Qu es un cluster de computadoras?

Un cmulo, granja o cluster de computadoras, lo podemos definir como un

sistema de procesamiento paralelo o distribuido. Consta de un conjunto de
computadoras independientes, interconectadas entre s, de tal manera que funcionan
como un solo recurso computacional. A cada uno de los elementos del cluster se le
conoce como nodo. Estos son aparatos o torres que pueden tener uno o varios
procesadores, memoria RAM, interfaces de red, dispositivos de entrada y salida, y
sistema operativo. Los nodos pueden estar contenidos e interconectados en un solo
gabinete, o, como en muchos casos, acoplados a travs de una red de rea local (LAN
(Local Area Network)). Otro componente bsico en un cluster es la interfaz de la red,
la cual es responsable de transmitir y recibir los paquetes de datos, que viajan a travs
de la red entre los nodos. Finalmente el lograr que todos estos elementos funcionen
como un solo sistema, es la meta a la que se quiere llegar para dar origen a un cluster.
Comnmente, en los clusters existe una mquina (con monitor, teclado, ratn,
etctera) que funciona comonodo-maestro y se encarga de administrar, controlar y
monitorear todas las aplicaciones y recursos del sistema, en tanto que el resto de los
nodos est dedicado al procesamiento de datos o a
ejecutar operaciones aritmticas. Se les conoce
como nodos-esclavos

Clasificacin de los clsteres[editar]

El trmino clster tiene diferentes connotaciones para
diferentes grupos de personas. Los tipos de clsteres,
establecidos de acuerdo con el uso que se d y los servicios que ofrecen, determinan el
significado del trmino para el grupo que lo utiliza. Los clsteres pueden clasificarse segn
sus caractersticas:

HPCC (High Performance Computing Clusters: clsteres de alto rendimiento).

HA o HACC (High Availability Computing Clusters: clsteres de alta disponibilidad).

HT o HTCC (High Throughput Computing Clusters: clsteres de alta eficiencia).

Alto rendimiento: Son clsteres en los cuales se ejecutan tareas que requieren de gran
capacidad computacional, grandes cantidades de memoria, o ambos a la vez. El llevar a cabo
estas tareas puede comprometer los recursos del clster por largos periodos de tiempo.
Alta disponibilidad: Son clsteres cuyo objetivo de diseo es el de proveer disponibilidad y
confiabilidad. Estos clsteres tratan de brindar la mxima disponibilidad de los servicios que
ofrecen. La confiabilidad se provee mediante software que detecta fallos y permite
recuperarse frente a los mismos, mientras que en hardware se evita tener un nico punto de
fallos.
Alta eficiencia: Son clsteres cuyo objetivo de diseo es el ejecutar la mayor cantidad de
tareas en el menor tiempo posible. Existe independencia de datos entre las tareas
individuales. El retardo entre los nodos del clster no es considerado un gran problema.

Dinmica molecular
Las aplicaciones de dinmica molecular son particularmente aptas para la arquitectura de
procesamiento paralelo masivo de las GPUs NVIDIA. En los grficos siguientes, se destaca el
trabajo realizado sobre VMD y otras aplicaciones de dinmica molecular como NAMD y HOOMD.
La aparicin de NVIDIA Tesla Bio Workbench proporciona a biofsicos y qumicos computacionales
las herramientas necesarias para abrir nuevas fronteras en la investigacin bioqumica, optimizar
los flujos de trabajo y acelerar el ritmo de la investigacin cientfica.

Simulaciones basadas en los mtodos Born Generalizado de AMBER

VMD is a molecular visualization program for displaying, animating, and analyzing large
biomolecular systems using 3-D graphics and built-in scripting. VMD is distributed free of
charge by Theoretical and Computational Biophysics Group at the University of Illinois, UrbanaChampaign.
Several key kernels and applications in the release version 1.8.7 of VMD take advantage of the
massively parallel CUDA architecture of NVIDIAs GPUs. These applications run 20 to 100x faster
when using a NVIDIA CUDA GPU compared to running them on a CPU only and are discussed below.

Caractersticas
GPU

Rendimiento pico en punto flotante de

doble precisin
Rendimiento pico en punto flotante de
simple precisin
Ancho de banda en Memoria
Tamao de memoria (GDDR5)
Ncleos CUDA

Tesla K80
2x Kepler GK210
2.91 Tflops
8.74 Tflops
480 GB/seg (240 GB/seg por GPU)
24 GB (12GB por GPU)
4992 ( 2496 por GPU)

La plataforma de computacin NVIDIA Tesla es la plataforma lder para

acelerar los anlisis de datos grandes y computacin cientfica. La plataforma
combina los aceleradores ms rpidas del mundo en GPU, el modelo de
computacin en paralelo CUDA ampliamente utilizado, y un ecosistema
global de desarrolladores de software, proveedores de software y fabricantes
de equipos originales del sistema de centros de datos para acelerar el
descubrimiento y conocimiento. Con caractersticas avanzadas de
administracin de sistemas, tecnologa de comunicacin acelerada, y apoyados
por el popular software de gestin de infraestructuras, la plataforma Tesla
ofrece a los profesionales de computacin de alto rendimiento las herramientas
para construir fcilmente, probar e implementar aplicaciones aceleradas en el
centro de datos