CONCEPTOS BSICOS DE AMINOCIDOS Y PROTENAS

GLORIA BORDA GUERRA HUGO ROJAS S.

DOCTORES EN CIECIAS QUIMICAS

AMINOCIDOS

D-Alanina

Carboxilo

L-Alanina

NH3+

Carbon

20

aminocidos son los constituyentes de las protenas. ptimamente excepto la glicina activos,

-amino y -carboxilo Son Los

a.a. que conforman las proteinas, son L- aminocidos

Centro quiral o asimtrico

Quiral

No Quiral

Imgenes que no se superponen

CLASIFICACION SEGUN SU RADICAL

Grupos reactivos de algunos aminocidos

Indol (Trp)

Imidazol (His) Guanidinio (Arg)

Clasificacin Biolgica de Aminocidos Esenciales: a.a. que un organismo no puede sintetizar. Tienen que ser suministrados con la dieta. treonina, metionina, lisina, valina, triptfano, leucina, isoleucina fenilalanina, arginina e histidina

Histidina: esencial durante el crecimiento, pero no para el adulto. No esenciales: a.a que el organismo puede sintetizar. Origen endogeno. No hacen falta en la dieta.

Glicina, serina, cisteina, prolina, ac. aspartico, ac. glutamico, alanina, hidroxiprolina, tirosina, asparagina.
21

Clasificacin Qumica de Aminocidos

PROPIEDADES CIDO-BASE
-COOH pK1 CIDO -NH2 + H
+

-COO- + H+

pK2 BASE

-NH3+

pK1

pK2

ZWITTERIN
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Ionizacin de aminocidos
COOH R-C-H
aa+ cationico

COOR-C-H
aa+zwitterion

COOR-C-H
aaanionico

NH3+

NH3+

NH2

Punto Isoelctrico
pH en el cual la carga neta (suma de las cargas de los grupos ionizables) del aminocido es 0

pI =

pK COOH + pK NH 2 2

2.4 + 9.9 pI = = 6.2 2

 pH

cido: prevalece la especie con carga + bsico: prevalece la especie con carga un valor de pH para el cul la carga de la especie es cero. (zwitterin)
28

pH

Hay

Punto isoelctrico Histidina

6.0 + 9.3 pI = = 7.7 2

PPTIDOS

Unin de a.a mediante enlaces peptdicos. PM menor a 6000 daltons El enlace peptdico es un enlace covalente y coplanar. Se establece entre el grupo carboxilo (COOH) de un aminocido y el grupo amino (-NH2) del amino-cido continuo. Desprendimiento de una molcula de agua.

Formacin de enlaces Peptdicos

34

Disposicin espacial del pptido

El carcter parcial de doble enlace del enlace peptdico (-C-N-) determina la disposicin espacial de ste en un mismo plano, con distancias y ngulos fijos. Presenta cierta rigidez e inmovilizacin en el plano de los tomos que lo forman.

Figure 3-3a Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)

Clasificacin de pptidos
Oligopptido < 10 a.a.

Dipptido: Tripptido: Tetrapptido: Pentapptido:

Polipptido

2 a.a. 3 a.a. 4 a.a. 5 a.a.

10-100 a.a.

Cada polipptido se escribe de izquierda a derecha, empezando por el extremo N-terminal que posee un grupo amino libre y finalizando por el extremo C-terminal en el que se encuentra un grupo carboxilo libre.
40

Dipptido

NOMENCLATURA
Se nombran desde el extremo Nterminal al C-terminal, usando la terminacin il, excepto para el ltimo a.a. Ej: ser-asp-tyr-lis-ala-cys

Seril-aspartil-tirosil-lisil-alanil-cystena
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PROTENAS

Son polmeros formados por monmeros llamados aminocidos. para la procesos vitales de los seres vivos. aminocidos se combinan para formar miles de protenas. protena tiene una estructura funcional lgica y propia.

Indispensables 20

Cada

 De

elevado peso molecular, mas de 6000 daltons encuentran formando parte de todas las clulas animales y vegetales. protenas. comunes a las dems

Se

Caractersticas

Son

las macromolculas ms verstiles de los seres vivos.

Funciones de protenas
Estructural
Como las glucoprotenas que forman parte de las membranas. Las histonas que forman parte de los cromosomas El colgeno, del tejido conjuntivo fibroso. La elastina, del tejido conjuntivo elstico. La queratina de la epidermis. Son las ms numerosas y especializadas. Actan como biocatalizadores de las reacciones qumicas. Insulina y glucagn Calcitonina Inmunoglobulina Trombina y fibringeno Citocromos Ovoalbmina, de la clara de huevo Lactoalbmina, de la leche

Enzimtica Hormonal

Defensiva Transporte Reserva

Clasificacin de las protenas

Segn Segn Segn

su composicin qumica su conformacin su funcin

Segn su composicin qumica

Simples

u homoprotenas

Hidrlisis genera solamente aminocidos. Insulina, colgeno (globulares y fibrosas)

Conjugadas

o heteroprotenas

Hidrlisis genera aminocidos y otras molculas no proticas. (grupos prostticos)

Conjugadas
holoprotena = Apoprotena + grupo prosttico Apoprotena: parte proteica Glico-, lipo-, nucleo, metalo-y fosfoprotenas

Conjugadas o Heteroprotenas
Nombre Nucleoprotenas Lipoprotenas Fosfoprotenas Metaloprotenas Glucoprotenas Hemoprotenas Grupo no (prosttico) cidos nuclicos Lpidos Grupos fosfato Metales Monosacridos Ejemplo ribosomas quilomicrones enzimas, casena Zn inmunoglobulinas

Hemo (protoporfirina) Hemoglobina

Segn su conformacin
Fibrosas Globulares

Fibrosas

Estructurales y de sostn

Cadenas polipeptdicas ordenadas paralelas a lo largo de un eje Insolubles en agua Colgeno, queratina, elastina

olgenos
Se encuentra en tejidos conjuntivos o conectivos y cartilaginosos. Tienen alto contenido de glicina, hidroxiprolina e hidroxilisina. No contiene a.a azufrados, ni triptofano

ueratinas

lastinas
En tendones y vasos sanguneos (tejidos elsticos) El 90% estan formadas por 5 a.a isoleucina, lisina, valina, prolina y glicina

Globulares
Funcionales Cadenas Solubles

plegadas,

adoptan

formas

esfricas o globulares en agua (residuos hidrfobos del trabajo qumico de la sntesis, transporte, en su interior)
Responsables

clula: metabolismo

Enzimtica Hormonal Reconocimiento de seales Transporte Defensa Reserva Transduccin de seales

Por su naturaleza qumica

SIMPLES CONJUGADAS

CLASIFICACIN DE LAS PROTEINAS

Por la forma que adopta

FIBROSA GLOBULAR

Por su funcin Biolgica

ENZIMAS PROTENAS

DE TRANSPORTE CONTRCTILES DE DEFENSA REGULADORAS NUTRIENTES HORMONAS

58

Estructura de las Protenas

Estructura Primaria
Determinada por el orden de colocacin de los a.a de la cadena peptdica. Hace referencia a: La identidad de aminocidos. La secuencia de aminocidos. La cantidad de aminocidos. La variacin en un solo a.a. hace que cambie su funcin biolgica.

La funcin de una protena depende de su secuencia y de la forma que sta adopte. Cada protena tiene una nica secuencia.

Estructura Secundaria
Al ordenamiento o disposicin de aminocidos a lo largo de un eje en el espacio. Presenta enlaces Puente de Hidrgeno: Carbono carbonilo de un a.a. y el nitrgeno amdico de otro a.a.
alfa-hlice Beta planar hoja plegada

Ser, Tre, Tyr Ser, Tre, Tyr con Asp, Glu

alfa-hlice
Se forma al enrollarse helicoidalmente sobre s misma la estructura primaria. hlice o estructura geomtrica en espiral En la que cada vuelta est constituida por 3,6 aminocidos Dentro de este grupo se pueden mencionar protenas como el colgeno, la queratina, elastna

Beta planar o hoja plegada

En esta disposicin se forma una cadena en forma de zig-zag llamada disposicin en lmina plegada. Forma aplanada y extendida flexibilidad ms no elasticidad le da

Consta de varias cadenas peptdicas que permanecen enfrentadas y se mantienen juntas con enlaces de hidrgeno en un arreglo a manera de zig-zag.

hoja plegada paralela

hoja plegada antiparalela

Estructura Terciaria
La disposicin o conformacin que toma la cadena peptdica producto de los dobleces condicionados por la interaccin de las cadenas de los a.a ( radicales R de los a.a). Conformacin globular y tridimensional. La conf. globular facilita la solubilidad en agua y as realizar funciones de transporte, enzimticas, hormonales, etc.

 Se

mantiene estable por los enlaces entre los radicales R de los a.a. grupos apolares se renen en forma compacta logrando una conformacin de mayor estabilididad y de menor energa muy pocos espacios libres en su interior la superficie de abundan los grupos polares la conformacin especfica de la protena. las protenas y

Los

Tiene

Sobre

Describe

definitiva

Aparecen varios tipos de enlaces:

Puentes puentes

de disulfuro: cistena (unin covalente)

dos residuos de

de hidrgeno: grupos hidroxilos alcohlicos y fenlicos o de los radicales R de a.a

hidroxilos carboxilos
Enlace

alcohlicos

grupos

inico o salino: carboxilo del R de los a.a

grupo amino y

Interacciones

hifrfobas: Radicales apolares

Glutmico

Valina Lisina Valina

Figure 3-4 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)

Alanina

Estructura Cuaternaria
Se establece por la unin, mediante enlaces dbiles (no covalentes) de varias cadenas peptdicas con estructura terciaria, para formar un complejo proteico. Cada una de estas cadenas peptdicas recibe el nombre de protmero. La unidad formada por varios protmeros se denomina oligmero Solamente la unidad es activa biolgicamente

El nmero de protmeros vara: dos: hexoquinasa cuatro: hemoglobina cuatro: Aldolasa seis: Glutamato deshidrogenas 60 unidades proteicas como la cpsula del virus de la poliomielitis

El anlisis de muchas protenas ha permitido encontrar que dentro de la estuctura terciaria existen regiones que poseen una cierta independencia en su organizacin, como si se plegaran ligeramente separadas una de otra, sin que en realidad dejen de establecer contactos entre si. A menudo estas regiones poseen la capacidad de realizar una parte de la funcin de la protena completa, como podra ser la habilidad de reconocer a una molcula especfica o se interactuar con otra macromolcula

En muchos casos, si por medios artificiales es posible separar esta regin del resto de la cadena del polipptido, este segmento de la cadena adopta una estructura semejante a la que presenta en la protena completa y sigue siendo capaz de interaccionar con su ligando especfico. A estas regiones, que son tan variables como las protenas mismas se les conoce como DOMINIOS. Los dominios pueden presentarse en todas las protenas, ya que corresponden a subconjuntos de la estructura terciaria. Una estructura terciaria puede estar compuesta por uno o por varios dominios.

Desnaturalizacin
Modificacin de la conformacin o nativa de una protena por accin de agentes externos Prdida de la estructura secundaria, terciaria y cuaternaria por ruptura de enlaces que forman dichas estructuras. El nivel primario no se afecta por ser un enlace covalente

La desnaturalizacin lleva a:
perdida perdida

de la estructura de la actividad biolgica de las propiedades fsicas y

modificacin

qumicas

Agentes Desnaturalizantes:
Fsicos:

Calor radiaciones ultravioleta rayos x y Ultrasonido Agitacin enrgica cidos y bases fuertes urea guanidina detergentes sales de metales pesados

Qumicos:

Biosntesis de Aminocidos y Protenas

La mayora de los aminocidos que ingerimos se encuentran en forma de protenas, sin embargo slo los aminocidos pueden incorporarse a las diferentes rutas metablicas. Las protenas y pptidos ingeridos sufren un proceso de hidrolizacin por medio de enzimas proteolticas (secretadas por el estmago, pncreas e intestino delgado) en el tracto gastrointestinal.

Despus de la accin de las enzimas los aminocidos quedan libres, proceso de digestin de las protenas. Son absorbidos por las paredes del intestino, conducidos y transportados a la corriente sangunea, llegan al hgado (sistema porta-heptico) donde ocurre su metabolismo y distribucin a las clulas para su posterior utilizacin.

Biosntesis de Aminocidos y Protenas

La carencia de protenas causa una serie de problemas que incluyen: Deficiencias de crecimiento Alteraciones intelectuales en nios Problemas de desarrollo en fetos Sistema inmunolgico deficiente Se recomienda dietas bajas en protenas a personas con: Problemas renales Enfermedades en las que el cuerpo no puede metabolizar las protenas o sus componente

Propiedades de Protenas
Especificidad.
Cada una lleva a cabo una determinada funcin porque posee una determinada estructura primaria y una conformacin espacial propia. El cambio en la estructura de la protena prdida de la funcin. No todas las protenas son iguales en todos los organismos, se pone de manifiesto en el rechazo de rganos tranplantados. La semejanza entre protenas son un grado de parentesco rboles filogenticos Enzimas biocatalizadoras

Enzimas
Catalizadores biolgicos selectivos de

alta eficiencia y especificidad

Aumentan velocidad de las reacciones

sin cambiar la posicin del equilibrio (no hace ms favorable una reaccin) reaccin

Reduce la energa necesaria para la

Reaccin exergonica

Reaccin endergonica

Estado de transicion

Estado de transicion

Energia

Sustrato

Energia

Energa de Activacin

Energa de Activacin
Producto

G Producto Sustrato

G +

Progreso de la reaccin

Progreso de la reaccin

G<0: reaccin favorable

G>0: reaccin no favorable

Disminucin en la Energa de activacin

Figure 3-46 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)

Sitio activo

Figure 3-50b Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)

Efecto del pH sobre la actividad enzimtica

ENZIMA Pepsina Tripsina
H2O2 a O2 y H2O

pH OPTIMO 1,5 7,7 7,6 9,7 7,8 7,8

Catalasa

Arginasa Fumarasa
Fumarato+ H2O a Malato

Ribonucleasa
Hidrlisis de RNA

pH extremos: desnaturalizacin o inactivacin de la enzima

Efecto de la temperatura sobre la actividad enzimtica

Aumento de Temperatura induce aumento de Vm T>45C: desnaturalizacin Taq polimerasa: incorpora nucletidos a cadena de DNA (72-75C)

Constante de Michaelis-Menten

Vo depende de la concentracin de sustrato ([S]) [E] es constante

Vm

(velocidad mxima): velocidad en la cual los sitios activos estn saturados. Velocidad ya no depende de [S] (constante de michaelis): concentracin de sustrato a la cual la reaccin se efecta a la mitad de su velocidad mxima

Km

A menor Km, mayor afinidad de la enzima por el sustrato

Pendiente Intercepto

Inhibidores
Compuesto

que se une a la enzima e interfiere con su actividad

Actan:

- Evitando formacin del complejo ES - Bloqueando la reaccin de formacin de producto

I y S se unen al mismo sitio

Clasificacin de las enzimas

De acuerdo a la clase general de reaccin orgnica que es catalizada 1.Oxidoreductasas 2.Transferasas 3. Hidrolasa 4.Liasas 5.Isomerasas 6.Ligasas

1. Oxidoreductasas Catalizan reacciones de oxidacinreduccin Oxidasas, deshidrogenasas, oxigenasas, peroxidasas

2. Transferasas Catalizan reacciones de transferencia de un grupo. Pueden necesitar la presencia de co-enzimas. Amino transferasas, quinasas, fosforilasas

3. Hidrolasas Catalizan reacciones de hidrlisis Fosfatasas, fosfodiestearasas, peptidasas

4. Liasas (sintasas) Catalizan lisis de un sustrato. Adicin de un sustrato a un doble enlace se un segundo sustrato Decarboxilasas, aldolasas, sintasas

5. Isomerasas Catalizan cambios estructurales dentro de una misma molcula Mutasas

6. Ligasas (usualmente llamadas sintetasas) Catalizan unin de dos sustratos Necesitan ATP Carboxilasas, sintetasas