Expresin gnica en eucariotas Factores de transcripcin

Dr. Carlos F. Prada Q.

Factores de transcripcin
Factores especficos de tejidos -- Genes hepticos -- Genes neuronales -- Genes de las clulas pancreticas

Factores modulados por seales extracelulares: -- Genes modulados por hormonas esteroideas -- Genes modulados por productos bacterianos -- Genes modulados por insulina......

Estructura suprasecundaria
Agrupaciones estables de estructuras secundarias frecuentes en las protenas. Motivos estructurales

Clasificacin de los dominios de unin al DNA

Protenas con:
Homeodominio Protenas con dedos de zinc Hlice alada (en lengeta de flecha) Con cremallera o zipper de leucina Con hlice-bucle-hlice

Todo alfa

Todo beta

Alfa-beta

Unidad

Barril

Meandro

Unidades

Los factores de transcripcin

Estructuras caractersticas de dominios de interaccin con el DNA Dominios que permiten su unin al DNA. Dominios que permiten su interaccin con otras protenas del complejo transcripcional.
Dedos de Zinc

Cremalleras de leucina

Dominio de activacin

Homeodominios

Dominio de unin al DNA

Dominios que permiten la unin de dos protenas : Dominios de dimerizacin

Homeodominio
Protena de Engrailed de Drosophila Nombre de genes hometicos (produce la transformacin de una parte del cuerpo en otro en el desarrollo. Regin de 60 residuos de aa muy conservada

Protenas con dedos de zinc

Dominio estructurado con un ion Zn2+ en el centro de un plegamiento de residuos de aa. Secuencia consenso
Tyr/Phe-Cys-X2-4-Cys-X3-Phe/Tyr-X5-Leu-X2-His-X3-4-His

Protenas con dedos de zinc

El alfa-hlice que se forma es muy compacto Se inserta en el surco mayor del DNA Otro tipo de dedos de zinc C4 se encuentra en otros factores de trascripcin (receptores a esteroidesnucleares) Cys-X2-Cys-X13-Cys-X2-Cys-X14-15-Cys-X5-Cys-X9-CysX2-Cys

La forma de dedo se ve en un diagrama bidimensional El zinc se fija entre las 2 Cys y la 2 His. Se le llama dedo C2H2

Protenas con dedos de zinc

Los dominios C2H2 y C4 son estructuralmente distintos. Los C2H2 tienen tres dedos repetitivos o ms y se fijan como monmeros. Los C4 tienen en general dos dedos y se fijan como homodmeros o heterodmeros. Con simetra rotacional doble (fig. siguiente b)

Dedos de zinc C2H2 (a)y C4(b)

Protena GL1

Receptor a glucocorticoides

Alfa-beta

Dedos de Zinc

Estructuras alfas y betas unidas por un tomo de Zinc que interacciona con Cys e His
Dedo de Zn Protenas de unin a ADN

Interaccin entre Gal4 y el DNA

Protenas con hlice alada

Dominios de fijacin de la histona H5 Se unen al DNA como monmeros Pueden unirse al DNA Z.

Protena con dedos de zinc C6 . Es un homodmero que se forma por una hlice enrollada .

Estructura cristalina del dominio de unin al DNA Z de la protena Dlm-1 unida al DNA.

Cremallera o zipper de leucina

Hay un residuo de leucina cada 7 aminocidos en la regin C terminal del dominio de unin. Se unen al DNA en forma de dmeros, la leucina es necesaria para la dimerizacin. Presenta dos a-hlices extendidas que agarran al DNA como pinzas en dos surcos mayores en la regin N terminal. Pueden ser homodmeros o heterodmeros.

Interaccin de Gnc4 con el DNA

Hlice bucle hlice

Un bucle no helicoidal de la cadena polipeptdica separa dos regiones -helicoidales. Tienen aminocidos bsicos para aumentar la interaccin con el DNA.

Interaccin de un dominio hlice-buclehlice con el DNA

Los factores de transcripcin heterodimricos aumentan las opciones de control gnico.

Cada monmero tiene un dominio de fijacin al DNA con especificidad de secuencia equivalente. No influye en la unin al DNA. Permite que los dominios de activacin asociados con cada monmero se renan para formar un solo factor de transcripcin.

Dominios de activacin
Secuencia polipeptdica que activa la transcripcin cuando est fusionada a un dominio de fijacin del DNA Muchos dominios pueden activar la transcripcin. Casi el 1% de las protenas de fusin resultantes (Gal4 y segmento al azar) activaron la transcripcin de un gen con UASgal en 5.

Genes HOX
Genes involucrados en la regulacin del desarrollo identificados por mutaciones que son letales o causan el desarrollo de estructuras anormales

Tres grupos de genes: Genes maternos: maternos Se expresan durante la ovognesis, Actan en la maduracin del ovocito.

Experimentos de transplantes mostraron la existencia de tres tipos de determinantes citoplasmticos: -Determinantes del plasma polar y formacin de las clulas germinales. -Determinantes del eje anteroposterior. -Determinantes del eje dorsoventral.

Genes de segmentaci segmentacin: Se expresan tras la fertilizacin Mutaciones alteran el nmero o polaridad de los segmentos. Hay tres clases de genes que actan secuencialmente.

Genes home hometicos ticos: Controlan la identidad de cada segmento Mutaciones cambian la identidad segmentaria.

GENES MATERNOS
Se expresan antes de la fertilizacin y actan tanto en clulas nutricias como en el ovocito. Se identifican cuatro sistemas de genes que definen los ejes del embrin. Cada sistema acta localizando una seal dentro del huevo, llamada morfgeno. 1) 2) 3) 4) Sistema Sistema Sistema Sistema anterior: cabeza y trax posterior: segmentos del abdmen terminal: acron y telson dorso-ventral: desarrollo dorso-ventral

GENES DE SEGMENTACION
Genes zigticos. Se identifican por mutaciones de segmentacin que alteran el nmero o la organizacin general de los segmentos. 1. Genes gap 2. Genes de regla par 3. Genes de polaridad de segmento

GENES DE SEGMENTACION
1. Genes gap: mutantes carecen de un grupo continuo de segmentos 2. Genes de regla par: mutantes afectan a los segmentos pares o impares. 3. Genes de polaridad de segmento: mutantes pierden una parte de cada segmento.

GENES GAP
Dividen el embrin en 4 regiones anchas Son factores de transcripcin que se regulan entre ellos y a los genes de regla par.

Kruppel

Giant

Hunchback

Knirps

GENES DE REGLA PAR

Cada uno se expresa en un patrn de 7 bandas a lo largo del embrin. Las 7 bandas identifican

GENES HOMEOTICOS
Determinan la identidad de cada segmento. Son factores de transcripcin que regulan la expresin de otros genes hometicos o de otros genes. En Drosophila se agrupan en dos complejos ubicados sobre el cromosoma 3: Complejo Antennapedia: controla la identidad de los segmentos de la cabeza y de los 2 primeros segmentos torcicos. Complejo Bithorax: controla la identidad del tercer segmento torcico y de los segmentos abdominales.

parasegmentos impares: Eve parasegmentos pares: Fushi tarazu Control separado dentro de cada banda

Expresin uniforme del ARN Degradacin especfica entre bandas

Desarrollo temprano de

DOMINIO HOMEOTICO

Drosophila melanogaster Juego de herramientas genticas (Genetic toolkit): Conjunto de herramientas comn que
pueden utilizarse para crear muchas estructuras

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Tema 9. Regulacin de la expresin gnica en eucariotas

Desarrollo temprano de
Drosophila melanogaster

Conservacion evolutiva de los genes hometicos (Hox)

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Tema 9. Regulacin de la expresin gnica en eucariotas

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Tema 9. Regulacin de la expresin gnica en eucariotas

Genes Hox

Filogenia genes Hox

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Tema 9. Regulacin de la expresin gnica en eucariotas

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Tema 9. Regulacin de la expresin gnica en eucariotas

Genes implicados en el desarrollo temprano de Drosophila

melanogaster

GENES HOX ratones y humanos

Cuatro grupos: A-D Se extienden en regiones de entre 20 y 100 Kb y contienen hasta 10 genes. Muchos se corresponden con genes de Drosophila: Ej. HoxA4 y HoxB4 con Deformed Redundancia de genes en mamferos

Esquema resumen de la cascada jerrquica de activacin de genes

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Tema 9. Regulacin de la expresin gnica en eucariotas

Mecanismos postranscripcionales.. postranscripcionales..

Introduccin Codificados endgenamente miRNAs: 22 a 24 nt Silenciamiento gnico transcripcionales o post transcripcionales Control de procesos celulares: - Diferenciacin - Muerte celular - Patrn neuronal en nemtodos - Hematopoyesis en mamferos - Floracin en plantas
(Xie et al., 2003)

MicroRNAs

Introduccin

Antecedentes

Mecanismos de acci accin

Alta complementaridad: Clivaje Baja complementaridad: Inhibicin de la traduccin

Posibles mecanismos de inhibici inhibicin de la traducci traduccin mediada por miRNAs: miRNAs - En el reclutaje de ribosomas (Iniciacin) - En la elongacin de la protena - Promoviendo la degradacin de la protena formada

Plantas

Animales
(Carrington et al., 2003)

D. Marco Conceptual

RNA de interferencia

Interferencia por RNA o RNA interference (RNAi): la inhibicin especifica de la expresin de genes mediante dsRNA (Fire, 1999).

RNAi es un mecanismo conservado en eucariotas:

Protege contra:
RNAs exogenos: viruses Transposones: elementos mviles y repetitivos

Regulacin post-transcripcional
Genes del desarrollo

Mecanismo del RNAi

En animales RNAi requiere mltiples pasos:

RNA de interferencia

RNA interference

Generacin de siRNAs a partir de dsRNAs largos

Rnase III-like endonuclease (Dicer)

Degradacin de RNA complementario mediante el complejo siRNA-RISC (RNAinduced silencing complex) (Hannon, 2002).

www.rnaiweb.com/RNAi/What_is_RNAi

Aplicaciones biotecnolgicas:
Permite el anlisis proteomico a gran escala Se est convirtiendo en una tecnologa muy prometedora para el desarrollo de agentes teraputicos (Santel et al., 2006) .
Gran especificidad Bajos efectos secundarios No se conoce resistencia

Enfermedades humanas en estado avanzado requieren expresin del siRNA en mltiples tejidos o en el cuerpo completo. De manera alternativa, se podra inyectar siRNA sintetizados in vitro o qumicamente cubiertos por liposomas (Santel et al., 2006).
Mas seguro Requiere altas concentraciones del siRNA Es muy costoso

Desarrollo de organismos modelos para enfermedades humanas.