BIOINFORMÁTICA

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 Bioinformática
• El fin del siglo XX y el inicio del XXI han visto una
explosión de información proveniente de los seres
vivos, especialmente en Biología Molecular:
– Secuenciación de genomas
– Secuencia y estructura de proteínas
– Estudios sobre la expresión simultánea de multitud de
genes bajo muchas condiciones diferentes
– Genotipado

Introducción a la Bioinformática 2
 “The $2 million and two months that it
took to sequence Watson's genome in
2007 is a far cry from the more than
ten years and $3.000 million required
for the Human Genome Project's
reference genome, released in 2003”.
MIT Technology Review

Introducción a la Bioinformática 3
http://arep.med.harvard.edu/gmc/
genome_services.html

Whole Genome Sequencing costs will

soon be below $10 a genome from
about $1000 today (2016)

Secuenciación gratuita del

genoma a cambio de
hacerla pública (USA,
Canadá, Reino Unido,
Austria y China)

Introducción a la Bioinformática 4
Crecimiento de GenBank

La información sigue creciendo de forma exponencial

(datos actualizados disponibles en GenBank)

Introducción a la Bioinformática 5
Introducción a la Bioinformática 6
Introducción a la Bioinformática 7
GENOMA DE COVID-19

Proteina ACE2 humana

(hACE2) a la que se une
la proteína Spike del
virus (RBD, receptor
binding domain), sus
variaciones naturales y
comparación con otras
especies
Introducción a la Bioinformática 8
 La información biológica y
la Bioinformática
• La Biología se enfrenta con el problema de la
decodificación del lenguaje biológico
– ¿Cómo se codifica la información en los genes?
– ¿Cómo y cúando se traduce esta información?
• Ej. Splicing alternativo
– ¿Qué determina la estructura de las proteínas?
– ¿Cómo se determina la función de las proteínas?
• La Bioinformática sirve para estudiar cómo
se procesa toda esta información biológica

Introducción a la Bioinformática 9
Introducción a la Bioinformática 10
Introducción a la Bioinformática 11
 Definición de Bioinformática
• Aplicación de las tecnologías de la
información en Biología Molecular.
Esto incluye la recogida, mantenimiento,
distribución, análisis y uso de las inmensas
cantidades de información biológica
disponibles.
• Análisis de proteínas, genes y genomas
empleando algoritmos y bases de datos
informáticas.
Introducción a la Bioinformática 12
 Para saber más:

• Existen multitud de recursos (muchos gratuitos):

– bioinformatics.org EMBL-EBI resources
• Una gran variedad de libros sobre el tema:
– List of books on bioinformatics
• Y numerosas revistas y sociedades científicas
dedicadas al tema, como por ejemplo:
– Bioinformatics, BMC Bioinformatics
– International Society for Computational Biology

Introducción a la Bioinformática 13
 Centros y recursos importantes
• Centros importantes a nivel mundial:
– EMBL / EBI (www.embl.org / www.ebi.ac.uk )
– NCBI ( www.ncbi.nlm.nih.gov )
– DDBJ ( www.ddbj.nig.ac.jp )
• Bases de datos biológicas:
– DNA sequence databases del NCBI y del EBI
– UniProt que incluye SWISSPROT y TREMBL,
– Protein database del NCBI
Catálogos: listado de la revista Nucleic Acids Res
• Servidores WEB online:
– Bioinformatics.ca y numerosas herramientas (omictools.com)
Introducción a la Bioinformática 14
LA (BIO)INFORMÁTICA EN EL
LABORATORIO DE
BIOLOGÍA MOLECULAR

Bioinformática y laboratorio 15
Análisis de datos electroforéticos

Bioinformática y laboratorio 16
 Electroforesis
• La electroforesis permite separar
moléculas con carga eléctrica en función
de su peso molecular y/o carga neta.
– Campo eléctrico (corriente continua
o pulsante)
– Soporte inerte: gel o polímeros
• Electroforesis en gel de agarosa
• Electroforesis en gel de poliacrilamida
• Electroforesis capilar (polímeros)

Bioinformática y laboratorio 17
Análisis de electroforesis en gel

• Simulación de gel de acrilamida (proteínas) (otro)

• Simulación de gel de agarosa (ADN)

Bioinformática y laboratorio 18
Software para electroforesis en gel
• Software general para análisis de geles de
acrilamida y agarosa (comerciales):
– Gene Tools (Syngene)
– CLIQS (TotalLab)
– LabImage (Kapelan)
• Gratuitos:
– GelAnalyzer 2010 (Lazarsoftware)

Bioinformática y laboratorio 19
Electroforesis en capilar

• Análisis de fragmentos de ADN

• Secuenciación de ADN Sanger
(1st generation sequencers)
Bioinformática y laboratorio 20
 Análisis de fragmentos

CODIS COmbined DNA Index System

https://www.fbi.gov/services/laboratory/bio
metric-analysis/codis
(20 loci desde enero de 2017)
https://strbase.nist.gov/coreSTRs.htm

Genotipado: Huella genética (CODIS, European Standard Set ESS), SNPs, etc
Análisis de electroferogramas de marcadores genéticos: AFLPs, microsatélites (SSRs)
. 21
Bioinformática y laboratorio
Análisis de fragmentos
Software para análisis de fragmentos en
electroforesis capilar (comerciales):
– GeneMarker (SoftGenetics)
– GeneMapper (Life Technologies)

Bioinformática y laboratorio 22
 Secuenciación de ADN Sanger
(1st generation sequencers)

Software específico del equipo de secuenciación:

– MegaBACE en gel (Amersham-General Electric)
– ABI Prism en capilar (Applied Biosystems)
Software para visualización de resultados:
– Chromas (Technelysium), versión lite gratuita (Windows)
– 4Peaks (Nucleobytes), gratis (Mac OSX)
– Sequence Scanner, (Applied Biosystems)
gratis (Windows)
– Staden Package , gratis (Sourceforge)
(Linux, Mac OSX, Windows)

Bioinformática y laboratorio 23
Análisis de restricción

Bioinformática y laboratorio 24
 Endonucleasas de restricción

Enzimas de bacterias que reconocen secuencias de DNA

específicas y lo cortan por el esqueleto azúcar-fosfato.
•Tipo I y III: cortan el DNA en puntos distintos al de
reconocimiento (al azar)
•Tipo II: cortan justo en (o muy próximo a) los puntos que
reconocen, que son (normalmente) repeticiones invertidas o
palíndromessss:

Bioinformática y laboratorio 25
 Dos tipos de cortes
posibles:

•Corte plano:
extremos romos

•Corte escalonado:
extremos cohesivos

Introducción a la Bioinformática 26
 Algunas herramientas “on line” gratuitas

• NEBCutter V2.0 (en prácticas)

– http://tools.neb.com/NEBcutter2
• Watcut
– http://watcut.uwaterloo.ca/watcut/watcut/template.php
• Webcutter 2.0
– http://rna.lundberg.gu.se/cutter2
• Restrictionmapper
– http://www.restrictionmapper.org/
• Otros sitios (listado)
Bioinformática y laboratorio 27
Software que incluye análisis de restricción

• Unipro UGENE (gratuito) para Linux, Mac OSX y Windows

– http://ugene.unipro.ru/
• Serial Cloner (gratuito) para Linux, Mac OSX y Windows
– http://serialbasics.free.fr/Serial_Cloner.html
• pDRAW32 (gratuito)
– http://www.acaclone.com/
• MB DNA Analysis (gratuito)
– http://www.molbiosoft.de
• SimVector (comercial) Mac OSX y Windows
– http://www.premierbiosoft.com/
• Geneious (comercial) para Linux, Mac OSX, Windows y Solaris
– http://www.geneious.com/

Bioinformática y laboratorio 28
Diseño de cebadores para PCR

Bioinformática y laboratorio 29
Reacción en cadena de polimerasa (PCR)

Bioinformática y laboratorio 30
Introducción a la Bioinformática 31
 Herramientas “on line” para PCR

• Primer3Plus (en prácticas)

– http://primer3plus.com/cgi-bin/dev/primer3plus.cgi
– http://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/primer3plus/primer3plus.cgi
• GeneFisher 2
– http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/genefisher2/
• IDT SciTools (Integrated DNA Technologies)
• Numerosos sitios web:
– Listado en http://molbiol-tools.ca/PCR.htm
– Listado en http://www.humgen.nl/primer_design.html

Bioinformática y laboratorio 32
Software que incluye diseño de cebadores

• AmplifX (gratuito) para Mac OSX, Linux y Windows

– http://crn2m.univ-mrs.fr/AmplifX
• Amplify4 (gratuito, solo para MacOS X >10.9)
• FastPCR (ahora comercial)
– http://www.biocenter.helsinki.fi/bi/Programs/fastpcr.htm
• Visual OMP (Dnasoftware)
• Primer Premier (Premier Biosoft)
• Paquetes informáticos y suites

Numerosos calculadores de propiedades de oligonucleótidos:

software y on line (buscar “oligo calculator” en Google)

Bioinformática y laboratorio 33
Ensamblado de secuencias

Bioinformática y laboratorio 34
 Unión de “contigs” de secuencias
• CAP3 Sequence Assembly Program (gratuito): web server
• Sequencher (Genecode) para Mac OSX y Windows
• CodonCode Aligner (CodonCode) para Mac OSX y Windows
• Staden Package , gratis (Sourceforge) Linux, Mac OSX y Windows
• GeneStudio Pro, gratis (Gene Studio Inc.) para Windows

Otras herramientas y programas con funciones

de ensamblado (incluyendo para NGS)
figuran en este listado

Bioinformática y laboratorio 35
 Cambios de formato de las secuencias
• Formatos de las secuencias (ejemplos):
– Plain text
– EMBL
– FASTA
– GCG
– GenBank
– Etc, etc, etc.

Traductor on line de formatos de secuencia: ReadSeq

Bioinformática y laboratorio 36
Paquetes informáticos con
numerosas herramientas

Bioinformática y laboratorio 37
 Unión de “contigs” de secuencias
• CAP3 Sequence Assembly Program (gratuito): web server
• Sequencher (Genecode) para Mac OSX y Windows
• CodonCode Aligner (CodonCode) para Mac OSX y Windows
• Staden Package , gratis (Sourceforge) para Linux, Mac OSX y Windows
• GeneStudio Pro (Gene Studio Inc.) para Windows

Otras herramientas y programas con funciones

de ensamblado (incluyendo para NGS)
figuran en este listado

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 Paquetes de instalación local

Comerciales
• DNASTAR (Dnastar Inc.) para Mac OSX y Windows
• Vector NTI Advance para Windows (Life Technologies)
• Geneious (Biomatters Ltd.) para Linux, Mac OSX, Windows
• CLC-Bio (Diversos módulos) para Linux, Mac OSX, Windows
Gratuitos
• Unipro UGENE para Linux, Mac OSX y Windows (http://ugene.unipro.ru/)

Sin actualización reciente:

• SEQtools (necesita registro) para Windows (http://www.seqtools.dk/)
• MB DNA Analysis para Windows (http://www.molbiosoft.de)

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