Otra posible explicación a la baja diferenciación entre las poblaciones podría ser debido al bajo

número de marcadores evaluados, se ha observado que los marcadores de microsatelite son

menos variables en chimpancés que en otros mamíferos (Kaessmann, 1999) y en numerosas
ocasiones han arrojado datos contradictorios (Becquet, Patterson, Stone, Przeworski, & Reich,
2007). Estudios con pocos microsatélites como (Gonder & Disotell,2006) concluyen que la cuarta
sub-especie (P. t. ellioti) no existe al no encontrar diferencias alélicas significativas, sin embargo
estudios posteriores que incluyeron más microsatélites (Becquet et al., 2007) o incluyen
marcadores mitocondriales (Mitchell et al., 2015) si encuentran evidencia que soporte la cuarta
sub-especie, estos datos nos indican que la información obtenido con solo 5 microsatelites puede
ser insuficiente para observar las diferencias genéticas entre las poblaciones, se recomendaría a
futuros estudios utilizar más microsatelites o adicionar otros marcadores.