En el XVI se eleva el pavimento en 80 cm.

por problemas de infiltraciones acuíferas

renovándose el presbiterio eliminando el ciborio tardoantiguo y la decoración en opus sectile e
insertando un coro de madera. Por la mismas fechas se reconstruye el claustro bajo el
proyecto de Andrea della Valle (1562) y se realiza el acceso por el portal sur. En 1688 un
terremoto destruye el campanile y se reemplaza por el actual en 1696-98.

A partir de mediados del siglo XIX y hasta la primera década del XX, se realizan obras para
recuperar el edificio en su forma original eliminándose las estructuras internas añadidas y
devolviendo el suelo a su nivel, solucionando el problema de las filtraciones mediante un
sistema de drenaje