Genómica de Ganado Lechero

Una Nueva Era en Mejoramiento Genético

Cooprinsem
Junio 2009 Chile

Angie D. Coburn, CRI adcoburn@crinet.com

Declaración de Nuestra
Misión
El proveer productos y
servicios en la forma más
efectiva posible, para
maximizar
i i llas ganancias
i dde
nuestros socios y clientes a
través del mundo, manteniendo
al mismo tiempo una
p
cooperativa sólida.
9 Asoc. Comerc. Finanzas

Interrnationaal
Division
60 Países Relac Públicas
Relac.
6 M Unid. I.T.
Desarollo Servicios de
d Apoyo
A

5,524 Socios 18,189 Socios 7,800 Socios

68 900 Hatos
68,900 693 640 B
693,640 Bovinos
i
7,000 Hatos
2M Apareamientos
519,415 Cerdos
600,000 Vacas 4.5
5 Mill U
Unidades
dades
3 Mill. Muestras de Leche
Sistemas Agricolas 124,191 Ovejas
34,000
, Muestras de Raciones 20,000
, Cabezas en
$10M VVentas
t AAnuales
l
154,000 Muestras de 2,500 Clientes Prog. Raciones
Suelos
 Temas para Hoy
►Genómica - Terminología y antecedentes

►Visión del Proyecto Genómico de U.S.A.

►Impacto potencial en el progreso genético

►Cómo aplicarlo a nivel de las fincas

►Investigación de la genómica futura

Genómica p
por Definición
► El estudio de secuencias nucleótidas en los
cromosomas de un organismo, y su aplicación
en pprogramas
g de mejoramiento
j ggenético.
► ¿Por qué estudiar el genoma?
– Cuantifica el número de genes
– Funciones de genes específicos
– Influencias
I fl i que un gen titiene sobre
b otro
t
– Búsqueda de genes que causan
enfermedades
Secuencia del Genoma
d l Ganado
del G d
GCCCCACGCTGGGT
TAAGGCGGGGCTG
AGACAAGGGCAGG
TGAGGCCTCCCAAG
TCCATGGGGTTGC
AGAGTCAGACACA
GTGGAGTCACACA
L1 Dominette 01449 CATACACACG

► 30 pares de cromosomas (ambos X,Y)

► 3 mil millones de “bases” de padre y
madre
 GENOMA
CROMOSOMAS
CÉLULA

LOS GENES
CONTIENEN
INSTRUCCIONES
PARA CREAR
PROTEINAS
ADN

LAS PROTEINAS SON LOS

CIMIENTOS DE LA VIDA Y
ACTÚAN EN FORMA
COLECTIVA PARA
DETERMINAR FENOTIPOS
 Polimorfismos de
Nucleótido Único (SNP)
( )
…AGTCCATGGGGTTGCAGAGTCAGAAACAGTGGGGTCA…

…AGTCCATGGCGTTGCTGAGTCAGATTGAGTGGCGTCA…
Un Tipo
p de Marcador Diferente
►Marcadores genéticos del viejo estilo
– Marcadores Microsatelitales identifican
una sección de un cromosoma
– Proporción limitada de variación genética
ƒ Dependiente de la familia
ƒ Se degradan luego de unas pocas generaciones

– Es difícil incorporarlos en los valores

g
genéticos
– deltaG pequeño
Un Tipo
p de Marcador Diferente
►Nuevo estilo de marcadores genéticos
– Miles de Marcadores SNP identificados en
Bovine Gene Map
– No dependientes de la familia
– Métodos
Mét d estadísticos
t dí ti mejorados
j d para
estimar el BV (valor genético)
– Costo reducido para realizar el genotipo
– Posibilidad de un deltaG alto
 Secuencias y Genotipos
►Illumina Bovine SNP50 FIGURA 1

BeadChip™
– Laboratorios comerciales
extraen el ADN
– Se analiza la secuencia del
ADN por la presencia de SNP
SNP-
alelos tipo
El BovineSNP50 BeadChip muestra
– Genotipos enviados al USDA más de 54.000 SNP espaciados a
través del completo genoma bovino

para su uso en calcular PTAs

 Pedigrí Tradicional
Abuelo Paterno
Padre
Abuela Paterna
Animal
Abuelo Materno
Madre
Abuela Materna
Pedigrí Genómico
 Calculando Valores Genéticos
Genómicos (GEBV)
► Dividir el genoma en segmentos pequeños (marcadores
SNP)
► Estimar los efectos en una población de referencia
– Se precisan tanto genotipos como fenotipos
– Suma de los efectos aditivos de marcadores de muchos genes

► Predecir el desempeño de generaciones subsecuentes

–H
Hacer ell genetipo
ti dde llos animales
i l para ddeterminar
t i quéé
segmentos de los cromosomas fueron heredados
– Sumar los efectos aditivos de los marcadores para
calcular el GEBV
Proyecto de Investigación Genómica
del USDA-AIPL
S
1999 Se establece el Cooperative Dairy DNA
Repository (CDDR)
7 Empresas
E d Inseminación
de I i ió de
d Estados
E d
Unidos; > 17.500 toros

2007 Se inicia el plan de investigación

colaborativa
Se desarrolla el Chip “Bovine
Bovine SNP50
BEADChip”
SNP seleccionados,
seleccionados se determinan
efectos de los marcadores
Proyecto de Investigación Genómica
del USDA-AIPL
S (
(contin.)
)
Abril Datos de análisis realizados se comunican a
2008 las empresas contributoras del CDDR
Cálculos de GEBV ppara 27 rasgos
g en 7.195
animales
Agosto Total de animales con genotipo: 12.500
12 500
2008 Holstein, 1.250 Jersey, 350 Pardo Suizo

Enero Los datos genómicos se incorporan a las

2009 evaluaciones genéticas oficiales
Número total de animales con genotipo:
g p
15.860
 Aumento de Confianza
con los PTA Genómicos
PATradicional PTA Genómico Ganancia
Rasgo % Conf. % Conf. (HOL)
MNV$ 37 % 61 % + 24
Leche 39 % 65 % + 26
% Grasa 42 % 92 % + 50
Vid Productiva
Vida P d ti 32 % 64 % + 32
Tasa Preñez-Hij.j 31 % 59 % + 28
PTA Tipo 40 % 60 % + 20
Promedio todos
35 % 64 % + 29
los Rasgos
 Proyectos Genómicos a
Destacar
Referencia Ganancia
Tamaño Promedio en %
P bl ió
Población d Confianza
de C fi
Australia 798 + 15
Países Bajos 1.583 + 23
Nueva Zelanda 4.500 * + 23
Estados Unidos 8.364 + 29
* N° estimado de animales con genotipo. No se ha obtenido
el número exacto.
USDA - Éxito de Proyectos
► Más de 15.000
15 000 toros ya tienen su
genotipo
► El mayor proyecto global
► Las mismas tendencias, con mayores
niveles
i l dde confianza
fi
► Toda la información hecha pública
► La selección por genomas
completos es ahora posible
 Selección Genómica Completa

Fuentes de Información
Evaluación Genética Tradicional Predicciones Genómicas

► Pedigrí Registrado ► Pedigrí basado en ADN

► Fenotipo del ► Fenotipo del
animal/progenie/familia animal/progenie/familia
► Genotipos de Animales
 Selección Genómica
Completa
p
►Mejora los porcentajes de progreso
genético de los hatos lecheros
nacionales

►Próximo paso en una larga historia de

métodos de mejoramiento genético
 Historia de Métodos de Evaluación Genética
Comparación Hija - Madre 1926 1961
1926-1961
Se permitieron las pruebas de progenie de los toros
C
Comparación
ió con C
Compañeras
ñ d
de H
Hato
t 1962 1973
1962-1973
Más datos, más imparcial. 1er. Indice de Vacas
Datos en Progreso 1973
Estimación anticipada de méritos de la progenie y “ranking” de los toros
Comparación modificada con Contemporáneas 1974-1989
Datos combinados de ancestros e hijas. Ajustado por el mérito de los
toros compitiendo.
Modelo Animal 1989
Uso de toda la familia, ajustado por méritos, método BLUP
Mérito Neto, Vida Productiva y Puntaje
1994
Células Somáticas
Utilización de datos de rasgos de salud y estado físico
Progreso Genético más rápido con GS
Ejemplo: Uso de toros geonómicos como
toros de apareamiento
Reducción en 4 años del intervalo
generacional
Exactitud declina del 80% al 60%
∆G
Selección Tradicional .23
23
Selección Genómica .35
Ganancia con GS 52 %
Cómo Usar la Genómica
► Aplicar la Selección Genómica (GS) a los
programas de desarrollo de la I.A.
► Selección de toros de servicio para uso del
hato
► Selección de hembras a ser inseminadas
► Usos futuros potenciales
– Programas
P de
d apareamiento
i t computarizados
t i d
– Manejoj de pprecisión y cuidado veterinario
de las hembras.
 Evaluando Hermanos
Completos
p
Toro Padre MNV$ (PA) % Confianza
CASH RAMOS + $638 35%
CASSINO RAMOS + $638 35%
CHESTER RAMOS + $638 35%
 Evaluando Hermanos
Completos
p
Diferencia con
MNV$ % Confianza
Toro PA (Prom.
Genómico Genómica
Padres))
CASH + $528 74% - $110
CASSINO + $918 73% + $280
CHESTER + $573 73% - $65
Selección de los Toros de Servicio
► Casi todos los toros en USA tienen pruebas
g
genómicas
► Toros con pruebas de progenie incorporan los
datos genómicos a sus estimaciones de PTA
► Toros jóvenes
jó enes (YB) sin progenie tienen también
GEBV (Valores Genéticos Genómicos)
– 281 toros activos con pruebas genómicas en
USA
– Varían +871 a -77 MNV$
MNV$, 80 a 66%
conf.
 Oportunidades de
Genética “Elite”
Toros Toros Probados
Genómicos con test de
Probados Progenie
Total Toros Activos 281 728
> $700 MN 28 8
> +1900 TPI 178 40
> +3.0 PTA Tipo 143 60
Compra y Uso del Semen
► Utilización rápida por muchos productores en
USA
U.S.A.
► Mejor Criterio General:
– El nivel genético determina el uso de un toro
– El nivel de confianza determina cuánto usar
► Cuántos
C á t toros
t usar (de acuerdo con Angie):
– 5 toros por cada 100 vacas, seis meses
– 20 toros, 1.000 vacas, seis meses
– 1 toro por 2 períodos de seis meses
Manejo de Precisión con la Genómica
► Cuidado veterinario
► Raciones
ac o es a medida
ed da o ggrupos
upos de aanimales
a es
► Programas de apareamiento basados en los
ADN
► H
Hatos
t diseñados
di d genéticamente
éti t para
productos especiales
► Animales se combinan con el medio
ambiente
El Futuro de la Genómica
► Hayy muchísimo ppara aprender
p todavía
– Repetición de la validación
– Má
Más marcadores,
d capturan
t más
á variación
i ió
genética
► Baja densidad, menor costo del chip
► Chip de 100.000
100 000 o secuencia completa de
un genoma
► Decisiones
D i i dde desarrollo
d ll ddell producto
d t
► Mezcla de mercadeo del producto
► Comprensión y Aceptación