Inconsistencies in Neanderthal Genomic DNA Sequences

Dos artculos publicados recientemente describen secuencias de ADN nuclear que se obtuvieron de la
misma fsil de Neandertal. Nuestros re-anlisis de los datos de estos estudios muestran que no son
coherentes entre s y apuntan a serios problemas con la calidad de los datos en uno de los estudios,
posiblemente debido a los contaminantes de ADN humano moderno y / o una alta tasa de errores de
secuenciacin.
Una de las preguntas perdurables en la evolucin humana es la relacin de los grupos de fsiles, como
los neandertales, con personas vivas hoy. Eran los neandertales antepasados directos de los humanos
contemporneos o una rama lateral evolutivo que finalmente se extingui? Dos trabajos recientes que
describen la secuencia de ADN nuclear neandertal de hueso fsil realizaron la promesa que finalmente
responder a esta pregunta. Sin embargo, los dos estudios llegaron a conclusiones muy diferentes
respecto a la funcin ancestral de los neandertales. En este trabajo, se volvieron a analizar los datos de
los dos estudios originales. Se encontr que los dos estudios son incompatibles entre s, lo que implica
que los datos de al menos uno de los estudios son probablemente incorrectos. La causa ms probable es
la contaminacin con ADN humano moderno, que creemos comprometen los resultados de uno de los
estudios originales de ADN neandertal.
Introduction
La publicacin simultnea de dos estudios con secuencias de ADN nuclear de Neanderthal era un avance
tecnolgico que llev a cabo la promesa de responder a una pregunta de larga data en la evolucin
humana: Son grupos "arcaicos" de los seres humanos, los neandertales, como hacer una contribucin
sustancial a la reserva gentica humana existente? Las conclusiones de los dos estudios, sin embargo,
eran desconcertante y posiblemente contradictorias. Noonan y sus colegas estimaron un tiempo de
divergencia mayor (es decir, el tiempo hasta el ancestro comn ms reciente) entre las secuencias de
humano y neandertal (~ hace 706.000 aos), y un aporte 0% de Neanderthal ADN (IC del 95% [IC]: 0%20%) para la reserva gentica europea moderna. En contraste, el estudio Green et al. encontr un
tiempo de divergencia mucho ms reciente e hizo dos observaciones sorprendentes que eran altamente
sugestivo de una cantidad sustancial de mezcla entre los neandertales y los humanos modernos.
Especficamente, Green et al. inform un tiempo de secuencia de ADN humano-Neanderthal
divergencia de ~ 516.000 aos (95% IC: 465 a 569.000 aos) y un tiempo de divergencia de secuencia de
ADN humano-humano de ~459.000 aos (95% IC: 419 a 498.000 aos). Estos dos CIs solapan
considerablemente, lo que sugiere que la divergencia de Neanderthal-humano podra estar dentro del
mbito de la variacin gentica humana moderna. De hecho, el nivel de divergencia entre la secuencia
de Neanderthal (que est principalmente no codificante) y la secuencia de referencia humana es ms o
menos el mismo que el promedio de divergencia de secuencia entre los grupos tnicos humanos
modernos en las regiones no codificantes del genoma (JDW y Michael F. Martillo , indito resultados). La
segunda observacin sorprendente de los estudios Green et al. fue que la secuencia neandertal lleva
el alelo derivado aproximadamente el 30% de los SNPs humanos en el dominio pblico. Para HapMap

SNPs solo, la secuencia de Neanderthal tiene el alelo derivado 33% de las veces (95% IC: 29% -36 %),
mientras que la secuencia de referencia humana tiene el alelo derivado 38% de las veces (95 % IC: 34%42%). Una vez ms, los IC se solapan sugieren ya sea que los humanos y los neandertales se separaron
hace muy poco, mucho ms recientemente de lo que es consistente con el registro fsil, o que haba una
cantidad considerable de mezcla entre los dos grupos. En contraste con los estudios de Green et al., el
porcentaje comparable de los datos de Noonan et al. es slo el 3% (95 % IC: 0%-9%).
Noonan et al. y Green et al. utilizaron diferentes tcnicas para secuenciar el ADN nuclear de
Neanderthal y la estimacin de los valores de los parmetros. Sin embargo, ya que ambos estudios se
utiliz el material gentico de la misma muestra, se debe llegar a conclusiones similares, aunque las
regiones particulares secuenciadas no se superponen (teniendo en cuenta la incertidumbre inherente a
la estimacin de parmetros).
Para examinar las posibles discrepancias con ms cuidado, nos volvieron a analizar los conjuntos de
datos tanto de Noonan et al. y Green et al. mediante un conjunto uniforme de mtodos. Se estim
la secuencia de ADN humano-neandertal promedio de tiempo de divergencia, y la contribucin a la
ascendencia neandertal europea moderna con metodologa muy similar a lo que fue utilizado por
"Noonan et al." Este mtodo se basa en un modelo de poblacin sencilla de aislamiento seguido por
mezcla instantnea (ver Materiales y Mtodos), y utiliza la informacin de cada par de base sobre si la
secuencia de referencia humana y / o la secuencia de Neanderthal tienen el alelo derivado (o ancestral)
para estimar los parmetros. Ver Noonan et al. [1] para ms detalles.
Results
En la medida de lo posible, tratamos de emplear los mismos criterios de filtrado de datos que se
utilizaron en los estudios originales de Noonan et al. y Green et al. En total, se analizaron 36 490
pares de bases de secuencia autosmica Neanderthal del estudio Noonan et al. y 750.694 pares de
bases de secuencia autosmica Neanderthal del estudio Green et al. Este se compone de 100%
(Noonan) y aproximadamente 99,8% (Green) de los pares de bases analizados en los dos estudios
originales.
Se realizaron anlisis similares a Noonan et al. en ambos conjuntos de datos (ver Materiales y
Mtodos). Resultados que son directamente comparables a la Figura 5 en Noonan et al. se muestra en
la Figura 1. Se describen estos resultados en mayor detalle a continuacin.
HumanNeanderthal DNA Sequence Divergence Time
Tanto en Noonan et al. y Green et al., utilizamos solamente mutaciones humanos-especficos para
calcular los tiempos de secuencia de divergencia. Mutaciones neandertales-especficos estn excluidos
debido a que la gran mayora de ellos (~ 90%) se cree que post-mortem causa el dao en el ADN.
Estimamos tiempos secuencia de divergencia de hace 706.000 aos [Kya] (95% IC: 466-1,028 Kya) para
los datos Noonan et al. y 560.000 Kya (95% IC: 509 a 615 Kya) para los datos Green et al. En
comparacin, las estimaciones de los estudios originales eran 706 Kya (IC del 95%: 468-1,015 Kya) y 516
Kya (IC del 95%: 465 a 569 Kya), respectivamente. Las pequeas discordancias entre nuestras

estimaciones y la Green et al. y Noonan et al. queridos surgen debido a las diferencias
metodolgicas de menor importancia en las estimaciones de tiempo de secuencia de divergencia entre
los dos estudios originales y de ligeras diferencias en la forma en que se calcularon los IC (ver Materiales
y Mtodos).
Modern EuropeanNeanderthal Population Split Time

Las estimaciones de la contribucin de Neandertal a la ascendencia europea moderna tambin son

dramticamente discordantes entre los dos conjuntos de datos. Cuando fijamos el tiempo partido
moderno europeo-Neanderthal a 325 Kya (. Segn las estimaciones de la col de datos Noonan), las
estimaciones de mezcla neandertales son del 94% (IC del 95%: 81% -100%) por Green et al. datos y 0%
(IC del 95%: 0% a 39%) para el Noonan et al. datos.

Neanderthal Contribution to Modern European Ancestry

Estas estimaciones de mezcla dependen del tiempo de divisin de la poblacin europea Neanderthal
moderna asumido. Slo si nos fijamos arbitrariamente un tiempo fraccionado muy reciente de 60 Kya o
menos son las estimaciones de mezcla de los dos conjuntos de datos compatibles entre s (datos no
publicados). Sin embargo, esta muy reciente tiempo de divisin no es consistente estimando el tiempo
fraccionado poblacin europea Neanderthal moderna del Noonan et al. los datos (Figura 1B).
Discussion
Dadas las grandes discrepancias en las estimaciones de los parmetros de los dos estudios, est claro
que las conclusiones alcanzadas, por lo menos uno de los estudios son correctos. Examinamos las dos
posibilidades en mayor detalle ms adelante.
Si las estimaciones de la mucho ms grande Green et al. Conjunto de datos son exactos, a continuacin,
las discrepancias en las figuras 1B y 1C ya sea surgi por casualidad (es decir, debido a la incertidumbre
en las estimaciones de la mucho ms pequea de Noonan et al. conjunto de datos) o debido a algn
sesgo desconocido o problema con el Noonan et al datos. Bajo este escenario, ya sea el tiempo de
divisin europea Neanderthal moderna es muy reciente (es decir, < 60 Kya) o la mezcla proporcional de
Neanderthal es extremadamente alta (>> 50 %). La evidencia sugiere que los neandertales
paleoantropologa formaron un grupo diferenciado de fsiles de al menos 250 Kya, por lo que es muy
poco probable que la ms reciente de tiempo partido europesta Neanderthal moderna. Adems, la
mayor parte de la evidencia disponible de la paleoantropologa, sugiere que la contribucin neandertal
al acervo gentico moderno es limitada, mientras que los estudios anteriores Neanderthal ADNmt
concluyeron que el aporte neandertal podra haber ms de un 25%. Por otra parte, los anlisis
preliminares de secuencias de Neandertal nucleares adicionales sugieren un tiempo de divergencia de
secuencias mucho ms antigua - humana de Neanderthal que fue encontrado por Green et al. As, con
base en estudios de la misma y los resultados de otros laboratorios, parece muy improbable que el
Green et al. estimaciones son exactas.

En contraste, si el Noonan et al. estimaciones eran correctas, entonces no se necesitaran supuestos

adicionales para comprender los datos de la secuencia de ADN nuclear de neandertales en el contexto
de los estudios evolutivos humanos anteriores. Esto conduce a la consideracin de tres posibles
problemas que puede haber comprometido la calidad de datos en el Green et al. estudiar: la
contaminacin con ADN humano moderno, dificultades generalizadas en la alineacin de los fragmentos
de ADN de Neandertal, y anormalmente alta tasa de errores de secuenciacin de ADN.
Aunque "Green et al." encontr poca evidencia de contaminacin de ADN mitocondrial humano
moderno, no est claro si esta observacin se generaliza a los datos autosmicos en estudio. Para
examinar esto con ms detalle, se dividi el "Green et al. " datos de la secuencia en tres grupos: a corto
(> 30 y < 50 pb pb), medianas (> 50 bp y < 100 pb) y grandes (> 100 pb) (ver Materiales y Mtodos). A
continuacin, calcula el tiempo de divergencia de secuencia humana de Neanderthal para cada uno de
estos grupos. La probabilidad de que los datos como una funcin del tiempo de divergencia se muestran
en la Figura 2. Mientras que los fragmentos cortos tienen un tiempo de divergencia estimada similar a lo
que se encontr en el " Noonan et al. " estudio, los fragmentos grandes son mucho ms similares en
promedio a ADN humano moderno. De hecho, los grandes fragmentos tienen un estimado de tiempo de
secuencia de divergencia humano- neandertal que es menor que el tiempo de divergencia estimada
entre dos secuencias de Hausa (frica Occidental) (ver Materiales y Mtodos). De ser cierto, esto
indicara una mayor similitud entre humanos y Neanderthal que entre dos miembros existentes de la
poblacin hausa.
As pues, este modelo plantea la preocupacin de que algunos de los fragmentos de secuencias ms
largas son en realidad los contaminantes humanos modernos. Se esperara que la contaminacin
humana moderna a ser de tamao sesgada, ya que el ADN neandertal real tendera a ser degradados en
fragmentos cortos. Tomamos nota de que la observacin de una dependencia de la longitud de los
resultados hace que los problemas de alineacin solamente poco probable que sea una explicacin
suficiente, ya que se esperara que los fragmentos ms largos fueran ms fciles de alinear y de este
modo los datos de fragmentos ms largos deberan ser ms precisos. Sealamos adems que no
encontramos una seal similar de contaminacin potencial en el "Noonan et al." datos (datos no
publicados).
Tambin tabularon el porcentaje de HapMap SNPs para el que la secuencia de Neanderthal contiene el
alelo derivado para cada uno de los tres grupos de datos de Green et al. (ver Tabla 1), y se refieren a
este porcentaje como Nd. Para la comparacin, tambin estima (a partir de simulaciones) el tiempo y la
proporcin mezcla Neanderthal (ver Figura 3) el valor esperado de Nd en funcin de la poblacin
europea-Neanderthal dividida. El valor esperado de los aumentos de Nd como la poblacin disminuye el
tiempo fraccionado Europea-neandertales y / o la proporcin mezcla de Neanderthal se incrementa,
aunque para valores de parmetros razonables (es decir, un tiempo fraccionado poblacin 150 Kya y
una mezcla proporcional de Neanderthal <25%) Nd es siempre 25%. En contraste, Nd = 32,9 para el
"Green et al." datos, lo cual es incompatible con el verdadero valor de Nd ser <25% (p <10 -4). Por otra
parte, Nd muestra una tendencia clara de los valores ms altos para los fragmentos ms largos, en
consonancia con la hiptesis de una contaminacin generalizada con fragmentos de ADN humano

moderno de mayor tamao. El valor esperado de Nd para los contaminantes humanos modernos es
37,0, por lo que el "Green et al." datos parecen en algunos aspectos ms como el ADN humano
moderno que lo hacen como el ADN neandertal. Si usamos Nd para estimar muy aproximadamente la
proporcin de la "Green et al." datos que en realidad son los contaminantes humanos modernos, esto
conduce a una estimacin de la tasa de contaminacin del 73% (IC del 95%: 51% -97%; vase Materiales
y Mtodos).
Por otra parte, una estimacin basada en la probabilidad de que la proporcin de contaminantes
humanos modernos se obtiene una estimacin del 78% (IC del 95%: 70% -88%; vase Materiales y
Mtodos). Estos clculos son aproximados, y dada la incertidumbre en los valores reales Nd de
Neanderthal y el ADN humano moderno, los datos tambin son consistentes con los niveles ms bajos
(pero todava sustanciales) de contaminacin. Por otro lado, si la contaminacin no son frecuentes en la
"Green et al." de datos, a continuacin, debido a la gran nmero de mutaciones aparentes que aparecen
en el ADN de Neanderthal debido a ADN post mortem daar la secuencia de divergencia de
Neanderthal-especfica debe ser menor para el "Green et al." los datos de lo que es para el "Noonan et
al." datos. En su lugar, nos encontramos con que las divergencia-Neandertals especficas son casi las
mismas para los dos estudios. No est claro cmo interpretar esta observacin. Est claro que los dos
estudios son inconsistentes entre s, y dado el peso de la evidencia de muchos estudios anteriores, la
explicacin ms parsimoniosa es todava de que algo anda mal con el "Green et al." datos.
Aunque hemos puesto de manifiesto una fuerte evidencia circunstancial de la contaminacin de ADN
humano moderno en el "Green et al." de datos, es probable que existan otros problemas importantes o
sesgos que afectan a la calidad de datos en uno o ambos estudios. Una posibilidad es que, debido a las
diferencias sutiles en los protocolos de laboratorio, hay una mayor tasa de error de secuenciacin en el
"Green et al." datos que en el "Noonan et al." datos. (Secuenciacin errores miraran lo mismo que las
mutaciones de Neanderthal-especficos en nuestros anlisis.)
Existe cierta evidencia indirecta de este dao en el ADN post mortem a menudo causa la desaminacin
de citosina en uracilo, dando como resultado mutaciones de CT o GA aparentes. Estas mutaciones
particulares forman una fraccin significativamente mayor de las mutaciones de Neanderthalespecficos de la "Noonan et al." datos que lo hacen para el "Green et al." datos (X2, 1 grado de libertad;
X2 = 21,2, p << 10-4), lo que sugiere que algn otro proceso (adems del dao post-mortem al ADN
Neanderthal) est dando lugar a las mutaciones'' Neanderthal especficos'' en el "Green et al." datos.
En conclusin, la secuenciacin del ADN nuclear de Neanderthal es verdaderamente un logro tcnico
notable. Sin embargo, debido a la contaminacin con ADN humano y la secuencia de las tasas de error
modernos continan las preocupaciones, ser importante evaluar cuidadosamente los datos publicados
y futuras antes de llegar a conclusiones firmes sobre la evolucin humana.