CMO DETERMINAR LA CARGA ELCTRICA DE UN PPTIDO O PROTENA?

Dr. Pablo G. Damin Matsumura

 La carga neta de un pptido o una protena es la suma de las cargas de los grupos laterales ionizables, ms la carga de sus extremos amino (N) y carboxilo (C). Pasos:
1. Identificar los posibles grupos laterales ionizables (aquellos que presentan 3 pKs), incluyendo los extremos N y C. 2. Determinar la carga del grupo lateral al pH indicado. 3. Sumar las cargas.

N-Cys-Asp-Pro-Thr-Leu-Lys-Gln-Arg-C pH 4.0

N-Cys-Asp-Pro-Thr-Leu-Lys-Gln-Arg-C pH 4.0
Qu carga elctrica tiene el grupo lateral de la cistena (-SH) a pH 4.0?

N-Cys-Asp-Pro-Thr-Leu-Lys-Gln-Arg-C pH4.0
Qu carga elctrica tiene el grupo lateral de la cistena (-SH) a pH 4.0?

El pH al que se desprotona el grupo SH es 8.18. Entre pH 0 y 8.18 est protonado (SIN CARGA) Despus de pH 8.18 est protonado (CARGA NEGATIVA)

N-Cys-Asp-Pro-Thr-Leu-Lys-Gln-Arg-C pH 4.0
A pH 4.0 el grupo lateral de la cistena (-SH) no tiene carga.

NUNCA VA A TENER UNA CARGA POSITIVA.

N-Cys-Asp-Pro-Thr-Leu-Lys-Gln-Arg-C pH4.0
H3N+Qu carga elctrica tiene el grupo N de la cistena (-SH) a pH 4.0?

El pH al que se desprotona el grupo H3N+- de la Cistena es 10.28. A pH 4.0 est protonado, por tanto con CARGA POSITIVA. En general, el grupo N-terminal se toma como pK 9 y el grupo Cterminal pK 3

N-Cys-Asp-Pro-Thr-Leu-Lys-Gln-Arg-C pH 4.0

NO

NO NO

NO NO

NO

CARGA NETA POSITIVA

Cul es la carga del pptido a los siguientes pH?

N - Asp- Gly- Lys- Cys- Arg- Val- His- Leu- Glu- Gln- C

( ( ( ( ( ( (

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) pH 1.0 ) pH 3.0 ) pH 5.0 ) pH 7.0 ) pH 9.0 ) pH 11.0 ) pH 13.0

De qu otra manera se puede determinar?

donde Ni es el nmero de AA, pKai los valores de pKa de los extremos N-terminal y de las cadenas laterales de Arg, Lys e His. El ndice j pertenece al extremo Cterminal, Asp, Glu, Cys y Tyr

Peptide Property Calculators

http://www.genscript.com/sslbin/site2/peptide_calculation.cgi
http://www.innovagen.se/custom-peptidesynthesis/peptide-property-calculator/peptideproperty-calculator.asp

PROBLEMA: SOLAMENTE CALCULAN pH 7.0