Genes

Existen dos tipos de  Un gen es el conjunto

Definición de secuencias de DNA
básica secuencias con
de todo tipo,
funciones diferentes
Un gen es aquella (regiones codificantes y estructurales
región del no codificantes): (intrones y extrones) y
genoma que reguladoras,
contiene la necesarias para
información 1) Estructural o
realmente codificar un producto
necesaria para génico, sea este un
sintetizar una codificadora
RNA maduro de
molécula de 2) Reguladora de la
cualquier tipo o una
polipéptido expresión
proteína funcional.

2
Región estructural Región reguladora
Define la secuencia del producto génico No tiene función codificante

Se transcribe para dar RNA precursor o Suele estar situada cadena arriba (hacia
transcrito primario 5’) de la región estructural

Comprende exones (codificantes) e Contiene distintas regiones promotoras

intrones (no codificantes) para regular el inicio de la transcripción

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 Transcripción
Proceso encargado de la
síntesis de una molécula de La cadena de RNA es
Proceso enzimático
RNA a partir de la complementaria a la cadena
catalizado por RNA
información genética de DNA que sirve como
polimerasa
contenida en la región molde
codificante del DNA

Constituye el segundo paso IMPORTANTE

del esquema de transmisión Se da de 5’ a 3’ a partir de
de información genética una cadena de 3’ a 5’

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6
Transcripción genética procariota
• La molécula de mRNA que resulta de la
transcripción de DNA, ya es funcional, lo
que siginifica:

1) No experimenta cambios adicionales

2) Se utiliza de inmediato para la traducción

• El mRNA puede comenzar a traducirse

aunque todavía no termine de sintetizarse

• Los tRNA y rRNA deben sufrir una

maduración análoga a la eucariótica
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Transcripción genética eucariota • El RNA resultante de la transcripción se
denomina transcrito primario

• Dentro del núcleo se lleva a cabo su

maduración o proceso transcripcional

• Los RNA maduros pasan al citosol para

continuar con la traducción

• La traducción genética eucariota

supone una regulación más compleja
de la expresión génica

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9
Transcripción Inversa

• Los retrovirus poseen un genoma formado por RNA que sirve

como molde para la síntesis de DNA complementario (cDNA)
• Esto ocurre gracias a una transcriptasa inversa o
retrotranscriptasa
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 Transcripción Inversa

• Gracias a esto se considera que el esquema general del flujo

de información genética es bidireccional en su primera parte
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Tipos de RNA
Ubicación Cantidad de
Tipo Características particulares
subcelular RNA total
Citoplasma (P y Estructura sencilla lineal, sin
mRNA 5%
E)* plegamiento
Hay de 50 a 60 diferentes,
tRNA Citoplasma (P y E) 20%
específicos para cada aminoácido

rRNA Citoplasma (P yE) 75% Forma parte delos ribosomas

*P = procariota
*E = eucariota

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RNA mensajero (mRNA)

Copia de la información Actúa en los ribosomas Su vida media es corta

genética de la secuencia como plantilla para la debido a su rápida
de DNA síntesis de proteínas degradación

Tipo de RNA de cadena Carece de conformación

más sencilla formada por definida: extendida sin
los nucleósidos adoptar estructuras
A, G, C y U secundarias o terciarias

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RNA mensajero (mRNA)

Monocistrónico Policistrónico
Típico en eucariotas Típico en procariotas

Codifican una sola proteína Codifican dos o más proteínas

Tienen dos o más codones de

Sólo tienen un codón de inicio
inicio

Lleva la información de un solo Lleva la información de varios

gen genes
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15
Rnam Eucarióticos
 RNA de transferencia
(tRNA)
Por un extremo se une Por otro extremo une
Intermediario para la
a la secuencia de el aminoácido para dar
síntesis de proteínas
mRNA (anticodón)* aminoacil-tRNA**

Suelen plegarse en
estructura secundaria Interaccionan con un
llamada en forma de solo aminoácido***
trébol

*Ocurre en presencia del ribosoma

**Forma activa necesaria para la reacción de formación del enlace peptídico
17
***Pero algunos aminoácidos son reconocidos por más de un tRNA
18
RNA ribosomal (rRNA)

Soporte estructural y Poseen una conformación

componente principal de compleja: una sola hebra
los ribosomas plegada entre sí

Su forma constituye un
Dan paso a la síntesis de
armazón sobre el que se
proteínas con ayuda del
ensamblan varias proteínas
para crear el ribosoma mRNA y tRNA
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Estructura RNA mensajero maduro
PROCESAMIENTO DEL La formación del mRNA
eucariótico maduro a partir de su
RNA MENSAJERO correspondiente pre-RNA:
• adición de nucleótidos al
extremo 5’ y metilación
• alargamiento de la cadena en el
extremo 3’
• eliminación de intrones con
unión de exones

pueden transcurrir de forma

sucesiva o simultánea, todas ellas
realizadas en el núcleo.
PROCESAMIENTO DEL RNA
MENSAJERO
La formación del mRNA eucariótico
maduro a partir de su
correspondiente pre-RNA:
• adición de nucleótidos al
extremo 5’ y metilación
• alargamiento de la cadena en el
extremo 3’
• eliminación de intrones con
unión de exones

pueden transcurrir de forma

sucesiva o simultánea, todas ellas
realizadas en el núcleo.
PROCESAMIENTO
DEL RNA
MENSAJERO
MADURO
Modificación del extremo 5’:
Formación de la caperuza 5’
El extremo libre 5’-PPP del m RNAeucariótico
comienza a modificarse muy pronto, poco
después de iniciada la transcripción.

efecto protector
para la molécula
frente a las
exonucleasas
(actúan
sobre enlaces 3’-5’-
fosfodiéster),marca
el pre-mRNA para
su empleo posterior
como sustrato en
otras reacciones de
procesamiento en el
núcleo y sirve como
punto de unión del
mRNA a los
ribosomas para
iniciar
la síntesis proteica.
Metilación de la caperuza 5’
coenzima donadora del
grupo metilo
1 2
Los tres primeros
nucleótidos de la
estructura 5’-
guanosina-trifosfato-
mRNA son entonces
modificados
La metilación puede
tener lugar sobre
varias
3
las metilasas y las
guanililtransferasas se
asocian –gracias al factor
de elongación hSPT5– al
dominio CTD fosforilado
de la RNApol-II (pág. 271)
y llevan a cabo la reacción
de procesamiento del RNA
antes de que el transcrito
haya alcanzado un tamaño
de unos 30 nucleótidos.
Modificación del extremo 3’
Como consecuencia, el mRNAes
más corto en su extremo 3’ que su
transcrito primario

sólo acepta como

permanece intacta hasta sustrato al ATP
la formación final del
mRNA,
participar en transporte
del mRNA al citoplasma y
la determinación, en
parte, de la estabilidad y
vida media del mRNA
Ayuste: eliminación de intrones y empalme de
exones
Splicing
• La etapa esencial de la maduración
postranscripcional del transcrito
primario hasta dar el mRNA
eucariótico consiste en la
eliminación de los intrones y la
unión o empalme de los exones.
Secuencias que delimitan el intrón
• La eliminación de un intrón está
determinada por su secuencia, y no
por su longitud.
• Sólo intervienen tres secuencias
específicas: dos que definen los
extremos del intrón y otra en su
interior, conocidas en su conjunto
• como sitios o centros de ayuste
(centro 5’, centro 3’ y centro de
ramificación).
Secuencias que delimitan el intrón
 ayustosoma (cuerpo o complejo de
empalme).

Formación del ayustosoma El corte de intrones y empalme de exones

está mediado por una asociación
macromolecular

se forma por:
asociación del
pre-mRNA (en la
región de los centros
de ayuste) con varias
ribonucleoproteínas
nucleares pequeñas
(snRNP, denominadas
U1, U2, U4, U5 y U6),
constituidas cada una
de ellas a su vez por
un RNA nuclear
pequeño (snRNA, del
mismo nombre) y cerca
de 10 proteínas.
 Mecanismo de la reacción: dos reacciones de
transesterificación:
Quedan así se escinde el transcrito
unidos ambos primario en el extremo
por un enlace 5’ del intrón, mediante
fosfodiéster un ataque nucleófilo del
atípico 5’-2’, y
2’-OH del adenilato del
se libera el
exón 1 con un centro de ramificación.
el intrón se
extremo libre 3’-
OH. libera con
su extremo
3’-OH libre y
su extremo
se escinde el 5’
centro de ayuste formando
3’, por ataque un lazo
nucleófilo del
extremo 3’-OH
libre del exón 1,
con lo que quedan
El intrón en lazo
ya unidos los dos se degrada
exones luego
rápidamente
Tipos, tamaño y función de los RNA
nucleares pequeños (snRNA)
QUÉ ES UN PROMOTOR o secuencia promotora

Es una región de DNA que regula el inicio de la transcripción de un gen. O

región reguladora del gen

Actualmente suelen recibir el nombre también de ‘‘factores que actúan en

cis’’, o ‘‘factores cis’’, simplemente por encontrarse en la misma molécula de
DNA cuya expresión regulan.
Secuencias o elementos basales del promotor
● comprende las secuencias que definen el punto de inicio de la
transcripción y son imprescindibles para que ésta comience.
Secuencias o elementos proximales
● determinan la frecuencia con la que se produce el inicio de la
transcripción. Ello es posible gracias a que sobre ellos se unen
diversos factores de transcripción que favorecen la interacción de
la RNApol-II con el DNA en el punto de inicio y su actividad
enzimática.
Secuencias o elementos distales/
elementos específicos de regulación
● En general se denominan secuencias promotoras distales, por encontrarse alejadas del origen, o también, de
acuerdo con su función, elementos específicos de regulación, módulos de control o elementos de respuesta.
● actúan tanto activando la transcripción como frenándola.

Potenciadores Silenciadores o inhibidores Aisladores

• activadores, intensificadores, • Tienen el efecto opuesto, • se incluyen ciertas secuencias que

amplificadores o
estimuladores Pueden
aumentar mucho la velocidad
de inicio de la transcripción
(y, por consiguiente, la del
proceso completo)
conseguida a
• partir de promotores basales
y proximales situados en la
misma molécula de DNA.
en general debido a que
los factores de
• transcripción que se unen
a ellos compiten con la
acción de aquellos
específicos para los
promotores
• potenciadores y
proximales.
impiden que la acción de
potenciadores y silenciadores se
extienda
• los factores que se unen a ellos
forman lazos en la cromatina, que
quedan así aislados del resto
evitando que los factores de
transcripción que se unen a los
promotores distales se desplacen
más allá.
• reguladores, pues interaccionan de
manera específica con diversas
proteínas
FACTORES DE Transcripción generales
Reconocen los elementos basales de un promotor.
Son proteínas, que promueven la formación alrededor del punto de
inicio de un complejo que incluye el promotor basal, los propios TF
generales y la RNApol-II.
Al reconocer el promotor basal actúan de mediadores para que se fije
la polimerasa, definiendo así el punto de inicio de la transcripción y
activando a la enzima para que comience a sintetizar el RNA.
Se conocen las funciones de algunos de los factores de transcripción
generales asociados a la RNApol-II:
FACTORES DE Transcripción generales
TFIID. Este factor determina que la RNApol-II actúe a una cierta
distancia del promotor, definiendo así el punto de inicio de la
transcripción (nucleótido +1 con TFIIB define el sentido de la
transcripción.
TFIIH doble actividad enzimática, como helicasa y como proteína
quinasa.
La helicasa está implicada en la separación de las hebras del DNA en
el sitio de inicio,
quinasa fosforila el dominio C-terminal de la subunidad mayor de la
RNApol-II (CTD), provocando en ésta un cambio conformacional que
induce el comienzo de su desplazamiento a lo largo del DNA, la
separación de algunos TF y la transición entre el inicio y la elongación
de la transcripción.
Factores de transcripción
proximales
También llamados factores
ligantes cadena arriba, son
proteínas que reconocen
aumentar la eficiencia de formación
específicamente los del complejo de inicio o favoreciendo
elementos proximales del su actividad sobre la polimerasa.
promotor.
Factores de transcripción inducibles
Este tercer grupo de factores de transcripción lo constituyen aquellos
que reconocen los elementos distales del promotor. Allí actúan,
facilitando la formación y la actividad del complejo de inicio de
la transcripción o, por el contrario, dificultándolas.

Como ejemplo característico se pueden citar los receptores

nucleares para hormonas esteroides o tiroideas
iniciación
Para que tenga lugar la transcripción es
necesaria secuencia del
DNA que se ha
Unidad de de transcribir
transcripción o
hebra molde dos secuencias
promotor y
consenso que la
terminador
flanquean
1. Formación del complejo de iniciación

Se han propuesto Supone la unión

Este complejo de varios TF a las
dos modelos
plurimolecular regiones
para el promotoras del
es mecanismo de
imprescindible DNA y la
formación de incorporación de
para que la
RNApol pueda este complejo, la enzima, que
actuar. pero ambos participa en su
conducen al forma con
mismo resultado. dominio CTD no
fosforilado.
El modelo del holoenzima:
la RNApol-II se asocia previamente a varios factores de transcripción, formando una enzima activa u
holoenzima, que luego se une al DNA en la secuencia promotora definida por la unión del TFIID
El modelo escalonado:
● La formación del complejo de iniciación comienza con

se van asociando los

unión de TFIID al DNA en
la secuencia TATA (u otra
promotora)
factores TFIIA y TFIIB,
Finalmente se
que permiten la unión
incorporan TFIIE y TFIIH.
de la polimerasa junto
con el factor TFIIF
2. Desnaturalización del promotor

● El complejo de iniciación produce en la región de inicio de la

transcripción el desenrollamiento y separación de las dos hebras
del DNA (una desnaturalización local), esencial para la exposición
de las bases como molde a la RNApol.

● Esta zona de hebras separadas, burbuja de transcripción o

complejo abierto, es el lugar en el que va a tener lugar la síntesis
de la cadena de RNA.
2. Desnaturalización del promotor
Esta etapa requiere, al
igual que el inicio de la
replicación, una actividad
helicasa de DNA,
presente ahora en dos de
los factores de
transcripción, TFIIF y
TFIIH,
con un gasto energético
(hidrólisis del ATP).
Otro factor, el TFIIE,
estabiliza la región
desnaturalizada del
promotor (papel en cierto
modo similar al ejercido
por la RPA en la
replicación
Formación de los primeros enlaces fosfodiéster
El enlace fosfodiéster inicial se forma entre dos ribonucleótidos, a partir de sus NTP en forma libre. Uno de ellos, que con
frecuencia es ATP, se empareja con el nucleótido +1 en la hebra molde de DNA. El otro se empareja con el nucleótido +2 de la
misma hebra.

• Este primer enlace corresponde, por tanto, al extremo 5’ del RNA naciente.
• La reacción se repite sobre el extremo 3’ del dinucleótido resultante, y así sucesivamente hasta
formar un oligorribonucleótido de unas 10 bases, que permanece unido temporalmente a la hebra
molde de DNA como híbrido RNA:DNA.
• Una vez que se produzca la transición a la etapa de elongación, la polimerasa continuará
añadiendo nucleótidos a la cadena de RNA al tiempo que se va desplazando sobre la hebra molde
(recorriéndola en sentido 3’5’).
Liberación del promotor: transición de iniciación a
elongación
En eucariotas la transición viene marcada por la fosforilación del
dominio CTDde la RNApol-II
en la fase de iniciación participa la forma no fosforilada, mientras en la de elongación lo hace la
fosforilada.

Esta fosforilación la llevan a cabo TFIIH y P-TEFb.

Como consecuencia, la RNApol-II se desprende de la

mayor parte de los TF (lo que se denomina liberación del
promotor) y comienza a desplazarse a lo largo del DNA.
Liberación del promotor: transición de iniciación a
elongación
En procariotas, esta transición se desencadena por la disociación de la
subunidad σ de la holoenzima RNApol quedando disponible para su
interacción con una nueva RNApol núcleo e iniciar la transcripción en un
nuevo promotor
 Básicamente es la etapa donde la hebra de ARN se alarga al
agregar nuevos nucleótidos.

 La RNA polimerasa continua alargando la

cadena de RNA mientras se mueve a lo
largo de la cadena de DNA molde del
extremo 3´ hacia el extremo 5′ terminal.
Alarga la cadena de RNA mientras
avanza por el DNA, desplazando con ella
la burbuja de transcripción.
  Conforme avanza la RNA polimerasa se separan delante
de ella las dos hebras de DNA por ruptura de los
puentes de hidrógeno (avance de burbuja de
transcripción)

 A medida que la polimerasa se mueve a lo largo del

DNA molde, ésta incorpora nucleótidos dentro de la
molécula de RNA en crecimiento hacia el extremo 3’.

 El último tramo permanece dentro de la burbuja,

apareando como híbrido RNA-DNA

 Por detrás de la polimerasa la cadena de RNA se va

separando del molde de DNA, saliendo de la burbuja y
quedando como cadena de RNA sencilla.

 En el DNA se vuelven a aparear las 2 hebras y se produce

el re-enrollamiento de la doble hélice.
Inhibidores de la
Transcripción
 Antibióticos de Tipo I
Rifamicinas Se une específicamente a la subunidad
Streptomyces
β de la RNApol bacteriana
mediterraneus

Estreptolidigina Se une a la subunidad β, inhibe la

Streptomyces lydicus elongación

α-amanitina
eucariotas

Aspecto diferenciador entre

las tres RNApol eucarioticas
Antibióticos de Tipo II
Actinomicina Inhibe la elongación en células intactas y
D extractos celulares

Acridina

Se sitúa entre bases e inhibe la ADN

Daunomicina polimerasa impidiendo la replicación del
DNA.

Bromuro de
etidio Se une a la
doble cadena
del DNA
 Antibióticos de Tipo III

Impide la acción de la DNA girasa

procariótica
Inhibidores
indirectos
Permite le replicación y tarnscripción

Cumermicina Novobiocina Ácido Nalidíxico