SEMANA 3

14/06/2021 – 18/06/2021

FCV - ING. EN ECOSISTEMAS – MCE5 S3.1_GLM - GAM 31/05/2021 1

 CONTENIDO

• ANCOVA: Análisis de CoVarianza

• GLM: Modelos Lineales Generalizados
• GAM: Modelos Aditivos Generalizados

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 MODELOS

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 ANCOVA

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 ANCOVA

● Es una combinación de elementos de regresiones y análisis de varianzas.

● La variable respuesta (dependiente) es contínua
● Las variables independientes (explicativas) pueden ser categóricas y
continuas.

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 ANCOVA

Modelo ejemplo:

Peso ~ sexo + edad

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 REPASO: ANCOVA

● Es un tipo de ANOVA pero con variables independientes categóricas y

cuantitativas.

El comando para hacer ANCOVA es lo mismo que para ANOVA, aov()

Vamos generar un vector de Número de Estomas y clima

set.seed(1)
NumEstomas <- sample(c(50:150),size=100, replace = T)

clima <- rep(c(“CS”, “CH”), 100)

Adicionar ese vector al data.frame de hojas utilizando cbind()

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 REPASO: ANCOVA

Ancova <- aov(longitud ~ clima + NumEstomas,data=)

● Instalar el paquete “car”

install.packages (“car”)

● Utilice la función Anova()para ver los resultados

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 TAREA: ANCOVA

Replique el análisis adicionando la medida del ancho de las hojas:

ancov_medidas <- aov(longitud ~ ancho + clima,data=)

Analice los resultados

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 MODELOS LINEALES GENERALIZADOS
GLM
Cuando nuestra variable dependiente no tiene distribución normal

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 FORMAS QUE PUEDEN TENER LA VARIANCIA DE LOS DATOS

Variancia en regresiones
lineales

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 FORMAS QUE PUEDEN TENER LA VARIANCIA DE LOS DATOS

En algunos casos las premisas de la regresión de los mínimos cuadrados son

seriamente incumplidas, por ejemplo cuando la variable dependiente es medida
en una escala binaria:
• Ceros y unos.
• Presencia/ausencias
• Vivo/muerto
• Efecto/sin-efecto

En ese caso necesitamos de modelos que nos permitan linealizar esa relación

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 GLMs TIENE TRES PROPRIEDADES IMPORTANTES

MODELO LINEAL
GENERALIZED LINEAR MODEL • Errores tiene una distribución
1. La estructura del error del modelo normal
2. El estimador lineal • El estimador lineal es el método
3. La función de enlace de los mínimos cuadrados
• No hay función de enlace

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 ELEGIR LA DISTRIBUCIÓN

Se tiene distribuciones: Pero cuál distribución elegir? Depende de cómo es la Y.

● Exponeciales,
• BINOMIAL: Si estamos modelando: presencia-
● Binomiales,
ausencia, ceros-unos.
● Gaussianas,
● Normales, • POISSON: Si estamos haciendo conteos de animales
● Bernoulli o plantas, en que nunca vamos tener un límite
● etc…. superior, pero el límite inferior es cierto

• GAMMA: Si los datos son continuos, positivos y

mayores que cero (también se usa Normal).

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 ELEGIR LA DISTRIBUCIÓN

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 FUNCIÓN DE ENLACE

El predictor lineal surge del modelo lineal como la

suma de los términos para cada uno de los
parámetros. El valor del predictor lineal se obtiene
mediante la función de enlace, y el valor predicho de
y se obtiene aplicando la función de enlace inverso.

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 LA FUNCIÓN DE ENLACE o “LINK FUNCTION”

Es lo que nos permite linealizar la relación entre la variable Y y Xs

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 LOGÍSTICO ES DOMINANTE

Es lo que nos permite linealizar la relación entre la variable Y y Xs

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 MAXIMA VEROSIMILITUD

En regresiones lineales nosotros utilizamos el método de los mínimos cuadrados

para estimar los valores.

En GLM nosotro utilizamos la Máxima Verosimilitud (Maximum Likelihood)

https://www.youtube.com/watch?v=XepXtl9YKwc

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 MAXIMA VEROSIMILITUD ( )

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 MAXIMA VEROSIMILITUD

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 GLM EN R

glm(Y ∼ X, family = poisson (link=), data = data)

Aqui va la función de enlace,

Aqui va la
pero R ya te lo hace por
distribución!
default

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 DATOS DE PRESENCIA/AUSENCIA

Logistic regression!

● La estructura del error del modelo: Binomial

● La función de enlace: logit

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 REPASO: GLM PRESENCIA/AUSENCIA

Ecosistemas: Datos de presencia / ausencia de Tuberculosis (Tb) en jabalíes, y

medidas de relación cabeza-tronco de cada individuo.

Vamos mirar a los datos:

jaba <- read.table(“s3_boar.txt", header =T)
head(jaba)
str(jaba)
par(mfrow=c(1,2))
boxplot(jaba$LengthCT ~jaba$Tb, ylab="CT", xlab="TB")
plot( jaba$LengthCT, jaba$Tb,ylab="TB", xlab="CT" )
reg <- lm(jaba$Tb~jaba$LengthCT)
abline(reg)#hace sentido esa línea???

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 REPASO: GLM PRESENCIA/AUSENCIA

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 REPASO: GLM PRESENCIA/AUSENCIA

#Aplicar el glm
Library(glmmTMB)
B1 <- glm(Tb ∼ LengthCT, family = binomial (link = “logit”),data =
jaba)
summary(B1)

#hacer el grafico de las prediciones

MyData <- data.frame(LengthCT = seq(from = 46.5,to = 165, by = 1))
Pred <- predict(B1, newdata = MyData, type = "response")
plot(x = jaba$LengthCT, y = jaba$Tb)
lines(MyData$LengthCT, Pred)

# Alternativa
library(visreg)
visreg(B1,scale="response")

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 REPASO: GLM PRESENCIA/AUSENCIA

# como acceder a las predicciones del modelo?

install.packages(“boot”)
library(boot)

predict (B1) #miren el rango de valores

range(predict(B1))

#ahora apliquen la función inv.logit

inv.logit(predict(B1))
# Alternativa
library(visreg)
visreg(B1,scale="response")

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 EVALUANDO LOS MODELOS LOGÍSTICOS (GLM - BINOMIAL)

¿Cómo evaluar si los modelos GLM son buenos?

Mirar la varianza (deviance):
● Null deviance tiene que ser un valor grande (si es así, significa que es mejor
tener la variable x en el modelo do que un modelo nulo sin esta variable)
● Residual deviance tiene que ser un valor pequeño (indica que el modelo está
bien ajustado a los datos)
● Ideal es que la varianza residual sea un valor parecido a los grados de libertad.

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 EVALUANDO LOS MODELOS LOGÍSTICOS (GLM - BINOMIAL)

𝑫𝒆𝒗𝒊𝒂𝒏𝒄𝒆 𝒓𝒆𝒔𝒊𝒅𝒖𝒂𝒍
𝑷𝒔𝒆𝒖𝒅𝒐 𝑹𝟐 = 𝟏 =
𝑫𝒆𝒗𝒊𝒂𝒏𝒄𝒆 𝒏𝒖𝒍𝒂

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 EVALUANDO LOS MODELOS LOGÍSTICOS (GLM - BINOMIAL)

● Prueba de razón de probabilidad (likelihood ratio test): No es que un

modelo con menos parámetros es mejor que un modelo con más
parámetros. En esta prueba si puede aplicar una anova para comparar
dos modelos y verificar los valores de p.
● Pseudo R2: No existen R2 para GLMs, pero hay un pseudo R2 conocido
como McFadden´s R2, que varia de 0 a 1
● Prueba de Wald: Evalúa la contribución de cada variable independiente al
modelo
● Prueba t de importancia de variables: Otra manera de saber cuales son las
variables más relevantes a los modelos

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 REPASO GLM
#Instalar los paquetes: pscl, survey, caret
#Aplicar las pruebas a los datos de “s3_boar.txt”
## likelihood ratio test: &UHDUPRGHORV
anova (modelo1, modelo2) PRGHO
PRGHO
PRGHO
##Pseudo R2 OLEUDU\$,&FPRGDYJ(VWLPDGRUGH$,&
library(pscl)
(QOLVWDUPRGHORV
pR2(modelo) # vea McFadden PRGHOVOLVWPRGHOPRGHOPRGHO

QRPEUDUDORVPRGHORV
##Wald test PRGQDPHVF
GLVSKSZWTVHF

GLVSTVHF

GLVSZW

library(survey) &DOFXODU$,&GHORVPRGHORV\YLVXDOL]DU
regTermTest(modelo, “variable”) DLFWDEFDQGVHW PRGHOVPRGQDPHV PRGQDPHV

%DVDUVHHQHOFULWHULRGH$,&F
##Variable importance
varImp(modelo)
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 TAREA: GLM PARÁSITOS MARINOS

De Zuur et al. 2009

El cangrejo real rojo Paralithodes camtschaticus se introdujo en el Mar de Barents en los años 1960 y 1970
desde su área nativa en el Pacífico Norte. La sanguijuela Johanssonia arctica usa el caparazón de este
cangrejo para depositar los huevos. La sanguijuela es un vector para un parásito sanguíneo tripanosómico
de peces marinos, incluido el bacalao. Hemmingsen y col. (2005) examinaron una gran cantidad de bacalao
para detectar infecciones por tripanosoma durante cruceros anuales a lo largo de la costa de Finnmark en
el norte de Noruega. Estos cruceros cubrieron tres años y se dividieron en cuatro "estaciones" o áreas.
Aquí, usamos un subconjunto de sus datos para aplicar un GLM. La variable de respuesta es Prevalencia,
que se codifica como 1 si el parásito está presente y 0 más.
Data: “s3_parasite_cod.txt”

Johanssonia arctica The red king crab Cod fish

Paralithodes camtschaticus
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 TAREA: GLM PARÁSITOS MARINOS

Construya un modelo GLM utilizando como variables “Weigh” + “Length”. Y evalue este
modelo (s3_parasiteCod.txt).

Identificar cuál la familia (normal, binomial, gamma, poisson, etc.) en base a los datos
recolectados y poner las variables al modelo, remplazando los XX.

ParasiteCod <- read.table(“s3_parasiteCod.txt", header = T)

Par1 <- glm(XX~XX, family = XX, data=ParasiteCod,)

#Evalue los gráficos con “visreg” y con las funciones

“predict”, “plot” y “lines”

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 GENERALIZED ADDITIVE MODELLING

GAM

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 LINEARIZACIÓN

● Vimos que GLMs son opciones para modelar relaciones que no son lineales
● GLMs son una buena opción cuando la variable Y no son continuas, pero sí
son conteos, binarias etc
● Además, GLMs también pueden ser usados cuando la estructura del error del
modelo no es normal.
● Si, después de intentar las técnicas (transformaciones, adición de más
variables) vistas en las clases anteriores, aún encontramos patrones el los
resíduos de los modelos, una alternativa es usar modelos con suavizadores o
con splines, también llamados de modelos GAM.

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 GAM: GENERALIZED ADDITIVE MODEL

A - Datos de bioluminiscencia en un sitio en el

Atlántico y la relación a la profundidad

B - Ajuste de un GAM

C - Ajuste de un GAM y también los datos originales

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 GAM: GENERALIZED ADDITIVE MODEL

Hay dos paquetes en R que pueden ser usados para correr GAMs:
mgcv y gam. (y ggplot2)

● Instalen ambos paquetes en el Rstudio.

● Vamos mirar un ejemplo:

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 REPASO: GENERALIZED ADDITIVE MODEL

library("gam") # leer el paquete

ISIT <- read.table(“s3_ISIT.txt", header=T) #importar el conjunto de datos

par(mfrow = c(2, 2), mar = c(5, 4, 1, 2)) # para hacer graficos en la misma
ventana

#selecionar los datos de la estacion 16 del conjunto de datos ISIT

Sources16 <- ISIT$Sources[ISIT$Station == 16]
Depth16 <- ISIT$SampleDepth[ISIT$Station == 16]
plot(Depth16, Sources16, type = "p")

#GAM y plot
M1 <- gam(Sources16 ∼ lo(Depth16, span = 0.5))
#pueden cambiar el valor del argumento span para 0.1 y mirar las diferencias
plot(M1, se = TRUE)

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 SUAVIZADORES

El “f” reemplaza el bX de las regresiones lineales. Ahora, al invés de el bX vamos a

tener un suavizador. En el caso arriba utilizamos un estimador cuyo código es “lo”.
Eso significa que el suavizador se llama LOESS.

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 LOESS (locally weighted smoothing)

El LOESS divide los datos en

partes y ejecuta regresiones
lineales (puede hacer otros
tipos de regresiones también,
algunas que no vimos en ese
curso).

La función “span” determina el

tamaño de la ventana en que
se aplicará la regresión. Vea lo
que pasa al cambiar los valores
de span

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 LOESS SPAN

par(mfrow=c(3,1))

#GAMs con diferentes Span

M1 <- gam(Sources16 ∼ lo(Depth16, span = 0.1))

plot(M1, se = TRUE)

M2 <- gam(Sources16 ∼ lo(Depth16, span = 0.3))

plot(M2, se = TRUE)

M3 <- gam(Sources16 ∼ lo(Depth16, span = 0.5))

plot(M3, se = TRUE)

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 LOESS SPAN

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 CUBIC SPLINES

library(mgcv) #cargar el paquete mgcv

plot(Depth16, Sources16, type = "p")

#GAM con splines:

SP <- gam(Sources16 ∼ s(Depth16))

plot(SP, se = TRUE)

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 REPASO GAM: DATOS DE BIOLUMINISCENCIA Y PROFUNDIDAD

#Vamos seleccionar los datos de las estaciones 8 y 13

S8 <- ISIT$Sources[ISIT$Station == 8]
D8 <- ISIT$SampleDepth[ISIT$Station == 8]
S13 <- ISIT$Sources[ISIT$Station == 13]
D13 <- ISIT$SampleDepth[ISIT$Station == 13]
So <- c(S8, S13)
De <- c(D8, D13)

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 REPASO GAM: DATOS DE BIOLUMINISCENCIA Y PROFUNDIDAD

#los comandos para ver los gráficos son:

ID <- rep(c(8, 13), c(length(S8), length(S13)))

mi <- max(min(D8), min(D13))
ma <- min(max(D8), max(D13))
I1 <- De > mi & De < ma
par(mfrow = c(1, 2))
plot(D8[I1], S8[I1], pch = 16, xlab = "Depth",
ylab = "Sources", col = 1, main = "Station 8",
xlim = c(500, 3000), ylim = c(0, 40))
plot(D13[I1], S13[I1], pch = 16, xlab = "Depth",
ylab = "Sources", col = 1, main = "Station 13",
xlim = c(500, 3000), ylim = c(0, 40))
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 REPASO GAM: DATOS DE BIOLUMINISCENCIA Y PROFUNDIDAD

#Ejecute un GAM. La variable “Depth” ahora esta modelada con

el método cubic splines. La variable ID es un factor e
importante en nuestro modelo. El modelo tiene el seguinte
forma:

M4 <- gam(So ∼ s(De) + factor(ID), subset = I1)

M4 <- gam(So ∼ s(De))

summary(M4)

plot(M4)

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 GAM MÚLTIPLE

#Vamos a ver un ejemplo con datos de vegetación.

Vegetation <- read.table(“s3_vegetation.txt", header = T)

M7 <- gam(Richness ∼ s(ROCK, bs = "cs") +
s(LITTER, bs = "cs") + s(BARESOIL, bs = "cs") +
s(FallPrec, bs = "cs") + s(SprTmax, bs = "cs"),
data = Vegetation)
summary(M7)
anova(M7)
plot(M7)

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 TAREA GAM

Utilice la base de datos de humedales de Norte América para analizar la relación existente
entre las concentraciones de fósforo (total phosphorusTP) de los efluentes TPOut con otras
variables efectoras como el hydraulic loading rate HRL, input TP concentration TPIn, y input
TP mass loading rate PLI de los humedales.

Data: s3_nawdb.csv

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