TEMA 1: INTRODUCCIÓN A LA BIOQUÍMICA.

1. Estudio de las bases moleculares de la vida.

La vida es muy compleja por la enorme diversidad que existe.
Hasta el siglo XIX se creía que la vida era el movimiento, reproducción, adaptación y respuesta de los
seres vivos.
Sin embargo a partir de ahí apareció la Bioquímica estudiado la vida desde un enfoque único, donde
confluyen los conocimientos de la biología con los de la química, física y matemáticas.
Los estudios bioquímicos realizados desde entonces han puesto de manifiesto que a pesar de su
diversidad, todos los seres vivos obedecen a las mismas leyes físicas y químicas que rigen el universo.
Todos están formados por las mismas clases de moléculas biológicas y sus métodos de mantenimiento de
los sistemas biológicos son semejantes.
Entre los conocimientos más importantes que se han obtenido a partir del trabajo de los bioquímicos se
encuentran los siguientes:
 La vida está organizada jerárquicamente:
 Biomoléculas: formados por átomos y estos a su vez por partículas subatómicas.
 Macromoléculas:
o Polisacáridos formados por azucares.
o Proteínas: formadas por aa.
o Ácidos nucleicos que contienen los nucleótidos. Un ejemplo es el ADN.
 Estructuras supramoleculares: como los ribosomas ya que contiene ADN.
También los son las membranas (lípidos y proteínas), la cromatina (ADN y proteínas) y los
nucléolos.
 Orgánulos subcelulares como el núcleo que contiene la membrana la cromatina y el nucléolo.
Estos formarán tejidos, órganos y sistemas para finalmente dar lugar al organismo completo.
 La célula es la unidad básica de los seres vivos:
 Teoría celular (muy importante):
o Las células forman parte de la materia viva.
o Todas las células proviene de otras células.
o La información genética se necesita durante la vida de las células y la que se necesita para
la formación de nuevas células, se transmite de una generación a la siguiente.
o Las reacciones químicas de un organismos esto es, su metabolismo, tiene lugar en las
células
 Funciones principales:
o Dividirse y dar lugar a otras células iguales.
o Mantener sus propias funciones vitales, es decir su metabolismo, para la obtención de la
energía necesaria.
o Sintetizar las proteínas necesarias para la realización de su función específica.
o Percibir las señales del exterior y responder a ellas.
 La vida es un sistema automantenido:
Los seres vivos tienen la capacidad de mantener toda su organización y funcionamiento gracias al
metabolismo, el cual es el conjunto de reacciones químicas catalizadas por enzimas que ocurren en
los seres vivos
 La vida se fundamenta en la información contenida en genes, que especifica la secuencia
aminoacídica de las proteínas ya que determina la estructura 3D lo que hace que ocurran distintas
interacciones con otras sustancias de forma concreta y específica.
Es muy importante la estructura y la función de las proteínas.
Para resumir: todo este flujo de información que contribuye a los procesos de transmisión, expresión,
comunicación y respuesta van a tener lugar en los sistemas biológicos gracias a la relación existente
entre la estructura tridimensional de las biomoléculas y su función.
Además en la propia estructura 3D de las biomoléculas donde se encuentra la información necesaria
para que tengan lugar las distintas funciones celulares.
 Por ejemplo: Esto lo puedo usar cuando no se sabe el resto aminoacídico que es responsable de
catalizar la reacción así es que introduzco mutaciones de aa para ver si se genera misma cantidad de
producto.
También se ve cuando tengo un aa con carga positiva (lisina) y lo cambio por una carga negativa
(glutamato), esto producirá una alteración de la estructura.
2. El Carbono:
Establece enlaces covalentes, que ocurren por compartición de electrones, y sencillos muy estables
generando distintas estructuras (lineales, ramificadas y cíclicas).
 Puedo formar estructuras tetraédricas
Ningún otro elemento es capaz de formar moléculas tan diferentes en cuanto al tamaño y la
estructura.
 Hay ‘’libertad’’ de giro completo en torno al enlace sencillo C-C.
Esto genera distintas conformaciones, es decir formas que pueden adoptar las moléculas orgánicas.
 La longitud del enlace simple es de 154 A, y del doble 134 Armstrong pero aquí ya no hay rotación
completa.
3. Grupos funcionales de las biomoléculas:
Las biomoléculas orgánicas poseen tamaños y propiedades tridimensionales características que dependen
de las estructuras de sus esqueletos carbonados.
Las biomoléculas son derivados de los hidrocarburos que presentan enlaces covalentes con hidrogeno. Su
reactividad es baja, por lo que son muy estables.

En las biomoléculas los sustituyentes del hidrogeno son los siguientes de la tabla. La amida es muy
importante porque está presente en las proteínas.

Los grupos funcionales alteran la distribución electrónica y la geometría, es decir la estructura, y por tanto
su función y su reactividad.
El acetilcoenzima A es una molécula polifuncional ya que tiene muchos sustituyentes, está implicada en
ciclo de Krebs y la beta-oxidación por lo que es muy importante en el metabolismo de azúcares y grasas.
4. Principales tipos de biomoléculas:
 Agua:
Es el disolvente universal ya que todos los procesos biológicos ocurren en medio acuoso.
Los 𝐻 + y 𝑂𝐻 − son fundamentales en la determinación de la estructura y propiedades biológicas de la
biomoléculas porque determinan las interacciones entre las biomoléculas y el agua.
Ej.: Proteína con residuos de lisina interacciona con los 𝑂𝐻 − , en cambio el glutamato con 𝐻 + .
 Biomoléculas orgánicas: están formadas por moléculas sillares más pequeñas unidas covalentemente.
 Ácidos nucleicos: contienen la información genética.
Están formados por cinco nucleótidos.
Su composición es: azúcar + base nitrogenada + ácido fosfórico.
Diferencia entre nucleótido y nucleosido:
El primero no tiene grupo fosfato, el nucleosido sí.
Polisacáridos o hidratos de carbono: están formados por monosacáridos.
Tienen dos funciones principales:
o Almacén de energía: glucógeno en animales y almidón en plantas.
o Estructural: celulosa.
 Proteínas: tienen diversas funciones y su molécula sillar es el aminoácido.
Están formados por 20 aa, algunos de ellos tienen carga positiva o negativa y es importante saber
cuales.
Diferencia entre aminoácidos esenciales y no esenciales.
Los esenciales son aquellos necesarios que necesitamos incorporar en la dieta porque no somos
capaces de sintetizarlos, por ejemplo el Phe, Ile, Leu, Lys, Met o Thr entre otros.
Los niños que tienen la enfermedad Phenyl cetonuria no son capaces de procesar la fenilalanina
porque la enzima la fenilalanina hidroxilasa (PAH) no es capaz de degradar este compuesto y
empieza a ser toxica su acumulación.

 Lípidos: sus funciones son la reserva energética y

estructural.
Están formados por ácidos grasos.
 Hidratos de carbono: están formados por monosacáridos.
 Importante: Los ácidos nucleicos y proteínas son macromoléculas informativas porque la información
reside en el orden en el que se dispone sus moléculas similares.
Por ejemplo las secuencias de Stop vienen dadas por las bases nitrogenadas.
En cambio los lípidos y polisacáridos no son informativos porque tienen menos combinaciones, ya que
hay 20 aa de proteínas y 5 de ácidos nucleicos lo que genera mayor variedad.
5. Jerarquía estructural:
Hay que tener muy claro que la estructura está relacionada con la función.

6. Interacciones electrostáticas:
La célula está formada por distintos orgánulos resultado de las distintas interaccionas entre las moléculas.
Las fuerzas de unión que se dan entre las moléculas sillares pueden ser débiles, estas ocurren entre miles
y millones de células, lo que da lugar a una unión más fuerte.
Las interacciones electrostáticas son un conjunto de interacciones no covalentes que contribuyen al
mantenimiento de las estructuras celulares, la biomoléculas fundamental es el agua. Tipos:
 Interacciones iónicas:
Ocurre entre átomos o grupos cargados, ej.: lisina y glutamato.
Influye también la distancia, estructura 3D, y no solamente la carga.
 Enlaces por puente de hidrógeno:
Se forma entre cualquier átomo electronegativo y un hidrógeno unido a
otro átomo electronegativo.
Son fuerzas de cohesión entre las moléculas de H2O.
Hay distintas en lo que hace que haya distintas cargas parciales, el O
tiene carga parcial negativa y el H carga parcial positiva, por ello oxígeno
tirará del hidrogeno y al final tendremos una molécula apolar, pero sin carga.
Es muy importante la distancia para que se pueda formar este puente.
En las redes acuosas encontramos el hielo, el cual tiene 4 puentes de
hidrógeno, al pasar a liquido habrá 3,6 puentes. Cuantos más puentes
mayor rigidez.
Es importante saber quién es el donador y el aceptor del hidrogeno.
 Los enlaces se pueden formar entre multitud de moléculas orgánicas, intra (dentro de la molécula) o
intermolecular (entre dos moléculas). Son importantes en las proteínas?

Para que se forma puente necesita mucha energía, entropía, así es que habrá competición entre el
agua y las moléculas, pero una vez haya varios enlaces formados, los siguientes serán más fáciles de
construir, por eso se dice que es cooperativo.
 Fuerzas de Van der Waals:
Son dipolos infinitesimales creados por el movimiento de los
electrones alrededor del núcleo (definición no muy buena).
Se da entre grupos hidrófobos, por ejemplo cuando tengo un aa
sin carga apolar a distancia de radio de Van der Waals.
Es muy importante la distancia en estas interacciones.
Todas están en medio acuoso y por lo tanto siempre se dará el
puente de hidrogeno.
 Efecto hidrofóbico:

Las moléculas suelen ser anfipáticas (polar

+ apolar)
Los aa son los que pueden ser polares o
apolares por individual, en cambio la
proteína que tiene muchos residuos es
mucho más compleja y es anfipática.
De estas moléculas anfipáticas me interesa
su comportamiento, si las meto en el agua
se adquirirá una estructura en forma de
micela de manera natural, las cabezas
polares establecerán PH2 con el agua. Y en
el interior habrá interacciones de Van der
Waals entre los grupos apolares.
Los grupos aminoacídicos en la superficie
de la proteína que se encontraran serán
aquellos que sean polares con carga, los de
dentro serán apolares sin carga.
Esta estructura de micela recuerda a las
membranas. Es muy importante el efecto
hidrofóbico en las interacciones.
7. Ácidos y bases débiles, pk:
Los ácidos y las bases débiles no se encuentran totalmente ionizados
en una disolución acuosa.
Son muy importantes en los sistemas biológicos.
La capacidad para ceder un electrón viene dada por la constante de
acidez.
Ejemplo de ionización del ácido acético (aspirina):
 Fórmula de Hendersson-Hasselbach:
Importante el concepto de pK: es el valor del pH en el cual el ácido o base débil
esta disociado a la mitad, es decir, que las dos formas están en equilibrio, por lo
que las dos concentraciones son iguales. Debido a esto se me quedará pH = pK,
ya que el logaritmo de uno es cero.
 Curva de titulación de ácido acético:
Experimento examen prácticas importante:

En la bureta tengo ácido acético (pH=1) y en lo otro la base fuerte.

Expuso el NaOH al ácido acético y se forma agua, según voy echando consigo el pk=pH porque
las dos especies estarán en equilibrio.
Si continuo añadiendo OH- me cargo el equilibrio y tendré un pH de 9 porque habra muchos iones
acetato.
Una de sus aplicaciones cuando está en equilibrio es que actúa de sistema de tampón
amortiguando los pequeños cambios de pH.
Lo que me interesa de esta capacidad de tampón es que me regula el pH, algo importantísimo.
Hay muchos problemas en la sangre por tener alcalosis o acidosis.
 Capacidad tampón:
Tengo tres sistemas: ácido acético, amoniaco/ion amonio y ácido fosfórico
Usaría ácido fosfórico para regular el pH porque tiene pK en torno a 7, ya que la capacidad
reguladora debe mantenerse una unidad por encima o por debajo de pH respecto a PK.

 El ácido fosfórico:
Es una ácido triprotico, es decir que tiene tres protones, y se encarga del manteniendo de pH
celular de muchos sistemas biológicos.
En el grafico solo me interesa el ‘’second midpoint’’, y en cada uno de esos midpoint se va
soltando protones.
¿A PH diez que especie será la mayoritaria? La second midpoint.
¿Y a pH cinco? Pues la especie mayoritaria será la first midpoint.
  Tampón bicarbonato:
Libera dos protones. El pH sanguíneo es de siete así es que se usar
el pKa 1 porque es 6.37. Este sistema amortigua entre pH de 5.37 y
6.37.
El segundo amortigua entre 9 y 12.
 Importancia de las propiedades acido base de las biomoléculas:
Dependiendo de si es base o ácida está relacionada con la estructura y
eso con la función.
Ese residuo que aparece es una proteína y la cadena lateral de una aa (estirina) básica en la
hemoglobina para la liberación del oxígeno a los tejidos.

8. Ideas principales el tema:

a) Relación entre la estructura y la función.
b) Complejidad de la vida porque existe mucha diversidad, pero al final las biomoléculas y las
interacciones son las mismas.
c) Porque los ácidos nucleicos y las proteínas son moléculas informativas.
9. Preguntas:
a) La vida se define como compleja porque existe una gran diversidad de seres vivos.
b) La teoría celular no dice que …
c) La importancia bioquímica del carbono reside en la diversidad de moléculas que pueden originar.
d) La fenilcetonuria es un defecto en la degradación del Phe.
e) Son moléculas informativas las proteínas.
f) No es un tipo de fuerza de interacción entre las biomoléculas el radio de Van der Waals.
g) Los aminoácidos más reactivos son los cargados.
h) La capacidad tampón es básica en el mantenimiento del pH en los sistemas biológicos.