Georreferenciación de ocurrencias de organismos

Introducción a mejores prácticas*

Oscar Orrego
Investigador
Equipo Coordinador del Sistema de Información sobre Biodiversidad de Colombia
Instituto Alexander von Humboldt - Entidad Coordinadora

Taller "Provisión de datos colombianos al GBIF en el marco del SIB

Colombia“ Mayo 27-29 de 2008, Pontifica Universidad Javeriana
* Los contenidos de esta presentación se basan en los materiales del III Taller de Georreferenciación de GBIF, Madrid, Mayo
de 2008
 Propósitos de la presentación

• Introducir el tema de la georreferenciación de ocurrencias de organismos

• Dar a conocer lineamientos para el manejo de información geográfica

asociada a ocurrencias de organismos

• Presentar herramientas útiles en los procesos de georreferenciación

• Propiciar el uso de buenas prácticas en los procesos de

georreferenciación

• Ilustrar la importancia de lograr descripciones apropiadas de localidades

asociadas a ocurrencias de organismos
CONTEXTO
 Información
geográfica
Información Geográfica es la información utilizada para distinguir un
lugar de otro
– Qué hace único a cada sitio
– Información donde la ubicación de un fenómeno de interés sea
importante

Tiene 4 componentes
Localización (coordenadas)
Atributos (características de un sitio)
Relaciones (arreglo espacial)
Tiempo (cuándo fue creada)

Adaptado de: Presentación Introductoria de Geomática. Andrés Guhl, CIDER, Universidad de los Andes. 2007
 Tipos de información
geográfica
Puntos: Localización de fenómenos que ocurren solo en un lugar del
paisaje

Líneas: Fenómenos que se encuentran en más de un lugar a lo largo de 1

dimensión

Áreas: Regiones que comparten una misma característica.

Los símbolos y sombreados describen las características de la

información geográfica en el mapa

Adaptado de: Presentación Introductoria de Geomática. Andrés Guhl, CIDER, Universidad de los Andes. 2007
 Localizació
n
Se refiere a la posición de un objeto en un sistema de coordenadas
predefinido.

Latitud y Longitud Coordenadas planas

400000 600000 800000 1000000 1200000 1400000

1600000 1600000

1400000 1400000

N
1200000  1200000

400000 600000 800000 1000000 1200000 1400000

1.000.000 m, 1.200.000 m
32 ° N, 100° W

Adaptado de: Presentación Introductoria de Geomática. Andrés Guhl, CIDER, Universidad de los Andes. 2007
 Sistemas de
coordenadas
Sistemas angulares:
– Diseñados para un objeto tri-dimensional
Como una esfera que representa la superficie de la tierra. Ej.:
Latitud y Longitud

Sistemas rectangulares o planos

– Diseñados para un objeto bi-dimensional
Como una hoja plana de un mapa. Ej.: UTM - GK

Ambos proporcionan guías horizontales y verticales para ubicar

posiciones en un mapa

Adaptado de: Conceptos generales de geo-referenciación y cartografía. Gustavo Iglesias, Sistema de Información sobre
Biodiversidad, Administración de Parques Nacionales – Argentina. 2007
 Tipos de Datum
Geocéntrico: usa el centro de masa de la tierra como orígen (WGS 84,
NAD83)

Locales: alinea su elipsoide lo más próximo a la superficie de la tierra y

en un área en particular (OBSERVATORIO BOGOTÁ, NAD27)

Datum geogéntrico Datum local

Fuente Fig. Arq. Mercedes Frassia
Adaptado de: Conceptos generales de geo-referenciación y cartografía. Gustavo Iglesias, Sistema de Información sobre
Biodiversidad, Administración de Parques Nacionales – Argentina. 2007
 Concepto de
Datum
Cada país trata de que la superficie de su elipsoide coincida con el
geoide

El ajuste se hace determinando el llamado punto fundamental donde se

hace coincidir el geoide con el elipsoide elegido llamado elipsoide de
referencia.

Al conjunto de parámetros que definen ese punto fundamental se lo

llama Datum

Un Datum define entre otras cosas, la posición de origen y la

orientación de las líneas de latitud y longitud del sistema de
coordenadas.

Todos los Datum están basados sobre un elipsoide, los cuales se

aproximan a la forma de la tierra.

Adaptado de: Conceptos generales de geo-referenciación y cartografía. Gustavo Iglesias, Sistema de Información sobre
Biodiversidad, Administración de Parques Nacionales – Argentina. 2007
PREGUNTAS
 Preguntas
¿Qué es una ocurrencia?
El registro de la presencia de un organismo

¿Qué es una evidencia?

El medio a través del cual se logró el registro de la presencia de un
organismo en un lugar y un momento determinados

¿Qué es una georreferencia?

Una descripción numérica de un lugar que puede ser mapeada
Una hipótesis
 Qué tenemos
Especímenes/observaciones con localidades en forma de texto

ID_especie Nombre Localidad

1 Meriania albertiae Antioquia, Municipio Guatape, Vereda Santa Rita, Bosque humedo. ca. 1850 mts.
2 Meriania antioquiensis Antioquia: Medellin, alto de Las Palmas, caminito de penetracion hacia el sur; en
cañadas hondas y humedas. alt. 2500
3 Meriania antioquiensis ANTIOQUIA. Municipio de Caldas, Vereda La Corrala
4 Meriania hernandii comisaria Putumayo: Carretera Sibundoy Mocoa, Cordillera de Portachuelo. Alt. 2200
5 Meriania nobilis CAUCA: Popayan, estribaciones del Purace. CAUCA Alt. 2000-2100m.
6 Meriania peltata Valle: Tulua.
7 Meriania sanguinea Nariño-Putumayo: mun. Santiago, Vereda San Antonio de Bellavista. Par. Boronoilb
8 Meriania splendens Provincia de Popayan, rio Quilcace. Alt. 2000
9 Meriania grandidens Depto del Cesar, Mp La Jagua de Ibirico, Cgt La Victoria de san isidro, Vda Alto de las
Flores. Escuela Nueva de Flores, Subida de la casa de la Finca El paraiso. 1420 m. alt.
10 Meriania hexamera COLOMBIA
11 Meriania huilensis Huila. Rio Villalobos: Region of the confluence of Rios Villalobos and Cauchos.
12 Meriania longifolia Provincia de Mariquita. La Palmilla en el Qundio.

Fuente: Herbario Nacional Colombiano. Búsqueda realizada a través del Sistema de Información sobre Biodiversidad de
Colombia
Qué se necesita
 Preguntas
¿Qué es una georreferencia?
Una descripción numérica de un lugar que puede ser mapeada
Una hipótesis

¿Qué es una georreferencia aceptable?

Una descripción numérica de un lugar que pueda ser mapeada
Y que describa la extensión espacial de una localidad y sus
incertidumbres asociadas

¿Qué es una georreferencia ideal?

Una descripción numérica de un lugar que pueda ser mapeada
Y que describa la extensión espacial de una localidad y sus
incertidumbres asociadas
Tan bien como sea posible
INCERTIDUMBRE
 “Davis, Yolo County, California”

Coordenadas: 38.5463 -121.7425

Datum geodético horizontal: NAD27 “método del punto”

Adaptado de la presentación: Georeferencing:Collaboration to Automation. John Wieczorek. Museum of Vertebrate Zoology.

University of California, Berkeley. 2007
 “Davis, Yolo County, California”

Coordenadas:
38.5486 -121.7542
38.545 -121.7394
Datum geodético horizontal : NAD27 “método de la caja límite”

Adaptado de la presentación: Georeferencing:Collaboration to Automation. John Wieczorek. Museum of Vertebrate Zoology.

University of California, Berkeley. 2007
 “Davis, Yolo County, California”

Coordenadas: 38.5468 -121.7469

Datum geodético horizontal : NAD27
Máxima incertidumbre: 8325 m “método del punto-radio”

Adaptado de la presentación: Georeferencing:Collaboration to Automation. John Wieczorek. Museum of Vertebrate Zoology.

University of California, Berkeley. 2007
 “Davis, Yolo County, California”

“método de la forma”

Adaptado de la presentación: Georeferencing:Collaboration to Automation. John Wieczorek. Museum of Vertebrate Zoology.

University of California, Berkeley. 2007
 Comparación de métodos

+ Fácil de producir
Punto
- No dice acerca de la calidad

+ Consultas espaciales simples

Caja límite
- Dificil para medir la calidad

+ Fácil para medir la calidad

Punto-radio
- Dificil para realizar consultas espaciales

+ Representación completa
Forma
- Complejo
 Darwin Core
“Darwin Core es una especificación de conceptos y estructura de datos
destinada a apoyar la recuperación y la integración de los datos
primarios que documentan la ocurrencia de organismos en espacio y
tiempo y la ocurrencia de los organismos en colecciones biológicas.”

“Darwin Core es un conjunto no ordenado de elementos simples.”

“Darwin Core no es un modelo completo o una estructura de datos para el

manejo de datos primarios, tal como una base de datos de una colección.”

Fuente: Purpose and design goals of the Darwin Core. TDWG.

http://wiki.tdwg.org/twiki/bin/view/DarwinCore/DesignAndPurpose
DARWIN CORE
Extensión Geoespacial de Darwin Core
DecimalLatitude
DecimalLongitude
GeodeticDatum
CoordinateUncertaintyInMeters
PointRadiusSpatialFit
ELEMENTOS
VerbatimCoordinates
VerbatimLatitude
VerbatimLongitude
VerbatimCoordinateSystem
GeoreferenceProtocol
GeoreferenceSources
GeoreferenceVerificationStatus
GeoreferenceRemarks
FootprintWKT
FootprintSpatialFit
Latitud decimal
Longitud decimal
Datum
Incertidumbre
Ajuste al punto-radio
Coordenadas originales
Latitud original
Longitud original
Sistema de coordenadas original
Protocolo de georreferenciación
Fuentes de georreferenciación
Verificación
Observaciones aclaratorias
Perfil de la forma de la localidad
Ajuste al perfil
Extensión Geoespacial de Darwin Core
Latitud decimal
Longitud decimal
Datum Georreferencia propuesta
GRUPOS DE ELEMENTOS

Incertidumbre
Ajuste al punto-radio
Coordenadas originales
Latitud original
Información original
Longitud original
Sistema de coordenadas original
Protocolo de georreferenciación
Fuentes
Fuentes de georreferenciación
Verificación
Verificación
Observaciones aclaratorias
Perfil de la forma de la localidad
Aproximación a la forma
Ajuste al perfil
Campos de una base de datos – Ejemplo de Herpnet
LocalityID Identificador de la localidad
Country País
State Estado/Departamento
Speclocality Localidad específica Descripción *
DeterminationRef Referencia para la georreferenciación Fuentes
Coordinate System Sistema de coordenadas
Coordinate Precision Precisión de las coordenadas
Distance Precision Precisión de distancia
DecLat Latitud decimal Georreferencia
DecLong Longitud decimal propuesta
Datum Datum
MaxErrorDistance Máximo error - distancia
MaxErrorUnits Máximo error - unidades
Extent Extensión
Named Place Lugar con nombre
LatLongRemarks Observaciones aclaratorias de la georreferenciación
Verificación
LocalityAnnotation Anotaciones particulares acerca de la localidad
Información
OrigCoordSystem Sistema de coordenadas original original
NoGeorefBecause
¿Qué es una descripción de una localidad?
Es el texto a mediante el cual es posible ubicar una sitio de ocurrencia de
organismos

Para lograr una buena descripción tenga en cuenta:

• Proporcione una descripción de la localidad aún si tiene las coordinadas del sitio
• Vaya desde lo específico hasta lo general
• Incluya referencias a sitios conocidos (con nombre)
• Incluya unidades administrativas
• Evite ambigüedades que den lugar a la interpretación

Ejemplo
Refugio de Vida Silvestre Nacional Modoc, 2,8 kilómetros al Sur y 1,2 kilómetros al
Este del cruce de las rutas 299 y 395. Alturas, Modoc Co, California.
Lat/Long/Datum: 41,45063 N; 120,50763 O (WGS84)
Elevación: 400 metros Exactitud del GPS: 7 metros Extensión: 50 metros
Referencias: GPS Garmin Etrex Summit para coordenadas y exactitud. Altímetro-
barómetro para la elevación.
HERRAMIENTAS
Herramientas disponibles en línea para
georreferenciar
http://herpnet.org/herpnet/Gazetteer/GeorefEspanol.html
 Base de datos de NIMA
http://earth-info.nga.mil/gns/html/

National Imagery and Mapping Association (Geographic Names Server

(GNS), datos para todo el mundo)

Todos los datos en grados munutos y segundos, con precisión próxima

al minuto

El Datum es WGS84

Es usada como fuente para muchos gaceteros

Ejemplo: Girón, Santander

Demo
 Statoids
http://www.statoids.com

Información de las unidades administrativas de los países (incluye

códigos de país, etc)

No contiene coordenadas, sólo información relacionada con nombres

Se usa con los datos de NIMA, SIG, etc.

Ejemplo: Caldas, Antioquia

Demo
 Maporama

http://world.maporama.com

Se usa para encontrar direcciones alrededor del mundo

Mide la extensión en pantalla

No proporciona el Datum, por lo que es necesario enviar un correo

electrónico a Maporama para obtenerlo

Ejemplo: Calle 12 carrera 3 Yopal, Casanare

Demo
 Falling Rain
http://www.fallingrain.com/world/

Muy bueno para encontrar cualquier localidad, especialmente aquellos

sitios difíciles de encontrar (localidades fuera de Norteamérica)

Usa datos de NIMA

Proporciona las ubición de poblaciones cercanas en millas náuticas

(nm)

Se puede usar la calculadora de georreferenciación para convertir

millas náuticas en kilómetros

Ejemplo: San Bernardo, Córdoba

Demo
 Fuzzy G
http://tomcat-dmaweb1.jcr.it/fuzzy/query

Puede buscar nombres de localidades conocidas, incluso si el nombre

no está correctamente escrito

Tiene cobertura mundial

Usa los datos de NIMA, entonces usa grados, minutos y segundos con
una precisión cercana al minuto

Se pude controlar la cantidad de “difusión”

Ejemplo: Biyeta, Colombia

Ejemplo: Jenerico, Boyacá, Colombia

Demo
 Getty Thesaurus
http://www.getty.edu/research/conducting_research/vocabularies/tgn/

Se usa para encontrar información alternativa, nombres antiguos

Tiene una gran cantidad de información, pero no se usa para

determinar coordenadas

Proporciona nombres recientes para localidades

Usa el Datum WGS 84

Ejemplo: Comisaría del Guaviare, Colombia

Demo
 Biblioteca Digital de Alejandría
http://webclient.alexandria.ucsb.edu/client/gaz/adl/index.jsp

La base de datos más grande para buscar cualquier tipo de atributo

geográfico

Incluye nombres antiguos y alternativos de sitios

Usa los datos de la base de datos de NIMA, entonces está en grados,

minutos y segundos, con el Datum WGS84.

Ejemplo: Apulo, Cundinamarca

Demo
 GeoLocate
http://www.museum.tulane.edu/geolocate/default.aspx

Herramienta de escritorio

Programa para georreferenciar de forma automatizada

Bueno para intersecciones de vías y ríos

Tiene utilidades que serán incorporadas en el nuevo BioGeomancer

para buscar localidades

Demo sólo para Norteamérica y España, por ahora (algunos ensayos

con localidades colombianas han sido exitosos)

Se puede “mover” el punto que da como resultado donde se cree que

debería ser y proporciona las coordenadas de la nueva ubicación

Ejemplo: Potomac River near Bethesda, Maryland

Demo
Calculadora de Georreferenciación de
MaNIS
http://manisnet.org/gci2.html

Ejemplo: 5 km al NE de Apulo, Cundinamarca, Colombia

Apulo

Coordenadas: 04° 31' 18“ N 74° 35' 50" W

Fuente: NIMA

Extensión: 1 km

Precisión: cercana al minuto

Datum: WGS 84

Se requiere calcular el error como medida de la incertidumbre

Actividades principales

1) Desarrollar estándares para datos espaciales de

biodiversidad

2) Integrar datos espaciales relevantes

3) Continuar con el desarrollo de herramientas de

escritorio existentes

4) Crear una plataforma de trabajo para

georreferenciación automatizada, edición y validación
Prototipo de BioGeomancer
 En conclusión

 La información geoespacial proporciona un mayor espectro de uso

potencial a los datos de ocurrencias de organismos

 El nivel de precisión de la información geoespacial depende del propósito

 Existen múltiples iniciativas globales y regionales que permitirían avanzar

más rápidamente en la georreferenciación de ocurrencias

 Es necesario introducir buenas prácticas para el registro de la

información geoespacial asociada a ocurrencias de organismos

 El incremento en la calidad de los datos aumenta las posibilidades de

uso de los mismos