Síntesis de Pirimidinas

Diferencias
 La síntesis de pirimidinas difiere en varios puntos importantes de la
síntesis de purinas.
 Primero, la síntesis lleva directamente a la formaciòn inicial del
anillo de pirimidina, como una base libre, el ácido orótico. El PRPP
es agregado posteriormente a la primera base completamente
formada de pirimidina (ácido orótico), formando el orotato
monofosfato (OMP),
 El OMP es posteriormente descarboxilado a UMP.
 Segundo, no hay ramificación terminal en la vía de la síntesis de
pirimidina.
 El UMP es fosforilado dos veces para producir UTP (el ATP es el
donante de fosfato). La primera fosforilación es catalizada por la
uridilato cinasa y la segunda por la nucleósido difosfato cinasa que es
ubícua.
 Finalmente el UTP es aminado por la acción de la CTP sintasa,
generando CTP.
 Los nucleótidos de timina son a su vez derivados por la síntesis de
novo desde dUMP o mediante vías de salvamento a partir de la
desoxiuridina o de la desoxitimidina.
 Los nucleótidos son sintetizados según dos tipos de vías: las vías
de novo y las vías de recuperación.
 Cuando siguen las vías de novo, las bases púricas o pirimídicas
son “construidas” a partir de precursores simples:
 algunos aminoácidos, como la glicina, el aspartato y la glutamina, que
aportan los elementos de base,
 el ion bicarbonate HCO3-,
 el ion amonio NH4+ y, finalmente
 los derivados activados del tetrahidrofolato.
 En el caso de los ribonucleótidos pirimídicos , la unidad osa-fosfato
es incorporada a la base ya formada por un donador activado, la 5-
fosforibosil-1-pirofosfato (PRPP).
 Por el contrario, la síntesis de los ribonucleótidos púricos se inicia
(son sintetizados) directamente sobre la PRPP.
 En las vías de recuperación o salvamento, las bases preformadas
derivadas de la alimentación o del catabolismo del organismo
mismo, son recuperadas y unidas al PRPP.
Desoxiribonucleótidos
 En el caso del DNA, los desoxiribonucleótidos son
sintetizados por reducción del átomo de carbono
C-2’ de los ribonucleótidos, previamente
sintetizados, por la acción de una Ribonucleótido
Reductasa.
 Además, no se requiere la presencia del uracilo,
sino de su derivado metilado, la timina
 La timina es obtenida, a partir del uracilo, por la
actividad de la enzima timidilato sintasa
 De este modo, estas dos enzimas, la
Ribonucleótido Reductasa y la Timidilato Sintasa,
han permitido a los seres vivos, durante la
evolución, pasar de un mundo de RNA a un
mundo de DNA
Síntesis de novo de nucleótidos de
pirimidina

Orígenes de los átomos que forman el anillo

Se sintetiza primero una base (orotato) y después se le

une la ribosa y un fosfato para dar un nucleótido
monofosfato (OMP)

OMP → UMP → UDP → UTP → CTP

 Carbamil-fosfato Sintetasa II
• El carbamil fosfato usado para la síntesis de los nucleótidos de pirimidina se
deriva de la glutamina y del bicarbonato y se realiza dentro del citosol.
• El carbamil fosfato del ciclo de la urea se deriva del amoníaco y del
bicarbonato y se realiza en la mitocondria.
• La reacción del ciclo de la urea es catalizada por la carbamil fosfato
sintetasa I (CPS-I), mientras que el carbamil fosfato precursor de los
nucleótidos de pirimidina es sintetizado por la CPS-II.
 Carbamil fosfato
sintetasa II
 En una primer etapa, se forma carbamil-
fosfato a partir de bicarbonato y del
amoniaco resultante de la hidrólisis de la
glutamina durante una reacción sumamente
compleja catalizada por la carbamil
fosfato sintetasa II citosólica
 Esta enzima es diferente de la carbamil
fosfato sintetasa I mitocondrial que participa
en la síntesis de la urea
 La carbamil fosfato sintetasa II está
formada por dos cadenas peptídicas. La más
pequeña contiene un sitio donde se realiza
la hidrólisis de la glutamina que genera el
amoniaco.
 La mayor de las dos cadenas posee dos
dominios homólogos que catalizan por turno
cada una de las dos etapas dependientes de
ATP
 Síntesis de Pirimidinas
 El carbamil fosfato reacciona con aspartato para formar
el intermediario carbamil-aspártico, en una reacción
catalizada por la Aspartato transcarbamilasa (ATCase).
 El carbamil-aspártico, que ya contiene todos los átomos
necesarios para formar el anillo pirimídico, se cicliza por
la actividad de la Dihidro-orotasa para formar dihidro-
orotato
 El cual en seguida es oxidado por la enzima Dihidro-
orotato deshidrogenasa para formar el orotato
 Ahora el orotato se acopla al PRPP para formar
orotidilato. Esta reacción es catalizada por la Pirimidina
fosforibosiltransferasa.
 El orotidilato es descarboxilado a uridilato (UMP) por la
Orotidilato descarboxilasa.
 El UMP es el precursor de todos los otros ribonucleótidos
pirimídicos.
 Aspartato transcarbamilasa
 La síntesis de pirimidinas comienza con la
unión de carbamilfosfato a aspartato, con
liberación de fosfato inorgánico, para dar
carbamilaspartato, molécula que tiene ya los
6 átomos necesarios para el anillo de las
pirimidinas.
 Se trata del primer paso comprometido y
limitante en la biosíntesis de pirimidinas, y
está catalizado por la enzima Aspartato
transcarbamilasa (Carbamil fosfato: L-
aspartato carbamil transferasa, EC 2.1.3.2).
 Aspartato transcarbamilasa
 Esta enzima tiene un interesantísimo
comportamiento regulatorio.
– La aspartato transcarbamilasa es un sistema típico de
retroalimentación negativa. Desde los estudios de Gerhart
y Pardee en los ‘950 se sabe que su actividad se inhibe por
el nucleótido CTP, que es uno de los productos finales de
la biosíntesis de pirimidinas.
– La aspartato transcarbamilasa es activada por ATP,
producto final de la biosíntesis de purinas. De esta forma,
síntesis de purinas y pirimidinas quedan reguladas
mutuamente.
– Por otra parte, la enzima muestra una cinética anómala
respecto a sus dos substratos, carbamilfosfato y aspartato,
dando lugar a una dependencia sigmoide de la velocidad
respecto a la concentración de substrato.
 En las células de mamíferos la ATCasa es una proteína
multifuncional. Es capaz de catalizar la formación de carbamil
fosfato, carbamil aspartato, y dihidroorotato.
 La actividad de la carbamil sintetasa de este complejo es llamada
carbamil fosfato sintetasa II (CPS-II), para distinguirla de la CPS-I,
que está involucrada en el ciclo de la urea.
 Este complejo está localizado en el citoplasma y, por lo tanto, las
tres enzimas que lo constituyen son de localización citoplásmica,
incluyendo la actividad de la CPS-II.
 La CPS-I del ciclo de la urea se localiza en la mitocondria y utiliza el
amoníaco.
 El dominio CPS-II de este complejo, es activado por ATP e inhibido
por UDP, UTP, dUTP, y CTP.
 El UMP puede ahora ser fosforilado para formar UDP y
después UTP. Este último puede ser convertido a citidina
trifosfato (CTP) mediante el remplazamiento de uno de
sus grupos carbonilo por un grupo amino, donado por al
aminoácido glutamina
 La biosynthèse des ribonucléotides pyrimidiques, est
régulée par rétroinhibition.
 L’ATCase, l’un des enzymes clé de la régulation, est
inhibée par le CTP, produit final de la voie de
biosynthèse des ribonucléotides pyrimidiques, et
stimulée par l’ATP, produit final de la voie de
biosynthèse des ribonucléotides puriques
Ribonucleótido Reductasa (RNR)
 Es una enzima dependiente de fierro
 Esencial para la síntesis de DNA.
 Está presente en todas las formas vivas conocidas
 La RNR desempeña un punto crítico en la regulación de la velocidad
de síntesis de DNA de tal manera de que la razón DNA/masa celular
se mantenga constante durante la división celular y la reparación
del DNA.
 El mecanismo de la enzima comprende la reducción del carbón-2’ de
la ribosa-5-fosfato para formar el derivado 2’-desoxi reducido de
todos los 2’-desoxiribonucleósido 5’-difosfatos (dNDPs).
 Esta reducción se inicia con la generación de un radical libre.
 Enseguida la RNR requiere la donación de electrones, los cuales
obtiene de los grupos tioles de la proteína Tioredoxina.
 La regeneración de la Tioredoxina requiere la presencia de NADPH
+ H+ cuyos grupos hidrógeno son utilizados para reducir los grupos
disulfuro de la Tioredoxina.
Regulación de la Formación de
dNTP
 La ribonucleótido reductasa es la única enzima usada en la
generación de todos los desoxirribonucleótidos. Por lo tanto, su
actividad y especificidad de substrato debe ser cuidadosamente
regulada para asegurar el balance en la producción de los cuatro
dNTPs requeridos para la replicación de DNA.
 Tal regulación ocurre por la unión de efectores nucleótidos trifosfato
a sus sitios de actividad o a los sitios especificos de los complejos
enzimáticos. Los sitios de actividad se unen al ATP o al dATP con
baja afinidad, mientras que los sitios de especificidad se unen al
ATP, al dATP, al dGTP, o al dTTP con alta afinidad.
 El enlace de ATP en los sitios de actividad conduce a un incremento
de la actividad enzimática, mientras que el enlace de dATP inhibe la
enzima.
 El enlace de nucleótidos en los sitios de especificidad permite a la
enzima detectar eficientemente la abundancia relativa de los cuatro
dNTPs y ajustar su afinidad para los dNTPs menos abundantes, para
alcanzar un equilibrio de la producción.
RIBONUCLEÓTIDO REDUCTASA
 TIMIDILATO SINTETASA
 Es la enzima utilizada en la generación del timidilato
monofosfato indispensable para la síntesis del DNA.
 La timidina monofosfato se genera por la metilación
reductiva de la desoxiuridina monofosfato (dUMP)
catalizada por esta enzima
 El donador del grupo metilo de la timidina es el N5, N10-
metileno tetrahidrofolato, el cual es convertido a
dihidrofolato.
 El metilen-tetrahidrofolato debe ser regenerado para que
la síntesis de timina pueda proseguir, lo cual se realiza
en dos pasos:
– 1º el dihidrofolato es convertido en tetrahidrofolato por la
dihidrofolato reductasa y
– 2º el N5, N10-metileno tetrahidrofolato es regenerado por la
actividad de la enzima serina hidroximetil transferasa
 La etapa limitante en la biosíntesis de pirimidinas es la formación del N-
carbamilaspartato a partir de aspartato y carbamilfosfato, catalizada por la
aspartato transcarbamilasa, que es una enzima de regulación muy
interesante
 El anillo de pirimidina se forma en la reacción siguiente, en la que el
carbamilaspartato se cicla, con pérdida de agua, para formar el
dihidroorotato.
 Por deshidrogenación del dihidrorotato se forma orotato.
 Las primeras 3 enzimas de esta vía (carbamil fosfato sintetasa II, aspartato
transcarbamilasa y dihidroorotasa) en los eucariotes forman parte de una
única proteína trifuncional, conocida con las siglas CAD.
 Una vez formado el orotato se le une la cadena lateral de ribosa-5-fosfato,
proporcionada una vez más por el PRPP, dando lugar al orodilato. El
orodilato se descarboxila para dar uridilato (UMP) que se fosforila hasta
UTP (fig).
 El CTP se forma a partir del UTP por acción de la citidilato sintetasa,
mediante sustitución del oxígeno carbonílico en posición C-4 por un grupo
amino. En los mamíferos, el dador del amino es el grupo amida de la
glutamina, mientras que en E. coli se utiliza NH4+ para esta reacción, que
es también dependiente de ATP: