Con la célula, la biologta descubrié su étomo... A partir de entonces el estudio de la célula y la caracterizacién de su estructura fueron ya esenciales para identificar aquellas propiedades comunes y necesarias. para la vida de todas las células y, complementariamente, para identi- ficar las diferencias asociadas con funciones especificas. —Frangois Jacob, La logique du vivant: une histoire de V’hérédité (La l6gica de la vida: una historia de la herencia), 1970 Fundamentos de bioquimica A pesar de ello, los organismos poseen cualidades extra- ordinarias, que los distinguen de otras agrupaciones de materia. Cuéles son, pues, las caractertsticas distintivas de los organis- mos vivos? 1.1 Fundamentoscelulares 2 1.2. Fundamentos quimicos 11 1.3, Fundamentosfisicos 19 1.4 Fundamentos genéticos 27 1.5. Fundamentos evolutivos 29 el universo nacié de un cataclismo explosivo que esparcié particulas subtomicas extremadamente calientes y ricas ‘en energia. En cuestién de segundos se formaron los elementos és simples (el hidrgeno y el helio). Al tiempo que el universo se expandia y entriaba, se condenssaba la materia bajo la influen- cia de la gravedad y se formaban las estrellas. Algunas de ellas se hicieron enormes y, a continuacién, explotaron en forma de supernovas y liberaron la energia necesaria para producir ele- mentos més complejos.a partir de la fusion de los nicleos atémi- ‘cos mas simples. De este modo aparecieron, a lo largo de miles de millones de afos, a Tierra y los elementos quimicos que hoy se encuentran en ella. La vida apareci hace unos cuatro mil ri- lones de afios en forma de microorganismos sencillos dotados de a capacidad de extraer energia de los compuestos quimicas y después de la huz solar. Esta energia sirvi6 para sintetizar una ‘ampliavariedad de blomoléeulas més complejas a partir de los elementos y compuestos mas simples presentes en la superficie dela Terra. La bioquimica se pregunta acerca de! modo en que miles de diferentes moléculas inanimadas dieron lugar alas comnplejas propiedades de los organismos vivos. Cuando estas moléculas se afslan y examinan individualmente cumplen todas las leyes fi- sicas y quifmicas que describen el comportamiento de la materia, inanimada, del mismo modo que ocurre con todos los procesos que tienen lugar en organisms vivos. El estudio de la bioquimni- cca muestra el modo en que las colecciones de moléculas inani- madas que constituyen los organismos vivos interaccionan para mantener y perpetuar la vida, rigiéndose tinicamente por las, rmismas leyes fisicas y quimicas que gobiernan todo el universo. H:- aproximadamente unos quince mil millones de afios, Un elevado grado de complejidad quimica y de orga- nizacién microseépica. Las intrincadas estructuras in- temas celulares estén formadas por miles de moléculas diferentes (Fig. 1-1a). Entre ellas se cuentan polimeros muy largos, cada uno de ellos con su propia secuencia de subunidades, su estructura tridimensional tinica y su capa- cidad para interaccionar de forma especifica y selectiva ‘con otras moléculas celulares. La existencia de sistemas para Ia extraccién, trans- formacién y uso de energia del entorno (Fig. 1-1b), que permite alos organismos construir y mantener sus comple- jas estructuras y llevar a cabo un trabajo mecénico, quimico, ‘osmotico y eléctrico, Ello se opone a la tendencia que toda ‘materia tiene a degradarse hacia un estado més desordena- do ya quedar finalmente en equilibrio con su entomo, La existencia de funciones definidas para cada uno de los componentes de un organismo y la regula- cién de las interacciones entre ellos. sto es cierto no ‘inicamente para estructuras macroscSpicas tales como hojas y tallos o coraz6n y pulmones, sino también para es- tructuras microscépicas intracelulares y para compuestos ‘quimnicos individuales. Bxiste una relacién dindmica entre Jos componentes quimicos de un organismo vivo; los cam- bios en uno de los componentes producen cambios coordi- nados 0 compensatorios en otro, de modo que el conjunto pose un cardcter propio, més allé del de cada una de sus partes individuales. El conjunto de moléculas lleva a cabo lun programa que tiene como resultado final la reproduc ci6n del mismo y la autoperpetuacién de este conjunto de moléculas; en definitiva, el resultado final es la vida. ‘Mecanismos para detectar y responder a las alteracio- ines en su entorno, mediante un ajuste constante a estos, ‘cambios gracias ala adaptaciGn de sus procesos quimicos in- ‘teros a su posicién en el ambiente que los rodea. re] 1[2] andanensde begun (@) © FIGURA1=1 Algunas caracteristicas de la materia viva. (a) En esta secci6nf- na detejido muscular de vertebrado, vista al microscopio electrbnico, se apre- cia su organizacién ycomplejdad microscdpica. (b) Un halctn de las praderas se nutre mediante el consumo de un pequefio pjaro.() La reproducciéa bie- l6gica tiene logar con fdeldad casi perfect, La capacidad de autorreplicarse y autoensamblarse (Fig. 1-1). Una tinica célula bacteriana colocada en un me- dio nutriente estéril puede generar miles de millones de cé- hulas “hijas” idénticas a ella en 24 horas. Gada célula contiene mmles de moléculas diferentes, algunas de ellas de una gran complejidad; a pesar dle ello, cada bacteria es una copia fiel del original y toda la informacién para su construccién est ccontenida en el material genético de la célula original La capacidad de cambiar a lo largo del tiempo me- diante evolucién gradual. Los organismos varian sus es- trategias vitales heredadas en pasos muy pequeftos, para sobrevivir en situaciones nuevas. El resultado de eones de afios de evolucién es una enorme diversidad de formas de Vida, superficialmente muy diferentes (Fig. 1-2) pero re- lacionadas en lo fundamental a través de sus ancestros co- munes. Esta unidad fundamental de los organismnos vivos se refleja a nivel molecular en la similitud de secuencias gé: nicas y de estructuras de protefnas, ‘A pesar de la existencia de estas propiedades comunes de las que se deduce que existe una uniformidad fundamental en todas Jas manifestaciones dela vida, resulta dificil hacer genera- lizaciones sobre los organismos. La diversidad de organismos en la Tierra es enorme. La gama de habitats, desde aguas vermales hasta la tundra drtica, desde el intestino animal hasta los dormi- torios de colegios mayores, tiene su reflejo en la gama igualmen te amplia de adaptaciones bioquimicas especificas que tienen lugar en un entorno quimico compartido. Con el objeto de pri- mar la claridad de exposicién, en este libro nos arriesgaremos a algunas generalizaciones que, aunque no perfectas, resultan iti- les; con frecuencia también comentaremos algunas excepcio- nes que pueden ayudar a aclarar las generalizaciones. La bioguimica describe en términos moleculares aquellas, estructuras, mecanismos y procesos quimicos compartidos por todos los organismos y proporciona los principios de organiza cién que subyacen en todas las diversas formas de vida, princi- pios a los que nos referiremos colectivamente como la légica ‘molecular de la vida, Aunque la bioquimica proporciona cono- cimientos y aplicaciones pricticas que son importantes en me- dicina, agricultura, nutrici6n e industria, su. preocupacién tiltima es el prodigio de la vida misma. Por lo tanto, en este capitulo introductorio describiremos brevemente los fundamentos celulares, quimicos, fisicos y gené- ticos de la bioquimica y el principio general de la evolucién: el desarrollo de las propiedades de las células vivas a lo largo de las generaciones. Durante la lectura de este libro puede resultar Uitl referirse a este capitulo de vez en cuando con el objeto de refrescar la memoria sobre estos temas bésicos. 1.1 Fundamentos celulares La unidad y diversidad de los organismos es evidente incluso a nivel celular. Los organismos mas pequeftos son unicelulares y microsc6picos. Los organismos mayores, multicelulares, contie- nen muchos tipos de células de tamafio, forma y funciones dife- rentes. A pesar de estas diferencias obvias, todas las c6lulas, FIGURA1~2 Diferentesorgaismosvivs compartencaracteriticas quiicas comunes. Paros, besias, plants y microorganismes del suelo comparten las mismas unidaces estructural bisicas (clues y los mismos pos de macromo- leculas (ONA, RNA, protenas) compuestas por los mismostpos de subunide des monoméricas (nuclides, aminoscidos). Utlizan las mismas rtas de sintesis de os componentes celulaes, comparten el mismo cdigo genético y descienden de los mismos ancestros evlutives. Detalle del Jardin del Edn’, cobra de Jan van Kessel, el joven (1626-1679).desde las de1os mas simples a las de los mds complejos organis- ‘mos, comparten ciertas propiedades fundamentales, observa- bles a nivel bioquimico. Las células son las unidades estructurales y funcionales de todos los organismos vivos ‘Todas las céhulas comparten ciertas caracteristicas estructurales (Fig. 1-3). La membrana plasmética define la periferia de la célula, separando su contenido del medio externo. Esté com- puesta por moléculas de lipides y de proteinas que forman una barrera hidrofobica fina, dura y flexible alrededor de la cétula. La ‘membrana actiia como una barrera ala libre circulacién de iones inorgénicos y de la mayor parte de compuestos cargados 0 pola- res, Las protetnas de transporte de la membrana plasmitica per- miten el paso de ciertos iones y moléculas; las proteinas receptoras tranamiten seftales hacia el interior de la eéhila; por sa parte, los enaimas de membrana participan en algunas reaccio- ‘Nucleo (eucariotas) ‘o nucleoide (bacterias) Contiene material genético: DNA y protefnas asociadas. El miicleo ests rodeado por una membrana. Membrana plasmética Bicapa lipidica resistente y flexible. Selectivamente permeable para ‘sustancias polares. También incluye ‘proteinas de membrana que ‘actdan en el transporte, en la recepcin de sefales ‘orgdnulos suspendidos en él centrifugacién a 160.0002 | FIGURA 1~3 Caracteristicas universales de todas las clulas vias, Todas las Ellas tienen ndcleo 0 nucleo, una membrana plasmatica y citoplasma. El citosoes fa parte del citoplasma que permanece en el sobrenadante después de la rotra suave dela membrana plastica y la centiftugacién del exracto celu- lara 150.000 g durante 1 hora. 1.1 Fundamentos celulares [3] nes, Gracias ala interaccién no covalente entre las subunidades individuales de lipidos y proteinas de la fembrana plasmdtica, la estructura global tiene un elevado grado de flexibilidad que per- mite que se produzcan cambios en la forma y el tamatio de la cé- lula, Al crecer la célula se insertan en la membrana plasmética, nuevas moléculas de Kpido y proteina recién sintetizadas; la divi- si6n celular produce dos células, cada una de las cuales posee stu propia membrana. El crecimiento y la division (Esién) celulares se producen sin pérdida de la integridad de la membrana, Elvolumen interno limitado por la membrana celular, el eito- plasma (Fig. 1-3), esté compuesto por una disolucién acuosa, el itosol, y una variedad de particulas en suspensién con funciones cespecificas. El citosol es una disolucién muy concentrada que con- tiene enzimas y las moléculas de RNA que los codifican; los com- ponentes (aminodcidos y nucle6tidos) a partir de los cuales se forman estas macromoléculas; centenares de pequetias moléculas orgénicas denominadas metabolitos, intermediarios de las rutas biosintéticas y degradativas; eoenzimas, compuestos esenciales cen rmichas reacciones catalizadas enziméticamente; iones inorga- nicos y estructuras macromoleculares tales como los ribosomas, ‘enlos que tiene lugar la sintesis de protesnas,y los proveasomas, ‘que degradan protefnas que ya no son necesarias para la célula. ‘Todas las células tienen, al menos durante una parte de su ciclo vital, un néicleo o un nucleotide, en el que se almacena y replica el genoma (el conjunto de genes, compuestos de DNA). El nucleoide en bacterias y arqueas no se encuentra separado del citoplasma por una membrana, pero en os euearlotas el niicieo contiene el material nuclear que se halla englobado en el interior de una membrana doble, la envoltura nuclear. Las célu- Jas con envoltura nuclear constituyen el amplio grupo Eukarya (Gel griego eu, “verdadero”, y karyon, “niicleo"). Entre los mi- croorganismos sin envoltura nuclear, antes denominados pro- cariotas (del griego pro, “antes"), se distinguen ahora dos grupos, Bacteria y Archaea, que se describen mas adelante. Las dimensiones celulares estan limitadas por la difusion ‘Lamayor parte de células son de tamatio micrascépico, invisibles al ojo humano. El diémetro tipico de las oélulas animales y vegetales es de unos 5 100 jam, y muchos organismos unicelulares tienen una Jongitud de tan s6lo 1 a 2 am (véase el envés de la cubierta posterior para encontrar informacién sobre las unidades y sus abreviaturas). {Qué es lo que limita las dimensiones de una célula? Elimite inferior viene probablemente marcado por el ruimero rni- nimo de cada una de las diferentes biomoléculas necesarias. Las células més pequeftas, ciertas bacterias conocidas como mico- plasmas, tienen un diémetro de 300 nm y un volumen de apro- ximadamente 10 mL. Un solo ribosoma bacteriano tiene aproximtadamente unos 20 nm en su dimensién més alargada, de ‘modo que un pequefio nimero de ribosomas ocupan ya una frac- ‘cin significativa del volumen de una célula de micoplasma. Elimite superior del tamafio celular viene marcado proba- blemente por la velocidad de difusién de las moléculas disueltas en sistemas acuosos. Asf, una célula bacteriana que depende de reacciones que consumen oxfgeno para la produccién de su energia debe obtener el oxigeno molecular del medio en el que se halla mediante difusién a través de su membrana plasmitica, Lacélula es tan pequefiay la relacion entre el érea de su super- ficie y su volumen tan grande, que el O, alcanza todas las partes4 Fundamentos de bioguimica FIGURA1~4 Fogeia dels tres dominios dea vida Laselacionesflogené- ‘ica ilsran a menudo mediante un tbo] genealgco” de este tipo, Este r- bol se basa en la similitud de las secuencias nuclotidicas de los RNA vibcsémicos de cada uno de los grupos; a mayor smiltud de secuencias, més cercanasestarin las amas, con lo que fa distancia etre ramas representa el sad de cifeencia entre dos secuencias. También se pueden construir doles de su citoplasma por difusién. Pero al aumentar el tamafio de la cétula disminuye la relacién superficie/volumen hasta Hegar a ‘un punto en el que su metabolismo consume O, a una velocidad superior ala del suministro mediante difusién. Entonces el me- tabolismo que requiere O, se haré imposible cuando el tamaiio celular crezca por encima de un determinado valor, que repre- sentaré el limite teérico superior del tamafo de la célula, ‘Los seres vivos se pueden dlasificar en tres dominios distintos ‘Todos los organismos vivos pertenecen a uno de los tres gran- des grupos (dominios) que representan las tres ramas de la evo- lucién a partir de un progenitor comin (Fig. 1~4). En base a Fusnte| do energia ‘Bacterias pérpura Bacterias verdes _Bacterias del hidrégeno Todos los eucariotas, flogenéticos a partir de smiltudes ene ls secuencas de aminoécidos de la misma proteina en especies diferentes. Por ejemplo, la comparacin dels e- ‘cuencias de la protein GroEl (una proteina bacteriana que ayuda en el plega riento de protenas gene el tbo de a Figura 3-32. El bol dea Figura 3-33 un Sb “consenso que utiliza diversas comparaciones como las descitas ara realizar estimaciones sobre a relacinevoltva de gropos de organises consideraciones bioquimicas y genéticas se pueden distinguir dos grandes grupos: Baeteria y Archaea. Las bacterias habi- tan en el suelo, en las aguas superficiales y en los tejidos de otros organismos vivos o en descomposicién. Muchas especies de Archaea, propuestas como un dominio distinto por Carl Woe- se en la década de 1980, habitan en medios muy extremos: lagos: salinos, fuentes termales, ciénagas altamente acidicasy las pro- fundidades de los océanos. Las pruebas de que se dispone su- sieren que las arqueas y las bacterias divergieron pronto. Todos, los organismos eucariéticos, que constituyen el tercer dominio, Bukarya, evolucionaron a partir de la misma rama que dio ori- ‘gen a las arqueas; los eucariotas estén, por tanto, més estrecha- mente relacionados con las arqueas que con las bacterias. Bacterias del azufre La mayoria de bacterias FIGURA 1-5 Los onanism: punden clasiarse spin su fuente principal de ener ur solr 0 compuestos quimicos oxidabes) 18 fuerte de carbon paral snes de material celular.Dentro de los dominios de Bacteria y Archaea existen sub- arupos que se distinguen por sus habitats. En los habitats aer6- bicos, con un abundante suministro de oxigeno, muchos organismos residentes obtienen su energfa mediante la transfe- rencia de electrones desde las moléculas de combustible al ox! geno. Otros ambientes son anaerébicos, précticamente privados de oxigeno, lo que obliga a que los microorganismos adaptados a ellos obtengan su energia mediante la transferencia de electrones hacia el nitrato (generando Na), sulfato (generan- do H,S) 0 GOs (generando CH,). Muchos de los microorganis- ‘mos que han evolucionado en estos ambientes anaerdbicos son anaerobios obligatorios que moririan por exposicién al oxige- no, Otros son anaerobios facultativos, capaces de vivir con y sin oxigeno, Los organismos pueden clasificarse en base a su forma de ‘obtener la energia y el carbono que necesitan para a sintesis de material celular (resumido en la Fig. 1-5). Se pueden estable- cer dos amplias categorias en base @ las fuentes de energia: los fotétrofos (cel griego tropha, “nuitricién”) recolectan y utili ‘an la luz solar, mientras que los quimistrofos obtienen su energia.a partir de la oxidacién de combustibles quimicos. Algu- nos quimidtrofos, los Litétrofos, oxidan combustibles inorgs- nicos: HS~ a $° (azufre elemental), S° a $0, NO3 aNO5, 0 Fe** aFe™, por ejemplo. Los organtrofos oxidan una amplia gama de compuestos orgénicos que se hallan en su entorno. Los fot6: trofos y los quimiétrofos pueden también dividirse entre aque- los que obtienen todo el carbono necesario a partir de CO, (autotrofos) y los que requieren nutrientes organicos (hete- r6trofos), Escherichia coli es la bacteria mejor estudiada Las células bacterianas comparten ciertas caracterfsticas es- tructurales comunes, pero también presentan especializaci nes especificas de grupo (Fig. 1-6). £. colé es un inquilino habitualmente inofensivo del tracto intestinal humano. La c6- lula de E. colé tiene aproximadamente 2 um de longitud y un poco menos de 1 wm de didmetro. Posee una membrana ex- terna protectora y una membrana plasmética interna que en- globa el citoplasma y el nucleoide. Entre las membranas interna y externa se sittia una capa fina pero resistente de un polimero (peptidoglucano) que proporciona ala célula su for- may rigidez caracteristicas, La membrana plasmatica y las ca- pas que la rodean constituyen la envoltura celular. Cabe observar que entre las arqueas la rigidez es conferida por una clase distinta de polimero (pseudopeptidoglucano). Las membranas plasméticas de las bacterias consisten en una fi- na bicapa de moléculas de Iipido en la que se insertan protef- FIGURA 1-6 Caractristicas esruturalescomunes de élula bacterianas. ‘Acausa de diferencias en la estuctura dela envotura celular, algunas bacte- tas (bacterias gram-postvas) retenen Ia tincién de Gram fntroducids por Hans Chistian Gram en 1882) y otras no (bacterias gram-negatvas). Ecoles gram-negatva. Las cianobacteris se dstinguen porsu voluminoso sistema de rmembranas interns, eno que se localizan los pigments fotosintticos. se a que las envltras celulares de as arquens yas bactras gram postvaspa- recen similares al miroscopio eectrSnic, a estructura de fs ipidos de membrana y de ls paliscirdos son muy diferentes en estos organisms (= asela Fig, 10-12) 1.1 Fundamentos celuiares [5] nas. Las membranas de las arqueas tienen una arquitectura similar, aunque sus lipidos difieren de los presentes en bacte- rias (véase la Fig, 10-12). Ribosomas Los ribosomas bacterianos gon ms pequefios que los eucariétidos pero Hevan a abo la misma funcién: sintesis de proteinas a partir de un RNA mensajero. / Nucleoide Contiene una tnica molécula de DNA, larga y circular, Bacteria Bacterias gram-positivas Membrans externa; No hay membrana externa; capa de peptidoglucanos capa de peptidoglucanos mas eruesa Arqueas Bacterias gram-negativas; No hay membrana externa; ceapa de peptidoglucanos ' capa de jueanos ‘és resistente; voluminoso en Ja cara externa de la, sistema de membranes membrana plasmétiea internas que contiene pigmentos fotosintéticos[© | Fundaments de bioguimica Elcitoplasma de B. coli contiene aproximadamente 15.000 ribosomas, cantidades variables (de decenas a miles) de copias de cada uno de los 1.000 0 més enzimas diferentes, quizés unos 1.000 compuestos orgénicos de masa molecular inferior a 1.000 (metabolites y cofactores) y una variedad de iones inorgénicos. (@) Célula animal El nucleoide contiene una inica molécula circular de DNA y el citoplasma (al igual que ocurre en la mayorfa de bacterias) con- tiene uno o més segmentos citculares de DNA de tamafio menor que reciben el nombre de plésmidos. En la naturaleza, algunos plismidos confieren resistencia a toxinas y antibidticos presen- Ribosomas: méquinas Cloroplasto: almacens la energia solar, produce ATP y ghicidos ‘Tlacoides: sintetizan el ATP con aprovechamiento de la energia luminica Pared celular: confiere forma Vacuola: degrada y recicia macromoléculas y almacena metabolitos Plasmodesimos: permiten el paso entre dos eétulas vegetales FIGURA 17 Estructura de la cHula eucaritica, lustacin esquemitica de os dos principles tipos de cul eucaritca (a) una cul animal representa tivay (6) una cola vegetal epresentatina Las célulasvegtales tienen entre 10, 100 um de dismetro, mayors que las céulas animales, que presentan un ta Nucleolo: sitio de la sfntosis de RNA ribossmico (ER aqut tiene lugar la mayor Monbrana plasmétca separa la \ Parte de sintesis de proteinas sintotizadoras de protefnas Peroxisoma: oxida écidos grasos Citoesqueleto: soporte estructural de las eétulas, facilita el movimiento de orgénulos y proteinas entre ol RE, aparato de Golgt y membrana plasmética Complejo de Golgi: procesa, empaqueta 1 distribuye proteinas e otros orgémulos ara su exportacion Reticulo endoplasmatico liso (REL): lugar de sintesis de lipidos y metabolismo de farmacos Pared celular de una célula adyacente Glioxisoma: eontiene los enzimas del ciclo del glioxilato (b) Célula vegetal smafo de 5230 um. Las estucurasrotladas en ojo son excsias de cls animals o vegetal, Los microrganisos evcartios (aes como prtstas y thongs tienen estructura siilares alas de as cus animales y vegas pe ‘pueden contener también ongnuls especializados no iustados guttes en el medio. En el laboratorio, estos segmentos de DNA son especialmente adecuados para la manipulacién experimental y constituyen herramientas poderosas en ingenierfa genética (vé- ase el Capftulo 9). La mayor parte de bacterias (incluida E. coli) existen co- mo c4luas individuales, aunque en algunos grupos bacterianos, como por ejemplo en las mixobacterias, sus células muestran un comportamiento social primitivo y forman agregados com- puestos por un gran niimero de células. Las células eucariéticas poseen diversos orgénulos membranosos que pueden aislarse para su estudio Las eétulas eucariéticas tipicas (Fig. 1~7) son mucho mayores que las bacterias: tienen normalmente un didmetro de 5 a 100 wm y un volumen celular que es entre mil y un mill6n de ve~ 1.1 Fundamentoscelulares [ 7 ] ces superior al de las bacterias. Las caracteristicas distintivas de los eucariotas son el niicleo y los orgénulos rodeados de membrana que llevan a cabo funciones espectfias: mitocon- drias, reticulo endoplasmatico, complejos de Golgi, peroxiso- mas y lisosomas. Las eélulas vegetales contienen, ademis, vvacuolas y cloroplastos (Fig. 1~7). Bn el citoplasma de muchas ccélulas también se observan grénulos o goticulas que contienen nutrientes de reserva como almidon o grasas. Eno que constituyé un importante avance bioquimico, Al- bert Claude, Christian de Duve y George Palade desarrollaron ‘métodos para la separacién individualizada de organulos cito- ‘élicos, un paso esencial para la investigacion de su estructura y funcién. En un procedimiento de fraccionamiento celular tipico (Fig. 1-8) se procede a disgregar células o tejidos en disolu- cién mediante una homogeneizacién suave. Este tratamiento rompe la membrana plasmatica pero respeta la integridad de la FIGURA 1-8 Fraccionamiento subcelular de un tejdo En prime lugar se ho- mogeneiza mecnicamente un tid, como por ejemplo el higado, para romper las célulasy dispesar su contenido en un medio acuoso El medio de sacarosa tiene ura presin osmtica similar ala de ls orgénuls, equiibrando la difv- sién de agua hacia fuera y hacia el interior de los oginulos, que se hincharian Y romperian en una disolucén de menor osmelavidad (véase la Fig. 2-12). (a Las patculs en suspensin de diferente tamafo se pueden separar por cen trifugacién a diferentes vlocidaes,o bien (b) patcuas con diferente densidad se pueden separar mediante centifugacin sopienica. nla centilugacin iso- picnica se lena un tubo de centrifuga con una dsoluci, la densidad de la ual aumenta desde la superticie hata el fondo; para produc este graente de densidad se disuelve un soluto como sacarosa a diferentes concenraciones. Cuando se deposita una mezcla de orgénulos sabre este gadiente de densidad 'y se centrifuga el tubo a alta velocidad, los orgénulos individuales sedimentan hasta que su densidad de flotacién conesponde exactarente con la del gra- iente. Entonces puede recogerse cada capa px separado. > (aiatie stecen8 | Fundamentos de biogu mayoria de los orginulos. A continuacién se centrifuga el ho- mogeneizado, proceso en el que los orgénulos tales como el nti- cleo, las mitocondrias y los lisosomas sedimentan a velocidades diferentes a causa de su diferente tamafio, aciGn diferencial permite obtener un fraccio- namiento inicial grosero del contenido citoplasmético, que pue- n mediante una centrifugacién {sopfenica (“misma densidad”), Mediante esta metodologia, los orgiinulos de densidad de flotacién diferente (resultado de las, diferentes relaciones entre cantidad de lipides y proteinas en cada clase de orginulo) se separan por centrifugacion a través La centrifi de purificarse con mis precisi de una columna de disolvente que contiene un gradiente de densidad. Recogiendo cuidadosamente el material de cada re- gi6n del gradiente y observandolo al microscopic, el bioquitnico puede establecer la posicién de sedimentaciGn de cada organu- lo y purificarlo para su estudio posterior. De esta manera se Jegra- Gativos, que las mitocondrias contienen enzimas oxidativos y ue los cloroplastos contienen pigmentos fotosintéticos. El ais- supo, por ejemplo, que los lisosomas contienen lamiento de un orgénulo enriquecido en un cierto enzima suele ser el primer paso en la purificacién de dicho enzima. El citoplasma se organiza gracias al citoesqueleto yesaltamente: linamico La microscopia de fluorescence permite observar distintos ti que se entrecruzan en la céhula pos de filamentos de protefn eucariética y forman una trama tridimensional e intercone tada, el eitoesqueleto. Existen tres clases principales de filamentos citoplasmaticos -Ios filamentos de actina, los micro- Luibulos y los filamentos intermedios (Fig. 1-9)- que difieren enanchura (entre 6 y ‘Todos ellos proporcionan estructura y organ nm), composicién y funcién especifica acién al citoplas- ma y mantienen la forma de la célula. Los filamentos de actina y Jos microtibulos colaboran también en el movirni ginulos o en el movimiento celular global Cada tipo de componente citoesquelético esté compuesto o de los or por subunidades simples de proteina que se asocian de manera lente para dar filamentos de grosor uniforme, Estos fila mentos no son estructuras permanentes, sino que se encuen: tran en constante fluct iaci6n entre su forma monomérica y su forma es ructurada en filamentos. Su localizacién celular no es- ti fijada rigidamente, sino que varfa en gran medida durante la mitosis, la citoquinesis, el desplazamiento ameboide o a causa de los cambios en la forma de la célula. La regulacién de la for macién, disgregacién y localizacién de los diversos tipos de fila mentos corre a cargo de otras protefnas encargadas de unir 0 entrelazar los filamentos o de desplazar orgémulos citoplasmati 0s alo largo de los mismos. De este breve repaso de la estructura celular podemos extraer la idea general de que la célula eucariética esta forma, da por una trama de fibras estructurales y un complejo siste- ma de compartimientos limitados por membranas (Fig. 1 Los filamentos se desagregan para reestructurarse en otro @ FIGURA 19 Los tres tipos de filamentoscitoplasmsticos: lamentos de acti- 1a, microtibulos y flamentosintermedios. Se pueden marcarestructuas cel lares con un anticuerpo(molécula capaz de reconocer una protenaespecfica) Unido covalentementea un compuesto luorescente. Las estructuasteidas son Visibles cuando se observa la célula con un microscopio de fluorescencia, {@) Célulasendoteiales de atria pulmonar bovina. Los haces de laments de actina, lamads ras deers", estinteidos en ojo; los microtabulos, que ) imadian desde el centro dela célua, en verde, y los cromosomas det nicleo en azul. (6) Una célula pulmonar de tritén durante fa mitosis. Los microtibulo (verde), unidos a estructura lamadas cinetocoros (amarillo) sobre los coma ‘mas condensados (azul, arrastran a los cromosomas hacia los polos opuesos, 0 centrosomas magenta), dela célula, Los filaments intermedios, formados por ‘queratina (rojo), mantenen la estructura de a cétula,lugar distint, Las vesteulas membranosas brotan de un orgé- nulo y se fusionan con otro. Los orgamulos se mueven por el ci- toplasma a lo largo de filamentos de proteina gracias a la energia de motores proteicos. El sistema endomembrano- ‘80 segrega procesos metabdlicos especificos, y aporta las su- perficies en las que tienen lugar ciertas reacciones enzimaticas. La exocitosis y la endocitosis, mecanismos de ‘transporte (hacia el exterior y el interior de las células, res- pectivamente) que implican fusién y fisién de membranas, permiten la comunicaci6n entre el citoplasma y su medio ex- (@) Algunos de los aminoscidos de las proteinas aie ‘ at ee H,N—Q—-H HNC Alanina Serina 100" coo" HN-C-H Bago % We vd ¢-NE ae a Tresina (b) Los componentes de los deidos nucleicos 1.1 Fundamentosceluiares [9] terno mediante la secreciGn de sustancias producidas en la cé- Tula yla captaciGn de material extracetular. ‘A pesar de su complejidad, la organizacién del citoplasma esta lejos de ser el producto del azar. El movimiento y la posi- ci6n de los orgamulos y de los elementos del citoesqueleto estan sometidos a una estrecha regulacin y en el transcurso de la vi- da de la eélula se producen importantes reorganizaciones fina- ‘mente orquestadas, tales como la mitosis. Las interacciones centre citoesqueleto y orgiinulos son reversibles, de tipo no cova- lente y estan sujetas a regulacién en respuesta a diversas sefta- Jes intra y extracelulares. Las células construyen estructuras supramoleculares ‘Las macromoléculas y sus subunidades monoméricas son de ta~ mafio muy diferente (Fig. 1-10). Una molécula de alanina mi- de menos de 0,5 nm. Una molécula de hemoglobina, la proteina transportadora de oxigeno en los eritrocitos (células rojas de la sangre), contiene cerca de 600 subunidades de aminoacido for- mando cuatro largas cadenas que se pliegan de forma globular y se asocian en estructuras de 5,5 nm de didmetro. Las proteinas FIGURA 1-10 Los compuestosorginicos a partir de los cules se forman a 1mayoria de los componentes celulares:e1 ABC dela bioquimica (a Seis de ks ‘eine aminoscidos a partir de los cuales e construyen todas las proteinas las cadena laterals se dstacan en rosa; () las cinco bases nitogenads, dos azicares de cinco carbonosy eli fsa a partir de los cuales se constuyen todos los 4idos nucleicos; (cinco componentes de lipidos de membrana, y (@) o-glucosa, ol anicar a partir del cual se derivan la mayor pate dels glic- dos. Nétese que el fosato es un componente tanto dels Scidos nuceicosco- ‘mo de las membranaslpiicas. (c) Algunos de los componentes de los lipidos - goo" a bu, OH I 1H Glicerol CH, cx, N—cn,cH,08 SPSS e RR eee ES fe te te be ere ae by CH, (ts 1H, (@) Bl axicar principal a te (th te CHK Hy CH, H & dy a CH, Palmitato HO ‘OH bi, H OH je itiesLe] Fundamentos de bioquimica Nivel: Nivel 3: Nivel 2 Nivel La eélula Complejos _ Macromoléculas_‘Unidades, y sus orgénulos supramoleculares monoméricas FIGURA1—11 Jerarqui estructural en la organizaciin molecular de las céh- as. Enestacula vegetal, nico es un orgénulo que contiene divesos pos de complejos supamoleculares, enire ells la cromatina, La cromatina consis- son, su vez, mucho menores que los ribosomas (cuyo diametro ede aproximadamente 20 nm), orgénulos, a su vez, de tamafio uy inferior al de las mitocondrias que miden aproximadamen- te 1.000 nm de didmetro, Existe, pues, una gran diferencia en- tre las biomoléculas simples y las estructuras que pueden observarse al microscopio éptico. La Figura 1-11 ilustra la je- rarquia estructural en la organizacién celular. Las subunidades monoméricas de proteinas, écidos nuclei- cosy polisacfridos se unen mediante enlaces covalentes. Sin er- argo, en complejos supramoleculares, las macromoléculas se mantienen unidas mediante interacciones no covalentes, indivi- ualmente, mucho més débiles que los enlaces covalentes. Entre las interacciones no covalentes se cuentan los enlaces de hidré- ‘geno (entre grupos polares), las interacciones idnicas (entre gru- pos cargados), las interacciones hidrofébieas (entre grupos apolares en disolucién acuosa) y las interacciones de van der Waals (fuerzas de London), todas ellas de energia considerable- mente menor que la de los enlaces covalentes. Las interacciones no covalentes se describen en el Capfhulo 2. Los complejos supra- rmoleculares se estabilizan gracias al gran niimero de interaccio- nes débiles que se establecen en ellos y que son las responsables de sus estructuras tinicas. Los estudios in vitro podrian no detectar interacciones importantes entre moléculas Uno de los métodios para entender un proceso biol6gico consis- teen el estudio de las moléculas purificadas in vitro (en el inte- rior del tubo de ensayo), evitando la interferencia con otras moléculas presentes en Ja célula intacta, es decir, in vivo. A pe- sar de que esta metodologia ha resultado muy ttil, debemnos re- cordar que el interior de una célula es muy diferente del entorno que pueda haber en un tubo de ensayo. Los componen- tes que “interfieren” y que se eliminan mediante purificacién pueden resultar criticos para la funcién biolégica o para la regu- {een dos tipas de macromokéculas, DNA y muchas proteinas diferentes, cada una formada a partir de subunidades simples. Jacién de la actividad de la molécula purificada. Por ejemplo, los studios in vitro de enzimas purificados se levan a cabo normal- mente a concentraciones muy bajas y en disoluciones acuosas cen agitacién constante. En la célula, el enzima se encuentra di- suelto o suspendido en un citosol de textura parecida a un gel y acompariado de miles de proteinas diferentes, algunas de las cuales se unen al enzima y varfan su actividad. Algunos enzimas {forman parte de complejos multienziméticos en los que los reac- tivos se canalizan de un enzima a otro sin que leguen a tener ‘contacto con el disolvente. La difusién esta limitada por la den- sidad del citosol tipo gel, cuya composicién varfa en sus distin- tas regiones. Resumiendo, una molécula determinada puede actuar de modo muy diferente en la eéhila que in vitro. Uno de los retos de la bioquimica consiste en comprender la infiuencia de la organizacién celular y las asociaciones moleculares en la funcion de enzimas y otras biomoléculas: comprender la fun ci6n tanto in vivo como in vitro. RESUMEN 1.1 Fundamentos celulares ‘Todas las células estén rodeadas por una membrana plas- ritica; poseen un citosol que contiene metabolitos, coen- zimas, iones inorgénicos y enzimas, y poseen un conjunto de genes contenido en un nucleoide (bacterias y arqueas) ‘oun niicleo (eucariotas). Los fot6trofos utilizar la luz del sol para realizar trabajo; Jos quimi6trofos oxidan combustibles mediante la trans- ferencia de electrones a buenos aceptores electrénicos: compuestos inorganicos, compuestos orgénicos u oxigeno molecular, ‘Las céinlas bacterianas 0 las arqueas contienen un citosol, ‘un mucleoide y plismidos. Las células eucaridticas tienen riicleo y estén multicompartimentadas, con ciertos proce- ‘80s continados en organulos especticos; estos orgénulos se pueden separar para su estudio de modo aislado.