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dinmicadelossistemasbiolgicos.
Ral Guantes
RalGuantes
GrupodeBiodinmicayBiologaComputacional
IInstitutodeCienciadeMaterialesNicolsCabrerayDepartamentodeFsica
i
d Ci i d M
i l Ni l C b
D
d F i
delaMateriaCondensada
http://www uam es/raul guantes
http://www.uam.es/raul.guantes
Neuronas en C. elegans
l
~ 250
Los organismos vivos, incluso los ms sencillos (virus, bacterias) son sistemas
enormemente complejos cuando se analizan las partes que los componen.
componen
Entender esta complejidad requiere un enfoque multidisciplinar.
Physics is too difficult for physicists. David Hilbert, c. 1920.
La
La evolucin es un chatarrero
chatarrero
FranoisJacob
Lanaturalezafuncionaporintegracin.Cadasistemade
unniveldecomplejidadusaalgunosingredientesdelnivel
mssencillo,perosinunplanpredefinido
BOTT
TOM-UP
P
SystemsBiology
l
Characterization of molecular
components (genes, proteins)
Genomics,
Genomics,
proteomics
MolecularBiology
y tericas
TOP-DOWN
Function, Properties
Teoraderedesysistemas
complejos optimizacin
complejos,optimizacin,
teoradeinformacin,
modelosdeecuaciones
diferenciales (dinmica )
diferenciales(dinmica)
Form
(topology, structure)
Tcnicasdeingeniera
inversa,anlisisy
reconocimientode
patrones
Permitenestudiarlarespuestadecientos/milesde
genesaundeterminadofrmacoylasinteracciones
de protenas a escala global (genome wide scale).
deprotenasaescalaglobal(genome
Redesneuronales:tomografa,reconstruccinautomatizadadefotografasde
d
l
f
i
i d d f
f d
microscopioelectrnico
mRNAyprotenassepuedencontarinclusoenmolculasindividuales
Combinandomicrofluidics ytcnicasde
imagenpodemoscuantificartantoelinput
como el output deun
comoeloutput
de un circuito
circuito gentico
gentico
Redrealdeinteraccionesdeprotenasen
levadura
Simplementeestudiandolasconexionesentreloselementosdelaredpodemossacar
conclusionessobrealgunosprincipiosdediseo
g
p
p
Redesaleatorias
Redeslibresdeescala
Redesjerrquicas
j
q
Redrandomizada
Lasredesbiolgicassonlibresdeescalaymodulares.
Hayunospocosnodosdensamenteconectados.stosnodosparecenserms
importantesparalaestabilidaddelared.
Principioderobustez:LaarquitecturadelasredesBiolgicasestalqueevitaelcolapso
delsistemasiquitamosalgunosladrillos.
Tambinhaygruposdenodosconmsinteraccionesentres(mdulos).
Elchatarrerocomouningeniero:motivosenredesBiolgicas
Siponemossignosalasinteraccionesentrenodos,vemosqueunospatrones
aparecenconmuchamsfrecuenciaqueotros(Principioderecurrencia).
Representanestosmotivosalgntipodeentidadfuncional?
???
Para explorar
p
esta posibilidad
p
hay
y que
q entender cmo estos motivos
biolgicos procesan diferentes estmulos
Topologa(estructura) Dinmica Funcin
1)Aislarycracterizar
interaccionesdelosmotivos.
2) Estudiarsurespuestaa
diferentes seales (relacin
diferentesseales(relacin
input/output)