Fcv

Escuela superior politécnica del litoral

Facultad de ciencias de la vida
Biología Celular y Molecular
Facultad de ciencias
LABORATORIO PRÁCTICO de la vida

CÓDIGO
NOMBRE María José Durazno Macas BIOG1021

PROFESOR Eduardo Sánchez Timm

LABORATORIO Biología Celular y Molecular

FECHA 19-08-2023 PARALELO 101

TEMA DE LA PRÁCTICA Análisis in-sílico de una secuencia de ADN

1. OBJETIVOS:
 Objetivo general:
Facilitar la comprensión y aplicación de software libre en el análisis de secuencias a través
de una sesión de laboratorio, con el propósito de que los estudiantes participantes no solo
adquieran destrezas prácticas con estas herramientas, sino que también desarrollen la
capacidad de utilizarlas en proyectos futuros, particularmente en la construcción e
interpretación de árboles filogenéticos. De esta manera, los estudiantes podrán explorar y
comprender las relaciones evolutivas entre diferentes organismos utilizando métodos
bioinformáticos avanzados, lo que enriquecerá su comprensión de la diversidad biológica y
les proporcionará habilidades valiosas para la investigación y la aplicación de la biología en
diversos campos.

 Objetivos específicos:
 Explicar los conceptos fundamentales de la evolución molecular y la teoría filogenética,
así como los pasos involucrados en la inferencia filogenética a partir de la relación de
datos filogenéticos.
 Proporcionar instrucciones detalladas sobre cómo realizar búsquedas de secuencias
similares, alineamientos múltiples y análisis de diversidad genética utilizando estas
herramientas.

2. INTRODUCCION:
El analisis in-silico
La clasificación de los organismos ha sido una búsqueda constante para comprender la
diversidad de la vida en la Tierra. En este sentido, los sistemas de clasificación tradicionales han
cedido terreno a enfoques basados en la filogenia, que revelan las conexiones evolutivas entre
las especies y grupos taxonómicos. Estos sistemas no solo reflejan el conocimiento acumulado
de las características morfológicas y fisiológicas, sino que también se sumergen en las
relaciones genéticas profundas que conectan a los seres vivos. Es de carácter imprescindible
explorar los componentes claves de la filogenia: los árboles filogenéticos. Estos diagramas, en
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la bioinformática, trazan las trayectorias evolutivas de manera visual y ayudan a descifrar el

código compartido entre los organismos. A medida que examinamos los árboles filogenéticos en
detalle, descubrimos cómo se construyen, cómo interpretar sus ramas y nodos, y cómo estos
diagramas son herramientas esenciales para desentrañar el viaje evolutivo que ha dado forma a
la biodiversidad en nuestro planeta. En este contexto de investigación en bioinformática,
exploraremos las capacidades y limitaciones de los árboles filogenéticos, desentrañando su
utilidad en el análisis de datos genómicos y la comprensión de las relaciones evolutivas entre los
organismos vivos (Google Clasroom, s.f.).
Las herramientas de la bioinformática se han ido desarrollando con programas y técnicas cada
vez más sofisticados. La bioinformática puede ser definida como una disciplina que aprovecha
las herramientas de la informática para el procesamiento de una amplia gama de datos
biológicos. Su objetivo principal es adquirir, analizar, almacenar y presentar estos datos de
manera efectiva. Ejemplos de estos datos biológicos incluyen secuencias de ADN y
aminoácidos, así como información derivada de estudios epidemiológicos o bases de datos
clínicos. En síntesis, la bioinformática ha emergido como un puente esencial entre la biología y
la informática, permitiendo una comprensión más profunda de los secretos genéticos y
moleculares que sustentan la vida en todas sus formas (Universidad internacial de Valencia,
2022).
La relación de la bioinformática con la genética, y la filogenética establece un vínculo vital en el
panorama científico actual. La bioinformática actúa como el nexo tecnológico que permite a la
genética y la filogenética expandir sus horizontes. A medida que la genética desentraña los
secretos del código genético y la herencia, la bioinformática proporciona las herramientas para
almacenar, analizar y extraer patrones de los vastos conjuntos de datos genómicos. En última
instancia, esta tríada “bioinformática, genética y filogenética” ejemplifica una simbiosis
científica donde cada disciplina amplifica el potencial de las otras.

3. MATERIALES Y EQUIPOS:

Herramientas virtuales Equipos

NlH Laptop
Primer3
Uniprot
Pythozome
Muscle

Tabla 1. Materiales y equipos empleados

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4. PROCEDIMIENTO:
Primera parte:
 Se dirigió hacia la página de NIH (National Library of Medicine)
 Se seleccionó el apartado de “Nucleotide blast”
 Se buscó la secuencia genómica proporcionada en el documento de “práctica 6”
 Se hicieron anotaciones del resultado más acertado.
 Se dirigió hacia la página de “uniprot”.
 Se colocó la secuencia.
 Se revisaron los datos de la especie “Oryza sativa”
 Se realizó el diseño de primers mediante el software primer3.
 Se modificó la longitud del producto.
 Se realizaron anotaciones del resultado.

Segunda parte:
 Se realizó la búsqueda del genoma en phytozome y se encontró las secuencias homólogas.
Link: https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.htm
 Se colocó en el primer casillero de búsqueda “Oryza sativa” y en el segundo
“LOC_Os01g20720” y dar clic en GO.
 En el resultado de la búsqueda, se dio clic en el botón verde G.
 Se buscó la casilla nombrada, “protein homologs”, y se seleccionaron 10 secuencias.
 Se dio clic en el check box para poder descargar las secuencias.
 Se obtuvo un documento en “txt”
 Se arregló el texto de la manera indicada y se pegó en la página “muscle”, Herramienta para
alineamiento de secuencias, búsqueda de zonas conservadas y generación de un árbol
filogenético.
Link: http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/
 Se presionó en enviar resultados y se esperó a que la página procese los resultados.
 Se generó el árbol filogenético y se analizaron las similitudes.
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5. IMÁGENES Y GRÁFICOS:

Ilustración 1. Especie localizada

Ilustración 2. Información de la especie Oryza sativa

Ilusatración 3. Primer forward y reverse

Tabla 1. Datos del primer generado

Ilustración 5. Árbol filogénetico

6. OBSERVACIONES Y RESULTADOS:
 Observaciones:
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 Se debe de tener cuidado al momento de transcribir las secuencias, debido a que

luego la herramienta “muscle” no procesa la secuencia, y no arroja el resultado.
 Comparar cuidadosamente los filos de las especies, ya que pueden tener similitudes.
 Tener en cuenta que se debe de reconocer el nombre de las especies para poder
realizar un correcto análisis de estas mismas.
 Seguir los pasos, mencionados en el documento de “práctica 6”, para no tener
problemas con los resultados finales.
 Resultados:

Se debe hacer una breve explicación de las fotos y gráficos propuestos en la práctica y mencionar
lo que resultó de la práctica

7. CONCLUSION Y DISCUSIÓN:
 Conclusión:
 Discusión

Se debe concluir apoyándose en los objetivos ya que estos se deben cumplir y si no, se debe
mencionar las razones e inferencias por la cual no se llegó a los objetivos. Contrastar los resultados
con otras investigaciones, se deben usar referencias bilbliográficas.

8. BIBLIOGRAFÍA:
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Citar más de tres referencias bibliográficas de fuentes físicas (libros) y digitales (artículos científicos).
Siguiendo el formato APA. No poner referencias de páginas web que carecen de información ejemplo:
Wikipedia

9. ANEXOS:

Anexo 1. Especies seleccionadas en phytozome

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(
(
(
(
Thecc1EG045109|Thecc1EG045109t1:0.06881,
Thecc.10G152800|Thecc.10G152800.:0.08031)
:0.21083,
(
VIT_212s0121g00050|VIT_212s0121g:0.24352,
Caden.11G229200|Caden.11G229200.:0.25691)
:0.03813)
:0.05549,
(
Dioal.3382s0072|Dioal.3382s0072.:0.00713,
Dioal.07G087800|Dioal.07G087800.:-0.00393)
:0.30120)
:0.01102,
(
(
LOC_Os09g14490|LOC_Os09g14490.1:-0.00039,
OsKitaake03g241316|OsKitaake03g2:0.00335)
:0.31586,
Aco015021|Aco015021.1:0.29259)
:0.00386,
Anexo 2. Data tree OsKitaake01g141100|OsKitaake01g1:0.30523);

Insertar imágenes relativas a la práctica, preguntas formuladas o información adicional (optativo)