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Purinas y Pirimidinas PDF
Purinas y Pirimidinas PDF
Glicina CO 2
7 6
Aspartato
N 5
N
1
8
2
N 4
N
9 3
Glutamina
Formiato
Como ya dijimos, la biosíntesis de purinas se realiza sobre la ribosa-fosfato,
por lo que en la primer reacción de esta ruta se requiere fosforribosil pirofosfato
(PRPP). Por lo mismo, el producto final de esta ruta biosintética no es la base
hipoxantina, sino su 5’-ribonucleótido, denominado inosina 5’-monofosfato (IMP o
inosinato). La hipoxantina detectada en el hígado de aves por Krebs y sus colegas
se formó por la acción de las enzimas de degradación que catalizan la remoción de
los grupos azúcar y fosfato de los nucleótidos. La vía de novo de la síntesis de la
purina comprende una serie de intermediarios que contienen el azúcar unido a
esqueletos incompletos de lo que finalmente constituirá el anillo básico de las
purinas. Debido a su complejidad e inutilidad práctica nos abstendremos de incluir
los nombres completos de cada uno de los intermediarios en esta ruta de síntesis.
Sin embargo, sí nos detendremos en analizar sus estructuras químicas y las
reacciones en las que intervienen.
En la figura se ilustra la vía de novo para el IMP, que es ensamblado en diez
etapas (indicadas con los números en rojo). El orden en el cual los átomos son
adicionados es el siguiente: N-9 de glutamina; C-4, C-5 y N-7 de glicina; C-8 de 10-
formiltetrahidrofolato; N-3 de glutamina; C-6 del CO2, N-1 de aspartato; C-2 de l0-
formiltetrahidrofolato. Nótese que primero se completa el anillo imidazol de 5 átomos
(etapa 5) y después la estructura del anillo de seis miembros (etapa 10).
Explicaremos con detalle sólo algunas pocas etapas.
La vía se inicia con el desplazamiento del grupo pirofosforilo de PRPP por el
nitrógeno amídico de la glutamina, reacción catalizada por la glutamina-PRPP
amidotransferasa (etapa 1 en la figura de más abajo). El grupo amino del producto
fosforribosilamina, es entonces acilado por la glicina para formar glicinamida
ribonucleótido (etapa 2). El mecanismo de esta reacción, implica la formación de un
intermediario glicil-fosfato, que finalmente permite incorporar el grupo glicina sobre
el nitrógeno de la fosforribosilamina. Este mecanismo, se asemeja al de la glutamina
sintetasa, la cual tiene al glutamil-fosfato como intermediario, antes de formar el
enlace entre el glutamilo y el nitrógeno.
Enseguida (etapa 3), un grupo formilo aportado por el 10-formiltetrahidrofolato
es incorporado sobre el grupo amino destinado a convertirse en el N-7 del IMP. En
la etapa 4, una amida es convertida en una amina, (R)-HN—C=NH, en una reacción
dependiente de ATP que requiere glutamina como el donador de nitrógeno. La
enzima que cataliza esta etapa, una amidotransferasa, es inhibida irreversiblemente
por los antibióticos que son análogos de la glutamina, por ejemplo, la azaserina y la
6-diazo-5-oxo-norleucina. Estos compuestos, reaccionan con un grupo sulfhidrilo de
la enzima modificando, por una unión covalente, el sitio activo.
La etapa 5 es una reacción de deshidratación que permite cerrar el anillo y
requiere ATP. En la etapa 6, el CO2 es incorporado fijándose en el carbono que se
convertirá en el C-5 de la purina. En algunos organismos, esta carboxilación es
inusual ya que ni la biotina, ni el ATP son necesarios. El C-5 del anillo imidazol es
un nucleófilo activado porque en parte es una enamina (H2N—C=C), con el grupo
NH2 que es análogo al grupo OH de un enol. El mecanismo por el cual este
nucleófilo reacciona con el CO2 electrofílico se muestra en la siguiente figura.
En las dos etapas que siguen (7 y 8), el grupo amino del aspartato es
incorporado dentro del sistema anular de la purina en crecimiento. Primero, el
aspartato se une al grupo carboxilo recientemente adicionado para formar una
amida, específicamente una succinilcarboxamida. Entonces, una liasa,
adenilosuccinato liasa, cataliza una reacción no hidrolítica de ruptura que libera
fumarato. Este proceso en dos etapas da como resultado la transferencia de un
grupo amino que contiene el nitrógeno destinado a convertirse en N-1 del IMP.
O OH
C
H2 C
O NH2 O
O Glicina
H O P OH HO P OH
HO P OH H2 N
O Gln 1 O CH2
O O Glu
O 2
CH2 O CH2 O C
O P O P OH CH2 O N O
NH2
OH OH H
H2O
HO OH HO OH
O O HO OH ATP
ADP + Pi
5-fosfo-ribosil-1-pirofosfato HO P O P OH
PRPP
OH OH
10-formil-
O
tetrahidrofolato
H2O
2 HO P OH 3
OH Tetrahidrofolato
O O O
H 4 H
HO P OH HO P OH N HO P OH N
N O C
HO C CH O CH2 Glu
O O C CH2
O Gln
CH2 O H C CH2 O H C CH2 O H C
N NH2 N NH N O
H H H
HO OH HO OH ATP + H2O HO OH
ADP + Pi
ATP
5 O OH
C
H2 N CH
ADP + Pi
O O CH2 O
HO P OH O O O OH
N HO P OH C HO P OH C
N C HO O N C
O CH C C
HC O HC OH Apartato O HC N CH
CH2 O C CH2 O C CH2 O C H CH
N NH2 N NH2 N NH2 2
C
HO O
HO OH HO OH HO OH
ATP ADP + Pi
CO2
6 7
O OH
C
8 CH
CH
C
O HO O
O Fumarato
HO P OH N O
C O
O C NH2
HC HO P OH N
O CH2 O C H C
HO P OH O N N C OH O HC C NH2
N C
CH2 O C
O C NH 10 N NH2
HC HO OH
CH2 O C CH
N N
HO OH
9
HO OH O
H2O O 10-formil-
Inosina-5'-monofosfato HO P OH
IMP N C tetrahidrofolato
O HC C NH2
H Tetrahidrofolato
CH2 O C
N N C O
H
HO OH
En la etapa 9, la cual se asemeja a la etapa 3, el 10-formiltetrahidrofolato
dona un grupo formilo al grupo amino nucleófilo de la aminoimidazol carboxamida
ribonucleótido. En la última etapa, 10, el nitrógeno amídico se condensa con el
grupo formilo cerrando el anillo que completa el sistema purina del IMP.
La síntesis de novo de IMP consume considerable energía. El ATP es
convertido en AMP durante la síntesis del PRPP. También las etapas 2, 4, 5 y 7 son
dirigidas por la conversión de ATP en ADP. Si se analiza la síntesis de purinas
desde la etapa inicial de la incorporación del NH4+, se requiere energía adicional del
ATP para la síntesis de glutamina a partir de glutamato y amoniaco.
O CH
HO O
H NH2
C C C C HC
O HO P OH
H2 C
O N OH C N
HO P OH HO O O C N
O OH C HC
N Fumarato CH2 C CH
C O C NH 12 O N N
HC
H2 N CH CH2 C CH
O N N
CH2
HO OH
C
HO O 11 HO OH Adenosina-5'-monofosfato
AMP
Apartato Kinasas,
O Adenosil-succinato
O Fosforilación
HO P OH oxidativa
N C GTP
O C NH GDP + Pi
HC
CH2 C CH
O N ATP
N
11'
HO OH NAD+ GTP
NADH + H +
Inosina-5'-monofosfato
IMP Kinasas
H2O O
O O
HO P OH O
N C 12' HO P OH
O C NH N C
HC Glu O C NH
CH2 Gln HC
O C C CH2
N N O O C C
N N NH2
H
ATP+ H 2O
HO OH AMP + PPi
HO OH
Xantosina-5'-monofosfato
Guanosina-5'-monofosfato
XMP
GMP
En la conversión de IMP en GMP, el C-2 es oxidado en una reacción que
cataliza la IMP deshidrogenasa (reacción 11’). Esta reacción se efectúa por adición
de una molécula de agua al doble enlace C-2 = N-3 y la oxidación del hidrato por
NADP+. El producto de la oxidación es xantosina monofosfato (XMP). En seguida,
en una reacción dependiente de ATP, catalizada por la GMP sintetasa, el nitrógeno
amídico de la glutamina sustituye al oxígeno del C-2 de XMP (reacción 12’). En esta
etapa, el grupo ceto del C-2 del XMP se tautomeriza a enol antes de la
transaminación.
La síntesis de los nucleótidos de purina es regulada mediante retroinhibición.
Diversas enzimas que catalizan las etapas de la biosíntesis de los nucleótidos de
purina presentan, in vitro, un comportamiento cinético alostérico. La PRPP sintetasa
es inhibida por AMP, GMP e IMP. La enzima que cataliza la primera etapa en la ruta
de la síntesis de nucleótidos de purina, la glutamina-PRPP amidotransferasa,
también es inhibida alostéricamente por estos y otros nucleótidos purina.
Las vías que van del IMP al AMP y del IMP al GMP también son reguladas
por retroinhibición. La adenilosuccinato sintetasa es inhibida, in vitro, por el AMP o
por ATP, productos finales de esta rama, y la IMP deshidrogenasa es inhibida tanto
por XMP como GMP. Obsérvese que los productos finales inhiben tanto las etapas
iniciales comunes como a las enzimas después del punto de ramificación. Además,
el GTP es sustrato en la síntesis de AMP (etapa 11) y el ATP es sustrato en la
síntesis del GMP (etapa 12’), lo que permitiría equilibrar las concentraciones de
nucleótidos de purina en la célula.
Pi Pi Pi Pi
NH2 O O O
N N N N
N NH H2 NH NH
H2 H2 HC HC H2 HC
HC
HO C CH HO C CH HO C HO C
O N O N O N N NH2 O N
N Adenosina N N O
H
aminohidrolasa
HO OH HO OH HO OH HO OH
Adenosina H2O Inosina Guanosina Xantosina
NH3
Pi Pi Pi
Purina
fosforilasa
Ribosa-1 Ribosa-1 Ribosa-1
fosfato fosfato fosfato
O O
N N
NH NH
HC HC
CH N
N N N NH2
H H
Hipoxantina Guanina
H2O
O2 + H 2O Guanina
aminohidrolasa
Xantina NH 3
oxidasa
H2O2
O
N
NH
HC
N N O
H H
Xantina
O2 + H2O
Xantina
oxidasa
H2O2
O
H
N
NH
O
N N O
H H
Ácido úrico
Sus sitios activos contienen sistemas de transferencia de electrones bastante
complejos, que incluyen un centro de hierro-azufre, una molibdoproteína y FAD.
En la mayoría de las células, la guanina es desaminada a xantina, en una
reacción que es catalizada por la enzima guanasa (guanina aminohidrolasa) pero
aquellos animales que no tienen esta enzima excretan guanina como producto de
degradación de algunas purinas. Por ejemplo, los cerdos excretan guanina, pero en
cambio sí metabolizan la adenina hasta alantoína, el principal producto del
catabolismo de las purinas en la mayor parte de los mamíferos.
La gota es una enfermedad de los humanos causada por la sobreproducción
o la excreción inadecuada del ácido úrico. El ácido úrico es relativamente insoluble,
y cuando su concentración en la sangre es elevada, puede cristalizar en el cartílago
y los tejidos blandos, especialmente en el riñón, en los dedos de los pies y en las
articulaciones. La gota tiene varias causas, entre ellas la deficiencia parcial en la
actividad de la hipoxantina-guanina-fosforribosiltransferasa. Esta enzima es la que
permite recuperar las bases púricas que se están degradando cuando llegan al nivel
de hipoxantina o de xantina, o sea inmediatamente antes de su conversión en el
producto final, el ácido úrico. Así en esta enfermedad se obtiene una recuperación
menor de las purinas y una mayor producción catabólica de ácido úrico. La
enfermedad, también puede ser causada por una regulación defectuosa de la
biosíntesis de purinas. La gota puede ser tratada por la administración de alopurinol,
un isómero posicional C-7, N-8, sintético de la hipoxantina. Debido a que el
alopurinol es un inhibidor potente de la xantina deshidrogenasa, su presencia evita
la formación de niveles anormalmente elevados de ácido úrico. La hipoxantina y la
xantina son más solubles que el ácido úrico, y por consiguiente pueden ser
excretadas.
En la mayor parte de los organismos, el ácido úrico puede ser oxidado más
tarde. La urato oxidasa cataliza la conversión, dependiente de O2, del ácido úrico a
alantoína, H2O, y CO2. En este proceso, se abre el anillo de pirimidina del ácido
úrico. La alantoína es el producto principal de la degradación de purinas en la mayor
parte de los mamíferos (aunque no en los humanos, para quienes el producto final
es el ácido úrico). También es excretado por las tortugas, algunos insectos, y los
gastrópodos.
La enzima alantoinasa cataliza la apertura hidrolítica del anillo imidazol de la
alantoina para producir alantoato, la base conjugada del ácido alantoico. Algunos
peces de espina (teleosteos) tienen actividad de alantoinasa, pero no pueden
degradar el alantoato y por lo tanto excretan alantoato como el producto final de la
degradación de purinas.
O CO2 + H 2O2
H H 2O H2O H2O
H O NH2 COOH
N O2 + H 2O N COOH
NH C NH2 NH2 NH2
O O C
O
C C C C
+ 2 C
CO2 + 2 NH3
N Urato N H N O N H N O
H
N O
oxidasa H H Alantoinasa H H Alantoicasa H O H2N O
H Ureasa
Ácido úrico Alantoína Ácido alantoico Glioxilato Urea
La mayor parte de los peces, los anfibios y las moluscos de agua dulce son
capaces de metabolizar el alantoato en una etapa más. Estas especies contienen la
enzima alantoicasa, la cual cataliza la hidrólisis del alantoato a una molécula de
glioxilato y dos moléculas de urea. Así, en estos organismos, la urea es el producto
final del catabolismo de las purinas.
Finalmente, diversos organismos —que incluyen plantas, crustáceos, y
muchos invertebrados marinos— pueden hidrolizar la urea en una reacción que
cataliza la ureasa. Los productos de esta reacción son dióxido de carbono y
amoniaco. La ureasa se encuentra solamente en organismos en los cuales la
hidrólisis de la urea no trae consigo la toxicidad del amoniaco. Por ejemplo, en las
plantas, el amoniaco generado a partir de la urea, es asimilado con rapidez por la
acción de la glutamina sintetasa.
En 1964, Michael Lesch y William Nyhan, describieron una enfermedad
metabólica severa caracterizada por retardo mental, elasticidad semejante a
parálisis, y una rara tendencia hacia la automutilación. Los individuos que padecen
esta enfermedad, llamada síndrome de Lesch-Nyhan, raramente sobreviven a la
infancia. Las características bioquímicas prominentes de la enfermedad son la
excreción de hasta seis veces la cantidad normal del ácido úrico y una velocidad
muy aumentada para la biosíntesis de novo de purinas. La enfermedad es causada
por una deficiencia hereditaria de la enzima hipoxantina-guanina-
fosforribosiltransferasa. Debido a que el gen para esta enzima está en el
cromosoma X, la enfermedad está restringida usualmente a los varones. En lugar de
ser convertidas a IMP y GMP respectivamente, la hipoxantina y la guanina son
degradadas a ácido úrico. El PRPP utilizado normalmente para economizar la
hipoxantina y la guanina contribuye a la síntesis de novo de cantidades excesivas
de IMP, y el IMP en exceso es degradado a más ácido úrico. No se conoce como
este solo defecto enzimático causa los diversos síntomas de comportamiento. Los
efectos catastróficos de la deficiencia indican que la vía de economía de purinas es
más que el simple ahorro de energía adicional a las vías centrales de metabolismo
de nucleótidos de purina.
Ribosa-1 O deoxiRibosa
fosfato 1-fosfato
HC NH
HC O
N
NADPH + H+ H
Uracilo
NADP + Dihidrouracil
deshidrogenasa
O
H2O O
OH H2O
C O
H2C NH OH
CH2 NH 2 C
H2C O CH2 + CO2 + NH3
N Dihidrouracil H2C C O β-ureido
H hidrasa N propionasa CH2 NH2
H
Dihidrouracilo β-ureidopropionato β-alanina
El catabolismo de la base de las pirimidinas produce intermedios del
metabolismo central; así, no se forman productos de excreción distintos. La
degradación de ambos, uracilo y timina comprende varias etapas. Primero, el anillo
pirimidina es reducido a 5,6-dihidropirimidina en una reacción catalizada por la
dihidrouracilo deshidrogenasa, una reductasa diferente de las que participan en la
biosíntesis de novo. El anillo reducido es abierto por ruptura hidrolítica del enlace N-
3-C-4 en una reacción catalizada por dihidropirimidinasa. El derivado resultante es
un beta aminoácido sustituido o un N-carbamoil-β-aminoácido (ureidopropianato o
ureidoisobutirato) que es hidrolizado a NH4+, HCO3- y un β-aminoácido. La β-alanina
y el β-aminoisobutirato (proveniente de la timina) se pueden convertir en acetil CoA
y succinil CoA, respectivamente, las cuales pueden entrar en el ciclo del ácido
cítrico y ser convertidas en otros productos. En las bacterias, la β-alanina se puede
utilizar en la síntesis de pantotenato, un constituyente de la coenzima A.