La reserva protege principalmente la laguna de Limoncocha, una de menor tamaño llamada

Yanacocha, y los humedales, zonas de pantano y bosques húmedos tropicales que las rodean.
Limoncocha, en especial sus orillas y zonas de pantano, albergan una flora y una fauna muy
singulares; adaptadas a vivir de la permanente interacción agua-bosque.
Aquí encontramos una gran diversidad de especies, en especial de aves acuáticas, lo que motivó su
declaración como sitio Ramsar, un reconocimiento internacional para humedales de gran importancia.

Aspectos Culturales
Alrededor de la reserva viven indígenas kichwa, sobre todo en la ribera del río Napo
(donde los suelos son fértiles y aptos para la agricultura). En la actualidad los kichwas
pueblan toda la ribera del río Napo hasta la frontera con el Perú, pero antiguamente
vivían mayormente en el Alto Napo, que es la zona de Archidona y Tena. Durante la
época colonial, por varias circunstancias, migraron y se asentaron río abajo.

Hoy mantienen sus chacras, espacios de cultivo para alimentar a su familia y donde
siembran plátano, yuca, camote y caña de azúcar. También cazan, pescan y recolectan
frutos.
 Ubicado en Shushufindi, Sucumbíos, la Reserva Biológica
Limoncocha cuenta con 4.613 hectáreas llena de bosque
húmedo tropical donde se puede realizar caminatas. Su
abundante fauna y flora ha llamado el interés de científicos y
de turistas.

En 1998, el 100% del área fue declarado Humedal Ramsar. Mientras

que en 1985 fue declarado zona protegida. Está compuesta
principalmente por la laguna de Limoncocha, que antiguamente se
llamaba Capucuy, y la laguna Negra o Yanacocha.

FLORA
En una temperatura que oscila los 25 ºC, los trotamundos disfrutarán
de una variada fauna que incluye palmas como la chambira y la
ungurahua, árboles maderables, epífitas, uña de gato, bromelias,
orquídeas, musgos y lianas. Además, cuenta con un bosque
secundario de ceibo y cedro.
 FAUNA
En general, la fauna amazónica en la Reserva presenta un elevado
nivel de biodiversidad, pero con una baja densidad poblacional. Se
han registrado al menos, 53 especies de mamíferos 92 de reptiles y
292 de anfibios. En esta área son muy comunes el caimán negro, y
la tortuga acuática llamada localmente charapa; poco comunes son:
el caimán blanco, la culebra Boa, la tortuga motelo y algunos
mamíferos como la guatuza negra , el mono lanudo, el mono
ahullador, Marmosetas, mono nocturno, mono Capuchino, mono
"araña", el Ocelote, Peresozo y el capybara entre otros.
Históricamente existen 317 especies de aves registradas en la
reserva, incluidas al menos dos especies amenazadas de extinción
como son el buitre de ciénaga (Anhima cornuta) y el gavilán
cangrejero negro (Buteogallus anthracinus), y una endémica de
Ecuador que es el cacique ecuatoriano.1
La región Oriental Norte del Ecuador está catalogada como la zona
de mayor concentración de anfibios del mundo de acuerdo a
publicaciones del la revista Scientific American a en 1986 sobre la
base de estudios realizados en el parque nacional Cuyabeno.
Existen en la laguna gran variedad de peces, incluido el pez
eléctrico, piraña blanca, piraña roja y varias especies de bagre.
PRINCIPALES ATRACTIVOS
Laguna de Limoncocha
Es el principal atractivo de la reserva junto con el bosque tropical
que la rodea y se inunda periódicamente. A su alrededor hay gran
diversidad de aves fáciles de observar en el día: guacamayos, loros,
garzas, patos, hoatzines y martines pescadores. A los caimanes es
más fácil verlos en la noche desde pequeñas embarcaciones a remo,
llamadas quillas, y con la ayuda de guías naturalistas.

Islas y playas del río Napo

 Desde aquí se puede admirar el gran río amazónico, explorar en
busca de huellas de mamíferos y ver cómo vuelan los guacamayos y
los loros.
Comunidad kichwa de Pompeya. Se encuentra fuera de la reserva
en una isla en la mitad del río Napo. Aquí funciona el Centro de
Investigaciones Culturales
de la Amazonía Ecuatoriana (CICAME) que incluye un Museo
Etnográfico donde se puede conocer más acerca de las
nacionalidades siona, secoya, cofán, kichwa de la Amazonía y
Waorani.