Universidad Nacional del Santa

Facultad de Ciencias
Departamento de Biología, Microbiología y Biotecnología

Transcripción

Blga. Pesq. Eliana Zelada Mázmela

 OBJETIVOS

Comprender y analizar la estructura del gene

Comprender y analizar el papel de la RNA pol en
la síntesis del ARN
Comprender las diferencias de la transcripción
entre procariotas y eucariotas.
Comprender el papel de la transcripción en la
expresión génica diferencial.
Comprender el papel del ARN como molécula
catalítica
 Transcripción
Si el genoma es el mismo en todas las células somáticas

¿Cómo hacen las células para llegar a ser

diferentes?
Las propiedades de cada tipo celular están determinadas por
las propiedades de las CHON que contienen

¿Qué determina los tipos y cantidades de las

CHON que caracterizan un tipo celular?
Lo determina la concentración de mRNA correspondiente a
cada CHON, la frecuencia con que éste se traduce y la
estabilidad de la CHON misma expresión genética
diferencial
La concentración de mRNA correspondiente, está
determinado por los genes que son trancriptos y la
velocidad con que ésto ocurre
 La transcripción diferencial de los diferentes
genes, determina en gran medida las acciones y
propiedades de las diversas células

Postulados de la expresión genética diferencial

Cada núcleo celular posee el genoma completo

establecido en cada óvulo fecundado. En términos
moleculares, los DNA de todas las células somáticas
son idénticos.
Sólo una pequeña parte del genoma es expresado en
cada célula, y una porción del ARN sintetizado es
específico para este tipo celular
Los genes no utilizados en una célula diferenciada no
son destruidos ni mutados, conservan su potencial
para llegar a expresarse
 Características

Proceso complejo realizado en varios pasos.

RNA pol es capaz de colocar un primer nucleótido
El RNA producto no permanece unido al molde
Muchas copias del ARN pueden formarse del mismo
gene
No todo el genoma es leído, lugares selectos.
Cuando se lee, no siempre es expresado
Menos exacta que replicación: error 10 000 y
10 000 000
 Sólo una hebra se copia y no siempre es la misma en
los distintos genes.
La síntesis es en sentido 5’ 3’
Es antiparalela.
De manera complementaria.

La transcripción implica la síntesis de una cadena de ARN, que

representa una cadena del dúplex de ADN.
Es el primer paso de la expresión génica y el paso principal de
control.
“Representar” significa que el ARN tiene una secuencia idéntica
de una de las hebras del ADN.

Cadena
codificante
ATGCGCTACCGTTAAAACCGG
TACGCGATGGCAATTTTGGCC

Cadena molde
AUGCGCUACCGUUAAAAACCGG
La secuencia de ADN que se escribe a menudo es la codante

5’ P ATG TGA 3’
3’ 5’

T A C A C T
A U G

A G U
 Preguntas importantes
Cómo se seleccionan los genes que se expresarán ?
Cuándo se transcribe un gene que es parte de un
cromosoma inmenso ?
Cómo sabe la RNA pol dónde debe comenzar a copiar
el ADN y dónde debe parar ?
Cómo se controla la velocidad de expresión del gene ?
Cómo se logra que una proteína se sintetice
continuamente y en grandes cantidades, en cantidades
pequeñas o no sintetizarse ?

Para responderlas, debe entenderse la

estructura de los genes
 ¿Qué es un gene?
Es una secuencia de ADN con función.
Es la unidad funcional y física de la herencia que se
transmite de una generación a sus descendientes.
Sección específica ADN que se transcribe en ARN.
Algunos genes codifican para ARNt o ARNr, pero la
mayoría lo hace para ARNm
Secuencia completa de ácidos nucleicos necesarios
para la síntesis de un polipéptido o una serie de
polipéptidos relacionados, o ARN funcional.
Entonces necesita tener la secuencia de AA
Región codificadora
Requiere las secuencias de BN necesaria para la
transcripción de un tipo particular de ARN
 Procariotes: operones

Transcripción
mRNA 5’ 3’
1 2 N
Traducción
N N
N C
C
C
1 2 3
Polipéptidos
 ORF

5’ P UTR ATG TGA UTR T 3’

3’ TAC ACT 5’
5’UTR o líder: contiene sitios de unión a ribosoma
En bacteria esas secuencias son llamadas Shine-Dalgarno
(AGGAGG)
En vertebrados se conoce como caja Kozak
Unidad de transcripción: Secuencia de ADN que se
transcribe a un único ARN empezando por el promotor y
finalizando en el terminador

ATG

Inicio transcripción
-30 -20 -10 -1 +1 +10 +20 +30

Corriente arriba upstream Corriente abajo downstream

5’ 3’
CAT

5’
 Características del ARN
Usualmente es de una hebra.
Contiene ribosa
U en lugar de T
Al igual que las CHON pero a diferencia del ADN
puede catalizar importantes reacciones biológicas.
 Tipos de ARN
Dos tipos: codifican CHON (informacionales) y los que son
funcionales

tRNA : RNA de transferencia

Adaptador traduccional (Crick, 1958). Carga y transfiere los AA
al ribosoma durante la síntesis de proteínas
Está presente en citoplasma. RNAt tiene una sequencia de
nucleótidos correspondente al códon llamada ANTI-CODÓN

rRNA : RNA ribosómico

Forma parte de ribosomas junto con proteínas. Son más
estables.
No funcionan como portadores de información reconocen y
unen otras mol, proveen apoyo estructural y catalizan las
reacciones químicas para la unión de los aa
 Estructura
secundaria del rRNA
Tamaño: 75 – 80
nucleótidos
mRNA : RNA mensajero
Molde traduccional. Contiene el mensaje codificado para la
síntesis proteica (Jacob y Monod, 1961).
Es formado en núcleo. Cada conjunto de tres nucleótidos en
RNAm CODÓN. Se derivan de los RNAn
hnRNA : RNA heterogéneo nuclear
Precursor del mRNA presente en el núcleo de la célula antes
de su procesamiento. Unido a CHON: hnRNP

snRNA : RNA nuclear pequeño

Pequeños RNAs nucleares que participan en el procesamiento
del hnRNA. Están asociados con NP
siRNA : RNA interferentes cortos
Pequeños RNAs que inhiben la expresión de un gen homólogo
por destrucción de su mRNA, inhibiendo su traducción o
induciendo modificaciones en el promotor
scRNA : RNA citoplasmático pequeño
Pequeños RNAs citoplasmáticos, normalmente forman
complejos de ribonucleoproteína. Por ejemplo el RNA 4,5S que
forma parte de la partícula de reconocimiento de la secuencia
señal (SRP)
RNAs pequeños nucleolares
Procesamiento y modificación de rRNA
Otros RNAs no codificantes
Funcionan en procesos diversos como síntesis de
telómeros, inactivación del cromosoma X, transporte
de proteínas, etc.
 Transcripción en procariotas

Se produce en el citosol, igual que traducción, pudiendo

llegar a solaparse, ya que tan pronto se inicia el
transcripto, los ribosomas se unen al extremo 5’ del
ARNm y se inicia la traducción.
La velocidad a 37ºC 40 - 50 nucleótidos/sec
14 codones/sec
14 x 3 = 42 x 60 = 2520 nucleótidos
El ARNm es una mol inestable, es degradada por una
exonucleasa a una velocidad ½ de su síntesis. Dura
alrededor de 2’. La degradación es la principal forma de
desconectar y regular la expresión
Policistrónico
 Región intercistrónica: 1 a 40 b

ARNm policistrónico
 ARN polimerasa
Descubierta por Samuel Weiss en 1959
La transcripción en procariotas se da por un solo tipo de ARN
pol para la síntesis de todos los tipos de ARN
En una célula existen aproximadamente 7000 mol ARN pol
La enzima completa u holoenzima pesa 465 KDa, es grande,
globular, con diversos canales que corren al interior.
Es un complejo proteico con 5 subunidades: 2 alfas, 2 B y
sigma
Las subunidades B y B’ centro catalítico

Puede formar enlaces covalentes con ADN molde, con

ARN producido y con sustratos ribonucleótido, pero no lo
hace en el sitio correcto
El sitio catalítico, donde se forman
los enlaces fosfodiéster, se
encuentra en el lugar donde se
cruzan los canales. El ADN debe de
“calzar” con uno de ellos.
La subunidad a (2) es requerida
para formar el núcleo enzimático,
es importante en el reconocimiento
del P y participa en la interacción
de la enzima con factores
auxiliares.
La subunidad sigma (σ) es
requerida para la especificidad y
reconocimiento del P
La omega sin función
específica, estabiliza la enzima y
ayuda al emsamblaje de las
 Capacidad de la ARN pol

Tiene la capacidad de desenrollar

Volver a enrollar el ADN
Mantener separadas las cadenas de ADN
Catalizar la adición de nuevos nucleótidos a la
cadena creciente de ARN
Ajustarse a las dificultades que implica el
progresar mediante el corte del ARN, reiniciar
la síntesis, con la ayuda de otros factores
 Fases de la transcripción
Reconocimiento del molde, iniciación, elongación y
terminación

Reconocimiento del molde

Comienza con la unión de la ARN pol al ADN dúplex en
un P (40 – 50 pb): complejo cerrado, denatura
complejo abierto. Corta unos 14 nucleótidos
Las cadenas se separan para exponer la cadena molde
para la síntesis de ARN formándose la burbuja de
transcripción. Pribnow descubrió secuencias cortas de
ADN secuencia consenso
Hay P fuertes y débiles 1 vez cada 10-20´
1 vez cada 1-2 sec
 La doble cadena es
la que es reconocida

Secuencia -10 o caja Pribnow TATAAT Apertura de la cadena

Secuencia –35 TTGTCA Región de reconocimiento e
interacción con el factor σ de la RNA polimerasa.
Los promotores bacterianos poseen cuatro
características comunes:
El punto de comienzo de la transcripción,
denominado +1. El nt anterior se denomina -1
La secuencia de la posición ­-10 llamada caja de
Pribnow (TATAAT)
La secuencia ­-35 (TGTTGACA)
La distancia entre las secuencias -­10 y -­35. El
punto donde se inicia la transcripción es
generalmente una purina (A o G).
El core tiene afinidad por
cualquier tramo de ADN, pero no
puede reconocer el sitio exacto
de inicio
Cuando se une factor sigma, la
enzima se une fuertemente a las
cajas Pribnow y – 35 y abre el
dúplex (vuelta y media) y se
forma el complejo de iniciación,
que cubre 75-80pb, desde –50
hasta +20
Hay suficiente factor sigma
como para que aproximadamente
un tercio de las polimerasas
existan como holoenzima.
El más usado es el 70
 Secuencias
consenso en
promotores
procariotas

Gene Factor Uso Secuencia –35 Secuencia –10 Separación

rpoD 70 general TTGACA TATAAT 16-18 pb

rpoH 32 choque térmico CCCTTGAA CCCGATNT 13-15 pb
rpoE E choque térmico desconocida desconocida desconocida
rpoN 54 nitrógeno CTGGNA TTGCA 6 pb
FliA F flagelar CTAAA GCCGATAA 15 pb
Diferentes factores sigma en E. coli que reconocen P con diferentes secuencias consenso
 Iniciación
Define la síntesis de los primeros
enlaces fosfodiéster en el ARN
RNA pol permanece en el promotor
mientras se unen los primeros 9 –
12 nucleótidos, pero puede liberar a
la cadena naciente iniciación
abortiva (menos de 9) que atrasa
la iniciación.
La iniciación termina cuando la
enzima logra alargar la cadena y
abandona el promotor, sobre todo
porque pierde afinidad con las
secuencias consenso.

Factor sigma sale del P

3’
5’
Elongación
Terminación

Terminación
La enzima puede terminar en sitios
independiente de específicos en ausencia de factores:
terminadores intrínsecos: horquilla
rho en ARNm: Zona de simetría de
GC, seguida de varias U
Terminación
dependiente
de rho
Elementos típicos:
 Región reguladora:
promotor (cajas -10 y -35; diferentes
secuencias consenso, reconocidas por diferentes
factores sigma).
sitios de unión de proteínas reguladoras.
 sitio de inicio de transcripción.
 start codon.
 región codificante.
 stop codon.
 terminador de transcripción:
dependiente de rho.
independiente de rho.
Transcripción en Eucariotas

 Se lleva a cabo en el núcleo

como una larga cadena
precursora, sufre un proceso de
maduración y sale al citosol.
 Invariablemente se traduce a
una sola cadena peptídica:
monocistrónico.
 Están adenilados en el extremo
3’ pero la secuencia no está
especificada en el molde.
 Tienen un tampón metilado en
el extremo 5’, además de una G
unida en orientación inversa:
tapón o caperuza
 En bacterias sirve para que una célula se acomode a
cambios en el MA
 En eucariotas también EPO ante deficiencia O2
 Propósito más característico y el de mayor alcance
biológico del control de la transcripción es la ejecución del
programa genético que subyace al proceso embrionario
 Una vez que una célula ha dado un paso en el desarrollo no
retrocede

Son fundamentalmente diferentes de la activación

y represión reversible de los genes bacterianos en
respuesta a las condiciones del MA
 Transcription is more
complicated in eukaryotes for three primary reasons

The larger eukaryotic genomes have many more genes to be

recognized and transcribed. Whereas bacteria usually have
a few thousand genes, eukaryotes have tens of thousands
of genes. Furthermore, there is much more noncoding DNA
in eukaryotes.

They require the assembly of many proteins at a promoter

before RNA polymerase II can begin to synthesize RNA.
Some of these proteins, called general trancription
factors (GTFs), bind before RNA polymerase II binds,
whereas others bind afterward.

The template for transcription, genomic DNA, is organized

into chromatin in eukaryotes
 Es controlada por CHON en trans: factores de
transcripción

ARNm eucariótico
Elementos típicos:
 región reguladora
promotor basal (caja TATA).
sitios de unión de CHON reguladoras (upstream P)
Enhancers Silencers
 sitio de inicio de transcripción.
 5'UTR.
 start codon.
Exones e intrones alternados, con sitios para procesar,
aceptores y donadores
 stop codon.
 3'UTR.
 señal de poli-adenilación. Escisión + polipolimerasa
 Tipos de ARN pol

Tres pol diferentes: I, II, III que se diferencian por su

sensibilidad a la alfa amanitina.
ARN pol I: Se localiza en el nucleolo y transcribe los
grandes ARNr, que se procesan en rRNA 28S; 5,8 y 18S.
No es sensible a la alfa amanitina. Encargada de la síntesis
más activa
ARN pol II: Transcribe para ARNm, es inhibida a muy
bajas concentraciones de alfa amanitina. (1 ug). Enzima de
gran tamaño, multimérica, compuesta por más 10
subunidades. La subunidad más grande tiene dominio
carboxilo terminal (CTD), que consta de múltiples
repeticiones de una secuencia de 7 AA (26 en levadura y
50 en mamals). Su disminución es letal.
También produce U1, U2, U4, U5
ARN pol III: Transcribe el ARNt, ARNr pequeño y
otros ARN pequeños (U6 y el componente ARN de la SRP.
Sensible a concentraciones de alfa amanitina de 100 ug.
Sensibilidad diferente en cada sp.
Las RNA pol eucariotas son más complejas que las
procariotas, aunque estructura similar
- Dos subunidades grandes
- de 10 a 14 subunidades pequeñas

Genes
- Tipo I
- Tipo II
- Tipo III
Cola que se fosforila
 Fases de la transcripción

Desempaquetamiento del ADN

La transcripción está asociada al relajamiento del ADN,
probado ya que en in vitro las regiones del ADN activos
transcripcionalmente son más atacadas por DNAasas y
por la aparición de engrosamientos en los cromosomas .

Reconocimiento del ADN

Los promotores en eucariotas son más abundantes por lo
que su reconocimiento implica algo más que un promotor
abierto y abarca alrededor de 200 pb.
La ARN pol II no se une directamente al promotor
sino que es reclutada del medio por un complejo proteico
que se ha unido previamente al P.
El promotor contiene:
Elementos básicos o centrales: En la región hasta –
50. Terminología variada:
- La caja TATA (dominio Goldberg-Honess): -25 – 30
pb y presenta la secuencia consenso TATAAAA. Muy
conservada. En la mayoría de genes. Único sitio que
tiene posición fija respecto al sitio de iniciación.
- En lugar de TATA elemento alternativo
iniciador residuo C en posición –1 y una A en +1.
Degenerada.
 Elementos reguladores se localizan entre –50 y –200
incluyen elementos reguladores comunes como las
cajas CAAT (GGCCATCT) y GC (GGGCGG) y un número
no definido de otras regiones reguladoras (GATA)
implicadas en la expresión específica de tejido y
controladas por hormonas y otras señales.
Aunque todos los genes requieren al menos uno de
estos elementos de control, los diferentes P génicos
son completamente distintos al respecto. El P de un
gene determinado puede tener uno cualquiera o una
mezcla de éstos, o tener varias copias de uno mismo,
no existe una receta tipo.
Denominada también Región proximal del P

La mayor parte de los genes domésticos island GC

Generalmente alejados del promotor se encuentran los
potenciadores que son secuencias similares a las del
promotor pero que se excluyen de la definición de éste.
Pueden estar desde 200 pb hasta decenas Kb hacia 5’ o 3’
del P, en un intrón o hacia 3’ del exón final de un gene.
Se piensa que el potenciador actúa con el promotor lejano
mediante la formación de un bucle

Aumentar la Aumentar la
velocidad de probabilidad de que
transcripción el P sea activado
por los TF
 Qué factores proteicos se unen a estas secuencias?
Factores de transcripción

Son CHON involucradas en la regulación de la expresión de

los genes unidos al P corriente arriba y facilitan o inhiben la
transcripción. Controlan y regulan la expresión de los genes.
Están compuestos de 2 regiones esencial functional: un
dominio de unión al DNA (cerca del inicio del proceso) y un
dominio activator.
El dominio activador de los FT interactúan con los
componentes del aparato transcripcional (RNA pol) y con
otras CHON reguladoras, afectando + la eficiencia de la
unión.
FT pueden ser activados por estímulos fisiológicos,
patológicos y terapéuticos .
Los FT pueden ser generales y específicos

FT generales

Constituyen el aparato básico de transcripción. Están

en todas las células. Se unen a los elementos básicos.
Designados como TFIIX.
Son las CHON accesorias requeridas por la ARN pol II
para iniciar su función: Unión al ADN e inicio de función.
La mayoría se liberan antes que la enzima abandone el
promotor: TFIID, TFIIA, TFIIB; TFIIE, TFIIH, TFIIF.
 TFIIJ TFIIH
Promueve el escape
del promotor y
fosforila el CTD
(dominio carboxilo
terminal) de RNA
pol II brindando
procesividad a la
transcripción
 FT específicos
Se unen a los elementos reguladores secuencia arriba y a
los elementos potenciadores. Activan los genes por lo que se
denominan también activadores.
Todas las células presentan los activadores que se unen a
las cajas CAT y GC
Esos activadores no necesitan ser activados, sino
que son capaces de unirse a sus elementos
correspondientes

Existen otros activadores que se encuentran en células

específicas, que se unen a regiones reguladoras con la
finalidad de ejecutar patrones de expresión génica
conforme a la naturaleza de dichas células: factor que se
une al elemento GATA en eritrocitos hemoglobina
Cómo logran los FT hacer accesible los promotores
génicos. Papel de los activadores en la iniciación
La cromatina constituye una forma de regulación de los
genes eucariotas. Por defecto su estado es de desconexión
los P están cubiertos por los nucleosomas.
Se hace necesario que el dúplex se abra remodelado de
la cromatina. No se sabe cuantos, se supone que 3 ó 4

Complejo proteico que se une a FT

Coactivador que está unido al ADN. SE sitúa
cerca del P y a los nucleosomas

Actividad histona acetiltransferasa (HAT) añade un

grupo acetilo elimina las cargas + de los grupos amino:
H2A, H2B, H3 y H4,
Actividad HAT de los
coactivadores
 Iniciación
Cuando el promotor está accesible, debe instalarse la
maquinaria básica de iniciación sobre el promotor
Se cree que ocurre así:
Los TF se unen a los sitios del
promotor por los que tienen
especificidad y reclutan al
coactivador
La actividad HAT del
coactivador causa el
remodelado de la cromatina con
la consiguiente exposición del
promotor.
Se instala el TFIID que recluta
a la ARN pol II y otros TF
Even this big conglomeration is not enough to really get
transcription going! RNA polymerases also need
regulators and activators:

Control iniciacion en eucariotas

D:\Eliana\animaciones\complejotranscipcion.swf
 Síntesis de ARNm
La progresión desde la
iniciación a la síntesis real
del mensajero es
complicada.
Implica la separación de la
enzima del complejo de
iniciación, la síntesis de los
primeros enlaces
fosfodiéster y el
establecimiento de una
fuerte unión con el ADN
Cuando la polimerasa avanza
se encuentra con los
nucleosomas: Puede ser
desplazado completamente Factores de elongación:
ELL, SII, PTEb
 Terminación
La señal del fin del gene (pero no de la transcripción) es la
secuencia AATAAA reconocida en la hebra codificante.
Cuando la ARN pol alcanza el extremo 3’ del gene, sintetiza una
secuencia AAUAAA , continúa transcribiendo mucho más allá de
ésta.
Una enzima distinta
corta el transcripto a
una distancia corta
u
más allá de la
secuencia mencionada.
Otra enzima no
u dependiente del molde
añade adeninas: 200,
formando una cola y
usando ATP de
u
sustrato
 Procesamiento del
ARN

 capucha
cotranscripcional
 Cola

 Corte y empalme

posttranscripcional
Un G-cap (a modified
GTP) es añadido al
extremo 5' del
transcripto por la
guanidiltransferasa.
Se coloca al inicio, 30
bases añadidas
1)La fosfatasa
remueve un fosfato del
5´
2) Una guanilil
transferasa agrega
GMP
3) Una metil
transferasa agrega el
grupo metilo
 Incorporación de la cola poli A, la que se piensa protege al
transcripto de una pronta degradación, ya que una CHON
de unión a poli A, se une y protege a la cola del ataque
enzimático. Esta enzima también protege el otro extremo.
No hay en ARNm de histonas.
La degradación se da cuando la cola se reduce a 15 adeninas,
entonces la CHON ya no puede unirse.
CstF: factor estimulador de la
escisión
CPSF: Factor de especificidad de
la escisión y poliadenilación
Splicing: un intron siempre comienza con GU y termina
con AG. Ocurre un proceso de transfosfoesterificación
Un enlace fosfodiéster se transfiere a un grupo OH
diferente
El 2OH de la A ataca a G de la unión E-I, dejando un
extremo 3OH, que ahora ataca al extremo 5’ del exón 2
Participan en este proceso 5 moléculas pequeñas de
snRNA y CHON spliceosomas
 Corte y
empalme
sin
spliceoso
ma
D:\Eliana\animaciones\splicing.swf

El splicing (corte y
empalme de intrones) lo
realiza el snRNA de U6
snRNP: actividad de
ribozima
aug
 Significado evolutivo de los
intrones

BARAJAM IENTO (SPLICING) DIFERENCIAL DE EXO NES

E1 I E2 I E3 I E4

VAM OS A LA CASA
E1 E2 E3

VAM OS A LA
E2 E3 E4

A LA CASA
E2 E4

A CASA BARAJA MIENTO (SPL ICING)

DIFERENCIAL DE EXO NE S

E1 E3

VAM OS LA
 QUE ES UN GEN

QUE ES UN GEN?

E I E I E I E

VAMOS A LA CASA

ATCTCGGTTAAATGCGGTACAGGTATAGGACAG
A LA

La mayoría de los genes de animales y plantes presentan

secuencias internas no codificantes: intrones, que junto con
las regiones 5’ y 3’ no codificadores, constituyen cerca del
95% de los aproximadamente 50000 pb que constituyen un
gene.
Si bien las transcripciones primarias de algunos genes
codificadores de CHON se procesan a más de un tipo de
ARNm, cada ARNm se traduce a un solo polipéptido
 Se encuentran unidades de transcripción simple y compleja

GENES
En el caso de muchas
unidades complejas, • DE EXPRESION • DE EXPRESIÓN
un ARNm se produce SIMPLE COMPLEJA
en un tipo celular,
mientras que el
alternativo lo hace
en otro

Lodish et al. 2002

5 mRNAs maduros 5 proteínas diferentes

Alternativa splicing
D:\Eliana\animaciones\control gene eu.swf