El buque tanquero petrolero Jessica encallo el 13 de enero del 2001, en la bahía del Naufragio, en la entrada del Puerto Baquerizo Moreno, capital de la Provincia de Galápagos, situado en la costa suroeste de la Isla San Cristóbal y provoco un derramamiento de petróleo ya que transportaba 600 toneladas (160.000 galones) de petróleo diésel y 300 toneladas (80,000 galones) de aceite combustible intermedio. El diésel estaba destinado a la estación de despacho de combustible en la Isla Baltra, mientras que el combustible estaba destinado para el barco de turismo Galápagos Explorer.
Generando un inmenso riesgo y consecuencias desastrosas para la flora y fauna de las
Galápagos, debido a esto Francia, Canadá, Gran Bretaña, Alemania, Japón, Colombia y Cuba aportaron con personal técnico y dinero para poder disminuir el petróleo disuelto. Un año después como reacción a los riesgos de derrames de petróleo y, además, por el incremento de la población y el consecuente aumento de la presión sobre los recursos naturales, el gobierno de Ecuador acordó especializarse en los sistemas de energía renovables en el archipiélago. Encallamiento del buque Floreana (2015) El encallamiento del buque Floreana que transportaba víveres, electrodomésticos, combustible y otros materiales en las costas de las Islas Galápagos ocurrido el 28 de enero del 2015 en la bahía de Puerto Baquerizo Moreno en la isla San Cristóbal, supuso un estado de emergencia ante los posibles daños ambientales que pudieron ocurrir, en este evento tuvieron que intervenir la Ministra del Ambiente del Ecuador (Lorena Tapia), la Ministra de Transporte y Obras Públicas (Paola Carvajal), el Ministro de Recursos Naturales No Renovables (Pedro Merizalde) y el COE provincial de ese año. Estos mismos emitieron el acuerdo No. 001 para la Reserva Marina de las Galápagos y Parque Nacional Galápagos (PNG) debido a la emergencia que se extendía hacia el sistema de transportación marítima y de carga y también hacia el sistema de abastecimiento de combustible hacia el territorio insular.