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Aminoc3a1cidos y Protec3adnas PDF
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Aminocidos y pptidos
Bioqumica
TEMA 4
AMINOCIDOS Y PPTIDOS
1. Estructura y clasificacin de los aminocidos.
2. Propiedades cido-base de los aminocidos y pptidos
3. El enlace peptdico
4. Pptidos: hidrlisis y secuenciacin
Figura 1.
Estructura qumica de un aminocido. Estructura qumica en
el plano y estructura espacial. Enantimeros del aminocido
alanina.
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Neutros o apolares
Polares sin carga
Polares con carga negativa
Polares con carga positiva
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APOLARES
Glicina (gly)
Alanina (ala)
Valina (val)
Prolina (pro)
Leucina (leu)
Serina (ser)
Metionina (met)
Treonina (thr)
( )
Isoleucina (ile)
Cistena (cys)
Fenilalanina (phe)
Triptfano (trp)
Figura 2.
Estructura qumica de los L-aminocidos.
Asprtato (asp)
( )
Glutamato (glu)
( )
lisina (lys)
arginina (arg)
Histidina (his)
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Bioqumica
Cisterna Cys) C
Isoleucina (IIe) I
Serina (Ser) S
Fenilalanina (Phe) F
Leucina (Leu) L
Tirosina (Tyr) Y
Alanina (Ala) A
Glicina (Gly) G
Lisina (Lys) K
Treonina (Thr) T
Arginina (Arg) R
Glutamina (Glu) Q
Metionina (Met) M
Triptfano (Trp) W
Asparagina (Asn) N
Histidina (His) H
Prolina (Pro) P
Valina (Val) V
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Bioqumica
Figura 3
Ionizacin
de las
un L-aminocido.
La expresin que regula la proporcin
entre
formas protonada y desprotonada es:
pH = pK a + log
DP
P
COO
NH3
CH
CH
CH3
CH3
Tomemos los grupos por separado y veamos como les afecta el pH. El grupo amino presentara dos formas, una protonada (P) y cargada positivamente (-NH3+),
y otra desprotonada (DP) y sin carga (-NH2), segn el siguiente equilibrio:
NH 3+ NH 2 + H +
donde el pK a (= log K a ) 8
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donde el pK a (= log K a ) 2
COOH COO + H +
CH
COO - (-carboxilo)
CH2
CH2
COO (-carboxilo)
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Bioqumica
10
-carboxilo
(pK=2)
-0,5
-1
-1
-1
-1
-1
-1
-1
-1
-carboxilo
(pK=4)
-0,5
-1
-1
-1
-1
-1
-1
-amino
(pK=8)
+1
+1
+1
+1
+1
+1
+1
0,5
carga total
+1
0,5
-0,5
-1
-1
-1
-1,5
-2
-2
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Bioqumica
3. El enlace peptdico
Los aminocidos se encuentran unidos en los pptidos y las protenas mediante un
enlace amida (-CO-NH-):
Este enlace se forma por reaccin entre el grupo -COOH de un aminocido y el amino del siguiente (con prdida de una molcula de agua) y recibe el nombre de
enlace peptdico.
Figura 4.
Estructura espacial del enlace peptdico. (a) Ilustracin del
carcter parcialmente doble del enlace peptdico. (b)
Configuracin del plano que conforman el enlace peptdico y
los carbonos extremos.
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Bioqumica
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Bioqumica
4. Secuenciacin de un pptido
La posicin que ocupa cada aminocido dentro de la cadena polipeptdica, esto es la
secuencia, constituye el primer nivel estructural de las protenas, su estructura
primaria. La secuencia de un pptido tiene gran importancia porque entre otras
cosas condiciona los siguientes niveles estructurales.
La insulina bovina fue la primera protena que se secuenci completamente por
Sanger en 1953, lo que le vali el premio Nobel. La determinacin de la secuencia
de la insulina fue el resultado del trabajo de muchos cientficos durante 10 aos,
desde entonces se han secuenciado miles de protenas.
La secuencia de una protena, si conocemos el gen del que proviene, puede
obtenerse indirectamente, secuenciando dicho gen. Pero tambin puede hacerse la
secuenciacin qumica directa. Los pasos a seguir son:
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Bioqumica
Figura 6.
Determinacin de la secuencia de un pptido. Hidrlisis total de la protena. (a).
Determinacin del primer aminocido utilizando 2,4-dinitrofluorobenceno (b) o
fenilisotiocianato (c). Este ltimo mtodo tambin se conoce como degradacin de
Edman y permite la secuenciacin del pptido.
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Bioqumica
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Bioqumica
estudio se trata con proteasas para obtener una mezcla de pequeos pptidos. En el
primer espectrmetro la mezcla de pptidos se trata de forma que solo uno de los
pptidos es seleccionado para su posterior anlisis. El pptido seleccionado se
fragmenta en la cmara de colisin que se encuentra entre los dos espectrmetros
donde una pequea cantidad de gas noble (He o Ar) produce la fragmetacin del
pptido preferentemente por los enlaces peptdicos, como la cmara est al vaco y
no hay agua los productos son radicales. Los fragmentos son medidos en el
segundo espectrmetro. En un especto tpico los picos mayoritarios corresponden a
radicales que difieren en la masa de un aminocido particular. As puede deducirse
la secuencia. La nica ambigedad tiene lugar entre la leucina y la isoleucina que
tienen la misma masa molecular.
Este mtodo es rpido, requiere slo minsculas cantidades de muestra que pueden
ser extradas de una electroforesis bidimensional. Las grandes compaas como
Celera (particip en el proyecto genoma humano) disponen de sistemas
automatizados en que una gran cantidad de protenas se separan por electroforesis
bidimensional o HPLC, cada punto puede ser luego secuenciado por un
espectrmetro en tandem. Este mtodo podra usarse tambin para la secuenciacin
de DNA, pero los mtodos tradicionales son tan rpidos que no es rentable.
La figura muestra un tpico espectro realizado por espectrometra en tandem de un
pequeo pptido de 10 amincidos. La secuencia deducida de este pptido fue; PhePro-Gly-Gln-(Ile/Leu)-Asn-Ala-Asp-(Ile/Leu)-Arg.
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