Biología Molecular

Aplicaciones de
los Microarrays y Biochips

en Salud Humana
Informe de Vigilancia Tecnolgica
Aplicaciones
de los Microarrays
y Biochips en Salud
Humana
Informe de Vigilancia
Tecnolgica
APLICACIONES DE LOS MICROARRAYS

Y BIOCHIPS EN SALUD HUMANA
El presente informe de Vigilancia Tecnolgica ha sido

realizado en el marco del convenio de colaboracin
conjunta entre Genoma Espaa y la Fundacin General
de la Universidad Autnoma de Madrid (FGUAM), entidad
que gestiona el Crculo de Innovacin en Biotecnologa
(CIBT), perteneciente al Sistema de Promocin Regional
de la Innovacin MADRID+D.
Genoma Espaa y la Fundacin General de la Universidad

Autnoma de Madrid (FGUAM) agradecen la colaboracin
ofrecida a:
Dr. Carlos Briones (CSIC-CAB-INTA)

Dra. Ana Dopazo (CNIC)
La reproduccin parcial de este informe est autorizada

bajo la premisa de incluir referencia al mismo, indicando:
Aplicaciones de los Microarrays y Biochips en salud
humana. GENOMA ESPAA/CIBT-FGUAM.
Genoma Espaa no se hace responsable del uso que se

realice de la informacin contenida en esta publicacin.
Las opiniones que aparecen en este informe
corresponden a los expertos consultados y a los autores
del mismo.
Copyright: Fundacin Espaola para el Desarrollo

de la Investigacin en Genmica y
Protemica/Fundacin General de la Universidad
Autnoma de Madrid.
Autores: Marta Lpez (CIBT)

Paloma Mallorqun (CIBT)
Miguel Vega (Genoma Espaa)
Edicin: Silvia Enrquez Encinas (Genoma Espaa)
Referencia: GEN-ES06001
Fecha: Noviembre 2005
Depsito Legal: M-10639-2006
ISBN: 84-609-9226-8
Diseo y realizacin: Spainfo, S.A.
APLICACIONES DE LOS MICROARRAYS Y BIOCHIPS EN SALUD HUMANA
ndice de contenido
RESUMEN EJECUTIVO
OBJETIVOS DEL INFORME
1. INTRODUCCIN
2. MICROARRAYS DE ADN
2.1. Diseo de un microarray de ADN

2.1.1. Tipos de sondas en microarrays de ADN
2.1.2. Tecnologas de inmovilizacin de las sondas y tipos de soporte
en microarrays de ADN
2.1.3. Tecnologas de fabricacin de microarrays de ADN
2.1.4. Tcnicas de deteccin de la hibridacin en microarrays de ADN
2.1.5. Sistemas de amplificacin de la seal de hibridacin del ADN
2.2. Tipos de microarrays de ADN
2.2.1. Resecuenciacin gnica
2.2.2. Anlisis de la expresin Gnica
2.2.3. Genotipado de SNPs
2.2.4. Hibridacin genmica comparada
3. MICROARRAYS DE PROTENAS
3.1. Diseo de un microarray de protenas
3.1.1. Tipos de soporte de microarrays de protenas
3.1.2. Tipos de formato de microarrays de protenas
3.1.3. Tcnicas de deteccin de la seal en microarrays de protenas
3.2. Tipos de microarrays de protenas
3.2.1. Microarrays de identificacin y cuantificacin de protenas
3.2.2. Microarrays de funcin e interaccin de protenas
3.2.3. Microarrays de screening inverso de protenas
4. MICROARRAYS DE CARBOHIDRATOS
4.1. Diseo de un microarray de carbohidratos
4.1.1. Sntesis de oligosacridos
4.1.2. Aislamiento de oligosacridos de fuentes naturales
4.1.3. Inmovilizacin de los carbohidratos
4.2. Aplicaciones de los microarrays de carbohidratos
5. MICROARRAYS DE CLULAS
9
10
10
12
15
16
19
20
21
23
23
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26
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33
33
36
37
38
39
39
39
40
40
41
6. MICROARRAYS DE TEJIDOS
43
7. APLICACIONES DE LOS MICROARRAYS EN SALUD HUMANA
46
7.1.
7.2.
7.3.
7.4.
7.5.
Identificacin de dianas teraputicas

Descubrimiento y desarrollo de frmacos
Diagnstico clnico
Farmacogenmica y farmacogentica
Investigacin bsica
46
47
48
49
50
8. BARRERAS EXISTENTES PARA LA IMPLANTACIN DE LOS MICROARRAYS
52
9. PERSPECTIVAS DE MERCADO DE LOS MICROARRAYS Y BIOCHIPS

EN SALUD HUMANA
54
10. SITUACIN DE LA INVESTIGACIN Y DESARROLLO EN ESPAA

EN EL REA DE MICROARRAYS APLICADOS A LA SALUD HUMANA
56
11. CONCLUSIONES
59
GLOSARIO
60
ANEXOS
62
ANEXO I. Principales aplicaciones de los microarrays disponibles comercialmente

ANEXO II. Empresas espaolas que operan en el rea de microarrays
ANEXO III. Empresas espaolas que desarrollan productos de bioinformtica aplicados
a microarrays
ANEXO IV. Proyectos de investigacin espaoles relacionados con tecnologas de microarrays
ANEXO V. Patentes recientes en Microarrays
REFERENCIAS BIBLIOGRFICAS
62
72
76
78
89
90
Resumen ejecutivo
Los microarrays de ADN surgen de la necesidad de
A pesar de que los microarrays de ADN se han
analizar la cantidad de informacin procedente de los
convertido en una herramienta esencial para el
grandes proyectos de secuenciacin de genomas1,2.
anlisis de expresin gnica y la secuenciacin del
Estas herramientas de estudio de la informacin
ADN, la informacin que arrojan stos no es
gentica vienen emplendose en dos aplicaciones
suficiente para comprender los procesos
fundamentales, la secuenciacin o genotipado del
relacionados con los efectores ltimos de una
ADN y el anlisis de la expresin gnica.
multitud de mecanismos celulares: las protenas.

La estimacin de la concentracin de protenas a
La determinacin de la variacin en las secuencias
travs del ARNm traducido no suministra una
de ADN humano mediante microarrays permite
informacin precisa sobre las protenas
entre otras cosas identificar la huella gentica de
sintetizadas correctamente ni sobre su
la predisposicin a padecer diferentes
funcionalidad.
enfermedades. Por otro lado, el empleo de

microarrays de ADN en estudios de la expresin
Los microarrays de protenas permiten la
gnica est permitiendo la identificacin y
deteccin, caracterizacin y cuantificacin de las
validacin de manera mucho ms rpida de genes
protenas as como el estudio de su funcin y sus
como potenciales dianas teraputicas. Los
interacciones tanto entre diferentes protenas
patrones o perfiles de expresin gnica se pueden
como con otras molculas como ADN o lpidos. Es
estudiar desde dos puntos de vista: mediante el
por ello que los microarrays de protenas son una
anlisis de la expresin especfica de los genes en
herramienta fundamental de la Protemica y
los tejidos, o bien a travs del estudio en las
poseen un enorme potencial en cuanto a su
alteraciones del nivel de expresin en una
aplicacin en diagnstico molecular o desarrollo
determinada situacin fisiolgica o patolgica con
de frmacos.
el objetivo de identificar los genes implicados.

El estudio a gran escala de los carbohidratos y
La combinacin de los datos obtenidos a travs de
sus interacciones con protenas juega un papel
la secuenciacin del ADN junto con la informacin
destacable en biologa celular y medicina, ya que
obtenida del estudio de perfiles de expresin
los carbohidratos estn involucrados en la
gnica, permite establecer una correlacin entre
interaccin de los patgenos con su organismo
el genotipo y el fenotipo de un determinado
hospedador, procesos de desarrollo, transduccin
individuo en una situacin concreta. El resultado
de seales e inflamacin. El empleo de
de esta combinacin est resultando de enorme
microarrays en el anlisis de carbohidratos es otra
importancia en estudios de farmacogenmica, as
posible expansin de estas herramientas al
como en el desarrollo de la medicina
anlisis de alto rendimiento de molculas
personalizada.
diversas.
1
2
http://www.sanger.ac.uk/HGP/
http://www.tigr.org/tdb/
Objetivos del informe

El objetivo del presente informe consiste en
realizar una actualizacin de los ltimos
desarrollos llevados a cabo en las tecnologas
relacionadas con los microarrays y biochips, as
como de sus aplicaciones en salud humana. Este
documento pretende ser una revisin del informe
de Vigilancia Tecnolgica en Microarrays y
Biochips de ADN publicado por Genoma Espaa
en el ao 2002, incluyndose en esta ocasin
microarrays y biochips de otras biomolculas
como protenas y microarrays de clulas y tejidos.
Por otra parte, se ha realizado un estudio acerca
de las perspectivas de las tecnologas clave
relacionadas con microarrays y biochips en
Espaa, para lo cual se ha hecho una revisin de
los grupos de investigacin que en la actualidad
estn trabajando en el desarrollo de estas
herramientas de anlisis. Por ltimo, con el
objetivo de evaluar las limitaciones tecnolgicas y
prcticas del empleo de microarrays y biochips en
salud humana, se ha recurrido a la recopilacin
de informacin por medio de cuestionarios por
parte de diversos expertos en la materia.
1. Introduccin
Como consecuencia de la disminucin progresiva
del coste de los microarrays en los ltimos aos,
se ha producido una integracin de esta
tecnologa como herramienta fundamental de la
biomedicina y del proceso de desarrollo de
frmacos. El empleo de microarrays en estudios
de genmica funcional tiene numerosas
aplicaciones de entre las que se pueden destacar
la determinacin de perfiles de expresin gnica,
la seleccin de biomarcadores, la
farmacogenmica, la toxicogenmica, la
identificacin de genes marcadores pronstico de
enfermedades y la clasificacin de tumores.
2. Microarrays de ADN
Los microarrays de ADN son colecciones de
molculas de ADN inmovilizadas sobre un soporte
en localizaciones conocidas, empleados para el
estudio de la secuencia de genes conocidos,
o bien para determinar los niveles de expresin
gentica de un tipo celular o tejido.
2.1. Diseo de un microarray

de ADN
A la hora de fabricar un microarray, existen
determinados elementos que tendrn una
importancia crucial en funcin de las aplicaciones
deseadas:
Puntos clave en la fabricacin de un microarray

Eleccin de la sonda.
Eleccin del soporte.
Tecnologa de inmovilizacin de la sonda.
Tcnica de fabricacin del array.
Mtodo de deteccin de la hibridacin.
Sistemas de amplificacin de la seal/sonda.
Sistemas de anlisis e interpretacin de la seal.
2.1.1. Tipos de sondas empleadas

en los microarrays de ADN
nucleotdicas estn unidas a un esqueleto de tipo

peptdico en lugar del tpico esqueleto de
fosforribosas del ADN. Estas sondas son de gran
Sonda es el trmino que se emplea comnmente

para definir un fragmento de ADN o ARN de
secuencia conocida, el cual se emplea en ensayos de
hibridacin para identificar secuencias idnticas o
similares en una mezcla compleja de cidos
nucleicos. Las sondas tambin pueden consistir en
anticuerpos que son utilizados en las tcnicas de
3
deteccin de protenas especficas . En el caso de los
utilidad en los microarrays de ADN ya que los

hbridos que se forman entre las sondas de PNA y
el ADN que se analiza poseen una estabilidad
trmica superior a los dplex de ADN-ADN,
adems de cierta insensibilidad a la fuerza inica
debido a la carga neutra del PNA. Por otra parte,
los dplex que presentan desapareamientos de
una sola base son menos estables que sus
microarrays de ADN, el material biolgico que se
correspondientes hbridos de ADN-ADN, lo que les
emplea como sonda puede consistir en molculas de
hace particularmente adecuados para detectar
ADN, ARN o PNA, que se inmovilizan sobre el
mutaciones en una sola base nucleotdica o SNP
soporte del array e hibridan con la muestra de ADN
(Single Nucleotide Polymorphism)4.
a analizar denominada diana.

Sondas de ADNc
Sondas de oligonucletidos
Adems de oligonucletidos de ADN o PNA,
Las sondas comnmente empleadas en los
tambin es posible emplear ARNm de genes
microarrays de ADN consisten en oligonucletidos
concretos como sonda de hibridacin, aunque
de cadena sencilla de ADN, que pueden
debido a su baja estabilidad es necesario realizar
sintetizarse in situ o bien depositarse sobre el
una transcripcin inversa para obtener un ADN
soporte mediante diferentes tcnicas de
copia (ADNc) de mayor estabilidad.
inmovilizacin. Estas sondas suelen ser lineales y

con longitud comprendida entre los 11 y 50
nucletidos. Recientemente, el empleo de
horquillas de oligonucletidos est empezando a
tomar relevancia debido a su mayor estabilidad,
mejor ndice de hibridacin y mayor afinidad por
los agentes de captura, que se traduce en una
2.1.2. Tecnologas de inmovilizacin

de las sondas y tipos
de soporte en microarrays
de ADN
seal de mayor intensidad.

La deposicin de las sondas es un paso
Sondas de PNAs
fundamental a la hora de disear un microarray

de ADN, y est directamente relacionado con la
Los cidos nuclicos peptdicos (PNAs) son
eleccin del soporte y la tcnica de fabricacin del
molculas artificiales con caractersticas hbridas
array. Existen tres factores que han de tenerse en
de cidos nucleicos y peptdicos, donde las bases
cuenta en la inmovilizacin de las sondas:
Puntos clave en la inmovilizacin de sondas de ADN

La qumica empleada en la inmovilizacin ha de ser estable durante las diferentes etapas del
experimento.
Las sondas han de permanecer funcionales despus de su inmovilizacin.
Las sondas han de ser inmovilizadas con una orientacin y configuracin apropiada de manera que
no se entorpezca el emparejamiento de bases.
Glosario de trminos genticos. Universidad de Murcia, Dpto. Bioqumica, Biologa Molecular e Inmunologa
(http://www.um.es/bbmbi/AyudasDocentes/Glosario/Glosario/index.htm).
Campas, M.; Katakis, I. (2004). DNA biochip arraying, detection and amplification strategies. Trends in analytical
Chemistry. Vol. 23(1): 49-62.
10
Las tecnologas de inmovilizacin de sondas sobre la superficie de microarrays de ADN son muy
diversas, como se muestra en la tabla 1. Las monocapas autoensambladas5 constituyen una de las tcnicas
que ms aceptacin ha tenido en los ltimos aos debido a su simplicidad, eficiencia y bajo coste. Las
principales tecnologas de inmovilizacin de sondas se recogen en la siguiente tabla:
PRINCIPALES MTODOS DE INMOVILIZACIN DE SONDAS

Mtodo
Orientacin
de la sonda
Accesibilidad
Ventajas
Desventajas
Retencin en
matriz polimrica
Al azar
Baja
Gran cantidad
de sondas
Requiere tratamiento de
superficie.
Bajos ndices de hibridacin
Unin covalente
Ordenada
Alta
Gran
estabilidad
superficie.
Bajos ndices de
inmovilizacin
Alta
Posible control
de la densidad
de la sonda
superficie.
Posibles interacciones
inespecficas.
Bajos ndices de
inmovilizacin
superficie.
Bajos ndices de
inmovilizacin
Silanizacinunin covalente
Ordenada
Afinidad
(biotinaestreptavidina)
Ordenada
Alta
Gran
estabilidad.
Sencillez
Adsorcin
Al azar
Baja
Sencillez
Inclusin en un
composite6
Al azar
Baja
Posible unin
ordenada
Alta
Sencillez.
Posible control
de la densidad
de la muestra
Posibles interacciones
inespecficas
Alta
Posible control
de la densidad
de la muestra
superficie.
Bajos ndices de
inmovilizacin
SAMs directo7
(la propia sonda
se inmoviliza
formando una
monocapa)
SAMs indirecto (la
sonda se une a
SAM de otro
material
previamente
formado)
Ordenada
Ordenada
Tabla 1. Principales mtodos de inmovilizacin de sondas.

Fuente: Camps, M. & Katakis, I. (2004). DNA biochip arraying, detection and amplification strategies. Trends in analytical
chemistry. Vol. 23(1): 49-62 (SAM: Self-Assembled Monolayer o monocapa autoensambladas).
6
7
Las monocapas autoensambladas (self-assembled monolayers o SAMs) se forman a partir de la organizacin espontnea
de molculas con ciertos grupos funcionales, principalmente grupos tiol, sobre la superficie de un metal. Estos grupos tiol
se fijan al sustrato que se desea cubrir a travs de un mecanismo de adsorcin qumica y el resto de la molcula establece
uniones electrostticas, de puente de H, o por fuerzas de Van der Waals, etc., con sus molculas vecinas (Fuente:
Gonzlez Rumayor, V., et al. (2005). Informe de vigilancia tecnolgica. Aplicaciones de biosensores en la industria
agroalimentaria. Fundacin para el conocimiento madri+d; CEIM).
Composite: compuesto que une dos o ms materiales, normalmente fibras introducidas en una resina polimrica (plsticos).
Las sondas de PNAs han demostrado recientemente una capacidad para formar SAMs directos muy superior a la del ADN,
lo que abre una nueva lnea de desarrolllo de biosensores. Fuente: Briones, C., et al. (2004). Ordered self-assembled
monolayers of peptide nucleic acids with Dna recognition capability. Physical Review Letters, vol. 93:208103 (1-4).
11
El tipo de soporte en el cual se inmovilizan las

sondas puede ser de diferente naturaleza, siendo
las membranas de nylon y los soportes rgidos
como el plstico o el vidrio los ms utilizados. En
la actualidad, debido a su adaptacin al marcaje
fluorescente, alta sensibilidad, posibilidad de
realizar distintas funcionalizaciones qumicas y
fcil manejo y resistencia, el vidrio ha suplantado
a las membranas como soporte para microarray
de ADN8.
2.1.3. Tecnologas de fabricacin

de microarrays de ADN
La fabricacin de un microarray consiste en la
disposicin de las sondas sobre la superficie del
mismo en posiciones conocidas y ordenadas.
Existen diferentes tecnologas para la produccin
de microarrays que han de cumplir una serie de
requisitos, lo que ha generado la aparicin de
diversas plataformas comerciales. Estos
requerimientos han motivado que los avances
tecnolgicos relacionados con la fabricacin de
microarrays queden reflejados en los sistemas de
produccin y las plataformas introducidas por
diferentes empresas.
Requisitos de las tecnologas de produccin de microarrays

Robustez
Reproducibilidad
Consistencia
Uniformidad
Automatizacin
Alta precisin
Velocidad de fabricacin
Alta resolucin
Versatilidad
Coste-efectividad
Las principales tecnologas empleadas en la fabricacin de microarrays de ADN se pueden clasificar en

funcin de la metodologa empleada para disponer sondas de forma ordenada.
Principales tecnologas empleadas en la fabricacin de microarrays

Ink Jetting: impresin de sondas sin contacto.
Pin deposition: impresin de sondas por contacto.
Fotolitografa: sntesis in situ mediante mtodos qumicos.
Polipirrolizacin: inmovilizacin electroqumica de sondas modificadas por pirroles.
Electrodeposicin: inmovilizacin de sondas de ADN sobre nanopartculas de biorreconocimiento en
electrodos.
Unin con direccionamiento electrnico.
Meloni, R., et al. (2004). DNA microarrays and pharmacogenomics. Pharmacological Research. Vol. 49: 303-308.
12
La tcnica de Ink jetting emplea inyectores
La electrodeposicin selectiva se basa en la
piezoelctricos. Junto al capilar de vidrio que
inmovilizacin de sondas de ADN sobre
contiene la muestra se localizan cristales
nanopartculas de biorreconocimiento en
piezoelctricos que se deforman al aplicar voltaje.
electrodos de resolucin fotolitogrfica. Estas
Esta deformacin presiona el capilar y expulsa
nanopartculas consisten en pequeas esferas de
una pequea cantidad de fluido por el extremo
oro modificadas con oligonucletidos.
del capilar, que se deposita en un punto concreto

de la superficie.
El posicionamiento electrnico, tcnica

desarrollada por Nanogen, est basada en la
La tcnica Pin deposition emplea agujas o pins que
concentracin electrofortica de oligonucletidos
se empapan en la solucin que contiene la muestra
biotilinizados sobre un gel de agarosa modificado
y se transfiere una pequea cantidad al extremo de
con estreptavidina. Este gel puede direccionarse
la aguja. Al hacer contacto el extremo con la
electrnicamente sobre un array con propiedades
superficie del chip, se imprime una gota en una
de electrodo. La incorporacin de campos
posicin determinada de la superficie. Una variante
elctricos permite controlar la deposicin de las
de este mtodo utiliza en vez de agujas, cabezales
sondas, as como incrementar la concentracin de
similares a la punta de una pluma estilogrfica.
las muestras sobre estas ltimas, aumentando

por tanto la efectividad de la hibridacin. Existen
Respecto a la Fotolitografa, la tcnica se basa
diversos mtodos basados en este tipo de tcnica,
en la unin de los nucletidos protegidos por un
que combinan los avances producidos en la
agente qumico fotodegradable sobre un soporte
investigacin con microarrays con los derivados
de vidrio que posee determinados grupos
de la microfludica.
reactivos. Mediante una mscara que se sita

sobre el chip se logra enfocar un haz de luz hacia
Algunas de las tcnicas anteriormente descritas
unas posiciones determinadas, degradando al
estn confinadas para su uso en laboratorio por
agente qumico protector en dichas zonas y
diferentes motivos. Tal es el caso de la
dejndolo intacto en las zonas protegidas por la
polipirrolizacin, que si bien presenta ciertas
mscara. Posteriormente se aade un medio que
ventajas como su bajo coste, existen una serie de
contiene uno de los cuatro nucletidos que se
factores que hacen inviable su empleo a escala
unir, mediante enlace covalente, al soporte con
industrial, como son su escasa reproducibilidad de
los grupos reactivos que hayan quedado
la deposicin de sondas, as como el tiempo
desprotegidos. Cada grupo aadido lleva una
necesario para fabricar un array.
molcula receptora fotodegradable. Este proceso

se va repitiendo con los diferentes nucletidos y
Las tecnologas lderes en el mercado son la
mscaras hasta generar unos oligonucletidos con
impresin por chorro de tinta o ink-jetting, la
las secuencias de inters. La pionera en el empleo
fotolitografa, pin deposition y el posicionamiento
de esta tcnica fue Affymetrix y en el primer chip
electrnico. Adems, en los ltimos aos se ha
que construy alcanz una densidad de 106
desarrollado toda una serie de variantes de estas
sondas por cm2. En la actualidad, el Genechip
tecnologas orientadas a mejorar el control sobre
comercializado por esta compaa consigue una
el tamao y la morfologa de la muestra de ADN
densidad de ms de 9.000 sondas de una longitud
depositada sobre el array. Este es el caso de la
de 30 bases en 1,6 cm2.
tecnologa Bubble Jet Printing Technology de

Canon10 que es capaz de crear un array de alta
La tcnica de Polipirrolizacin est basada en la
densidad con unos puntos de tamao uniforme y
copolimerizacin de un grupo pirrol y los
forma regular.
oligonucletidos que portan parte del pirrol en su

extremo 5. Las secuencias de oligonucletidos
La siguiente tabla recoge las principales
modificados con pirrol se inmovilizan
tecnologas lderes en el mercado en fabricacin
electroqumicamente en lugares especficos
de microarrays, sus principales caractersticas,
mediante el encendido secuencial de los
ventajas y desventajas, as como las aplicaciones
diferentes electrodos9.
a las que van dirigidas.
10
Cmpas, M.; Katakis, I. (2004). DNA biochip arraying, detection and amplification strategies. Trends in analytical
chemistry Vol. 23 (1): 49-62.
Bubble Jet Technologies Applied to DNA Chips, Canon (http://www.canon.com/technology/detail/bj/dna_chips).
13
14
Oligos de
25 nt
Pequeos
fragmentos de
ADN/ARN
Oligos de 20 nt
Fotolitografa
con
nucletidos
activados
Deposicin de
pines en
electrodos o
fotolitografa
con oligos
activados
Posicionamiento
electrnico
Hyseq
Affymetrix
Clinical Micro
Sensors
Nanogen
Fluorescencia
Impedancia
Tabla 2. Principales tecnologas de fabricacin de microarrays.

Fuente: Camps, M.; Katakis, I. (2004). DNA biochip arraying, detection and amplification strategies.
Trends in Analytical Chemistry. Vol. 23(1): 49-62.
99 puntos
en 2 mm2
36 dianas en
un chip
Fluorescencia
Fluorescencia
Radioisotpica
1.024 puntos
en 1,15 cm2
64 puntos en
0,6 cm2
Oligos de 5nt
Muestras de
ADN de 5002.000 nt
Deposicin de
pins en
membrana
9.000 puntos
en 1,6 cm2
Fluorescencia
Radioisotpica
2.780 puntos/
cm2
Deteccin
Muestras de
ADN de 500 nt
Fragmentos de
PCR
Densidad
Sonda
Ink-jetting en
vidrio
Tcnica
Synteni/Incyte
Pharmaceuticals
Empresa
Alta densidad
Bajo coste
Alta densidad
Bajo coste
Bajo coste
Ventajas
Alto coste
Baja densidad
Alto coste
Alto coste
Sntesis in situ
Baja densidad
Baja densidad
Desventajas
PRINCIPALES TECNOLOGAS DE FABRICACIN DE MICROARRAYS DE ADN
Perfiles de expresin,
identificacin gnica, diagnstico,
identificacin de STR (short
tandem repeat)
secuenciacin, anlisis de
polimorfismos
diagnstico, anlisis de
polimorfismos
anlisis de polimorfismos,
secuenciacin
anlisis de polimorfismos
Aplicacin
limita el desarrollo de nuevas plataformas de
2.1.4. Tcnicas de deteccin

de la hibridacin
en microarrays de ADN
biochips. Los mtodos de deteccin en los cuales

no se necesita el marcaje de la diana estn
tomando relevancia en nuevas aplicaciones de los
biochips, ya que permiten una mayor sensibilidad,
La deteccin de la hibridacin es un paso clave

para revelar qu sondas se han unido a sus
reduccin de la muestra necesaria y simplificacin
dianas complementarias procedentes de la
del proceso de preparacin de la muestra11.
muestra. Determinadas tcnicas de deteccin de

la hibridacin del ADN requieren del marcaje
La siguiente tabla muestra las diferentes tcnicas de
previo de la sonda a la molcula diana, por lo que
deteccin de la hibridacin en los microarrays de
la deteccin de la hibridacin es un proceso que
ADN con su transductor y marcaje correspondiente:
TCNICAS DE DETECCIN DE LA HIBRIDACIN EN MICROARRAYS DE ADN

Tcnicas
Transductor
Marcaje
Fluorescencia
ptico
Fluorforos
Piezoelctrico
Piezoelctrico
No necesario
Cronopotenciometra
Voltametra
Impedancia
Electroqumico
Complejos catinicos
Compuestos redox
Cronoamperometra
Electroqumico
Enzimas redox
Capacitancia
Electroqumico
No necesario
Colorimetra
ptico
Enzimas
Resonancia de plasmones en superficie
ptico
No necesario
Quimioluminiscencia electroqumica
ptico
Quelato rutenio
Tabla 3. Tcnicas de deteccin de la hibridacin en microarrays de ADN.

Fuente: Camps, M.; Katakis, I. (2004). DNA biochip arraying, detection and amplification strategies. Trends in analytical
chemistry. Vol. 23(1)1: 49-62.
11
Lpez, M.; Mallorqun, P.; Vega, M. (2002). Informe de Vigilancia Tecnolgica Microarrays y Biochips de ADN.
Genoma Espaa.
15
amplificacin de la seal de hibridacin que
2.1.5. Sistemas de amplificacin

de la seal de hibridacin
del ADN
emplea oligonucletidos circularizados. Mediante

dos pasos sucesivos con sondas de hibridacin,
se consigue obtener una secuencia de ADN
inmovilizado en el soporte capaz de hibridar con
El anlisis de ADN por medio de microarrays
un ADN circular. Posteriormente, la accin
requiere de la amplificacin de la muestra y/o de la
conjunta del ADN polimerasa12 y el molde de
seal para alcanzar una sensibilidad apropiada, si
ADN circular desplazndose a lo largo del
bien es cierto que la mayora de los sistemas de
fragmento de ADN inmovilizado genera copias del
amplificacin realizan ambas tareas. A pesar del
ADN original unidas entre s por sus extremos.
tiempo que requiere, la tcnica de PCR se ha venido
Para detectar la seal, se procede a aadir
empleando de manera habitual en la amplificacin y
marcadores fluorescentes complementarios para
marcaje fluorescente de muestras de ADN, e incluso
su hibridacin con los mltiples sitios repetidos
se ha integrado en sensores y microarrays para
en la secuencia de ADN elongada. Este mtodo
minimizar el tiempo de ensayo necesario. Adems
de amplificacin es rpido, tcnicamente sencillo,
de la tcnica de PCR, existe toda una serie de
y capaz de detectar mutaciones en presencia de
mtodos de amplificacin de la seal que pueden
una gran cantidad de ADN original. Esta tcnica
ser incorporados en el sistema de deteccin:
cuenta con la desventaja de requerir una gran
La Amplificacin por crculo rodante o Rolling
cantidad de muestra de ADN de partida (100

nanogramos).
Circle Amplification es una tcnica de
Sonda
Adicin diana
Eliminacin diana
Adicin sonda 2
Adicin
ADN circular
Adicin oligos marcados
ADN ligasa
ADN polimerasa
Eliminacin ADN circular
Fig. 1. Amplificacin por crculo rodante.

Fuente: Camps, M., Katakis, I. (2004). DNA biochip arraying, detection and amplification strategies. Trends in analytical
chemistry. Vol. 23(1): 49-62.
12
Las ADN polimerasas son las enzimas que realizan la replicacin del ADN.
16
La amplificacin mediante ADN ramificado es

otro de los mtodos empleados para aumentar
la seal de la hibridacin, que en este caso
emplea ADN ramificado13 o hiperpolimrico, que
debido a sus ramificaciones puede realizar
hibridaciones simultneas. Este tipo de ADN

requiere ciertas caractersticas como son su
homogeneidad, uniformidad, y el control de la
composicin y tamao de la longitud de sus
fragmentos.
Clula
Adicin de sondas
Sondas
ADN
ramificado
Lisado de clula para

obtener ARNm
Hibridacin
Marcadores
de sondas
Cuantificacin
del ARNm
Sustrato
quimioluminiscente
Fig. 2. Amplificacin por ADN ramificado.

Fuente: Genospectra (http://www.genospectra.com).
La amplificacin de la seal de hibridacin

mediante nanopartculas dendrticas est
basada en el uso de nanopartculas de oro
activadas con nucletidos, como las empleadas
en los mtodos piezoelctricos. Estas
nanopartculas contienen fragmentos de
13
oligonucletidos que hibridan con la diana una

vez que sta ha hibridado con la sonda
inmovilizada. Empleando el tamao apropiado
de partcula se pueden conseguir sensibilidades
de deteccin muy elevadas.
bDNA (branched DNA o ADN ramificado): el ADN ramificado contiene mltiples cadenas ramificadas en forma de rbol y
cada una de estas ramas constituye un sitio de hibridizacin con una sonda marcada con una enzima, que reacciona con
un sustrato que permite la demostracin colorimtrica o quimioluminiscente.
17
Nanopartcula
unida a
oligonucletido
ADN diana
Fig. 3. Amplificacin mediante nanopartculas dendrticas.

Fuente: Fritzsche, W. & Taton, A. (2003) Metal nanoparticles as labels for heterogeneous, chip-based DNA detection.
Nanotechnology 14, R63-R73.
El mtodo de amplificacin de la Tiramida o

TSA (Tyramide Signal Amplification) consiste en
una combinacin de tres pasos que comienzan
en el marcaje de la molcula diana con un
anticuerpo unido a peroxidasa o estreptavidina.
Tras la hibridacin a la sonda, se aaden
mltiples derivados de tiramida marcados con
biotina o agentes fluorescentes, que son
activados por la enzima peroxidasa, liberando
finalmente radicales de tiramida que emiten
una seal detectable. Este es un mtodo de
marcaje indirecto que consigue una

amplificacin de la seal hasta 100 veces
mayor que las tcnicas directas de marcaje con
fluorescencia, sin incrementar el ruido de
fondo. A pesar de ser una tcnica laboriosa, la
amplificacin con Tiramida compite con las
tecnologas actuales de amplificacin por PCR14.
Sin embargo, los anlisis comparativos son
complicados debido a la variabilidad existente
en la eficiencia del marcaje15.
Peroxidasa
H2O2
Estreptavidina
Biotina
ADN
Fig. 4. Amplificacin de la Tiramida.

Fuente: Tyramide Signal Amplification (TSA) Technology, Molecular Probes, Invitrogen detection technologies
(http://probes.invitrogen.com/lit/catalog/2/sections/4021.html).
La amplificacin de la seal por medio de

liposomas funcionalizados se puede emplear
en las tcnicas de deteccin electroqumica de
la hibridacin. Este sistema est basado en la
inhibicin de la transferencia de electrones
entre la sonda y la superficie del electrodo
14
15
donde la sonda est inmovilizada. Existen dos

formas de conseguir la transferencia de
electrones, mediante la activacin de los
oligonucletidos cargados negativamente, o
bien mediante la funcionalizacin de los
liposomas con biotina.
Cmpas, M.; Katakis, I. (2004). DNA biochip arraying, detection and amplification strategies. Trends in analytical
chemistry Vol. 23 (1): 49-62.
Tyramide Signal Amplification (TSA) Technology, Molecular Probes, Invitrogen detection technologies
(http://probes.invitrogen.com/handbook/sections/0602.html).
18
2.2. Tipos de microarrays

de ADN
Los microarrays de ADN surgieron de la necesidad
de analizar la ingente cantidad de informacin
surgida de los grandes proyectos de secuenciacin
de genomas desarrollados en los ltimos aos16. Por
tanto, las principales aplicaciones de los microarrays
de ADN se centraron inicialmente en el anlisis de la
expresin gnica y el diagnstico gentico, basados
mecanismos implicados en la resistencia de

patgenos a ciertos agentes antimicrobianos18.
Por ltimo, el uso de microarrays de ADN para
el anlisis de los perfiles de expresin gnica en
procesos tumorales, ha posibilitado elaborar
para ciertos tipos de cncer una clasificacin de
los tumores que ha permitido un diagnstico y
pronstico ms preciso que el obtenido
mediante otras tcnicas moleculares.
Las estrategias de farmacogentica y
en la bsqueda de mutaciones o polimorfismos de
farmacogenmica19 constituyen otras de las
un solo nucletido o SNP17. Los nuevos desarrollos
reas de aplicacin de los microarrays de ADN.
tecnolgicos han permitido ampliar estas
La combinacin de los datos obtenidos a partir
aplicaciones hacia nuevas reas de inters como la
de la identificacin de SNPs, junto con la
farmacogenmica, as como la integracin de los
informacin obtenida del estudio de perfiles de
microarrays de ADN en el proceso de
expresin gnica, permite establecer una
descubrimiento e identificacin de frmacos.
correlacin entre el genotipo y el fenotipo de un

determinado individuo. El resultado de esta
El rea de diagnstico molecular mediante
combinacin est resultando de enorme
microarrays de ADN posee entre sus principales
importancia para la identificacin de genes que
aplicaciones el cribado gentico de mutaciones
puedan constituir nuevas dianas teraputicas.
o polimorfismos relacionadas con enfermedades

mediante tcnicas de resecuenciacin del ADN.
16
17
18
19
El proceso de descubrimiento y desarrollo
Por otra parte, la identificacin de
de frmacos se ha beneficiado del uso de
microorganismos patgenos (virus, bacterias,
herramientas genmicas de alto rendimiento
hongos o protozoos) mediante microarrays de
como los microarrays de ADN, que hacen
oligos que contengan secuencias de ARN
posible el anlisis de la expresin gnica en
ribosomal de dichos microorganismos es de
miles de muestras simultneamente. El diseo
utilidad en el diagnstico de patologas
y estratificacin de los ensayos clnicos en
infecciosas. Asimismo, tanto los anlisis de
funcin del genotipo es otra de las aplicaciones
SNPs como de expresin gnica mediante
que los microarrays de ADN han aportado a la
microarrays de ADN permitiran identificar los
industria farmacutica.
The Sanger Institute: Human Genome Project (http://www.sanger.ac.uk/HGP).

The Institute for Genomic Research, TIGR (http://www.tigr.org/tdb).
SNP: Single Nucleotide Polymorphism.
Domnech-Snchez, A. & Vila, J. (2004). Fundamento, tipos y aplicaciones de los arrays de ADN en la microbiologa
mdica. Enferm. Infecc. Microbiol. Clin. 22(1):46-54.
Bryant, P. A., et al. (2004). Chips with everything: DNA microarrays in infectious diseases. Lancet Infect. Dis. 4:100-111.
Farmacogentica: disciplina que se ocupa de estudiar las diferentes respuestas de los individuos frente a los frmacos
basndose en los patrones de variabilidad gentica de cada paciente.
Farmacogenmica: trmino ms amplio que persigue buscar genes candidatos de respuesta a determinados frmacos o
personalizar medicamentos empleando herramientas genmicas.
19
APLICACIONES DE LOS MICROARRAYS DE ADN EN SALUD HUMANA

reas
Diagnstico
molecular
Farmacogentica y
Farmacogenmica
Descubrimiento y
desarrollo de frmacos
Aplicaciones
Tcnicas
Cribado gentico
Resecuenciacin
Identificacin de patgenos
Deteccin de secuencias de ADN

procedentes de patgenos
Resistencia a frmacos de
microorganismos infecciosos
Genotipado de SNPs
Anlisis de la expresin gnica
Diagnstico y pronstico oncolgico
Identificacin de genes

Genotipado de SNPs
Resecuenciacin
Respuesta a frmacos
Genotipado de SNPs
Diagnstico predictivo
Genotipado de SNPs
Cribado de frmacos
Diseo y estratificacin de ensayos

clnicos
Genotipado de SNPs
Tabla 4. Aplicaciones de los microarrays de ADN en salud humana.

Fuente: Elaboracin propia.
A continuacin se describen las principales tcnicas genmicas que emplean los diferentes microarrays de ADN
en funcin del objetivo que se persiga:
2.2.1. Resecuenciacin gnica
fragmento de ADN a analizar se divide en

fragmentos de entre 200 y 600 nucletidos, y
El descubrimiento de genes o la identificacin
posteriormente se marca e hibrida con las sondas
mediante secuenciacin de determinadas
inmovilizadas. Al detectar la localizacin de la
secuencias de ADN, requiere arrays con sondas
hibridacin mediante tcnicas de anlisis y
que incluyan todas las posibles combinaciones de
procesamiento de las seales, se puede identificar
nucletidos para una determinada longitud. El
la secuencia total del fragmento de ADN.
20
La resecuenciacin es una las ltimas

aplicaciones de los microarrays de ADN, que
permite la identificacin de mutaciones y SNPs en
el genoma a partir de una secuencia conocida.
Para cada base nucleotdica de una secuencia se
disean cuatro sondas que difieren entre s en un
nucletido (A,T,G,C) generalmente en su posicin
central. Posteriormente se marca el ADN de la
muestra mediante reactivos fluorescentes, y se
pone en contacto con las sondas inmovilizadas en

el microarray. Los fragmentos de ADN que
contengan una secuencia complementaria
hibridarn nicamente con una de las cuatro
sondas, dando lugar a una seal fluorescente20.
La principal ventaja de esta tcnica consiste en
que permite conocer la secuencia de fragmentos
de ADN de hasta 30 Kb de longitud.
Fig. 5. Resecuenciacin mediante microarrays de ADN.

Fuente: Cutler, DJ, et al. (2001). High-throughput variation detection and genotyping using microarrays.
Genome Res. 11(11):1913-25.
2.2.2. Anlisis de la expresin

gnica
niveles de protenas que se producen durante un

estado patolgico o en una determinada situacin
metablica.
La expresin gnica es el proceso por medio del

cual la informacin codificada en el ADN se
El anlisis de la expresin gnica mediante
transforma en las protenas necesarias para el
microarrays de ADN requiere realizar previamente
desarrollo y funcionamiento de la clula. Este
la copia del ARNm a ADN complementario
proceso tiene lugar por medio de una molcula
mediante un proceso de transcripcin inversa.
intermediaria que transmite la informacin
Este ADN copia (ADNc) posee una mayor
gentica denominada ARN mensajero (ARNm).
estabilidad que el ARNm y adems permite la
Una de las principales aplicaciones de los
adicin de marcadores para su deteccin21. Las
microarrays de ADN es la determinacin del perfil
molculas marcadas de ANDc se hibridan a
de expresin, es decir la cuantificacin relativa de
microarrays que contienen sondas de ADN
los ARN transcritos, mediante la comparacin de
especficas para genes concretos. La seal que
los ARNm aislados de dos muestras diferentes.
emite el ADNc ser indicativa de la presencia de
Por tanto, los microarrays de ADN proporcionan
expresin gnica, que tambin puede ser
indirectamente informacin de los distintos
cuantificada.
20
21
CustomSeq Resequencing Arrays, Affymetrix (http://www.affymetrix.com/products/arrays/specific/custom_seq.affx).

Lpez, M.; Mallorqun, P.; Vega, M. (2001). Informe Sectorial de Vigilancia Tecnolgica sobre Microarrays y Biochips de
ADN. Genoma Espaa.
21
Tejido sano
Muestra A
Tejido enfermo
Muestra B
Interpretacin
A>B
B>A
A=B
Extraccin
ARNm
Combinacin
de ambas seales
fluorescentes
ADNc marcado
con sondas
fluorescentes
Hibridacin con ADN

inmovilizado
Emisin
de fluorescencia
Incidencia luz
fluorescente
Fig. 6. Anlisis de la expresin gnica mediante microarrays de ADN.

Fuente: Institute for Mikrobiology and Genetics, Georg-August-University of Gttingen, Functional Genomics Group.
(http://wwwuser.gwdg.de/~aehrenr/arrays/c_arrays.html).
El perfil de expresin gnica de una clula
No obstante, una de las aplicaciones ms
proporciona informacin sobre su fenotipo y su
atrayentes es el empleo de microarrays de
respuesta al medio (estado metablico, ciclo
expresin gnica en clnica. La empresa
celular, respuesta a condiciones de estrs,
holandesa Agendia22 ha desarrollado microarrays
presencia de toxinas o microorganismos
de expresin gnica que permiten predecir el
patgenos). La medida de la expresin gnica es
riesgo de sufrir metstasis en pacientes con cncer
una importante herramienta para estudiar los
de mama, as como arrays de expresin que
mecanismos de regulacin, rutas bioqumicas y
facilitan la identificacin de tumores primarios. La
funciones celulares.
empresa californiana Genomic Health23 posee

entre sus productos un microarray de expresin
Las aplicaciones de los microarrays de expresin
gnica que cuantifica la probabilidad de recurrencia
gnica son diversas, y actualmente el nmero de
en pacientes con cncer de mama, e incluso
productos dirigidos a la industria farmacutica se
proporciona informacin acerca de las terapias ms
ha multiplicado considerablemente (ver Anexo I).
efectivas para el paciente.
Aplicaciones de los microarrays de expresin gnica

Identificacin de genes involucrados en procesos patolgicos, fisiolgicos y de desarrollo.
Caracterizacin de tumores.
Estudio de procesos de regulacin gnica.
Diagnstico mediante la identificacin de patrones de expresin relacionados con diferentes
estados patolgicos.
Identificacin de dianas teraputicas en el proceso de desarrollo de frmacos mediante la
comparacin de los genes expresados en tejido normal y tejido enfermo.
22
23
MammaPrint, CupPrint (Agendia, BV; http://www.agendia.com).

Oncotype DX (Genomic Health, Inc.; http://www.genomichealth.com/oncotype/hcphome.aspx).
22
2.2.3. Genotipado de SNPs
y de experimentos de secuenciacin de
fragmentos concretos de ADN. En la actualidad
Menos del 0,1% del genoma humano presenta
varias compaas biotecnolgicas disponen de
variaciones entre los distintos individuos, siendo
tests farmacogenmicos que permiten la
las formas ms frecuentes de variacin los SNPs o
identificacin de polimorfismos relacionados con el
24
polimorfismos de una sola base , que consisten
metabolismo de frmacos. Los principales tests
en sustituciones de una base por otra. La mayora
toxicogenmicos se centran en el genotipado de
de los SNPs conocidos hasta hace unos aos
genes de enzimas de la familia del citocromo
haban sido identificados a partir de proyectos de
p450, relacionada con la toxicidad de un gran
secuenciacin como el Proyecto Genoma Humano,
nmero de frmacos25.
Fig. 7. Microarray de anlisis farmacogenmico AmpliChip CYP450. Fuente: Roche Group, AmpliChip CYP450 Test
(http://www.roche-diagnostics.com/products_services/amplichip_cyp450.html).
2.2.4. Hibridacin genmica

comparada
Los microarrays de hibridacin genmica
comparada (CGH Arrays) son herramientas de
anlisis genmico de escaneado global que se
emplean para detectar la presencia de ganancias
(duplicacin o amplificacin) o prdidas (delecin
o nulisoma) de segmentos del genoma. Su
aplicacin en el campo de la oncologa incluye la
deteccin de nuevas amplificaciones genmicas
asociadas a tumores humanos y murinos, la
definicin en detalle de regiones comnmente
amplificadas (amplicones), y la deteccin de
deleciones asociadas a tumores.
24
25
26
27
Un ejemplo de este tipo de microarrays de

hibridacin genmica comparada es el
Genosensor System de la compaa Vysis26 que
permite establecer correlaciones entre el nmero
de copias de un gen y una determinada
enfermedad. ste es un sistema que por el
momento slo se emplea en investigacin en
laboratorios y an no se ha empleado con fines
diagnsticos. En la actualidad, el Centro
Nacional de Investigaciones Oncolgicas
(CNIO) est poniendo en marcha una plataforma
para la produccin de microarrays de hibridacin
genmica comparada que posean una cobertura
completa de los genomas humano y murino27.
Las diferencias entre las secuencias de ADN de los diferentes individuos y especies se deben primordialmente a
mutaciones que alteran una de las cuatro letras del cdigo ACGT. Tales cambios de una sola letra de posicin variable son
los SNP (Single Nucleotide Polymorphism). Adems, se conocen otros sistemas de reordenamiento gentico, tales como
inserciones o deleciones de fragmentos de ADN.
Prometheus Laboratories Inc., PRO-PredictRx TPMT (http://www.prometheuslabs.com).
Roche Diagnostics, con tecnologa de Affymetrix (http://www.roche-diagnostics.com).
GE Healthcare, CodeLink P450 Bioarrays (http://www.gehealthcare.com).
Jurilab, DrugMEtTM Genotyping Test (http://www.jurilab.com).
Roche Group, AmpliChip CYP450 Test (http://www.roche-diagnostics.com).
TM Bioscience Corp., Tag-ItTM Mutation Detection Kits (http://www.tmbioscience.com).
Vysis (http://www.vysis.com).
CNIO, Investigacin de Transferencia en Cncer: del Laboratorio a la Clnica
(http://www.cnio.es/es/news/transferencia.htm).
23
3. Microarrays de protenas
Los microarrays y biochips de ADN se han
contenida en el proteoma. El proteoma es el
consolidado como una herramienta fundamental
conjunto de protenas expresadas por un tejido o
para el anlisis de la expresin gnica a nivel
por una clula en un momento determinado. Por
genmico. Sin embargo, la determinacin de la
tanto, la protemica es la disciplina que estudia
cantidad de ARNm mediante microarrays de ADN
globalmente la expresin gnica a nivel de las
no proporciona la informacin suficiente sobre las
protenas, aglutinando protemica comparativa,
protenas que se traducen a partir de esta
funcional y estructural.
molcula. Esto es debido a que las protenas

sufren toda una serie de modificaciones post-
Los microarrays de protenas son de gran
traduccionales a lo largo de su proceso de
utilidad en el anlisis protemico funcional, y
sntesis, que consisten fundamentalmente en
consisten en chips de protenas inmovilizadas en
procesamientos proteolticos, glicosilaciones28, y
una posicin concreta sobre una superficie slida,
formacin de complejos proteicos. Por otra parte,
dispuestas de forma similar a como se disponen
las protenas han de plegarse correctamente con
las sondas en los microarrays de ADN. A la hora
el fin de ser totalmente funcionales.
de construir un microarray de protenas es muy

importante plantearse una serie de cuestiones
Para completar el estudio de las funciones de las
previas, al igual que suceda con el diseo del
protenas se ha de recurrir a la informacin
microarray de ADN:
Factores de relevancia en el diseo de microarray de protenas

Naturaleza de la superficie sobre la cual inmovilizar (soporte).
Protenas a inmovilizar.
Mtodo de inmovilizacin.
Formato del microarray.
Agente de captura (en el caso de microarray de deteccin).
Mtodo de deteccin a emplear.
28
Glicosilacin: proceso qumico por el que se aaden cadenas de azcares a una protena.
24
Cada una de estas cuestiones lleva asociada una tecnologa concreta, que al combinarse permiten la
generacin de microarrays de protenas. En la siguiente figura se muestran las tecnologas asociadas a los
microarrays de protenas:
Tecnologa
de produccin
Impresin
por contacto
Molculas
de captura
Superficies
Unin
no covalente
Impresin sin
contacto
Fluorescencia
Diagnstico
Anticuerpos
Receptor/ligando
Hidrofbica
Enzima/sustrato
Aptmeros
Litografa
Aplicaciones
Protenas fusin
Electrosttica
Reconocimiento
molecular
Deteccin
Quimioluminiscencia
Resonancia
de plasmones
superficiales
Protemica
Cribado de
frmacos
Unin covalente
Affibodies
Radioactividad
Espectrometra
de masas
Fig. 8. Tecnologas implicadas en la produccin de microarrays.
Fuente: Ojos, T. & Bachmann, J. (2003). Business Briefing: Future Drug Discovery. 1-4.

de protenas
La complejidad y diversidad estructural de las
protenas ha hecho que el desarrollo de los
microarrays de protenas haya sido tcnicamente
complicado. Al contrario que los cidos nucleicos,
las protenas no tienen una estructura homognea
ni un patrn de unin especfico, sino que cada
protena posee unas caractersticas bioqumicas
29
particulares. En cuanto a los procesos de

amplificacin de muestra, no existe una tcnica
equivalente a la PCR capaz de amplificar la
cantidad de protena existente en una muestra.
Por lo tanto, la tecnologa de microarrays de
protenas se encuentra ante dificultades tcnicas
en cuanto a la adquisicin y unin estable de
protenas a superficies donde puedan
interaccionar con otras protenas o ligandos y
detectarse tal interaccin29.
Hardiman, G., et al. (2002). Protein microarrays: challenges and promises. Pharmacogenomics. Vol. 3 N 4: 1-10.
25
3.1.1. Tipos de soporte de microarrays de protenas

Durante el diseo de un microarray de protenas la eleccin del soporte habr de tenerse en cuenta en
primera instancia ya que condicionar tanto el formato final del array como el mtodo de deteccin
preferible. De la misma forma, la tecnologa de inmovilizacin elegida ha de tener en cuenta tanto la
naturaleza del compuesto que se ha de inmovilizar como la superficie a la cual se acopla, manteniendo
siempre la funcionalidad y accesibilidad de las protenas presentes en el array.
Caractersticas de un soporte ideal de protenas

Estabilidad qumica.
Buena morfologa de los puntos o spots.
Mnimas uniones no especficas.
Baja seal de fondo.
Alto ratio superficie/volumen.
Compatibilidad con los distintos sistemas de deteccin.
Baja autofluorescencia.
En el caso del ADN, ste posee una carga

negativa que podra aprovecharse para inmovilizar
la molcula sobre la superficie del array mediante
fuerzas electrostticas. Por el contrario, la carga
de las protenas es muy variable, y por este
motivo se han realizado grandes esfuerzos en la
estandarizacin de materiales de soporte que
sean adecuados para cada tipo de microarray de
protenas. Los soportes porosos como las
membranas de nitrocelulosa, nylon o fluoruro de
polivinilo, son ms adecuados para la
inmovilizacin de protenas que los soportes lisos,
ya que poseen mayor superficie y por tanto
capacidad de unin30.
30
31
32
No obstante, la nueva generacin de qumica de

superficies de membrana y de vidrio ha logrado
ofrecer una variedad de superficies de soporte
que no requieren del empleo de agentes
bloqueantes para eliminar el ruido de fondo,
y que a la vez previenen el contacto directo de la
protena con la superficie mediante la introduccin
de grupos funcionales como polietilenglicol (PEG).
Otras estrategias empleadas son capaces de
aumentar la densidad de los grupos funcionales
accesibles mediante el empleo de
dendrmeros31,32.
Espina, V., et al. (2004). Protein microarray detection strategies: focus on direct detection technologies. Journal of
Immunological methods. Vol. 290: 121-133.
Agenendt, P., et al. (2003). Next generation of protein microarray support materials: evaluation for protein and antibody
microarray evaluations. Journal of Chromatography A. Vol. 1009:97-104.
Los dendrmeros son agrupaciones esfricas de molculas anidadas, de importante aplicacin en la fabricacin de
dispositivos miniaturizados para el almacenaje de informacin.
26
PRINCIPALES SOPORTES EMPLEADOS EN LA INMOVILIZACIN DE PROTENAS

SOBRE ARRAYS
Soporte
Qumica de superficie
Proveedor
Placas de dendrmero
(prototipo)
Capa de dendrmero con grupos

reactivos epoxi
Chimera Biotech GmbH
Placas de epoxi-PEG
(prototipo)
Capa de PEG con grupos reactivos

epoxi
Jen Sobek, Functional Genomics

Center
Placas Maxisorb
Superficie de poliestireno
modificada
Nunc A/S
Placas amino
Grupos amino
Telechem International
Placas epoxi
Grupos epoxi
Placas silanizadas
Grupos amino
Placas FAST
Matrices de nitrocelulosa
Schleicher and Schuell Biosciences
Placas en cultivo celular en

poliestireno
Poliestireno
Nalge Nunc International
Placas de aminosilanos
Grupos amino
Sigma Aldrich Chemie GmbH
HydroGel
Gel de poliacrilamida modificado
Perkin-Elmer
Microarray reflectivo
Trietoxilsilano 3-amino propil
Amersham Biosciencies
Placas epoxi QMT
Grupos epoxi
Quantifoil Micro Tools GMBH
Placas de polilisina
Grupos amino
Preparadas manualmente
Placas de poliacrilamida
Poliacrilamida
Preparadas manualmente
Tabla 5. Principales soportes empleados en la inmovilizacin de protenas sobre arrays.

Fuente: Angennendt, P. & Glker, J. (2003). Protein and antibody microarray technology. Journal of Chromatography B
Vol. 797: 229-240.
Para favorecer la inmovilizacin de las protenas es frecuente recurrir a molculas adaptadoras de afinidad,
que consisten fundamentalmente en protenas33, poliaminocidos34 o polipptidos. Las estrategias ms
habituales se centran en el empleo de molculas de afinidad ancladas en la superficie del array, que a su
vez mantendrn unidas las protenas por medio de una segunda molcula adaptadora35.
33
34
35
Biotina (unin a estreptavidina); Protena G (unin a anticuerpo Fc); Protena A (unin a anticuerpo Fc); GST, Glutation
S-transferasa (unin a anti-GST); MBP, protena de unin a la maltosa (unin a anti-MBP); TRX, tiorredoxina reductasa
(unin a anti-TRX), GFP, protena verde fluorescente (unin a anti-GFP).
Poli-aminocidos empleados como molculas de afinidad en microarrays de protenas: Poli-Histidina (soporte de resina de
nquel); Poli-Lisina (uniones amida y bases de Schiff); Poli-cisteina (uniones tioter).
Hardiman, G., et al. (2002). Protein microarrays: challenges and promises. Pharmacogenomics. Vol. 3 (4): 1-10.
27
Protena
Molcula adaptadora
Molcula de afinidad
Soporte recubierto
de una capa orgnica
Fig. 9. Estructura de un microarray de protenas.

Fuente: Hardiman, G., et al. (2002) Protein microarrays: challenges and promises. Pharmacogenomics. Vol. 3 (4): 1-10.
3.1.2. Tipos de formato de microarrays de protenas

Los formatos que se pueden emplear para construir un microarray de protenas son muy variados, aunque
el ms extendido es el formato de array plano que se comercializa por numerosas empresas:
MICROARRAYS PLANOS DE MICROARRAYS DE PROTENAS DISPONIBLES

COMERCIALMENTE
Empresa
Producto
Aplicacin
Schleicher & Schuell

Bioscience
ProvisinTM HCA
Perfil de citoquinas
Zymoyx Inc.
Simios protein profiling biochip

system
Pierce Biotechnology Inc.
Search LightTMArrays
RayBiotech Inc.
RayBioTM Cytokine Arrays, Custom

Ab Arrays
BD Biosciences
BD ClontechTM Ab Microarray
Anlisis comparativo de protenas
Sigma Aldrich Co.
PanoramaTM Ab Microarray Cell

Signalling KitTM
Anlisis comparativo de protenas
Protometrix Inc.
The Yeast ProtoarrayTM
Estudios de interaccin de protenas
Molecular Staging Inc.
Rolling circle amplification

technology (RCATTM)
Perfil de protenas multiplexado
Zeptosen AG
ZeptoMARTM CeLyA Cell Lysate Arrays
Screening reverso
Ciphergen Biosystems inc
SELDI Protein Chip Technology
Screening reverso
Tabla 6. Microarrays planos de microarrays de protenas disponibles comercialmente.

Fuente: Joos, T. O. Microarray technology: an increasing variety of screening tools for proteomic research. Drug Discovery
Today (2004). Vol. 3 (1): 24-31.
28
Otros formatos alternativos estn encaminados a disminuir la cantidad de muestra y reactivos necesarios
por medio de la miniaturizacin y la combinacin con tecnologas de microfludica:
CD de centrifugacin como el Gyrolab

Bioaffy comercializado por Gyros36. El giro del
CD hace que la fuerza centrfuga dirija la
muestra a travs de microcanales, que permiten
la cuantificacin de protenas a escala
nanomtrica por medio de inmunoensayos tipo
sndwich u otras tcnicas.
Microcanales desarrollados por Biotrove 37 por

medio de la tecnologa Thru-Hole, que
consiste en una plataforma miniaturizada para
el procesamiento en paralelo de alta densidad
de muestras a escala nanomtrica.
CD
18 mm
3D sobre superficies de silicio como Protein

Profiling Biochip System de Zyomyx38 que
permite la orientacin de los anticuerpos gracias
a su estructura en pilares. Esta plataforma
permite la cuantificacin de mltiples citoquinas
presentes en suero de plasma humano y
murino.
Anticuerpo
marcado
Protena
36
37
38
Microarray de protenas sobre CD de centrifugacin (Gyrolab BioaffyTM). Gyros AB (http://www.gyros.com).

Microarray de microcanales. Biotrove (http://www.biotrove.com).
Protein Profiling BiochipTM System de Zyomyx (http://www.zyomyx.com) (en la actualidad est en uso en centros de
Investigacin de GlaxoSmithkline y Partners Healthcare).
Wagner, P.; Raymond, K. (2002). Protein biochips: an emerging tools for proteomic research. Current Drug Discovery.
May: 23-28.
29
Las partculas en suspensin tambin pueden emplearse como base para el microarray, teniendo en cuenta
que estas partculas pueden codificarse para su posterior identificacin. Existen diferentes sistemas de
codificacin de estas partculas que emplean tecnologas muy diversas:
Microesferas sometidas a citometra de

flujo, comercializadas por BD Biosciences bajo
el nombre comercial de BDTM Cytometric Bead
Array39: la captura de protenas se realiza por
medio de inmunoensayos tipo ELISA, mientras
que la deteccin se basa en fluorescencia y la
cuantificacin se realiza por citometra de flujo.
Microesferas codificadas con colores, como
el sistema Bio-Plex Protein Array System
desarrollado por Luminex 40 y Bio-Rad 41.
Mediante este sistema, se pueden medir las
reacciones bioqumicas que tienen lugar en la
superficie de las microesferas en funcin de las
intensidades de las fluorescencias.
Anticuerpos
de captura
Esferas
marcadas
con fluorescencia
lser
Nanocristales de semiconductores
codificadas con colores, que reciben el
nombre comercial de Nanocristales Qdot42 y
han sido desarrollados por Quantum Dots Corp.
Estos nanocristales estn formados por
materiales semiconductores que emiten luz en
el espectro de luz visible, permitiendo el
marcaje de protenas dentro de las clulas.
Nanocristal
Microesferas con cdigos de barras como la

tecnologa UltraPlexTM desarrollada por
Antgenos
Smartbeads 43, que permite realizar ensayos

multiplexados para una serie de anticuerpos
identificados con su cdigo de barras
correspondiente.
Micropartculas con cdigos de barras
formadas por metales intercalados, como las
nanopartculas NanobarcodesTM de Nanoplex
Anticuerpos
de deteccin
Anticuerpos
Micropartculas con
cdigos de barras
Marcador
fluorescente
Protena
Technologies44, que permiten identificar con una

gran precisin la molcula para la cual sirve de
marcador.
Anticuerpos
Banda de plata
Banda de oro
39
40
41
42
43
44
BDTM Cytometric Bead Array, BD Biosciences (http://www.bdbiosciences.com).

Luminex xMAP technology (http://www.luminexcorp.com).
Sistema Bio-Plex Protein Array System, Bio-Rad (http://www.bio-rad.com).
Qdot Nanocrystals (http://www.qdots.com).
UltraPlexTM, Smartbeads (http://www.smartbead.com).
Nanopartculas NanobarcodesTM, Nanoplex Technologies (http://www.nanoplextech.com).
30
3.1.3. Tcnicas de deteccin de la seal en microarrays de protenas

Los mtodos de deteccin empleados en microarrays de protenas se pueden clasificar en mtodos libres
de marcaje y mtodos que emplean sondas marcadas con diferentes tcnicas. Los mtodos libres de
marcaje presentan la ventaja de no necesitar un marcaje previo de las protenas diana, evitando de esta
forma modificar su actividad. Entre ellas destacan las siguientes:
Espectrometra de masas: tcnica en la que
las molculas proteicas se ionizan y
posteriormente se aceleran a travs del vaco
mediante un campo magntico. Las partculas
de distinta relacin masa/carga se separan por
su deflexin (desviacin de la direccin de la
corriente) en un campo magntico. Dentro de la
espectrometra de masas las variantes ms
representativas son la denominada
espectrometra MALDI-TOFF45 y la
espectrometra de masas en tandem (MS/MS).
Resonancia de Plasmones Superficiales
Campo
magntico
Luz
polarizada
Luz
reflejada
(SPR): tcnica basada en fenmenos pticos

que tienen lugar sobre la superficie de un
metal, permitiendo la deteccin de cambios de
concentracin de la masa del chip debidos a la
unin de un ligando a la protena inmovilizada.
Dentro de las estrategias que emplean mtodos de marcaje, se pueden clasificar a su vez en tcnicas de
deteccin directa si utilizan una sonda marcada que sea compatible con el sustrato, y mtodos de
deteccin indirecta, donde se marca directamente la protena de inters46. En funcin del marcaje
realizado, la tcnica de deteccin empleada ser diferente:
Deteccin cromognica: los cromgenos son
sustancias que sirven como sustratos para
reacciones enzimticas que generan productos
coloreados. La deteccin cromognica de
microarrays de protenas produce seales
permanentes de fcil visualizacin para su
anlisis. Los cromgenos empleados con mayor
frecuencia en microarrays de protenas son la
peroxidasa y la fosfatasa alcalina.
Deteccin por quimioluminiscencia: la
emisin de la luz se produce por los productos
de una reaccin qumica en la que participa la
enzima luciferasa. La quimioluminiscencia puede
emplearse con cualquiera de los mtodos de
deteccin por marcaje de sonda. La principal
ventaja de la deteccin por quimioluminiscencia
45
46
es que crea un registro permanente de los

resultados con alta sensibilidad y rapidez.
Deteccin por fluorescencia: las molculas
fluorescentes (fluorforos) absorben fotones de
luz de una fuente externa, generalmente un
lser monocromtico, que provoca la excitacin
de los electrones de la molcula y la posterior
emisin de luz en una longitud de onda mayor a
la de la luz incidente. La principal limitacin de
esta tcnica de deteccin es su incompatibilidad
con los soportes que poseen autofluorescencia,
ya que esta caracterstica hace muy difcil
distinguir la seal del ruido de fondo. Los
principales fluorforos empleados son
fluorescena, rodamina, ficobiliprotenas,
acridinas y cianinas.
MALDI-TOF: Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization (desorcin/ionizacin mediante lser asistida por matriz.
Espina, V. (2004). Protein microarray detection strategies: focus on direct detection technologies. Journal of
Immunological Methods. Vol. 290: 121-133.
31
Deteccin por desintegracin radiactiva: la

posibilidad de incorporar
32
P en protenas, ADN
Deshidratacin de las protenas: la miniaturizacin

de los microarrays de protenas es consecuencia
y ARN permite la deteccin de las interacciones
de los problemas de deshidratacin e inactivacin
protena-protena, protena-ADN, protena-ARN y
de las protenas, que se acentan bajo el empleo
protena-ligando. Sin embargo, el empleo de la
de soportes de cristal. Por este motivo, la
radiactividad como mtodo de deteccin para
nanotecnologa y microfludica son campos que
microarrays no est muy extendido por
estn desarrollando nuevas estrategias como son
cuestiones de seguridad.
las estructuras de microcanales, que previenen la

deshidratacin de las protenas debido a su
Desafos tecnolgicos a los que se enfrentan
arquitectura cerrada. Otra de las alternativas que
los microarrays de protenas
se est estudiando consiste en el empleo de

sustancias qumicas que estabilicen las protenas.
El anlisis de protenas mediante microarrays se

enfrenta a una serie de limitaciones referidas
Fenmenos de reactividad cruzada: dada la
principalmente a problemas de deteccin de la
naturaleza de los anticuerpos que en su mayora
interaccin y de estabilidad de las protenas
se encuentran glicosilados, el fenmeno de
inmovilizadas.
reactividad cruzada sucede a menudo, creando

falsos positivos y falsos negativos al formarse
Disponibilidad de protenas y anticuerpos
complejos de cierta estabilidad. Por ello, las
especficos: en el caso de los microarrays de
estrategias actuales van encaminadas a la
anticuerpos, una de las principales limitaciones
seleccin de anticuerpos altamente especficos,
ante las que se enfrenta su fabricacin no es
o al empleo de otras molculas de afinidad
nicamente obtener grandes cantidades, sino al
como los aptmeros o esqueletos proteicos.
hecho de que es necesario obtener anticuerpos

de gran diversidad. Para solucionar estos
Deteccin no uniforme de las interacciones
problemas, se est recurriendo a la produccin
entre protenas: el empleo de tcnicas de
de fragmentos de anticuerpos como scFvs o
marcaje en microarrays de protenas supone
Fabs mediante libreras de fagos u otras, en
una limitacin importante, ya que es imposible
lugar de producir anticuerpos en hibridomas que
lograr un marcaje homogneo en mezclas de
suponen un alto coste.
protenas debido a su diversidad y complejidad.

La deteccin de protenas en un microarray
Deteccin especfica de protenas: una
requiere un rango mucho ms dinmico de
alternativa para la deteccin de protenas es el
operaciones que el caso de los microarrays de
empleo de aptmeros. Estas molculas
ADN, ya que la concentracin de protenas en el
consisten en cidos nucleicos generalmente
interior de las clulas es muy variable. Esta
cortos y obtenidos por mtodos de seleccin in
caracterstica hace que sea necesario el empleo
vitro, que son capaces de reconocer y unirse a
de anticuerpos con afinidades variables, que
una molcula especfica como una protena o un
sean capaces de detectar protenas a distintas
ligando.
concentraciones.
32
3.2. Tipos de microarrays

de protenas
En funcin de la aplicacin que se persiga con el
uso de microarrays de protenas, se pueden
Los microarrays de captura de protenas se pueden

construir mediante el empleo de diferentes agentes
de captura, dando lugar a los microarrays de
identificacin de protenas comerciales que se
recogen en la tabla 7. Los agentes de captura
empleados de manera ms frecuente son:
clasificar en microarrays de deteccin de

protenas y microarrays de funcin o interaccin
de protenas.
a. Anticuerpos: protenas altamente especficas

producidas por el sistema inmune que
reconocen a los agentes infecciosos y otras
sustancias extraas que invaden el organismo.
3.2.1. Microarrays de identificacin

y cuantificacin de protenas
b. Affibodies: molculas que mimetizan las

funciones de los anticuerpos y que se pueden
sintentizar de manera sencilla con una
Los microarrays de identificacin de protenas
determinada especificidad y afinidad de manera
constituyen herramientas muy tiles de
que se dirijan a una diana especfica.
diagnstico. Se basan en la captura de protenas

por medio de molculas de diversa naturaleza que
c. Aptmeros: molculas de ADN o ARN capaces
permanecen ancladas a la superficie del
de reconocer y unirse a una molcula especfica
microarray.
(protena u otro ligando).
Affibodies
Aptmeros
Anticuerpos
Fig. 10. Modo de interaccin de los affibodies, aptmeros y anticuerpos como agentes de captura.
Fuente: Joos, T. O. (2004). Microarray technology: an increasing variety of screening tools for proteomic research. Drug
Discovery Today. Vol. 3 (1):24-31.
En el caso de los microarrays basados en anticuerpos como agentes de captura, se emplean dos
estrategias de deteccin basadas en las tcnicas de inmunoensayos. La primera consiste en un
inmunoensayo tipo sndwich, donde los anticuerpos se inmovilizan sobre la superficie del array, y las
protenas que se unen a ellos sern detectadas por un segundo anticuerpo marcado. En el segundo tipo de
inmunoensayo, las protenas interaccionan de manera similar con los anticuerpos inmovilizados, pero en
este caso las protenas se marcan qumica o fluorescentemente antes de incorporarlas sobre el microarray,
sin necesidad de utilizar un anticuerpo adicional.
Sandwich
Captura de antgenos
Fig. 11. Estrategias de deteccin empleadas en los microarrays de protenas.

Fuente: MacBeath, G. (2002). Protein microarrays and proteomics. Nature Genetics Suppl. Vol. 32:526-532.
33
La ventaja de los microarrays de identificacin de

protenas es que permiten la amplificacin de la
seal, si bien en contrapartida la deteccin de
protenas en bajas concentraciones es complicada
ya que para su unin deben competir con otras
protenas presentes en mayores concentraciones.
La principal limitacin de estos microarrays radica
en la necesidad de conseguir una elevada
especificidad de los anticuerpos inmovilizados y
en la precisin de la deteccin, que se encuentra
limitada por la reproducibilidad del experimento,
tanto de la preparacin de la muestra como de su
deposicin.
47
Los microarrays de protenas han alcanzado el

mercado con una gran variedad tanto de superficies,
de sistemas de inmovilizacin de los agentes de
captura, y de agentes de captura en s mismos. Por
el contrario, la tecnologa de deteccin de la seal
empleada en estos ensayos es fundamentalmente la
fluorescencia. Esta variedad de productos
comerciales se muestra en la tabla 7 del presente
informe. Un ejemplo de los microarrays de deteccin
de protenas que emplean anticuerpos es el
desarrollado por la empresa Chemicon, que ha
introducido en el mercado microarrays para la
deteccin de los perfiles de expresin de citoquinas
en muestras biolgicas47.
ChemiarrayTM, Chemicon International Inc. (http://www.chemicon.com/Product/Research.asp).
34
PRINCIPALES TECNOLOGAS EMPLEADAS EN MICROARRAYS DE PROTENAS

Empresa
Material del chip
Agente de captura
Deteccin de la seal
Ciphergen Biosystems
Slice recubierto de
aluminio
Afinidad de metales,
cromatografa cargada o
hidrofbica, anticuerpos
SELDI y MS
Lumicyte
Slice
Afinidad de superficie
qumica, bioqumica o
biolgica
SELDI y MS
Biacore
Vidrio recubierto con

capa de oro, superficie
de hidrogel de dextrano
NHS/EDC superficie
activada, superficie de Ni2+,
anticuerpos, estreptavidina
SPR
HTS Biosystems
Plstico con fina

retcula en la
superficie, recubierto
por fina capa de oro
Anticuerpos y fragmentos
de anticuerpos
SPR
Large Scale Biology
Plstico
Anticuerpos
Fluorescencia
Biosite Diagnostics
Plstico
Anticuerpos
Fluorescencia
Zyomyx
Slice
Anticuerpos y fragmentos
de anticuerpos
Fluorescencia
Phylos
N/A
Estructuras de polipptidos
basadas en fibronectina
Florescencia
Somalogic
N/A
Aptmeros
Fluorescencia
Akceli
Vidrio
CADN expresado por

clulas humanas
embrionarias de rin
Fluorescencia
Packard Bioscience
Hidrogel de
poliacrilamida
Anticuerpos
Fluorescencia
Interactiva
Biotechnology
Alquiltioles de cadena
larga en superficie de
oro biotinilada
Captura de las molculas

biotiniladas por
estreptavidina
Fluorescencia
Protometrix
Vidrio
Superficie recubierta de
Ni2+ para la captura de
protenas marcadas con
Histidina
Fluorescencia
BD Biosciences
Vidrio
Anticuerpos
Fluorescencia
Molecular Staging Inc.
Vidrio
Anticuerpos y amplificacin
por crculo rodante
Amplificacin del ADN

marcado asociado
Tabla 7. Principales tecnologas empleadas en microarrays de protenas.

Fuente: Hardiman, G., et al. (2002). Protein microarrays: challenges and promises. Pharmacogenomics. Vol. 3 (4): 1-10.
MS: Mass Spectrometry; NHS: N-hydroxysuccinimide; SELDI: Surface Enhanced Laser Desorption/Ionization; SPR: Surface
Plasmon Resonance.
35
3.2.2. Microarrays de funcin e

interaccin de protenas
Mediante los arrays de protenas de funcin e
interaccin se puede estudiar de manera
simultnea diferentes interacciones existentes
entre protenas, protena-oligosacrido, protenaADN, y protena-frmaco. Adems estos

microarrays pueden emplearse en la verificacin
de la diana de un determinado anticuerpo o bien
en la identificacin del sustrato de una enzima, tal
y como se ha representado en la siguiente figura:
Receptor-ligando
Enzima-sustrato
Protena-protena
Protena-oligosacrido
Protena-ADN
Fig. 12. Microarrays de funcin e interaccin de protenas.

Fuente: Joos, T. O. (2004). Microarray technology: an increasing variety of screening tools for proteomic research.
Drug Discovery Today. Vol. 3 (1):24-31.
Las aplicaciones comerciales de los microarrays
una huella de la actividad celular de la kinasa,
de funcin e interaccin se centran en los arrays
analizar los efectos y especificidad de sus
de interaccin enzima-sustrato y protena-
inhibidores, y determinar la actividad kinasa en
protena:
una mezcla compleja de enzimas. Otra de las

empresas que desarrollan microarrays enzima-
Arrays de interaccin enzima-sustrato: la
sustrato es Jerini AG50, que ha lanzado el
bsqueda de sustratos para enzimas se ha
PepstarTM peptide microarray, con diferentes
centrado en gran medida en el desarrollo de
aplicaciones como el screening de sustratos
nuevas aplicaciones orientadas a la
especficos de enzimas y de proteasas, la
identificacin de sustratos para protenas
optimizacin de los sustratos enzimticos ya
kinasas. Esta aplicacin de los microarrays de
conocidos, el estudio de las rutas de
protenas es de gran relevancia, ya que la
transduccin de la seal, la deteccin de las
identificacin de los sustratos de este tipo de
actividades enzimticas contaminantes, o el
protenas es un paso clave en la comprensin
mapeado de las regiones inmunodominantes de
de su funcin. Hasta ahora, este tipo de
los antgenos.
identificacin resultaba muy lenta y costosa,

adems de carecer de la sensibilidad
necesaria48.
Arrays de interaccin protena-protena:

esta estrategia est siendo comercializada por
la compaa Protometrix Inc. y ofrece un amplio
Entre las empresas que desarrollan microarrays
abanico de posibilidades para el estudio de la
de protenas para estudiar la funcin de kinasas
interaccin entre frmacos y protenas, o bien
49
48
49
50
se encuentra PepScan . Esta empresa ha
el efecto de un determinado frmaco sobre las
lanzado al mercado el PepChip Kinase
interacciones protena-protena con productos
microarray que permite la seleccin del
como el array que comercializa bajo el nombre
sustrato ptimo para ensayos de alto
de Yeast ProtoarrayTM PPI Proteome
rendimiento, de manera que se pueda generar
Microarray.
Invitrogen (http://www.invitrogen.com).
PepScan (http://www.pepscan.nl).
Jerini AG (http://www.jerini.com).
36
3.2.3. Microarrays de screening

inverso de protenas
espectrometra de masas o bien mediante

anticuerpos especficos.
Mediante el screening inverso se inmovilizan

lisados celulares que representan todo el
repertorio de protenas celulares en un
determinado estado celular. La interaccin
inespecfica de las protenas con el soporte del
microarray tiene lugar mediante interacciones
electrostticas, fuerzas inicas o de Van der
Waals. Las protenas capturadas en estos tipos de
arrays pueden ser identificadas mediante
Gracias a estos microarrays es posible realizar un

screening de todos los anticuerpos presentes en
el suero de un paciente en busca de una
determinada protena diana. Las muestras de
tejido inmovilizado o de clulas pueden ser
empleadas para este tipo de ensayos. Estas
tcnicas tienen un enorme potencial en la
deteccin de biomarcadores en anlisis
protemicos.
Lisado de protenas
(deteccin por EM)
Lisado de protenas
(deteccin por anticuerpos)
Clulas
Tejidos
Fig. 13. Microarrays de protenas de screening inverso.

Fuente: Joos, T. O. (2004). Microarray technology: an increasing variety of screening tools for proteomic research.
Drug Discovery Today. Vol. 3 (1):24-31.
La principal ventaja de este tipo de microarray

reside en que las muestras inmovilizadas no
requieren un paso previo de desnaturalizacin ni
marcaje. Los microarrays de protenas de
screening inverso permiten la identificacin de
nuevos biomarcadores, el anlisis de perfiles de
expresin de protenas y el perfilado temprano de
la toxicidad y eficacia de frmacos potenciales.
Empresas como Zeptosens AG51 ofrecen este tipo
de plataformas de screening inverso, que en este
caso emplea el nombre comercial de
ZeptoMARKTM.
51
52
53
54
La empresa Ciphergen Biosystems Inc.52 tambin

ha desarrollado tecnologas de screening inverso
como SELDI53, que emplea espectrometra de
masas como mtodo de lectura. Mediante la
comparacin de los espectros de dos muestras
diferentes se pueden identificar las protenas que
se expresan de manera diferencial a travs de su
masa molecular. La tecnologa SELDI es muy
apropiada para la deteccin rpida de las
diferentes cantidades de protena total en
muestras diferentes, as como para la deteccin
de protenas pequeas y pptidos, si bien su uso
es limitado en protenas de alto peso molecular o
protenas de membrana54.
Zeptosens (http://www.zeptosens.com).
Ciphergen (http://www.ciphergen.com).
SELDI: desorcin/ionizacin mediante lser asistida por matriz (Surface Enhanced Laser Desorption Ionization).
Joos, T.O. (2004) Microarray technology: an increasing variety of screening tools for proteomic research. Drug Discovery
Today. Vol. 3 (1):24-31.
37
4. Microarrays de carbohidratos
Los arrays de protenas suministran una gran
cantidad de informacin acerca de la funcin e
interacciones de las protenas que los arrays de
ADN no pueden proporcionar. No obstante, los
microarrays de protenas no son suficientes para
analizar las modificaciones post-traduccionales
que sufren las protenas, generalmente debidas a
la unin covalente de azcares en un proceso
llamado glicosilacin. Por otro lado, existe un
amplio nmero de procesos celulares en los que
estn involucrados receptores de unin a
azcares, por lo que los microarrays de
carbohidratos son una herramienta fundamental
en el estudio de los procesos biolgicos en los que
estn implicadas las protenas de inters.
Los carbohidratos o azcares complejos estn
constituidos por mocosacridos que pueden unirse
de formas muy diversas, dando lugar a distintos
tipos de oligosacridos y polisacridos con
diferentes configuraciones y ramificaciones. Las
interacciones entre protenas y carbohidratos
estn implicadas en numerosos procesos
biolgicos de relevancia, que tienen lugar tanto
en el interior como en el exterior de la clula. En
los ltimos aos ha tenido lugar un desarrollo
continuo de herramientas moleculares que
permiten identificar estos oligosacridos y las
protenas con las que interactan, aumentando en
gran medida la sensibilidad de los ensayos,
principalmente gracias a la espectrometra de
masas. Sin embargo, el progreso que han sufrido
las tcnicas relacionadas con la identificacin de
protenas y ADN ha sido mucho mayor, por lo que
el anlisis de oligosacridos clave es una
asignatura pendiente. Una de las razones
55
56
57
principales radica en el hecho de que los

oligosacridos no pueden ser clonados ni
amplificados, ya que son sintetizados por la
accin conjunta de mltiples glicotransferasas y
otras enzimas. Por otra parte, la cantidad de
oligosacridos que pueden ser aislados es
generalmente muy limitada55.
Existen dos categoras de microarrays de
oligosacridos en funcin del tipo de carbohidrato
inmovilizado. Los primeros estn compuestos por
macromolculas de tipo glicoprotenas y
polisacridos, inmovilizados sobre soportes como
cristales cubiertos de nitrocelulosa o poliestireno.
Estos microarrays tienen una aplicacin directa en
estudios serolgicos con el fin de identificar
interacciones con anticuerpos y otras protenas.
Este es el caso de microarrays de polisacridos
como el dextrano e inulina, empleados en anlisis
antignicos de polisacridos bacterianos. La
principal desventaja de este tipo de microarrays
de oligosacridos radica en la imposibilidad de
identificar la secuencia del oligosacrido una vez
se ha producido la interaccin. El segundo tipo de
microarrays de carbohidratos est formado por
monosacridos como la N-acetilglucosamina, o
disacridos como la lactosa, celobiosa o manosa
en forma de glucosaminas56. En este ltimo tipo
de microarrays, la inmovilizacin al soporte se
consigue por medio de lectinas procedentes de
plantas o anticuerpos modificados por medio de la
enzima glicosiltransferasa. Una estrategia
alternativa que sigue el Consorcio de Glicmica
Funcional57 consiste en la biotinilizacin de
oligosacridos y su posterior anclaje a una
superficie cubierta con estreptavidina.
Fukui, S., et al. (2002). Oligosaccharide microarrays for high-throughput detection and specificity assignments of
carbohydrate-protein interactions. Nature Biotechnology. Vol. 20: 1011-1017.
Feizi, T., et al. (2003). Carbohydrate microarrays- a new set of technologies at the frontiers of glycomics. Current Opinion
in Structural Biology. Vol. 13: 637-645.
Consortium for Functional Glycomics, CFG, NIH (http://www.functionalglycomics.org/static/consortium).
38
Fig. 14. Espectrometra de masas para la identificacin de los oligosacridos

Fuente: Consortium for Functional Glycomics, CFG, NIH. (http://www.functionalglycomics.org/static/consortium).
Los neoglicolpidos58 son uno de los ejemplos de
considerable de ellos con el objeto de estudiar la
estos microarrays de carbohidratos. Los
especificidad de anticuerpos y otras protenas de
neoglicolpidos inmovilizados en nitrocelulosa se
unin a carbohidratos. Una alternativa a la sntesis
han utilizado con protenas especficas de unin a
qumica consiste en la sntesis enzimtica mediante
carbohidratos para confirmar la prediccin de las
reacciones catalizadas por enzimas como las
interacciones entre las protenas y los
glicosiltransferasas o glicosidasas. La ventaja de
oligosacridos59.
esta tcnica radica en que los sustratos que se

utilizan en estas reacciones son naturales, mientras
que su principal desventaja reside en la escasa

de carbohidratos
El elemento ms importante a tener en cuenta a
la hora de construir un microarray de
carbohidratos reside en la obtencin de
monosacridos u oligosacridos puros. Los
principales mtodos de obtencin de estos
carbohidratos son la sntesis qumica o enzimtica
y la extraccin de oligosacridos a partir de
fuentes naturales. La inmovilizacin de los
oligosacridos es el siguiente paso clave en el
diseo de un microarray, y existen diversos
procedimientos y soportes.
disponibilidad de enzimas y su elevado coste60.
4.1.2. Aislamiento de oligosacridos

de fuentes naturales
Los oligosacridos con extremos reductores61 son
ideales para la derivatizacin o modificacin de
sus grupos funcionales, necesaria en los procesos
de inmovilizacin de carbohidratos. Estos
oligosacridos reductores pueden aislarse a partir
de leche y orina tanto animal como humana, o
bien pueden ser liberados de oligosacridos
mediante enzimas hidrolticas especficas. La
obtencin de fragmentos de oligosacridos a
partir de los polisacridos de plantas y bacterias
tambin es posible mediante mtodos qumicos
4.1.1. Sntesis de oligosacridos
como la hidrlisis, acetolisis o degradacin de

Smith62. El aislamiento y purificacin de
A pesar de la dificultad de la sntesis qumica de
oligosacridos es un proceso muy laborioso que
oligosacridos debido a su complejidad estructural,
implica la realizacin mltiples ensayos
se ha conseguido sintetizar un nmero
cromatogrficos mediante HPLC63.
58
59
60
61
62
63
Los neoglicolpidos son oligosacridos unidos a lpidos.

Fukui, S., et al. (2002). Oligosaccharide microarrays for high-throughput detection and specificity assignments of
carbohydrate-protein interactions. Nature Biotechnology. Vol. 20: 1011-1017.
Extremo reductor o libre (R): grupo funcional que en presencia de O2 tiene mucha tendencia a oxidarse (-OH, -NH, -SH),
posibilitando la formacin de nuevos compuestos y macromolculas.
HPLC, High Performance Liquid Chromatography (Cromatografa lquida de alta resolucin).
39
y lectinas. Las lectinas son grupo de protenas de
4.1.3. Inmovilizacin
de los carbohidratos
origen no inmune presentes en la mayora de los

seres vivos, que comparten en comn la
La inmovilizacin de carbohidratos se puede llevar a

cabo mediante dos estrategias, la inmovilizacin
covalente y no covalente. La inmovilizacin no
propiedad de unirse de forma especfica y

reversible a carbohidratos. Esta propiedad hace
que las lectinas constituyan una herramienta muy
valiosa para el estudio de la estructura de
covalente inespecfica sobre placas de vidrio

cubiertas de nitrocelulosa puede ser empleada con
carbohidratos no modificados. Sin embargo, la
membranas celulares, determinacin de la

patogenicidad de los microorganismos, tipaje de
grupos sanguneos, y estudio de otros procesos
inmovilizacin de oligosacridos mediante esta

tcnica es dependiente de la longitud de las cadenas
de carbohidratos, siendo mayor la afinidad de
oligonucletidos de alto peso molecular por los
soportes de nitrocelulosa. Ejemplos de carbohidratos
inmovilizados no covalentemente son polisacridos
diversos, glicosaminoglicanos, glicoprotenas, o
neoglicolpidos. La inmovilizacin covalente de
carbohidratos se puede realizar tanto en soportes de
cristal como de oro, que previamente han de ser
funcionalizados mediante grupos tiol, maleimida o
benzoquinona. La unin covalente entre estos grupos
y los carbohidratos se realiza por medio de molculas
de enlace unidas a los extremos de los carbohidratos
como los ciclopentanos y maleimidas64.
de reconocimiento mediados por interacciones

especificas de carbohidratos con receptores.
Los principales ejemplos de microarrays de
carbohidratos son los microarrays de antibiticos
aminoglicsidos y los microarrays de manosa:
Los microarrays de antibiticos
aminoglicsidos se han empleado en la
determinacin de las interacciones de los
antibiticos con dianas teraputicas y enzimas
asociadas a resistencia frente a antibiticos. Esta
herramienta es de gran utilidad, ya que permite
acelerar el descubrimiento de nuevos antibiticos.
Los microarrays del monosacrido manosa
han sido empleados en la caracterizacin de los
carbohidratos que especficamente se unen a las
4.2. Aplicaciones de los

microarrays de
carbohidratos
protenas neutralizantes del virus de la

inmunodeficiencia humana (HIV). Estos estudios
podran ser de gran relevancia para el desarrollo
de vacunas anti-VIH basadas en carbohidratos65.
La principal aplicacin de los microarrays de

carbohidratos es el descubrimiento de compuestos
Un ejemplo de las diversas aplicaciones que un
teraputicos implicados en diversos procesos
microarray de carbohidratos puede ofrecer se
fisiolgicos, desde la aparicin de una respuesta
encuentra en el producto comercial GlycoChip,
inmune hasta procesos inflamatorios o infecciosos
desarrollado por la compaa israel Glycominds.
desencadenados por bacterias o virus. La mayora
Las aplicaciones de este microarray consisten en
de los microarrays de carbohidratos han sido
la identificacin de nuevas protenas con dominios
empleados como sistemas modelo para la
de unin a carbohidratos, y el cribado de
investigacin de interacciones entre carbohidratos
anticuerpos frente a determinados glicanos.
Fig. 15. GlycoChip empleado en la identificacin de las interacciones

de glicanos con clulas T CD4.
Fuente: Glycominds Ltd (http://www.glycominds.com).
64
65
Disney, M. & Seeberger, P. (2004). Carbohydrate arrays as tools for the glycomics revolution. Drug Targets Today:
Targets. Vol. 3(4): 151-158.
Seeberger, P. H., et al. (2004). Carbohydrate arrays as tools for the glycomics revolution. Drug Discovery Targets. Vol. 3
(4): 151-158.
40
5. Microarrays de clulas
Hasta la fecha, el anlisis in vivo de la expresin
que posteriormente expresan las protenas
gnica se realizaba nicamente gen a gen, por
codificadas por su secuencia. Una estrategia
medio de la introduccin de un gen en un clula,
alternativa consiste en transfectar las clulas
y la posterior observacin de su efecto fisiolgico
inmovilizadas en el array con ARN interferente, de
o fenotipo. Los microarrays de clulas permiten el
modo que en vez de activarse la expresin de un
anlisis de la expresin gnica in vivo a gran
gen, se produzca el silenciamiento del mismo. Este
escala en clulas humanas y animales.
bloqueo de la expresin gnica define un conjunto

de puntos en el array que se correspondern con la
La estrategia empleada para su diseo consiste en
expresin del fenotipo esperado. Las principales
el cultivo de clulas sobre fragmentos de ADN
tcnicas de deteccin empleadas en los
inmovilizados en un microarray. Estos fragmentos
microarrays de clulas son la hibridacin in situ,
de ADN se transfectan o introducen en las clulas,
inmunofluorescencia y autorradiografa.
ADNc depositado en placa

1
Incubacin de ADN con clulas

de mamfero para su transfeccin
Deteccin de las clulas transfectadas
a partir del fenotipo
Fig. 16. Diseo de un Microarray de clulas.
Fuente: Howbrook, D. N., et al. (2003). Developments in microarray technologies. Drug Discovery Today Vol. 8
N 14:642-651.
Aplicaciones de los microarrays de clulas

Identificacin de dianas teraputicas mediante la caracterizacin funcional a gran escala de
productos gnicos.
Evaluacin de la especificidad de frmacos candidatos.
Identificacin de las protenas de unin en aquellos frmacos con mecanismos de accin
desconocidos o bien identificados mediante anlisis basados en fenotipo.
Anlisis de prdida de funcin mediante ARN interferente66.
66
El ARN de interferencia (ARNi) es una tecnologa que se basa en el empleo de molculas cortas de ARN de cadena
sencilla o doble para bloquear la expresin de genes especficos. El mecanismo del ARNi est presente en la naturaleza
como una respuesta celular innata que permite combatir las infecciones virales regulando la expresin del ARN.
41
Los microarrays de clulas ofrecen varias ventajas
de modificacin transcripcional necesarios para el
frente a los microarrays de protenas, debido a la
correcto funcionamiento de las protenas, como
heterogeneidad de estas ltimas y a la dificultad
por ejemplo protenas de membrana, un tipo de
para mantener su estabilidad. El empleo de
diana muy comn. Los microarrays de clulas
microarrays de clulas evita estos problemas,
transfectadas tienen una serie de ventajas sobre
adems de permitir que tengan lugar los procesos
otros mtodos convencionales de expresin67:
Principales ventajas de los microarrays de clulas

Miniaturizacin, automatizacin y multiplexado del ensayo.
Permite el empleo de diversos mtodos de deteccin.
Emplean los mismos arrayers robticos que los microarrays de ADN y por ello pueden llegar a
densidades de hasta 6.000-10.000 clusters de clulas por soporte.
Posibilidad de inmovilizar clulas en el array, permitiendo la deteccin de fenotipos transitorios
tales como cambios en la concentracin de una determinada sustancia.
Las protenas son sintetizadas por las clulas inmovilizadas en el array, aumentando la probabilidad
de adquirir las necesarias modificaciones post-traduccionales.
Principales limitaciones de los microarrays de clulas
El fenotipo observado debido a la transfeccin transitoria de las clulas puede no corresponderse
con la funcin celular del gen in vivo.
Slo es posible realizar esta tcnica en clulas con eficiencias de transfeccin mayores del 1%.
Requiere el diseo previo de colecciones de ADNc.
Cabe destacar el diseo de colecciones de ADNc como una limitacin importante a la hora de elaborar
arrays de clulas de alta densidad. Actualmente existen distintas iniciativas en marcha para la creacin de
colecciones de ADNc a partir del genoma humano68.
67
68
Sabatini, D. M. and Ziauddin, J. (2001). Microarrays of cells expressing defined cDNAs. Nature. Vol. 411: 107-110.
Bailey, S. N., et al. (2002). Applications of transfected cell microarrays in high-throughput drug discovery. DDT Vol. 7,
N 18 (Suppl.): 1-6.
Harvard Institute of Proteomics, Boston, MA, USA (http://www.hip.harvard.edu/research.html).
Mammalian Gene Collection, MGC (http://mgc.nci.nih.gov/).
42
6. Microarrays de tejidos
Los microarrays de tejidos (TMAs, Tissue
del anlisis de tejidos de los pacientes
Microarrays) constituyen una de las ms recientes
participantes en ensayos clnicos. Los mtodos
novedades en el campo de los biochips. Consisten
empleados hasta el momento en el anlisis y
en colecciones miniaturizadas de hasta 1.000
caracterizacin de tal cantidad de muestras de
muestras de tejidos inmovilizadas sobre un
tejidos hacan que el proceso de descubrimiento y
soporte, que permiten el screening de ADN, ARN
desarrollo de frmacos fuera largo, de alto coste y
y protenas. Prcticamente la mayora de los
con una difcil estandarizacin. La tecnologa de
artculos publicados sobre microarrays de tejidos
microarrays de tejidos permite el anlisis in situ a
estn relacionados con el anlisis de tumores,
gran escala de muestras de tejidos70 y aunque
aunque se ha demostrado su valor en otro tipo de
bsicamente se emplea en estudios relacionados
patologas relacionadas con el sistema nervioso69.
con el cncer, son de gran utilidad en cualquier

tipo de patologas en los que se necesitan
El proceso de desarrollo de frmacos est
muestras de tejidos como es el caso de estudios
compuesto por una serie de etapas que requieren
con tejido nervioso.
Ventajas derivadas del empleo de microarrays de tejidos

Estandarizacin de los ensayos clnicos y moleculares en tejidos.
Pueden someterse a un amplio rango de tcnicas (tincin histoqumica e inmunolgica, hibridacin
in situ).
Requerimiento de pequeas cantidades de reactivos.
Limitaciones derivadas del empleo de microarrays de tejidos
La cantidad de tejido empleada podra no ser representativa del tejido del que deriva (ej. Displasias y
carcinomas in situ).
Requiere material de partida fijado en formol e incluido en parafina.
Segn se muestra en la figura 17, la construccin de un microarray de tejidos requiere la extraccin previa
de muestras de tumor en forma de pequeos cilindros de 0,6 mm de dimetro que posteriormente se
insertan en las cavidades a medida de un bloque de parafina. La transferencia de estas secciones de tejido
a una placa se facilita mediante el empleo de lminas adhesivas.
69
70
Sauter, G., et al. (2003).Tissue microarrays in drug discovery. Nature Review: Drug discovery 2: 962-972.
Hillan, K., et al. (2003). Tissue microarrays in drug discovery. Nature Reviews in Drug Discovery. Vol. 2 (962-972).
43
Fig. 17. Diseo de un microarray de tejidos.

Fuente: Hillan, K., et al. (2003). Tissue microarrays in drug discovery. Nature Reviews in Drug Discovery. Vol. 2 (962-972).
Una de las posibilidades que ofrecen los

microarrays de tejidos es su combinacin con
microarrays de ADNc para la validacin de los
resultados obtenidos con estos ltimos. De esta
manera, se pueden obtener perfiles de expresin

mediante microarrays de tejidos para aquellos
genes que se expresen de manera diferencial en
tejidos sanos y enfermos.
Aplicaciones de los microarrays de tejidos en combinacin con microarrays de ADNc:

Determinacin de la distribucin celular y subcelular de las dianas moleculares.
Integracin de la informacin obtenida a nivel de ADN, ARN y protena sobre una misma diana
molecular.
Validacin in vivo de los resultados obtenidos del anlisis de lneas celulares o de modelos
animales de enfermedades en muestras de tejidos de pacientes.
Extensin de los resultados obtenidos del anlisis de un nmero limitado de arrays de ADNc a una
cohorte epidemiolgicamente representativa mediante arrays de tejidos.
Exploracin de la prevalencia de las potenciales dianas en diferentes estados de progresin del
tumor.
Correlacin de los datos moleculares con evidencias clinicopatolgicas de los pacientes.
44
Ventajas
Requieren pequeas cantidades de reactivos.
Amplio rango de tcnicas de deteccin (tincin histoqumica e

inmunolgica, hibridacin in situ).
Estandarizacin de los ensayos clnicos y moleculares en tejidos.
Anlisis de protenas que sufren modificaciones posttranscripcionales.
Deteccin de fenotipos transitorios (ej. cambios en la concentracin).
Empleo de diversos mtodos de deteccin.
Miniaturizacin, automatizacin y multiplexado del ensayo.
Anlisis de las modificaciones post-traduccionales de glicosilacin

que sufren ciertas protenas.
Anlisis de protenas que sufren modificaciones posttranscripcionales.
Anlisis protemico funcional.
Anlisis de expresin gnica, genotipado, e hibridacin genmica

comparada.
Estandarizacin y amplio desarrollo de la tcnica.
Tabla 8. Ventajas y desventajas de los distintos tipos de microarrays.

Microarrays de tejidos
Microarrays de clulas
Microarrays de carbohidratos
Microarrays de protenas
Microarrays de ADN
Tipos de microarrays
Desventajas
Requiere material de partida fijado en formol e incluido

en parafina.
La cantidad de tejido empleada podra no ser

representativa del tejido del que deriva.
Requiere el diseo previo de colecciones de ADNc.
Eficiencia de transfeccin necesaria mayor del 1%.
El fenotipo observado debido a la transfeccin

transitoria de las clulas puede no corresponderse con
la funcin celular del gen in vivo.
La cantidad de oligosacridos que pueden ser aislados

es generalmente muy limitada.
Los oligosacridos no pueden ser clonados ni

amplificados.
Menor desarrollo que otros tipos de microarrays.
Deteccin no uniforme de las interacciones entre

protenas.
Fenmenos de reactividad cruzada.
Deshidratacin de las protenas
Deteccin especfica de protenas.
Disponibilidad de protenas y anticuerpos especficos.
Requieren de molculas adaptadoras para anclar las

protenas al soporte.
Dependencia de la calidad y cantidad de informacin

existente para el diseo de las sondas.
No permiten analizar protenas que sufren

modificaciones post-transcripcionales.
VENTAJAS Y DESVENTAJAS DE LOS DISTINTOS TIPOS DE MICROARRAYS
45
7. Aplicaciones de los microarrays

en salud humana
Las principales aplicaciones de las tecnologas de
microarrays en salud humana son muy diversas y
estn interrelacionadas entre si, pudindose
emplear clasificaciones que hacen referencia a los
usuarios de la tecnologa (industria farmacutica,
clnica o acadmica), o bien al tipo de estudio que
se puede llevar a cabo (genotipado o expresin
gnica). Para los propsitos del presente informe,
las aplicaciones de los microarrays se han dividido
en cinco sectores que se corresponden con la
identificacin de dianas teraputicas,
descubrimiento y desarrollo de frmacos,
diagnstico clnico, farmacogenmica y
farmacogentica, e investigacin bsica.
7.1. Identificacin de dianas

teraputicas
La comparacin de los niveles de expresin de
genes en tejidos enfermos y sanos permite la
identificacin de genes implicados en
enfermedades de inters, as como la asociacin
con las protenas que forman parte del proceso
patolgico. Esta informacin es imprescindible
para el desarrollo de frmacos que acten
bloqueando o modulando los mecanismos
moleculares de la enfermedad.
Las tcnicas de anlisis de la expresin gnica
mediante microarrays de ADN se emplean en la
identificacin de nuevas dianas teraputicas, como
parte de las primera etapas del proceso de
investigacin en la industria farmacutica. El estudio
de interacciones protena-protena es tambin otra
de las estrategias tenidas en cuenta, para la cual los
microarrays de protenas son de gran utilidad.
Descubrimiento
de dianas
Identificacin
de dianas
Validacin
de dianas
Descubrimiento
de frmacos
Seleccin
de compuestos
Optimizacin
de compuestos
Desarrollo
de frmacos
Fase
Preclnica
Fase
Clnica
Fig. 18. Fases principales del desarrollo farmacolgico.

Fuente: Whittaker P. A. (2003). What is the relevance of bioinformatics to pharmacology? Trends In Pharmacological
Sciences, 24 (8):434-439.
46
7.2. Descubrimiento
y desarrollo de frmacos
El proceso de descubrimiento y desarrollo de
frmacos se ha beneficiado del uso de
herramientas genmicas de alto rendimiento
como los microarrays de ADN, que hacen posible
el anlisis de la expresin gnica en miles de
muestras simultneamente. El empleo de biochips
permite analizar de forma rpida los cambios de
expresin gnica que tienen lugar durante la
administracin de un frmaco, as como la
localizacin de nuevas posibles dianas
teraputicas y efectos toxicolgicos asociados. Por
otra parte, los microarrays de carbohidratos
poseen un papel fundamental en el
descubrimiento de compuestos teraputicos
implicados en diversos procesos fisiolgicos,
desde la aparicin de una respuesta inmune hasta
procesos inflamatorios o infecciosos
desencadenados por bacterias o virus.
El objetivo principal de la toxicogenmica radica

en el estudio de los cambios que se producen en
el perfil de expresin gnica como respuesta a
sustancias txicas para el organismo. Los
microarrays pueden ser utilizados por tanto en
ensayos de toxicidad, seguridad y efectividad del
frmaco candidato como parte integral de los
estudios clnicos. Las principales ventajas del
empleo de microarrays durante los estudios de
toxicidad radica en que permiten reducir el
empleo de animales en los ensayos clnicos y
proporcionan una herramienta de gran utilidad en
enfermedades complejas para los cuales no
existen modelos animales disponibles.
La determinacin de la toxicidad de un frmaco
durante las primeras fases del desarrollo
farmacutico permite ahorrar tiempo y dinero, de
forma que slo superen estas etapas preliminares
los candidatos ms adecuados.
Fase I
Test de seguridad
en individuos sanos
(30-100 indiv.)
Fase II
Test de seguridad e
impacto en el estado
patolgico (cientos de
pacientes)
Fase III
Fase IV
Test de seguridad,
impacto, dosificacin y
estudios comparativos
(miles de pacientes)
Tecnologas de microarrays
ETAPAS DEL DESARROLLO DE UN FRMACO
Monitorizacin del
frmaco (estudios
post-marketing)
Fig. 19. Situacin de los estudios toxicolgicos en las distintas fases de ensayos clnicos que forman parte del proceso de
desarrollo de frmacos.
47
Por otra parte, la identificacin de microorganismos

patgenos (virus, bacterias, hongos o protozoos)
mediante microarrays de ADN es de gran utilidad en
el diagnstico de patologas infecciosas y otra serie
de aplicaciones relacionadas con la microbiologa
clnica71. Los microarrays de ADN pueden emplearse
7.3. Diagnstico clnico

El diagnstico molecular de enfermedades se
realiza principalmente mediante microarrays de
ADN, que permiten el estudio de los posibles
polimorfismos y la deteccin de mutaciones en
genes complejos asociados a una enfermedad
concreta. Por otro lado, los microarrays tambin
se pueden emplear en el mbito clnico para la
diagnosis de diferentes tipos de tumores gracias a
sus perfiles de expresin gnica o patrones
moleculares. El anlisis de la expresin gnica de
los pacientes y la consiguiente identificacin de
patrones de expresin posee un impacto directo
en el diagnstico molecular del cncer. De esta
forma, cuanto mayor sea la capacidad para
clasificar un tumor determinado, se dispondr de
mayor informacin acerca de la biologa y el
pronstico del tumor.
en la deteccin simultnea de un amplio nmero de

microorganismos, incluyendo bacterias, virus,
parsitos y hongos. La finalidad del empleo de
microarrays en microbiologa abarca mltiples
aplicaciones, que van desde la comprensin de la
biologa de los microorganismos, el estudio de los
mecanismos de resistencia frente a antibiticos, la
identificacin de las cepas o serotipos, a la
caracterizacin de nuevas dianas gnicas con valor
teraputico. Tanto los anlisis de SNPs como de
expresin gnica mediante microarrays de ADN
permitiran identificar los mecanismos implicados en
la resistencia de patgenos a ciertos agentes
antimicrobianos72.
EBV
HHV-6
KSHV
HIV-1
Amplificacin
por PCR
Infection
HTLV-1
HTLV-2
HCV
Fabricacin
del chip
Marcaje
fluorescente
Hibridacin
Aislamiento
de ADN
Deteccin de secuencias virales y subtipos
Deteccin de la
seal y anlisis
Fig. 20. Aplicacin de los microarrays en el diagnstico de VIH.

Fuente: Shieh, B. & Li, C. (2004). Multi-faceted, multi-versatile microarray: simultaneous detection of many viruses and
their expression profiles. Retrovirology 26 May, 1:11.
71, 72
48
Domnech-Snchez, A. & Vila, J. (2004). Fundamento, tipos y aplicaciones de los arrays de ADN en la microbiologa
mdica. Enferm. Infecc. Microbiol. Clin. 22(1):46-54.
Bryant, P. A., et al. (2004). Chips with everything: DNA microarrays in infectious diseases. Lancet Infect. Dis. 4:100-111.
Es interesante sealar que no slo los microarrays

de ADN se emplean en las aplicaciones
relacionadas con el diagnstico, ya que los
microarrays de protenas muestran un gran
potencial como herramientas de diagnstico
clnico en alergias humanas de distinta ndole.
Otra posible aplicacin de este tipo de
microarrays de protenas es la posibilidad de
desarrollar estudios de inmunogenicidad para su

potencial aplicacin en el desarrollo de vacunas.
En este tipo de estudios se podran inmovilizar
diferentes eptopos73 y analizar que anticuerpos
presentan una mayor respuesta, o bien analizar
simultneamente una gran cantidad de
anticuerpos frente a un mismo antgeno.
Principales aplicaciones de los microarrays en microbiologa clnica:

Estudio epidemiolgico molecular de microorganismos: identificacin de los genes responsables de
una menor patogenicidad en determinadas cepas de microorganismos. Ejemplo: Microarray de ADN
con genes de 19 cepas diferentes de M. tuberculosis.
Diagnstico microbiolgico: la mayora de los arrays empleados hasta le fecha en diagnstico
clnico consisten en arrays de baja densidad. Ejemplos: estos arrays se centran fundamentalmente
en la deteccin de varias especies de un mismo gnero de bacterias (Staphylococcus sp.
Pseudomonas sp.), presencia de parsitos infecciosos (Cryptosporidium sp.), o en el mbito de la
virologa clnica, bsicamente en su utilizacin en el genotipado del virus VIH.
Estudio de los mecanismos de accin y de resistencia a los agentes antimicrobianos: los
microarrays de ADN se han empleado para el estudio del mecanismo de accin de ciertos
compuestos frente a determinados microorganismos, as como en el anlisis de la resistencia a
antibiticos mediante deteccin de genes especficos o mutaciones. Ejemplo: Microarrays de ADN
para la deteccin de resistencia a rifampicina en M. tuberculosis.
7.4. Farmacogenmica
y farmacogentica
El ltimo objetivo de la farmacogenmica consiste

en definir una enfermedad a nivel molecular de
tal manera que las herramientas preventivas y
teraputicas de las que se disponga puedan
Las estrategias de farmacogentica y

farmacogenmica constituyen otras de las reas de
aplicacin de los microarrays de ADN. La
farmacogentica consiste en el estudio de las bases
genticas que influencian la respuesta individual a
los frmacos, mientras que el trmino
farmacogenmica es ms amplio y se suele referir a
frenar o mitigar los efectos de la enfermedad. Las

aplicaciones clnicas de la farmacogenmica se
encuentran dirigidas al empleo de estrategias
teraputicas ms efectivas en funcin del perfil
genmico del paciente, permitiendo identificar
aquellos frmacos y dosificaciones de los mismos
las aplicaciones comerciales de la tecnologa
para los cuales el paciente ofrece una respuesta
genmica en el desarrollo de frmacos y terapia. La
ptima. De la misma forma, es posible identificar
combinacin de los datos obtenidos a partir de la
los medicamentos o concentraciones de los
identificacin de SNPs, junto con la informacin
mismos que desencadenan reacciones de
recopilada del estudio de perfiles de expresin
toxicidad en algunos pacientes. Esta
gnica, permite establecer una correlacin entre el
estratificacin de la enfermedad en funcin del
genotipo y el fenotipo de un determinado individuo.
genotipo del paciente, hara posible adems la
73
Eptopo: regin de la superficie de un antgeno que las molculas de anticuerpos pueden identificar y a la cual se pueden
fijar. Antgeno: Sustancia que el organismo reconoce como extraa y posiblemente perjudicial.
49
salida al mercado de nuevos frmacos, dirigidos a
llevar a cabo a travs de estudios de
segmentos de la poblacin para los cuales los
epidemiologa gentica.
medicamentos actuales no resultan eficaces. Por

Otro de los usos ms prometedores de los
poblaciones permitir conocer la predisposicin
microarrays consiste en el empleo de los patrones
individual de cada persona a sufrir algn tipo de
de expresin como predictores de la respuesta al
enfermedad, antes incluso de que aparezcan los
tratamiento. Se conocen datos confirmatorios en
sntomas, permitiendo as la realizacin de una
relacin con el tratamiento de linfomas, leucemias
mejor y autntica medicina preventiva. Esto se
agudas y cncer de mama74.
ltimo, el conocimiento del perfil gentico de las
ARNm
Microarrays
Subgrupo 1:
gen inactivo
Subgrupo 2:
gen activo
Distinto Genotipo
Respuesta a frmacos, toxicidad, predisposicin a desarrollar determinadas enfermedades, etc.
Fig. 21. Tecnologas de microarrays de ADN aplicadas a la farmacogenmica.
7.5. Investigacin bsica
de servir como paso previo en el proceso de

desarrollo de frmacos. Los microarrays de ADN
permiten estudiar la funcin de los genes
El estudio de la regulacin de genes por medio de
facilitando la identificacin de aquellos que estn
microarrays de ADN ha proporcionado ingentes
activados de forma diferencial cuando se
cantidades de datos de gran valor para la
comparan dos condiciones diferentes, como por
identificacin de genes involucrados en procesos
ejemplo un tejido sano y otro afectado por algn
patolgicos, fisiolgicos y de desarrollo, adems
tipo de patologa.
74
Cigudosa, J. C. (2004).The microarray revolution in biomedical research: types of platforms, uses and perspectives in
oncology .An. Sist. Sanit. Navar. 27 (1): 11-20.
50
Cultivos
celulares
Tejido
sano
Tejido
enfermo
ARNm
Microarrays
Distinta expresin gnica

Identificacin de genes implicados en procesos biolgicos de inters
Fig. 22. Tecnologas de microarrays de ADN aplicadas a la investigacin bsica.
Este tipo de estudios se pueden complementar con
microorganismos, tipaje de grupos sanguneos, y
anlisis realizados mediante otros tipos de
otros procesos de reconocimiento mediados por
microarrays, como por ejemplo microarrays de
interacciones especificas de carbohidratos con
protenas, anticuerpos, clulas o tejidos. Por otra
receptores. Los microarrays de ADN tambin se han
parte, los microarrays de carbohidratos ofrecen
empleado en la investigacin de patgenos
grandes ventajas como sistemas modelo para la
bacterianos, tanto de los factores de patogenicidad
investigacin de interacciones entre carbohidratos y
del organismo, como de la respuesta de la clula
lectinas. stas constituyen un grupo de molculas
hospedadora frente a la accin del microorganismo
muy valiosas para el estudio de la estructura de
(Ejemplo: Microarrays de ADN que contienen genes
membranas celulares, patogenicidad de
constituyentes del genoma de H. pylori75).
APLICACIONES DE LAS TECNOLOGAS DE MICROARRAYS EN SALUD HUMANA

Tipos de microarrays
ADN
Protenas
Carbohidratos
Clulas
Tejidos
Identificacin de dianas
teraputicas
Descubrimiento y
desarrollo de frmacos
Frmacogenmica
Diagnstico clnico
Investigacin bsica
Tabla 9. Aplicaciones de las tecnologas de microarrays en salud humana.

75
Domnech-Snchez, A.; Vila, J. (2004). Fundamentos, tipos y aplicaciones de los arrays de ADN en la microbiologa
mdica. Enferm. Infecc. Microbiol. Clin. Vol. 22 (1):46-54.
51
8. Barreras existentes para la implantacin

de los microarrays
La tcnica de microarrays cuenta con una serie de
portabilidad. Algunos estudios recientes ya
barreras a su desarrollo que, si bien durante los
sealan la relevancia de la estandarizacin en la
ltimos aos se est trabajando de manera activa
utilizacin correcta de microarrays77. La FDA78
en solventarlas, no dejan de seguir siendo
ha puesto en marcha en el ao 2005 un
importantes.
proyecto denominado MAQC (MicroArray Quality

Control Project)79, que pretende proporcionar a
Entre las principales limitaciones de los
la comunidad cientfica herramientas de control
microarrays est su precio, ya que pese al
de calidad en microarrays. El objetivo ltimo de
descenso paulatino de su coste, sigue siendo
este proyecto consiste en la elaboracin de una
una tcnica cara que en muchos casos no
gua de referencia que facilite la estandarizacin
permite incorporarla como un anlisis rutinario.
del uso de microarrays, como complemento a la

gua sobre farmacogenmica publicada a
En cuanto a las limitaciones tcnicas, la
comienzos del ao 2005 por la misma agencia80.
reproducibilidad de los arrays de expresin es

la que ms se cita entre los usuarios de esta
Hasta ahora, la cantidad de muestra
tecnologa. Hay que tener en cuenta que la
necesaria para ser analizada era un factor
variabilidad de los parmetros implicados en
limitante, pero gracias a la aportacin de
estos anlisis ha de ser mnima y la deteccin
diferentes tecnologas de miniaturizacin como
de pequeos cambios en la expresin de genes
la microfludica y la nanotecnologa, el problema
nicamente deberan ser atribuidos a la biologa
de la cantidad de muestra est reduciendo
de la muestra en s. En la actualidad existe la
progresivamente su impacto.
posibilidad de cuantificar la integridad del ADN,

favoreciendo la fiabilidad y robustez de los
El Proyecto Genoma Humano ha permitido la
microarrays. Varios estudios publicados en el
construccin de mapas genticos y fsicos
ltimo ao destacan el descenso de la
detallados del genoma humano, as como
variabilidad tcnica entre las principales
determinar su secuencia y localizar la posicin de
plataformas tecnolgicas de microarrays de
los genes que lo componen. Esta informacin ha
ADN, lo que indica un mejor conocimiento de
sido de gran valor a la hora de desarrollar
esta tecnologa y mayor experiencia en el
microarrays de ADN, a pesar de que la anotacin
correcto uso de dichas herramientas76.
incorrecta o incompleta de secuencias del

genoma puede dar lugar a errores que pueden
Dado que es una tecnologa que an se
76
77
78
79
80
pasar desapercibidos. La anotacin de secuencias
encuentra en desarrollo, resulta difcil su
va paulatinamente ganando en exactitud a medida
estandarizacin, una necesidad que est
que se dispone de ms informacin, lo que
favoreciendo el uso de microarrays de oligos
permite no slo identificar la secuencia, sino
frente al ADNc por su mejor estandarizacin y
adems describir su funcin.
Sherlock, G. (2005). Of fish and chips. Nature Methods 2:329-30; Irizarry, et al. (2005). Multiple-laboratory comparison
of microarray platforms. Nature Methods 2: 345-50; Larkin et al. (2005). Independence and reproducibility across
microarray platforms. Nature Methods 2: 337-44; Weis, B. K. (2005). Standardizing global gene expression analysis
between laboratories and across platforms. Nature Methods 2:351-356.
Michiels, S., et al. (2005). Prediction of cancer outcome with microarrays: a multiple random validation strategy. Lancet.
5-11;365(9458):488-92.
FDA, Food & Drug Administration, USA (http://www.fda.gov/default.htm).
MicroArray Quality Control (MAQC) Project (http://www.fda.gov/nctr/science/centers/toxicoinformatics/maqc).
Guidance for Industry: Pharmacogenomic Data Submissions (2005). FDA, March.
(http://www.fda.gov/cder/guidance/6400fnl.pdf).
52
Por ltimo, una caracterstica inherente a las

tecnologas basadas en microarrays es la gran
cantidad de informacin que se genera a partir
de ellas. El manejo de los datos obtenidos a
partir de estos experimentos y su anlisis
posterior es uno de los mayores retos ante los
que se enfrenta esta tecnologa81. Para lograr
superar esta barrera, se est avanzando
considerablemente en el desarrollo de
herramientas bioinformticas entre las que
podemos mencionar las tcnicas de minera de
datos como el clustering, el anlisis estadstico,
81
los algoritmos genticos, las redes neuronales,

las herramientas de preprocesamiento de datos,
la representacin de modelos biolgicos, la
biologa computacional o la minera de textos.
Actualmente se est avanzando
considerablemente en el desarrollo de
herramientas bioinformticas en el contexto de
la genmica funcional, que permiten el
almacenaje de informacin, agrupacin de
genes en base a una determinada caracterstica,
seleccin de caractersticas relevantes y su
correlacin.
The ABRF MARG Survey 2005: Taking the Pulse of the Microarray Field.
(http://www.abrf.org/index.cfm/group.show/Microarray.30.htm).
53
9. Perspectivas de mercado de los

microarrays y biochips en salud humana
Hace unos aos las perspectivas de las
tecnologas de microarrays y biochips auguraban
un futuro prometedor en este campo, aunque
todava no se observaba una implantacin
generalizada de la tcnica. La situacin actual
confirma estas previsiones al revelar un aumento
exponencial en cuanto a las publicaciones

relacionadas con microarrays y biochips, as como
un crecimiento en las patentes concedidas en los
ltimos aos, lo que demuestra alto inters
comercial por las tecnologas de microarrays y
biochips.
N de publicaciones
12.000
8.000
4.000
0
1990 1991 1992 1993 1994 1995 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005
Ao
600
N de patentes
500
400
300
200
100
0
1990 1991 1992 1993 1994 1995 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004
Ao
Fig. 23. Crecimiento del nmero de publicaciones y patentes relacionadas con microarrays y biochips.
Fuente: Elaboracin propia (datos obtenidos de PubMed, USPTO, esp@cenet).
54
Segn datos publicados en octubre de 2004 por la
valor de 875 millones de dlares para esta fecha,
empresa consultora estadounidense Freedonia
mientras que la demanda de productos
Group82, la demanda de productos y servicios
relacionados y servicios, tales como reactivos,
relacionados con biochips est sufriendo
instrumentacin, software, soporte tcnico y
aumentos progresivos anuales desde el ao 2003,
contratacin de servicios, completarn el total de
que alcanzarn la cifra de 2.100 millones de
los 2.100 millones de dlares. Las tendencias
dlares en el ao 2008. La demanda de
detectadas por este estudio se resumen en el
microarrays o biochips por separado tendr un
siguiente cuadro.
Perspectivas de demanda de productos y servicios relacionados con biochips en el ao

2008 (Freedonia Group, Inc.):
Los microarrays de ADN continuarn siendo los principales productos que generan la mayor
demanda, aunque los microarrays de protenas sufrirn una expansin mucho ms rpida debido al
crecimiento del campo de la Protemica en los ltimos aos.
Los microarrays de alta sensibilidad y kits de procesamiento de muestras proporcionarn un
valor aadido y oportunidades de crecimiento.
La demanda total para instrumentacin de biochips se espera que alcance los 263 millones de
dlares en el ao 2008, con un crecimiento anual del 13% a partir del 2003.
Las oportunidades de crecimiento para la deteccin, preparacin de muestras y equipamiento
en hibridacin continuarn expandindose debido a la diversificacin de las investigaciones
protemicas.
La demanda de software especializado aumentar considerablemente ya que cada vez es ms
frecuente el empleo de programas sofisticados por parte de los investigadores. Estos programas
son capaces de almacenar inmensas cantidades de datos procedentes de los microarrays, as como
descifrar la complejidad de los perfiles de expresin de genes y protenas.
Se prev que el mercado relativo a los servicios relacionados con biochips crecer a un ritmo del
19% anual a partir del 2003, alcanzando los 600 millones de dlares para el ao 2008.
En cuanto a las labores de consultora y contratos de investigacin el crecimiento del 23%
contina situndolos en cabeza, debido principalmente a que las grandes compaas farmacuticas
contratan estas labores a terceros con mayor frecuencia.
Por ltimo, las oportunidades de crecimiento de la demanda en soporte tcnico y
mantenimiento de instalaciones en microarrays se mantendrn en alza, como consecuencia de la
renovacin de instalaciones antiguas por otras ms modernas.
El crecimiento de la demanda de productos y

servicios relacionados con biochips estar dirigido
principalmente por las aplicaciones en
descubrimiento de frmacos e investigacin
epidemiolgica, siendo el anlisis de protenas y
del perfil de expresin gnica las tcnicas que se
expanden con mayor velocidad.
82
Debido a que el descubrimiento de frmacos sigue

siendo la principal aplicacin de los biochips, el
mercado de la industria de los biochips est
compuesto fundamentalmente por empresas
farmacuticas, biotecnolgicas y grandes centros
de investigacin. Otros mercados secundarios
como proveedores mdicos, agencias
gubernamentales de salud, medicina forense y
agroalimentacin, no sern tan relevantes,
limitndose a aprovechar nichos de mercado en
productos concretos.
Freedonia Group, Inc. Freedonia Study Biochips (http://www.freedoniagroup.com/pdf/1854smwe.pdf).
55
10. Situacin de la investigacin y desarrollo

en Espaa en el rea de microarrays
aplicados a la salud humana
Una de las principales aplicaciones de los
uno de los ejemplos a resaltar. Este microarray ha
microarrays de ADNc es el estudio de los niveles
sido desarrollado a partir de la actividad
de expresin de genes orientado a la
investigadora de la Fundacin de
caracterizacin de tumores. Cabe destacar dentro
Hipercolesterolemia Familiar con la
de esta aplicacin el esfuerzo llevado a cabo por
colaboracin del Departamento de Bioqumica y
el Centro Nacional de Investigaciones
Biologa Molecular de la Universidad de
Oncolgicas (CNIO) para el desarrollo del
Zaragoza, y con el soporte tecnolgico de
OncoChip83, que constituye la nica plataforma
Progenika-MedPlant. El Lipochip constituye el
de anlisis de expresin gnica mltiple
primer test gentico para el diagnstico de la
especficamente dedicada a cncer que se fabrica
Hipercolesterolemia Familiar y recoge 224
en Espaa. El Oncochip representa alrededor
mutaciones del gen que codifica el Receptor LDL,
de 9.300 genes de las formas de cncer ms
cuyo mal funcionamiento es el responsable de
frecuentes y relevantes como el cncer de mama,
esta enfermedad. Gracias a la deteccin precoz de
colorrectal, pulmn, linfomas, leucemia y tumores
este tipo de enfermedad, se puede establecer un
urinarios como el de rin, vejiga o prstata. El
tratamiento adecuado que reduce
80% de los genes representados en el Oncochip
considerablemente los riesgos cardiovasculares
han sido seleccionados por su funcin biolgica
asociados a esta enfermedad.
directamente relacionada con procesos tumorales

como angiognesis, adhesin celular, apoptosis y
En la misma lnea de diagnstico, la empresa
metstasis, o por su expresin anmala en tejidos
Progenika en colaboracin con el Servicio de
tumorales. El 20% restante son genes de inters
Gastroenterologa del Hospital Clnico de
por su localizacin en regiones cromosmicas
Barcelona ha desarrollado un chip de ADN capaz
donde se detectan frecuentes alteraciones. El
de analizar el diagnstico y pronstico de la
empleo de este microarray en la caracterizacin
Enfermedad Inflamatoria Intestinal (EII) a
de tumores permitir establecer la relacin de los
travs del anlisis de un panel de polimorfismos
patrones de expresin gnica de los distintos
de nucletidos (SNPs). En el caso del biochip para
tipos de tumor con el comportamiento clnico de
la EII, la informacin obtenida del anlisis de
los mismos, y definir criterios de tratamiento
cada SNP aporta informacin sobre factores de
diferenciado para cada tipo de tumor basados en
riesgo distintos, como la agresividad de la
su perfil de expresin gnica.
dolencia, la necesidad de ciruga o la localizacin

de la patologa a lo largo de todo el tracto
En cuanto a la utilizacin de los microarrays de
digestivo. Esta nueva herramienta gentica
ADNc en el diagnstico, tratamiento y
dirigida al diagnstico de la colitis ulcerosa y la
seguimiento de enfermedades, el Lipochip84
enfermedad de Crohn, cuenta hasta el momento
comercializado por Laboratorios Lcer, S.A. es
con 46 genes relacionados con esta enfermedad.
83
84
CNIO OncoChip (http://bioinfo.cnio.es/data/oncochip).

Lipochip (http://www.meiga.info/documentos/lipochip.pdf).
56
Adems de los genes de mayor importancia en la

EII, como el PAI-1 (inhibidor de la activacin del
plasmingeno), el CRAD-15 o el HLA de clase 2,
tambin se han incluido otros relacionados con la
respuesta del organismo del paciente a los
frmacos con los que se trata la patologa
gstrica, con el fin de valorar cmo reaccionan
ante determinados tratamientos.
En el anexo II y III se recogen las empresas
espaolas con productos y servicios de
microarrays as como las empresas con
desarrollos bioinformticos aplicados a
microarrays. Por otra parte, los principales
proyectos de investigacin llevados a cabo por
grupos espaoles se encuentran recogidos en el
anexo IV del presente informe.
El empleo de microarrays de ADN por parte de

grupos de investigacin espaoles se ha visto
potenciado por medio de iniciativas para el
fomento del uso de estas tecnologas como la de
Genoma Espaa. Con esta convocatoria, se
pretende incentivar el empleo de microarrays de
ADN para medir la expresin de los genes gracias
a la cofinanciacin de Genoma Espaa, que
permite por tanto rebajar el precio final de las
casas comerciales. De momento existen ya cuatro
agrupaciones (Genochip, Aginet, AEMCES y
CEMAB), que ofrecern distintos servicios, aunque
la convocatoria sigue abierta hasta noviembre del
2006.
57
Convocatoria de ayudas para el fomento del uso de tecnologas microarrays de ADN para el
anlisis de expresin gnica (20 de diciembre de 2005)
Objetivo y duracin
El objetivo de esta convocatoria de Genoma Espaa es aumentar la competitividad de la investigacin
pblica espaola en genmica, biomedicina y biotecnologa mediante el incremento del consumo de
microarrays para el anlisis de expresin gnica. Esta iniciativa ha supuesto un ahorro en los costes de
un 40%. El plazo de presentacin de solicitudes comienza el 15 de noviembre de 2004 y la convocatoria
se mantiene abierta hasta el 14 de noviembre de 2006.
Situacin econmica
Genoma Espaa dispone de 1.000.000 de euros para el presente ao. Entre las cuatro agrupaciones se
han requerido un total de 1.490.878 euros y a cada una se le ha concedido la cantidad que ha solicitado
contra justificacin de los servicios prestados. El reparto de la cantidad total es el siguiente:
Agrupacin
Primeros seis meses
Total anual
GENECHIP
AGINET
AEMCES
CEMAB
386.900,00 (1.250 servicios)

139.860,00 (600 servicios)
120.000,00 (400 servicios)
98.679,00 (378 servicios)
773.800,00
279.720,00
240.000,00
197.358,68
Participantes
Agrupacin Genechip (empresa proveedora: Affymetrix Co.)
Centro de Investigacin del Cncer de Salamanca (CIC).
Institut dInvestigacions Biomdiques August Pi i Sunyer, Hospital Clinic de Barcelona (IDIBAPS).
Centro Nacional de Biotecnologa de Madrid (CNB-CSIC).
Facultad de Medicina de Valencia. Universidad de Valencia (UVEG).
Asociacin Genika de Bilbao (GENIKA)
Parque Cientfico de Madrid. Universidad Complutense de Madrid (PCM-UCM)
Institut de Recerca. Hospital de la Santa Creu i Sant Pau de Barcelona (IR- HSCSP).
Institut de Recerca del Vall dHebron de Barcelona (IR-HUVH).
Agrupacin Aginet (empresa proveedora: Agilent Technologies)
Centro Nacional de Investigaciones Oncolgicas de Madrid (CNIO).
Centro de Regulacin Genmica de Barcelona (CRG).
Centro Nacional de Investigaciones Cardiovasculares de Madrid (CNIC).
Hospital Clnico San Carlos de Madrid (HCSC).
Oryzon Genomics de Barcelona (ORYZON).
Fundacin Gaiker de Vizcaya (GAIKER).
Dominion Pharmakine, SL de Vizcaya (DPK).
Parque Cientfico de Barcelona (PCB).
Agrupacin Aemces (empresa proveedora: Amersham Biosciences, ahora parte de General Electric
Healthcare)
Centro Nacional de Investigaciones Cardiovasculares de Madrid (CNIC).
Instituto de Investigaciones Biomdicas de Madrid (IIB-CSIC).
Centro de Investigaciones Biolgicas de Madrid (CIB-CSIC).
Centro de Biologa Molecular Severo Ochoa, Universidad Autnoma de Madrid (CBM-CSIC).
Agrupacin Cemab
Centro Nacional de
Centro Nacional de
Institut de Recerca
(empresa proveedora: Applied Biosystems, en Espaa, Applera Hispania)

Investigaciones Cardiovasculares de Madrid (CNIC)
Investigaciones Oncolgicas (CNIO)
Biomdica- Parc Cientific de Barcelona (IRB-PCB).
Coordinadores:
Dr. Xos Ramn Garca Bustelo del Centro de Investigacin del Cncer de Salamanca (CIC) coordina la
agrupacin Genechip que utiliza la tecnologa de Affymetrix.
Dr. Miguel ngel Piris del Centro Nacional de Investigaciones Oncolgicas (CNIO) coordina la
agrupacin Aginet que utiliza la tecnologa de Agilent Technologies.
Dra. Ana Dopazo del Centro Nacional de Investigaciones Cardiovasculares Carlos III (CNIC) que
coordina las agrupaciones Aemces y Cemab bajo las tecnologas Amersham Biosciences y Applera
Hispania respectivamente.
58
11. Conclusiones
La situacin actual de las tecnologas de
microarrays y biochips con aplicaciones en salud
humana ha cambiado considerablemente en
Espaa y resto del mundo respecto a los ltimos
aos, tanto en el entorno investigador como en el
empresarial. Las promesas que surgieron hace
unos aos respecto a esta tecnologa se han
cumplido con creces, y hoy por hoy supone una
herramienta imprescindible en cualquier proyecto
de genmica y protemica.
Resulta de especial importancia no slo el mayor
nmero de proyectos de investigacin que
emplean estas tecnologas en Espaa, sino las
diferentes aplicaciones que han surgido de ella.
Las tres grandes reas donde los microarrays
estn cobrando cada vez mayor relevancia son el
diagnstico molecular, farmacogentica, y el
desarrollo de frmacos. En el caso del diagnstico
molecular, los microarrays se emplean en la
clasificacin de enfermedades, mejorando el
pronstico en patologas como el cncer. En las
aplicaciones dirigidas a farmacogenmica y
desarrollo de frmacos, los microarrays ofrecen la
posibilidad de disear tratamientos personalizados
con frmacos dirigidos a grupos especficos de
pacientes, ya que mediante el anlisis del perfil
de expresin de cada tumor individual se puede
anticipar la respuesta a un determinado
tratamiento. Gracias a las posibilidades que
ofrecen estas aplicaciones han surgido grandes
proyectos de genotipado en Espaa para el
estudio de patologas como el cncer,
enfermedades psiquitricas y cardiovasculares.
El panorama actual en cuanto al acceso de la
tecnologa es muy diferente, y la mayora de
centros de investigacin espaoles disponen de
infraestructuras de apoyo que permiten el
empleo de los microarrays. Adems, existen
iniciativas pblicas como la convocada por
Genoma Espaa para aumentar la competitividad
de la investigacin pblica en genmica,
biomedicina y biotecnologa gracias al aumento
del consumo de este tipo de herramientas. Esta
iniciativa ha dado como resultado la creacin de
cuatro agrupaciones para el fomento del uso de

tecnologas microarrays de ADN para el anlisis
de expresin gnica (GeneChip, Aginet, Aemces y
Cemab) con diferentes empresas lder en este
campo como proveedoras de la tecnologa.
En cuanto al entorno empresarial, el gran
inters de las industrias farmacuticas por los
microarrays reside en la posibilidad que ofrecen
para agilizar el proceso de descubrimiento de
frmacos, desde su contribucin a la identificacin
y validacin de potenciales dianas teraputicas,
hasta la validacin de nuevos frmacos facilitando
los ensayos de toxicidad. A este hecho se suma la
posibilidad de realizar estudios a gran escala de
genes en mucho menor tiempo maximizando los
recursos disponibles.
Existe actualmente una autntica carrera
tecnolgica entre las empresas por posicionarse
como lderes de esta tecnologa, y las empresas
que en Espaa surgen en este entorno tienden a
ser proveedoras de servicios o buscan nichos de
mercado a los que dirigirse con productos muy
especficos como el Hepatochip, Onchochip o
Lipochip entre otros.
En cuanto al almacenamiento y procesado de
informacin por medio de herramientas
bioinformticas, todava no se ha superado este
cuello de botella, que por otro lado es el campo
que muestra mayor produccin de I+D a nivel
mundial. Iniciativas nacionales ya en marcha
como el Instituto Nacional de Bioinformtica
(INB), deben contribuir a generar y aplicar
soluciones bioinformticas de proyectos de
investigacin con un enfoque genmico y
protemico.
Por ltimo, es preciso que se haga un esfuerzo
global para propiciar la puesta en marcha de
proyectos multidisciplinares, que no consistan
meramente en la adquisicin de tecnologas de
microarrays a gran escala, sino en proyectos
enfocados hacia intereses estratgicos para la
industria y la comunidad cientfica.
59
Glosario
ADNc: ADN complementario que ha sido
sintetizado a partir de un ARN-mensajero.
Anlisis de expresin gnica: identificacin
de los genes que se expresan de manera
diferente en la clula y cuantificacin de los
niveles de expresin de aquellos genes de
especial relevancia en funciones celulares como
metabolismo, transporte o desarrollo entre
otros. Los anlisis de expresin permiten
establecer relaciones entre los perfiles genticos
de pacientes y respuestas a frmacos o agentes
txicos que actan, alterando la funcin celular.
Expresin gnica: fenmeno que incluye la

transcripcin de un gen en ARN mensajero y su
posterior traduccin a protena.
Farmacogentica: estudio de la respuesta a un
determinado frmaco como consecuencia de la
herencia gentica del paciente.
Farmacogenmica: estudio de la importancia
que presentan las variaciones genticas en la
eficacia y toxicidad de los frmacos.
Aptmero: molculas de ADN o ARN capaces de

reconocer y unirse a una molcula especfica
(protena u otro ligando).
Fotolitografa: tcnica de fabricacin de un

microarray de ADN que se basa en la unin de
nucletidos protegidos por un agente qumico
fotodegradable sobre un soporte de vidrio que
posee determinados grupos reactivos.
ARN de interferencia: tecnologa que se basa

en el empleo de molculas cortas de ARN de
cadena sencilla o doble para bloquear la
expresin de genes especficos.
Genmica funcional: disciplina que estudia la

relacin existente entre un gen y su funcin, de
manera que permita comprender el
funcionamiento de los sistemas biolgicos.
ARN mensajero: molcula de ARN que

proviene de la transcripcin de un gen que
codifica una protena, despus de experimentar
un proceso de corte y empalme. La informacin
codificada en la molcula de ARNm se traduce a
un producto gnico en los ribosomas.
Glicosilacin: proceso qumico por el que se

aaden cadenas de azcares a una protena.
bDNA (branched DNA o ADN ramificado): el

ADN ramificado contiene mltiples cadenas
ramificadas a manera de rbol y cada una de
estas ramas es un sitio de hibridizacin con una
sonda marcada con una enzima, que reacciona
con un sustrato que permite la demostracin
colorimtrica o quimioluminiscente.
Carbohidrato: trmino general utilizado para
denominar a los azcares y compuestos
relacionados que contienen carbono, hidrgeno y
oxgeno, habitualmente con la frmula emprica
(CH20)n.
60
Hibridacin: proceso por el cual dos hebras

sencillas complementarias de polinucletidos se
asocian para formar una doble hlice.
Microarray: conjunto de molculas de ADN,
protenas, hidratos de carbono, muestras de
tejidos o clulas, inmovilizadas sobre una
superficie slida que nos permite el estudio de
niveles de expresin gnica a nivel genmica,
funcin, modificaciones post-traduccionales de
protenas o de los niveles de expresin gnica in
vivo, respectivamente.
Oligosacridos: grupo de hidratos de carbono
de cadena corta (de 2 a 8 unidades de Carbono).
PCR (polymerase chain reaction o reaccin en

cadena de la polimerasa): sistema de
amplificacin gentica que permite obtener
millones de copias de un determinado fragmento
de ADN o ARN mensajero, incluso a partir de
muestras muy reducidas.
PNA (Peptide Nucleic Acid o cido Nuclico
Peptdico): anlogo artificial del ADN en el que
el esqueleto no es azcar y fosfato, sino
entidades similares a pptidos o protenas.
Proteoma: conjunto de protenas que se
expresan en un momento concreto en un
determinado tejido u organismo.
Toxicogenmica: disciplina que estudia las

bases genticas que permiten explicar los
mecanismos de toxicidad en respuesta a
frmacos o compuestos txicos.
Transcriptoma: conjunto de mRNAs que a
partir de un genoma se pueden sintetizar en un
momento concreto en un determinado tejido.
Validacin de dianas: proceso que tiene por
objeto demostrar que una determinada diana
molecular est implicada en la aparicin y
progresin de una enfermedad. La validacin de
una diana permite establecer una relacin entre
la modificacin de la diana y su potencial
teraputico.
Screening: trmino ingls derivado de la

palabra screen o pantalla cuyo significado,
dentro del campo de la biologa molecular o la
biotecnologa se refiere al seguimiento o la
monitorizacin de un proceso.
Sonda: segmento de material biolgico marcado
radioactivamente (o con algn grupo qumico
fcilmente visualizable), utilizado para detectar
secuencias de cidos nucleicos o protenas
complementarios mediante hibridacin.
61
Anexos
Anexo I: Principales aplicaciones de los microarrays
disponibles comercialmente
PRINCIPALES APLICACIONES DE LOS MICROARRAYS DE CIDOS NUCLEICOS
DISPONIBLES COMERCIALMENTE
Empresa
Producto
Caractersticas
StaphyChips
Microarray para la deteccin de las secuencias

de ADN de las 5 especies ms importantes de
Staphylococcus, as como para la deteccin de
resistencia a antibiticos beta-lactmicos
Rat HepatoChips
Determinacin del patrn de genes expresados

en cultivos de hepatocitos incubados en
presencia de compuestos qumicos o
contaminantes ambientales
Lymphochip
Clasificacin molecular de linfomas
GeneChip Porcine Genome

Array
Anlisis del transcriptoma completo del cerdo

domstico
GeneChip Maize Genome

Array
Anlisis del transcriptoma completo del maz

Zea mays
MammaPrint
Anlisis del riesgo de metstasis en cncer de

mama
CupPrint
Anlisis del perfil gentico para localizacin del

tumor primario en pacientes diagnosticados con
cncer de localizacin primaria desconocida
Agilent G4130A
Microarray para el screening del genoma de

rata y estudios toxicogenmicos para la
determinacin de los efectos en el organismo
de una sustancia txica, frmaco o pesticida
Human 1B Oligo Microarray
Anlisis de expresin gnica en desarrollo de

frmacos y estudio de enfermedades
Rice Oligo Microarray Kit

60-meR
Determinacin de la actividad de genes en arroz y

cereales. Identificacin de variedades con alta
tolerancia a sequa, salinidad, fro o pestes para
sembrar en terrenos poco cultivables
BioDoor4000
Anlisis de expresin de 4.000 genes humanos

completos
BiodoorHCV
Diagnstico de Hepatitis C
BioForce
Nanosciences, Inc.
ViriChip
Perfil de expresin de ARN y deteccin de virus
Canberra LLC
IntelliGene
Anlisis de Arabidopsis, cncer humano,

citoquinas humanas, disrupcin endocrina, ORF,
ratn y E. coli
Advanced Array
Technology SA
Affymetrix, Inc.
Agendia
Agilent Technologies,
Inc.
BioDoor Gene
Technology Ltd.
62
Empresa
DR. Chip
Biotechnology Inc.
Producto
Caractersticas
DR. EV chip
Diagnstico de enterovirus
DR. BLAD Chip
Deteccin de las mutaciones del gen

responsable de la Deficiencia de Adhesin
Leucocitaria Bovina
DR. Mastitis Chip
Deteccin de S. agalactiae, S. aureus,

S. bovis, S. uberis, S. dysgalactiae, y E. coli
DR. Food Pathogen Chip
Deteccin de Salmonella spp., E. coli, y

Staphylococcus aureus
DR. HBV Chip
Deteccin de hepatitis B virus en suero e identifica

genotipos de HBV A, B, C, D, E, F y dos variantes
resistentes a amivudina: YIDD y YVDD
DR. RV IVD Kit
Deteccin de infeccin por coronavirus (SARS)
DR. Milk Kit18
Deteccin de siete agentes causantes de

mastitis Streptococcus spp., S. agalactiae,
S. bovis, S. ysgalactiae, S. uberis, Escherichia
coli, and S. aureus
DR. EV IVD Kit
Detecta infeccin por enterovirus sin reactividad

cruzada entre adenovirus, herpes simplex virus
tipo I y tipo II, citomegalovirus humano
Detecta gnero enterovirus y dos serotipos:
enterovirus 71 y coxsackie A16
DR. Food Kit
Detecta nueve de los patgenos ms comunes

en alimentos: Staphylococcus aureus,
Escherichia coli, Yersinia enterocolitica, Bacillus
cereus, Clostridium perfringens, Listeria
BassChip
EcoArray, L.L.C.
Fathead MinnowChip
Anlisis de la expresin de genes de

importancia toxicolgica
DualChip human general
Anlisis de expresin gnica diferencial en

humanos
DualChip human aging
Anlisis de expresin gnica diferencial en

genes humanos relacionados con el estrs y el
envejecimiento
DualChip rat GPCR
Anlisis de expresin gnica diferencial de los

genes GPCR de rata
DualChip hepato
microarray series
Patrones de expresin gnica de genes

importantes toxicolgicos en clulas de hgado
de rata
Eurogentec
GEArray
Anlisis de expresin de genes involucrados en

rutas de sealizacin
Genomic Health
Oncotype DX
Anlisis de probabilidad de recurrencia de

cncer de mama tras tratamiento con
tamoxifeno
Eppendorf AG
63
Empresa
GeneMaster
Lifesciences Co. Ltd.
GeneScan
Europe AG
Greiner Bio-One
GmbH/Lambda
GmbH
Icoria, Inc.
Producto
GeneMaster MegiC
Diagnstico de meningitis
GMOChip
Deteccin de organismos modificados

genticamente en alimentos
NUTRIChip
Presencia de bacterias patognicas en alimentos
ParoCheck I
Identificacin y deteccin cualitativa de ADN de

patgenos periodontales
CarnoCheck
Identificacin y deteccin cualitativa de 8

especies animales en alimentos y piensos
PapilloCheck
Tipaje de 17 papilomavirus humanos (HPV)

involucrados en cncer cervical
ParoCheck I
Deteccin cualitativa e identificacin de ADN de

patgenos periodontales
PapilloCheck
Tipaje de 17 tipos de papilomavirus humanos

involucrados en cncer cervical
CarnoCheck Food and feed

DNA-C
Identificacin y deteccin cualitativa de 8

especies animales en alimentos y piensos
Magnaporthe grisea
microarray
Deteccin del patgeno del arroz Magnaporthe

grisea
DermArray GeneFilters
IntegriDerm
PharmArray
Ipsogen, Luminy
Biotech Entreprises
Iris BioTechnologies,
Inc.
Lcer
Memorec Biotec
GmbH
64
Caractersticas

enfermedades epiteliales y dermatolgicas
MLL Fusionchip
Deteccin de reordenamientos de MLL en leucemia

aguda y la determinacin del gen asociado
ProfileChip
Biochip para el estudio de cncer
Genetic Profiling
Microarray
Detecta deleciones y amplificaciones del

nmero de copias y mutaciones puntuales
BioPharma GPM System
Descubrimiento y desarrollo de frmacos
LipoChip
Deteccin de mutaciones del receptor LDL

asociadas a Hipercolesterolemia Familiar
PIQOR Immuno/Onco,
human and mouse
Anlisis de expresin de 1.076 genes relacionados

con respuesta inmune, matriz extracelular, muerte
celular, y transduccin de seales
PIQOR Cytokines &

Receptors, human and mouse
Anlisis de expresin de 288/274 genes de

citoquinas y receptores
PIQOR Cell death, human

and mouse
Anlisis de expresin de 500/509 genes

involucrados en muerte celular
PIQOR Kinase, human and

mouse
Anlisis de expresin de 498/481 genes de

kinasas
PIQOR Toxicology, human

and rat
Anlisis de expresin de 1.252/1.107 genes

involucrados en citotoxicidad
Empresa
Mergen Ltd.
NEN Life Science

Products Inc.
Operon GmbH
Origene
Technologies, Inc.
Producto
Caractersticas
ExpressChip
Perfiles de expresin de diferentes categoras

de genes: apoptosis, ATPasa, GTPasa o ATP,
protenas de unin a GTP, canales,
citoesqueleto, asociados a enfermedades,
transduccin de seales, factores de
transcripcin, supresores de tumores
MICROMAX Human
Oncogenes and Tumor
Suppressor Genes Array
Anlisis de la expresin de oncogenes y genes

supresores de tumores
MICROMAX Human Kinase

& Phosphatase Array
Anlisis de la expresin de genes de quinasas y

fosfatasas
MICROMAX Human
transcription factor array
Anlisis de expresin de genes de factores de

transcripcin
MICROMAX Human Ion

Channel, Transporter &
Receptor Array
Anlisis de expresin de genes de canales de

iones, transportadores y receptores
OpArray Human collagen

Array
Anlisis de expresin de genes de colgeno
OpArray Human Apoptosis

Array

apoptosis
OpArray Human Stress y

Aging Array

estrs y envejecimiento
OpArray Yeast collage Array
Anlisis de expresin de genes de levadura
SensiChip Human Kinase
Anlisis de expresin de genes de quinasas
Smart set 1
Anlisis de expresin de genes receptores

nucleares de hormonas y correguladores
Smart set 2
Anlisis de expresin de genes factores de

transcripcin Homeobox/bZIP/bHLH
Smart set 3
Anlisis de expresin de genes factores de

transcripcin inducibles/especficos de tejido
Smart set 4
Anlisis de expresin de genes tirosinquinasas y

fosfatasas
Smart set 5
Anlisis de expresin de genes protenas G y

receptores acoplados a protena G
Smart set 6
Anlisis de expresin de genes de canales de iones
Smart set 7
Anlisis de expresin de genes de protenas de

transportadores
Smart set 8
Anlisis de expresin de genes de proteinasas
Smart set 9
Anlisis de expresin de genes de citoquinas,

quimioquinas y receptores
Smart set 10
Anlisis de expresin de genes de molculas de

adhesin
65
Empresa
PamGene
International B.V.
Producto
Caractersticas
PamChip
Genotipado, perfiles de expresin y protemica
PicoArrays Rheumatism
Rheumatoid Arthritis and
Inflammation
Estudio de las bases patognicas de

enfermedades inflamatorias
PicoArrays Apoptosis
Anlisis de la expresin de los principales genes

involucrados en muerte celular, diferenciacin y
proliferacin celular
Qiagen N.V.
SensiChip Human Kinase

DNA Array Bar
Anlisis de la expresin gnica de todas las

quinasas y fosfatasas conocidas
F. HoffmannLa Roche Ltd.
AmpliChip CYP450
Identificacin de polimorfismos en dos genes,

CYP2D6 y CYP2C19 implicados en el
metabolismo de medicamentos
ImmunoChip RZPD1.2
Human cDNA microarray
Anlisis de la expresin gnica de 1.137 genes

involucrados en procesos inmunolgicos
Oncochip RZPD1
Anlisis de la expresin gnica de 1.544 genes

de importancia en procesos cancergenos
sciTRACER Inflammation 170
Estudio de la expresin diferencial de genes

relacionados con enfermedades inflamatorias
sciTRACER CardioVascular
350
Estudio de genes humanos involucrados en

enfermedades cardiovasculares
Panorama Gene E. coli

Gene Arrays E. Coli
Anlisis de todos los genes codificantes para

protenas de E.coli
Panorama Gene
Helicobacter pylori Gene
Arrays Helicobacter pylori
Anlisis de todos los posibles genes codificantes

para protenas de H. pylori
Panorama Gene B. subtilis

Gene Arrays B. Subtilis
Anlisis de todos los genes codificantes para

protenas de B. subtilis
Panorama Gene Human

Cytokine Gene Arrays
Panorama Gene Human

Apoptosis Gene Arrays
Amplicones de las regiones codificantes para

protenas de genes involucrados en procesos
apoptticos
Human Cancer OligoArray
Genes involucrados en apoptosis, angiognesis,

ciclo celular, metstasis, oncogenes,
transduccin de la seal, factores de
transcripcin y supresores de tumores
Spectral Genomic,
Inc.
Spectral Chip 2600 DNA

Array
Hibridacin genmica comparativa con aplicacin

a citogentica e investigacin del cncer
STEAG microParts
GmbH
Lilliput Chip
Empleados en microbiologa clnica para la

automatizacin de los test de susceptibilidad a
antibiticos e identificacin de bacterias
PicoRapid
Technologie GmbH
RZPD Deutsches
Ressourcenzentrum
fr Genomforschung
GmbH
Scienion AG
Sigma-Genosys
66
Empresa
Producto
Caractersticas
GeneConnection Discovery
Microarray
Genes de 29 tejidos humanos
GeneConnection Control
Microarray
Genes Housekeeping y de control exgeno
Stratagene
human GEArray
human ChoiceGEArray
Superarray, Inc.
mouse GEArray
Fragmentos de ADNc de genes involucrados en

una determinada ruta de transduccin de
seales
mouse ChoiceGEArray
IntelliGene
Functional DNA Chip Human
Brain ver 1
Contiene 1.700 genes (fragmentos de ADNc)

con cambios especficos en la expresin en el
cerebelo, hipocampo y amgdala
Functional DNA Chip Rat

Toxicology Ver.1.0
Anlisis de la expresin de genes involucrados

en el metabolismo de frmacos
9801A ICAN DNA
Fragmentos de unos 1.800 genes humanos

(incluyendo 356 citoquinas )
X001 IntelliGene Cyano

CHIP Ver. 2.0
Fragmentos de ORF de especies de

Synechocystis PCC6803
IntelliGene Cyano CHIP Ver.

2.0
Fragmentos de ORF (Open Reading Frame) de

la bacteria Synechocystis
Virginia
Commonwealth
Center
Brain Tumour Biochip Oligo

DNA microarrays
Anlisis de expresin gnica de tumores

cerebrales
Vysis, Inc.
GenoSensor Microarray
System
Deteccin del nmero de copias de genes.

Asesoramiento sobre las anormalidades
cromosmicas, de genes individuales en
cromosomas y secuencias especficas en los genes
XeoExp Human Cancer chip
Anlisis de expresin de genes humanos de

importancia en cncer
XeoEX SARS chip
Anlisis de los genes de coronavirus para la

deteccin de SARS
Xenopus Xeochip
Anlisis de genes de Xenopus para estudios de

desarrollo neuronal
Takara Bio Inc.
Xeotron Corp.
67
PRINCIPALES APLICACIONES DE LOS MICROARRAYS DE PROTENAS

COMERCIALIZADOS
Empresa
Advanced Gene
Technology, Corp.
Producto
HerboChip
Bsqueda de compuestos activos en plantas.

HerboLink(AGTChip)
TranSignal WW domain
arrays
Axcell Biosciences
Aplicacin
Determinacin de interaccin entre

protenas
TranSignal PDZ domain

arrays
Determinacin de la funcin de protenas
TranSignal SH3 domain
arrays
Designarray
Anlisis de enfermedades concretas
Specifictargetarray
Anlisis de dianas teraputicas
Azign Bioscience A/S
BD Biosciences Clontech
Ab Microarrays
BioForce Nanosciences,
Inc.
NanoArray
Anlisis completo de perfiles de expresin

de protenas
Preactivated ProteinChip
Arrays
Hydrophobic ProteinChip
Arrays
Hydrophilic ProteinChip
Arrays
Ciphergen
Cation Exchange
ProteinChip Arrays
Determinacin de la interaccin entre

protenas y distintos ligandos.
Immobilized Metal affinity

ProteinChip Arrays
Chromatographic surface
ProteinChip Arrays
Echelon Biosciences Inc
GeneMaster Lifesciences
Co., Ltd.
68
Microarray PIP Array
Determinacin de la selectividad y
sensibilidad relativa fosfoinostidos
GeneMaster MegiC
Diagnstico de meningitis
GeneMaster NICE-Tha
Diagnstico de alfa-talasemia
GeneMaster HLA Typing

Chip
Bsqueda de compatibilidad en transplante

de rganos
Empresa
Producto
Aplicacin
AntibodyArray Signal
Transduction Antibody
400 anticuerpos contra protenas de

sealizacin bien caracterizadas
Apoptosis AntibodyArray
150 anticuerpos contra protenas que

regulan la apoptosis
CellCycle AntibodyArray
60 anticuerpos contra protenas involucradas

en ciclo celular
Invitrogen
Protoarray Human Protein

Microarray
Screening de 1.800 protenas de diferentes

familias gnicas como quinasas, protenas
asociadas a membrana, protenas de
sealizacin celular y protenas implicadas
en metabolismo
Pepscan Systems
Pep-Chip Kinase
Bsqueda de sustratos para kinasas y

bsqueda de la especificidad de inhibidores
de kinasas
Phylos, Inc.
TRINECTIN Proteome Chip
Deteccin de protenas en tejidos

expresadas en respuesta a frmacos o a
una enfermedad
Hypromatrix, Inc.
Discover Light
Proteome Arrays
SearchLight Proteome
Arrays
Pierce Biotechnology
Inc.
SearchLight Cytokine
Arrays
SearchLight Chemokine
Arrays
Anlisis de protenas, lisados celulares o

anticuerpos en formatos de baja densidad
SearchLight Human
Phosphorylated Kinase Array
SearchLight Human
Angiogenisis Array2
Procognia
Gen p53 y principales

variantes SNP
Anlisis de la funcin del gen p53
RayBio human
angiogenesis antibody
arrays
RayBiotech, Inc.
RayBio human
atherosclerosis antibody
arrays
Arrays de anticuerpos de citoquinas para

humanos, ratas y ratones
RayBio human
inflammation antibody
arrays
Schleicher & Schuell
Bioscience
ProVision Human Cytokine

Array
Determinacin simultnea de la presencia

de 16 citoquinas diferentes
Sigma-Genosys
Panorama Ab Microarray Cell Signaling Kit
Anlisis de 224 anticuerpos de protenas

implicadas en sealizacin celular
69
Empresa
Producto
Aplicacin
SomaLogic Inc.
Aptamer Arrays
Determinacin simultnea de la concentracin

de las protenas correspondientes a los
fotoaptmeros empleados
VBC-Genomics
Bioscience Research
GmbH
ISAC
Anlisis de alergenos
PRINCIPALES APLICACIONES DE LOS MICROARRAYS DE CARBOHIDRATOS

DISPONIBLES COMERCIALMENTE
Producto
Empresa
Caracteristicas
Glycominds Ltd.
GlycoChip
Microarray de alto rendimiento de

carbohidratos complejos para el anlisis de
las interacciones protena-glicano.
Aplicaciones a genmica funcional,
desarrollo de frmacos, prebiticos, ensayos
enzimticos, screening de anticuerpos e
infecciones bacterianas
PicoRapid Technologie
GmbH
PicoArrays GlycoProfiler
Microarray para el estudio de los genes que

controlan la glicosilacin de lpidos y
protenas
PRINCIPALES APLICACIONES DE LOS MICROARRAYS DE CLULAS DISPONIBLES

COMERCIALMENTE
Producto
Empresa
Caracteristicas
Biolog, Inc.
Phenotype MicroArrays
Identificacin y validacin de cabezas de

serie y dianas respectivamente, biologa
funcional y toxicogenmica. Disponibles
para clulas bacterianas y fngicas
Cellomics, Inc.
CellChip
Anlisis mltiple de pptidos y protenas
Zeptosens AG
ZeptoMARKTM Cell Lysate
Arrays de densidad media/alta para anlisis

multiple de pptidos y protenas
70
PRINCIPALES APLICACIONES DE LOS MICROARRAYS DE TEJIDOS DISPONIBLES

COMERCIALMENTE
Empresa
Producto
Caractersticas
Ambion, Inc
LandMark Tissue
MicroArrays
Anlisis del perfil de expresin diferencial de

dianas especficas
Ardais Corp.
Ardais Tissue Arrays (ATAs)
Validacin de dianas de alto rendimiento
BD Biosciences Clontech
BD Clontech Cancer Cell

Line Profiling Array
Perfil de expresin gnica de 26 lneas

celulares representadas en 11 tejidos
Chemicon Inc.
Chemicon's TMAs
Perfil de expresin de protenas en

diferentes tipos de tumor
Clinomics Biosciences,
Inc
HER-2neu response array, ckit response array
Caracterizacin de alteraciones genticas y

patrones de expresin
HistoChip
Expression Pathology,
Inc
Liquid Tissue
Determinacin de cambios cuantitativos en

la expresin de protenas en un gran
nmero de muestras de tejido enfermo y
sano.
Identificacin y validacin de marcadores
proteicos
Imgenex Corp.
Tissue Array/Histo-Array
human
Perfil de expresin de protenas en

diferentes tipos de tumor
Invitrogen Corp
VastArray
Perfil de expresin de protenas, screening

de anticuerpos, estudios de especificidad de
tejido y anlisis de modelos de ratn
Oligene GmbH
Tissue Arrays
Microarrays construidos a partir de sus

bancos de tejidos para estudios de
expresin y screening in situ de ARNm
Research Genetics, Inc.
VastArray Tissue Arrays
Estudios de expresin de protenas,

screening de anticuerpos, especificidad de
tejidos y determinacin patolgica
Zymed Laboratories,
Inc.
MaxArray
Screening de anticuerpos, anlisis de

expresin, especificidad de tejido, anlisis
de fenotipo frente a genotipo, hibridacin in
situ de ARN o ADN (FISH o CISH)
Zyomyx Inc.
Human Cytokine Biochip
Desarrollo de frmacos empleando anlisis

paralelo de protenas
Tabla 10. Principales aplicaciones de los microarrays disponibles comercialmente.

Fuente BioChipNet (http://www.biochipnet.com)
71
Anexo II. Empresas espaolas que operan

en el rea de microarrays
Biomedal, S.L.
rea de aplicacin
Salud humana
Misin
Desarrollo de tecnologas innovadoras para el progreso de la investigacin

post-genmica y la produccin industrial eficiente de nuevas biomleculas
tiles para la sociedad
Servicios relacionados
con microarrays
Lectura y procesamiento de ADN arrays

Asesoramiento y gestin de proyectos de I+D en biomedicina (estudios de
expresin semi-cuantitativa empleando tecnologas de DNA arrays)
I+D
Desarrollo de vectores para genmica funcional en un amplio rango de

organismos
Desarrollo de herramientas para mejorar la eficiencia en la expresin y
purificacin de protenas
Desarrollo de herramientas para diagnstico molecular
Acuerdos y
colaboraciones
cientficas
Universidad de Sevilla, Universit Clermont-Ferrand, Universidad Miguel

Hernndez, Universidad Pablo de Olavide, Centro de Investigaciones
Biolgicas (CSIC), Instituto de Biomedicina Lpez Neyra (CSIC)
Contacto
Direccin: Avenida Amrico Vespucio n 5, Bloque E - Planta 1 Mdulo 12,

Isla de la Cartuja, 41092, Sevilla
Web: http://www.biomedal.es/espanol/index.htm
Dominion Pharmakine, S.L.

rea de aplicacin
Salud humana
Misin
Compaa biofarmacutica enfocada al desarrollo de productos y servicios

que permitan avanzar en la investigacin, el diagnstico y tratamiento del
cncer
Productos relacionados
con microarrays
Arrays de tejidos:
Human Hepatic Colon-Carcinoma Metastasis Tissue Array
Organ-Specific Metastasis Melanoma Tissue Array
Multi-Organ Animal Tissue-Arrays
Arrays de tejido personalizados
Arrays de clulas:
Array especfico de clulas hepticas (humano, rata, ratn)
Array de lneas celulares de melanoma humano
Arrays de clulas personalizados
con microarrays
Genmica funcional:
Diseo de microarrays de ADN personalizados
Construccin de libreras de ADNc
Anlisis de sistemas de expresin modificados
Contacto
Direccin: Parque Tecnolgico de Bizkaia, Edificio 801, 1 planta

Web: http://www.pharmakine.com
72
Neocodex, S.L.
rea de aplicacin
Salud humana
Misin
Empresa dedicada a la investigacin y desarrollo en biomedicina y al

diagnstico molecular de enfermedades humanas
con microarrays
Expresin gnica mediante microarrays de ADN
I+D
Trazado de marcadores de susceptibilidad gentica en la poblacin espaola.
Acuerdos y
colaboraciones
cientficas
Centro Nacional de Investigaciones Oncolgicas de Madrid (CNIO), Centro de

Investigaciones Biolgicas de Madrid (CIB/CSIC), Hospital Clnico San Carlos,
Hospital Doce de Octubre (Madrid), Hospital Virgen del Roco y Valme
(Sevilla) Genetix (UK), Universidad de Utrech (Holanda), Universidad Tor
Vergata (Roma)
Contacto
Direccin: Avda. Averroes n8 Ed. Acrpolis, Mod. 110-111, Sevilla

Web: http://www.neocodex.es
Oryzon Genomics, S. A.
rea de aplicacin
Salud humana, Agroalimentacin
Misin
Construccin de una plataforma tecnolgica verstil que nos permita

identificar de forma muy procesiva las relaciones entre los genes y sus
funciones
con microarrays
Tethys: sistema de alto rendimiento para disear un conjunto ptimo de

oligonucletidos con el objetivo de construir un chip de DNA para un cierto
organismo
con microarrays
Anlisis de la expresin gnica mediantes chips de ADN:

Toxicogenmica, Cardiovascular, Enfermedades Neurodegenerativas,
Inflamacin, Enfermedades Humanas, Genes de Cncer, Variantes de Splice
en tumores
Genotipaje: chips de ADN humano SNPs-INDELs
I+D
Bioinformtica
Contacto
Direccin: C/Josep Samitier 1-5, 08028 Barcelona

Web: http://www.oryzon.com
73
Owl Genomics, S.L.

rea de aplicacin
Salud humana
Misin
Identificacin de marcadores moleculares y agentes teraputicos para el

diagnstico temprano y tratamiento de enfermedades hepticas
con microarrays
Hepatochip: chip de ADN que permite conocer la presencia de

esteatohepatitis no alcohlica (NASH) a partir de la coexpresin de 85 genes
I+D
Diagnstico temprano de esteatosis heptica (EH) y esteatohepatitis no

alcohlica (NASH)
Acuerdos y
colaboraciones
cientficas
Universidad de Navarrra, Centro de Estudios e Investigaciones Tcnicas de

Guipzcoa, Hospital Clnico de Barcelona, Hospital Gregorio Maran,
Hospital Universitario Prncipe de Asturias, Hospital Italiano de Buenos Aires,
Noray Bioinformatics, Progenika, Protemica
Contacto
Direccin: Parque Tecnolgico de Bizkaia, Edificio 801, planta 2, 48160 Derio

Web: http://www.owlgenomics.com
Progenika Biopharma, S.A.

rea de aplicacin
Salud humana
Misin
Identificacin y validacin de genes y protenas implicadas en procesos

patolgicos, y su empleo en el desarrollo de nuevos frmacos y mtodos de
diagnstico
con microarrays
Affymetrix genechip probe arrays

Microarrays de Genotipado:
Human Familiar Hypercholesterolemia DNA Array (Lipochip,
comercializado)
Human Blood genotyping DNA Array (Bloodchip)
Inflammatory Bowel Disease DNA Array (IBDchip)
Arrays de anlisis de la expresin gnica:
Human Blood Neoplasias Classification Array (hematochip)
Rat Genome 5K Microarray
Pseudomonas putida Genome Array
Pseudomonas aeruginosa Genome Array
Medplant Small Cell Lung Cancer Chemotherapy Resistance microarray
(en fase de validacin clnica)
I+D
Identificacin y validacin de genes y protenas relacionadas con

enfermedades psiquitricas, neurolgicas y cncer
Acuerdos y
colaboraciones cientficas
Owl Genomics
Contacto
Direccin: Parque Tecnolgico de Zamudio, Edificio 801 -A- 48160 Derio

Web: http://www.progenika.com
74
Sistemas Genmicos, S.L.

rea de aplicacin
Salud humana y agroalimentacin
Misin
En el rea de la Biomedicina, crear y proveer a la sociedad de mtodos de

diagnstico que mejoren la salud y la calidad de vida. En el rea de la
Agroalimentacin, satisfacer aquellas necesidades analticas de las empresas
del sector que nicamente pueden cubrirse mediante el anlisis de ADN de
los alimentos
con microarrays
Aplicaciones en el desarrollo de chips de ADN
I+D
Prediccin de Riesgo: Diagnstico Molecular

Medicina personalizada: Farmacogenmica
Contacto
Direccin: Parque Tecnolgico de Valencia, Avda. Benjamn Franklin, 12,

46980 Paterna (Valencia)
Web: http://www.sistemasgenomicos.com
75
Anexo III. Empresas espaolas que desarrollan productos

de bioinformtica aplicados a microarrays
Bioalma, S.L.
rea de aplicacin
Salud humana
Misin
Bioinformtica
con identificacin y
validacin de dianas
Consultora, formacin y desarrollo de software aplicado a los microarrays

de ADN
I+D
Bioinformtica aplicada a microarrays de ADN

Sistemas de extraccin de informacin
Acuerdos y
colaboraciones
cientficas
CNIO, Genetrix
Contacto
Direccin: Centro Empresarial Euronova, Ronda de Poniente, 4 2 planta,

Unidad C-D, 28760 Tres Cantos, Madrid
Web: http://www.almabioinfo.com
Ebiointel, S.L.
rea de aplicacin
Salud humana
Misin
Desarrollo de plataformas bioinformticas para el anlisis de secuencias, de

la diversidad gentica y de datos gnomicos en general, con el objetivo de
simplificar y acelerar la investigacin biomdica.
con identificacin y
validacin de dianas
EbioSNP: plataforma para la representacin y anlisis de la diversidad

gentica
Servicio de anlisis experto en los siguientes campos: asociacin de factores
genticos y rasgos fenotpicos, bsqueda de dianas farmacolgicas, anlisis
epidemiolgicos y filogenticos
I+D
Diseo de plataformas bioinformticas
Acuerdos y
colaboraciones
cientficas
Noray Bioinformatics
Contacto
Direccin: Edifici M - Campus de la UAB, Vivero de Empresas de

Biotecnologia y Biomedicina (VE3B), 08193, Bellaterra, Barcelona
Web: http://www.ebiointel.com
76
Integromics, S.L.
rea de aplicacin
Salud humana
Misin
Proporcionar soluciones tecnolgicas que faciliten la adquisicin, manejo,

procesamiento y anlisis de grandes volmenes de datos en la era postgenmica
con identificacin y
validacin de dianas
ArrayHub (gestin de datos de anlisis de la expresin gnica)

Formacin en bioinformtica
Acuerdos y
colaboraciones
cientficas
Applied Biosystems, Spotfire
Contacto
Direccin: Parque Cientfico de Madrid, Ciudad Universitaria Cantoblanco,

C/ Einstein n 13, Pabelln C, 1 planta. 28049 Madrid
Web: http://www.integromics.com
Noray Bioinformatics, S.L.

rea de aplicacin
Salud humana
Misin
Diseo, desarrollo e implantacin de software a medida, con el objeto de

servir como soporte al sector de la biotecnologa en tecnologas de la
informacin
con identificacin y
validacin de dianas
Genmica funcional: software para el anlisis correlacional de datos clnicopatolgicos con datos genmicos en estudios de cncer (BITIATM)
Servicios: consultora bioinformtica, herramientas de gestin y explotacin
de resultados de laboratorio, proyectos de outsourcing en bioinformtica.
I+D
Bioinformtica
Acuerdos y
colaboraciones cientficas
Azeretia, H.U. La Paz, Dominion Pharmakine, Advancell, Owl Genomics,

Aethia Universidad de Barcelona, Biolex, Judo, PharmaDatum, eBiointel.
Contacto
Direccin: Parque Tecnolgico, 801 A, 48160 Derio, Bizkaia

Web: http://www.noraybio.com
77
ANEXO IV. Proyectos de investigacin espaoles relacionados

con tecnologas de microarrays
PROYECTOS DE INVESTIGACIN ESPAOLES RELACIONADOS CON TECNOLOGAS
DE MICROARRAYS
Centros de investigacin pertenecientes al CSIC
Centro
Centro de
Investigaciones
Biolgicas, CIB
(CSIC)
Departamento
Ttulo del proyecto
Duracin
Financiacin
Genmica funcional para la

resolucin de problemas
medioambientales y biotecnolgicos
2002-2005
MCyT
Centro de Biologa Molecular Severo

Ochoa, CBM (UAM-CSIC)
Anlisis bioinformtico de
microarrays para la deteccin de
rutas determinantes de la malignidad
asociada a mutaciones del receptor
de andrgenos en cncer de prstata
2001-2003
MCyT
Instituto de
Ciencias de los
Materiales de
Madrid, ICMM
(CSIC)
Inmovilizacin de anticuerpos y
oligonucletidos en partculas
magnticas para el diseo de
sistemas de deteccin precoz de
marcadores tumorales
2000-2003
MCyT
Desarrollo de un microarray de ADN

basado en transporte e
inmovilizacin por campo elctrico
2001
MCyT
Microbiologa
Molecular
Materiales
Particulados
A core DNA microarray facility

serving the fudged integrated project
Inmunologa y
Oncologa
Desarrollo de un microarray de ADN

basado en transporte e
inmovilizacin por campo elctrico
2001-2004
CICYT
Instalacin de microarrays de cDNA

al servicio del proyecto integrado
FUGEDAD
2002-2005
MCyT
Biotecnologa
Microbiana
Modelos de evolucin de la resistencia

a los antibiticos. Protemica y
genmica de Pseudomonas aeruginosa
2001-2004
MCyT
Biologa
Molecular y
Celular
Genmica funcional para la

resolucin de problemas
medioambientales y de salud
2002-2005
MCyT
Anlisis de la conexin entre la

regulacin global del metabolismo, la
resistencia de los antibiticos y la
virulencia de Pseudomonas utilizando
microarrays de ADN
2005
CAM
Anlisis
Estructural y
Qumica
Ambiental
Diseo y construccin de micro-chips

para anlisis rpido y sensible de
protenas marcadoras de tumores
cerebrales
2003-2006
MCyT
Centro Nacional
de Biotecnologa,
CNB (CSIC)
Instituto de
Qumica Orgnica
General, IQOG
(CSIC)
78
MCyT
Centros de investigacin pertenecientes al CSIC (Continuacin)

Centro
Instituto de
Catlisis y
Petroleoqumica,
ICP (CSIC)
Departamento
Biocatlisis
Laboratorio de
Biologa
Molecular y
Celular del
Cncer
Instituto de
Investigaciones
Biomdicas
Alberto Sols,
IIB (UAM-CSIC)
Laboratorio de
Regulacin de la
Expresin Gnica
Laboratorio de
Endocrinologa
Molecular
Ttulo del proyecto
Duracin
Financiacin
Desarrollo de una plataforma

tecnolgica de farmacogenmica
funcional basada en DNA microarrays
2001-2001
MCyT
Diseo de un microchip de cDNA

para la deteccin de resistencia a la
quimioterapia en pacientes con
cncer de pulmn
2001
MCyT
Estudio de los factores moleculares

predictivos de respuesta al
tratamiento de cncer no microctico
de pulmn (NSCLC) mediante
anlisis del transcriptoma a travs de
microarrays
2002-2004
FIS
Aplicacin de la tecnologa de los

microarrays de cDNA para analizar la
expresin diferencial de genes entre
mujeres afectadas de sndrome de
ovario poliqustico y normales
2002-2004
CAM
Estudio del perfil de expresin gnica

mltiple en tumores de Ewing como
base para la bsqueda de nuevos
marcadores y dianas teraputicas
2001-2003
MCyT
Desarrollo de un microarray
especfico para la identificacin de
alteraciones genticas con valor
diagnstico y pronstico en tumores
slidos infantiles
2003
MCyT
Gentica molecular del retinoblastoma:

nuevas metodologas para deteccin
de portadores, relaciones
fenotipo/genotipo en pacientes de baja
penetrancia y clasificacin molecular
de los tumores con tcnicas de
expresin en matrices de ADN
2005
Comunidad
Autnoma de
Madrid
Estudio genmico mediante arrays de

oligonucletidos de un modelo humano
de resistencia insulnica: Sndrome de
ovario poliqustico y obesidad
2003-2004
CAM
Aplicacin de la tecnologa de los

microarrays de cDNA para analizar la
expresin diferencial de genes entre
mujeres afectadas de sndrome de
ovario poliqustico y normales
2002-2003
CAM
Implementacin y aplicacin de una

tcnica de cDNA microarrays para
el estudio simultneo de la expresin
de miles de genes
2000-2002
MCyT
79

Centro
Instituto de
Investigaciones
Biomdicas
Alberto Sols,
IIB (UAM-CSIC)
Instituto de
Microelectrnica
de Madrid, IMM
(CNM-CSIC)
Centro de
Investigacin del
Cncer (USALCSIC)
Departamento
80
Duracin
Financiacin
Implementacin y aplicacin de una

tcnica de cDNA microarrays para
el estudio simultneo de la expresin
de miles de genes
2002
PN
Desarrollo de nanobiochips de ADN

con tecnologa micro/nanoelectrnica
2002
MCyT
Integrated Opto-Nanomechanical
biosensor for functional genomic
analysis (OPTONANOGEN)
2002-2005
UE
The application of functional genomic

and proteomic technologies to the
study of development and dissease
2002-2005
MCyT
Prototipo de un nanobiodispositivo
para la deteccin de alteraciones en
genes humanos (NANOBIOGEN)
2002-2003
MCyT
Microsistema Biosensor Optonanomecnico para anlisis en

genmica funcional
2003-2006
MCyT
Investigacin
bsica
Anlisis de alteraciones moleculares

de los activadores de Ras en tumores
usando la tecnologa convencional de
RT-PCR y ampliada con la tecnologa
de los chips microarrays
2001
MCyT
Bioinformtica y
genmica
funcional
Anlisis estadstico y biolgico por

mtodos informticos de resultados
de chips genmicos de hemopatas
malignas
2003-2005
FIS
Investigacin
aplicada
Perfil genmico y de expresin

gnica en gliomas humanos. Relacin
con las caractersticas
histopatolgicas y el pronstico
2002-2005
FIS
Utilizacin de la tcnica de arrays

para determinar perfiles de expresin
relativa de molculas efectoras de la
lesin intestinal en la enfermedad
celaca
2004-2005
ACM
Anlisis gentico de cuasiespecies

virales mediante chips de DNA para
la planificacin de tratamientos
antivirales (Proyecto VIROCHIP)
2002-2005
MCyT
Deteccin de genomas minoritarios en

cuasiespecies. Aplicacin al desarrollo
de un nuevo mtodo de diagnstico de
virus patgenos basado en memoria
molecular
2001-2003
CAM
Laboratorio de
Endocrinologa
Molecular
Dispositivos,
Sensores y
Biosensores
Instituto de Biologa y Gentica

Molecular, IBGM (CSIC-Universidad de
Valladolid)
Centro de
Astrobiologa,
CAB (CSIC-INTA)
Ttulo del proyecto
Laboratorio de
Evolucin
Molecular

Centro
Departamento
Laboratorio de
Evolucin
Molecular (cont.)
Centro de
Astrobiologa,
CAB (CSIC-INTA)
Instituto de
Biomedicina de
Valencia, IBV
(CSIC)
Laboratorio de
Ecologa
Molecular
Unidad de
Gentica
Molecular
Ttulo del proyecto
Duracin
Financiacin
Hacia un nuevo tipo de biosensor

basado en el uso de cidos nucleicos
peptdicos (PNAs) y nanopartculas
magnticas
2004-2005
CSIC
Microarrays de ADN para estudios de

biodiversidad
2003-2005
FIS
Desarrollo de tecnologas basadas en

microarrays para la deteccin de
biomarcadores de inters
astrobiolgico y medioambiental
2004-2006
MCyT
Identificacin de genes relacionados

con el sndrome de Parkinson
2002-2005
MCyT
Universidades
Centro
Departamento
Ttulo del proyecto
Lab. Investigacin
Metablica, Lab.
Biotecnologa,
Dpto. Ciruga,
Dpto.
Endocrinologa.
Clnica
Universitaria de
Navarra
Estudio del patrn diferencial de

expresin gnica en tejido adiposo
de pacientes obesos e individuos con
normopeso mediante la tcnica de
microarrays
2001-2002
Gobierno de
Navarra
Fisiologa y
nutricin
Susceptibilidad o resistencia al
desarrollo de obesidad inducida por
la grasa de la dieta en humanos:
identificacin de genes de tejido
adiposo implicados mediante
tecnologa de microarray
2002-2004
Gobierno de
Navarra
Centro de
Investigacin
Mdica Aplicada,
Universidad de
Navarra
Grupo de
Farmacogenmica
del Cncer
Farmacogenmica en cncer de colon

metastsico mediante tecnologa
microarray
2004-2007
Fundacin de
Investigacin
Mdica Mutua
Madrilea
Automovilista
Universidade
da Corua
Bioloxa Celular e
Molecular
Sistema de determinacin de niveles

de expresin gnica por microarray
Anatoma
Patolgica
Estudio de microarrays de cDNA para la

identificacin de genes de expresin
diferenciada como potenciales
marcadores de riesgo de transformacin
maligna en clulas bronquiales
2002
FIS
Biologa
Molecular y
Bioqumica I
Accin antitumoral de los

cannabinoides: anlisis de la
expresin gnica en gliomas
mediante arrays de DNA
2005
CAM
Universidad de
Navarra
Universidad
Complutense de
Madrid
Duracin
Financiacin
81
Universidades (Continuacin)
Centro
Departamento
Ttulo del proyecto
Duracin
Financiacin
Instituto
Universitario de
Oncologa
Anlisis del Fracaso Primario y del

rechazo usando chips de ADN en
injertos de islotes
2004-2006
FIS
Facultad de
Medicina
Valor pronstico de variables

biolgicas definidas mediante tissue
microarrays (TMA) en cncer de
prstata. Influencia del tratamiento
hormonal sobre el perfil de expresin
2002
FIS
Estudio, mediante microarrays, de la

inhibicin de la maduracin de las
clulas presentadoras de antgenos
como mecanismo de induccin de
tolerancia inmunolgica postrasplante
2005
Junta de Castilla
y Len
Universidad de
Valladolid
Bioqumica,
Biologa Molecular
y Fisiologa
Analisis de la respuesta a hipoxia de

las clulas quimiorreceptoras del
cuerpo carotideo de raton mediante
microarrays de oligonucleotidos
2003-2004
Universidad de
Castilla la
Mancha
Ingeniera
elctrica,
electrnica y
automtica, rea
de Tecnologa
Electrnica
Biochips de ADN con control

electrnico
2003-2004
MCyT
Universitat
Autnoma de
Barcelona
Bioqumica y
Biologa
molecular
Creacin y distribucin de microchips

de la levadura S. cerevisiae
2002
MCyT
Universidad
Politcnica de
Valencia
Grupo de
Sistemas RadioFibra ptica
Sensores biofotnicos: estudio de la

deteccin de ADN usando
dispositivos basados en cristales
fotnicos 2D
2003-2005
Universidad de
Huelva
Ingeniera
Electrnica, de
Sistemas
Informticos y
Automtica
Extraccin de conocimiento de los

microarrays de ADN usando
tecnologa difusa
2003
MEC
Ciencias de la
computacin e
inteligencia
artificial

microarrays de ADN usando
tecnologa difusa
2003-2006
MCyT
Ciencias
Computacionales
Procesos de regulacin gentica

sobre microarrays usando extraccin
de conocimiento
2004
PN
Universidad de
Oviedo
Universidad de
Salamanca
Universidad de
Granada
82
Universidades (Continuacin)
Centro
Universidad de
Sevilla
Universidad de
Las Palmas de
Gran Canaria
Departamento
Duracin
Financiacin
Grupo de
Expresin Gnica
en Eucariontes
Nuevas tcnicas de genmica

funcional: anlisis mediante DNAarrays de potenciales genes blanco
de los immunosupresores en clulas
linfoides y granulocticas
2003-2005
FIS
Grupo de
Tecnologa
Electrnica
Sistema de produccin masiva de

biochips matriciales (microarrays)
ultradensos
2001-2004
MCyT
Ciencias Clnicas
Identificacin de perfiles de
expresin gnica
hormonodependientes: aplicacin de
biochips al estudio de los
mecanismos moleculares de la
hormona de crecimiento humana
2002-2003
Pharmacia
Spain S.A.
Microbiologa y
Parasitologa
Deteccin de genes de virulencia de

Escherichia coli patgenos para seres
humanos y animales por nuevas
tecnologas de biologa molecular: PCR
clsica, PCR cuantitativa en tiempo
real y chips de DNA/RNA microarrays
2002
Plan Gallego de
Investigacin y
Desarrollo
Tecnolgico
(2002-2005)
Desenvolvemento dun mtodo de

deteccin de mutacins en xenoma
mitocondrial mediante arrays de
oligonucletidos e anlises de
fluorescencia
2002-2005
Xunta de Galicia
Desarrollo de Microarrays de ADN

para diagnstico de paternidad
mediante el anlisis de SNPs
2001-2003
PN
Anlisis de bajo nmero de copias

ADN en problemas forenses usando
polimorfismos nucleotdos simples y
miocroarrays de ADN
2003-2005
PN
Gentica
Microarrays y anlisis computacional

de genes del desarrollo y la
regeneracin en Drosophila
2002-2004
MCyT
Divisin de
Ciencias
Experimentales
Funcion de las proteinas asociadas al

nucleoide h-ns y hha en la regulacion
de la expresion genica global en
salmonella. Estudio por dna array
2001-2007
DGI
Universidad de
Santiago de
Compostela
Instituto de
Medicina Legal
Universidad de
Barcelona
Ttulo del proyecto
83
Hospitales
Centro
Departamento
Ttulo del proyecto
Red temtica de
investigacin
cooperativa
Estudio gentico,
metablico,
clnico,
teraputico y
epidemiolgico de
las hiperlipemias
hereditarias
genticas en
Espaa
Patrn de expresin gnica mediante

microarrays en las hiperlipemias
genticas
2003-2005
FIS
Grupo de
Investigacin en
Endocrinologa
Molecular
Identificacin de marcadores
tumorales del adenocarcinoma
endometrial a partir de un panel de
297 secuencias diferencialmente
expresadas aisladas por hibridacin
de microarrays
2002
FIS
Hormonodepend
encia y tumores
slidos
Identificacin de marcadores tumorales

del adenocarcinoma endometrial a
partir de un panel de 297 secuencias
diferencialmente expresadas halladas
por hibridacin de microarrays
2003-2005
FIS
Anatoma
Patolgica
Perfiles de expresin
inmunohistoqumica y de amplificacin
gentica en cncer de endometrio
estudiados mediante matrices de
tejidos (tissue microarrays)
2003-2005
FIS
Hospital
Universitario La
Paz (UAM)
Oncologa
Peditrica
Identificacin de marcadores
moleculares de diagnstico y
pronstico en sarcomas de Ewing
mediante el empleo de microarrays
2004-2005
Investigacin en
Oncologa
Peditrica
Fundacin
Enriqueta
Villavecchia
Hospital
Universitario de
La Princesa (UAM)
Anatoma
Patolgica
Diferenciacin celular en linfomas B

de clula pequea. Anlisis de
expresin con microarrays de cDNA
2000-2003
CAM
Oncologa Mdica
Estudio farmacogenmico mediante

microarrays y tcnicas de Biologa
Molecular Clsica de resistencia a
quimioterapia en pacientes con cncer
colorectal metastsico tratados en
primera lnea con una combinacin de
oxaliplatino y una fluopirimidina
2003-2005
Gobierno Vasco
Hospital Clnic Barcelona
Expresin gnica del componente

infiltrante de los gliomas: investigacin
de nuevos marcadores y dianas
2004-2006
AECC
Hospital Doce de
Octubre
Anlisis del valor pronstico y

predictivo del perfil de expresin
gnica tumoral, mediante arrays de
oligonucletidos, en la evolucin de
los pacientes con cncer de pulmn
Hospital Ramn
y Cajal
Hospital Vall
d'Hebron
(Universitat
Autnoma de
Barcelona)
Hospital
Materno-Infantil
de Las Palmas de
Gran Canaria
Hospital Las
Cruces - Centro
Vasco de
Investigacin en
Cncer, CVIC
84
Servicio de
Oncologa
Duracin
Financiacin
FIFO
Otros centros de investigacin

Centro
Departamento
Ttulo del proyecto
Duracin
Financiacin
Laboratorio de
Microarrays
Estudio genmico funcional del gen

LRRN6A en la diferenciacin neuronal.
Optimizacin de metodologas
experimentales y bioinformticas para
la aplicacin de los microarrays a
estudios de expresin
2004
MCyT
Funcin del gen neuronal lern1.

Optimizacin de microarrays para
deteccin de aneuploidas en
poblaciones celulares heterogneas
2003
MCyT
Accin especial de ayudas para el

fomento de tecnologas microarrays
de DNA para el anlisis de expresin
gnica
Fundacin
Genoma EspaaAgilent
Ciencias Clnicas
Aplicacin de la tecnologa de biochips

al estudio de los mecanismos
moleculares de la hormona de
crecimiento - Identificacin de perfiles
de expresin gnica inducidos por
hormonas
2003
Fundacin
Universitaria de
Las Palmas
Institut de Biotecnologia i Biomedicina

"Vicent Villar Palasi"
Tecnologia de microarrays aplicada a

l'anlisi genmic de tumors de bufeta i
a la validaci de marcadors tumorals
2002-2005
Institut de
Biotecnologia i
de Biomedicina
(IIB-UAB)
Lnea de investigacin: citogentica

molecular de tumors slids:
Hibridaci Genmica Comparada en
microarrays de DNA.
Aplicacin de la CGH array para la

deteccin de reordenamientos
genmicos responsables de retraso
mental de causa desconocida
2004
MCyT
Genmica funcional del ratn:

biochips y modelos genticos en
cncer
2002-2005
MCyT
Genmica funcional del ratn:

biochips y modelos genticos
2002-2005
Fundacin
Ramn Areces
Diseo de una estirpe de ratn por

reemplazamiento gnico necesaria
para la generacin de mutantes
condicionales: un til de uso
universal para el desarrollo de la
genmica funcional
2001-2004
MCyT
Centro de
Regulacin
Genmica, Parc
de Recerca
Biomdica de
Barcelona
Instituto Canario
contra el Cncer,
ICIC
Unitat de
Citogentica
Fundacin para la Investigacin Hospital

Universitario la Fe
Centro Nacional
de
Investigaciones
Oncolgicas,
CNIO
Programa de
Oncologa
molecular
85
Otros centros de investigacin (Continuacin)

Centro
Centro Nacional
de
Investigaciones
Oncolgicas,
CNIO
Departamento
Programa de
Patologa
molecular
Programa de
Biotecnologa
86
Ttulo del proyecto
Duracin
Financiacin
Identificacin de nuevas dianas de

inactivacin epigentica (metilacin
aberrante del DNA y alteraciones de
la cromatina) en cncer humano
usando microarrays y otras tcnicas
genmicas
2002-2004
FIS
Perfil de expresin gnica en

linfomas no Hodgkin a partir de un
biochip de 400 cDNA procedentes de
genes relacionados con el proceso
tumoral
2001
CAM
Diferenciacin celular en linfomas B

de clula pequea. Anlisis de
expresin con microarrays de cDNA
2002-2004
CAM
Patrones de expresin gentica en

cncer de endometrio: estudio
mediante micro-arrays de cDNA
2002-2004
FIS
Aproximacin multidisciplinaria al
cncer de mama hereditario no
asociado a mutaciones en los genes
BRCAs. Desarrollo de un biochip de
expresin de cDNAs
2002-2004
MCyT

microarrays de ADN usando mtodos
estadsticos
2003-2006
MCyT
Estudio mediante arrays de cDNA de

los genes implicados en la
sensibilidad y resistencia a paclitaxel
en cncer de mama y ovario
2002-2004
MCyT
Aplicacin de nuevas tecnologas al

estudio del linfoma de Hodgkin: tissue
arrays (matrices de multitejidos),
microdiseccin y anlisis de expresin
con microarrays de cDNA
2002-2004
FIS
Perfiles de expresin
inmunohistoqumica y de amplificacin
gentica en cncer de endometrio
estudiados mediante matrices de
tejidos (tissue microarrays)
2003-2005
FIS
Diseo y fabricacin de un biochip de

expresin para la prediccin de la
respuesta a gemtabicina en pacientes
con cncer de mama: GEMZACHIP
2004-2007
MCyT
Cncer colorrectal: estudio

protemico de expresin diferencial
mediante microarrays de protenas
encaminado a mejorar la deteccin
precoz y el diagnstico molecular
2005
CAM

Centro
Departamento
Programa de
Biotecnologa
Centro Nacional
de
Investigaciones
Oncolgicas,
CNIO
Programa de
Gentica del
Cncer Humano
Ttulo del proyecto
Duracin
Financiacin
Diseo y fabricacin de un biochip de

DNA de baja complejidad para la
evaluacin pronstica del cncer de
mama
2003
MCyT
Desarrollo de metodologas de matrices

de DNA en soportes interactivos (CDROM) para anlisis de polimorfismos y
expresin gnica (CD-DNA)
2001-2003
MCyT
Genomic approaches to microarray

data analysis
2003
European
Science
Foundation
Desarrollo de nuevos mtodos de

seleccin de genes y construccin de
predictores para el pronstico de
parmetros clnicos usando
microarrays de ADN
2005
CAM
Desarrollo de los modelos estadsticos

para el anlisis conjunto de arrays de
CGH y de expresin gnica para el
estudio de neoplasias humanas
Mutua Madrilea
Automovilista
Marcadores genticos del mal

pronstico en leucemias mieloides
agudas y mielodisplasias: anlisis
por citogentica molecular y perfiles
de expresin con cDNA arrays
2002-2004
MCyT
Diseo y produccin de biochips de

ADN (CGH-arrays) con cobertura
completa de los genomas humano y
de ratn
2005
CAM
Caracterizacin mediante CGH-arrays

de reordenamientos genmicos de
cambios de dosis gnica en procesos
neoplsicos
2005-2007
FIS
Bsqueda de genes implicados en

patognesis de
Feocromocitomas/Paragangliomas, y
de marcadores asociados a curso
clnico usando 3 aproximaciones: cDNA
arrays, CGH e inmunohistoqumica
sobre arrays de tejido
2005-2007
FIS
Caracterizacin molecular e
inmunohistoqumica mediante matrices
de tejido, y bsqueda de alelos de baja
penetrancia en el cncer colorrectal no
polipsico familiar
2005-2008
FIS
Caracterizacin de la heterogeneidad
molecular de los linfomas T humanos
mediante microarrays: implicacin de
la ruta de activacin de NFKB
2005
CAM
87

Centro
Instituto de
Salud Carlos III
Departamento
Ttulo del proyecto
Bioinformtica y
salud pblica
Sistemas de Identificacin Rpida de

Agentes Biolgicos Agresivos
SIRABAD
Duracin
2003-2005
Financiacin
Ministerio de
Defensa
Empresas
Centro
Ttulo del proyecto
Duracin
Financiacin
Anlisis gentico de cuasiespecies virales mediante chips

de ADN para la planificacin de tratamientos antivirales
2003
PROFIT
Desarrollo de un microarray especfico para la

identificacin de alteraciones genticas con valor
diagnstico y pronstico en tumores slidos infantiles
2003
PROFIT
Desarrollo de sistemas de diagnstico molecular basados

en microarrays de baja densidad
2003
PROFIT
Diseo de un microchip de ADNc para la deteccin de

resistencia a la quimioterapia en pacientes con cncer de
pulmn
2003
PROFIT
Proyecto linfo-chip: desarrollo de un ADN-chip para el

diagnstico diferencial de neoplasias hematolgicas
2003
PROFIT
Proyecto Iberoeka Medchip - desarrollo de sistemas de

diagnstico precoz e identificacin de dianas teraputicas,
mediante tecnologa ADN-chip
2003
PROFIT
Neocodex, S.L.
Desarrollo de SNPs y Biochips aplicables al diagnstico

molecular de la esterilidad humana
2003
PROFIT
Bioalma
Desarrollo e implementacin de sistemas de clasificacin

de muestras para datos de microarrays de expresin
gnica o de tejidos
2003
PROFIT
Genetrix, S.L.
Genmica, S.A.
Medplant
genetics, S.L.
Tabla 11. Proyectos de investigacin espaoles relacionados con tecnologas de microarrays

Fuente: Elaboracin propia
Acrnimos:
PN, Plan Nacional; FIS, Fondo de Investigaciones Sanitarias; MCyT, Ministerio de Ciencia y Tecnologa;
CAM, Comunidad de Madrid; DGESI, MEyC, Ministerio de Educacin y Cultura; FRA, fundacin Ramn Areces;
CICYT, Comisin Interministerial de Ciencia y Tecnologa; UAB, Universidad Autnoma de Barcelona; UE, Unin europea;
PGI y DT, Plan Gallego de Investigacin y Desarrollo Tecnolgico; DGES, Direccin General de Enseanza Superior;
FCRG, Fundacin Centro de Regulacin Genmic; NIH, National Institutes of Health, USA; NIH/ NHLBI, National Institutes
of Health, National Heart, Lung, and Blood Institute (NHLBI); CSIC, Consejo Superior de Investigaciones Cientficas;
Asociacin Espaola Contra El Cncer (AECC); Fundacin para la Investigacin y Formacin en Oncologa (FIFO).
88
ANEXO V. Patentes recientes en Microarrays
Patentes recientes en Microarrays

N de Patente
Ttulo
Solicitante
Fecha de
Publicacin
WO2005018796
Microarray support for bioprobe synthesis
PamGene
(Hertogenbosch,
Pases Bajos)
03/03/2005
US20050048580
Nucleic-acid programmable protein arrays
Harvard Collage
(Cambridge, MA,
USA)
03/03/2005
US20050048554
Method of making and using hybrid polymeric thin films for

bio-microarray applications
Zhou J; Zhou X
03/03/2005
US20050046758
Method of transcribing biomolecular patterns, method of

manufacturing chip boards, and method of manufacturing
biochips
Omron KK
(Tokyo); Aoyama
S; Matsushita T;
Nisjikawa T;
Norioka S; Tsuda
Y; Wazawa T
03/03/2005
US20050048648
Compositions & methods for reformulating biological

membranes for arrays
Fang Y; Ferrie
AM
03/03/2005
US20050048531
Methods for genetic analysis
Affymetrix
(Santa Clara,
CA, USA)
03/03/2005
Novel dendrimer compound, a biochip using the same and

a fabricating method thereof
Pohang Iron and

Steel Co.;
Pohang
University of
Science and
Technology
Foundation
(Pohang, Korea)
24/02/2005
US20050042363
Method for fabrication of biochips with a macroporous

polymer substrate
Chernov BK;
Gemmell MA;
Golovaj B;
Kukhtin AV;
Yershov GM
24/02/2005
WO2005014852
Microarrays of immobilized biomolecules, production

thereof, and use thereof
SusTech GmbH
& Co.
(Darmstadt,
Germany)
17/02/2005
KR2004094982
A method for highly concentrating a target material in a

sample using a scanning probe microscope to manufacture
a highly integrated nano-bioarray
Sogang
University
(Seoul, Korea)
12/11/2005
WO2005016869
Tabla 12: Patentes recientes en Microarrays.

Fuente: Recent patent applications in microarrays. Patents. (2005). Nature Biotechnology 23:550.
89
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(3):285-289.
Joost, T.; Bachmann, J. (2003). Protein
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91
Orense, 69, planta 2

28020 Madrid
Telfono: 91 449 12 50
Fax: 91 571 54 89
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Aplicaciones de

los Microarrays y Biochips

APLICACIONES DE LOS MICROARRAYS

El presente informe de Vigilancia Tecnolgica ha sido

Genoma Espaa y la Fundacin General de la Universidad

Dr. Carlos Briones (CSIC-CAB-INTA)

La reproduccin parcial de este informe est autorizada

Genoma Espaa no se hace responsable del uso que se

Copyright: Fundacin Espaola para el Desarrollo

Autores: Marta Lpez (CIBT)

APLICACIONES DE LOS MICROARRAYS Y BIOCHIPS EN SALUD HUMANA

OBJETIVOS DEL INFORME

2.1. Diseo de un microarray de ADN

7. APLICACIONES DE LOS MICROARRAYS EN SALUD HUMANA

Identificacin de dianas teraputicas

8. BARRERAS EXISTENTES PARA LA IMPLANTACIN DE LOS MICROARRAYS

9. PERSPECTIVAS DE MERCADO DE LOS MICROARRAYS Y BIOCHIPS

10. SITUACIN DE LA INVESTIGACIN Y DESARROLLO EN ESPAA

ANEXO I. Principales aplicaciones de los microarrays disponibles comercialmente

APLICACIONES DE LOS MICROARRAYS Y BIOCHIPS EN SALUD HUMANA

A pesar de que los microarrays de ADN se han

analizar la cantidad de informacin procedente de los

convertido en una herramienta esencial para el

grandes proyectos de secuenciacin de genomas1,2.

anlisis de expresin gnica y la secuenciacin del

Estas herramientas de estudio de la informacin

ADN, la informacin que arrojan stos no es

gentica vienen emplendose en dos aplicaciones

suficiente para comprender los procesos

fundamentales, la secuenciacin o genotipado del

relacionados con los efectores ltimos de una

ADN y el anlisis de la expresin gnica.

multitud de mecanismos celulares: las protenas.

La determinacin de la variacin en las secuencias

travs del ARNm traducido no suministra una

de ADN humano mediante microarrays permite

informacin precisa sobre las protenas

entre otras cosas identificar la huella gentica de

sintetizadas correctamente ni sobre su

la predisposicin a padecer diferentes

enfermedades. Por otro lado, el empleo de

Los microarrays de protenas permiten la

gnica est permitiendo la identificacin y

deteccin, caracterizacin y cuantificacin de las

validacin de manera mucho ms rpida de genes

protenas as como el estudio de su funcin y sus

como potenciales dianas teraputicas. Los

interacciones tanto entre diferentes protenas

patrones o perfiles de expresin gnica se pueden

como con otras molculas como ADN o lpidos. Es

estudiar desde dos puntos de vista: mediante el

por ello que los microarrays de protenas son una

anlisis de la expresin especfica de los genes en

herramienta fundamental de la Protemica y

los tejidos, o bien a travs del estudio en las

poseen un enorme potencial en cuanto a su

alteraciones del nivel de expresin en una

aplicacin en diagnstico molecular o desarrollo

determinada situacin fisiolgica o patolgica con

el objetivo de identificar los genes implicados.

sus interacciones con protenas juega un papel

la secuenciacin del ADN junto con la informacin

destacable en biologa celular y medicina, ya que

obtenida del estudio de perfiles de expresin