 ] y X-inactivación en mamíferos
[ 48 , 49 ]. Las modificaciones post-translacionales de histonas son alteraciones en la estructura de la
cromatina que afectan la expresión y represión de los genes por modificación enzimática de las histonas
centrales [ 50] (Fig .3 ). Las enzimas que participan en este proceso se conocen como histonas
acetiltransferasas (HAT) e histonas desacetilasas (HDAC). Por último, la expresión génica puede ser
regulada por RNAs no codificantes (ncRNAs), que son transcripciones cortas de RNA que incluyen
miRNAs y siRNAs [ 51 , 52 ].
Figura 2
Metilación del ADN y expresión génica Un esquema simplificado de la metilación del ADN y su efecto
sobre la expresión génica. La metilación del ADN se produce por la adición covalente de un grupo metilo
al carbono 5 'de un nucleótido de citosina. Los sitios CpG metilados ( piruletas llenas ) están asociados
con el silenciamiento génico, mientras que los sitios no metilados ( piruletas no llenos ) están asociados
con la actividad transcripcional. En el caso de la hidroximetilación, en la posición de carbono 5 ', la
molécula de hidrógeno es reemplazada por un grupo hidroximetilo
Artritis Reumatoide
La artritis reumatoide es una enfermedad autoinmune crónica que afecta las articulaciones [ 62 , 63 ]. Las
modificaciones epigenéticas asociadas con AR incluyen cambios de metilación en las células T y B
[ 64 - 66 ] y fibroblastos sinoviales [ 67 - 69 ]. Ya hemos observado que la metilación del ADN del sitio
del promotor CpG cg21325723 puede mediar en la interacción entre el gen y el polimorfismo de
nucleótido único asociado a la AR rs6933349 y el tabaquismo [ 21 ]. En otro estudio, se comparó una
cohorte de descubrimiento de 50 participantes con AR con 75 controles [ 65 ]. Los autores encontraron una
metilación diferencial en 64 CpG en células B usando Illumina HumanMethylation450 BeadChip. Esta
observación fue validada en una cohorte independiente de pacientes. En los tejidos sinoviales de AR, el
equilibrio entre la actividad de HAT y HDAC está fuertemente desplazado hacia la actividad de HAT, en
consonancia con la hiperacetilación de histonas [ 70 ]; La hiperacetilación de la histona H3 en el promotor
IL-6 demostró aumentar la expresión de IL-6 por los fibroblastos sinoviales de AR [ 71 ]. Se han asociado
varios subtipos de ncRNAs con RA tales como miR-146, miR-155 y miR-223, como describen Kolarz et
al. [ 72 ].
Conflicto de intereses
Samuel T. Jerram, Mary N. Dang y R. David Leslie declaran que no tienen ningún conflicto de intereses.
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Información del colaborador
Samuel T. Jerram, correo electrónico: ku.ca.lumq@marrej.s .
Mary N. Dang, correo electrónico: ku.ca.lumq@gnad.nam .
R. David Leslie, correo electrónico: ku.ca.lumq@eilsel.gdr .
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Referencias
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