Estructura genética entre poblaciones naturales y en

cautiverio de chimpancés utilizando microsatélites

Margarita Díaz*,

Santiago Cote*, Sergio Porras*

*Escuela de Biología, Facultad de Ciencias, Universidad Industrial de Santander,

Bucaramanga, Colombia.

Abstract: We determined the genetic structure of 5 wild populations and their

comparison with 2 zoo populations, our results show little difference between all 7
populations, this however, could be the result of low genetic power of only 5 SNPs.
Resumen: usando 5 marcadores microsatelite determinamos la estructura
genética entre poblaciones naturales y su relación con 2 poblaciones en
zoológicos, contrario a la literatura nuestros resultados muestran poca
diferenciación genética entre todas las poblaciones, sin embargo, esto puede
deberse al bajo número de marcadores utilizados y su limitado poder de
información.
Introducción diversidad y la estructura entre las
poblaciones (Auton et al., 2012;
Los chimpancés (Pan troglodytes)
Mitchell et al., 2015; Smith, Aitken,
aún mantienen una amplia
Schwarz, & Morin, 2004).
distribución a lo largo de África
subsahariana (Mitchell et al., 2015), Evidencias genéticas, obtenidas con
tradicionalmente se han reconocido otros tipos de marcadores
tres sub-especies de chimpancés: P. moleculares, han evidenciado una
troglodites verus, P.t.troglodytes, P. t. notoria separación entre las muestras
schweinfurthii comúnmente llamados de zoológicos y las naturales. Pese a
del oeste, centro y este de África esto, es posible prever relaciones
respectivamente (Gonder et al., entre las poblaciones naturales
1997). debido a que es posible que
compartan áreas y territorios
A pesar de esto las relaciones entre
comunes. Nuestro objetivo es
las sub-especies no es
analizar la estructura genética en
completamente clara, especialmente
subpoblaciones naturales y en
entre las poblaciones de centro y
poblaciones de chimpancés cautivos
este, ya que existen regiones de
en zoológicos, para comprobar la
convergencia de los territorios
tesis que afirma la existencia de
ocupados por estas poblaciones
diferencias marcadas entre las
(Mitchell et al., 2015). Estudios de
poblaciones naturales y las de
caracterización de SNP en el genoma
zoológico, utilizando marcadores
han contribuido en proveer
moleculares diferentes.
herramientas para el estudio de la
Simultáneamente se pretende El análisis de variabilidad genética
verificar la hipótesis de la existencia (Heterocigosis y polimorfismo) arroja
de similitudes entre las poblaciones como resultado un rango de
naturales que comparten espacios moderado a alto para la diversidad
comunes. genética en las subpoblaciones de
chimpancés analizadas (Tabla 1). La
Heterocigosis promedio observada
Métodos
para todas las poblaciones en
Se realizó la caracterización genética
poblacional de 5 microsatélites conjunto fue de 0.695, mientras que
autosómicos en 242 individuos la Heterocigosis promedio esperada
pertenecientes a 7 subpoblaciones de fue de 0.833, estos datos testifican
chimpancés. que existe un déficit de heterocigotos
Para realizar esta caracterización de Heterocigosis promedio
Indice de
las poblaciones se construyeron tres Población Fijación
matrices: una con los datos de las Ho He F
subpoblaciones que residen en un Naturales 0,706 0,848 0,167
hábitat natural (Peak Coast, Kennedy, Zoológicas 0,684 0,819 0,163
Black Canyon, Apaporis y Niger), la Promedio
0,695 0,833 0,165
segunda de las subpoblaciones que Conjunto
se encuentran establecidas en
zoológicos (Donobio y Juice de Fora), Peak coast 0,686 0,808 0,148
Kennedy 0,730 0,848 0,140
y la última contiene a las poblaciones
Black canyon 0,764 0,837 0,086
naturales y en zoológico en conjunto.
Apaporis 0,727 0,824 0,119
Los estadísticos fueron obtenidos con
Niger 0,592 0,796 0,264
el software GenAlex v.6.4 (Peakall y
Promedio
Smouse, 2006). 0,700 0,823 0,152
Naturales

Estimaciones genéticas
Juice de fora 0,787 0,799 0,015
Para determinar la diversidad Donobio 0,585 0,791 0,262
genética se obtuvo la Heterocigosis Promedio
promedio esperada (He) e observada Zoológicas
0,686 0,795 0,139
(Ho), la proporción de loci polimóficos
y el equilibrio de HW para cada Loci. Tabla 1. Heterocigosis promedio e índice de
fijación obtenidos independientemente para
Estructura genética población natural, zoológica y en conjunto.
Se obtuvieron el índice de fijación (F),
los estadísticos F de Wright (Fit, Fis, en las poblaciones.
y Fst), Rst y flujo génico (Nm) para la Para las poblaciones que residen en
caracterización de la estructura un hábitat natural se observó que la
genética entre las poblaciones población con menores niveles de
naturales y las de zoológicos. diversidad fue Niger con 0,796 de
Heterocigosidad esperada y 0,592 en
Resultados y discusión la observada, las 4 poblaciones
naturales restantes también
presentan endogamia, pero con fijación de 0.015 siendo el valor más
valores más moderados. En bajo entre todas las subpoblaciones,
contraparte, entre las poblaciones en lo cual se corroboró con un test de
cautiverio, Donovio es la que HW, dando como resultado que los 5
presenta una menor diversidad, con loci en esta población se encuentran
una Heterocigosidad esperada y en equilibrio. En general las
observada de 0.791 y 0.592
poblaciones naturales presentan un
respectivamente. Resaltamos que la
índice de fijación ligeramente mayor
población en cautiverio, Juice de
Fora, comparada con todas las que las poblaciones en zoológicos.
poblaciones en general es la que Los estimados del Fis y Fit en todas
presenta la menor diferencia entre las poblaciones fueron muy similares
Heterocigosis esperadas y y superiores a cero (Tabla 2
observadas. Así mismo ninguna A),indicando un exceso de
población presentó mayores homocigotos e apareamientos no al
azar dentro y entre las
niveles de Heterocigosis observada subpoblaciones, estos valores fueron
respecto a la esperada. -A-
mayores para las poblaciones
Revisando los índices de fijación a naturales comparadas con las
nivel de las subpoblaciones se -B-
zoológicas.
observó que Niger y Donovio Sobre la estructura genética de las
presentan los más altos valores de subpoblaciones en los casos
fijación, 0.264 y 0.262 analizados, los Fst registrados en
respectivamente. En el caso de Juice todas son muy similares, presentan
de Fora, esta presento un índice de valores bajos y cercanos a cero, lo
Locus Fis Fit Fst Nm
L1 0,154 0,158 0,005 49,529
L2 0,225 0,231 0,007 36,646
L3 0,197 0,200 0,003 75,701
L4 0,156 0,165 0,010 25,573
L5 0,094 0,102 0,010 25,306

Promedio 0,165 0,171 0,007 42,551

-C-
Locus Fis Fit Fst Nm
L1 0,111 0,128 0,020 12,514
L2 0,219 0,255 0,045 5,273
L3 0,134 0,156 0,026 9,505
L4 0,218 0,240 0,027 8,914
L5 0,068 0,088 0,022 10,953

Promedio 0,150 0,173 0,028 9,432

Locus Fis Fit Fst Nm

L1 0,160 0,190 0,036 6,683
L2 0,149 0,200 0,061 3,861
L3 0,219 0,236 0,022 10,964
L4 0,084 0,093 0,010 24,948
L5 0,070 0,087 0,018 13,743

Promedio 0,136 0,161 0,029 12,040

Tabla 2. Estimaciones de los estadísticos F de Wright y Nm calculados independientemente para cada
locus en (A) poblaciones naturales y zoológicas en conjunto; (B) sólo poblaciones Naturales; (C) sólo
cual indica que existe poca o casi
nula diferenciación genética entre las
subpoblaciones, lo que nos revela
que la variación genética es un
componente que se encuentra dentro
de las subpoblaciones, pero es casi
nula entre las poblaciones. Lo
anterior es corroborado por el
estimado de Rst, el cual tuvo un valor
de 0,023 en la comparación entre
ambas poblaciones.
El Flujo genético Nm obtenido en
todos los casos es alto, esto sugiere
que existe un flujo génico entre las
poblaciones y subpoblaciones
haciendo baja la diferenciación
genética y la probabilidad de deriva.
El conjunto de los datos indica casi
nula diferenciación genética entre las
poblaciones, lo cual contradice la
literatura actual sobre relaciones
genéticas tanto entre poblaciones
naturales como entre naturales y
zoológicas.
Al interpretar los resultados
concluimos dos posibles razones de
por qué se da esta situación de flujo
genético entre los chimpancés de
distintas zonas en África. La primera
ocasiones han arrojado datos
contradictorios (Becquet, Patterson,
Stone, Przeworski, & Reich, 2007).
Estudios con pocos microsatélites
como (Gonder & Disotell,2006)
concluyen que la cuarta sub-especie
(P. t. ellioti) no existe al no encontrar
diferencias alélicas significativas, sin
embargo estudios posteriores que
incluyeron más microsatélites
(Becquet et al., 2007) o incluyen
marcadores mitocondriales (Mitchell
et al., 2015) si encuentran evidencia
que soporte la cuarta sub-especie,
estos datos nos indican que la
información obtenido con solo 5
microsatelites puede ser insuficiente
para observar las diferencias
genéticas entre las poblaciones, se
recomendaría a futuros estudios
utilizar más microsatelites o adicionar
otros marcadores.

Otra posible explicación a la baja

diferenciación entre las poblaciones
podría ser debido al bajo número de
marcadores evaluados, se ha
observado que los marcadores de
microsatelite son menos variables en
chimpancés que en otros mamíferos
(Kaessmann, 1999) y en numerosas