Bioinformática - Módulo 3 Taller 1

1. Circuitos lógicos

a) Sume en binario 27+28

b) La multiplicación en binario es particularmente fácil ya que solo se multiplican números por uno o cero.
Multiplique en binario 12 * 11.

c) Cuántos y cuáles circuitos lógicos básicos (AND, OR, NOT, NAND, XOR) necesitaría para hacer los puntos
a) y b) con circuitos?

d) Cómo implementaría un XOR usando genes interconectados?

2. Equilibrio químico

Considere tres especies químicas A, B y C. El número total de cada una es constante pero A puede unirse a
moléculas individuales de B o de C de acuerdo a
𝑘+ 𝑟+
→ →
𝐴+𝐵 𝐴𝐵 𝐴+𝐶 𝐴𝐶
← ←
𝑘− 𝑟−

Encuentre la ecuación para la cantidad de A libre en estado estacionario.

a) Escriba la ecuación diferencial para el cambio en el número de moléculas de AB, AC y A.

b) Escriba las condiciones de conservación de AT, BT y CT.

𝑘+ 𝑟+
c) Encuentre las condiciones de estado estacionario igualando a 0 las derivadas. Use 𝑘−
≡ 𝐾 y 𝑟− ≡ 𝑅.

d) Despeje B en función de A y BT y C en función de A y CT de las condiciones de conservación.

e) Remplace en la condición para AT y encuentre una ecuación para A.

3. Dinámica de genes -determinista

Suponga que un gen tiene una tasa de transcripción kr=0.2/s mientras no llegue el activador, y de kr=2/s
cuando el activador X está en el sitio de adhesión del promotor. El activador se adhiere con una tasa de
k+=108/s/mol y se separa con una tasa de k-=10-2/s

a) Para una cantidad de activador X=2*10-10 mol, qué fracción del tiempo está libre el promotor?

b) Cuál es kr en promedio?

c) Asuma que hasta t=20s no hay activador, y luego la cantidad de activador es X=1*10-10 mol. Calcule o
simule el comportamiento de la cantidad de ARN en función del tiempo entre t=0 y t=40s.
4. Retroalimentación positiva y biestabilidad

Suponga que la proteína X es un activador transcripcional y D el promotor controlado por X. Si el promotor D

es el mismo que controla la producción de X, la retroalimentación resultante puede conducir a la biestabilidad.

Sea v1 la tasa de expresión del ADN unido a dos proteínas (DXAXB) y v0 < v1 la tasa de expresión del ADN
libre (D). La dinámica de x, la concentración de X, es

a) Las soluciones en estado estable o puntos fijos (no confundir con "estables") ocurren cuando las tasas de
creación f(x) y degradación g(x) son iguales. Tomando 𝛾=1 y K1K2=1, use el código de Matlab provisto
(ptarea1.m) para explorar la intersección de f(x) y g(x) a medida que varían los parámetros v0 y v1. Las
imágenes i a v muestran los tipos de comportamientos posibles. Dibuje (en Matlab) un ejemplo para los tipos
i, iii y v, indicando los parámetros usados para generarlos. Indique con flechas sobre el eje si x aumenta o
disminuye y la estabilidad de los puntos de equilibrio. ¿Qué pasaría si no hubiera cooperatividad?

b) La frontera entre monoestabilidad y biestabilidad está dada por los parámetros para los cuales hay
exactamente dos puntos fijos (casos ii y iv). Tomando 𝛾=1 y K1K2=1, escriba la condición f(x)=g(x) como una
cubica. Si se factorizara en la forma (x - a1)(x -a2)(x - a3), ¿qué condición deben obedecer las raíces ai para
que el comportamiento del sistema sea el caso ii o iv? Grafique las zonas de estabilidad en el espacio (v0, v1).