TALLER Y CONFERENCIA INTERNACIONAL “SITUACION ACTUAL DE LA

VALORACIÓN, CONSERVACION Y USO DE LA DIVERSIDAD GENETICA DEL

ALGODÓN CON FINES DE BIOSEGURIDAD”

Uso de marcadores moleculares en el

mejoramiento genético y su aplicabilidad
Christopher VIOT1

1CIRAD, UMR AGAP

Av Agropolis - 34398 Montpellier Cedex 5 – Francia
christopher.viot@cirad.fr
Taller “Conservación y Uso de la Diversidad de Gossypium barbadense L.” - La Molina, Perú - 26-28 Set. 2016 ©C. Viot
Estrategia de SAM Genotipo mejorador x Variedad cultivada
por
retrocruzamiento /
backross Año n x Variedad cultivada
F1
SAM 1

Año n+1 BC1 x Variedad cultivada

SAM 2
SAM = Selección
asistida por
Año n+2 BC2 x Variedad cultivada
marcadores
BC = backcross /
retrocruzamiento

Año n+4 BC4 x Variedad cultivada

SAM 5

Variedad cultivada con

gen(es) transferido(s)

Taller “Conservación y Uso de la Diversidad de Gossypium barbadense L.” - La Molina, Perú - 26-28 Set. 2016 ©C. Viot
Mapas genéticos de marcadores ADN y
cartografía de QTLs asociados a
caracteres fenotípicos

Ejemplo de mapa genético con regiones

probables de QTLs

Datos no reales
Map: MapChart (Voorrips 2002)

Taller “Conservación y Uso de la Diversidad de Gossypium barbadense L.” - La Molina, Perú - 26-28 Set. 2016 ©C. Viot
 Fenotipo
Principios del
SSR-1
posicionamiento de
los marcadores y de
los QTLs sobre un Genotipo
cromosoma

Fenotipo
SSR-2
Localización
calculada del
QTL

Fenotipo
SSR-3

Fenotipo
SSR-4

Fenotipo
SSR-5

Taller “Conservación y Uso de la Diversidad de Gossypium barbadense L.” - La Molina, Perú - 26-28 Set. 2016 ©C. Viot
Incremento de precisión de los QTLs :
vnuevas poblaciones más numerosas
vcombinación de QTLs de diferentes
estudios à calculo de meta-QTLs con
softwares especializados
à 3 QTLs de tenacidad ( )
à 1 QTL de uniformidad de longitud ( )
à 1 QTL de longitud ( )
à 1 QTL de finura ( )

Datos no reales
Map: MapChart (Voorrips 2002)

Taller “Conservación y Uso de la Diversidad de Gossypium barbadense L.” - La Molina, Perú - 26-28 Set. 2016 ©C. Viot
 Mapa genético consenso
c21-2014

c02-2014 c21-cons

c02-cons
Mapas genéticos consensos por
c02-2016 c21-2016
combinación de datos de dos
mapas genéticos conteniendo
marcadores ADN comunes

è mapa genético con más

marcadores que los mapas
originales

è combinación de QTLs de
diferentes estudios, por ej. en una
meta-análisis

Datos no reales
Map: MapChart (Voorrips 2002)

Taller “Conservación y Uso de la Diversidad de Gossypium barbadense L.” - La Molina, Perú - 26-28 Set. 2016 ©C. Viot
5000

4500 LOD3
LOD3.5
4000

3500

3000

2500

2000

1500

1000

500

c01 c02 c03 c04 c05 c06c07 c08 c09 c10 c11 c12 c13 c14 c15c16c17 c18 c19 c20 c21 c22 c23 c24 c25c26

Distribución de frecuencia de QTLs a lo largo de los 26 cromosomas

del algodón tetraploide. Los eQTLs o QTLs de expresión (ARN)
fueron detectados por hibridación sobre micro-array,

è Observación de "hotspots" o clusters de e-QTLs

Datos no publicados
Gráfico: R software

Taller “Conservación y Uso de la Diversidad de Gossypium barbadense L.” - La Molina, Perú - 26-28 Set. 2016 ©C. Viot
 QTLs y genes de estructura o regulación

QTL
correspondiendo
al carácter meta
cromosoma

Gen A de
estructura

gen A

gen regulador
del gen A

Taller “Conservación y Uso de la Diversidad de Gossypium barbadense L.” - La Molina, Perú - 26-28 Set. 2016 ©C. Viot
 c12 c26 c3 c17 c5 c19
Mk cM cM Mk Mk cM cM Mk Mk cM cM Mk

SSR 75 -- -- 76 SSR SSR 77 -- SSR 109 --

SSR 73 --
SSR 70 --
AFLP 103 --
70 --
AFLP
AFLP
69 --
68 --
SSR
SSR
SSR
99
98
--
--
SSR 67 --
94 --
64 -- 93 --
AFLP
SSR
SSR 65
-- SSR
SSR 92 -- -- 76 AFLP
SSR 62 -- -- 62 SSR AFLP 89 -- --
-- 73 AFLP
88 --
72 SSR
SSR 61 -- SSR 61 -- -- 46 SSR SSR

AFLP 83 -- --
--
68 SSR
66 AFLP
--
-- -- 57 SSR --
-- 42 SSR -- -- 65 SSR
SSR
SSR
56
56
-- -- --
41 SSR AFLP
AFLP
SSR
81
80
79 --
--
AFLP
AFLP
54
54 -- -- 55 SSR
54 AFLP SSR 54 -- -- 40
39
SSR
SSR SSR 77 --
--
-- --
SSR
AFLP
76
75 --
50 --
52 AFLP SSR 52 SSR 74 -- --
AFLP
49 --
AFLP 50 -- -- 35 AFLP 56 SSR
SSR
AFLP 48 -- -- -- 53 SSR
SSR 47 --
46 -- -- 46 AFLP 46 --
-- 33 SSR
32 AFLP
AFLP SSR
SSR 45 -- -- 30 SSR AFLP 65 --
--
-- 46
45 AFLP
45 SSR
44 SSR
42 -- -- SSR
SSR AFLP
AFLP 59
59 -- -- 43 SSR
SSR 39 -- -- 40 SSR -- 25 SSR SSR 57 -- 42 SSR
SSR 38 -- --
-- 38 AFLP
38 SSR AFLP 38 -- SSR 55 -- -- 38 SSR
SSR 36 --
36 -- -- 21 SSR 51 --
-- 36 SSR
SSR
SSR 34 --
34
-- --
-- 35 AFLP
SSR
AFLP 49 -- -- 33 SSR
SSR
--
34 SSR
-- -- 31 SSR
32 AFLP AFLP 32 -- 16 SSR
AFLP 30 -- SSR 43 --
AFLP
AFLP
28
27 --
-- AFLP 40 -- --
-- 24
22
SSR
SSR
25 --
SSR 26 --
-- SSR 38 --
SSR
SSR 24 --
SSR 26 SSR 36 -- --
--
SSR
SSR 24
24 --
-- --
18 SSR

-- 23 AFLP
22 AFLP AFLP 23
21 --
SSR 31 --
16 AFLP

SSR 20 -- -- 20 SSR
SSR

SSR 25 --
-- -- 8 SSR
SSR 16 -- --
SSR 23
--
SSR 15 -- SSR 15 --
0 SSR SSR 22

18 --
SSR
AFLP 15 --
-- 0 SSR

SSR 8 -- --
-- 9
8
SSR
AFLP
SSR 9 --
SSR 9 --
SSR 2 -- --
SSR 0 -- -- 1
0
SSR
SSR SSR 0 -- SSR 0 --

Importancia de la compatibilidad de los alelos de diferentes genes en el

caso de cruces entre genotipos distantes
è Desequilibrio gamético (o de ligamiento o "linkaje") entre loci de cromosomas homeólogos
en la descendencia de un cruce G. hirsutum x G. barbadense
Taller “Conservación y Uso de la Diversidad de Gossypium barbadense L.” - La Molina, Perú - 26-28 Set. 2016 ©C. Viot
 Dos grandes categorías para las bases genéticas
de los caracteres de interés

Simple - implicando Multigénica: caracteres

pocos genes cuantitativos

Transferencia fácil por Detección de QTLs para la

selección clásica o asistida selección asistida por
por marcadores marcadores

Balance por el momento negativo

en creación varietal algodonera
basada sobre los QTLs.

Taller “Conservación y Uso de la Diversidad de Gossypium barbadense L.” - La Molina, Perú - 26-28 Set. 2016 ©C. Viot
Marcadores del ADN utilizados :
- Microsatélites o SSR - simple sequence repeats
- SNPs – single nucleotide polymorphisms

Métodos de genotipaje (principales)

- PCR y electroforesis
- Micro-array
- Genotipado por secuenciado – GBS

Taller “Conservación y Uso de la Diversidad de Gossypium barbadense L.” - La Molina, Perú - 26-28 Set. 2016 ©C. Viot
 Principio de la aparición del polimorfismo de longitud
de las secuencias SSR / microsatélites

Primer 1 del Copia de la región SSR sin cambio

marcador SSR

Primer 2 del
marcador SSR
Copia de la región SSR con 1 unidad más
del motivo repetitivo

Copia de la región SSR con 1 unidad menos

del motivo repetitivo

Taller “Conservación y Uso de la Diversidad de Gossypium barbadense L.” - La Molina, Perú - 26-28 Set. 2016 ©C. Viot
Polimorfismo de tipo SNP – single nucleotide polymorphism

Imagen de Wikipedia: SNP model by David Eccles (gringer)

Taller “Conservación y Uso de la Diversidad de Gossypium barbadense L.” - La Molina, Perú - 26-28 Set. 2016 ©C. Viot
 Principio de la PCR – polymerase chain reaction

5’ 3’
ADN doble hebra
3’ 5’
Desnaturalización del ADN
Primer 1 5’ 3’

3’ 5’ Primer 2
Apareamiento de los cebadores e
instalación de la polimerasa
Taq Pol 5’ 3’

3’ 5’
Elongación Taq Pol

Taq Pol 5’ 3’

3’ 5’ Taq Pol

è Numero de copias del

ADN x2 / ciclo de PCR
Ciclo siguiente

Taller “Conservación y Uso de la Diversidad de Gossypium barbadense L.” - La Molina, Perú - 26-28 Set. 2016 ©C. Viot
 Dos metodologías basadas sobre marcadores ADN
adaptadas para el mejoramiento genético de los
cultivos

Genética de asociación Selección genómica

Búsqueda de genes en Mejoramiento varietal de

recursos genéticos los cultivos con SAM

Taller “Conservación y Uso de la Diversidad de Gossypium barbadense L.” - La Molina, Perú - 26-28 Set. 2016 ©C. Viot
 La genética de asociación - GWAS

genotipos sin relación

Recursos Genéticos
definida de parentesco

Genética de asociación: búsqueda

de correlaciones estadísticas entre
fenotipos y genotipos

QTLs / genes candidatos

localizados

Genómica funcional

Validación de genes para el

mejoramiento varietal

Selección asistida por marcadores

Creación varietal

Taller “Conservación y Uso de la Diversidad de Gossypium barbadense L.” - La Molina, Perú - 26-28 Set. 2016 ©C. Viot
 Selección genómica

Principio :
à Estudio de las relaciones entre
un muy grande número de
marcadores y los fenotipos de
una población de algodoneros

à Estimación de los parámetros de

un modelo de la relación
marcadores ADN - fenotipos 7

Taller “Conservación y Uso de la Diversidad de Gossypium barbadense L.” - La Molina, Perú - 26-28 Set. 2016 ©C. Viot
 Selección genómica

Población de referencia :
7 7 7
è Genotipado (alta capacidad) 7
7

è Fenotipado

Estimación de parámetros para un modelo de la

relación entre genotipos y fenotipos

Aplicación para la selección

dentro de las poblaciones metas

7 7 7 7 7
7 7 7
7

Taller “Conservación y Uso de la Diversidad de Gossypium barbadense L.” - La Molina, Perú - 26-28 Set. 2016 ©C. Viot
Aplicación de los marcadores del ADN en el mejoramiento
genético

Los marcadores del ADN permiten respuestas fiables, rápidas y baratas para:

à Diferenciar plantas individuales:

identidad entre variedades
proximidad entre genotipos
pureza varietal
estructuración y gestión de recursos genéticos

à Controlar la presencia de un transgén o de un gen determinado:

Selección asistida transferencia por retrocruzamiento,
. por marcadores selección de caracteres con herencia simple

resistencias a
enfermedades, grado de
pilosidad, densidad de
glándulas de gosipol ..

Taller “Conservación y Uso de la Diversidad de Gossypium barbadense L.” - La Molina, Perú - 26-28 Set. 2016 ©C. Viot
Aplicación de los marcadores del ADN en el mejoramiento
genético (2)

En metodologías mas sofisticadas, permiten asistir en la selección de

ideotipos moleculares, a través de la selección genómica en particular

Las secuencias de genomas algodoneros disponibles para todas las

especies importantes permiten buscar directamente marcadores del ADN
ligados a genes determinados

Taller “Conservación y Uso de la Diversidad de Gossypium barbadense L.” - La Molina, Perú - 26-28 Set. 2016 ©C. Viot
 Ejemplos de costos de datos de genotipado
molecular alta capacidad

Genotipado microsatélite Precio (investigación) Precio por dato

96 microplaca ABI 75.48 € 0.10 €

384 microplaca ABI 215.22 € 0.07 €

Genotipado SNP Precio (investigación) Precio por dato

1 SNP placa 96, LC480 25 € 0.26 €
1 SNP placa 384, LC480 75 € 0.20 €
48*48 Chip Fluidigm, 352 € 0.14 €
Biomark 48 SNP x 48
samples
96*96 Puce Fluidigm, 599 € 0.06 €
Biomark 96 SNP x 96
samples

Taller “Conservación y Uso de la Diversidad de Gossypium barbadense L.” - La Molina, Perú - 26-28 Set. 2016 ©C. Viot
 Muchas gracias por su atención

Christopher VIOT
CIRAD, UMR AGAP
Av Agropolis - 34398 Montpellier Cedex 5 – Francia
christopher.viot@cirad.fr

http://www.cirad.fr/

Taller “Conservación y Uso de la Diversidad de Gossypium barbadense L.” - La Molina, Perú - 26-28 Set. 2016 ©C. Viot
Christopher VIOT, Uso de marcadores moleculares en el mejoramiento genético y su aplicabilidad. In
MINAM-IPA-MINAGRI-UNALM (Organizadores), Taller y conferencia internacional “Situación actual de
la valoración, conservación y uso de la diversidad genética del algodón con fines de bioseguridad”,
26-28 de septiembre de 2016, La Molina, Perú.

RESUMEN
En fitomejoramiento de algodón, los marcadores del
ADN permiten diferenciar plantas individuales,
elaborar mapas genéticos incluyendo las posiciones
estimadas de genes de interés, asistir en la
selección de genes determinados o de ideotipos
moleculares, determinar la identidad entre
variedades y la pureza varietal.
La selección asistida por marcadores del ADN está
muy difundida en fitomejoramiento varietal y es
usada para controlar, durante una transferencia por
retrocruzamiento, la presencia de un transgén o de
un gen de un carácter de herencia simple, tal como
ciertas resistencias a enfermedades.
Para los caracteres cuantitativos, de base
multigénica y compleja, las estrategias basadas
sobre el posicionamiento de QTLs a lo largo de los
mapas genéticos no resultaron en aplicaciones
exitosas en fitomejoramiento varietal. La orientación
actual es aplicar la selección genómica desarrollada
en mejoramiento animal, basada sobre números
muy importantes de marcadores.
Para la pureza varietal, la identidad entre
variedades, la ausencia o presencia de transgenes,
los marcadores del ADN permiten respuestas
fiables, rápidas y baratas.
Para los recursos genéticos utilizados en
mejoramiento genético de plantas, el genotipado por
marcadores del ADN permite estructurarlos,
determinar la probabilidad de utilidad, la constitución
de colecciones de referencia y optimizar su gestión.
Las secuencias de genomas algodoneros
disponibles para todas las especies importantes
permiten buscar directamente marcadores del ADN
ligados a genes determinados.

Taller “Conservación y Uso de la Diversidad de Gossypium barbadense L.” - La Molina, Perú - 26-28 Set. 2016 ©C. Viot
Referencias bibliográficas

Chee PW and BT Campbell, 2009, Bridging Classical and Molecular Genetics of Cotton Fiber Quality
and Development. In Paterson AH (Ed.), 2009, Genetics and genomics of cotton. Plant Genetics
and Genomics: Crops and Models., , vol. 3, Springer, pp. 283-311
Cros D, 2014, Practical aspects of genomic selection in oil palm (Elaeis guineensis). International
colloquium of the International Society for Oil Palm Breeders (ISOPB), June 2014, Bali, Indonesia
Grand plateau technique régional de génotypage, 2016, Prestations du Plateau de Génotypage CIRAD.
http://www.gptr-lr-genotypage.com/tarifs/plateau-de-genotypage-cirad/microsat
Lacape JM, D Llewellyn, J Jacobs, T Arioli, D Becker, S Calhoun, Y Al-Ghazi, S Liu, O Palaï, S
Georges, M Giband, H de Assunção, P Augusto, V Barroso, M Claverie, G Gawryziak, J Jean, M
Vialle, C Viot, Meta-analysis of cotton fiber quality QTLs across diverse environments in a
Gossypium hirsutum x G. barbadense RIL population. BMC Plant Biology 10, 132 (2010)
Paterson AH, 2009, Toward characterizing the spectrum of diversity in the Gossypium genus. In
Paterson AH (Ed.), 2009, Genetics and genomics of cotton. Plant Genetics and Genomics: Crops
and Models Vol. 3, Springer. pp. 483-491
Perrier X, A Flori, F Bonnot, 2003, Data analysis methods. In: Hamon P, M Seguin, X Perrier, JC
Glaszmann (Eds.), Genetic diversity of cultivated tropical plants. Enfield, Science Publishers.
Montpellier. pp 43 - 76
Viot C, J Jacobs, T Arioli, D Llewellyn, R Derijcker, M Claverie, M Lacape, 2009, Non-independence
between markers on homoeologous chromosomes in an interspecific allopolyploid cotton RILs
population. International Conference on Polyploidy, Hybridization and Biodiversity (ICPHB 2009),
May 17-20, 2009, Saint-Malo, France, Program and Abstracts: p. 135
Voorrips RE, 2002. MapChart: Software for the graphical presentation of linkage maps and QTLs. The
Journal of Heredity 93 (1): 77-78
.

Taller “Conservación y Uso de la Diversidad de Gossypium barbadense L.” - La Molina, Perú - 26-28 Set. 2016 ©C. Viot