Catlisis covalente:

Este tipo de mecanismo se basa en la formacin de un enlace covalente transitorio

entre la enzima y el sustrato. Este hecho provee a la reaccin un camino diferente
a seguir que ser el preferido si este nuevo camino posse una energa de
activacin menor a la ruta no catalizada.
Quimotripsina: La quimotripsina es una enzima digestiva de mamferos que se
halla en el aparato digestivo de los mamferos. Su funcin es hidrolizar las
protenas que llegan al intestino delgado. Es especifica para las uniones
peptdicas del lado carboxlico de aminocidos aromticos ( tirosina, triptofano y
Enzimologa Estrategias catalticas 2
fenil alanina) y de grandes aminocidos hidrofbicos como la metionina. La
quimotripsina pertenece a la familia de las serin-proteasas. La tripsina, otra enzima
digestiva y la trombina, una enzima que participa en el proceso de coagulacin de
la sangre forman parte de este grupo de proteasas que se caracterizan por la
formacin de un intermedio acil-enzima covalente durante la catlisis.
La quimotripsina es una protena elipsoidal, compacta, de 25 kD formada por tres
cadenas polipeptcas unidas por dos puentes disulfuros intercatenarios. Todos sus
grupos cargados se hallan distribuidos en la superficie, salvo una trada escencial
para la catlisis Ser 195, His 57 y Asp 102. La primera etapa durante la catlisis es
la formacin de un derivado acil-enzima covalente en el cual el grupo carboxilo del
sustrato se halla esterificado con el grupo hidroxilo de la Ser 195. La His 57 que
acepta un protn de la serina mientras esta ataca la unin peptdica exalta la
nucleofilicidad de este grupo. La histidina cargada positivamente es estabilizada
por interaccin electrosttica con el aspartato 102 que se halla cargado
negativamente. La segunda etapa, la desacilacin es escencialmente la inversa
del proceso de acilacin, con la sustitucn del componente aminado por el agua.
FIg 9-37 y 9-38 del STRYER o sustituta
Catlisis por iones metlicos:
Aproximadamente el tercio de las enzimas conocidas necesitan iones metlicos
para actuar. El metal puede estar firmemente unido a la enzima o puede hallarse
en la solucin junto con el sustrato y puede intervenir de fierentes maneras
durante la catlisis. El in metlico puede interaccionar con el sustrato
orientndolo en la posicin ms adecuada para que se de la catlisis o bien
puede estabilizar intermediarios de reaccin cargados. Tambin pueden acelerar
reacciones de oxido-reduccin mediante cambios reversibles de sus propios
estados de reaccin.
Carboxipeptidasa A: La carboxipeptidasa A es un miembro de las proteasas
tipo zinc que incluye otras enzimas como la termolisina de origen bacteriano. Es
una enzima digestiva que hidroliza la unin peptdica carboxi-terminal de cadenas
polipeptdicas. Est constitud por una nica cadena polipeptdica de 307 residuos
de aminocidos. Es una protena compacta con forma aproximadamente elipsoidal
que posee un tomo de zinc firmemente unido escencial para su actividad. Este
tomo de zinc se halla ubicado en una depresin (groove), cerca de la superficie
de la molcula y est coordinado a las cadenas laterales de dos histidinas y de un
glutamato y a una molcula de agua. Tambin posee un gran bolsillo en el que se
acomoda la cadena lateral del residuo terminal del pptido sustrato.
Carboxipeptidasa es un ejemplo tpico de ajuste inducido en catlisis: la unin del
sustrato produce un cambio estructural en el sitio activo tal que el mismo pasa de
ser una regin rica en agua a convertirse en una zona hidrofbica.
Las protenas son estables a pH neutro en ausencia de proteasas porque el agua
no es capaz de hidrolizar la unin peptdica, la estrategia cataltica de la
carboxipeptidasa es activar la molecula de agua. El tomo de zinc asistido por el
carboxilato del glutamato 270 que se haya adyacente activa la molcula de agua
de modo que se comporta ms como si fuera un OH- que una molcula de agua.
El primer paso en la catlisis es el ataque nucleoflico del oxgeno de esta
Enzimologa Estrategias catalticas 3
molcula de agua activada al carbono carbonlico de la unin peptdica. El
glutamato 270 acepta un protn del agua formndose un intermediario
tetrahdrico. Este intermediario se estabiliza mediante interacciones
electrostticas con el Zn2+ y con la cadena lateral de la arginina 127.
El siguiente paso es la transferencia del protn del COOH del glutamato 270 al
grupo NH de la unin peptdica. La unin peptdica se escinde y el producto de
reaccin abandona el sitio cataltico.
La quimotripsina es un componente enzima digestiva del jugo pancretico que acta en el
duodeno donde se lleva a cabo la proteolisis, la descomposicin de las protenas y
polipptidos. La quimotripsina escinde preferentemente enlaces amida peptdicos donde el
lado carboxilo del enlace amida es un gran aminocido hidrofbico. Estos aminocidos
contienen un anillo aromtico en su cadena lateral que encaja en un "bolsillo hidrofbico
'de la enzima. Se activa en presencia de tripsina. La complementariedad hidrfobo y forma
entre el sustrato pptido P1 las cuentas de la cavidad de unin S1 de enzimas para la
especificidad de sustrato de esta enzima y de cadena lateral. Quimotripsina tambin
hidroliza otros enlaces amida en pptidos a velocidades ms lentas, en particular los que
contienen leucina y metionina en la posicin P1.
Activacin
La quimotripsina se sintetiza en el pncreas por la biosntesis de protenas como un
precursor llamado quimotripsingeno que es enzimticamente inactiva. En la escisin por
la tripsina en dos partes que todava estn conectados a travs de un enlace SS,
molculas quimotripsingeno escindidos pueden activar uno al otro mediante la
eliminacin de dos pequeos pptidos en una trans-proteolisis. La molcula resultante es
quimotripsina activa, una molcula de tres polipptido interconectados a travs de enlaces
disulfuro.
Mecanismo de accin y la cintica
In vivo, la quimotripsina es una enzima proteoltica que acta en los sistemas digestivos de
muchos organismos. Se facilita la escisin de enlaces peptdicos mediante una reaccin
de hidrlisis, que a pesar de ser termodinmicamente favorable se produce muy
lentamente en ausencia de un catalizador. Los principales sustratos de quimotripsina
incluyen triptfano, tirosina, fenilalanina, leucina y metionina, que se escinde en el terminal
carboxilo. Al igual que muchas proteasas, la quimotripsina tambin hidrolizar enlaces
amida in vitro, una virtud que permiti el uso de anlogos de sustratos tales como N-acetil-
L-fenilalanina amida de p-nitrofenil para ensayos enzimticos.
La quimotripsina escinde enlaces peptdicos atacando el grupo carbonilo reactivo con un
nuclefilo potente, el residuo de serina 195 se encuentra en el sitio activo de la enzima,
que se convierte brevemente unido covalentemente al sustrato, formando una enzima-
sustrato intermedio. Junto con histidina y cido asprtico 57 102, este residuo de serina
constituye la trada cataltica del sitio activo.
Estos resultados se basan en ensayos de inhibicin y el estudio de la cintica de escisin
del sustrato anterior, aprovechando el hecho de que la enzima-sustrato intermedio p-
nitrofenolato tiene un color amarillo, lo que nos permite medir su concentracin midiendo la
absorcin de luz a 410 nm.
Se encontr que la reaccin de la quimotripsina con su sustrato se lleva a cabo en dos
etapas, una primera fase de "explosin" al principio de la reaccin y una fase de estado
estacionario despus de la cintica de Michaelis-Menten. Tambin se conoce como
mecanismo de "ping-pong". El modo de accin de la quimotripsina explica esto como la
hidrlisis se lleva a cabo en dos pasos. En primer lugar la acilacin del sustrato para
formar un intermedio y, a continuacin desacilacin acil-enzima con el fin de devolver la
enzima a su estado original. Esto ocurre a travs de la accin concertada de los tres
residuos de aminocidos en la trada cataltica. Aspartato enlaces de hidrgeno a la de
hidrgeno Nd de la histidina, el aumento de la pKa de su correo de nitrgeno y por lo tanto
por lo que es capaz de desprotonar serina. Es esta desprotonacin que permite que la
cadena lateral de serina a actuar como un nuclefilo y se unen al carbonilo de carbono
deficiente en electrones de la cadena principal de protena. La ionizacin del oxgeno del
carbonilo se estabiliza por la formacin de dos enlaces de hidrgeno a la cadena principal
adyacente N-hidrgenos. Esto ocurre en el agujero oxianin. Esto forma un aducto
tetradrico y la rotura del enlace peptdico. Un compuesto intermedio de acil-enzima, unido
a la serina, se forma, y el extremo amino terminal recin formado de la protena escindida
puede disociar. En la segunda etapa de reaccin, una molcula de agua se activa
mediante la histidina bsica, y acta como un nuclefilo. El oxgeno del agua ataca al
carbono del carbonilo del grupo acilo unido a serina, lo que resulta en la formacin de un
segundo aducto tetradrico, la regeneracin del grupo de serina-OH, y la liberacin de un
protn, as como el fragmento de protena con el carboxilo recin formado trmino